4B4EA

1.00 a structure of lysozyme crystallized with (r)-2-methyl-2,4- pentanediol
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallization of Lysozyme with (R)-, (S)- and (Rs)-2-Methyl-2,4-Pentanediol
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b4eA00
1GB2A 3TMUA 1B5YA 5KXTA 2ZIJA 3TMXA 1GXV2 1CKDA 1LJNA 1PZYA 3CT5A 5B1FA 1AZFA 1UICA 2LYOA 4RDSA 1HEWA 1LZYA 4B49A 4WL7A 2HECA 4PPOA 3P66A 4CHXA 1FDLY 4OWEA 2LHMA 4H93A 1GXXA 3KAMA 4HV2A 5APEA 4WO6A 1WTMA 6LYZA 5KXMA 1IWYA 5AMYA 1UIBA 3ZVQB 4N9RA 1HFXA 4BAFA 3ZVQA 4ET9A 4G9SA 1SQ2L 1KIPC 2DQDY 3CQLA 4LYMA 1B7PA 1B7OA 1TBYA 2HUBA 5LVGA 2D4JA 4H1PA 2X0AA 1YAQA 1IP1A 3D3DA 1UIGA 4NGLA 3A96A 3CSQA 3LYMA 4J1BA 4QEQA 3T36A 2H9KA 1GPQC 3WW5A 4NGWA 3ULRA 4NGOA 1DI3A 1N4FA 1FLUA 2Z38A 2F4GA 5HQ1A 2D6BA 3A3QA 4I8SA 2BQLA 3IWRA 4XJBA 4DWXA 2F30A 3GXRA 3LYZA 4NG1A 1JSFA 5LXWA 4IASA 1IWWA 1LZ8A 5HNLA 5C6LA 1NQIA 1SLYA 2LZ2A 1AKIA 5FELA 3D9AC 1WVUA 3WU7A 5LIOA 1B7NA 3BKVA 4ETCA 4XN6A 4WOAA 4DC4A 4H9FA 1QIOA 1ZVHL 1LMPA 2CWIA 2EQLA 5KJ9A 1JIYA 5L3HA 1QTEA 2CJLA 2VB1A 5LYMA 1HF4A 1UIEA 1XGTC 208LA 5FDJA 1W08A 3W6CA 3WPKA 4G4HA 2H9JA 1B5VA 1LSZA 1RCMA 2BQAA 2Z2FA 2ZNWY 2BQHA 2GV0A 1LSBA 3IJVA 1IP3A 1LTMA 2D4IA 2YBMA 5C6JA 1JEFA 4N1CC 1BVKC 1LMQA 3B72A 1LMNA 5DLAA 2HEFA 3N9EA 2ZYPA 1EL1A 4LYZA 5LAGA 7LYZA 4ZIXA 1D6QA 1CKGA 5F81A 1WQPA 4PJ2C 1OUEA 4WLXA 1IWUA 1DKJA 3EO5A 4G4BA 4WL6A 5APCA 4YEMA 2BPUA 4HTQA 1YAOA 4NHPA 4H8YA 1OP9B 1EQ5A 4NWEA 4NGYA 1HSXA 1LJGA 1OUCA 1O23A 1B5WA 1DPXA 1YL1X 4TUNA 5D5CA 1LJJA 4Z98A 3AGGG 1BWJA 3LN2A 3WL2A 4EMNA 4Z46A 2W1LA 5KXSA 4H9CA 4GCCA 1GF7A 4A7DA 1GE1A 4N1EI 1IR7A 4NEBA 5F9UA 1LOZA 4EOFA 4H9AA 4NGVA 2ZQ4A 4MSTA 4OWBA 2A7FA 2W1XA 1D0KA 3TXEA 2H5ZA 1NKHA 5LYTA 1I20A 3WPLA 3A3RX 1IVMA 1CJ8A 2WARA 1TCYA 1TEWA 2DQCY 1IWTA 2MECA 1LSPA 2YDGA 3A34A 3P68A 4LYOA 4BAPA 1G7MC 4YM8A 5ILCA 1LZ9A 5I53A 1GE4A 3CT0A 1LJIA 4HTNA 133LA 1VATA 4M6DA 4DD0A 5IELA 1KXWA 3CSRA 1FN5A 1JJ0A 1OUFA 1XEKA 1LSEA 3CB7A 1XSFA 2BQBA 2I26L 5EBHA 3WXTA 4XYYA 5DM9A 1J1OY 4OW1A 2DKVA 2F4AA 2BQIA 3HFMY 4H94A 4C5FA 4ML7A 1HHLA 4DT3A 1IP5A 5I4YA 5KXXA 1GFRA 1RJCB 2NWDX 1YQVY 2BQKA 1GF9A 1LMOA 1JKCA 1QSWA 3RW8A 1WQOA 1UUZC 4FDYA 3RU5A 3WULA 1B0DA 1EQEA 4LT2A 1XGRC 3TMVA 1YANA 4GLAA 2G4QA 193LA 1G7JC 1JKDA 4DDAA 134LA 1VEDA 2W1YA 5KXYA 1IP6A 1YAMA 2N5ZA 4GCEA 3TMWA 4DDBA 1BB5A 4G49A 1IO5A 5KXPA 1LJEA 1GB0A 4UWNA 2Z12A 5D5FA 2XBSA 2ZIKA 4TWSA 1KIRC 2LYZA 2Y8PA 5DN5A 3W6AA 5I4XA 1JKBA 5JENB 1GD6A 3TXGA 2MEDA 1FLQA 5LINA 3A92A 1IORA 1LSYA 3BKHA 3FI7A 4NIJA 4QGZA 4L41A 1IR9A 2BLXA 4XJDA 4H9EA 4TSCA 5F14A 1B7LA 1WQRA 4HJYA 4TX7A 1HEQA 8LYZA 1CNSA 4Z41A 1LJHA 1LSGA 4H9IA 2G4PA 1XEIA 2IFFY 1LPIA 2FYCA 1OUJA 3WH1A 3TXFA 1HEMA 1HFYA 1I1ZA 3AZ4A 1LZNA 4WMGA 4WM5A 4P2EA 5KXRA 1IOSA 1IP7A 4RLNA 1MELL 1LZ5A 4GN5C 5M1YA 1JITA 4W96A 1B7QA 5FHWA 1GF0A 3EXDA 3OJPA 4NFVA 4LT0A 2ZYCA 1CKCA 5HMJA 5KXZA 3ATOA 3EBAB 1LYZA 1IWVA 4RW2A 3MGWA 1JWRA 5F9XA 1LZAA 2HU1A 1YKZX 1CKHA 1FLWA 2AUBA 4KXIA 4W94A 1UIFA 1GE0A 1IC7Y 4FJRA 4CFOA 4KL7A 2F2NA 1C10A 4C3WA 1OUGA 5LVHA 2CGIA 1LJ3A 2DBTA 4UWUA 1JTOL 4NGZA 3K3TA 2MEFA 3AW7A 2YSSC 2BQJA 3AJNA 2BQMA 2EPEA 3HBEX 2XTHA 1D0MA 5LA5A 4XJHA 4MCKA 4Z3MA 5KY1A 4HJVA 1VFBC 4WM3A 2LYMA 4WG1A 1GFHA 1VAUA 1DZBX 1DI4A 1GFEA 4NWHA 2RSCA 3F6ZA 4WG7A 1JISA 2DQAA 4NSJA 5L3IA 4II8A 1RFPA 2HU3A 1WQMA 1GAYA 2DQFC 2YVBA 5LVIA 3WUAA 1ZMYL 2D91A 3LZ2A 1A4VA 5IDDA 1REMA 1RE2A 1D9UA 4GCFA 2G4NA 5A3EA 3W6EA 5KKJA 1DQJC 3WMKA 1B5ZA 2I6ZA 1G7IC 2YBJA 2YBNA 2XBRA 4B0DA 3G3BB 153LA 4WLYA 1ZVYB 1GFVA 1F10A 1PS5A 1LMCA 1QTKA 1XGQC 2BQCA 4O34A 1IY3A 4XENA 4E3UA 1QUSA 154LA 4N5RA 1JJ1A 1C08C 1BVXA 3N9AA 5APFA 2YBHA 3LYOA 3RT5X 5LAFA 1BB3A 1JJ3A 2BAAA 3TXDA 4YF2A 1DKKA 1GBXA 1LSMA 207LA 4X3BA 1LZ4A 2I25L 1WVVA 4NGKA 1LSNA 1QDTA 2BQFA 4NHQA 1GF8A 4KPMA 2BLYA 1BGIA 4YEOA 1BB7A 1KXYA 1HNLA 1OUBA 2A7DA 4IATA 1XGUC 4OWHA 5A3ZA 2Z39A 4DD2A 9LYZA 5J7CA 1LKSA 4NG8A 2DQEY 2HEDA 1VDTA 1GE2A 4J0LA 5E4PA 1GE3A 1BWIA 3WUNA 4OWCA 1WQNA 3EMSA 2BQEA 5HMVA 5I54A 1YKYX 1MLCE 5LA8A 1YIKA 4DD9A 1LHJA 1XEJA 1HMKA 1JUGA 1B5XA 1GF4A 5DN4A 5KXKA 1T3PA 4HV1A 1GBOA 1UIAA 4NY5A 4BADA 1JKAA 2XJWA 1GB8A 4RLMA 5C6IA 4WO9A 3AZ5A 1WTNA 1GF3A 1LZ1A 3HBDA 4ZEEA 4QDNA 4LFXA 4OOTA 1IOTA 1B5UA 1IWZA 1GF6A 3A91A 1QDRA 4WM6A 4B4JA 4DD3A 4OWAA 5KXNA 5T3FA 5FCPA 3B0OA 3IJUA 3LYTA 3W3EA 2C8PA 1IR8A 1LHLA 3QNGA 3P65A 1HELA 1NDMC 1LZSA 4ANRA 4ETAA 1IEEA 4I0CA 4MR1A 4AXTA 1NF5A 1VDPA 1LSDA 1AT5A 1LHMA 1TDYA 4GCDA 3GXKA 5FEKA 4XJGA 1A2YC 1GB3A 2Q0MX 1UCOA 1OUIA 3E3DA 1B7MA 1IOCA 2Z37A 5KXWA 4PRQA 3VWOA 4XJFA 1LHHA 1REZA 1J1PY 1BHZA 1FKQA 1UACY 1T6VL 2EKSC 5F16A 5FSTA 3AYQA 5B07A 5LVKA 2MEBA 1BQLY 4H92A 1LYOA 1NBZC 1GB7A 4LFPA 1IP2A 4WM4A 135LA 2BQOA 1LJ4A 4NHSA 1JHLA 2Z2EA 4PRUA 4WLTA 5ILFA 4LYCA 1TAYA 3A6BY 5B05A 1IIZA 4QY9A 2LZTA 1YL0X 1HENA 1IWXA 4YOPA 1LZRA 1LZCA 3ZEKA 3A93A 5L9JA 4J7VA 4D9ZA 4B1AA 3A94A 4TSBA 1GAZA 1DPWA 1GFUA 1LZGA 4CGEA 3A95A 2DQJY 1HEPA 1Z55A 3P64A 3A90A 3AZ6A 1LKRA 4IJ4A 4NGIA 4U3XB 1LSAA 4WLDA 1I56A 1GF5A 5LVJA 1GB6A 4LT3A 1LZDA 4CFPA 1CJ7A 1LYYA 194LA 4HPEA 3WU9A 3W6BA 3WVYA 3AZ7A 5HNCA 1F6SA 3M18B 4H9HA 1UIDA 5KKIA 3TXKA 4DYGA 1G7HC 3WU8A 4HTKA 1BB6A 1HFZA 1FKVA 1LAAA 1LHKA 1YROA 2BQDA 4HJZA 1GDWA 2ZILA 4H90A 5I4WA 2HEAA 1C7PA 3QY4A 1GFJA 2Z19A 1AT6A 1LMTA 3G3AB 2MEAA 1RI8B 3CT1A 1V7TA 3FE0A 1D6PA 3B0IA 1WQQA 4NGJA 3AB6A 4GCBA 4DD1A 4ET8A 1LMAA 4BS7A 1GB9A 3WW6A 4HSFA 1KIQC 3AW6A 4AGAA 1NMMA 1VDQA 3T6UA 3WVXA 1LCNA 1LSCA 1V7SA 1YILA 4H9BA 3WPJA 3B0KA 1GFKA 1XGPC 2DQGY 1DXJA 3AGHA 4RW1A 1JSEA 1HSWA 2BQGA 4LYTA 4NSIA 3WXUA 3ATNA 2Z18A 4XJIA 2MEEA 4LYBA 1B7RA 1YAPA 1OUAA 1HEOA 1QUTA 3TXIA 1C46A 5B59A 5HLLA 3M3UA 1GFGA 4NHIA 3HBHA 1B7SA 2DQIY 1IOQA 4GLVA 1GWDA 4LZTA 4PGJB 1NDGC 1HC0A 1GBSA 3A67Y 1D0LA 3WUMA 2W1MA 5KXOA 1GB5A 4LT1A 1OQMA 4ETBA 1AM7A 1IC5Y 1LYSA 4NHTA 5APDA 2HEBA 5II3A 2YBLA 1IP4A 1QSAA 3J6KA 4DDCA 2YBIA 2CDSA 4OOOA 4B4IA 1IX0A 2FBDA 4G4CA 4H91A 1UC0A 1BB4A 1C43A 1LJKA 4R0FA 4ETEA 3TXJA 2MEIA 4B4EA 1VDSA 3A8ZA 4N8ZA 4PHIA 1INUA 4LGKA 1REYA 1LZBA 4TTDA 1J1XY 3N9CA 2FYDA 4M4OA 1GDXA 1LZ6A 1FLYA 1F6RA 1UIHA 2DQHY 1JTTL 4DD7A 1NBYC 132LA 3J4GA 5E9RA 2ZNXY 2MEGA 5B1GA 3W6DA 3QE8A 4YENA 2ZQ3A 1GEZA 3B6LA 3TXBA 1IY4A 1EQ4A 1GBYA 3RZ4A 2HTXA 1IC4Y 3RNXA 4ETDA 1LZEA 3P4ZA 2MEHA 1B9OA 1REXA 1C45A 3LHMA 3OK0A 2C8OA 3A6CY 4HP0A 1CJ9A 2PC2A 1CJ6A 1HERA 5B06A 1GBWA 1FBIX 1LJFA 1P2CC 5K7OA 3WYHA 4WM2A 1LZTA 2BQNA 5DL9A 1JPOA 1LSFA 5I5QA 2D4KA 1BWHA 1W6ZA 4XADA 1CKFA 2B5ZA 1H87A 4UWVA 1NHEA 4GN3A 4H8XA 5LYZA 4J1AA 4NSGA 3CSZA 5IHGA 1GHLA 1HMLA 2FBBA 1YKXX 1B2KA 2ZWBA 4NSHA 4CJ2A 3W6FA 1GFTA 1H6MA 2HEEA 1XFPL 4N0JA 1GBZA 3LZTA 1GEVA 1KXXA 1ZV5L 4H8ZA 4R6CA 1ALCA 1OUDA 4ZFPA 1QQYA 1JTPL 1GFAA 2IHLA 1G7LC 1LHIA 4GN4A 3TXHA 4KT3A 1UA6Y 1F0WA 1NWGA 4WM1A 2EIZC 4HPIA 1E8LA 1DI5A 3AGIA 5KXLA 1UBZA 3SP3A 6LYTA 1OUHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB2A 1GXV2 5B1FA 1L57A 4PPOA 4OWEA 1GXXA 4WO6A 4YXCA 4G9SA 1CV4A 1LYHA 2DQDY 2QARC 2HUBA 5LVGA 1PQKA 3A96A 3LYMA 4QEQA 3T36A 2H9KA 3ULRA 4NGOA 1N4FA 4LZMA 3A3QA 1L44A 4DWXA 4IASA 1IWWA 1L28A 1LZ8A 5C6LA 2RBRA 1WVUA 5LIOA 1B7NA 3RUNA 4DC4A 5L3HA 1QTEA 1XGTC 4LDEA 1W08A 157LA 4G4HA 107LA 1L76A 1LSBA 1L60A 2YBMA 5C6JA 1LMQA 1C6GA 5DLAA 3DMZA 3DN1A 5F81A 2LZMA 5APCA 4ZPUA 181LA 1HSXA 1LPYA 1B5WA 2RAYX 4E97A 2HULA 4Z46A 1C6EA 3VW7A 146LA 1L97A 216LA 4H9CA 1IR7A 113LA 4NGVA 3TXEA 5LYTA 2WARA 1TCYA 1TEWA 2DQCY 2YDGA 3A34A 133LA 1VATA 4DD0A 4DQ5A 1XSFA 2B6YA 2BQBA 4OW1A 2IGCA 2B75A 4H94A 4EXMA 3OE9A 2RB1X 1QUGA 2BQKA 1GF9A 1JKCA 1UUZC 4FDYA 1B0DA 4GLAA 2G4QA 4DDAA 3CDQA 1IP6A 1YAMA 1T8GA 4UWNA 5D5FA 2XBSA 2ZIKA 1KIRC 178LA 2B70A 1C61A 3TXGA 1FLQA 5LINA 1SSWA 1IR9A 2BLXA 1HEQA 1CNSA 4Z41A 1LJHA 2FYCA 1HFYA 4RLNA 1MELL 1LZ5A 1JITA 2OU0X 4W96A 1QT4A 4NFVA 2ZYCA 155LA 5KXZA 3L64A 1LYZA 1L32A 1L40A 5F9XA 1L89A 1CKHA 4W94A 254LA 5LVHA 1LJ3A 2MEFA 140LA 1CU2A 3AJNA 1L0KA 1D0MA 1L25A 1P37A 2LYMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB2 A;  3TMU A;  1B5Y A;  5KXT A;  2ZIJ A;  3TMX A;  1GXV 2;  1CKD A;  1LJN A;  1PZY A;  3CT5 A;  5B1F A;  1AZF A;  1UIC A;  2LYO A;  4RDS A;  1HEW A;  1LZY A;  4B49 A;  4WL7 A;  2HEC A;  4PPO A;  3P66 A;  4CHX A;  1FDL Y;  4OWE A;  2LHM A;  4H93 A;  1GXX A;  3KAM A;  4HV2 A;  5APE A;  4WO6 A;  1WTM A;  6LYZ A;  5KXM A;  1IWY A;  5AMY A;  1UIB A;  3ZVQ B;  4N9R A;  1HFX A;  4BAF A;  3ZVQ A;  4ET9 A;  4G9S A;  1SQ2 L;  1KIP C;  2DQD Y;  3CQL A;  4LYM A;  1B7P A;  1B7O A;  1TBY A;  2HUB A;  5LVG A;  2D4J A;  4H1P A;  2X0A A;  1YAQ A;  1IP1 A;  3D3D A;  1UIG A;  4NGL A;  3A96 A;  3CSQ A;  3LYM A;  4J1B A;  4QEQ A;  3T36 A;  2H9K A;  1GPQ C;  3WW5 A;  4NGW A;  3ULR A;  4NGO A;  1DI3 A;  1N4F A;  1FLU A;  2Z38 A;  2F4G A;  5HQ1 A;  2D6B A;  3A3Q A;  4I8S A;  2BQL A;  3IWR A;  4XJB A;  4DWX A;  2F30 A;  3GXR A;  3LYZ A;  4NG1 A;  1JSF A;  5LXW A;  4IAS A;  1IWW A;  1LZ8 A;  5HNL A;  5C6L A;  1NQI A;  1SLY A;  2LZ2 A;  1AKI A;  5FEL A;  3D9A C;  1WVU A;  3WU7 A;  5LIO A;  1B7N A;  3BKV A;  4ETC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 164L A;  1C64 A;  4DD1 A;  1LMA A;  1DYE A;  3EML A;  2RBS A;  3WPJ A;  240L A;  1GFK A;  123L A;  1PQJ A;  2L78 A;  1L68 A;  4NSI A;  4LYT A;  2Z18 A;  245L A;  2MEE A;  4LDO A;  1B7R A;  1OUA A;  1PQM A;  2LC9 A;  1QUT A;  5B59 A;  3HBH A;  2DQI Y;  1NDG C;  1L54 A;  235L A;  4DDC A;  1OV5 A;  2YBI A;  4B4I A;  3CDV A;  3HTB A;  1C43 A;  1LJK A;  1LYI A;  3TXJ A;  3A8Z A;  218L A;  1JTN A;  1REY A;  4TTD A;  1L08 A;  1LI2 A;  2DQH Y;  1SWZ A;  132L A;  1C6A A;  1KNI A;  192L A;  186L A;  1DYD A;  118L A;  3B6L A;  1IY4 A;  1EQ4 A;  3RNX A;  4I7N A;  1CUQ A;  3P4Z A;  1L51 A;  4HP0 A;  1CJ6 A;  1HER A;  5K7O A;  1LJF A;  1L73 A;  1LWK A;  3WYH A;  4I7P A;  1JPO A;  1LSF A;  1L70 A;  2OE7 X;  1NHE A;  104L A;  4GN3 A;  5IHG A;  2ZWB A;  138L A;  4NSH A;  1XFP L;  1L43 A;  1OUD A;  1CV0 A;  1KS3 A;  4DQJ A;  190L A;  1GFA A;  3HU9 A;  1OWZ A;  1UA6 Y;  3AGI A;  1OUH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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