4ARQA

Structure of the pesticin s89c, s285c double mutant
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNFITIALPHYVNLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVCYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFCDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 113
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arqA02
197LA 1C61A 170LA 1D3JA 255LA 1C62A 196LA 1L24A 3C8RA 1T6HA 4EKPA 1L81A 164LA 221LA 1CX6A 3GULA 3L64A 3HH6A 1L60A 1D9WA 1L48A 3CDRA 4I7OA 1L84A 1L95A 1QSQA 1L12A 1LPYA 1QS9A 1G06A 256LA 3C83A 3G3WA 1L26A 4EPIA 1C6TA 1L90A 1P64A 2LCBA 1JQUA 1QT3A 1CU6A 3HUKA 1D3FA 1QUGA 3OE9A 2OE4X 1L0JA 4W52A 3HH3A 1L50A 1P3NA 217LA 1L14A 6LZMA 1XEPA 165LA 1OV7A 158LA 1QT8A 3SB6A 1XJUA 1L32A 1T8GA 4LDLA 3G3XA 2B70A 2F2QA 3GUNA 234LA 4W51A 1QSBA 243LA 4W57A 218LA 2HUMA 160LA 2B7XA 4K5YA 3DMZA 1P2LA 1DYCA 155LA 4AQNA 4DJHA 1C6AA 1CV0A 1L46A 1L63A 2RAZX 1C60A 142LA 1L94A 3HH5A 1G0GA 259LA 1PQMA 5I14A 1QT4A 4W56A 3DN4A 3K2RA 1PQIA 4EKSA 262LA 249LA 4ARPA 3C82A 253LA 125LA 223LA 1G0PA 1WTHA 4DKLA 1L83A 261LA 4YXCA 3QAKA 1L01A 1L19A 2NTHA 3C7YA 1L0KA 257LA 128LA 2RBPA 145LA 1ZYTA 1ZWNA 2RBNA 1LYJA 1L65A 178LA 122LA 140LA 2B73A 3SB7A 114LA 4ARMB 1L58A 1LW9A 3OE8A 1C6JA 1C6BA 226LA 4I7PA 3HDEA 1L00A 1NHBA 4I7MA 2RBRA 3DN6A 3RZEA 175LA 3SB9A 228LA 4GRVA 2B72A 131LA 1QTVA 3CDTA 4ZPUA 250LA 130LA 1C6MA 1QTCA 3NY8A 225LA 3FI5A 1L57A 1L62A 1G07A 3LZMA 1QTHA 1L52A 1D3MA 1OV5A 4I7QA 176LA 3DKEX 4LZMA 3HU9A 1L76A 2RAYX 200LA 144LA 1OVKA 2F32A 3EMLA 2B75A 151LA 1D2YA 1KNIA 1L27A 1G0QA 1C6LA 1L45A 3PBLA 1C6IA 1L99A 1L34A 1SSWA 1L71A 4ARQB 3DN1A 3FADA 1L66A 187LA 3RUNA 4W59A 108LA 1LWKA 236LA 1CTWA 3C81A 1L37A 1T8AA 3GUJA 2RBQA 1QTDA 1L54A 1L55A 1L82A 169LA 1C66A 1L91A 1QT7A 3HT6A 126LA 1L75A 205LA 137LA 3DMXA 102LA 1OWYA 1P2RA 4ARJA 1DYGA 1QT5A 251LA 163LA 1PQJA 107LA 2RH1A 1L35A 3V2YA 4I7NA 3JR6A 3HWLA 166LA 4EJ4A 3C8QA 1CV5A 2B6XA 1C6GA 1KY0A 1C6EA 1L70A 1L23A 1L56A 186LA 1L96A 1L61A 1QS5A 192LA 241LA 230LA 1D3NA 1L53A 1G0LA 1L20A 1L68A 212LA 1C63A 1SSYA 198LA 1CU2A 1P46A 4DAJA 1C6NA 3DNAA 1L04A 1L43A 1L28A 1L39A 215LA 1CV6A 229LA 2OTZX 246LA 1EPYA 156LA 231LA 3HTFA 1L85A 3F8VA 1L98A 1C69A 1G1WA 1OVHA 248LA 1L41A 113LA 3GUKA 148LE 123LA 1QTBA 1OWZA 4ARLA 1L47A 1L67A 3G3VA 120LA 1JTMA 150LA 129LA 4S0WA 3V2WA 1C6DA 1L93A 3HUQA 4I7SA 1CU3A 3L2XA 213LA 233LA 103LA 3CDQA 214LA 4EKQA 185LA 172LA 211LA 1QUHA 2LC9A 1KW5A 244LA 2B6WA 7LZMA 1L29A 4I7TA 162LA 1L59A 1P6YA 4I7KA 4EPFA 1DYAA 1B6IA 206LA 181LA 1C6PA 118LA 3HUAA 1C6QA 2RB2X 1L25A 1L13A 1CV3A 2B6TA 1C65A 1XJTA 152LA 219LA 4IAPA 1L64A 1L89A 237LA 1G0JA 1CV4A 1LYEA 1OVJA 180LA 1CUQA 2HUKA 4ARMA 3GUMA 1L44A 1C68A 220LA 258LA 1L16A 1LYFA 3C7ZA 1L33A 2OEAX 5LZMA 3GUIA 3PDSA 2HULA 182LA 1L15A 224LA 104LA 1L74A 1PQOA 227LA 252LA 260LA 3HH4A 1LGWA 1QT6A 188LA 157LA 2F47A 1L69A 2CUUA 1SX7A 2OE7X 3FA0A 2RB1X 1L09A 1DYBA 171LA 1G0MA 1P56A 1L42A 3DN3A 2QARC 1L10A 1L21A 1P36A 1G0KA 1P37A 1LI6A 4ARQA 3ODUA 147LA 183LA 1SWYA 232LA 3F9LA 174LA 1PQKA 1DYEA 2RBOA 222LA 167LA 112LA 3HT8A 3HT7A 1SWZA 4E97A 2OE9X 3OE0A 3SB5A 4EKRA 1L87A 239LA 3C7WA 149LA 1KY1A 1L03A 3NYAA 1L88A 4W55A 2RBSA 1L36A 1K28A 1C6KA 2RB0X 1L05A 1KW7A 109LA 1LWGA 3OE6A 168LA 195LA 2Z6BA 191LA 1L73A 3HTGA 2IGCA 3GUOA 1LYGA 3CDVA 2QB0B 184LA 254LA 2Q9EA 238LA 3GUPA 4LDOA 1C67A 4I7LA 3DMVA 4I7JA 1CVKA 138LA 1L79A 4GBRB 2O79A 3SN6R 161LA 127LA 1CU0A 4I7RA 1KS3A 210LA 3DN8A 4LDEA 3HTDA 2ANXA 1DYFA 4OO9A 2B74A 1CV1A 1G1VA 2OU8A 1L18A 1CUPA 3SB8A 3SBAA 1C6CA 2Q9DA 159LA 2A4TA 189LA 1C64A 245LA 1JTNA 1LI3A 4W54A 1L49A 3HU8A 1L40A 2OTYX 1OYUA 1SX2A 111LA 1L11A 3NY9A 1L97A 235LA 1LGXA 1P7SA 1QUDA 1LLHA 1LYDA 216LA 1L06A 146LA 1CX7A 1TLAA 2OU0X 1L86A 1ZURA 3HT9A 1QUOA 119LA 209LA 1L92A 247LA 2O4WA 1PQDA 240LA 3SBBC 1LYHA 1L07A 1L51A 1LGUA 3DN0A 190LA 1I6SA 1L30A 2LZMA 2OU9A 242LA 4EXMA 1LI2A 4YXAC 2NTGA 2B6ZA 1L08A 2O7AA 1L80A 173LA 1DYDA 201LA 3C80A 1T8FA 3HTBA 4YX7C 177LA 1D2WA 4W53A 199LA 1C6HA 4PJZA 4W58A 3C8SA 3D4SA 4PK0A 1L31A 1CU5A 1QTZA 2L78A 143LA 3VW7A 1C6FA 1LYIA 1L38A 115LA 2B6YA 141LA 1T97A 3DN2A 1L17A 2ANVA 1L02A 1L22A 1L72A 1P5CA 3CDOA 110LA 3HDFA 139LA 1L77A 3UONA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IC4Y 1C61A 1DZBX 1C62A 3WW6A 1BWHA 4WL7A 1VATA 3CDRA 5K7OA 1RE2A 2BQMA 4DQJA 3WW5A 3BKHA 1L84A 1QS9A 3LZ2A 5I4WA 1IIZA 4EPIA 1L90A 1BHZA 1QT3A 1OUFA 1QUGA 3TMUA 3QNGA 4HSFA 3TMXA 4N8ZA 2BQLA 1GHLA 1L50A 6LZMA 1GXXA 4G9SA 4LYOA 1QT8A 5IDDA 3CT0A 3D3DA 1LYYA 1XJUA 4TUNA 1T8GA 2FYCA 1LZSA 2B70A 3A6CY 243LA 1YROA 2B7XA 3FI7A 3DMZA 4AQNA 3B0IA 1L46A 1YKZX 1OP9B 142LA 259LA 4TWSA 1GF6A 1YL0X 4W56A 1GFHA 3DN4A 1TDYA 253LA 125LA 2ZQ3A 3RT5X 261LA 2BLXA 2RBPA 3HFMY 122LA 2BQAA 4PRUA 1IP3A 114LA 3OE8A 1C6JA 4NGZA 3QY4A 3DN6A 3A92A 4KL7A 7LYZA 1QTVA 1C6MA 3NY8A 2Z39A 3FI5A 2XBRA 2G4NA 1L62A 4OWBA 1G07A 3LZMA 2HU1A 1IY4A 1GFVA 1QQYA 4W96A 1LJFA 4LZMA 1DXJA 1HMKA 2HECA 5I53A 1JWRA 4WL6A 1LMQA 153LA 4J0LA 3AGGG 1L45A 3PBLA 2DQAA 1QUTA 1L71A 5IHGA 1WQRA 9LYZA 5LIOA 3RUNA 4C3WA 2ZIKA 3GUJA 3RZ4A 1WQOA 3A6BY 4NGYA 1L55A 1QDTA 1LSDA 4H8ZA 5KXZA 1IP6A 137LA 1RJCB 1UUZC 1OWYA 4LT0A 2MEGA 3EMSA 251LA 1PQJA 5D5CA 2AUBA 1YIKA 2RH1A 1L35A 4OW1A 3A3QA 3V2YA 1VEDA 1LSAA 4D9ZA 5D5FA 4WG1A 1CV5A 2B6XA 1FBIX 6LYZA 1C6EA 1L70A 1L56A 3HBEX 1LMTA 1HEQA 3EXDA 1YILA 230LA 1D3NA 2HUBA 4J1BA 4EOFA 4NHPA 5KXPA 1UIHA 1IWXA 2Y8PA 1CU2A 4E3UA 4QDNA 2A7DA 1JPOA 4GCEA 1L04A 1L28A 1L39A 215LA 1LZCA 5B05A 2MECA 231LA 5A3ZA 1L85A 1OVHA 1H6MA 148LE 1JTTL 4ARLA 1L67A 1HSWA 3B0KA 2BQJA 4ZFPA 1C6DA 3ULRA 3HUQA 4ET8A 1CU3A 4WG7A 1UIBA 213LA 233LA 1TBYA 3CDQA 4O34A 2DQDY 1FLUA 211LA 244LA 7LZMA 4I7TA 1L59A 1GE3A 4NFVA 4OOOA 1WVUA 2W1MA 1IWZA 2HTXA 3WU7A 219LA 4HPEA 1L89A 5KXSA 1LZEA 4Z98A 1GXV2 220LA 3SP3A 1FLQA 4H9IA 1PZYA 1CJ9A 2DKVA 2YDGA 1IWTA 3GUIA 4WM5A 1LHJA 2D91A 4LZTA 3TMWA 5LAGA 2MEHA 188LA 1A4VA 5HQ1A 1L69A 2CUUA 3FA0A 1L09A 1OUJA 1QUSA 2G4QA 1L10A 1AT5A 4MSTA 3B0OA 1LI6A 3CT5A 3A34A 183LA 1GF0A 3F9LA 1LJEA 1HENA 1YAOA 3AYQA 1LSYA 3HT8A 167LA 3HT7A 1KIRC 2HU3A 3WPJA 2XQOA 1KY1A 1L88A 1C6KA 2RB0X 3OE6A 5C6IA 5F9XA 2Z6BA 2ZNXY 4GCCA 3T36A 1BB7A 2BPUA 5KXWA 1LYGA 2F4AA 1QSAA 2Q9EA 3GUPA 1AZFA 138LA 2LYZA 2FBDA 1INUA 1IR7A 1IR9A 1B7QA 1A2YC 4OO9A 2B74A 4WLTA 1REMA 159LA 1GFAA 1DPWA 1GB8A 4NHIA 1XFPL 4W54A 1BWIA 4B0DA 2OTYX 4HPIA 1SX2A 2BQNA 111LA 1LYOA 1LSBA 4RW1A 1L97A 1P7SA 4BADA 1LZ1A 1QUDA 4XN6A 1HF4A 216LA 1NBZC 1HFYA 4H9EA 1JKAA 1CX7A 2YBJA 4C5FA 4YOPA 1ZURA 1OUIA 4A7DA 1LZ9A 247LA 209LA 5LA5A 1KXXA 1NKHA 1LYHA 1XEKA 1L51A 1LGUA 1Z55A 4WLXA 1I6SA 1GF8A 242LA 2BQEA 2ZWBA 2ZQ4A 1ZV5L 1I20A 1L80A 173LA 201LA 5KXKA 3P65A 1IR8A 1LJNA 2DQFC 3EO5A 3D9AC 1CU5A 1HFZA 3A3RX 1IC5Y 1W08A 4Z41A 1EQ4A 141LA 3DN2A 3AJNA 1GE2A 4QY9A 4M4OA 1GE0A 139LA 1L77A 1L23A 1D3JA 255LA 1LZYA 1O23A 1GAYA 1UIDA 1T6HA 1JHLA 2EKSC 1BB4A 4GCBA 3AZ4A 1CX6A 4B4JA 3L64A 4PJ2C 5JENB 1L60A 4II8A 4I7OA 1DI3A 4DC4A 1GB9A 1UBZA 2LCBA 4YEOA 1JQUA 1D3FA 2CWIA 1L0JA 1WQMA 3HH3A 1P3NA 217LA 1L14A 4NHTA 165LA 4N5RA 1HC0A 4EMNA 4WM1A 1I56A 4LDLA 1IC7Y 4GCDA 2MEAA 2HEDA 2MEEA 1HNLA 3GUNA 3TMVA 3N9AA 2C8PA 1GEVA 1QSBA 5KJ9A 160LA 1GB3A 1P2LA 1DYCA 1JJ1A 1L63A 5J7CA 4WO9A 3WL2A 1L94A 4ANRA 1G0GA 5I14A 4YM8A 1XEIA 2LHMA 262LA 1D6PA 1GF5A 4HJVA 1GBOA 1XGPC 1NWGA 2LYMA 1OUAA 1B7NA 223LA 3QAKA 3G3AB 1L0KA 257LA 2GV0A 1LSGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IC4 Y;  1C61 A;  1DZB X;  1C62 A;  3WW6 A;  1BWH A;  4WL7 A;  1VAT A;  3CDR A;  5K7O A;  1RE2 A;  2BQM A;  4DQJ A;  3WW5 A;  3BKH A;  1L84 A;  1QS9 A;  3LZ2 A;  5I4W A;  1IIZ A;  4EPI A;  1L90 A;  1BHZ A;  1QT3 A;  1OUF A;  1QUG A;  3TMU A;  3QNG A;  4HSF A;  3TMX A;  4N8Z A;  2BQL A;  1GHL A;  1L50 A;  6LZM A;  1GXX A;  4G9S A;  4LYO A;  1QT8 A;  5IDD A;  3CT0 A;  3D3D A;  1LYY A;  1XJU A;  4TUN A;  1T8G A;  2FYC A;  1LZS A;  2B70 A;  3A6C Y;  243L A;  1YRO A;  2B7X A;  3FI7 A;  3DMZ A;  4AQN A;  3B0I A;  1L46 A;  1YKZ X;  1OP9 B;  142L A;  259L A;  4TWS A;  1GF6 A;  1YL0 X;  4W56 A;  1GFH A;  3DN4 A;  1TDY A;  253L A;  125L A;  2ZQ3 A;  3RT5 X;  261L A;  2BLX A;  2RBP A;  3HFM Y;  122L A;  2BQA A;  4PRU A;  1IP3 A;  114L A;  3OE8 A;  1C6J A;  4NGZ A;  3QY4 A;  3DN6 A;  3A92 A;  4KL7 A;  7LYZ A;  1QTV A;  1C6M A;  3NY8 A;  2Z39 A;  3FI5 A;  2XBR A;  2G4N A;  1L62 A;  4OWB A;  1G07 A;  3LZM A;  2HU1 A;  1IY4 A;  1GFV A;  1QQY A;  4W96 A;  1LJF A;  4LZM A;  1DXJ A;  1HMK A;  2HEC A;  5I53 A; 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