4B49A

1.15 a structure of lysozyme crystallized without 2-methyl-2,4- pentanediol
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallization of Lysozyme with (R)-, (S)- and (Rs)-2-Methyl-2,4-Pentanediol
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b49A00
1BB6A 2ZILA 3B6LA 4G9SA 4WM5A 1NHEA 1GEVA 2BQEA 1ZMYL 2H5ZA 1IIZA 2IFFY 1VAUA 2HEDA 3W6DA 1GE4A 1IORA 1LKRA 1RE2A 2BAAA 3LYTA 4ML7A 1NDGC 4KPMA 1NBYC 3CSQA 2H9JA 4GCFA 2DQCY 1BWIA 1FDLY 3A94A 2MEEA 1EQEA 1YL0X 5DM9A 4WM2A 4NG1A 4B1AA 1Z55A 9LYZA 1CJ6A 3WUMA 1GHLA 3QE8A 3SP3A 3B0OA 1KXWA 4HP0A 5FCPA 1NDMC 4WM4A 1B5UA 1FN5A 1QDTA 1VDSA 2B5ZA 1LZ5A 2VB1A 1SQ2L 4YOPA 3A6BY 5DLAA 3W3EA 1IOTA 3LZ2A 4B4JA 4R0FA 2D4IA 5I4WA 1BWHA 2MEGA 3IJVA 4H9IA 4QY9A 1LZGA 4KL7A 1LSBA 1LZTA 4RW1A 3ZVQA 1LHLA 1LAAA 1VEDA 2CGIA 3CSRA 1HHLA 2ZIJA 4NWEA 3TXEA 4ET8A 5KXMA 1GD6A 3GXKA 1IWTA 1XEIA 2F4AA 4UWVA 4NGZA 1GB5A 5KXPA 1QIOA 1C08C 5APEA 3WVYA 1I1ZA 4H8XA 1GF0A 1UIBA 2LZTA 2Z12A 4TUNA 5LVIA 4E3UA 1G7LC 1LSMA 4N1CC 4RW2A 5F9XA 2BLYA 2EKSC 4CHXA 4DD1A 4IASA 4NHSA 1AZFA 1V7TA 2LYZA 4RLNA 3TMUA 3WYHA 1IP1A 1IP3A 1LZ8A 1NKHA 1AKIA 3LHMA 4HV1A 3WH1A 154LA 1I56A 2I26L 2DQEY 2G4NA 1FLWA 5HMJA 2H9KA 3N9EA 1GF6A 3WXUA 3EO5A 4OOTA 4B49A 1C10A 1REYA 1GXXA 1LMCA 2BQIA 5D5CA 135LA 2Z39A 5I4XA 5KXOA 132LA 4H92A 1G7IC 1J1OY 4DD9A 2I25L 1REXA 3A92A 1WTNA 3CT5A 4CGEA 3AJNA 3E3DA 5C6LA 5KXRA 1UIAA 2X0AA 5L9JA 5HMVA 4P2EA 3B0KA 4H9HA 1YAMA 4NWHA 5T3FA 3W6AA 5I54A 5LYTA 2YBMA 1LHMA 1NQIA 1BB3A 1LYSA 2MEDA 2ZYPA 1JSEA 4LZTA 5KKJA 1HFZA 1LHKA 1WQNA 2N5ZA 4HTQA 5K7OA 4G4HA 3RNXA 5J7CA 1INUA 1GBOA 1IWWA 1WTMA 3BKVA 1BVXA 5FELA 1IWUA 1IOSA 1JSFA 1QUTA 5KXLA 4J1BA 1BB4A 1FKQA 2DBTA 3A67Y 1GF5A 4H9CA 4NHIA 1GBYA 1LZEA 3A8ZA 2HEEA 1BB7A 5FDJA 1JHLA 1ZV5L 4OWHA 4GN5C 4LYBA 3ULRA 4DD7A 1B0DA 5FEKA 1BQLY 1G7HC 1GF4A 4NGWA 2XBSA 1YKZX 4HJYA 4NSGA 1B7SA 5APCA 3MGWA 1LSEA 3WMKA 2MEAA 2PC2A 1F0WA 4WO6A 4MSTA 1LSGA 2YVBA 3AW6A 5LXWA 3P66A 1QTEA 4XN6A 4WLDA 4WM1A 1YILA 2MEBA 4TWSA 1LZ6A 1REMA 1HMKA 4LYMA 1GB9A 1IR8A 5EBHA 2F30A 1WQPA 4NGKA 1IP4A 4YF2A 1FLYA 1LZBA 4WLXA 4BS7A 3FI7A 1DKJA 1LJNA 1IWVA 2EPEA 4TSCA 2C8PA 3WPJA 1YROA 1HELA 1GFHA 1D6QA 1HFXA 1UC0A 2HU1A 1DZBX 2DQJY 2Z2EA 3AYQA 4J0LA 2W1XA 4H91A 1AT6A 4G4BA 1LPIA 5KXTA 1LZAA 4EOFA 2BQBA 2Y8PA 4N1EI 2LHMA 5HNLA 3WXTA 2YBLA 4H8YA 3FE0A 3WU9A 4QDNA 4TTDA 1GB8A 1XSFA 1JUGA 4H93A 4LYCA 3LYMA 3WU8A 3OK0A 1IP2A 193LA 3A6CY 4HJZA 1LJ4A 4MR1A 4TSBA 2MECA 1JTPL 1LMQA 1KIPC 1OUBA 3ZVQB 1DKKA 1B5VA 1F6SA 5M1YA 4NGOA 5L3HA 4H9BA 4QEQA 2BQMA 4RLMA 5IDDA 5KXSA 4WM6A 5LYMA 3TXBA 2LYOA 3T6UA 3W6EA 1DI3A 5KXXA 3TXFA 1C46A 4XJHA 1HC0A 4NFVA 1IR9A 1LYZA 3TXKA 1EL1A 4Z46A 2G4QA 4KT3A 1IVMA 1LJHA 1DI5A 1YKXX 4Z41A 2EIZC 1YKYX 4YENA 134LA 3TXGA 1OUFA 4HV2A 1UA6Y 4XJFA 5JENB 2BQJA 1IO5A 1LJFA 1HNLA 4Z98A 1A2YC 5KY1A 1IOQA 1C45A 1EQ5A 1E8LA 1NBZC 1OUJA 1LSCA 1QDRA 2F4GA 1HEOA 1LJGA 3RT5X 1JKCA 1GEZA 1LJIA 1GBWA 4M4OA 2FBBA 3QNGA 1GPQC 1G7MC 3W6FA 1OUCA 1YAOA 4G49A 4II8A 2BQCA 3TXDA 194LA 1HF4A 2DQAA 1C7PA 1REZA 1T6VL 2BLXA 1LZ1A 2ZNWY 2XTHA 3EBAB 4QGZA 4TX7A 3EMSA 3TMWA 2XJWA 4DD2A 3CB7A 4XYYA 4Z3MA 1B7QA 3K3TA 1LSFA 1B7LA 1VDQA 2AUBA 1VATA 1JIYA 1LMTA 1WQMA 4NSIA 4U3XB 4NHQA 6LYZA 4HTNA 5E4PA 1NF5A 4N0JA 5KXZA 2ZIKA 4ANRA 3W6CA 1GBXA 1LYOA 1TBYA 2GV0A 1GE0A 2IHLA 2HEAA 1UICA 5E9RA 1UIGA 153LA 1GAZA 5IHGA 1XGPC 4GCEA 4L41A 3AZ4A 3IJUA 1LZ9A 4H8ZA 4HPIA 4NIJA 5LA8A 5B06A 4AGAA 4DDCA 3RZ4A 3D3DA 1B5XA 1JKDA 3HBEX 1GXV2 1LSDA 2C8OA 1B5WA 1XEJA 3TXIA 2MEHA 3WW5A 4DD3A 4LT2A 5DN4A 2BQNA 3KAMA 1IX0A 1OUIA 4MCKA 1RI8B 2XBRA 3VWOA 1DQJC 4IATA 1GAYA 1H87A 1GFUA 5C6JA 2Z37A 3RU5A 3WL2A 4PRQA 4ETDA 5B07A 1LMOA 1XGUC 5LIOA 2W1YA 1OP9B 2YSSC 1GFAA 1LMPA 2EQLA 1JTTL 4WL6A 4XJDA 5I5QA 5LVGA 1CJ9A 2DQDY 1LHIA 1WQRA 2MEFA 1LJJA 2BQAA 2ZYCA 1I20A 1JTOL 1YAQA 1XEKA 4HJVA 1FKVA 1HEQA 1NMMA 4WM3A 1BWJA 1B7OA 3TXHA 4J7VA 3AGIA 1CJ8A 1GB3A 2DQHY 1CNSA 3RW8A 1GF8A 1UIHA 1A4VA 1FBIX 2D6BA 4NEBA 5II3A 1FLQA 1W08A 2F2NA 5F16A 3AZ5A 3LN2A 3M3UA 4GN4A 5LVKA 1B7NA 5LVJA 1QSAA 5LA5A 8LYZA 1N4FA 4DYGA 5KXWA 4W96A 4ETCA 5KXKA 5F14A 4XENA 5APDA 4HPEA 1TAYA 4H94A 1JJ1A 1LJEA 1AT5A 3WPLA 1HSXA 1XGQC 1GF7A 1LZNA 2RSCA 3ZEKA 5B59A 4J1AA 1OUAA 2BQGA 5C6IA 2MEIA 4H9FA 2BPUA 2DQGY 5LAGA 4CFPA 1JITA 2Q0MX 1OQMA 2CWIA 2DQIY 3B72A 5KJ9A 4O34A 1JPOA 5DL9A 4B0DA 1PZYA 5ILCA 4LYTA 4BADA 2LYMA 1P2CC 4YM8A 1OUEA 3LYZA 4XJGA 1IR7A 1D9UA 1GE3A 2W1LA 1GE2A 4ETBA 1IP6A 1HSWA 2HTXA 4H9AA 1TEWA 1LSPA 1UIEA 1VFBC 4C3WA 5B1FA 1GB0A 1JKBA 4NSJA 5LVHA 3LZTA 3T36A 1HEMA 1IC4Y 5KXNA 4DDAA 4WLYA 2FBDA 4UWNA 4AXTA 3P4ZA 3LYOA 1LZ4A 2BQDA 2D4JA 4LFPA 4NG8A 1JJ3A 4WLTA 1DXJA 3EXDA 4H1PA 1WVVA 3A3QA 1J1PY 3AZ6A 1GFRA 1JISA 5FHWA 5DN5A 3A95A 4BAPA 2ZQ3A 4FDYA 1T3PA 1JJ0A 3AZ7A 5IELA 3J4GA 1GB6A 1CKGA 2YBIA 1HENA 1WQQA 4WMGA 1D0MA 3A91A 1RCMA 3WUNA 2LZ2A 1MELL 5B05A 1IWXA 4BAFA 3F6ZA 1HEWA 1YQVY 1YL1X 4NGVA 4GCDA 4G4CA 1LSZA 1DI4A 5AMYA 1LCNA 3N9CA 1OUHA 4LGKA 4DDBA 4LT3A 1BB5A 6LYTA 1KXXA 133LA 4DWXA 1ZVHL 3AGHA 2HECA 1XFPL 1YIKA 3HFMY 2HEFA 4H90A 3P65A 1IEEA 3CT0A 1IWZA 1KXYA 2YDGA 1F10A 2D91A 1JEFA 1TDYA 3D9AC 3ATNA 2FYCA 3CSZA 5LINA 3BKHA 2BQKA 1BVKC 2FYDA 4H9EA 4B4IA 4ZEEA 1UBZA 208LA 2ZWBA 4I0CA 4C5FA 1TCYA 4I8SA 1LKSA 1LZSA 5ILFA 4PRUA 2YBHA 4N5RA 5A3ZA 3CT1A 4OWAA 4OWCA 1O23A 5B1GA 4N9RA 1GWDA 4NHPA 2BQHA 1IOCA 1GE1A 4OWEA 5F9UA 3M18B 1GB2A 4NY5A 7LYZA 1LSAA 3TMXA 4WG7A 5HNCA 4DT3A 1LOZA 4LFXA 1B5ZA 1C43A 1J1XY 1GDXA 1OUDA 1UCOA 4PJ2C 4WOAA 4XADA 5D5FA 1YANA 4OOOA 5L3IA 2HUBA 1GBSA 1CKFA 1UIDA 1BHZA 1W6ZA 5A3EA 1GFTA 4XJBA 1QQYA 2BQFA 1CKDA 2A7DA 2CJLA 1GFEA 3G3BB 4NGYA 2CDSA 5KKIA 3J6KA 4B4EA 1LMAA 2YBJA 5APFA 1KIRC 4LT0A 1V7SA 5HLLA 1IWYA 1NWGA 2HU3A 4XJIA 1HFYA 4NGLA 1VDTA 3GXRA 4ETAA 2DQFC 4ET9A 2BQOA 4IJ4A 1LHHA 4LYOA 3A90A 2NWDX 4GLVA 4M6DA 1RFPA 2W1MA 3A34A 1XGRC 1LZRA 1LTMA 2ZNXY 2G4PA 1EQ4A 1HEPA 1DPXA 3QY4A 4LYZA 5I53A 3HBDA 4LT1A 4PHIA 1LSYA 1LZDA 1UACY 1ZVYB 4NGIA 4NHTA 1D6PA 1GDWA 1HMLA 3WW6A 1LZYA 1LHJA 1QSWA 1LZCA 2Z38A 1GFJA 3IWRA 4YEOA 3A96A 1KIQC 4PPOA 1SLYA 2WARA 2D4KA 5LYZA 3AGGG 5LAFA 1UUZC 4FJRA 2DKVA 4PGJB 4CFOA 3ATOA 1GFGA 1OUGA 1IC5Y 4D9ZA 1JWRA 4KXIA 1CKCA 3A93A 4RDSA 2Z2FA 4GCCA 4NSHA 2HEBA 1AM7A 4A7DA 1GFVA 1DPWA 1IY3A 3G3AB 4WG1A 1CJ7A 4EMNA 4OW1A 4W94A 1UIFA 5KXYA 3CQLA 1GF3A 4WL7A 3A3RX 2BQLA 2ZQ4A 2I6ZA 1F6RA 5FSTA 1GFKA 1QUSA 1H6MA 1LMNA 1MLCE 4DD0A 5I4YA 1VDPA 1BGIA 4YEMA 1D0KA 3HBHA 4R6CA 1WQOA 4N8ZA 4GLAA 4HSFA 4NGJA 4ZIXA 1GB7A 1LJ3A 3WVXA 1B7RA 4WO9A 1XGTC 1B9OA 2Z18A 3AW7A 2YBNA 4GCBA 3WUAA 1B5YA 4UWUA 1IY4A 3P68A 3WPKA 4CJ2A 3AB6A 4ZFPA 1RJCB 1JKAA 1GBZA 5F81A 3WULA 4HTKA 3TMVA 1B7PA 1FLUA 3P64A 4OWBA 1LYYA 1IP5A 1HERA 4X3BA 1D0LA 1IC7Y 1WVUA 3N9AA 5HQ1A 1LJKA 1B7MA 1QTKA 1YAPA 1G7JC 1ALCA 1GF9A 3TXJA 4GN3A 1CKHA 1IP7A 1LSNA 1PS5A 1B2KA 2A7FA 4DC4A 4ETEA 3W6BA 2Z19A 207LA 3WU7A 3B0IA 3OJPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B6LA 2BQEA 130LA 1L34A 164LA 1VAUA 118LA 1IORA 3LYTA 4ML7A 1CV3A 3FI5A 2RBOA 3CSQA 4GCFA 1L06A 2DQCY 1EQEA 2Q9EA 4S0WA 3OE6A 1KW7A 1L08A 1L05A 1B5UA 1VDSA 1SQ2L 5DLAA 4B4JA 1IOTA 108LA 4ARJA 1L21A 2D4IA 4H9IA 5KXMA 2ZIJA 3TXEA 3GXKA 4UWVA 195LA 4NGZA 1I1ZA 225LA 1L02A 4N1CC 4RW2A 4DD1A 254LA 4NHSA 3SBBC 226LA 3WYHA 154LA 2G4NA 1L65A 5HMJA 205LA 1C6CA 4OOTA 1REYA 1LMCA 112LA 5D5CA 213LA 2Z39A 1C64A 171LA 1REXA 1WTNA 5KXRA 243LA 4P2EA 3B0KA 1YAMA 4NWHA 5I54A 1LHMA 1BB3A 1JSEA 4LZTA 1HFZA 1WQNA 1P2RA 2ANXA 1T8FA 1IWWA 5FELA 1IWUA 1DYGA 157LA 4J1BA 3GUOA 1FKQA 1L09A 1GF5A 1L74A 4ZPUA 1BB7A 1JHLA 3NYAA 1QSBA 4GN5C 3ULRA 4DD7A 1B0DA 1GF4A 4I7KA 4I7MA 1YKZX 4NSGA 1L93A 1LSEA 2OU9A 1LSGA 3AW6A 137LA 1G0KA 247LA 5EBHA 2QB0B 1IP4A 4LDEA 4BS7A 4IAPA 1OWYA 2EPEA 2OE9X 1L18A 1YROA 1L94A 1GFHA 1D6QA 1AT6A 5KXTA 2Y8PA 4N1EI 3WXTA 4H8YA 4QDNA 4TTDA 1C6KA 4H93A 144LA 3LYMA 3WU8A 1IP2A 138LA 3A6CY 4HJZA 2MECA 3ZVQB 1ZYTA 4WM6A 230LA 3W6EA 3FA0A 1G06A 2B6TA 1HC0A 2G4QA 1LJHA 1IO5A 1LYDA 1OUJA 1QDRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BB6 A;  2ZIL A;  3B6L A;  4G9S A;  4WM5 A;  1NHE A;  1GEV A;  2BQE A;  1ZMY L;  2H5Z A;  1IIZ A;  2IFF Y;  1VAU A;  2HED A;  3W6D A;  1GE4 A;  1IOR A;  1LKR A;  1RE2 A;  2BAA A;  3LYT A;  4ML7 A;  1NDG C;  4KPM A;  1NBY C;  3CSQ A;  2H9J A;  4GCF A;  2DQC Y;  1BWI A;  1FDL Y;  3A94 A;  2MEE A;  1EQE A;  1YL0 X;  5DM9 A;  4WM2 A;  4NG1 A;  4B1A A;  1Z55 A;  9LYZ A;  1CJ6 A;  3WUM A;  1GHL A;  3QE8 A;  3SP3 A;  3B0O A;  1KXW A;  4HP0 A;  5FCP A;  1NDM C;  4WM4 A;  1B5U A;  1FN5 A;  1QDT A;  1VDS A;  2B5Z A;  1LZ5 A;  2VB1 A;  1SQ2 L;  4YOP A;  3A6B Y;  5DLA A;  3W3E A;  1IOT A;  3LZ2 A;  4B4J A;  4R0F A;  2D4I A;  5I4W A;  1BWH A;  2MEG A;  3IJV A;  4H9I A;  4QY9 A;  1LZG A;  4KL7 A;  1LSB A;  1LZT A;  4RW1 A;  3ZVQ A;  1LHL A;  1LAA A;  1VED A;  2CGI A;  3CSR A;  1HHL A;  2ZIJ A;  4NWE A;  3TXE A;  4ET8 A;  5KXM A;  1GD6 A;  3GXK A;  1IWT A;  1XEI A;  2F4A A;  4UWV A;  4NGZ A;  1GB5 A;  5KXP A;  1QIO A;  1C08 C;  5APE A;  3WVY A;  1I1Z A;  4H8X A;  1GF0 A;  1UIB A;  2LZT A;  2Z12 A;  4TUN A; 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 1UAC Y;  1ZVY B;  4NGI A;  4NHT A;  1D6P A;  1GDW A;  1HML A;  3WW6 A;  1LZY A;  1LHJ A;  1QSW A;  1LZC A;  2Z38 A;  1GFJ A;  3IWR A;  4YEO A;  3A96 A;  1KIQ C;  4PPO A;  1SLY A;  2WAR A;  2D4K A;  5LYZ A;  3AGG G;  5LAF A;  1UUZ C;  4FJR A;  2DKV A;  4PGJ B;  4CFO A;  3ATO A;  1GFG A;  1OUG A;  1IC5 Y;  4D9Z A;  1JWR A;  4KXI A;  1CKC A;  3A93 A;  4RDS A;  2Z2F A;  4GCC A;  4NSH A;  2HEB A;  1AM7 A;  4A7D A;  1GFV A;  1DPW A;  1IY3 A;  3G3A B;  4WG1 A;  1CJ7 A;  4EMN A;  4OW1 A;  4W94 A;  1UIF A;  5KXY A;  3CQL A;  1GF3 A;  4WL7 A;  3A3R X;  2BQL A;  2ZQ4 A;  2I6Z A;  1F6R A;  5FST A;  1GFK A;  1QUS A;  1H6M A;  1LMN A;  1MLC E;  4DD0 A;  5I4Y A;  1VDP A;  1BGI A;  4YEM A;  1D0K A;  3HBH A;  4R6C A;  1WQO A;  4N8Z A;  4GLA A;  4HSF A;  4NGJ A;  4ZIX A;  1GB7 A;  1LJ3 A;  3WVX A;  1B7R A;  4WO9 A;  1XGT C;  1B9O A;  2Z18 A;  3AW7 A;  2YBN A;  4GCB A;  3WUA A;  1B5Y A;  4UWU A;  1IY4 A;  3P68 A;  3WPK A;  4CJ2 A;  3AB6 A;  4ZFP A;  1RJC B;  1JKA A;  1GBZ A;  5F81 A;  3WUL A;  4HTK A;  3TMV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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