4B4JA

1.25 a structure of lysozyme crystallized with (rs)-2-methyl-2,4- pentanediol
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Crystallization of Lysozyme with (R)-, (S)- and (Rs)-2-Methyl-2,4-Pentanediol
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b4jA00
3MGWA 4OWAA 3TMVA 1SLYA 4WLTA 5L9JA 1WTMA 2CWIA 5I4YA 153LA 2CDSA 1HEMA 1VDTA 2BQOA 4LYBA 3ATNA 1FLYA 1RJCB 4LZTA 1LSPA 4FJRA 5J7CA 5KXOA 1LSDA 3G3BB 3SP3A 2LYOA 4DDCA 1LJ3A 1FDLY 1B5XA 4LYMA 3FI7A 5KXMA 1RFPA 2BQJA 1LSCA 2DQJY 2HEAA 2MEBA 5KY1A 2W1XA 7LYZA 5KXNA 1V7TA 2A7FA 2ZQ4A 1BB5A 1F6RA 1TDYA 3WUAA 2EQLA 2F30A 2XTHA 4HJYA 2DQGY 1JHLA 3RU5A 4H93A 1DI3A 1XGRC 4GN3A 3WPLA 3CSRA 1LSYA 2RSCA 2ZYPA 4LT3A 1FBIX 1I56A 2CGIA 1D6PA 3IWRA 4H94A 4NWHA 1LZ6A 2LYMA 3EBAB 4QGZA 5APFA 2HEFA 1YKYX 4OWEA 3QE8A 3A94A 4B4EA 1IWXA 4J1AA 1JTOL 5EBHA 5T3FA 9LYZA 3OJPA 4KT3A 4NGIA 1IWWA 1OP9B 5KXPA 4WG7A 1GD6A 1GFGA 1B2KA 2ZNXY 1B5UA 2BQEA 1B7SA 5FELA 5F9XA 4B49A 1LZRA 5FCPA 1I20A 4I0CA 4B4JA 1WQNA 5LVHA 1LZSA 4NGWA 1NKHA 4H9IA 1B7NA 3CT1A 3QNGA 2YBIA 1GF6A 2D4JA 2FYCA 4N1CC 2MEIA 3N9AA 1LYZA 4H8YA 1IOTA 1Z55A 3A3QA 3GXRA 1DI5A 1JIYA 2Q0MX 4II8A 3WVXA 2XBSA 1GFRA 5KXSA 1CKHA 1IIZA 4ZEEA 3WU8A 4G49A 1TAYA 1TCYA 1JJ0A 3N9CA 1XFPL 1CJ7A 5II3A 4M6DA 4EMNA 133LA 1IOSA 2MEAA 5I54A 3WW6A 1I1ZA 1GFEA 1UBZA 1IC7Y 1MELL 1DKKA 3W6CA 3WXTA 1NQIA 208LA 3A6BY 1UCOA 1BB6A 4H9EA 4LGKA 4N0JA 4HSFA 3P66A 3LYZA 1JJ1A 2C8OA 4H92A 1IR7A 1ZMYL 1IVMA 1KIRC 4XJHA 5LYTA 5C6LA 2HU1A 3AZ5A 4WLXA 4HJZA 5HMJA 3TXEA 1JSFA 1GF9A 3HBDA 3WMKA 4ETEA 5KXTA 1LSAA 3CSQA 1GE1A 1GEVA 1QTEA 4OW1A 3WU9A 4NWEA 3CSZA 1IC5Y 4QY9A 1KXXA 1V7SA 1CJ6A 4N5RA 1IWVA 2HECA 4NHQA 4ML7A 4KL7A 3TXFA 5D5FA 4WL6A 4YM8A 2YSSC 2LZTA 5LIOA 4WLDA 1NHEA 4NFVA 1D0KA 2HEEA 1WQMA 5DL9A 4GLVA 1LMAA 1LHLA 3B0OA 1JKCA 1B9OA 1IEEA 1LZTA 2DQAA 1JWRA 2BQGA 3WU7A 1GFUA 1QDRA 4WM6A 1OUIA 4PHIA 1GBXA 4QEQA 4G4BA 1VFBC 3A67Y 4XN6A 1JUGA 5FEKA 4YEMA 1IP3A 4XJBA 1IP6A 3K3TA 5HNCA 1WQRA 4C5FA 3W6EA 4RLMA 4ANRA 2H9KA 2BQNA 1C45A 1REXA 4N1EI 2Y8PA 4DD0A 2D6BA 5M1YA 4WM5A 4WM3A 3CQLA 3A96A 3OK0A 1XEKA 1XEJA 2W1LA 1CJ8A 1QDTA 1C43A 1LMTA 2MEFA 4GLAA 5I53A 3D9AC 1WQPA 1GB3A 1QSWA 1QUTA 1GPQC 2ZIJA 3EXDA 1UIGA 4R6CA 4R0FA 4B4IA 1IWYA 1LKSA 1C10A 2GV0A 2HEDA 1YAOA 1LZEA 4NGZA 1RI8B 1LYYA 3W6AA 5KXZA 1LZGA 3N9EA 1FLUA 5LA8A 4XJDA 4YF2A 1HEPA 1LHHA 1LMCA 1D9UA 4W96A 1YKZX 1WVUA 4NSGA 2LHMA 3BKVA 4LYCA 5LINA 1TEWA 1IY3A 1GBYA 1IP1A 1YL1X 2XJWA 3GXKA 1LZDA 1VDPA 4ETCA 2ZIKA 1W08A 4NGLA 4GCDA 1DZBX 3WPKA 4DYGA 1CKGA 194LA 5LYMA 4NG8A 2ZYCA 2DBTA 3RW8A 4DD7A 1XGPC 4U3XB 1H6MA 4XJGA 1A2YC 1ZVYB 4LT1A 4OOOA 4OWBA 2ZILA 2YBLA 1ZV5L 1GXXA 1J1XY 3HBHA 5APCA 4FDYA 4NHIA 5IELA 4NHPA 1A4VA 1LHMA 1ZVHL 2BQAA 1F6SA 5DN5A 3VWOA 3AB6A 3A93A 5AMYA 3P68A 3AW6A 4Z46A 4LYTA 3AZ7A 1GDXA 1YROA 3WYHA 1YAMA 4C3WA 1VAUA 2BQKA 1DXJA 1IORA 4YOPA 3P4ZA 1UICA 5L3HA 1NDMC 1GB9A 2I25L 5LYZA 2Z19A 1PS5A 1LSBA 1UIEA 3AGGG 5APDA 1JTPL 3LHMA 1INUA 1B5VA 5FSTA 4DDBA 1HFZA 4G9SA 2C8PA 4LT2A 4ET8A 1UIFA 2LYZA 4WG1A 1E8LA 1C46A 5IDDA 4G4CA 1FKQA 1GB2A 5KJ9A 4TSCA 2H5ZA 3RNXA 4DC4A 3W6FA 2YVBA 2Z38A 1NF5A 1GAYA 1OUBA 3P64A 1IR8A 1GE4A 5LAGA 4IASA 1QTKA 1WQOA 1HF4A 4H1PA 1GBWA 3G3AB 3BKHA 1BGIA 2G4QA 4J0LA 4HP0A 1OUFA 4WO9A 5ILFA 4KPMA 3AZ4A 3J4GA 1XGUC 5E4PA 1GBOA 1G7HC 1OQMA 5K7OA 4PPOA 1QUSA 4J1BA 1F0WA 1JKBA 1IOCA 1OUAA 1HELA 3T36A 1LJFA 1XGQC 2CJLA 135LA 193LA 4OWCA 1OUDA 2BQFA 1SQ2L 1MLCE 4AXTA 3AJNA 4MR1A 2BQDA 4LFPA 5I5QA 1GBZA 1LJ4A 1LMOA 1LZAA 3IJVA 1J1PY 3F6ZA 4HPEA 4WOAA 3WUNA 1LSZA 1JISA 4B0DA 1UA6Y 4H8ZA 4NGJA 5LA5A 132LA 1O23A 1XGTC 2D4IA 5ILCA 4O34A 4N8ZA 4GCFA 5E9RA 4H90A 1YIKA 2BLYA 1D0LA 2WARA 4ZIXA 1YANA 1LZBA 1GFHA 1YAQA 4LYOA 4XYYA 1B5ZA 4YENA 2ZQ3A 1JKAA 1GFKA 4DDAA 1IP2A 1UUZC 1N4FA 5KXKA 1HERA 1LMNA 4A7DA 2HU3A 5FDJA 1LOZA 4ET9A 1IR9A 1LTMA 2YBMA 5KKJA 134LA 1F10A 3TMUA 1GB7A 1GE3A 2NWDX 3ZVQB 5KXRA 2BQLA 1GE2A 4OOTA 1G7IC 2DQEY 4BADA 5KXLA 3TMXA 4NY5A 4DD1A 1LKRA 4KXIA 4NGVA 4H9CA 1CJ9A 3LZTA 4NGKA 1UIAA 3CT0A 5I4XA 1CKFA 3B0IA 1B0DA 5LVKA 1REZA 2EKSC 1JKDA 2MECA 4WM2A 1EQ4A 1TBYA 1GBSA 2Z39A 5LVGA 5F81A 5B07A 4GN4A 1VEDA 1T6VL 1HFYA 2A7DA 1BVXA 154LA 4N9RA 4RW1A 3WUMA 4MSTA 1JJ3A 2HEBA 4I8SA 4J7VA 4M4OA 1LHKA 1B5WA 1BB4A 1HHLA 4B1AA 2F4GA 4D9ZA 1OUCA 4DD3A 3M18B 3RT5X 4ETDA 4HV1A 2YDGA 207LA 3AW7A 1LJKA 1WTNA 4PRUA 2FYDA 1LYOA 4LT0A 3J6KA 4NGOA 5LVJA 1ALCA 4UWNA 2D4KA 4HTNA 2YBNA 1LZ9A 1NBYC 4WM1A 1HENA 1LMPA 1B7OA 2EPEA 3AYQA 3TMWA 1FLWA 1IP5A 2BQIA 4GCCA 3WL2A 4CJ2A 3TXDA 1HEWA 3CB7A 4CFOA 3LYOA 3AGHA 3A3RX 1IC4Y 1LZ4A 3LZ2A 1BVKC 1BHZA 1B5YA 1LJHA 1IWZA 4RDSA 1IO5A 3TXHA 1HSWA 5DN4A 2Z2FA 2DQIY 5HMVA 1W6ZA 4HTKA 2N5ZA 2FBDA 1KIPC 1VDQA 4LFXA 1LZ8A 1YQVY 2W1YA 1LJEA 4WMGA 1B7LA 8LYZA 2IFFY 4MCKA 4BS7A 1LJIA 5DM9A 2ZWBA 1UIBA 4PJ2C 1JSEA 1NBZC 3B6LA 4NGYA 4E3UA 4P2EA 5C6JA 2DQHY 2BQCA 1BB3A 1NDGC 1HEOA 4TUNA 3LN2A 1LSEA 1GF4A 1LMQA 5B1GA 3LYTA 4NSJA 1BWHA 1LAAA 1REYA 4HTQA 1XEIA 2D91A 1HFXA 1GE0A 2FBBA 3A90A 3HBEX 2MEEA 1EL1A 2MEDA 3P65A 1C7PA 2PC2A 5A3EA 1RE2A 4PGJB 1NWGA 3ZVQA 1YILA 1LSMA 5B59A 1AT5A 1G7LC 1B7QA 1GFAA 3LYMA 4IJ4A 4TX7A 5HNLA 3TXIA 1LZNA 1D6QA 3D3DA 1GF8A 3WVYA 1IOQA 4EOFA 1OUGA 5HQ1A 1KXYA 1UIHA 4WLYA 1BQLY 3WXUA 1GXV2 1IWTA 5F9UA 1G7MC 4XJIA 1FLQA 2I6ZA 2XBRA 4W94A 3W6BA 1GF0A 1T3PA 4GN5C 1KXWA 4H91A 1AZFA 4NSHA 1FN5A 1UACY 4RLNA 1UC0A 2HTXA 4RW2A 1IWUA 1NMMA 5HLLA 1GB5A 4IATA 4Z3MA 1IX0A 1YL0X 3E3DA 4UWUA 3WH1A 4WL7A 4H9HA 3A91A 1FKVA 1BB7A 4OWHA 1AT6A 1H87A 3AGIA 2H9JA 4DWXA 4CFPA 1HMKA 4LYZA 1LZ1A 1QIOA 4H9FA 5LXWA 1LCNA 4NEBA 3QY4A 5DLAA 5B06A 1VDSA 4HPIA 2IHLA 3TXKA 4TTDA 2G4PA 5I4WA 5KXXA 5LAFA 4DT3A 5IHGA 4GCBA 5LVIA 3WW5A 2BQHA 1IP4A 1PZYA 4XENA 1AKIA 1JPOA 1OUEA 3TXGA 4GCEA 5F14A 1WQQA 4HJVA 4NG1A 1IP7A 1GFJA 1LSNA 3B72A 5FHWA 2B5ZA 1GFTA 2MEGA 3HFMY 1J1OY 2Z2EA 3IJUA 4TSBA 3ULRA 3A92A 4WM4A 2HUBA 2BQMA 1GB0A 4X3BA 1D0MA 1LJJA 3WPJA 1DI4A 2Z18A 4YEOA 3CT5A 1C08C 2Z12A 3W6DA 5B05A 5APEA 4NSIA 1REMA 6LYZA 1HSXA 1HNLA 4AGAA 1HC0A 3TXBA 1HMLA 1CKCA 1YKXX 5D5CA 4BAPA 1CNSA 1DKJA 4Z41A 2X0AA 3AZ6A 4H9AA 2W1MA 1VATA 1JTTL 4ZFPA 1JEFA 1G7JC 2DQCY 2EIZC 1LJNA 1LSGA 4WO6A 4XJFA 2MEHA 2DQFC 3WULA 1GWDA 4NIJA 1CKDA 1JITA 1GHLA 1DQJC 2BLXA 1QSAA 3TXJA 4H8XA 4TWSA 3B0KA 5B1FA 1YAPA 1GF7A 1LHIA 2I26L 2DKVA 4CHXA 1AM7A 4UWVA 1LYSA 3ZEKA 4ETAA 1P2CC 1GFVA 1LZ5A 3T6UA 2YBHA 5JENB 4QDNA 3A8ZA 2BPUA 1GAZA 1BWIA 1GF5A 1GDWA 3EMSA 4G4HA 1LZYA 2F4AA 2G4NA 1OUJA 2BQBA 3A34A 4CGEA 1EQEA 4HV2A 1EQ5A 1OUHA 1LPIA 3RZ4A 2F2NA 1GB6A 2ZNWY 3KAMA 1KIQC 3A95A 2LZ2A 3A6CY 6LYTA 2VB1A 4NHSA 2AUBA 4Z98A 1DPXA 4ETBA 3W3EA 4BAFA 1GEZA 4XADA 1LSFA 3EO5A 2BAAA 5C6IA 1BWJA 1LJGA 2Z37A 1GB8A 1LZCA 1RCMA 1UIDA 5L3IA 4DD2A 2DQDY 1DPWA 3ATOA 4H9BA 5KKIA 4NHTA 1IY4A 4PRQA 5F16A 2YBJA 5A3ZA 5KXYA 1GF3A 3FE0A 1B7RA 1QQYA 1XSFA 3M3UA 4DD9A 4L41A 1HEQA 1B7PA 1B7MA 1LHJA 5KXWA 1WVVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OWAA 4PK0A 5I4YA 240LA 1L20A 1HEMA 2BQOA 4LZTA 5J7CA 3SP3A 1B5XA 1ZWNA 1L15A 256LA 2MEBA 211LA 1QT3A 161LA 255LA 2DQGY 3RU5A 4H93A 1DI3A 1XGRC 1OWYA 2ZYPA 1I56A 4H94A 3CDRA 3EBAB 5APFA 244LA 4OWEA 9LYZA 1JTOL 1C6HA 5KXPA 3DN1A 1L23A 2RBSA 1XJTA 1B5UA 5FCPA 7LZMA 5F9XA 3QAKA 1I20A 4N1CC 1QT4A 3N9AA 1LYZA 4H8YA 1IOTA 2B6YA 4II8A 1L90A 5KXSA 164LA 3WU8A 1TCYA 3N9CA 3SB5A 133LA 1IOSA 3W6CA 1IC7Y 1DKKA 4LGKA 4H9EA 1JJ1A 103LA 2F32A 1IVMA 1KIRC 2RH1A 5LYTA 1D3JA 5C6LA 4WLXA 2B6ZA 5HMJA 1DYCA 1L02A 1P2LA 1JSFA 217LA 104LA 1LSAA 3CSQA 1GE1A 2B75A 4OW1A 3WU9A 1CUPA 1L71A 1CJ6A 1JTNA 251LA 5D5FA 3TXFA 4YM8A 5LIOA 4NFVA 1IEEA 1L03A 2BQGA 1L88A 4WM6A 145LA 4QEQA 1VFBC 1JUGA 1QT5A 1L94A 3W6EA 2H9KA 2D6BA 4WM3A 3CQLA 2HUKA 1QT7A 3A96A 3HH4A 3OK0A 1XEKA 2W1LA 2MEFA 1LMTA 5I53A 1GB3A 1QS9A 4R6CA 4R0FA 4B4IA 2GV0A 1G0QA 4NGZA 3W6AA 3L64A 5KXZA 2OE9X 4LDLA 4LYCA 1TEWA 1IY3A 1P36A 1VDPA 2RAZX 4NGLA 2ZYCA 3RW8A 1CU3A 1XGPC 4XJGA 1ZVYB 3FI5A 219LA 172LA 5DN5A 3HT6A 1GDXA 1L24A 3WYHA 4AQNA 4C3WA 1DXJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MGW A;  4OWA A;  3TMV A;  1SLY A;  4WLT A;  5L9J A;  1WTM A;  2CWI A;  5I4Y A;  153L A;  2CDS A;  1HEM A;  1VDT A;  2BQO A;  4LYB A;  3ATN A;  1FLY A;  1RJC B;  4LZT A;  1LSP A;  4FJR A;  5J7C A;  5KXO A;  1LSD A;  3G3B B;  3SP3 A;  2LYO A;  4DDC A;  1LJ3 A;  1FDL Y;  1B5X A;  4LYM A;  3FI7 A;  5KXM A;  1RFP A;  2BQJ A;  1LSC A;  2DQJ Y;  2HEA A;  2MEB A;  5KY1 A;  2W1X A;  7LYZ A;  5KXN A;  1V7T A;  2A7F A;  2ZQ4 A;  1BB5 A;  1F6R A;  1TDY A;  3WUA A;  2EQL A;  2F30 A;  2XTH A;  4HJY A;  2DQG Y;  1JHL A;  3RU5 A;  4H93 A;  1DI3 A;  1XGR C;  4GN3 A;  3WPL A;  3CSR A;  1LSY A;  2RSC A;  2ZYP A;  4LT3 A;  1FBI X;  1I56 A;  2CGI A;  1D6P A;  3IWR A;  4H94 A;  4NWH A;  1LZ6 A;  2LYM A;  3EBA B;  4QGZ A;  5APF A;  2HEF A;  1YKY X;  4OWE A;  3QE8 A;  3A94 A;  4B4E A;  1IWX A;  4J1A A;  1JTO L;  5EBH A;  5T3F A;  9LYZ A;  3OJP A;  4KT3 A;  4NGI A;  1IWW A;  1OP9 B;  5KXP A;  4WG7 A;  1GD6 A;  1GFG A;  1B2K A;  2ZNX Y;  1B5U A;  2BQE A;  1B7S A;  5FEL A;  5F9X A;  4B49 A;  1LZR A;  5FCP A;  1I20 A; 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 2Z12 A;  3W6D A;  5B05 A;  5APE A;  4NSI A;  1REM A;  6LYZ A;  1HSX A;  1HNL A;  4AGA A;  1HC0 A;  3TXB A;  1HML A;  1CKC A;  1YKX X;  5D5C A;  4BAP A;  1CNS A;  1DKJ A;  4Z41 A;  2X0A A;  3AZ6 A;  4H9A A;  2W1M A;  1VAT A;  1JTT L;  4ZFP A;  1JEF A;  1G7J C;  2DQC Y;  2EIZ C;  1LJN A;  1LSG A;  4WO6 A;  4XJF A;  2MEH A;  2DQF C;  3WUL A;  1GWD A;  4NIJ A;  1CKD A;  1JIT A;  1GHL A;  1DQJ C;  2BLX A;  1QSA A;  3TXJ A;  4H8X A;  4TWS A;  3B0K A;  5B1F A;  1YAP A;  1GF7 A;  1LHI A;  2I26 L;  2DKV A;  4CHX A;  1AM7 A;  4UWV A;  1LYS A;  3ZEK A;  4ETA A;  1P2C C;  1GFV A;  1LZ5 A;  3T6U A;  2YBH A;  5JEN B;  4QDN A;  3A8Z A;  2BPU A;  1GAZ A;  1BWI A;  1GF5 A;  1GDW A;  3EMS A;  4G4H A;  1LZY A;  2F4A A;  2G4N A;  1OUJ A;  2BQB A;  3A34 A;  4CGE A;  1EQE A;  4HV2 A;  1EQ5 A;  1OUH A;  1LPI A;  3RZ4 A;  2F2N A;  1GB6 A;  2ZNW Y;  3KAM A;  1KIQ C;  3A95 A;  2LZ2 A;  3A6C Y;  6LYT A;  2VB1 A;  4NHS A;  2AUB A;  4Z98 A;  1DPX A;  4ETB A;  3W3E A;  4BAF A;  1GEZ A;  4XAD A;  1LSF A;  3EO5 A;  2BAA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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