4ARPA

Structure of the inactive pesticin e178a mutant
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
345
structure length
340
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFAGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
molecule keywords PESTICIN
total genus 102
structure length 340
sequence length 345
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arpA02
109LA 185LA 7LZMA 2OU8A 1JQUA 1G0KA 2F47A 1L21A 1C64A 206LA 3DMVA 3HH3A 3G3WA 1P2LA 1CV0A 3LZMA 1G0GA 205LA 2OTZX 2RB0X 3F9LA 3HDFA 3HH6A 1QUOA 3HH4A 1L77A 2B72A 1KW7A 261LA 1QTVA 169LA 225LA 111LA 3CDRA 149LA 254LA 191LA 3RZEA 4YX7C 1C6CA 1LYHA 1L94A 1L13A 2RBQA 1LYJA 1D3JA 2O79A 1LWKA 1QT4A 2OTYX 4I7SA 3HTDA 3C83A 3HUAA 2LCBA 1C6AA 1L67A 138LA 1OVJA 175LA 246LA 2Q9EA 157LA 5LZMA 1DYBA 1D9WA 1C68A 1PQKA 1T97A 1LYGA 1PQDA 250LA 1OV7A 1CUQA 2RBSA 217LA 1ZURA 4PJZA 174LA 147LA 3CDOA 3HT6A 123LA 126LA 160LA 2RBPA 1C6MA 1L27A 3C7ZA 1D3MA 2B74A 4DAJA 1CU0A 2NTGA 3OE6A 4I7LA 197LA 3NYAA 1QS5A 108LA 4ARQB 1PQIA 1L53A 6LZMA 1L37A 1T8GA 1QUHA 1L68A 1T8FA 1L52A 1L61A 3HU8A 1DYEA 210LA 114LA 3EMLA 1L22A 1L88A 249LA 253LA 4W57A 1L46A 1KW5A 3GUJA 1C6FA 4I7RA 1L18A 1C69A 188LA 242LA 4ARMB 4I7NA 3DN0A 1LGWA 1QUDA 231LA 247LA 155LA 141LA 1DYCA 1P36A 4DKLA 3OE8A 4W58A 3OE0A 1L08A 3GUNA 3L64A 1L98A 2B6WA 1QS9A 1C6IA 211LA 4I7PA 2OEAX 1L23A 251LA 1L71A 3NY8A 3C81A 2HULA 1C6GA 183LA 1C6LA 1L55A 4E97A 1C6JA 4AQNA 4I7OA 1SX2A 1WTHA 2B6YA 1G0PA 3HT7A 3GULA 3DMXA 255LA 1D2WA 1C60A 4EKPA 103LA 1L02A 1L82A 1KY1A 192LA 3FI5A 112LA 1LGXA 1PQJA 3HDEA 4GRVA 3GUOA 1LGUA 1L70A 1L16A 1L24A 220LA 1L87A 2RAZX 1G0MA 3C8RA 1QTHA 3DN8A 3DNAA 1OV5A 1L28A 1L45A 1ZYTA 1L25A 2O7AA 1PQMA 110LA 1L69A 1ZWNA 2RB1X 1L32A 4K5YA 1DYGA 1QUGA 3HT8A 1L33A 148LE 3HTBA 3SB9A 2B6ZA 1L38A 158LA 1L41A 1L50A 3DN3A 1CV5A 1OVHA 227LA 259LA 4W59A 189LA 200LA 1L57A 2OE4X 3GUMA 1L56A 219LA 1CX7A 166LA 1LI6A 4YXAC 3DN1A 1L0JA 237LA 3HH5A 4DJHA 224LA 137LA 3DN4A 129LA 172LA 4EPIA 1LLHA 1XJUA 3CDQA 131LA 2A4TA 240LA 1L65A 235LA 2OU9A 1C6EA 178LA 212LA 3OE9A 2RH1A 107LA 1C62A 239LA 1OVKA 3C8SA 164LA 1CU2A 140LA 1G07A 2B6XA 5I14A 1L97A 127LA 1L47A 233LA 1P5CA 198LA 2F32A 1KNIA 4EPFA 4EJ4A 4EKSA 1C66A 245LA 184LA 1P2RA 1B6IA 1C6DA 1L75A 3FA0A 1L00A 1CVKA 1QT6A 4ARLA 2ANXA 4W52A 2NTHA 113LA 2HUKA 3G3XA 4I7JA 1C6KA 181LA 2OE9X 171LA 3DKEX 1OWZA 3SB8A 1CV1A 209LA 1L66A 3DN2A 180LA 104LA 2IGCA 1L60A 232LA 4OO9A 1LI2A 1P37A 1C6NA 1G1WA 257LA 236LA 4LDOA 1QT5A 3G3VA 1C6HA 1P6YA 128LA 1QTCA 2O4WA 1L14A 4IAPA 146LA 2HUMA 143LA 1CV3A 3VW7A 1C63A 1L96A 1L10A 3HT9A 1L30A 162LA 1SSYA 1L63A 190LA 226LA 4S0WA 176LA 1L59A 1L43A 1L85A 1L83A 1L35A 1L34A 1L92A 1T6HA 4EXMA 2B75A 1LI3A 1L05A 1QT8A 2Z6BA 1CTWA 1KS3A 3C7YA 1C6TA 3SBBC 122LA 229LA 2RB2X 150LA 4W56A 1PQOA 2QARC 252LA 3CDTA 3DN6A 156LA 195LA 1L84A 1SWZA 230LA 3GUPA 1QSBA 3C80A 1C61A 3GUIA 182LA 1LWGA 1L0KA 1C67A 1L01A 1DYAA 260LA 1L11A 1CV4A 3DMZA 139LA 1L40A 1D2YA 3HU9A 186LA 1CU6A 1L29A 1L48A 1KY0A 1L44A 2B6TA 1P46A 119LA 1I6SA 1OYUA 4EKQA 4I7MA 4I7KA 1L79A 213LA 1CX6A 115LA 1L72A 4LDEA 3FADA 2ANVA 244LA 3F8VA 248LA 3PDSA 1L62A 3D4SA 4W51A 1P56A 1QTBA 168LA 125LA 201LA 167LA 215LA 1P64A 2F2QA 228LA 221LA 1L09A 1L31A 1G0LA 1L12A 216LA 2LC9A 3UONA 1L15A 1L20A 1L26A 1G06A 3RUNA 1CU3A 1QT3A 1CUPA 222LA 1SSWA 1L74A 1L81A 4GBRB 118LA 1L64A 1DYDA 258LA 1L80A 1L54A 3ODUA 3QAKA 3SB5A 1C6QA 241LA 1L76A 1LYIA 1JTNA 4ARQA 151LA 4I7QA 4ARJA 1G0QA 1L95A 262LA 2B73A 1EPYA 1SWYA 2OU0X 3HTFA 196LA 145LA 3V2YA 177LA 4LZMA 3K2RA 1L03A 1L89A 3PBLA 187LA 144LA 1G0JA 1LPYA 1D3NA 3HUKA 243LA 1CU5A 4ARPA 1L07A 2RBOA 1L93A 4ARMA 4W54A 163LA 2QB0B 1C65A 1XEPA 234LA 3C82A 256LA 214LA 120LA 1L49A 2CUUA 1P7SA 3HTGA 142LA 4EKRA 1L90A 1DYFA 102LA 3C8QA 1L36A 1QT7A 1T8AA 1LYFA 1L42A 2RAYX 4YXCA 1CV6A 1P3NA 1L73A 1L91A 1XJTA 1QSQA 2LZMA 2Q9DA 218LA 3V2WA 4W53A 1L17A 1L04A 3SN6R 1LYDA 1TLAA 1G1VA 3L2XA 3C7WA 4W55A 165LA 4I7TA 161LA 1L06A 2OE7X 4LDLA 152LA 1L19A 2B7XA 3SB7A 1NHBA 130LA 199LA 1LW9A 1L99A 3HWLA 1LYEA 223LA 4PK0A 173LA 1D3FA 2RBRA 1OWYA 4ZPUA 3JR6A 1C6BA 159LA 3SBAA 3CDVA 1JTMA 1C6PA 1L51A 2L78A 3NY9A 1QTDA 2B70A 2RBNA 1K28A 1SX7A 1L58A 1QTZA 238LA 170LA 3HUQA 1L86A 3SB6A 3GUKA 1L39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
9LYZA 4TUNA 3HH3A 1QTEA 3D3DA 3EXDA 4Z98A 3LZMA 1DZBX 1LSNA 3F9LA 1UA6Y 2LZTA 4PRUA 1LZEA 1HNLA 1QUOA 2EIZC 4N1EI 3ULRA 1GB0A 4CHXA 3HH4A 261LA 4RDSA 1XGTC 3CDRA 2A7FA 3W6FA 4XJBA 1IWXA 1VEDA 1DI3A 5C6IA 5KKIA 1FKVA 1LKSA 1F6RA 1GBOA 2MEHA 5I4YA 4B1AA 1HEWA 2G4PA 4LT3A 1L67A 157LA 5AMYA 2ZYCA 1T97A 2D4JA 250LA 3WH1A 2EKSC 3HT6A 3BKVA 123LA 126LA 1GE1A 2CGIA 4WO9A 2NTGA 197LA 4I7LA 4LYBA 1C45A 1BB6A 133LA 1L37A 4LYOA 1NF5A 4M6DA 1NDGC 1LJ3A 1L52A 1L61A 1DYEA 114LA 4ML7A 4FDYA 5DN5A 4FJRA 5T3FA 4W57A 1L46A 1KW5A 1RI8B 4DD3A 3TXBA 242LA 1UC0A 2BQMA 2YBMA 4DQ5A 4HTNA 4DQ7A 2B6WA 4N9RA 1IP7A 211LA 2OEAX 1RCMA 3RNXA 3NY8A 2HULA 183LA 3AB6A 1WTHA 3M3UA 1LJHA 255LA 2DQJY 3LYOA 4EKPA 4QY9A 103LA 1HSXA 2ZQ4A 192LA 3TMVA 1NBYC 2DQCY 1LZ5A 2Z37A 3EBAB 4GRVA 1LGUA 1L24A 220LA 1L87A 4G9SA 3DN8A 4GLVA 1GF7A 1UIEA 3LN2A 4ET9A 1YAOA 2FBBA 1L25A 2O7AA 2EPEA 1ZWNA 1GE4A 3ZVQA 4YENA 1L32A 4K5YA 1GFKA 2ZNXY 3HT8A 5KJ9A 5KXRA 1IX0A 4O34A 1VFBC 1L38A 1JWRA 158LA 1L41A 1LJEA 227LA 4W59A 1B7QA 1XSFA 4R6CA 4ETDA 4QDNA 1D6PA 5FELA 3AYQA 1LHJA 5APCA 4YXAC 237LA 153LA 1LSMA 4DJHA 4B4JA 172LA 2I25L 1YROA 1BQLY 2A4TA 134LA 3ZVQB 2OU9A 3CSQA 1JHLA 1GBWA 1A4VA 2YDGA 5IELA 135LA 1C62A 2NWDX 239LA 1G7HC 1WTNA 164LA 1CU2A 3C8SA 4H94A 127LA 1JITA 5KXZA 198LA 4EJ4A 4EKSA 1B6IA 1IWVA 1C6DA 3FA0A 1L00A 2VB1A 1LSZA 1CJ8A 1LZGA 113LA 181LA 2LHMA 1GF8A 1LOZA 1WQQA 6LYTA 1GEZA 5EBHA 3HBEX 1L60A 232LA 4OO9A 1LI2A 1P37A 4HV2A 2ZIKA 1V7TA 1NMMA 4W96A 5DL9A 4RW2A 1LZTA 1YKZX 4J7VA 4TX7A 3P66A 3VW7A 1L10A 1REZA 2YBIA 162LA 4ANRA 4LFPA 1SQ2L 1L59A 3B0IA 1LJIA 1NWGA 2F4AA 1L83A 1LI3A 2C8OA 1L05A 1IOQA 1CTWA 4NGJA 1GB8A 4NGIA 3AZ4A 4U3XB 3TXDA 2FYCA 1C6TA 2LZ2A 3ATNA 3WUAA 2RB2X 3G3BB 1HFYA 252LA 3CDTA 3DN6A 1L84A 1XFPL 1B9OA 2BQAA 4A7DA 1C61A 182LA 1C67A 1L01A 1WQMA 4GCCA 5F9UA 4NHSA 1L11A 1CV4A 139LA 1D2YA 3HU9A 3LHMA 1OUCA 1LPIA 3CT0A 194LA 1LTMA 1KIPC 1P46A 1I56A 1FLYA 1ALCA 2BQHA 248LA 1IEEA 1LJNA 1HFXA 201LA 221LA 1L09A 5F16A 216LA 1B7SA 132LA 1G06A 3RUNA 4Z3MA 1GB9A 5DN4A 222LA 1JKAA 1OUDA 2ZIJA 1B5YA 3G3AB 3OJPA 4G49A 4H8YA 1L54A 1EQEA 3KAMA 241LA 1GFRA 1LYIA 1JTNA 4II8A 5HMVA 1L95A 4OOTA 1CKGA 4PPOA 2B73A 1JKBA 4NSGA 3HTFA 196LA 2CWIA 1H87A 2HEFA 1B5VA 187LA 2Z39A 1G0JA 1RJCB 1JEFA 1GXXA 1NDMC 4ARMA 4WM5A 163LA 3C82A 2MEEA 2AUBA 1JJ3A 1L49A 4ETEA 1LSGA 3B72A 1DYFA 102LA 3CB7A 1QT7A 5ILCA 1J1PY 1L42A 1IY3A 3IJUA 4WLYA 2B5ZA 4N1CC 1UACY 218LA 5KXLA 1L04A 2N5ZA 1W08A 1CJ7A 3C7WA 1D0MA 4I7TA 1GFEA 1L06A 4LDLA 1LHKA 4H9HA 1NHBA 199LA 2BQDA 4PK0A 173LA 1C6BA 4XJFA 1B0DA 4IATA 1IP2A 1GF4A 4YEOA 3HUQA 1L86A 1GBYA 1TDYA 1OUEA 1GDXA 1LZSA 1JQUA 4DD1A 5HLLA 1YKYX 3J6KA 3DMVA 1P2LA 2YBJA 1CV0A 2Q0MX 1OUIA 2YVBA 3HDFA 1XGUC 5HQ1A 1LZ6A 1GF3A 2I6ZA 4LT2A 1KW7A 2BQJA 4HTKA 2D91A 111LA 1YANA 2HEEA 2F2NA 149LA 1LSDA 3TMWA 254LA 2XBSA 4NGYA 4YX7C 1LSEA 1L94A 5C6JA 4GCBA 1L13A 1GB2A 2DQHY 2ZNWY 1D3JA 1B5XA 1WQNA 2BPUA 5LYMA 1C6AA 1OVJA 2Q9EA 1DYBA 1C68A 5FCPA 2LYMA 5APFA 1PQDA 1CUQA 1ZURA 2HU1A 174LA 1IC7Y 147LA 5LIOA 2MEFA 2RBPA 3N9EA 3C7ZA 1GD6A 1AM7A 1JKCA 5LVGA 3BKHA 5D5FA 1IR8A 1ZVHL 3NYAA 1QUTA 1WQPA 4ARQB 4DQJA 4XN6A 1IWYA 1T8GA 1KXXA 1F6SA 4I8SA 3WYHA 1T8FA 1NHEA 3AZ5A 1G7JC 5LINA 1GEVA 1C6FA 1KIRC 4WOAA 188LA 2ZYPA 1HENA 4I7NA 1LGWA 231LA 141LA 1GB6A 4W58A 2D4KA 1L08A 3D9AC 5I4WA 4NEBA 3L64A 4H93A 1L98A 7LYZA 3AW7A 3IJVA 4DT3A 1FDLY 3C81A 1C6GA 1C6JA 4LYMA 4AQNA 4I7OA 1SX2A 4NWEA 3P68A 1BWHA 3GULA 3CSZA 4N5RA 3DMXA 1UBZA 1LZBA 1L02A 3LYZA 112LA 3B0KA 5KXPA 5FHWA 1LJKA 1P2CC 2HEDA 1L70A 1L16A 4NHPA 1QTHA 1GF5A 3DNAA 4WLTA 193LA 110LA 4XJGA 4BAPA 1GFAA 1JJ0A 1QQYA 3TXFA 3A93A 2B6ZA 3DN3A 1L50A 1CV5A 1WQRA 1B5UA 1YIKA 1GF0A 1L57A 1LHLA 3GUMA 219LA 3AZ6A 166LA 1OUBA 3HH5A 224LA 1IWUA 4EPIA 4RLMA 5LVJA 3CDQA 131LA 240LA 178LA 3OE9A 5J7CA 4ZIXA 5B07A 140LA 5I14A 5I54A 4OWAA 1G7IC 207LA 2F32A 1C66A 1JTPL 3W6DA 1UIAA 3VWOA 3WULA 5JENB 4ARLA 4H8XA 4XJIA 3A92A 4W52A 171LA 3DKEX 5KY1A 1B7LA 4C5FA 209LA 3A34A 1L66A 1OUGA 1IY4A 1TEWA 1B2KA 180LA 1D0KA 1C6NA 4LZTA 4LDOA 236LA 1QT5A 1C6HA 128LA 1QTCA 1GBZA 1FN5A 1L96A 3HT9A 4WLXA 5I53A 1LMPA 2FBDA 1OUFA 5I5QA 4P2EA 1IC5Y 4E3UA 1L43A 1L85A 1L92A 1I20A 4LYZA 4EXMA 2BLXA 4Z46A 4KXIA 5A3ZA 3P65A 3CT5A 1OQMA 1REXA 4H9IA 1IIZA 1IC4Y 4W56A 1REMA 1SWZA 1BGIA 1QUSA 4OWHA 4ETBA 2IHLA 2W1XA 2X0AA 4NSJA 3WPLA 3B0OA 1GF6A 1L40A 4G4HA 1L29A 1UIDA 1L48A 3AGIA 4EKQA 2MEDA 5KXXA 4I7MA 1GF9A 1AT5A 213LA 1D0LA 244LA 2LYZA 3D4SA 1DI4A 125LA 2F30A 3RW8A 1LZ8A 1GWDA 2F2QA 4HJZA 5FSTA 4I0CA 1QT3A 1TCYA 2ZWBA 1IP6A 4WO6A 1T3PA 4GBRB 1LJGA 3W6EA 3ODUA 3LYMA 4NY5A 2W1MA 4MSTA 4GCEA 154LA 1F10A 3P64A 4I7QA 5LXWA 4ARJA 1G0QA 1BVXA 5APEA 262LA 1EPYA 1SWYA 1HEQA 1N4FA 145LA 3LZTA 3TXEA 3K2RA 4HV1A 4GN3A 2RBOA 1L93A 4NG8A 1C65A 1XEPA 4YOPA 4NIJA 1FKQA 3FE0A 1P7SA 4D9ZA 1DKJA 1XEIA 3HTGA 3C8QA 1L36A 2H5ZA 1BVKC 1CV6A 2Z19A 1LMQA 1C43A 1XJTA 5HNCA 1GFGA 2LZMA 4UWUA 2Q9DA 3WU8A 4B4IA 3SN6R 1HMLA 4B49A 1O23A 4GCFA 2XJWA 2OE7X 2D6BA 152LA 1L19A 1HELA 1C7PA 3SB7A 130LA 1IWTA 1LW9A 1L99A 223LA 2H9JA 4WL7A 5B1FA 1GE2A 3JR6A 1LMAA 1GFVA 4YEMA 1L51A 4WM2A 1IORA 1SX7A 1L58A 1QTZA 170LA 1QSAA 4J1AA 3GUKA 1H6MA 1G7MC 5D5CA 109LA 7LZMA 2OU8A 5LAFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 9LYZ A;  4TUN A;  3HH3 A;  1QTE A;  3D3D A;  3EXD A;  4Z98 A;  3LZM A;  1DZB X;  1LSN A;  3F9L A;  1UA6 Y;  2LZT A;  4PRU A;  1LZE A;  1HNL A;  1QUO A;  2EIZ C;  4N1E I;  3ULR A;  1GB0 A;  4CHX A;  3HH4 A;  261L A;  4RDS A;  1XGT C;  3CDR A;  2A7F A;  3W6F A;  4XJB A;  1IWX A;  1VED A;  1DI3 A;  5C6I A;  5KKI A;  1FKV A;  1LKS A;  1F6R A;  1GBO A;  2MEH A;  5I4Y A;  4B1A A;  1HEW A;  2G4P A;  4LT3 A;  1L67 A;  157L A;  5AMY A;  2ZYC A;  1T97 A;  2D4J A;  250L A;  3WH1 A;  2EKS C;  3HT6 A;  3BKV A;  123L A;  126L A;  1GE1 A;  2CGI A;  4WO9 A;  2NTG A;  197L A;  4I7L A;  4LYB A;  1C45 A;  1BB6 A;  133L A;  1L37 A;  4LYO A;  1NF5 A;  4M6D A;  1NDG C;  1LJ3 A;  1L52 A;  1L61 A;  1DYE A;  114L A;  4ML7 A;  4FDY A;  5DN5 A;  4FJR A;  5T3F A;  4W57 A;  1L46 A;  1KW5 A;  1RI8 B;  4DD3 A;  3TXB A;  242L A;  1UC0 A;  2BQM A;  2YBM A;  4DQ5 A;  4HTN A;  4DQ7 A;  2B6W A;  4N9R A;  1IP7 A;  211L A;  2OEA X;  1RCM A;  3RNX A;  3NY8 A;  2HUL A;  183L A;  3AB6 A;  1WTH A;  3M3U A;  1LJH A;  255L A;  2DQJ Y; 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