4ARQA

Structure of the pesticin s89c, s285c double mutant
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNFITIALPHYVNLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVCYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFCDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
molecule keywords PESTICIN
total genus 113
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arqA02
1L17A 3V2WA 1L46A 1L52A 1L02A 3HH4A 108LA 229LA 1DYDA 246LA 3ODUA 1OVHA 1L59A 1C6AA 1L16A 1LYIA 249LA 3SB6A 1L65A 261LA 3OE8A 3CDOA 3HDEA 3CDTA 1D3FA 239LA 4W54A 1L62A 1L36A 3NY8A 1L70A 3HWLA 248LA 1OWZA 1CV5A 161LA 3HTGA 3DN0A 4W57A 1D9WA 1L93A 200LA 145LA 148LE 2B6ZA 1SSWA 232LA 1LYJA 155LA 150LA 2OE7X 1I6SA 4ARLA 4ARQA 1KY0A 1LI6A 1XJTA 4EKQA 102LA 1CU0A 1QS5A 213LA 3SBAA 1XJUA 3SB5A 4ARJA 254LA 205LA 1PQDA 1T97A 1TLAA 1L55A 1L87A 1EPYA 4S0WA 1CUQA 1QT7A 1L15A 1CV3A 2ANXA 260LA 224LA 1PQOA 1QSBA 1C67A 209LA 1CX6A 1C63A 1QT5A 1L95A 2NTHA 3GUPA 256LA 252LA 2B73A 230LA 1L34A 192LA 1C68A 1L69A 1LYGA 1LWKA 1SSYA 2HUKA 2Z6BA 3OE0A 1L75A 1L72A 4I7TA 1D3NA 1PQJA 3QAKA 3SN6R 4AQNA 1L23A 1KY1A 2RAYX 1CX7A 240LA 3DKEX 4EJ4A 2IGCA 4W52A 216LA 1CV4A 1G0QA 4LDOA 2OU0X 1L68A 1JQUA 3F8VA 1D2YA 4ARMB 3NY9A 1KW5A 1L45A 4W59A 2NTGA 4IAPA 1L07A 3C81A 1L88A 1L47A 4I7JA 1L89A 1LGXA 1L66A 3GUMA 141LA 1L76A 1L38A 3SB9A 167LA 2F32A 2RBSA 3HTDA 1P56A 1PQIA 3DN1A 1PQMA 3LZMA 1C6LA 2B6YA 2B6WA 1G1WA 1OV7A 1SWYA 182LA 1P36A 253LA 2B6TA 2OE9X 2B70A 4I7RA 2QB0B 1L80A 2OTZX 1T6HA 2L78A 181LA 137LA 119LA 1G07A 2O7AA 1LYFA 164LA 1QUOA 160LA 149LA 1C62A 3C8QA 1C64A 1P5CA 3DN8A 1L48A 186LA 1G0PA 1XEPA 168LA 1P7SA 3GUOA 199LA 158LA 113LA 1CV0A 3FA0A 1OV5A 3FADA 212LA 3PBLA 251LA 151LA 201LA 3HUKA 1C66A 1ZWNA 1K28A 126LA 1L58A 1L43A 5I14A 1L26A 1L14A 3G3VA 3DMVA 3DMZA 1L12A 1CTWA 1G0LA 258LA 3HDFA 1L37A 1ZURA 1DYCA 1L42A 1G0GA 156LA 112LA 3DN2A 143LA 3C80A 3DN4A 3GUIA 4I7NA 1SX7A 1P37A 3PDSA 2B72A 3G3WA 1LGUA 228LA 1QUDA 1T8AA 3VW7A 122LA 4EXMA 1CU3A 259LA 3F9LA 4I7PA 139LA 1L94A 4DJHA 3CDVA 231LA 250LA 1G0JA 176LA 1L32A 190LA 183LA 1C6JA 1QS9A 1L57A 2Q9EA 170LA 2B7XA 4YX7C 3OE6A 2RBNA 3UONA 185LA 191LA 1L06A 1L25A 4EKPA 2Q9DA 2LZMA 114LA 198LA 1L84A 1LPYA 2B75A 142LA 1G0KA 2RBOA 3CDRA 217LA 4PK0A 4YXAC 3C7YA 4PJZA 1L71A 4E97A 1QTZA 4GBRB 3DN3A 1SWZA 165LA 163LA 1C6BA 1QT6A 226LA 4W53A 3HT8A 1P6YA 3HUAA 233LA 2QARC 1CV6A 1CU6A 255LA 171LA 4DAJA 2RBRA 245LA 1LYEA 3SB8A 1L18A 1QTHA 1QSQA 1LWGA 2LC9A 147LA 1L04A 1D3MA 115LA 1KNIA 1C65A 3FI5A 1LLHA 4EKSA 3HTBA 172LA 2F2QA 1L29A 234LA 4W56A 4EPFA 2OE4X 128LA 1L63A 3HT6A 1QT3A 1L03A 4I7OA 1L08A 1L22A 3EMLA 1OYUA 1C6GA 1L74A 140LA 3K2RA 4YXCA 2OEAX 4ZPUA 4LDEA 238LA 109LA 3CDQA 1P2LA 3HTFA 130LA 237LA 1C6MA 1C6NA 1L13A 1DYEA 1P64A 3L2XA 1C60A 177LA 3SB7A 1CU5A 159LA 4K5YA 4DKLA 3C7ZA 241LA 4ARQB 211LA 2RB0X 1G1VA 1P46A 3GULA 1L44A 242LA 1L77A 1L30A 3SBBC 118LA 111LA 7LZMA 1CUPA 1C61A 1L83A 4ARMA 1L79A 1LYHA 1L39A 1L97A 236LA 1C6FA 1QTDA 3GUNA 4LZMA 1D3JA 3GUJA 1L01A 120LA 103LA 219LA 3HU8A 107LA 197LA 1C6HA 247LA 1OWYA 2RB2X 1G0MA 2HUMA 1WTHA 3DMXA 2A4TA 225LA 127LA 3RUNA 144LA 1LI2A 4W58A 129LA 4GRVA 1L81A 1JTNA 4I7QA 1SX2A 1L0KA 3HT7A 1L67A 1C6TA 1L11A 1L92A 1CV1A 1C6IA 1G06A 1LW9A 2ANVA 2RBPA 1C6KA 2RH1A 1L56A 1DYAA 138LA 1JTMA 175LA 3C82A 1C6CA 2OU9A 1DYGA 3C7WA 1L53A 3DN6A 3V2YA 3HU9A 1DYBA 4W55A 2F47A 195LA 1PQKA 2HULA 1L98A 2O79A 131LA 125LA 2B6XA 2RAZX 1L19A 1C6EA 1L28A 1QT8A 1NHBA 4OO9A 104LA 221LA 1C6PA 1L33A 1QUHA 3DNAA 1QTVA 4I7LA 110LA 1L51A 235LA 3G3XA 184LA 1L61A 2RB1X 1LGWA 187LA 3L64A 188LA 222LA 166LA 218LA 4LDLA 178LA 1L40A 1C69A 152LA 1L91A 1L99A 3HH5A 3HT9A 1QTBA 1C6QA 1QUGA 1OVKA 1L09A 1T8FA 5LZMA 1DYFA 173LA 1L82A 189LA 1OVJA 2O4WA 1L54A 3C8RA 1KW7A 180LA 1T8GA 2RBQA 1ZYTA 1L31A 2OU8A 1L24A 4ARPA 1LYDA 2LCBA 1L60A 1LI3A 4EKRA 1L90A 169LA 1L27A 1L0JA 210LA 1L35A 1P3NA 3HH6A 1QT4A 223LA 1L96A 3NYAA 1L21A 123LA 1P2RA 1C6DA 3HH3A 3OE9A 244LA 220LA 1B6IA 262LA 146LA 3GUKA 4EPIA 1L10A 1L20A 1L64A 1KS3A 196LA 1CU2A 157LA 3HUQA 2B74A 3C8SA 6LZMA 1L50A 3JR6A 257LA 1L73A 1L49A 1L05A 4W51A 1L85A 4I7MA 3RZEA 227LA 1L86A 4I7SA 1L00A 1QTCA 2CUUA 3C83A 4I7KA 1CVKA 174LA 215LA 3D4SA 162LA 2OTYX 206LA 1L41A 214LA 243LA 1D2WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XADA 1LHKA 1L52A 1L02A 1LZNA 1LHLA 3EXDA 4NWEA 1C6AA 3SB6A 1D6QA 1L65A 1DQJC 1LMQA 3OE8A 3CDOA 4OWBA 4ETDA 1L36A 4UWUA 4H9EA 200LA 145LA 232LA 155LA 4DQ5A 4RLMA 1I6SA 1BB6A 1HELA 1QDRA 2BQGA 4TX7A 213LA 1IVMA 3SBAA 4XJHA 3SB5A 254LA 205LA 1QQYA 4N8ZA 1T97A 1B7NA 1IP1A 2HU3A 2Z2EA 3WW6A 4S0WA 4BAFA 1CJ7A 3AJNA 1T6VL 1CX6A 1C63A 3GUPA 230LA 1L34A 2LYZA 2MEFA 3SN6R 1HNLA 5HNLA 4H9IA 4LYTA 1CV4A 4ET9A 4ARMB 4WLTA 9LYZA 5I4WA 3CSZA 1L88A 4I7JA 1LJNA 5LIOA 1C43A 1GBWA 3GUMA 4RLNA 4Z46A 4XJGA 4H9AA 2YBLA 1DXJA 4NHPA 1P56A 1JJ0A 1P2CC 1PQMA 2B6WA 1G1WA 1SWYA 1KXYA 2B6TA 1IX0A 1RJCB 1N4FA 2ZWBA 4FJRA 1B2KA 2HU1A 1HERA 1EQ5A 3W6BA 149LA 2BQLA 1YROA 5F14A 2C8OA 4CFOA 3DN8A 1XEPA 199LA 2LHMA 4I0CA 158LA 4HJVA 1OV5A 3FADA 3LYMA 251LA 151LA 201LA 3HUKA 5APEA 1ZWNA 1NDMC 1B7QA 4G4HA 1B9OA 2LYMA 2LZTA 4XYYA 1HMLA 1JTTL 5DN4A 5I14A 2DQJY 3G3VA 1ZVHL 1B5XA 5HQ1A 3HDFA 2W1MA 1G0GA 1GBSA 3RNXA 143LA 1GFHA 1SX7A 2B72A 3G3WA 1LGUA 228LA 1JISA 1GB9A 1QDTA 4LYBA 4UWVA 259LA 4PRQA 1E8LA 5B1FA 2BQHA 5LA5A 1GBOA 5L3HA 1QS9A 4GCFA 4YEOA 1RCMA 4HPEA 170LA 5FDJA 1GF4A 3P64A 1IC4Y 1GF8A 4NG8A 4YX7C 4DC4A 3OE6A 185LA 3MGWA 2LZMA 3A96A 1L84A 1BWIA 4J1BA 2RBOA 4YM8A 5KXOA 165LA 1OUGA 1QT6A 3EO5A 226LA 2MEDA 3HUAA 2QARC 3W6DA 3TXFA 1CU6A 1LWGA 2LC9A 1L04A 4HTNA 4Z98A 4NGOA 1IC5Y 2F2QA 4H8ZA 1B5ZA 2OE4X 128LA 1L63A 1LHIA 1L03A 1YANA 4I7OA 1JTPL 3HBHA 1HEPA 1C6GA 4TTDA 3A94A 1B0DA 4DD9A 1WQMA 3LN2A 3AZ4A 2N5ZA 1P2LA 3CDQA 4HP0A 1OUJA 5M1YA 3L2XA 3SB7A 159LA 5DN5A 3WUMA 4GCEA 2RB0X 3A91A 1PS5A 1L44A 4DDCA 2MEBA 3OK0A 1REMA 132LA 1HFXA 4YOPA 1CUPA 3TXEA 2D91A 1C61A 4XJBA 2F4AA 3QE8A 1C6FA 4PHIA 1CKGA 3W3EA 1D3JA 1FLUA 1C6HA 247LA 5DM9A 1G0MA 2XJWA 2A4TA 2F4GA 3ATOA 4GLVA 1LI2A 4LT1A 3QNGA 1A4VA 4GRVA 4OWAA 2BQCA 1L81A 1AZFA 1NWGA 4ML7A 2HEAA 2LZ2A 5KJ9A 2ANVA 1G06A 4LZTA 2RH1A 2DQGY 1JTMA 1GFTA 1YQVY 1C6CA 5FSTA 3W6AA 1BWJA 2OU9A 1DYGA 1L53A 3WVYA 4ZFPA 3A3QA 2HULA 4XJFA 5HLLA 1AM7A 131LA 2RAZX 1KXXA 2W1LA 1IORA 4HJZA 1NHBA 4OO9A 5LVJA 1W08A 1L33A 3DNAA 2H9JA 235LA 2A7DA 1IWVA 1RE2A 2RB1X 2EIZC 1C08C 5LVGA 4N5RA 4NSIA 134LA 166LA 1YAOA 1L40A 5T3FA 1NHEA 1KIRC 1WVVA 3WU8A 1QUGA 1LYZA 1WQQA 4B4JA 5E4PA 1IP3A 1L54A 2RBQA 3LHMA 1DI4A 1HEMA 1JTOL 4ARPA 1UIBA 2BQBA 1QT4A 223LA 4H8XA 4TWSA 4I8SA 1D9UA 1LJIA 1GB0A 4W96A 1B6IA 4GN5C 4DT3A 3GUKA 4HTQA 4YF2A 1L10A 1L20A 1OUAA 154LA 1KS3A 1LZ5A 3VWOA 1GPQC 5A3ZA 1FBIX 1H6MA 2FBDA 1L05A 1F6SA 1T3PA 3RZEA 2YBHA 1L00A 1QTCA 4I7KA 2FYDA 3D4SA 162LA 243LA 3HH4A 4AGAA 1L46A 2AUBA 5KXRA 1LJEA 1VEDA 229LA 1DI5A 3ATNA 3B0IA 1LJFA 3ODUA 1YKYX 1L59A 249LA 1HFZA 3DN0A 2RSCA 5APFA 148LE 5KKIA 4NHQA 4FDYA 4OWHA 2Z12A 2OE7X 207LA 4WM5A 1LI6A 2Z39A 4NGZA 1CU0A 1B5UA 3WU9A 2DQFC 3W6FA 1GE2A 1JHLA 1B7PA 4DD1A 3M3UA 1TLAA 3TMXA 1G7JC 4LT3A 4B1AA 2EKSC 1L15A 1UIHA 1LTMA 1PQOA 2YVBA 209LA 1DKJA 1QT5A 1TAYA 1XFPL 2NTHA 4AXTA 1HENA 1LYGA 1BQLY 1OUDA 3OE0A 194LA 1LWKA 2HUKA 4QGZA 4WLYA 2BQFA 1D3NA 3P4ZA 1FLWA 1IP2A 3QAKA 1GXV2 1JKBA 1LZEA 2HEDA 4EJ4A 1LJJA 5DLAA 1REXA 4W52A 4LDOA 1L68A 1JQUA 5KXMA 1IWZA 1KXWA 3NY9A 4ZIXA 1LZ8A 1L45A 4IAPA 1L07A 5IHGA 5LINA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4XAD A;  1LHK A;  1L52 A;  1L02 A;  1LZN A;  1LHL A;  3EXD A;  4NWE A;  1C6A A;  3SB6 A;  1D6Q A;  1L65 A;  1DQJ C;  1LMQ A;  3OE8 A;  3CDO A;  4OWB A;  4ETD A;  1L36 A;  4UWU A;  4H9E A;  200L A;  145L A;  232L A;  155L A;  4DQ5 A;  4RLM A;  1I6S A;  1BB6 A;  1HEL A;  1QDR A;  2BQG A;  4TX7 A;  213L A;  1IVM A;  3SBA A;  4XJH A;  3SB5 A;  254L A;  205L A;  1QQY A;  4N8Z A;  1T97 A;  1B7N A;  1IP1 A;  2HU3 A;  2Z2E A;  3WW6 A;  4S0W A;  4BAF A;  1CJ7 A;  3AJN A;  1T6V L;  1CX6 A;  1C63 A;  3GUP A;  230L A;  1L34 A;  2LYZ A;  2MEF A;  3SN6 R;  1HNL A;  5HNL A;  4H9I A;  4LYT A;  1CV4 A;  4ET9 A;  4ARM B;  4WLT A;  9LYZ A;  5I4W A;  3CSZ A;  1L88 A;  4I7J A;  1LJN A;  5LIO A;  1C43 A;  1GBW A;  3GUM A;  4RLN A;  4Z46 A;  4XJG A;  4H9A A;  2YBL A;  1DXJ A;  4NHP A;  1P56 A;  1JJ0 A;  1P2C C;  1PQM A;  2B6W A;  1G1W A;  1SWY A;  1KXY A;  2B6T A;  1IX0 A;  1RJC B;  1N4F A;  2ZWB A;  4FJR A;  1B2K A;  2HU1 A;  1HER A;  1EQ5 A;  3W6B A;  149L A;  2BQL A;  1YRO A;  5F14 A;  2C8O A;  4CFO A;  3DN8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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