4ARQB

Structure of the pesticin s89c, s285c double mutant
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
338
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVCYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFCDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
molecule keywords PESTICIN
total genus 108
structure length 338
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arqB02
3RUNA 199LA 2HULA 4ARMB 1DYAA 3SB7A 1SX2A 2B75A 3OE0A 3HT7A 2OU0X 1C6MA 1L83A 184LA 1CTWA 1L56A 3HDFA 1DYFA 2B74A 1L35A 6LZMA 3GUKA 1L94A 3OE9A 2RBOA 4E97A 1L26A 4LDLA 223LA 1KY1A 3G3XA 239LA 3C7YA 1C61A 1T8GA 1B6IA 140LA 1L08A 227LA 1KW7A 1KY0A 4ARLA 2RAZX 3GUIA 1SSYA 2ANXA 1PQDA 1L12A 1D3JA 1G06A 1L09A 1PQMA 126LA 1OYUA 2LC9A 1D2WA 130LA 1L30A 2B73A 1L22A 3C8QA 196LA 1C6KA 1C6FA 1G0MA 1SWYA 1L0KA 213LA 2OTZX 1XEPA 185LA 3HH6A 235LA 201LA 2RB2X 107LA 1PQJA 1QTZA 143LA 3HT6A 1L31A 1L62A 1L24A 1L20A 2LCBA 4I7JA 1CV6A 149LA 1LYGA 1L63A 2OU9A 229LA 4GBRB 3HTDA 1L80A 174LA 1L73A 145LA 1D3NA 1P56A 1L51A 190LA 2OE4X 4EKSA 1QT8A 4W51A 147LA 1QTCA 231LA 4EXMA 242LA 2B7XA 178LA 2QARC 5I14A 232LA 1L0JA 261LA 1L47A 2OTYX 211LA 244LA 163LA 1L66A 2RB1X 1DYGA 224LA 248LA 1T8AA 219LA 252LA 2Z6BA 217LA 3C83A 1QUHA 129LA 1LWKA 1LYHA 3NY8A 3V2YA 4I7RA 3HTBA 1L75A 1P64A 1CV5A 1L14A 4IAPA 4DAJA 254LA 4I7SA 3C80A 2RBSA 1C68A 2B6YA 1T6HA 1L02A 2RBRA 3SN6R 108LA 1G1VA 155LA 4PJZA 4W56A 1L93A 2O7AA 4LZMA 1LPYA 2O4WA 1QSBA 1SX7A 1L68A 172LA 162LA 4LDEA 158LA 3GUMA 221LA 167LA 3NYAA 4K5YA 1L82A 1OVKA 3OE6A 2RBQA 1C6PA 262LA 3SBAA 3HH4A 166LA 218LA 1L69A 1G0JA 3DMVA 1L87A 180LA 1C6LA 1QT7A 3C81A 1JTMA 141LA 191LA 1L72A 3DNAA 1L49A 112LA 3D4SA 3GUPA 4W54A 123LA 1L99A 4EKRA 209LA 1CUQA 3CDQA 3DMXA 1G07A 2NTHA 1LGUA 3CDOA 1CV1A 150LA 3F8VA 3DN1A 118LA 3SB8A 1PQOA 120LA 1ZURA 104LA 1G0QA 1QUDA 1G0LA 138LA 4EJ4A 1LW9A 3SB5A 3FI5A 1L21A 152LA 3C7ZA 4ARQA 115LA 1SSWA 1QT6A 4I7TA 113LA 1C64A 1L38A 156LA 3F9LA 3JR6A 183LA 4ARMA 189LA 1QTVA 1D9WA 236LA 3DKEX 3HUKA 1C6AA 1L28A 1L29A 1LYIA 127LA 1L19A 1L90A 159LA 1L13A 205LA 3HWLA 3CDRA 1P7SA 192LA 1P6YA 3GUOA 1L11A 1QSQA 2B6ZA 4I7MA 2B72A 1C67A 1L32A 1LYDA 1C60A 4I7OA 240LA 1L25A 3HUQA 2CUUA 1C66A 2L78A 3SBBC 1C6TA 255LA 3GULA 1C6DA 2HUKA 1LGXA 1L61A 3HU8A 3C7WA 168LA 1PQKA 1CU6A 3HT9A 125LA 1G1WA 4DJHA 4S0WA 251LA 103LA 3L2XA 3VW7A 1CX6A 3NY9A 5LZMA 247LA 3EMLA 137LA 4EPFA 1L10A 4W59A 3GUJA 1L54A 1OVHA 1C6HA 3HUAA 1L57A 1L85A 243LA 1L37A 3HH3A 1L17A 3G3VA 4W57A 3DN8A 3CDVA 122LA 206LA 1QTHA 1G0GA 1L36A 1L91A 1L46A 1QTDA 4YXCA 3V2WA 142LA 146LA 1SWZA 4EPIA 4W58A 186LA 2HUMA 1C6BA 1QTBA 1L03A 3HDEA 2OE7X 3HTGA 2RBNA 1C6IA 1L95A 165LA 1D2YA 1NHBA 1L05A 1QUGA 1DYCA 128LA 3CDTA 1C65A 1C6CA 3C8RA 3PDSA 151LA 1L41A 2IGCA 170LA 1ZYTA 1C6QA 1L97A 257LA 3PBLA 1T97A 3C8SA 4OO9A 1D3FA 1OVJA 1DYBA 1CVKA 1L40A 1LLHA 1OV7A 250LA 249LA 188LA 1L64A 102LA 1P37A 1L00A 4YX7C 1I6SA 1L01A 1L15A 1OV5A 3DN2A 1L70A 1CUPA 1L77A 1LYJA 1PQIA 4ARQB 3ODUA 1L53A 7LZMA 1L04A 1JTNA 1L48A 1LGWA 4W55A 1L52A 3QAKA 3HU9A 1L89A 4DKLA 195LA 131LA 237LA 1T8FA 1CU3A 1L81A 1P3NA 1L55A 1KS3A 3LZMA 1L43A 1QUOA 1L65A 2RAYX 1G0KA 214LA 3FADA 3DN0A 114LA 1L59A 1L27A 1CU0A 1DYDA 3HH5A 4ARJA 1L84A 1G0PA 1P36A 1L34A 233LA 4GRVA 215LA 2QB0B 2B6WA 148LE 3DN6A 4LDOA 2Q9EA 253LA 1QT3A 1P46A 4I7PA 3G3WA 3DMZA 1L71A 171LA 1LYFA 2A4TA 181LA 3K2RA 1L74A 139LA 1JQUA 2ANVA 3GUNA 1CV0A 1C6EA 1XJUA 3OE8A 1LI2A 109LA 222LA 182LA 230LA 1OWYA 1L33A 1P2RA 1C6NA 157LA 1P2LA 4W53A 259LA 2B6TA 234LA 246LA 1LYEA 1K28A 1C69A 1L67A 1WTHA 241LA 238LA 111LA 2OEAX 2RB0X 1D3MA 1L88A 2Q9DA 2OE9X 4I7NA 1C62A 1LI3A 4EKPA 225LA 2RH1A 177LA 216LA 197LA 1QT5A 200LA 1L16A 144LA 1L86A 2B6XA 1L58A 4YXAC 3SB9A 3L64A 4EKQA 1L23A 1L92A 1L60A 3DN3A 1L45A 164LA 1QS9A 1QS5A 169LA 198LA 1CU2A 176LA 1CV4A 1L96A 1QT4A 1XJTA 4I7KA 119LA 1P5CA 220LA 3UONA 110LA 2RBPA 4AQNA 1L76A 160LA 1ZWNA 3FA0A 4PK0A 175LA 1DYEA 4ARPA 4W52A 2LZMA 256LA 1CU5A 1L44A 3SB6A 3HT8A 2OU8A 4ZPUA 1TLAA 2F47A 3C82A 3RZEA 260LA 1EPYA 1CV3A 1L39A 2F32A 3DN4A 4I7LA 3HTFA 2O79A 1C6GA 1L98A 1L50A 2NTGA 258LA 1LI6A 1L42A 1KW5A 1L18A 173LA 161LA 1CX7A 1L07A 1C63A 245LA 4I7QA 1C6JA 226LA 1KNIA 2F2QA 187LA 2B70A 228LA 210LA 1L79A 1LWGA 212LA 1OWZA 1L06A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7SA 1GB2A 1GBOA 3AZ5A 1OUBA 3CT0A 2B75A 4YEMA 4BAPA 2Z37A 2DQAA 1L56A 1GAZA 1DYFA 1LKSA 2B74A 4WOAA 4LT1A 3OE9A 5B06A 4LDLA 223LA 4RW1A 4LT0A 4Z98A 3ATOA 3WMKA 1GBWA 4PJ2C 1JSFA 2W1YA 1B6IA 140LA 1L08A 227LA 3B0KA 1C46A 2YBMA 2RAZX 5B1FA 3GUIA 4H9CA 1L12A 126LA 1NWGA 4NGOA 2HU3A 3ATNA 1W6ZA 1DKJA 3A90A 4PRQA 2DQGY 1PQJA 3B72A 143LA 5FSTA 3FE0A 1CKGA 1PZYA 2LCBA 1XGRC 1B7LA 1CV6A 1XEKA 1LYGA 1IX0A 2D4IA 3HTDA 1GF9A 2BQDA 3QY4A 1GBYA 4QDNA 3LZTA 1D3NA 1GFHA 1L51A 190LA 4EKSA 1YL0X 1QT8A 4W51A 1C10A 231LA 3A93A 2B7XA 4WO9A 1B5ZA 1L0JA 261LA 1L47A 2OTYX 211LA 244LA 1L66A 252LA 3WULA 2Z6BA 3RZ4A 4LFXA 1LYHA 3V2YA 4I7RA 208LA 3A6CY 2BQCA 1GB7A 2DQFC 1IC7Y 4ETAA 3WL2A 2BPUA 4XJFA 1GB6A 2XQOA 1HSXA 1GFGA 1LZAA 4XJDA 4DD7A 4WM2A 4Z41A 1IP4A 3CSQA 3OE6A 5L9JA 4XJIA 2ZNXY 4OOTA 3A34A 4WLDA 1NBZC 1UCOA 1YL1X 180LA 3C81A 3G3AB 1LJKA 1L49A 2G4PA 3TXEA 1VATA 193LA 209LA 3TXIA 1G07A 3CDOA 3DN1A 1PQOA 120LA 1FLUA 4KT3A 5HQ1A 3FI5A 2LYMA 1L21A 3W6EA 1LSPA 115LA 1GDWA 1JHLA 1QSWA 4ARMA 1OUGA 4PPOA 1YAOA 236LA 3HUKA 1L28A 133LA 205LA 1C08C 3HWLA 4H9EA 5KXWA 3AYQA 1IVMA 1P6YA 1HMKA 2H5ZA 1F6RA 1L32A 5I4WA 2D4JA 1L25A 3P65A 1XEIA 3SBBC 1C6TA 3GULA 4DC4A 1LJ3A 5FEKA 3HU8A 2W1LA 3C7WA 3J4GA 168LA 1PQKA 3HT9A 1OUAA 3TMVA 1GFJA 1YANA 5LIOA 3L2XA 1D0LA 3NY9A 1LYOA 247LA 4EPFA 2Z12A 1IR7A 1KIQC 3AB6A 243LA 3W6AA 1KIPC 1GB9A 1RI8B 1C7PA 1HEMA 122LA 1BB7A 3CDVA 5LVJA 1G0GA 1L36A 1J1XY 1LSGA 1WVVA 2XBSA 1QTDA 4YXCA 4LT3A 1I1ZA 1FKQA 2G4QA 4RLNA 2I26L 5DN4A 186LA 2YVBA 4H8YA 2FBBA 1LMCA 5KXPA 3WU8A 2RBNA 1NHBA 4O34A 4II8A 2BLYA 3EO5A 3CB7A 1LSMA 3CDTA 1C65A 1L41A 3A8ZA 4IASA 4J0LA 2ZNWY 2EKSC 2MEAA 1C45A 1TEWA 1JJ3A 3PBLA 4DDBA 4DD0A 1T97A 4OO9A 1DYBA 188LA 2LZ2A 4J1AA 2YBNA 1N4FA 2DBTA 1L15A 4TSCA 3DN2A 2FYDA 5C6LA 5LA8A 1L04A 1B7RA 4M6DA 195LA 4CFOA 3TXDA 1XSFA 1CJ9A 3WUNA 7LYZA 1CKCA 237LA 1P3NA 3IJUA 1KS3A 1HMLA 1L43A 1QUOA 1L65A 6LYZA 3CQLA 4GCFA 135LA 1L59A 5LVGA 4LYZA 1GE3A 1L34A 1LJNA 1V7SA 5IHGA 1MELL 4LDOA 3GXRA 1SLYA 5E9RA 3WVXA 4XENA 2A4TA 181LA 1UIDA 1HFZA 4NSIA 4TSBA 1L74A 3WW5A 109LA 2H9JA 1YKZX 1REMA 1L33A 1GFAA 5F9UA 4NGVA 1IP2A 2B6TA 1GDXA 1K28A 1C69A 111LA 1HEPA 4QY9A 2RB0X 1HEOA 4G4HA 1AKIA 1LZYA 1LMNA 4QEQA 1LI3A 3T6UA 2HEDA 1L86A 1RJCB 4HTNA 4NG1A 2MEEA 1L92A 4GLAA 1EQEA 1GE2A 4HV2A 164LA 2LHMA 5KXMA 1ZVHL 1XJTA 119LA 4UWNA 5IELA 1RFPA 4W94A 2DQIY 4HP0A 3FI7A 4PK0A 5I53A 1LJIA 2EIZC 5K7OA 3F6ZA 3TMUA 260LA 1EPYA 1L39A 3HBDA 5T3FA 3HTFA 1IP1A 1C6GA 2O79A 5B05A 1L50A 1KW5A 4YOPA 226LA 1KNIA 2YBJA 210LA 1L79A 1NQIA 3LN2A 5FHWA 1OWZA 1L06A 1CU2A 3TMWA 3WUAA 4ARMB 1DYAA 4WM4A 1SX2A 3OE0A 4TX7A 1IWTA 1C6MA 3HDFA 4H9BA 4NGJA 2RBOA 1BB3A 1GF3A 1BWHA 1KY1A 1QSAA 5FELA 1YKYX 1T8GA 3GXKA 1GF4A 5KKJA 1KW7A 1KY0A 1LHKA 1GB3A 1JTTL 1GFEA 1D3JA 1L09A 1D2WA 1L30A 1VDQA 3C8QA 196LA 3AGHA 1C6FA 1G0MA 2IFFY 2I25L 2OTZX 5LAFA 1IOTA 1XEPA 3AZ4A 4H92A 1XGTC 3HH6A 1CJ6A 3HT6A 4NEBA 2MEBA 1DPXA 1HERA 1JITA 5LA5A 1GWDA 3LYOA 1LSYA 5L3HA 1KXYA 3D3DA 1LZNA 4NGLA 1L73A 145LA 1P56A 1IR8A 5E4PA 1AM7A 242LA 178LA 2QARC 3EXDA 4N8ZA 1BGIA 232LA 1UIHA 3IJVA 4GCBA 1IR9A 1TBYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B7S A;  1GB2 A;  1GBO A;  3AZ5 A;  1OUB A;  3CT0 A;  2B75 A;  4YEM A;  4BAP A;  2Z37 A;  2DQA A;  1L56 A;  1GAZ A;  1DYF A;  1LKS A;  2B74 A;  4WOA A;  4LT1 A;  3OE9 A;  5B06 A;  4LDL A;  223L A;  4RW1 A;  4LT0 A;  4Z98 A;  3ATO A;  3WMK A;  1GBW A;  4PJ2 C;  1JSF A;  2W1Y A;  1B6I A;  140L A;  1L08 A;  227L A;  3B0K A;  1C46 A;  2YBM A;  2RAZ X;  5B1F A;  3GUI A;  4H9C A;  1L12 A;  126L A;  1NWG A;  4NGO A;  2HU3 A;  3ATN A;  1W6Z A;  1DKJ A;  3A90 A;  4PRQ A;  2DQG Y;  1PQJ A;  3B72 A;  143L A;  5FST A;  3FE0 A;  1CKG A;  1PZY A;  2LCB A;  1XGR C;  1B7L A;  1CV6 A;  1XEK A;  1LYG A;  1IX0 A;  2D4I A;  3HTD A;  1GF9 A;  2BQD A;  3QY4 A;  1GBY A;  4QDN A;  3LZT A;  1D3N A;  1GFH A;  1L51 A;  190L A;  4EKS A;  1YL0 X;  1QT8 A;  4W51 A;  1C10 A;  231L A;  3A93 A;  2B7X A;  4WO9 A;  1B5Z A;  1L0J A;  261L A;  1L47 A;  2OTY X;  211L A;  244L A;  1L66 A;  252L A;  3WUL A;  2Z6B A;  3RZ4 A;  4LFX A;  1LYH A;  3V2Y A;  4I7R A;  208L A;  3A6C Y;  2BQC A;  1GB7 A;  2DQF C;  1IC7 Y;  4ETA A;  3WL2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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