4ARMA

Structure of the inactive pesticin t201a mutant
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVAFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLKLH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Toxin
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 121
structure length 346
sequence length 346
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4armA02
147LA 4I7KA 1QT8A 242LA 188LA 1T8GA 3FI5A 3HDFA 1XEPA 2CUUA 1L67A 3HTFA 1C61A 206LA 1L42A 1L88A 3DMVA 261LA 2RAYX 229LA 3C82A 4YXAC 1CUQA 1L58A 1LI3A 255LA 1OV7A 1QSBA 4ARPA 1CUPA 1L41A 1QSQA 236LA 1L99A 1L31A 2F32A 1L05A 4I7MA 250LA 3G3VA 1PQJA 1L63A 2NTHA 1QUHA 192LA 1L89A 2B73A 3GUOA 1L09A 247LA 3HH5A 164LA 1P2LA 3GUIA 246LA 137LA 3CDOA 1C6NA 2OEAX 1C6FA 3DN8A 1KNIA 3C8RA 6LZMA 1C6PA 1LGUA 1SX7A 3GUPA 210LA 1SSWA 2OU8A 1LYDA 2RAZX 2RBRA 3L64A 1OWYA 1T97A 2OU9A 1L27A 3HUKA 253LA 3DKEX 1CX6A 1C6GA 3RZEA 1L14A 258LA 1QUOA 1G1WA 1PQMA 142LA 1C67A 1G0KA 1CTWA 2RB1X 2NTGA 4W53A 3CDQA 1PQDA 248LA 1CU2A 4LDLA 1L0JA 4I7NA 3FADA 112LA 191LA 168LA 1T8FA 3OE0A 3F9LA 3PBLA 3SB7A 3C7WA 4EJ4A 252LA 3V2YA 3HT9A 1L70A 3HTDA 1L25A 3RUNA 3C7YA 197LA 195LA 2RBNA 4W58A 109LA 237LA 1SWZA 1L34A 2ANVA 2O7AA 1L47A 215LA 2LC9A 4ARJA 130LA 167LA 1ZWNA 4I7TA 1L03A 1D3FA 200LA 1JQUA 1C64A 1L84A 103LA 1L29A 1CVKA 1LYHA 1PQKA 3FA0A 211LA 1L22A 2L78A 1L24A 217LA 4E97A 1L35A 1L51A 1QTHA 1C6DA 1L86A 4DKLA 1L71A 4W54A 157LA 4EXMA 3C81A 1L53A 227LA 1L49A 1T8AA 1L91A 4ARLA 262LA 1CV5A 1L50A 238LA 2RB0X 184LA 1L30A 1L60A 239LA 1QUDA 1C60A 205LA 1QTDA 1L10A 177LA 1G1VA 2IGCA 3CDRA 241LA 3DMZA 223LA 232LA 3G3XA 1LLHA 219LA 222LA 165LA 1C6TA 1L76A 1DYCA 174LA 1D3MA 1L17A 249LA 1L21A 1CV3A 1G0JA 1LWKA 104LA 1JTNA 175LA 189LA 3OE8A 1L90A 225LA 1G0PA 257LA 1DYAA 140LA 1L07A 173LA 1L11A 2LCBA 183LA 1C62A 1ZURA 2OTZX 1DYBA 1QUGA 3NY8A 3ODUA 1DYDA 228LA 171LA 1C6LA 1G06A 1L00A 4I7RA 4GRVA 1OVJA 4W51A 2B6WA 3HWLA 254LA 2F47A 1C6KA 243LA 2RBPA 1L04A 1OVKA 1CU0A 1C69A 3DN2A 218LA 3NY9A 1LPYA 125LA 3OE6A 226LA 138LA 1L73A 3C8SA 4W57A 190LA 1L32A 1LYFA 1NHBA 1QT7A 244LA 2O79A 221LA 256LA 118LA 150LA 2HUMA 162LA 3DN6A 1QTZA 1G0MA 1L64A 1C66A 129LA 1KY1A 3C80A 1KY0A 3HH4A 2Q9DA 180LA 1KW5A 1JTMA 1L44A 4K5YA 1LWGA 4EKQA 4EPFA 1WTHA 161LA 1L19A 1L52A 1QT3A 3DMXA 1LW9A 1SX2A 1P36A 234LA 1L39A 122LA 169LA 1CV0A 209LA 1C65A 3CDVA 4ARQA 3G3WA 114LA 1DYEA 3LZMA 1L74A 1LYJA 4ZPUA 141LA 185LA 1LYIA 3HUQA 1D9WA 233LA 3C7ZA 1P5CA 4W52A 1L55A 1L82A 1L0KA 3SB5A 4I7JA 1C6MA 4S0WA 4ARQB 158LA 3L2XA 1LI2A 220LA 108LA 4LDEA 4PJZA 1D2WA 1CX7A 1L36A 1G07A 4IAPA 201LA 230LA 148LE 214LA 1K28A 3HT7A 1L06A 1LYEA 1L80A 1TLAA 3DN1A 1CV4A 1L54A 1P37A 2ANXA 4YXCA 2Q9EA 1L92A 1OV5A 1L18A 4YX7C 212LA 1L43A 1CU3A 1QTBA 1ZYTA 3HH6A 1L08A 1G0QA 182LA 1QT4A 4GBRB 2B6TA 1XJUA 2B6YA 1PQOA 4ARMA 196LA 1L87A 3HUAA 1L81A 170LA 3SN6R 1L48A 1OWZA 3K2RA 110LA 145LA 1D3NA 2B6ZA 2RBQA 2RH1A 1L23A 1L61A 128LA 1L33A 1QTCA 2QB0B 259LA 123LA 1D3JA 2B75A 3CDTA 2B72A 4OO9A 1L95A 1G0GA 1L40A 3SB9A 1L37A 213LA 2B6XA 1CU6A 1C6QA 3SB8A 2HUKA 3HTGA 5I14A 1L77A 1PQIA 4I7SA 143LA 1P6YA 4EKSA 149LA 107LA 1P46A 1C6AA 1L59A 2B7XA 2A4TA 1L65A 1C68A 3HU8A 151LA 216LA 1CV1A 2OE4X 1L83A 1L38A 1L62A 3GUMA 3NYAA 3JR6A 1L69A 1L13A 4LDOA 3DN4A 178LA 1C6HA 156LA 2LZMA 2HULA 166LA 1B6IA 260LA 3DN3A 152LA 7LZMA 1G0LA 1C63A 4I7LA 1L97A 1T6HA 5LZMA 1LGXA 1P56A 3HU9A 1KS3A 176LA 2RBOA 187LA 1QT5A 4EKRA 3DN0A 111LA 1SWYA 3HT6A 3GUNA 1L15A 2O4WA 4PK0A 1L46A 1L96A 2B70A 3C8QA 3HH3A 146LA 1KW7A 1P2RA 3UONA 251LA 102LA 1L02A 1L72A 245LA 3DNAA 3GULA 119LA 1L94A 3PDSA 3HDEA 3F8VA 163LA 3EMLA 199LA 186LA 1P64A 115LA 4AQNA 231LA 1OVHA 1L26A 1CV6A 1L75A 1C6IA 240LA 181LA 131LA 2OE7X 4I7OA 1L68A 3SBAA 3HT8A 4W56A 1L16A 3V2WA 1P7SA 3GUJA 1L57A 3SB6A 2RBSA 1L66A 1C6EA 1QTVA 4EKPA 3VW7A 3C83A 1LGWA 1EPYA 1OYUA 4I7QA 4LZMA 1C6CA 1L79A 1CU5A 224LA 172LA 2OU0X 3D4SA 3QAKA 4W59A 1SSYA 1L93A 1L45A 1LYGA 126LA 1L85A 4DAJA 4EPIA 4I7PA 2Z6BA 159LA 1D2YA 4W55A 1LI6A 2QARC 155LA 1C6JA 127LA 120LA 2OTYX 3HTBA 1L01A 1L28A 2B74A 160LA 2F2QA 4DJHA 1L12A 1DYFA 3OE9A 1DYGA 1L56A 1I6SA 113LA 1P3NA 1C6BA 235LA 2OE9X 1QT6A 2RB2X 4ARMB 1L20A 1QS9A 3SBBC 198LA 144LA 1L98A 139LA 1QS5A 3GUKA 1XJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IWYA 2HEAA 1RE2A 2HEEA 2CUUA 2BQCA 1GFHA 4WG7A 1L42A 1L88A 3DMVA 2HTXA 1GBSA 1IY3A 1CUPA 1JJ3A 1LKSA 1D0LA 2C8PA 5E9RA 4I7MA 3A6CY 4OWCA 3RZ4A 1HEQA 4WO9A 4IJ4A 5DL9A 1UIDA 1F6SA 1XEKA 2NTHA 2B73A 1L09A 4NGOA 2BQIA 3HH5A 3WU7A 3IJUA 4YF2A 2OEAX 1C6FA 1LGUA 1SX7A 1QSAA 1SSWA 1OWYA 1CX6A 4M4OA 5LA8A 1WTMA 2CGIA 1C6GA 142LA 1C67A 4OWHA 1G0KA 1BHZA 2BLYA 2NTGA 4W53A 4WLXA 3CDQA 4YOPA 4LDLA 1CU2A 1JKBA 5F81A 3FADA 3P64A 1T8FA 5KJ9A 1IP3A 3PBLA 3C7WA 3SB7A 4YEMA 252LA 2YBJA 3V2YA 1L25A 1BVXA 3C7YA 4H94A 195LA 1UIAA 1DKJA 2ANVA 1C7PA 1INUA 1WVUA 1GB7A 1BB5A 4G4HA 4HSFA 1FLYA 2BQGA 3W3EA 4LFPA 4H91A 1CVKA 3RNXA 2AUBA 5B05A 1LZ9A 3A67Y 4E97A 4KXIA 4WM3A 1C6DA 1GF4A 1L71A 157LA 1N4FA 3C81A 1L91A 4XJDA 1GE1A 238LA 184LA 1L30A 1L60A 1LPIA 5B59A 153LA 1L10A 1G1VA 5B07A 1FLUA 3CT1A 3LN2A 3CDRA 241LA 1XGQC 3DMZA 4BADA 219LA 165LA 1L76A 1DYCA 249LA 2DQCY 1L21A 3TXGA 4NHIA 3A6BY 4PRQA 175LA 1GE4A 2FBBA 1QTEA 225LA 5C6LA 5B1GA 1DYAA 2Z19A 4GCFA 4ETBA 4N1CC 2D4IA 1C62A 1DYBA 3NY8A 3ODUA 3WVXA 3QY4A 1UC0A 2HU1A 1L00A 1OVJA 4OWAA 1LZ6A 1L04A 3SP3A 1OVKA 3WW6A 3P68A 3OE6A 4W96A 226LA 5KKJA 1HF4A 1F0WA 1HFXA 1LKRA 1QQYA 1P2CC 1NHBA 244LA 2O79A 221LA 1GFEA 2HUMA 2BQFA 3AB6A 129LA 2MECA 2Q9DA 180LA 4LT2A 1JTMA 4K5YA 2G4QA 1B5YA 1UICA 4M6DA 4EKQA 3A3RX 2W1YA 1SX2A 5KXZA 1IR7A 1L39A 122LA 5ILFA 1DKKA 4GLVA 1J1XY 2DQGY 3W6DA 1XGPC 3LZMA 4B4EA 3P4ZA 233LA 3C7ZA 1P5CA 3TXDA 3W6CA 1L55A 4DT3A 1G7IC 1C6MA 1UIFA 1XGRC 3A91A 4UWVA 4LDEA 1D2WA 4LZTA 1NF5A 1IOCA 4CJ2A 4IAPA 5I53A 230LA 1TBYA 1QSWA 214LA 5HNLA 1GB0A 1GDWA 1L06A 4NFVA 1LJ4A 3W6AA 2Q9EA 1OV5A 3N9EA 1L18A 4DC4A 1HNLA 1HERA 1G7MC 1GB6A 1GF9A 1G0QA 4EMNA 1LZBA 3A3QA 134LA 3W6EA 1LJJA 2MEIA 2MEAA 1YILA 1KIQC 1GXXA 2HEFA 4ZFPA 110LA 1REYA 145LA 2RBQA 3HBHA 2GV0A 2A7FA 3EO5A 259LA 4PHIA 3CB7A 1NMMA 2DQIY 3SB9A 1L37A 4CFOA 1GBXA 1AT6A 3A90A 1OUFA 1I56A 5I14A 4TWSA 107LA 2B7XA 1L65A 1C68A 2OE4X 3GUMA 1L38A 3NYAA 3HFMY 4I8SA 1VDPA 2YSSC 4XJIA 4XJGA 1GXV2 1L13A 4LDOA 3WPLA 178LA 1OUJA 1B6IA 3WW5A 1LSAA 4ZEEA 1H87A 1QDRA 2ZIJA 1GE3A 1WQQA 2ZYPA 1B0DA 3T6UA 4I7LA 3ATOA 4ET8A 4H93A 5F9XA 1LGXA 1E8LA 2BQAA 5L9JA 111LA 3GUNA 1LJGA 2O4WA 3RU5A 2DQEY 1L46A 5KKIA 146LA 4E3UA 5KXNA 245LA 4WLYA 3GULA 2DQHY 3PDSA 1CJ7A 163LA 4XENA 2I26L 2G4NA 1B5WA 1OVHA 1C6IA 4GCEA 2LYMA 4Z3MA 5IDDA 1CKGA 1LSDA 4N5RA 1OQMA 1B5XA 1BQLY 3OK0A 3HT8A 4FDYA 1JWRA 3V2WA 1HEOA 2FBDA 3B6LA 4EKPA 1EPYA 4LZMA 3D4SA 1L79A 4W59A 1L93A 1LYGA 4BS7A 4LGKA 1IC7Y 5KXXA 5KXSA 1LOZA 127LA 1GF5A 3AGIA 1L12A 1IVMA 3HBDA 5E4PA 1DYFA 2EPEA 1HMLA 1GPQC 1JSEA 2OE9X 1Z55A 2Z38A 4ARMB 1VFBC 1QS9A 2BQBA 1LHKA 1BB3A 198LA 5D5FA 1L98A 2YBNA 4OW1A 1GFUA 1QS5A 4NGJA 1XJTA 1TEWA 147LA 1B7QA 1RFPA 2D4KA 3F6ZA 1UIBA 1T8GA 1XEPA 3HTFA 206LA 1KIRC 1ZV5L 2RAYX 5APEA 1CUQA 3LYOA 1OV7A 1JUGA 2Z39A 2F32A 1JPOA 1VAUA 1LYOA 2BLXA 1LSPA 1QUHA 3GUOA 4CHXA 247LA 4DQ5A 3CDOA 4H9HA 1HC0A 3GUPA 2W1MA 5KXPA 2RBRA 3L64A 1T97A 1L27A 5C6IA 4ZIXA 1WQNA 1FLWA 3ZEKA 1LZYA 1EQEA 1L0JA 3HBEX 4I7NA 2W1XA 4G9SA 3LHMA 168LA 4GN4A 2D4JA 3F9LA 4D9ZA 1ZMYL 1L70A 2HECA 197LA 4OOTA 4NGLA 9LYZA 1L34A 4NHSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IWY A;  2HEA A;  1RE2 A;  2HEE A;  2CUU A;  2BQC A;  1GFH A;  4WG7 A;  1L42 A;  1L88 A;  3DMV A;  2HTX A;  1GBS A;  1IY3 A;  1CUP A;  1JJ3 A;  1LKS A;  1D0L A;  2C8P A;  5E9R A;  4I7M A;  3A6C Y;  4OWC A;  3RZ4 A;  1HEQ A;  4WO9 A;  4IJ4 A;  5DL9 A;  1UID A;  1F6S A;  1XEK A;  2NTH A;  2B73 A;  1L09 A;  4NGO A;  2BQI A;  3HH5 A;  3WU7 A;  3IJU A;  4YF2 A;  2OEA X;  1C6F A;  1LGU A;  1SX7 A;  1QSA A;  1SSW A;  1OWY A;  1CX6 A;  4M4O A;  5LA8 A;  1WTM A;  2CGI A;  1C6G A;  142L A;  1C67 A;  4OWH A;  1G0K A;  1BHZ A;  2BLY A;  2NTG A;  4W53 A;  4WLX A;  3CDQ A;  4YOP A;  4LDL A;  1CU2 A;  1JKB A;  5F81 A;  3FAD A;  3P64 A;  1T8F A;  5KJ9 A;  1IP3 A;  3PBL A;  3C7W A;  3SB7 A;  4YEM A;  252L A;  2YBJ A;  3V2Y A;  1L25 A;  1BVX A;  3C7Y A;  4H94 A;  195L A;  1UIA A;  1DKJ A;  2ANV A;  1C7P A;  1INU A;  1WVU A;  1GB7 A;  1BB5 A;  4G4H A;  4HSF A;  1FLY A;  2BQG A;  3W3E A;  4LFP A;  4H91 A;  1CVK A;  3RNX A;  2AUB A;  5B05 A;  1LZ9 A;  3A67 Y;  4E97 A;  4KXI A;  4WM3 A;  1C6D A;  1GF4 A;  1L71 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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