4BS7A

Hen egg-white lysozyme structure determined at room temperature by in- situ diffraction and sad phasing in chipx
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Chipx: A Novel Microfluidic Chip for Counter- Diffusion Crystallization of Biomolecules and in Situ Crystal Analysis at Room Temperature
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4bs7A00
5LAFA 4LYCA 4H8ZA 1GFRA 1GXXA 4GCDA 1IWWA 4OOTA 4ETAA 3IJUA 4ET9A 3A6CY 1UA6Y 1HSXA 2DQCY 4YEMA 1NMMA 1YAOA 4H9AA 3EXDA 4WO6A 4NWEA 4TUNA 4NHTA 1VDTA 2YBHA 2HUBA 1B5YA 1IIZA 1B7OA 1WQQA 4G9SA 4KL7A 4RDSA 1B7MA 4TSBA 4UWUA 2G4QA 5D5FA 1UUZC 1WVUA 1BHZA 1LZAA 1GE0A 4I0CA 4IATA 1B7RA 2BQJA 4PRUA 1HSWA 1KIRC 5KXKA 4WLDA 1C08C 5KXSA 4IASA 3ULRA 1LZGA 1LYZA 5KXWA 1HEOA 2YDGA 1UIEA 4AXTA 2DQDY 4XJBA 2C8PA 2X0AA 3A92A 1WQRA 1LSEA 1BVXA 4N5RA 1ZVYB 4CFOA 1B5XA 1JTOL 1LJEA 1XGQC 2IHLA 4NWHA 3P4ZA 4B4IA 1F6SA 4NHQA 4D9ZA 5LVGA 5LVJA 1JITA 208LA 3A34A 3AW6A 4WM5A 4WM6A 5KXXA 3CT1A 1G7LC 5KJ9A 4GLVA 1UACY 4WLXA 1DI5A 2CJLA 2YSSC 1IWUA 3WULA 1AZFA 1FKVA 1GWDA 5A3ZA 154LA 4NHSA 3WUNA 1LSYA 133LA 1XGUC 1WQOA 2LYZA 3G3BB 4OWHA 4DT3A 5B06A 1DKKA 1LZ6A 1GB3A 1I56A 1LCNA 1V7SA 1W08A 4N1EI 2Z19A 4WM4A 5F9XA 3TXFA 3LZTA 2HEFA 1TBYA 2XJWA 1HC0A 5F16A 1BB5A 5T3FA 2BQAA 4OWCA 1UIBA 2LYMA 5L9JA 1HENA 1LZ4A 1CJ6A 1JKBA 4CJ2A 1GF0A 2DQIY 4DDBA 1GFEA 1IOCA 1GB8A 3B0IA 3B72A 2Z2EA 1LZNA 3RT5X 3QNGA 1DI4A 1JJ0A 1KIPC 4DD3A 1HMLA 1WQMA 1UIFA 5APEA 5E4PA 1FLYA 3LN2A 3FE0A 5I53A 4NSJA 1H6MA 4WOAA 5DN5A 1GBYA 1V7TA 1GBXA 1HFZA 1XEKA 1GF8A 1LSNA 1IR9A 4M6DA 1HELA 1JSEA 3D9AC 4DD2A 4GN3A 4HP0A 2D91A 3A96A 4DD1A 5HNCA 4XYYA 4C3WA 2ZYPA 4KT3A 4FDYA 1UCOA 1OUIA 4DD0A 2XBSA 1NHEA 1HNLA 3M3UA 2MEFA 4XADA 3WPLA 1CKDA 2D6BA 2ZNXY 1TAYA 3B0KA 4HV1A 1IP6A 4H9HA 4J0LA 5L3IA 1VDSA 5JENB 2Y8PA 3AZ7A 1LZEA 2Z38A 1LHKA 3W6CA 1UICA 4RLMA 1LSMA 1QUSA 4ETBA 1GE4A 1IC5Y 1OQMA 4PPOA 5KXRA 5B1FA 1GB0A 3G3AB 4ML7A 1HFYA 3AJNA 5KXLA 1REMA 4QEQA 1GEZA 1IX0A 1JSFA 1LSCA 3J6KA 1LHMA 3KAMA 1AT5A 1GAYA 1C46A 4Z41A 4ETDA 1FDLY 4P2EA 4WL7A 4H8XA 4LYOA 1IORA 1JTTL 5DN4A 5APFA 2MEIA 3AGHA 4B4EA 1F0WA 2EPEA 1BB3A 2LYOA 4XJIA 5C6LA 1KIQC 5KKJA 1SLYA 3RNXA 4ETEA 4U3XB 1LJJA 1EL1A 1B5WA 3AYQA 3SP3A 3LYOA 4H1PA 1UIDA 2LZTA 2BLXA 2BQOA 2EKSC 3A94A 5LVHA 4IJ4A 4XJFA 5FDJA 2YBJA 1GF3A 3GXRA 1KXXA 1LSPA 1OUHA 1FN5A 4PJ2C 1IP4A 3F6ZA 1LJ4A 4HV2A 2HU3A 1OUCA 5F9UA 4R0FA 5LYTA 3WPKA 1AM7A 4EOFA 4LT3A 4NSHA 3WXTA 5I54A 1B0DA 2I6ZA 3WW6A 1IOSA 1IP5A 3N9EA 1GXV2 2LHMA 2W1XA 1YKYX 1LZRA 1HFXA 1VDPA 5A3EA 2ZIKA 4LZTA 3B6LA 2DBTA 1B7SA 3AZ6A 4WG1A 4Z3MA 4LT1A 5HLLA 3T6UA 4J7VA 1IY3A 2BQFA 1OP9B 4WLYA 5HMJA 1GF4A 4B1AA 5KKIA 1OUAA 2BQMA 2MEGA 1JPOA 2CGIA 134LA 2IFFY 4NSGA 4TWSA 4H93A 5KXZA 2DQAA 4MSTA 4GCFA 1GD6A 5LINA 4TTDA 1LMNA 1GFHA 1YAPA 5LIOA 3LYMA 4ANRA 1IC7Y 5IHGA 132LA 1INUA 1IR7A 5ILFA 5DL9A 2A7FA 1ZMYL 1B5ZA 1GEVA 1NWGA 2BQHA 4I8SA 4WMGA 1IO5A 4YF2A 3WU7A 1GFGA 1LZ1A 5D5CA 5DM9A 1NF5A 4H90A 1BWJA 2RSCA 1VDQA 3P65A 5LVKA 1LSZA 4HJZA 1FKQA 4GN4A 1RE2A 4YOPA 1GBOA 4HPEA 1UC0A 4NGYA 1D6QA 3LHMA 3TXJA 2MEBA 2W1MA 2ZWBA 2YBLA 4TSCA 4A7DA 3RZ4A 1YROA 1O23A 5I4WA 2H9JA 1GBZA 1IWXA 1JUGA 1LJ3A 3CSZA 4NGZA 3W6AA 3WUAA 5HQ1A 2Q0MX 1B7LA 2BPUA 1QTKA 2YBNA 1G7JC 3EBAB 5I5QA 4Z98A 2DQFC 3T36A 2FYDA 1XGTC 1QDRA 1NQIA 1CKHA 1J1OY 4NEBA 1NDMC 3TMUA 4LT2A 1YILA 4BADA 1GAZA 2MEAA 1F10A 1ZVHL 3A6BY 2FBDA 4BAPA 3CSQA 3CQLA 3HFMY 2YVBA 1FLUA 1GFTA 1LMAA 1B2KA 3TMWA 1REZA 3P68A 6LYZA 1IY4A 1YAQA 1BWHA 2H5ZA 2Z37A 1LJKA 2FBBA 1BB4A 2ZQ3A 2BAAA 4N9RA 1CKGA 4H94A 1GHLA 4PRQA 1DPXA 5KXMA 1XSFA 2LZ2A 2Z2FA 1OUFA 2WARA 1QTEA 1D0LA 4OWEA 5LA8A 1REXA 3TXEA 3ZVQA 1GFUA 4GCCA 4DD9A 2G4NA 3WU9A 4ZIXA 1G7IC 2F4AA 1HHLA 1GPQC 4WLTA 4NG8A 1XGPC 3E3DA 2G4PA 5I4YA 1D9UA 4XN6A 4CGEA 2FYCA 4XJDA 1WQPA 1IOTA 1LYYA 2XBRA 3WUMA 1G7HC 1UIGA 1NBYC 5APCA 4NGKA 3IJVA 1LMCA 1WTMA 4N8ZA 3WVXA 1GDXA 4W94A 4LYBA 1C45A 2DQJY 2C8OA 4DD7A 1JJ1A 3CT0A 5AMYA 1LJIA 4B49A 1QSAA 1HMKA 1HEQA 1OUEA 4J1BA 4H8YA 5C6JA 3AW7A 4G4CA 1LZDA 4YENA 3ATNA 3A93A 4H91A 3LYZA 1LSDA 1JHLA 3A8ZA 4CHXA 1MELL 3LZ2A 4DWXA 1LHIA 1B5VA 1B7QA 4XENA 4AGAA 5B05A 5IELA 4W96A 2F30A 2HEAA 1HERA 1LPIA 1UBZA 3P66A 1Z55A 1LZBA 1YL1X 4OWBA 2ZYCA 3A95A 1IP7A 1QSWA 1E8LA 193LA 4HJYA 1BGIA 2ZIJA 1HEPA 4KXIA 2ZILA 3N9AA 4II8A 5LA5A 1BB6A 2BQEA 2XTHA 4G49A 4WM1A 1W6ZA 2BQLA 1DI3A 4N1CC 1J1XY 2MEEA 1GB9A 1LHJA 1JIYA 3A3RX 4OWAA 3W6DA 4M4OA 1GBWA 1LKRA 1D6PA 5F81A 1OUBA 5KXTA 4LFPA 5E9RA 3TMXA 2DKVA 1LZ8A 1TCYA 2H9KA 4RW1A 2N5ZA 4NGIA 5DLAA 1GF5A 5LXWA 2AUBA 1DKJA 1UIAA 2BQBA 3IWRA 5C6IA 2YBIA 1LMQA 1LSFA 3GXKA 5LVIA 3CB7A 2A7DA 3TXIA 3A67Y 153LA 2BQNA 4WM3A 5FHWA 1IC4Y 2HU1A 1GF9A 3W6BA 2W1LA 1GF6A 1VEDA 3W6EA 1NBZC 3LYTA 1IWVA 3FI7A 1CJ7A 3WPJA 1C7PA 1IWTA 2HEBA 4CFPA 3AZ5A 4LYZA 3W6FA 5FCPA 1P2CC 1AKIA 4MR1A 1EQ4A 4UWVA 1HF4A 1AT6A 1B5UA 3D3DA 4WO9A 4PGJB 3BKVA 4UWNA 4NIJA 3WW5A 2D4IA 1KXYA 3RW8A 1GFJA 5HNLA 3TXBA 5K7OA 1LZ9A 4DDCA 5IDDA 3P64A 1XFPL 5FSTA 5FELA 1RJCB 3AB6A 1T3PA 4HTNA 1CNSA 1PS5A 2BQDA 1GFAA 4XJGA 1IP3A 1WQNA 5I4XA 1YANA 1CJ9A 2VB1A 4WL6A 1LMTA 2NWDX 4RW2A 2BQGA 3VWOA 1GB2A 1T6VL 1GFKA 4HSFA 4NSIA 4WG7A 4GCBA 5KXYA 3TXGA 1QQYA 194LA 1JKDA 4L41A 4E3UA 1JTPL 1LYSA 2YBMA 4LFXA 1BB7A 4TX7A 1J1PY 4B4JA 1WVVA 1RCMA 4HTKA 3RU5A 1IR8A 1REYA 1YKZX 3QE8A 3WL2A 2F4GA 4NGVA 4NHIA 1CKCA 1GDWA 4ZFPA 3TXDA 1JJ3A 1A4VA 3ZEKA 3AGIA 3B0OA 5B59A 4DC4A 2HEEA 1LOZA 1TDYA 2PC2A 1HEWA 2EIZC 1DQJC 4GCEA 1GE1A 1LMOA 4R6CA 5LAGA 4NGOA 3WU8A 1GFVA 2F2NA 3QY4A 1I1ZA 1QDTA 2W1YA 3K3TA 3WMKA 1LKSA 1VATA 1N4FA 4MCKA 1YKXX 4H9BA 4QY9A 5HMVA 1ZV5L 1JKCA 1LMPA 1XGRC 2D4KA 4FJRA 4BS7A 5KY1A 4WM2A 2HEDA 1PZYA 4LYMA 5KXPA 2HECA 1QUTA 1JEFA 4NGJA 3ATOA 3TXHA 4LGKA 4N0JA 5B1GA 1A2YC 3OJPA 5LYMA 2ZNWY 5M1YA 1LJGA 1C10A 1LZSA 2MECA 4GLAA 4OOOA 4J1AA 2EQLA 2MEHA 5J7CA 1IVMA 3HBDA 5FEKA 3HBHA 2BQKA 1RFPA 1QIOA 4H9EA 1RI8B 1LSBA 3BKHA 1I20A 1D0MA 4HPIA 4YM8A 1LHHA 5KXOA 2GV0A 1IWZA 4NGLA 2I26L 4QDNA 1LZCA 2B5ZA 135LA 1OUJA 1LTMA 2DQEY 2Z12A 4PHIA 4OW1A 1GF7A 3EMSA 3WVYA 1CKFA 4H92A 4KPMA 1NKHA 1IP1A 1TEWA 4QGZA 1G7MC 4XJHA 1FBIX 4DYGA 1H87A 1D0KA 1LJHA 1LZYA 2CDSA 2BLYA 1UIHA 3WYHA 1MLCE 1OUDA 1FLWA 1OUGA 4BAFA 4DDAA 4LYTA 1LAAA 4YEOA 5KXNA 4G4BA 3TXKA 1VAUA 4C5FA 5APDA 1F6RA 1GE3A 4GN5C 1GBSA 4ET8A 2HTXA 3MGWA 5F14A 4H9IA 2DQHY 1DXJA 1FLQA 1IEEA 1KXWA 5B07A 1LSGA 1YAMA 2DQGY 2Z39A 1YIKA 4H9CA 5LYZA 1GB7A 1GB6A 6LYTA 3CT5A 4HTQA 2D4JA 3CSRA 1ALCA 1LSAA 1B7PA 4NGWA 5ILCA 4HJVA 1XEIA 1DPWA 1LJNA 8LYZA 1VFBC 3N9CA 1LZTA 2BQIA 4B0DA 4H9FA 4O34A 3WXUA 1BQLY 1YL0X 1IP2A 1DZBX 1NDGC 2BQCA 2Z18A 5L3HA 4X3BA 1JKAA 3OK0A 1LHLA 1IWYA 4LT0A 1IOQA 4Z46A 9LYZA 2MEDA 3EO5A 2ZQ4A 1HEMA 1LZ5A 3HBEX 4NHPA 4NY5A 1JISA 1BWIA 4ZEEA 207LA 2I25L 3TMVA 4ETCA 1WTNA 5II3A 3A90A 1YQVY 3WH1A 1CJ8A 1SQ2L 5EBHA 3W3EA 3M18B 3J4GA 4NG1A 1EQ5A 1GB5A 3A91A 4G4HA 1BVKC 3A3QA 3AZ4A 1GE2A 1B9OA 4RLNA 3ZVQB 2CWIA 1C43A 3AGGG 7LYZA 1XEJA 4EMNA 1B7NA 1LYOA 1JWRA 4NFVA 1EQEA 1LJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LYCA 1L86A 2RBPA 3IJUA 2OU9A 1HSXA 1C69A 4YEMA 1YAOA 3SB6A 1QS5A 2HUBA 171LA 1B5YA 1B7OA 255LA 3DNAA 1LYGA 1CV0A 1B7RA 5KXKA 1HSWA 1KIRC 4WLDA 5KXWA 1UIEA 4CFOA 1LJEA 1XGQC 4NHQA 5LVJA 4WM6A 4WLXA 1L36A 2CJLA 2YSSC 1FKVA 1L55A 1C64A 1WQOA 107LA 5B06A 3EMLA 1LZ6A 1W08A 4LDOA 4WM4A 3TXFA 1L74A 1TBYA 4ARMB 5T3FA 5L9JA 1HENA 1GB8A 1LZNA 2B70A 2RAZX 3QNGA 1HMLA 1L24A 5I53A 4WOAA 1GBYA 1LSNA 4I7OA 160LA 1HELA 4HP0A 1CU5A 4XYYA 4KT3A 166LA 185LA 1OUIA 2MEFA 210LA 1P36A 2ZNXY 3B0KA 5L3IA 2RB0X 5JENB 3UONA 3W6CA 2RBRA 4PPOA 1L51A 1L47A 4QEQA 1IX0A 1G0KA 225LA 1C62A 4WL7A 5C6LA 5KKJA 1D3MA 3SP3A 3SB8A 1C6MA 2BLXA 2EKSC 3A94A 1L83A 1GF3A 1PQDA 1KXXA 1LSPA 1OUHA 1L44A 3F6ZA 5F9UA 1OUCA 3WPKA 4EOFA 192LA 4NSHA 128LA 1IOSA 1L19A 2IGCA 1YKYX 3HT7A 1VDPA 5A3EA 3AZ6A 4Z3MA 5HLLA 1CUPA 1IY3A 2BQFA 220LA 4B1AA 1JPOA 2CGIA 1L35A 3HH4A 1GD6A 1QTCA 4ANRA 5ILFA 248LA 1G0JA 4WMGA 1LI2A 1GFGA 1L42A 1BWJA 1VDQA 1L11A 1L62A 102LA 3HU9A 4GN4A 4DQ5A 4NGYA 2W1MA 1G06A 1PQMA 3DKEX 1L02A 228LA 4A7DA 1O23A 230LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LAF A;  4LYC A;  4H8Z A;  1GFR A;  1GXX A;  4GCD A;  1IWW A;  4OOT A;  4ETA A;  3IJU A;  4ET9 A;  3A6C Y;  1UA6 Y;  1HSX A;  2DQC Y;  4YEM A;  1NMM A;  1YAO A;  4H9A A;  3EXD A;  4WO6 A;  4NWE A;  4TUN A;  4NHT A;  1VDT A;  2YBH A;  2HUB A;  1B5Y A;  1IIZ A;  1B7O A;  1WQQ A;  4G9S A;  4KL7 A;  4RDS A;  1B7M A;  4TSB A;  4UWU A;  2G4Q A;  5D5F A;  1UUZ C;  1WVU A;  1BHZ A;  1LZA A;  1GE0 A;  4I0C A;  4IAT A;  1B7R A;  2BQJ A;  4PRU A;  1HSW A;  1KIR C;  5KXK A;  4WLD A;  1C08 C;  5KXS A;  4IAS A;  3ULR A;  1LZG A;  1LYZ A;  5KXW A;  1HEO A;  2YDG A;  1UIE A;  4AXT A;  2DQD Y;  4XJB A;  2C8P A;  2X0A A;  3A92 A;  1WQR A;  1LSE A;  1BVX A;  4N5R A;  1ZVY B;  4CFO A;  1B5X A;  1JTO L;  1LJE A;  1XGQ C;  2IHL A;  4NWH A;  3P4Z A;  4B4I A;  1F6S A;  4NHQ A;  4D9Z A;  5LVG A;  5LVJ A;  1JIT A;  208L A;  3A34 A;  3AW6 A;  4WM5 A;  4WM6 A;  5KXX A;  3CT1 A;  1G7L C;  5KJ9 A;  4GLV A;  1UAC Y;  4WLX A;  1DI5 A;  2CJL A;  2YSS C;  1IWU A;  3WUL A;  1AZF A;  1FKV A;  1GWD A;  5A3Z A;  154L A;  4NHS A; 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 1CKF A;  4H92 A;  4KPM A;  1NKH A;  1IP1 A;  1TEW A;  4QGZ A;  1G7M C;  4XJH A;  1FBI X;  4DYG A;  1H87 A;  1D0K A;  1LJH A;  1LZY A;  2CDS A;  2BLY A;  1UIH A;  3WYH A;  1MLC E;  1OUD A;  1FLW A;  1OUG A;  4BAF A;  4DDA A;  4LYT A;  1LAA A;  4YEO A;  5KXN A;  4G4B A;  3TXK A;  1VAU A;  4C5F A;  5APD A;  1F6R A;  1GE3 A;  4GN5 C;  1GBS A;  4ET8 A;  2HTX A;  3MGW A;  5F14 A;  4H9I A;  2DQH Y;  1DXJ A;  1FLQ A;  1IEE A;  1KXW A;  5B07 A;  1LSG A;  1YAM A;  2DQG Y;  2Z39 A;  1YIK A;  4H9C A;  5LYZ A;  1GB7 A;  1GB6 A;  6LYT A;  3CT5 A;  4HTQ A;  2D4J A;  3CSR A;  1ALC A;  1LSA A;  1B7P A;  4NGW A;  5ILC A;  4HJV A;  1XEI A;  1DPW A;  1LJN A;  8LYZ A;  1VFB C;  3N9C A;  1LZT A;  2BQI A;  4B0D A;  4H9F A;  4O34 A;  3WXU A;  1BQL Y;  1YL0 X;  1IP2 A;  1DZB X;  1NDG C;  2BQC A;  2Z18 A;  5L3H A;  4X3B A;  1JKA A;  3OK0 A;  1LHL A;  1IWY A;  4LT0 A;  1IOQ A;  4Z46 A;  9LYZ A;  2MED A;  3EO5 A;  2ZQ4 A;  1HEM A;  1LZ5 A;  3HBE X;  4NHP A;  4NY5 A;  1JIS A;  1BWI A;  4ZEE A;  207L A;  2I25 L;  3TMV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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