4ARPA

Structure of the inactive pesticin e178a mutant
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
345
structure length
340
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFAGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 102
structure length 340
sequence length 345
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arpA02
1DYFA 257LA 1D9WA 2B74A 1G07A 1L77A 1ZWNA 262LA 1L62A 4W56A 3HTBA 1C6MA 176LA 206LA 2B72A 1L20A 4YXAC 184LA 4LDLA 219LA 1L17A 1PQMA 2OU9A 1LWGA 2RB2X 1P3NA 4EKRA 199LA 3HH4A 1L48A 1L0JA 170LA 156LA 4IAPA 1CV5A 1L94A 1KY1A 2RBSA 3SBAA 1L01A 3HDEA 3L2XA 2B73A 2QB0B 4EPIA 1C64A 1D2WA 1L12A 3EMLA 4ARPA 1L70A 1L59A 122LA 1QS9A 1L85A 1PQJA 1K28A 1L07A 4EXMA 3HUAA 3GUPA 1L14A 145LA 1SWYA 2ANXA 2OU0X 3F8VA 244LA 1L74A 242LA 1L19A 3GUIA 3SB7A 189LA 1LYEA 1P7SA 1L60A 1T8GA 2B6TA 174LA 1T8AA 2RB0X 192LA 1L83A 216LA 3RZEA 3K2RA 1L36A 247LA 181LA 4ARLA 1C6IA 215LA 1L99A 3DN0A 3GUOA 161LA 3NYAA 1L08A 2ANVA 2B6ZA 4I7OA 261LA 1L98A 1NHBA 1L32A 1L47A 235LA 3CDRA 1C6JA 178LA 2IGCA 1KNIA 1G0PA 141LA 1PQKA 1C69A 1QS5A 1CV3A 3HDFA 2HUMA 1L15A 1L58A 1L71A 2NTGA 3C7WA 1C6PA 205LA 3DN2A 1L29A 3CDQA 1L90A 2B6XA 1C68A 2L78A 3UONA 1G0KA 1OV7A 2RBNA 111LA 1LYHA 229LA 1CX7A 1L80A 3CDTA 4EJ4A 2OTZX 2OE4X 233LA 1D3MA 2LCBA 4PK0A 1SSYA 3V2YA 1XJUA 4W52A 1L18A 1L86A 1T6HA 4LDOA 1CVKA 1L37A 160LA 2LZMA 1L88A 144LA 1CV1A 1P5CA 2QARC 3HH5A 1CX6A 6LZMA 1C6QA 4ARMB 1L54A 4ARQA 4ARMA 1L52A 155LA 4DKLA 245LA 2B6WA 3DN1A 1L92A 3FI5A 188LA 3GUNA 200LA 220LA 2B70A 1L06A 1ZYTA 1L44A 1KY0A 1L76A 1C65A 236LA 239LA 2Q9EA 1QTHA 1D3NA 169LA 201LA 3SBBC 1L55A 2Q9DA 253LA 1ZURA 1C6FA 1OVKA 2RBOA 3RUNA 3C7YA 3DKEX 1OVHA 197LA 3HTGA 164LA 1DYDA 1L43A 118LA 211LA 1P36A 238LA 1P2LA 2F2QA 1CUQA 1CUPA 4YXCA 4LZMA 157LA 198LA 1L33A 138LA 3OE8A 260LA 1L42A 1C62A 213LA 104LA 1LI3A 1QT4A 1PQOA 1QT8A 214LA 112LA 1LYJA 1L45A 3HT7A 195LA 4ZPUA 4I7SA 1QT3A 1DYBA 1C6TA 1QSBA 1LPYA 3DMZA 3FA0A 109LA 1T8FA 2B6YA 3FADA 1LI2A 1SX7A 128LA 252LA 3C83A 230LA 2B75A 3HT6A 1C6AA 1QSQA 3ODUA 2OU8A 2RB1X 147LA 1OV5A 1P37A 2RAYX 3DN4A 4I7QA 234LA 1TLAA 2OEAX 4GRVA 119LA 1C61A 1L34A 1CU6A 1CV4A 1LYFA 1C6DA 3D4SA 231LA 126LA 1LYGA 1QTVA 1C6GA 227LA 255LA 183LA 139LA 114LA 4YX7C 137LA 1JTMA 4I7LA 1LGXA 1DYCA 1L56A 3G3XA 2O79A 232LA 1QUHA 102LA 1L49A 1L93A 3SB6A 1L31A 3JR6A 4EKPA 1LGWA 1JTNA 3SB9A 210LA 1KS3A 1I6SA 259LA 222LA 1QT7A 4DAJA 1L73A 3QAKA 120LA 1LLHA 4I7RA 150LA 1C6BA 4W59A 1PQIA 1QUGA 1C6EA 1QTDA 168LA 3HWLA 3OE6A 3LZMA 1G1WA 158LA 148LE 107LA 4W53A 4W54A 1L25A 1KW7A 1QT5A 1DYGA 4LDEA 3L64A 4S0WA 1G06A 1L69A 4ARJA 3G3WA 4EKSA 103LA 2F47A 246LA 5I14A 4I7TA 1C67A 3NY8A 2O7AA 1B6IA 1L00A 251LA 1XJTA 258LA 146LA 1G0MA 113LA 1T97A 127LA 1L16A 1QT6A 1L21A 3C80A 3C8RA 129LA 3VW7A 172LA 1EPYA 1CU5A 1OWZA 3NY9A 1CV0A 1LI6A 1L24A 3F9LA 1L03A 2HULA 3C8QA 1L04A 1L79A 1LYIA 1C60A 1D2YA 4W51A 241LA 1CV6A 3DMVA 165LA 1L67A 2B7XA 1CU0A 1L10A 4PJZA 1D3FA 2NTHA 3CDOA 1L30A 3DN6A 1L39A 1L57A 1L89A 226LA 1L82A 149LA 1L50A 256LA 3C7ZA 250LA 1G1VA 173LA 1P56A 1SWZA 1OWYA 191LA 2OE7X 151LA 3HUKA 1KW5A 1C6KA 159LA 1JQUA 110LA 1L63A 1L84A 3OE9A 1P46A 1D3JA 2LC9A 1P64A 1C66A 3HH6A 1L27A 1L40A 1G0QA 3HT9A 1C6NA 4I7MA 1CU3A 224LA 131LA 185LA 4W55A 3HT8A 1G0LA 4W57A 1LGUA 1L02A 140LA 1L51A 3GUKA 3SB5A 1L41A 3SN6R 218LA 2Z6BA 1QUDA 3PBLA 3DN8A 7LZMA 2RBQA 123LA 1P6YA 3C81A 3OE0A 182LA 186LA 1QUOA 4I7KA 1L96A 3PDSA 4W58A 130LA 3V2WA 1C6LA 1L28A 190LA 187LA 1L05A 1L0KA 163LA 1C63A 228LA 3HTFA 2F32A 4DJHA 1QTCA 1QTZA 152LA 3HU9A 3GUMA 1L81A 2RBPA 1PQDA 3HU8A 143LA 4EPFA 2A4TA 3GULA 3CDVA 1L38A 1L11A 2RBRA 1QTBA 4I7PA 177LA 1L35A 1XEPA 217LA 2OE9X 3DN3A 1L64A 5LZMA 1L66A 4AQNA 108LA 212LA 1LYDA 223LA 209LA 171LA 142LA 1L72A 2OTYX 175LA 237LA 4I7NA 1SSWA 3C8SA 1L87A 1OVJA 1DYAA 115LA 166LA 1CTWA 1L68A 243LA 1OYUA 1L26A 4ARQB 1C6CA 162LA 254LA 1L97A 1L23A 240LA 1L75A 2RAZX 1WTHA 180LA 249LA 3DMXA 221LA 1L09A 1LWKA 3C82A 4OO9A 167LA 125LA 1L46A 1L65A 1L61A 4E97A 1SX2A 3SB8A 248LA 196LA 1C6HA 1L13A 1L22A 4EKQA 2CUUA 1P2RA 1CU2A 3G3VA 4K5YA 1L91A 2O4WA 3HTDA 1G0JA 225LA 3HH3A 3HUQA 1L95A 3GUJA 4I7JA 2HUKA 4GBRB 1DYEA 2RH1A 3DNAA 1G0GA 1L53A 1LW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B74A 4XJDA 1L62A 1IWXA 132LA 206LA 2BLYA 3AB6A 184LA 1XGUC 219LA 1PQMA 2MEAA 1FLYA 4XJGA 2RB2X 1EQ5A 1L48A 1GBYA 2YBLA 2RBSA 1F10A 2B73A 4EPIA 2DQCY 1D2WA 1LSYA 4ARPA 2LYMA 2ZQ3A 1PQJA 1K28A 5A3ZA 4J1AA 1LZYA 244LA 2CGIA 242LA 3A34A 1VFBC 1IWYA 1FDLY 5LA8A 1LYEA 4Z41A 1NKHA 1XGQC 2LYZA 3A90A 3TMWA 1L60A 2B6TA 3BKHA 4U3XB 1GBOA 3G3AB 1DI3A 3E3DA 1QUSA 1CNSA 1L99A 3WU9A 4OWHA 1IC4Y 4I7OA 1YILA 4H9AA 1L32A 1L47A 3CDRA 2W1MA 2D4IA 1KNIA 3WUNA 1GFUA 1LZ8A 5C6LA 1L58A 5IELA 2NTGA 1L90A 1OV7A 1LSEA 229LA 1CX7A 4DD1A 1WQNA 2OTZX 4NGIA 2OE4X 3EO5A 1UIDA 1QSWA 2HUBA 3AW7A 3K3TA 1XJUA 1YKZX 4DD2A 4C5FA 3SP3A 3HH5A 5C6JA 6LZMA 4ARMB 4ARQA 1BVXA 4DKLA 3B0KA 1OUEA 3VWOA 1L92A 5B1GA 1CKFA 1OUGA 220LA 1REMA 4WL6A 5APDA 1OUIA 169LA 201LA 2MECA 4RLMA 3C7YA 3DKEX 2AUBA 1IORA 1OVHA 1YROA 3HTGA 164LA 5KKJA 1UIEA 1L43A 1LHLA 2ZILA 133LA 3A93A 238LA 3ATOA 1IWZA 1P2LA 1CUQA 4HJZA 1LCNA 1LJGA 2Z18A 157LA 3WMKA 1HF4A 1L42A 5HMJA 104LA 1QT8A 214LA 1B7SA 112LA 1INUA 1LZNA 1L45A 195LA 4I7SA 1IR7A 3FA0A 1GB7A 1LZ9A 4DQ7A 1LI2A 1LSMA 5KXRA 1JSFA 2BPUA 3HT6A 4YENA 2Z39A 2OU8A 147LA 3IJVA 1OV5A 2RAYX 2G4QA 1HEWA 2MEEA 1GFVA 2DQGY 4DDBA 1C61A 2DQJY 3FE0A 4G9SA 4YM8A 1CU6A 4M4OA 2D6BA 3D4SA 4DD0A 1D6QA 1LYGA 227LA 1NWGA 139LA 1LMAA 114LA 1IWUA 4I7LA 1LGXA 5K7OA 2XBRA 3ATNA 3TMUA 3WXUA 4E3UA 1L93A 3SB6A 3JR6A 1GXV2 2H9KA 1WTMA 1GFHA 1HSXA 5APFA 5I5QA 1DPWA 1DI5A 3QY4A 1JTTL 1B7OA 1LJJA 1I56A 4X3BA 2BQKA 3LZMA 1I1ZA 1L25A 4LDEA 1L69A 3G3WA 5LVKA 5I4YA 4G4HA 4WM2A 4NG8A 1UIHA 1C43A 1OUDA 2O7AA 1JIYA 1YAMA 4ETEA 258LA 113LA 127LA 1GBXA 1IP3A 1EPYA 1CU5A 4B4EA 2BQMA 1UC0A 3TMXA 5LVHA 1DQJC 3F9LA 1GFRA 3C8QA 1LYIA 1JKCA 1UICA 1FLUA 4NIJA 4WM1A 2F30A 165LA 2B7XA 5LYMA 3BKVA 4PJZA 1T3PA 1LKRA 1L57A 1MLCE 1SQ2L 1LJNA 1AM7A 3C7ZA 4NSJA 2EIZC 2HTXA 1LZBA 1P56A 3B0IA 191LA 2OE7X 3ZEKA 2BQEA 3J6KA 3TXGA 1IX0A 159LA 110LA 4XN6A 2ZIJA 3AGGG 3T36A 5D5CA 5KJ9A 1LMNA 1HMLA 4Z98A 1L27A 1L40A 1G0QA 5KXYA 1DKKA 4H8ZA 1CU3A 224LA 2A7FA 185LA 2MEGA 2CDSA 4GLVA 1IOTA 140LA 3SN6R 218LA 1QUDA 3DN8A 2RBQA 1LSDA 123LA 1NDMC 3C81A 1W6ZA 4H1PA 4BS7A 4I7KA 4NGKA 1WQQA 1IVMA 5KXLA 2MEDA 3PDSA 4ML7A 130LA 5E4PA 1KXWA 1L28A 5AMYA 1IR9A 1L05A 4GCDA 163LA 228LA 3HTFA 2F32A 1DXJA 1KXYA 3TXEA 4NEBA 143LA 2RBRA 1L35A 4NGOA 2W1YA 1L66A 4HP0A 1DPXA 1BGIA 209LA 171LA 4WOAA 1GFAA 1HEMA 2DQEY 1IWVA 1YIKA 1OVJA 1GF8A 4N8ZA 3AGHA 1OYUA 1REXA 1L26A 5B05A 2MEFA 1QUTA 254LA 1LSPA 1GBZA 5D5FA 180LA 1XEKA 3DMXA 4RLNA 4YOPA 4N0JA 4WG7A 1GF3A 2XJWA 4E97A 4CJ2A 3A8ZA 3SB8A 1GF6A 1LAAA 5ILCA 4HTNA 1WQMA 1P2RA 4H9IA 1IOQA 4K5YA 1L91A 5L9JA 3HTDA 225LA 3P64A 4NGJA 1L95A 3GUJA 1RFPA 1OUCA 4G4BA 1DYEA 2HEAA 1CJ9A 3FI7A 207LA 1L53A 1LW9A 1CTWA 4IJ4A 1CJ6A 2FBDA 3AZ6A 3B0OA 1C6MA 1LZGA 2B72A 1GF4A 1GBSA 1HEOA 1L17A 3AZ5A 1QDRA 4IATA 3RU5A 4EKRA 1L94A 5L3HA 1JISA 1L01A 3HDEA 1L12A 3EMLA 1UACY 1JITA 122LA 2LYOA 1QS9A 2CJLA 1L85A 1L07A 3GUPA 4LT1A 4RDSA 4CHXA 2OU0X 3F8VA 1L74A 5DLAA 2I25L 3GUIA 4DD3A 3SB7A 1BB7A 3RT5X 5ILFA 1P7SA 4H9BA 3W3EA 1QQYA 1T8AA 216LA 153LA 1WVVA 1IWTA 1LYYA 2ANVA 1QTEA 2B6ZA 261LA 3AZ7A 1DKJA 235LA 1O23A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B74 A;  4XJD A;  1L62 A;  1IWX A;  132L A;  206L A;  2BLY A;  3AB6 A;  184L A;  1XGU C;  219L A;  1PQM A;  2MEA A;  1FLY A;  4XJG A;  2RB2 X;  1EQ5 A;  1L48 A;  1GBY A;  2YBL A;  2RBS A;  1F10 A;  2B73 A;  4EPI A;  2DQC Y;  1D2W A;  1LSY A;  4ARP A;  2LYM A;  2ZQ3 A;  1PQJ A;  1K28 A;  5A3Z A;  4J1A A;  1LZY A;  244L A;  2CGI A;  242L A;  3A34 A;  1VFB C;  1IWY A;  1FDL Y;  5LA8 A;  1LYE A;  4Z41 A;  1NKH A;  1XGQ C;  2LYZ A;  3A90 A;  3TMW A;  1L60 A;  2B6T A;  3BKH A;  4U3X B;  1GBO A;  3G3A B;  1DI3 A;  3E3D A;  1QUS A;  1CNS A;  1L99 A;  3WU9 A;  4OWH A;  1IC4 Y;  4I7O A;  1YIL A;  4H9A A;  1L32 A;  1L47 A;  3CDR A;  2W1M A;  2D4I A;  1KNI A;  3WUN A;  1GFU A;  1LZ8 A;  5C6L A;  1L58 A;  5IEL A;  2NTG A;  1L90 A;  1OV7 A;  1LSE A;  229L A;  1CX7 A;  4DD1 A;  1WQN A;  2OTZ X;  4NGI A;  2OE4 X;  3EO5 A;  1UID A;  1QSW A;  2HUB A;  3AW7 A;  3K3T A;  1XJU A;  1YKZ X;  4DD2 A;  4C5F A;  3SP3 A;  3HH5 A;  5C6J A;  6LZM A;  4ARM B;  4ARQ A;  1BVX A;  4DKL A;  3B0K A;  1OUE A;  3VWO A;  1L92 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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