4ARMB

Structure of the inactive pesticin t201a mutant
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
347
structure length
347
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVAFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Toxin
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 115
structure length 347
sequence length 347
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4armB02
1C60A 1OV7A 170LA 3OE9A 209LA 4W58A 2Q9DA 2NTHA 3DNAA 151LA 142LA 1L09A 252LA 3C8QA 1CV3A 4K5YA 3C7ZA 232LA 1C6FA 1T8GA 3CDTA 1L89A 3G3XA 2RB1X 3DN2A 2RBSA 3C7YA 126LA 1SX2A 4EKQA 4EKRA 189LA 1C6IA 169LA 3G3WA 1LI6A 3G3VA 1L97A 3CDRA 1L67A 206LA 228LA 184LA 256LA 1L26A 1L16A 1L77A 4ARLA 1PQMA 1JQUA 1SWYA 3CDQA 3GUMA 2NTGA 3HUQA 1CUQA 3HH6A 2OU0X 1LLHA 3DN1A 205LA 2F47A 1CU6A 1KY0A 2F2QA 143LA 4W55A 245LA 1G1WA 1L58A 186LA 198LA 191LA 1CU0A 3NYAA 3GUOA 1LYIA 197LA 1C6BA 3DN8A 7LZMA 1L59A 4ARMB 1L66A 3SB5A 3V2YA 1L10A 214LA 1QSQA 2HULA 2RB0X 149LA 178LA 1L92A 1PQDA 3HU8A 1KW5A 1OVHA 1D9WA 157LA 1L27A 248LA 1L49A 254LA 4LDOA 6LZMA 1L95A 2RBQA 3OE8A 3RUNA 3F8VA 1P2LA 161LA 4YX7C 4ARMA 195LA 212LA 1L57A 250LA 1PQJA 4DAJA 3C80A 1CX6A 1QT6A 1OWZA 140LA 1L69A 1QUGA 242LA 3K2RA 1G0MA 1L15A 1L02A 3L2XA 3GUIA 1C6EA 1L93A 1SSYA 1L31A 1T8AA 4EXMA 1QT4A 1LYHA 1C6DA 1CX7A 217LA 234LA 123LA 2B7XA 1D3JA 3C7WA 1L74A 1L70A 1CV0A 4PJZA 258LA 1P6YA 1L34A 168LA 1L32A 1LW9A 2ANVA 1L30A 2O7AA 4IAPA 4W52A 1C64A 1L37A 1OWYA 2B73A 2RB2X 1L11A 3V2WA 1C6LA 2RBRA 1G06A 3DN3A 1C6JA 128LA 3HDEA 1L21A 5LZMA 4DJHA 1L96A 2OU8A 103LA 1QT7A 183LA 4AQNA 1L25A 1CUPA 1C67A 1G0PA 2B70A 111LA 1L54A 4S0WA 3C81A 1ZYTA 1CU2A 130LA 1L39A 1DYEA 237LA 4W59A 1L63A 1LGWA 1L43A 3HDFA 129LA 1KNIA 1L91A 4ZPUA 1C63A 2O4WA 4I7OA 1K28A 1L18A 1L23A 4I7RA 3SBBC 180LA 3SB9A 4I7PA 1C69A 224LA 4EPIA 1L72A 1QTHA 262LA 3VW7A 1XJUA 1QTBA 1XEPA 236LA 3FADA 1JTNA 3C8SA 1QT8A 110LA 2LCBA 174LA 2HUKA 3GUNA 3HT7A 1CV6A 177LA 4YXAC 1DYDA 2RAZX 2B6ZA 1QTZA 3HUKA 3PDSA 1QUDA 1L36A 185LA 249LA 2B74A 1G0JA 3HTGA 108LA 104LA 1L86A 159LA 2OTYX 118LA 3PBLA 4LDEA 3UONA 1QSBA 3DMZA 1L84A 3HT6A 1KS3A 3C8RA 114LA 4EKPA 192LA 1G0KA 238LA 1L20A 1C6AA 2OE9X 1L76A 2O79A 2B72A 1NHBA 112LA 1OYUA 1DYCA 3DMVA 2OTZX 1L0KA 1D3NA 181LA 2LZMA 1L47A 3HTBA 4YXCA 1G0LA 1XJTA 1LYFA 4W51A 1ZURA 1C66A 4I7QA 167LA 141LA 145LA 220LA 1L40A 222LA 246LA 216LA 2B75A 1LWGA 1L05A 102LA 223LA 1C65A 3SB8A 1L51A 1T97A 2RBPA 1QUOA 166LA 1B6IA 1OVKA 196LA 1L83A 1L24A 1DYGA 2QARC 3DKEX 1L98A 1L00A 1L06A 190LA 2L78A 1QT3A 1DYBA 1L55A 1G0QA 1PQKA 3GUJA 1P37A 3NY8A 3LZMA 211LA 1C6CA 1L29A 3EMLA 200LA 1C6QA 201LA 3GUPA 210LA 115LA 137LA 144LA 1C62A 261LA 1T8FA 4W56A 1LYGA 2OU9A 259LA 1QTVA 219LA 1L53A 1L87A 1C6NA 4W54A 1JTMA 1CU3A 1L38A 1L88A 1L90A 2CUUA 1PQIA 3D4SA 5I14A 199LA 4ARQB 163LA 2B6YA 2QB0B 4I7JA 1C6GA 1L28A 4W53A 119LA 1L41A 3SBAA 2OE7X 2RBOA 3C82A 1L22A 1P5CA 2B6XA 221LA 243LA 2B6WA 1L85A 240LA 3DN6A 1C6PA 2LC9A 1QUHA 4ARQA 1DYFA 3OE6A 230LA 3SB6A 148LE 260LA 164LA 1L17A 4GRVA 1L08A 1C6KA 1L62A 235LA 1OV5A 227LA 1L80A 1CVKA 1LWKA 257LA 176LA 233LA 155LA 3SN6R 2OE4X 1I6SA 173LA 1G07A 3GUKA 1L64A 1CV5A 4E97A 1DYAA 1T6HA 165LA 138LA 1L56A 158LA 1LYDA 1C68A 4DKLA 1L94A 1QTDA 1P56A 3OE0A 229LA 215LA 2IGCA 1QS5A 3SB7A 3JR6A 1SSWA 1L71A 1P2RA 1P46A 4PK0A 1D2YA 146LA 1L79A 147LA 226LA 3HU9A 1L44A 3HH5A 4EKSA 162LA 3GULA 1G0GA 1LGUA 1L60A 1LYEA 156LA 1L82A 4I7TA 1LI3A 4LDLA 4OO9A 152LA 1CV4A 1C6MA 1LGXA 1P36A 2Q9EA 3DN4A 4GBRB 3HUAA 1CU5A 1WTHA 3HT9A 1L73A 2RH1A 1L19A 4I7KA 1KW7A 1G1VA 120LA 3ODUA 1L81A 172LA 3HTFA 1ZWNA 1L48A 3RZEA 2RAYX 1L03A 3FI5A 107LA 1EPYA 253LA 1PQOA 2A4TA 2RBNA 3DMXA 213LA 4W57A 1OVJA 1L13A 125LA 1P64A 1L07A 247LA 131LA 3QAKA 1QTCA 175LA 1L14A 1C6TA 1D2WA 3C83A 1C6HA 4ARPA 4EJ4A 113LA 1C61A 1P7SA 2OEAX 1KY1A 1L35A 1LI2A 1L50A 1L04A 1L42A 3CDVA 1L0JA 2F32A 1CTWA 1L33A 4ARJA 255LA 3NY9A 182LA 1L45A 188LA 122LA 1SX7A 1QT5A 1L46A 3CDOA 4I7LA 4I7NA 218LA 1L52A 1L65A 1P3NA 1L68A 231LA 171LA 2B6TA 244LA 3DN0A 1TLAA 241LA 2ANXA 3L64A 4I7MA 2HUMA 1LPYA 4LZMA 1SWZA 187LA 225LA 109LA 1CV1A 1L12A 239LA 3HH3A 1L75A 3F9LA 1L99A 1D3FA 3FA0A 1LYJA 3HTDA 1D3MA 150LA 127LA 139LA 3HWLA 160LA 3HT8A 2Z6BA 4I7SA 4EPFA 251LA 1L01A 3HH4A 1QS9A 1L61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJIA 4H9CA 1CKHA 3OE9A 1GBOA 2Q9DA 3C8QA 1LSBA 3C7ZA 4XENA 232LA 4YENA 5KXLA 3CDTA 3G3XA 2RBSA 1LZ4A 189LA 1LZCA 1C6IA 2ZILA 1YANA 3G3VA 2XJWA 3TXEA 206LA 228LA 1LJGA 1HNLA 1LHIA 4LT3A 1PQMA 1P2CC 2I25L 1HFXA 1YKXX 2DQCY 1XGPC 3HH6A 2OU0X 3DN1A 4DD7A 1C7PA 1CU6A 1IY3A 2F2QA 143LA 2MEIA 1YAOA 245LA 1IWVA 1F0WA 1HF4A 4DD2A 3WU7A 3LYMA 4HJZA 4UWNA 1D6QA 3V2YA 1L10A 4OOOA 2RB0X 3EMSA 1KXXA 1L92A 1GB3A 1D9WA 1AT6A 1L27A 2MEDA 3A92A 5K7OA 3TXKA 1IWXA 3RUNA 1P2LA 1EQEA 4ARMA 5KXNA 195LA 212LA 2AUBA 5APFA 1L57A 250LA 3G3AB 1B7MA 4H94A 3C80A 1LMOA 2W1XA 1L69A 1QUGA 4DQ5A 1REYA 1LSCA 4UWUA 1XGUC 1YKZX 4DD0A 4EMNA 1C6EA 4DWXA 4YF2A 1XSFA 1SQ2L 3VWOA 4EXMA 1QT4A 2YBNA 217LA 1NMMA 4NGVA 2B7XA 1L70A 2MEFA 1REZA 2XTHA 4NGLA 1P6YA 4RW1A 2O7AA 2B73A 4LZTA 1G06A 3CB7A 2YBHA 5B1FA 1C6JA 1I20A 3LYZA 4DJHA 2OU8A 103LA 183LA 1FN5A 111LA 4C5FA 1NKHA 1RFPA 4DDAA 3A94A 1CU2A 2A7DA 1SLYA 3HBDA 3WPJA 5D5FA 1B2KA 1OUFA 1LZ1A 4PHIA 3D3DA 3HDFA 129LA 1KNIA 5I54A 1GB7A 4I7OA 5APDA 1K28A 2HEFA 1L23A 3SB9A 1UIAA 4I8SA 3N9AA 4EPIA 5DN5A 5DN4A 1IR7A 1XJUA 1GF4A 3A6BY 4Z98A 2MEHA 2LCBA 3HT7A 1CV6A 1GFHA 2RAZX 2H9JA 2Q0MX 3A6CY 1QTZA 1BHZA 1QUDA 3HTGA 2B74A 1GE1A 1DZBX 1BB5A 2A7FA 4DQ7A 8LYZA 4RW2A 3G3BB 2O79A 2B72A 2FBBA 1OYUA 4G4CA 1B7OA 2NWDX 1D3NA 2LZMA 1L47A 1G0LA 1VFBC 1XJTA 5FCPA 1LZ5A 4WG7A 4I7QA 1B7RA 5KY1A 1VEDA 4AGAA 220LA 1L40A 3WYHA 216LA 2B75A 4HPEA 1LZ8A 223LA 1W08A 1HEMA 1RJCB 4FJRA 2BQLA 1W6ZA 1LMTA 1L83A 1L24A 4RLNA 1V7TA 2QARC 4D9ZA 1L98A 1GF8A 2L78A 4TX7A 3WW6A 1DYBA 1EQ4A 1P37A 1YKYX 1I1ZA 1HFZA 3EMLA 2BQGA 3WXTA 1JKBA 1LSPA 1LYGA 259LA 1UICA 4ZIXA 3OK0A 1WTMA 1IR8A 1JTMA 3D4SA 1LZAA 5KXYA 1IY4A 4N1EI 1C6GA 3CSQA 119LA 3SBAA 2OE7X 3C82A 1JKAA 3P68A 243LA 1WQPA 3IWRA 5B07A 3N9CA 4ARQA 1DYFA 4QDNA 5KXKA 3SB6A 5LA8A 4Z41A 260LA 1L17A 2BAAA 1C6KA 235LA 1OV5A 2Z2EA 4OWEA 4O34A 1FLQA 5HNLA 4E97A 1XFPL 5APEA 1LHLA 1T6HA 165LA 138LA 1NBZC 4DKLA 5I4YA 229LA 4LYOA 1OUJA 215LA 1QS5A 154LA 5KJ9A 4PK0A 2BQNA 1L79A 4MCKA 5LVIA 3P4ZA 1REMA 4CFOA 1QIOA 5DL9A 162LA 1L60A 1L82A 2DQIY 1CV4A 2IFFY 1CKCA 1INUA 1DXJA 4N8ZA 1JUGA 4WLXA 3HT9A 1LJJA 1GDWA 2BLYA 120LA 1FLUA 172LA 1BQLY 3CT1A 1L48A 1L03A 1WVVA 1FDLY 5FDJA 1EPYA 3TXJA 1PQOA 2RBNA 1B7QA 3A90A 1GFUA 4W57A 1OVJA 1L13A 1P64A 1L07A 1BVXA 4B4JA 1UUZC 175LA 4EJ4A 3AZ6A 1IORA 1C61A 3WH1A 2OEAX 3CSRA 1LI2A 4NG1A 1L04A 1L42A 4H9EA 1L33A 1XEJA 3A34A 182LA 3W6EA 188LA 3P64A 1UCOA 1OUAA 3TMVA 1QSAA 4M4OA 1KXYA 5KXPA 1L52A 4G4HA 1L65A 4NHPA 4WO6A 1LZRA 3A96A 4P2EA 1JKDA 4R0FA 1BB7A 1RI8B 1QUTA 3DN0A 1TLAA 1XEIA 2ANXA 3L64A 4I7MA 1SWZA 3A93A 1UBZA 109LA 4QEQA 3F9LA 1GF6A 5FSTA 1ALCA 1AKIA 2F2NA 1CJ9A 127LA 1IWWA 139LA 1GFKA 2BQJA 1LJ3A 3WW5A 1WQQA 251LA 2WARA 4XJGA 4GCFA 1QS9A 4GN3A 1LZ9A 3CT5A 170LA 4WM5A 4H8ZA 252LA 5LA5A 1CV3A 1LKSA 1RCMA 1T8GA 1GFGA 2RB1X 3LZTA 126LA 4DD3A 3G3WA 1FKVA 3TXDA 3CDRA 1HELA 4I0CA 184LA 4H8YA 1J1OY 3AZ5A 3CSZA 1L26A 1RE2A 4N1CC 1GXXA 1LAAA 1VATA 2ZYCA 3CDQA 5AMYA 1IVMA 3RT5X 2F47A 2DKVA 1KY0A 4YOPA 1VDTA 4W55A 198LA 2LYMA 5FELA 3WU8A 1GF3A 214LA 4J7VA 1C10A 2HULA 3M18B 3P66A 178LA 1PQDA 2Z2FA 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3TXIA 1C62A 5D5CA 1T8FA 4WLDA 1QTVA 1L53A 4NGJA 1UIDA 3QNGA 1C6NA 4W54A 1L38A 2CUUA 1LZNA 5I14A 4GCBA 4WO9A 1H87A 1L28A 1L41A 3WMKA 3RU5A 1NQIA 5T3FA 1T3PA 4DDBA 1P5CA 2B6XA 4Z46A 2B6WA 1GD6A 5LVJA 240LA 3DN6A 1OP9B 1F6RA 3LYOA 4NHTA 2MECA 4OWAA 1FLWA 4GRVA 1L08A 4H9AA 1DI5A 1IP5A 1JSFA 1V7SA 176LA 2RSCA 3SN6R 2ZWBA 1I6SA 4ETBA 3GUKA 1B9OA 4H1PA 4AXTA 1LKRA 1C68A 1L94A 5J7CA 2YBIA 4NSHA 3SB7A 2I6ZA 3JR6A 3HH5A 1LMQA 4LYMA 1G0GA 1LYEA 5LAFA 1BB3A 1LGXA 1YAQA 1LZGA 4HTQA 1A2YC 4GBRB 1WTHA 4E3UA 2HTXA 4I7KA 1CJ8A 5F81A 4EOFA 2ZQ4A 2ZIJA 2YBJA 1J1XY 4DYGA 5I4XA 3MGWA 4MR1A 4TTDA 1DKKA 2ZNXY 3DMXA 1B5WA 3IJVA 4IJ4A 4NFVA 3WU9A 113LA 1P7SA 1YQVY 3FI7A 1KY1A 1YAMA 1IP4A 4XJHA 1G7MC 1L0JA 1YL0X 4OWBA 1JKCA 1VAUA 4J0LA 4N0JA 1B5XA 2HEEA 1SX7A 1GAZA 3AZ4A 5KXSA 4RLMA 1L46A 4U3XB 5E9RA 1BB6A 5HLLA 1L68A 231LA 2F4AA 3E3DA 5F9XA 1PS5A 2VB1A 4LGKA 3WVYA 2EQLA 1LSEA 2FYCA 2HUMA 1LPYA 1WQOA 225LA 5I5QA 5KKJA 1GF5A 2BQOA 1CV1A 1EQ5A 4XADA 1LZDA 1L99A 2GV0A 3T36A 1D3FA 3FA0A 3ZVQB 1UIGA 2D4KA 2Z6BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LJI A;  4H9C A;  1CKH A;  3OE9 A;  1GBO A;  2Q9D A;  3C8Q A;  1LSB A;  3C7Z A;  4XEN A;  232L A;  4YEN A;  5KXL A;  3CDT A;  3G3X A;  2RBS A;  1LZ4 A;  189L A;  1LZC A;  1C6I A;  2ZIL A;  1YAN A;  3G3V A;  2XJW A;  3TXE A;  206L A;  228L A;  1LJG A;  1HNL A;  1LHI A;  4LT3 A;  1PQM A;  1P2C C;  2I25 L;  1HFX A;  1YKX X;  2DQC Y;  1XGP C;  3HH6 A;  2OU0 X;  3DN1 A;  4DD7 A;  1C7P A;  1CU6 A;  1IY3 A;  2F2Q A;  143L A;  2MEI A;  1YAO A;  245L A;  1IWV A;  1F0W A;  1HF4 A;  4DD2 A;  3WU7 A;  3LYM A;  4HJZ A;  4UWN A;  1D6Q A;  3V2Y A;  1L10 A;  4OOO A;  2RB0 X;  3EMS A;  1KXX A;  1L92 A;  1GB3 A;  1D9W A;  1AT6 A;  1L27 A;  2MED A;  3A92 A;  5K7O A;  3TXK A;  1IWX A;  3RUN A;  1P2L A;  1EQE A;  4ARM A;  5KXN A;  195L A;  212L A;  2AUB A;  5APF A;  1L57 A;  250L A;  3G3A B;  1B7M A;  4H94 A;  3C80 A;  1LMO A;  2W1X A;  1L69 A;  1QUG A;  4DQ5 A;  1REY A;  1LSC A;  4UWU A;  1XGU C;  1YKZ X;  4DD0 A;  4EMN A;  1C6E A;  4DWX A;  4YF2 A;  1XSF A;  1SQ2 L;  3VWO A;  4EXM A;  1QT4 A;  2YBN A;  217L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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