4ARQB

Structure of the pesticin s89c, s285c double mutant
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
338
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVCYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFCDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 108
structure length 338
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arqB02
1QT4A 160LA 1P36A 2OE7X 1P46A 2RB2X 163LA 1CTWA 4EJ4A 2IGCA 104LA 1QT6A 261LA 3RUNA 1DYAA 3DMVA 1QT8A 3L64A 1L02A 1L81A 1K28A 1C6LA 1LGUA 142LA 200LA 127LA 141LA 2OE4X 3DN3A 191LA 1LYIA 3SBBC 1L71A 150LA 1OWZA 180LA 3GUKA 123LA 187LA 3HDFA 190LA 1JTNA 4EPIA 118LA 131LA 107LA 162LA 1L13A 184LA 1JTMA 1PQKA 1G0JA 3DN6A 176LA 3HU8A 182LA 217LA 1L24A 2OU8A 4S0WA 1L87A 1C63A 5LZMA 3C83A 1L05A 6LZMA 167LA 1KS3A 3HU9A 178LA 1C61A 1L99A 1PQMA 4DKLA 4I7KA 1L45A 4I7QA 1L55A 1P5CA 1L40A 4AQNA 228LA 1OV5A 3CDOA 1D2WA 255LA 3HH3A 1JQUA 1LGWA 1QTDA 2B6WA 108LA 195LA 227LA 1L06A 4W55A 1ZWNA 1PQDA 3HUQA 1SX7A 2Q9EA 196LA 1L90A 1L88A 198LA 205LA 3F9LA 3V2YA 188LA 2A4TA 3GUJA 4W52A 2B6XA 1CV3A 1L68A 1C6TA 5I14A 1L69A 1ZURA 1L38A 102LA 1CX7A 151LA 1L22A 1PQJA 1SX2A 2B72A 1L11A 3C8RA 1QS5A 2B7XA 1G1WA 221LA 253LA 1T8GA 145LA 3HTDA 1C6EA 1QUGA 1L19A 1KY0A 2RAYX 1L93A 3C8SA 1KY1A 2ANVA 4W51A 3C82A 1LYJA 1G0PA 1DYFA 214LA 3C8QA 1LYGA 1L76A 3EMLA 1L26A 1L18A 1L29A 1L65A 3SN6R 1LI6A 1QT7A 250LA 1L77A 218LA 1WTHA 2RBPA 4YXCA 4PK0A 4E97A 1C6GA 239LA 223LA 260LA 1LYDA 1KW7A 1LYFA 156LA 170LA 1L16A 1L41A 2B6YA 248LA 3HTFA 1CU3A 1DYCA 1G07A 1C69A 1CU2A 146LA 4DAJA 1C67A 166LA 1T8AA 3NY8A 103LA 2NTGA 3FADA 3C80A 1CV1A 1CV6A 1L00A 3PBLA 1LYEA 1QT5A 231LA 137LA 122LA 3HTGA 126LA 1L59A 1G0LA 3FI5A 169LA 3L2XA 4IAPA 213LA 2LZMA 3HDEA 3GUOA 1P7SA 4LDOA 4DJHA 240LA 2RAZX 1C6KA 3F8VA 1L30A 1L83A 2RBOA 1D3MA 3CDTA 3GULA 1L63A 1P3NA 1L47A 1QTZA 1CVKA 3ODUA 262LA 158LA 164LA 1L35A 1L85A 129LA 1L03A 1L04A 111LA 3UONA 1L10A 1C66A 1L31A 1XEPA 3OE9A 157LA 1SSWA 152LA 4I7OA 1CX6A 1L94A 3DN8A 225LA 3G3XA 1P64A 3HT8A 1I6SA 1L44A 1L56A 1L23A 1LWKA 3SB7A 1G0GA 120LA 1CV0A 3DMXA 1QSBA 155LA 3SB6A 4W58A 242LA 1L97A 3SB8A 1C6MA 4EKQA 1L42A 1D3NA 2OTYX 244LA 2RB1X 236LA 2B70A 238LA 4EKRA 4I7NA 4YX7C 3HT9A 173LA 3NYAA 1L28A 215LA 4W59A 2HUKA 4ARQA 1L25A 3QAKA 1G1VA 1L49A 185LA 1C62A 1OVHA 3DN2A 1OVKA 1D3FA 3HH6A 211LA 1PQIA 1CUQA 1L32A 1L60A 181LA 2OE9X 2NTHA 2L78A 210LA 2RH1A 1L75A 245LA 2QARC 4ARLA 1L74A 1OV7A 3OE8A 149LA 1L96A 235LA 1NHBA 1D3JA 3C7WA 219LA 1SWYA 259LA 2OTZX 110LA 159LA 2CUUA 1DYEA 4I7SA 1C6FA 1L0JA 1ZYTA 1L52A 1LGXA 1QSQA 1L37A 4I7RA 1SWZA 1LWGA 4I7MA 3CDVA 229LA 112LA 2O4WA 2B73A 1QTCA 1OYUA 1L57A 1P2LA 3GUPA 2HULA 119LA 3HUAA 233LA 1L67A 1P37A 1QTVA 1G0KA 3HUKA 183LA 222LA 3HTBA 1L27A 4ARMA 3G3WA 1LLHA 1L20A 1L86A 1L61A 1SSYA 224LA 1L14A 243LA 3DN1A 1L80A 115LA 230LA 1G0MA 4W54A 252LA 192LA 1QTBA 4LDLA 3SBAA 1L09A 3RZEA 138LA 186LA 1L07A 7LZMA 1C64A 3DN0A 1C6IA 1CU6A 4I7TA 3K2RA 1L33A 147LA 3GUMA 1D2YA 3VW7A 2OU0X 177LA 1CV4A 1G06A 257LA 3CDRA 1KNIA 1T6HA 3JR6A 144LA 3NY9A 246LA 1L15A 3DNAA 4PJZA 1L53A 254LA 1L79A 2OEAX 2O7AA 2QB0B 199LA 128LA 125LA 1L70A 148LE 4LDEA 4I7JA 4EKPA 1T8FA 220LA 4ZPUA 1L92A 4W56A 1LI3A 3PDSA 1C6PA 2RBNA 3FA0A 3HT7A 1C60A 2O79A 1C65A 1L51A 2ANXA 2B75A 3G3VA 4EKSA 3GUIA 3DKEX 165LA 2F2QA 3GUNA 1LI2A 1C6CA 1L58A 2B6ZA 4W53A 1QT3A 3V2WA 1L73A 1B6IA 1C6NA 3OE0A 4YXAC 1OWYA 113LA 1L0KA 209LA 232LA 1QUOA 1QUHA 189LA 3C7ZA 226LA 140LA 1C6BA 1L84A 171LA 1TLAA 1L12A 2F32A 4GBRB 139LA 1L64A 1L21A 114LA 4EXMA 256LA 4K5YA 247LA 3HT6A 3HH5A 1PQOA 1DYBA 2HUMA 1XJTA 1QS9A 1L91A 3HWLA 3SB9A 1P6YA 168LA 1C68A 1LW9A 3C81A 2LCBA 1L72A 1L34A 3DN4A 1T97A 1L95A 2F47A 2Q9DA 2OU9A 1CU0A 1C6AA 2LC9A 1XJUA 249LA 206LA 4GRVA 4ARQB 174LA 3D4SA 3LZMA 1P56A 237LA 130LA 1L48A 1LYHA 1L43A 1L36A 1LPYA 4I7LA 1L98A 251LA 1C6DA 1C6HA 1P2RA 1DYDA 241LA 2RBRA 1CV5A 1KW5A 1L08A 3CDQA 175LA 1G0QA 1C6QA 2Z6BA 212LA 1L17A 3C7YA 1L89A 2B6TA 4ARPA 1CUPA 1QTHA 1EPYA 1L39A 197LA 3SB5A 4LZMA 109LA 4OO9A 2B74A 2RB0X 3OE6A 1OVJA 143LA 1L01A 1DYGA 1QUDA 3DMZA 1L50A 201LA 258LA 2RBSA 1L46A 216LA 2RBQA 1C6JA 4W57A 1L66A 234LA 1L54A 4I7PA 4EPFA 4ARJA 161LA 4ARMB 3HH4A 1L82A 1D9WA 1CU5A 1L62A 172LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P36A 2OE7X 3B0KA 1P46A 5L9JA 4IJ4A 2RB2X 5DN5A 1CTWA 5LYZA 1LHMA 2D4IA 200LA 5LVKA 3DN3A 191LA 4Z46A 4WM5A 3ULRA 4MR1A 187LA 1NHEA 1LJ3A 4GCDA 4NIJA 1HFXA 4DDBA 1JTNA 1VEDA 2BQAA 5FHWA 118LA 4HJVA 1IC7Y 1G0JA 176LA 2YBJA 5KXLA 2OU8A 1BWIA 3IJVA 1IP2A 4Z3MA 3TXJA 167LA 1BB4A 3B0IA 1GB0A 3WW5A 4ML7A 1OUIA 178LA 3P68A 1PZYA 1L45A 1L55A 4H9HA 4H92A 1NWGA 1LPIA 2D6BA 1OV5A 2DQHY 3CDOA 1LZSA 3HH3A 1JQUA 1LGWA 2YBLA 1C10A 1TCYA 1L06A 5D5CA 1ZWNA 2Q9EA 3FE0A 2LZ2A 3J6KA 198LA 5LAGA 205LA 3F9LA 1J1OY 1RE2A 3LZ2A 1LZ8A 1UIHA 4HPEA 3WUMA 4NWHA 1B7PA 3ATNA 4CFPA 4EOFA 1CX7A 4LFXA 1TDYA 3QE8A 1L22A 1PQJA 3ZEKA 1GFRA 1UA6Y 1GBZA 3C8RA 3TMVA 4B0DA 145LA 3HTDA 4PHIA 1KY0A 2RAYX 1EQ4A 1B7OA 3C8QA 1G0PA 1DYFA 214LA 1L76A 4WLTA 1IR8A 4II8A 1L65A 4KT3A 1LJIA 5II3A 218LA 1WQPA 1B7QA 1LJHA 4OWCA 3TXBA 1C6GA 1XGPC 1CKGA 260LA 4B1AA 1LSEA 3WH1A 5B07A 2B6YA 2YBIA 1CU3A 1GE2A 5APFA 4DYGA 1CU2A 1OUEA 1C67A 3BKVA 2NTGA 1WTNA 1V7SA 3PBLA 1HEOA 3OJPA 1WVVA 1VDQA 1GXXA 3HDEA 3A92A 3GUOA 1QIOA 1B7LA 1JTTL 3T36A 4LDOA 240LA 2RAZX 5I5QA 4TSBA 1L30A 5KXZA 1B5XA 1LSFA 262LA 158LA 5I4WA 1YL0X 1L03A 4J1BA 4GCEA 4HV2A 111LA 2DQGY 1L10A 3DN8A 3HT8A 4KL7A 2HECA 3WPKA 1GF5A 4YENA 1L56A 1L23A 3SB7A 5LINA 1CKHA 3A6CY 155LA 1HFZA 4H91A 3SB6A 1HSWA 3SB8A 1L42A 1IY4A 236LA 4ZFPA 4EKRA 3HT9A 1LZDA 2PC2A 3G3AB 1UIAA 3QAKA 1L49A 8LYZA 2BQIA 4QDNA 3W6CA 4DDAA 181LA 2OE9X 4ARLA 4J1AA 1IOCA 1OP9B 5I54A 4H8XA 3CT1A 1SWYA 3TXKA 2B5ZA 1LGXA 1L37A 3WPJA 3CDVA 112LA 1QTCA 4RLMA 3GUPA 3HUAA 3A91A 3QY4A 1QTVA 1JKAA 183LA 5LA8A 1RI8B 4GN5C 1L20A 243LA 115LA 230LA 5KXTA 2EIZC 1QTBA 4LDLA 1DZBX 1HELA 1REZA 1L07A 1D6QA 4B4JA 3CT0A 4FJRA 6LYZA 4XYYA 1GFGA 1XGQC 1D2YA 1OUHA 2AUBA 2OU0X 3E3DA 4B4IA 3WW6A 1LHHA 1REXA 2BQDA 144LA 3AJNA 1L79A 2C8PA 3EO5A 1ZVHL 2O7AA 4QY9A 128LA 4LDEA 3WU7A 4ZPUA 3PDSA 1NMMA 1C60A 1C65A 2B75A 4EKSA 2W1XA 2F2QA 3GUNA 1JJ0A 1GE4A 2LZTA 1L58A 1NDGC 3WU8A 5E4PA 1IP5A 4WLDA 1C6NA 3AB6A 4TSCA 4YXAC 1OWYA 1YROA 232LA 2A7DA 1GBYA 2ZQ3A 226LA 1W6ZA 1LZ9A 3TMWA 1GB7A 2F4AA 1L21A 3HH5A 1PQOA 4N5RA 4P2EA 1QQYA 1VATA 4IATA 4KXIA 2ZYCA 2LCBA 3K3TA 1L34A 2X0AA 1V7TA 2FBBA 2Q9DA 1C6AA 1J1PY 249LA 4NHPA 3TXGA 206LA 4ARQB 4R6CA 1T3PA 6LYTA 1GBSA 1LPYA 3MGWA 251LA 3AW7A 3CQLA 3M3UA 1DYDA 2RBRA 2N5ZA 1IEEA 1L08A 3CDQA 1KXYA 4G4CA 4NGYA 3BKHA 2BPUA 3C7YA 3TXEA 3WMKA 1UBZA 1LSYA 4I8SA 4WLXA 1L39A 197LA 3SB5A 1IORA 153LA 2RB0X 3P64A 2YBHA 1L01A 2RSCA 1QUDA 4LYOA 1LZ6A 1O23A 1OUJA 3AZ7A 4WO6A 3B0OA 4I7PA 1DI3A 1XGUC 1P2CC 1LYYA 4ARMB 4D9ZA 1SQ2L 1L82A 1D9WA 1LMCA 172LA 1QT4A 1XEIA 1XGTC 3RUNA 1QT6A 3DMVA 1QT8A 4LYBA 1K28A 1C6LA 1LGUA 142LA 2ZILA 1D0MA 5HLLA 1E8LA 1F6RA 4J7VA 3TXFA 1L71A 1GDWA 180LA 1GBXA 2DQEY 3HFMY 131LA 2HTXA 1L13A 1B5YA 4H9IA 3DN6A 2MEEA 182LA 217LA 1GD6A 4NGOA 1C63A 5F14A 3C83A 1BWHA 2BQFA 1B5UA 4DC4A 1L99A 1PQMA 2DQJY 2WARA 228LA 2D91A 255LA 2B6WA 227LA 1GXV2 4W55A 1FLQA 3HUQA 1CNSA 1OUBA 1REYA 3B6LA 4B4EA 1LJFA 3GUJA 4W52A 1CJ7A 1XGRC 2Z2FA 1ZURA 1SX2A 4N8ZA 1L11A 1GE1A 1LYSA 253LA 3W6BA 1T8GA 3LYZA 4LGKA 1YAMA 1C6EA 1QUGA 1L19A 4WM4A 4TX7A 2MEFA 1KY1A 1JEFA 3C82A 1C45A 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1L33A 147LA 1YL1X 4J0LA 3WXUA 1I1ZA 4IASA 1NDMC 1CV4A 4WOAA 3JR6A 4OW1A 1D0KA 3DNAA 2BQNA 199LA 2HEEA 1L70A 1C46A 4EKPA 4OWEA 4R0FA 5KXWA 4LZTA 1LI3A 3HT7A 4WLYA 4NSHA 2DQIY 5APEA 1JTOL 4NHSA 1C6CA 4HV1A 3CSRA 1FDLY 3A3QA 2B6ZA 4ETDA 1OUCA 3AGIA 2Z39A 1B6IA 1DPWA 1LMOA 3IWRA 113LA 209LA 1QUOA 1QUHA 1WQNA 2BLXA 3A96A 1WTMA 1TLAA 1CKDA 1IP7A 2F32A 3GXKA 7LYZA 4GBRB 4GCBA 114LA 4EXMA 256LA 3A34A 3IJUA 1XSFA 1DYBA 1L91A 1P6YA 1LSZA 5AMYA 4CGEA 1LW9A 4H9EA 5F81A 154LA 4N9RA 4DD0A 3DN4A 2F47A 4H9AA 1CU0A 1REMA 2LC9A 1HFYA 1LKRA 1XJUA 1AT6A 4GRVA 1VDPA 174LA 2H5ZA 3RT5X 2DKVA 3D4SA 1LMAA 1P56A 237LA 4HJYA 1L48A 2YDGA 1LZ5A 1L36A 3M18B 5IDDA 1YAOA 4NSJA 1CJ8A 1LHLA 4ET8A 1P2RA 1CV5A 1KW5A 5I4YA 212LA 1L17A 1B2KA 4ARPA 1LYOA 1VDTA 5L3HA 1EPYA 2W1YA 2BQLA 3SP3A 1FBIX 143LA 1DYGA 3DMZA 1LOZA 3WPLA 201LA 2RBQA 4W57A 1L66A 234LA 1L54A 1LZNA 4NEBA 2ZIKA 4EPFA 161LA 1CU5A 5ILCA 163LA 4DQ5A 4EJ4A 2BQJA 104LA 1KIRC 261LA 1DYAA 1L81A 3TXDA 3WUAA 1JKBA 2MEIA 1LYIA 3SBBC 150LA 123LA 3HDFA 107LA 162LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1P36 A;  2OE7 X;  3B0K A;  1P46 A;  5L9J A;  4IJ4 A;  2RB2 X;  5DN5 A;  1CTW A;  5LYZ A;  1LHM A;  2D4I A;  200L A;  5LVK A;  3DN3 A;  191L A;  4Z46 A;  4WM5 A;  3ULR A;  4MR1 A;  187L A;  1NHE A;  1LJ3 A;  4GCD A;  4NIJ A;  1HFX A;  4DDB A;  1JTN A;  1VED A;  2BQA A;  5FHW A;  118L A;  4HJV A;  1IC7 Y;  1G0J A;  176L A;  2YBJ A;  5KXL A;  2OU8 A;  1BWI A;  3IJV A;  1IP2 A;  4Z3M A;  3TXJ A;  167L A;  1BB4 A;  3B0I A;  1GB0 A;  3WW5 A;  4ML7 A;  1OUI A;  178L A;  3P68 A;  1PZY A;  1L45 A;  1L55 A;  4H9H A;  4H92 A;  1NWG A;  1LPI A;  2D6B A;  1OV5 A;  2DQH Y;  3CDO A;  1LZS A;  3HH3 A;  1JQU A;  1LGW A;  2YBL A;  1C10 A;  1TCY A;  1L06 A;  5D5C A;  1ZWN A;  2Q9E A;  3FE0 A;  2LZ2 A;  3J6K A;  198L A;  5LAG A;  205L A;  3F9L A;  1J1O Y;  1RE2 A;  3LZ2 A;  1LZ8 A;  1UIH A;  4HPE A;  3WUM A;  4NWH A;  1B7P A;  3ATN A;  4CFP A;  4EOF A;  1CX7 A;  4LFX A;  1TDY A;  3QE8 A;  1L22 A;  1PQJ A;  3ZEK A;  1GFR A;  1UA6 Y;  1GBZ A;  3C8R A;  3TMV A;  4B0D A;  145L A;  3HTD A;  4PHI A;  1KY0 A;  2RAY X; 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