4BADA

Hen egg-white lysozyme structure in complex with the europium tris- hydroxymethyltriazoledipicolinate complex at 1.35 a resolution.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Clicked Europium Dipicolinate Complexes for Protein X-Ray Structure Determination.
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4badA00
1LSMA 4OWHA 1GF6A 5FHWA 1I56A 1IEEA 4NGZA 1YL1X 4GCEA 4NHTA 2HEDA 5LYTA 3RNXA 1YILA 1VAUA 2IHLA 4Z46A 1IP2A 1WTNA 1UUZC 1YQVY 2D4JA 4HV2A 2AUBA 4XENA 1GXV2 7LYZA 1GE4A 1LPIA 1RI8B 1JJ0A 1C43A 4G49A 4ML7A 1GD6A 5LYMA 1GFGA 1DQJC 3LN2A 2MEHA 2NWDX 5KXZA 1IP7A 3ATNA 6LYZA 4NG1A 1GDWA 1IWYA 1LMCA 4BAPA 5LVJA 3TMVA 4BS7A 1B7SA 1MLCE 1V7TA 4UWVA 1H6MA 4R0FA 2IFFY 5C6IA 4L41A 3HBHA 4GN5C 4C3WA 3W6DA 1JJ3A 1OQMA 4ET8A 1CKFA 1B5YA 4WM5A 4XJHA 4PRUA 1WQNA 4D9ZA 2HTXA 1GB6A 5I4YA 3VWOA 5HQ1A 1FBIX 1LSNA 1IOTA 2DQEY 1IIZA 1XEKA 2MECA 3TXHA 4HPEA 3AW6A 5E4PA 1W08A 1XFPL 4XADA 5M1YA 1NBZC 1B7MA 1FLQA 1HF4A 1O23A 2DQAA 2W1XA 4OOTA 4GCDA 5A3ZA 1HFYA 3W6AA 5FCPA 1I20A 1KIRC 4LYMA 5B1FA 5HNCA 5I4XA 1J1OY 3D3DA 3F6ZA 4C5FA 4CGEA 1CNSA 1KXXA 3LYTA 1QUTA 2FBBA 3CSQA 3CT1A 1JKCA 1LSEA 1QIOA 1BWIA 4NY5A 4LFPA 1IR8A 4WO9A 1JIYA 3ULRA 1LSZA 4CFPA 2FYCA 4AGAA 1LYZA 4NSHA 4WM6A 1GBWA 2DQHY 1B7LA 1GFAA 3CSZA 1GB7A 1GDXA 1LZNA 1DI5A 4GN3A 4OWBA 4UWUA 3WPJA 4DD9A 4ZEEA 4NEBA 1IWTA 2D4KA 1GBSA 4QDNA 3HFMY 1EQEA 1DXJA 4BAFA 1GFEA 1FLWA 1B5UA 4LGKA 3B0IA 1LMAA 1VFBC 4NGVA 4NFVA 4U3XB 5D5FA 3WVXA 4WLTA 3B6LA 4MCKA 4QEQA 3WU7A 4ET9A 4ZFPA 1LYYA 1JITA 1FDLY 5FEKA 3TXIA 4DD2A 3A8ZA 3AZ4A 1CKCA 4RW1A 3WXTA 2DQIY 3P65A 4J1AA 1XGUC 1SLYA 2HEAA 2I6ZA 4RLMA 4YEOA 2D4IA 2EQLA 1DZBX 5DN4A 3SP3A 1LJHA 1LZEA 3AGHA 1HNLA 4WLYA 1OUCA 5KKIA 5D5CA 4LYZA 3TMXA 1QUSA 1ZV5L 5LVIA 1LMOA 1UIGA 1QDTA 1VDSA 2HU1A 2BQEA 4XJDA 4DWXA 1WQMA 3J6KA 4TTDA 1IOQA 1B9OA 2Z2EA 4G4BA 1LZAA 2CGIA 1RJCB 1JTOL 1HERA 5ILCA 1AZFA 1GBXA 1GPQC 3QE8A 4EOFA 4HTQA 4WL6A 4J0LA 4R6CA 4RDSA 2BQBA 3BKVA 4CFOA 1RFPA 1UICA 4N1CC 2MEIA 5KXMA 5I54A 5LINA 2ZWBA 1EQ4A 1GXXA 1LHLA 1KXYA 1BWJA 1LSCA 2G4NA 2LYZA 2XBSA 4CHXA 1P2CC 2EIZC 1LZGA 1GF0A 4WG1A 3TXJA 1GF8A 4II8A 1CKHA 2DKVA 5I5QA 4NGYA 3W6BA 1GHLA 2VB1A 1C10A 3AZ6A 3G3AB 1XGTC 1IP3A 1DKKA 2Z37A 3D9AC 1DPWA 4KXIA 4LT3A 4N8ZA 5ILFA 1LZYA 1LZSA 1XEJA 3FI7A 3LYOA 5DM9A 3WPLA 1BB7A 1GFRA 1EL1A 1BVXA 1BB3A 9LYZA 1H87A 1IR9A 4WM2A 1J1XY 1GB0A 4NSJA 5II3A 2YSSC 1IP4A 4WLXA 1NMMA 5LA5A 3A92A 3B72A 1F10A 3AJNA 4N0JA 4B49A 4YM8A 1OUDA 3A67Y 5I53A 4P2EA 1LYOA 3QNGA 2Q0MX 4XJBA 3P4ZA 3AYQA 4HV1A 4HJYA 3T36A 2FBDA 5B06A 2YBJA 2W1YA 2Z12A 4TSCA 3WU8A 1OUGA 1D9UA 1GF7A 1IWXA 1GBYA 2LYOA 1D6QA 1V7SA 2BQLA 1IX0A 2HEEA 3W6CA 1FLYA 1UIDA 1CJ6A 5FELA 6LYTA 1IP5A 133LA 1IC4Y 2HEFA 1XSFA 2BQDA 4TWSA 1NBYC 1G7JC 2DQCY 1LAAA 1IWZA 5F16A 1YAOA 5L9JA 3A93A 2C8PA 5LXWA 1JWRA 1JTTL 5T3FA 4AXTA 1B0DA 5KXRA 1QDRA 3WUMA 1HEOA 2W1MA 4B4IA 1OP9B 1HEMA 1WVUA 4LFXA 4YENA 1ZVHL 3RW8A 4HJVA 1XEIA 4BADA 4OOOA 5HMJA 4G9SA 1JKDA 5APFA 4HJZA 2FYDA 3ZVQA 3RZ4A 2C8OA 5B1GA 1B7PA 1G7HC 1LMNA 4NHQA 1FN5A 3M3UA 4DDAA 1C45A 1VEDA 2F4GA 3IJUA 4H9HA 3N9AA 3M18B 4WM1A 2PC2A 1KIQC 134LA 1KXWA 1IC5Y 1IP1A 5FSTA 1GEZA 3IWRA 5DL9A 2RSCA 1REMA 1HFXA 1IY4A 1LJ3A 1NDMC 1HMLA 3B0OA 4YF2A 135LA 1DKJA 2ZNWY 1B7OA 4NHIA 1KIPC 1LZCA 1W6ZA 3A6CY 3N9CA 1REXA 2ZIJA 3LZ2A 1VDTA 1QSAA 4NGIA 2BQGA 4W96A 3A96A 3RT5X 1LKSA 1GB3A 1OUBA 1HEWA 1LHKA 4HTNA 3WU9A 4ZIXA 5C6LA 5IDDA 1CJ7A 3AZ5A 5B05A 1UC0A 1J1PY 1I1ZA 2LYMA 5KXPA 5IHGA 4LYTA 2YBIA 1C08C 4ETDA 3TXFA 1QQYA 4ETAA 4YEMA 4DD7A 1GF9A 1G7LC 4NSIA 4WM4A 1HHLA 4QY9A 2B5ZA 5KXLA 4XJGA 4M6DA 1HEQA 1YROA 1LSFA 1NKHA 3WMKA 5KXNA 3WUNA 3P68A 5KXTA 4NIJA 4DT3A 1QTKA 1JKAA 4GN4A 4DD1A 1B5WA 2MEAA 1DI4A 1BB6A 5LVGA 2MEBA 4I0CA 2I26L 3ATOA 5KXWA 1OUFA 3CT5A 1INUA 4DD3A 3ZVQB 1YKXX 3MGWA 3A95A 1WQRA 5LAGA 1GFVA 1E8LA 1LZDA 1N4FA 1IC7Y 2EKSC 3A6BY 4H9CA 2BQMA 1HSWA 3N9EA 5LVKA 1YAMA 1EQ5A 3OJPA 3WH1A 1T6VL 3AGIA 1Z55A 4IASA 1HSXA 1LZ4A 1BWHA 2Z38A 5B59A 3W6EA 1GAZA 3OK0A 3TXDA 4DYGA 4NGKA 5KXYA 1FLUA 2MEDA 2Z19A 4M4OA 3W3EA 3WW5A 1HC0A 3P66A 2ZYPA 4G4CA 2YBNA 3WL2A 4MR1A 1SQ2L 1YKYX 2D91A 5KJ9A 4NGJA 1F0WA 4N1EI 4H9FA 4IATA 1UACY 1JUGA 1CJ8A 1LJ4A 2A7FA 1BGIA 1BB5A 5LVHA 1XGPC 1HEPA 4W94A 1JEFA 3KAMA 1IY3A 2YVBA 1REZA 1IORA 2ZNXY 2H9JA 4TX7A 1LHMA 4WG7A 208LA 5F9XA 3T6UA 4X3BA 1WQQA 4RLNA 4ANRA 1YAQA 2MEEA 4HP0A 5EBHA 1CKGA 4LZTA 2BLYA 4WLDA 4B4EA 1BHZA 2LHMA 2CJLA 4LT2A 4DDCA 4PRQA 5DN5A 1TDYA 5KXSA 193LA 1GFTA 2ZYCA 2CDSA 5KXKA 1LZBA 1ZVYB 4B1AA 1LYSA 2ZIKA 4OWAA 4HSFA 1IWWA 1OUIA 2BQJA 4PPOA 4Z41A 5I4WA 4I8SA 2Z2FA 4NGOA 1FKQA 2YBLA 1WQOA 3EMSA 3WW6A 1JPOA 1QTEA 3LYZA 154LA 3LZTA 4H9EA 1LTMA 5KXOA 1GFJA 4OWCA 4DC4A 4PGJB 3GXKA 3TXEA 1AT6A 4E3UA 2Y8PA 1VATA 4MSTA 1HELA 4WOAA 5C6JA 1JSFA 2W1LA 4KPMA 1C46A 1AM7A 2XTHA 4GLAA 5APDA 4FDYA 4H1PA 1GAYA 3CB7A 4H90A 3A91A 4N5RA 2HUBA 4PHIA 3FE0A 4WO6A 5LIOA 1LJFA 2BQNA 4LYOA 5HNLA 3TXBA 4J7VA 1UIEA 4PJ2C 4UWNA 1F6RA 1GBOA 1DPXA 1IOCA 1G7MC 2ZQ4A 2X0AA 1IWVA 1LSDA 1TCYA 2ZQ3A 3HBDA 5APCA 1LMPA 4QGZA 4XYYA 1LJNA 4NSGA 5KXXA 3IJVA 3TXKA 1B7RA 1LHHA 2BQKA 1LZ8A 1LMQA 2A7DA 4H8XA 2BLXA 4IJ4A 2EPEA 2DQJY 4WMGA 1NWGA 1B5XA 1D6PA 1GB2A 1ZMYL 4NGLA 3TXGA 4O34A 1D0KA 2BQIA 1OUEA 1UA6Y 3EXDA 4H93A 2LZ2A 3W6FA 3A90A 1T3PA 1GF5A 2MEGA 4GCFA 1FKVA 2F4AA 2BQCA 3LHMA 3TMUA 5APEA 2BQHA 2HEBA 4RW2A 3ZEKA 3EO5A 4WL7A 4H9BA 2BQFA 4XJIA 1GE2A 2I25L 4H9AA 4OWEA 3QY4A 1PZYA 1YIKA 2G4QA 4NHPA 4ETCA 2BAAA 2H9KA 1JKBA 1TAYA 5LA8A 1XGQC 1IWUA 1JISA 1LZ1A 4LYCA 3AGGG 3P64A 1B2KA 4XN6A 4WM3A 2DQFC 4KL7A 1GE0A 1RCMA 4CJ2A 1HENA 1IVMA 3WYHA 2ZILA 2BQAA 4Z98A 1BVKC 4H8ZA 4DDBA 207LA 3RU5A 3A34A 4HPIA 4NWEA 5A3EA 1NF5A 2DQGY 194LA 4OW1A 4LT0A 5AMYA 3AB6A 3E3DA 4GCCA 5F81A 5F14A 1GF4A 4XJFA 4A7DA 2BPUA 3J4GA 1GBZA 1LSBA 1LSAA 3A3QA 5E9RA 5B07A 1GE3A 2LZTA 1D0LA 1GB8A 1JSEA 1LHJA 1OUAA 1UIAA 8LYZA 1UBZA 4LT1A 1HMKA 1GFKA 4H9IA 5IELA 1WQPA 2Z18A 1AKIA 1REYA 3WXUA 3AZ7A 3HBEX 3WPKA 1LJKA 1LZTA 3WULA 4ETEA 1NQIA 1LHIA 3A94A 2XJWA 1D0MA 4KT3A 3BKHA 3LYMA 1UCOA 1IOSA 5LAFA 1AT5A 1F6SA 1GFHA 1LJJA 5JENB 1B7NA 4YOPA 5DLAA 5HMVA 1LSYA 1YKZX 4FJRA 1LJEA 3CQLA 4GCBA 1GEVA 2DBTA 4H94A 1IR7A 1DI3A 5K7OA 1GF3A 1UIBA 3WUAA 2BQOA 1CJ9A 5J7CA 3TMWA 4H91A 1MELL 3G3BB 4GLVA 1UIHA 2YBHA 1C7PA 2YBMA 4EMNA 1VDQA 4H92A 1LZRA 5HLLA 5L3IA 2HECA 4B0DA 4N9RA 1JTPL 2D6BA 5FDJA 1ALCA 1GB9A 2GV0A 3CT0A 132LA 1LMTA 1PS5A 1WVVA 1LOZA 1OUJA 4LYBA 4ETBA 2CWIA 5L3HA 2MEFA 4HTKA 2F2NA 2WARA 1QSWA 1WTMA 1IP6A 3A3RX 3EBAB 5KKJA 1A2YC 1B5ZA 1LZ6A 1LSGA 3B0KA 1GB5A 2HU3A 1UIFA 4Z3MA 3WVYA 1HFZA 1YAPA 2H5ZA 2N5ZA 3AW7A 1NHEA 3K3TA 5LYZA 5KY1A 1XGRC 1TBYA 3GXRA 4J1BA 2DQDY 5F9UA 1LCNA 1VDPA 4TUNA 1G7IC 1YL0X 2F30A 4NGWA 1GFUA 4TSBA 4DD0A 1A4VA 4H8YA 2Z39A 4B4JA 1OUHA 2XBRA 1GE1A 4NWHA 1GWDA 1RE2A 4NG8A 1BQLY 2YDGA 1LZ9A 1CKDA 1B7QA 1BB4A 1JHLA 1LKRA 1TEWA 1NDGC 1YANA 2G4PA 4NHSA 1IO5A 153LA 1LJGA 1LSPA 3CSRA 1JJ1A 1LJIA 1LZ5A 4G4HA 1B5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FHWA 1IEEA 4ARMB 1YILA 1L97A 2IHLA 1WTNA 1YQVY 4HV2A 1PQJA 3DN0A 1GXV2 4ARQB 1RI8B 1C43A 3LN2A 122LA 1L09A 184LA 1LMCA 4BAPA 1B7SA 1MLCE 242LA 4UWVA 3FA0A 2IFFY 5C6IA 1JJ3A 4ET8A 1L68A 6LZMA 4PRUA 1WQNA 4D9ZA 231LA 1L39A 3VWOA 2MECA 5E4PA 3GULA 1HF4A 4OOTA 4GCDA 5A3ZA 206LA 1HFYA 5FCPA 1QT6A 5HNCA 1LYIA 1J1OY 3D3DA 4C5FA 2OTZX 4I7QA 1L30A 1D3MA 3LYTA 1L25A 1JKCA 1LSEA 1QIOA 1BWIA 4NY5A 4AGAA 1GBWA 2DQHY 1GDXA 1LZNA 1L67A 4NEBA 1EQEA 1C66A 1C60A 159LA 1L46A 4ET9A 4RW1A 4OO9A 2DQIY 3P65A 4J1AA 1SLYA 253LA 1DZBX 1LZEA 4WLYA 5KKIA 5D5CA 3TMXA 1QTHA 3SN6R 4XJDA 2Z2EA 1HERA 110LA 1L98A 1LYHA 4EOFA 1C67A 114LA 1C6KA 1DYAA 1UICA 1L59A 4N1CC 1EQ4A 1KXYA 3HTGA 1C68A 1LZGA 1LYFA 162LA 2VB1A 1XGTC 1IP3A 3D9AC 4LT3A 3SB6A 3HWLA 3WPLA 1H87A 1G1VA 4NSJA 5II3A 118LA 4WLXA 3A92A 3NYAA 2Q0MX 190LA 3C8QA 2FBDA 2Z12A 1D9UA 4W52A 1V7SA 2HEEA 6LYTA 3W6CA 1IC4Y 1L42A 1NBYC 163LA 4AXTA 1B0DA 1QDRA 1L57A 1HEOA 3WUMA 1OP9B 4BADA 1WVUA 1C6IA 1XEIA 4OOOA 5HMJA 3NY9A 3ZVQA 3RZ4A 1B7PA 1G7HC 3GUPA 1G0KA 2PC2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LSM A;  4OWH A;  1GF6 A;  5FHW A;  1I56 A;  1IEE A;  4NGZ A;  1YL1 X;  4GCE A;  4NHT A;  2HED A;  5LYT A;  3RNX A;  1YIL A;  1VAU A;  2IHL A;  4Z46 A;  1IP2 A;  1WTN A;  1UUZ C;  1YQV Y;  2D4J A;  4HV2 A;  2AUB A;  4XEN A;  1GXV 2;  7LYZ A;  1GE4 A;  1LPI A;  1RI8 B;  1JJ0 A;  1C43 A;  4G49 A;  4ML7 A;  1GD6 A;  5LYM A;  1GFG A;  1DQJ C;  3LN2 A;  2MEH A;  2NWD X;  5KXZ A;  1IP7 A;  3ATN A;  6LYZ A;  4NG1 A;  1GDW A;  1IWY A;  1LMC A;  4BAP A;  5LVJ A;  3TMV A;  4BS7 A;  1B7S A;  1MLC E;  1V7T A;  4UWV A;  1H6M A;  4R0F A;  2IFF Y;  5C6I A;  4L41 A;  3HBH A;  4GN5 C;  4C3W A;  3W6D A;  1JJ3 A;  1OQM A;  4ET8 A;  1CKF A;  1B5Y A;  4WM5 A;  4XJH A;  4PRU A;  1WQN A;  4D9Z A;  2HTX A;  1GB6 A;  5I4Y A;  3VWO A;  5HQ1 A;  1FBI X;  1LSN A;  1IOT A;  2DQE Y;  1IIZ A;  1XEK A;  2MEC A;  3TXH A;  4HPE A;  3AW6 A;  5E4P A;  1W08 A;  1XFP L;  4XAD A;  5M1Y A;  1NBZ C;  1B7M A;  1FLQ A;  1HF4 A;  1O23 A;  2DQA A;  2W1X A;  4OOT A;  4GCD A;  5A3Z A;  1HFY A;  3W6A A;  5FCP A;  1I20 A;  1KIR C;  4LYM A; 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 1D0M A;  4KT3 A;  3BKH A;  3LYM A;  1UCO A;  1IOS A;  5LAF A;  1AT5 A;  1F6S A;  1GFH A;  1LJJ A;  5JEN B;  1B7N A;  4YOP A;  5DLA A;  5HMV A;  1LSY A;  1YKZ X;  4FJR A;  1LJE A;  3CQL A;  4GCB A;  1GEV A;  2DBT A;  4H94 A;  1IR7 A;  1DI3 A;  5K7O A;  1GF3 A;  1UIB A;  3WUA A;  2BQO A;  1CJ9 A;  5J7C A;  3TMW A;  4H91 A;  1MEL L;  3G3B B;  4GLV A;  1UIH A;  2YBH A;  1C7P A;  2YBM A;  4EMN A;  1VDQ A;  4H92 A;  1LZR A;  5HLL A;  5L3I A;  2HEC A;  4B0D A;  4N9R A;  1JTP L;  2D6B A;  5FDJ A;  1ALC A;  1GB9 A;  2GV0 A;  3CT0 A;  132L A;  1LMT A;  1PS5 A;  1WVV A;  1LOZ A;  1OUJ A;  4LYB A;  4ETB A;  2CWI A;  5L3H A;  2MEF A;  4HTK A;  2F2N A;  2WAR A;  1QSW A;  1WTM A;  1IP6 A;  3A3R X;  3EBA B;  5KKJ A;  1A2Y C;  1B5Z A;  1LZ6 A;  1LSG A;  3B0K A;  1GB5 A;  2HU3 A;  1UIF A;  4Z3M A;  3WVY A;  1HFZ A;  1YAP A;  2H5Z A;  2N5Z A;  3AW7 A;  1NHE A;  3K3T A;  5LYZ A;  5KY1 A;  1XGR C;  1TBY A;  3GXR A;  4J1B A;  2DQD Y;  5F9U A;  1LCN A;  1VDP A;  4TUN A;  1G7I C;  1YL0 X;  2F30 A;  4NGW A;  1GFU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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