4DDCA

Eval processed hewl, cisplatin dmso nag silicone oil
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural studies of the effect that dimethyl sulfoxide (DMSO) has on cisplatin and carboplatin binding to histidine in a protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ddcA00
4G9SA 132LA 2FYCA 5HMJA 2VB1A 4RW2A 4E3UA 3TXDA 4YENA 4BAFA 4GLVA 4LYMA 3T6UA 2D4JA 4IATA 1GF5A 4TSBA 3CSZA 1NBYC 4B4EA 1BHZA 1E8LA 3BKHA 4HJYA 5M1YA 3RU5A 5KXYA 2D6BA 2DQFC 1GF9A 1T6VL 3IWRA 2C8OA 3WH1A 3WU8A 4TTDA 1IP3A 1GB7A 4NGJA 4PHIA 4ETDA 1D0MA 1GE2A 3LHMA 4HPIA 1LSPA 2MEEA 5L3HA 3TMXA 1CJ6A 1F6RA 3WW6A 3ZVQA 5HQ1A 2BQLA 1UUZC 1IWYA 1FN5A 3EBAB 4N1CC 2MEIA 1GDWA 1SLYA 1TDYA 1UBZA 3AB6A 3ULRA 1G7HC 1GFTA 3WPLA 3AGIA 4N9RA 1CJ9A 2MEDA 4HTKA 1UC0A 4RW1A 1IP6A 2BLXA 1D9UA 1XEKA 2YSSC 1QSAA 4LFPA 1XGUC 1C08C 1LSEA 2DQJY 2LYOA 4LFXA 4WLYA 5I53A 4HTQA 1GHLA 1CKDA 1LJHA 1JTTL 1QTKA 1QUSA 6LYZA 1LJEA 1B5XA 1FDLY 1C46A 5KXNA 1OUIA 4PJ2C 5KKJA 1BB3A 1B9OA 1LJKA 2YBIA 4FJRA 1JKCA 4B1AA 1AT5A 5A3EA 5II3A 5APDA 1LMCA 2I6ZA 1LZDA 1OUBA 2BQBA 1GB5A 3FI7A 5LVJA 1DI4A 1GFVA 1LSYA 1LJIA 3OJPA 1H87A 1F6SA 3WW5A 2BPUA 4DDAA 1WTMA 2ZWBA 1HEQA 1FBIX 4WL6A 4OOOA 1NDMC 5B1GA 3B72A 3TMWA 4B0DA 3TXFA 3WVXA 153LA 1O23A 5FHWA 5J7CA 4GCCA 4RLNA 2HEFA 1IY3A 1JISA 2BQIA 3A93A 5KXSA 4FDYA 1B7QA 4WG1A 3TXEA 5LVGA 1VEDA 2Z2FA 5LVHA 4J1AA 1KXYA 1GXXA 1NWGA 1ZV5L 1FKQA 1GPQC 3ZVQB 3OK0A 2BQEA 4NGLA 1IC7Y 3RT5X 4TX7A 4D9ZA 4OW1A 4CFPA 3W6FA 4WO9A 1WVUA 1ALCA 1LZ9A 3TMUA 5A3ZA 1XSFA 2LHMA 4OWEA 1KIQC 1LZSA 2H9JA 4NSIA 1UICA 5T3FA 1I56A 1UIAA 1HMKA 3A6CY 4BS7A 4P2EA 2BLYA 1LZ1A 2Z12A 2RSCA 4XYYA 1BQLY 1LZBA 1GAYA 3GXRA 4XN6A 4H90A 2BAAA 3KAMA 4NGOA 3WPJA 1IWVA 1UA6Y 3AW6A 4WM4A 4B49A 4XJHA 4LYOA 1JHLA 3TXBA 1SQ2L 1JKBA 1KIPC 4L41A 1IORA 207LA 5I5QA 1B5UA 3K3TA 1LZAA 4GCDA 1HFYA 3TMVA 3VWOA 1UACY 4NGYA 4DDCA 2XBSA 1J1PY 2N5ZA 1IC5Y 1F10A 1JIYA 1NMMA 1GFHA 5KXZA 4ETAA 1HEWA 4G49A 4H9EA 4HJZA 1BB4A 1UIFA 1NQIA 5KXKA 5HLLA 3P4ZA 1DPWA 1HEOA 1KXWA 4B4IA 1GFUA 4GN5C 4XJFA 3B0OA 4J7VA 1LOZA 1GF7A 1JTPL 3T36A 1GFJA 5FEKA 2DKVA 1OUHA 3N9CA 2BQFA 4UWNA 2Z38A 1NKHA 1NBZC 1OUAA 5KXOA 4PRUA 1NF5A 4KXIA 5B06A 1B7RA 5FDJA 2XBRA 4LT0A 1B5WA 4NWHA 4LT2A 2BQAA 2ZYCA 4NEBA 3HBHA 5HNCA 2MEFA 1REMA 2LZTA 3P68A 4II8A 4NHSA 2MEAA 1CKGA 1LSZA 5DN5A 2DQIY 3EXDA 4RDSA 1NDGC 3LYTA 1EQ4A 4ML7A 1HC0A 3GXKA 1YKYX 5KXRA 2HECA 4OWBA 3EO5A 3WVYA 1LSGA 1REYA 2DQCY 4H9HA 1J1OY 1QSWA 1UIDA 4R6CA 4WM5A 1B5YA 1GBXA 5F9UA 2H9KA 3WU7A 3A90A 5C6JA 1FLQA 1HHLA 4BAPA 1WVVA 3N9AA 1IP4A 4YEOA 1LSFA 4LYTA 1GFEA 5LXWA 5APFA 1WQOA 5IHGA 6LYTA 1LHMA 2BQCA 1GFKA 1HENA 4H9IA 2HEDA 4RLMA 1B2KA 1LZRA 5JENB 1YROA 1RCMA 1LSBA 1LYYA 1LZ5A 1YILA 3ATOA 1IR9A 4Z41A 4NHTA 2CWIA 4NG8A 4HP0A 1I20A 2Z37A 4I0CA 4I8SA 3W6EA 2F4AA 5IDDA 5LAFA 4GCBA 2WARA 4QEQA 1IOSA 3CT5A 2BQMA 2Z39A 5KXPA 1FLUA 1GE4A 4G4BA 2HTXA 1HEPA 4XJGA 1YKXX 1YL0X 4DD9A 1LHIA 4DT3A 1V7TA 4IASA 2LYZA 3A91A 4TUNA 1YKZX 3A6BY 5AMYA 1LAAA 4A7DA 5FSTA 1IWWA 4CGEA 4CFOA 1B7MA 2D91A 1WQNA 5ILCA 1HELA 2W1MA 3TXHA 3B6LA 4H94A 3AYQA 3WU9A 3HBEX 4AXTA 5EBHA 1LHKA 3CB7A 1CJ7A 9LYZA 5B59A 1IP5A 1JKDA 4N5RA 1LZ6A 1JUGA 2FYDA 4MCKA 4YM8A 1QDTA 3A8ZA 3AJNA 4PGJB 4ZIXA 1RI8B 4DYGA 1GFAA 1WQRA 5DN4A 3MGWA 4NGVA 3WPKA 4N1EI 3AW7A 2HU3A 3AZ5A 3CT1A 4KL7A 5LYTA 2YBJA 1GF6A 4NSGA 134LA 3LZTA 1RJCB 154LA 4NWEA 1DI3A 2EIZC 3RZ4A 1IWXA 2DQHY 4C5FA 4QGZA 2W1XA 2Z18A 2EPEA 3D3DA 1UIHA 3BKVA 4Z98A 4G4HA 4DD3A 3WUMA 1CNSA 3D9AC 4KPMA 2BQNA 1LSDA 1REZA 4WLTA 1BB7A 1WQQA 1GWDA 4DC4A 3W6CA 2BQGA 2H5ZA 3E3DA 1IY4A 1GF8A 3AZ6A 1LZTA 1LJJA 3M18B 1C7PA 4EMNA 1CKHA 1JPOA 1LSMA 4YEMA 1KIRC 1LMNA 1REXA 4WM6A 5I4YA 1JJ0A 2ZIJA 5LAGA 1DKJA 3AGGG 1IVMA 4ETCA 4AGAA 3AGHA 5F16A 1D6QA 3G3AB 1UIBA 2GV0A 4WLXA 1GB3A 1JSFA 1PZYA 3B0IA 2C8PA 1B0DA 2Z2EA 4ZFPA 5KXTA 3CQLA 1LKRA 3CSRA 5L3IA 1LPIA 4H92A 4DD1A 4NGZA 3LYOA 1HMLA 4Z46A 2W1YA 4DD0A 3G3BB 4NGKA 5L9JA 1MELL 2YBMA 4OOTA 1GB6A 5D5CA 1HFZA 1LMOA 4NHPA 1QTEA 4NGWA 5C6IA 1LZYA 2DQDY 2LZ2A 5KXWA 1IOCA 3J6KA 1YANA 1GB9A 1A2YC 1MLCE 8LYZA 1LZCA 135LA 1LZEA 1LYZA 5B1FA 5I54A 1B7LA 4OWHA 5FELA 2X0AA 3CT0A 1HEMA 1B7OA 4WLDA 5APCA 1QQYA 1GE3A 4CHXA 4DD2A 3B0KA 1VDTA 1WQMA 2BQOA 2G4QA 1B5VA 1LMQA 2W1LA 4H9BA 4ET9A 1LSCA 1DI5A 3P65A 1TBYA 4HTNA 4CJ2A 1Z55A 3CSQA 3LYZA 3A3RX 4LYCA 1AM7A 1A4VA 1ZMYL 1KXXA 2DQAA 2A7DA 3LZ2A 1LMAA 1EL1A 4DDBA 4DD7A 3FE0A 3F6ZA 4KT3A 1QDRA 1DXJA 1CJ8A 1LJGA 2I26L 3ATNA 3W3EA 1QUTA 7LYZA 1G7MC 5HMVA 1OUFA 1F0WA 1JITA 1IR8A 1BWIA 1LJ4A 1TAYA 1VFBC 2F4GA 1C43A 4NGIA 4NHQA 5DM9A 5LVIA 4Z3MA 1FKVA 1LHHA 5C6LA 1GFRA 4TSCA 1IOQA 2CGIA 1B7SA 4H9CA 1HF4A 5LVKA 2F2NA 1DQJC 3WUNA 4H8ZA 4ANRA 1LZGA 4HJVA 4XADA 2ZQ4A 2BQHA 1VATA 1G7JC 1VDSA 1IWTA 3A34A 4J1BA 3WUAA 1LHJA 2YBLA 4G4CA 3HBDA 3TXKA 5KKIA 1J1XY 1JSEA 2XTHA 1D0KA 5KXXA 1LHLA 1CKFA 2FBDA 1YL1X 1LSAA 5HNLA 4YF2A 5KY1A 1GB8A 1HSWA 2BQDA 3LYMA 4U3XB 3M3UA 1LCNA 4TWSA 1JEFA 1UIEA 4MR1A 3RW8A 5IELA 1GBWA 4OWCA 4ETEA 2CJLA 5F14A 5APEA 5KXMA 1C45A 1GAZA 2IFFY 5DL9A 2HEBA 4QY9A 3EMSA 1GXV2 4HV2A 3TXGA 4R0FA 4WM3A 3P64A 4WO6A 4NIJA 208LA 3IJUA 4LYBA 1LJ3A 3J4GA 4WM2A 4LT1A 4NY5A 1BWJA 1GFGA 3QE8A 3QY4A 4UWVA 4XENA 3W6AA 2CDSA 5LINA 4ET8A 1H6MA 1W08A 1VDPA 3A92A 1LTMA 1GBOA 4W96A 1BVKC 2F30A 4H8YA 1GE0A 2Q0MX 4PRQA 3AZ4A 1LKSA 2ZNXY 1JJ3A 1BWHA 3A96A 1WTNA 1AKIA 3WXUA 4LGKA 4ETBA 2BQKA 2MEGA 1I1ZA 1D6PA 3IJVA 194LA 1XEJA 1IO5A 2YVBA 3QNGA 4BADA 1G7LC 1OQMA 2DBTA 2XJWA 1HFXA 1LZNA 2D4KA 1IP1A 2YDGA 4NSHA 4OWAA 1GEVA 1IC4Y 3HFMY 2ZYPA 5D5FA 1QIOA 2PC2A 1GBZA 4HPEA 2MECA 3WMKA 2HUBA 4M4OA 3WXTA 1TEWA 2B5ZA 4C3WA 4LZTA 1PS5A 3A3QA 133LA 1RFPA 1XGQC 4QDNA 4NHIA 5B07A 5FCPA 4PPOA 1LZ4A 4NG1A 1XGTC 2A7FA 1LYOA 1LJFA 1OUEA 4MSTA 5KJ9A 5LYZA 1GE1A 1C10A 5I4XA 5F9XA 1XEIA 1DKKA 1GEZA 1GD6A 4WG7A 1HNLA 4GLAA 2Z19A 4W94A 3RNXA 1IR7A 4H91A 1FLWA 1LMTA 4H93A 5ILFA 1IP2A 1JJ1A 2EQLA 4H8XA 3WYHA 4X3BA 1BGIA 4HSFA 4N8ZA 5LIOA 4NSJA 2DQGY 1B5ZA 3W6BA 3N9EA 1UCOA 1INUA 1LYSA 3A95A 4WL7A 1LMPA 4LT3A 2Y8PA 2FBBA 1B7PA 4WOAA 1AZFA 2NWDX 4UWUA 4WMGA 3P66A 1EQEA 1YQVY 3A94A 4J0LA 1OUCA 4XJIA 2ZQ3A 1ZVYB 4ZEEA 1DZBX 1YAPA 1ZVHL 5E4PA 1TCYA 2I25L 1HSXA 1WQPA 4WM1A 1YAOA 1OP9B 1LJNA 1NHEA 2D4IA 1AT6A 4H9AA 4XJBA 2LYMA 1OUGA 4LYZA 1BB5A 1D0LA 1GBYA 1IWUA 1BB6A 4N0JA 5B05A 5LA8A 1VDQA 4NFVA 2HEEA 1XFPL 3A67Y 1IWZA 1G7IC 2YBNA 1BVXA 4GCEA 3WULA 4GN3A 4H1PA 193LA 1HERA 1UIGA 1CKCA 4O34A 1B7NA 4H9FA 5LYMA 1N4FA 4GN4A 1GB0A 1JWRA 4YOPA 4DWXA 5E9RA 1GF0A 3SP3A 1V7SA 2ZIKA 5F81A 2DQEY 1FLYA 4GCFA 1GF3A 1YAMA 2G4NA 4XJDA 1RE2A 3TXJA 1W6ZA 1YAQA 2HU1A 3LN2A 1P2CC 5DLAA 3W6DA 5K7OA 1JTOL 4EOFA 5I4WA 2IHLA 1LZ8A 1IX0A 3ZEKA 2AUBA 2G4PA 1GF4A 1GB2A 2ZILA 1T3PA 2MEBA 1IEEA 1GDXA 4B4JA 4HV1A 2EKSC 2BQJA 1OUJA 1DPXA 1XGPC 2MEHA 4IJ4A 1JKAA 1VAUA 4M6DA 5LA5A 1GBSA 1IOTA 1LSNA 2ZNWY 1YIKA 3WL2A 1OUDA 5KXLA 1IIZA 3TXIA 3AZ7A 1IP7A 1XGRC 2YBHA 1EQ5A 2HEAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
182LA 3TXDA 4YENA 4BAFA 1L45A 4GLVA 1GF5A 261LA 1BHZA 1JTMA 3RU5A 2D6BA 1GF9A 4NGJA 1GE2A 4HPIA 2MEEA 1CX7A 3WW6A 3DKEX 3EBAB 1G7HC 3SBBC 1DYDA 4LDEA 4N9RA 1CJ9A 2MEDA 1IP6A 4WM4A 4HTQA 1GHLA 201LA 107LA 262LA 1OUIA 5KXNA 5KKJA 1JKCA 1LMCA 1OUBA 1GB5A 1L14A 3FI7A 1LSYA 1GFVA 1LJIA 1H87A 4W58A 3WW5A 1HEQA 1L92A 1FBIX 4OOOA 1L43A 1NDMC 245LA 5B1GA 4B0DA 3TXFA 1XEPA 1PQJA 5FHWA 5J7CA 1C67A 5KXSA 4FDYA 3TXEA 5LVHA 1KXYA 4NGLA 1T6HA 4OW1A 3W6FA 4WO9A 1WVUA 2RBQA 1KY1A 1TLAA 1KIQC 1LZSA 1L97A 1PQIA 4P2EA 2B6YA 2RSCA 4XN6A 1L80A 1JKBA 1IORA 1B5UA 1LZAA 1HFYA 3VWOA 4NGYA 2XBSA 2N5ZA 1D2YA 5KXZA 5HLLA 225LA 4B4IA 5I14A 1LOZA 1JTPL 2DKVA 4UWNA 1NBZC 1OUAA 184LA 2HULA 2XBRA 1B5WA 3C82A 180LA 2MEFA 4II8A 4DQJA 1L03A 1LSZA 5DN5A 3LYTA 3EO5A 1QSWA 4R6CA 1GBXA 229LA 3WU7A 1L85A 1LYFA 4BAPA 4YEOA 1LSFA 4LYTA 5APFA 1WQOA 246LA 2BQCA 4H9IA 1HENA 1B2KA 1L24A 1CTWA 3ATOA 183LA 4NHTA 2CWIA 4EKPA 210LA 1L26A 218LA 5LAFA 4QEQA 3CT5A 5KXPA 1GE4A 4G4BA 2HTXA 1CUQA 1L59A 1YKXX 4GBRB 4DD9A 1YKZX 1G0PA 3A6BY 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4G9S A;  132L A;  2FYC A;  5HMJ A;  2VB1 A;  4RW2 A;  4E3U A;  3TXD A;  4YEN A;  4BAF A;  4GLV A;  4LYM A;  3T6U A;  2D4J A;  4IAT A;  1GF5 A;  4TSB A;  3CSZ A;  1NBY C;  4B4E A;  1BHZ A;  1E8L A;  3BKH A;  4HJY A;  5M1Y A;  3RU5 A;  5KXY A;  2D6B A;  2DQF C;  1GF9 A;  1T6V L;  3IWR A;  2C8O A;  3WH1 A;  3WU8 A;  4TTD A;  1IP3 A;  1GB7 A;  4NGJ A;  4PHI A;  4ETD A;  1D0M A;  1GE2 A;  3LHM A;  4HPI A;  1LSP A;  2MEE A;  5L3H A;  3TMX A;  1CJ6 A;  1F6R A;  3WW6 A;  3ZVQ A;  5HQ1 A;  2BQL A;  1UUZ C;  1IWY A;  1FN5 A;  3EBA B;  4N1C C;  2MEI A;  1GDW A;  1SLY A;  1TDY A;  1UBZ A;  3AB6 A;  3ULR A;  1G7H C;  1GFT A;  3WPL A;  3AGI A;  4N9R A;  1CJ9 A;  2MED A;  4HTK A;  1UC0 A;  4RW1 A;  1IP6 A;  2BLX A;  1D9U A;  1XEK A;  2YSS C;  1QSA A;  4LFP A;  1XGU C;  1C08 C;  1LSE A;  2DQJ Y;  2LYO A;  4LFX A;  4WLY A;  5I53 A;  4HTQ A;  1GHL A;  1CKD A;  1LJH A;  1JTT L;  1QTK A;  1QUS A;  6LYZ A;  1LJE A;  1B5X A;  1FDL Y;  1C46 A;  5KXN A;  1OUI A;  4PJ2 C;  5KKJ A;  1BB3 A;  1B9O A;  1LJK A;  2YBI A; 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 1UCO A;  1INU A;  1LYS A;  3A95 A;  4WL7 A;  1LMP A;  4LT3 A;  2Y8P A;  2FBB A;  1B7P A;  4WOA A;  1AZF A;  2NWD X;  4UWU A;  4WMG A;  3P66 A;  1EQE A;  1YQV Y;  3A94 A;  4J0L A;  1OUC A;  4XJI A;  2ZQ3 A;  1ZVY B;  4ZEE A;  1DZB X;  1YAP A;  1ZVH L;  5E4P A;  1TCY A;  2I25 L;  1HSX A;  1WQP A;  4WM1 A;  1YAO A;  1OP9 B;  1LJN A;  1NHE A;  2D4I A;  1AT6 A;  4H9A A;  4XJB A;  2LYM A;  1OUG A;  4LYZ A;  1BB5 A;  1D0L A;  1GBY A;  1IWU A;  1BB6 A;  4N0J A;  5B05 A;  5LA8 A;  1VDQ A;  4NFV A;  2HEE A;  1XFP L;  3A67 Y;  1IWZ A;  1G7I C;  2YBN A;  1BVX A;  4GCE A;  3WUL A;  4GN3 A;  4H1P A;  193L A;  1HER A;  1UIG A;  1CKC A;  4O34 A;  1B7N A;  4H9F A;  5LYM A;  1N4F A;  4GN4 A;  1GB0 A;  1JWR A;  4YOP A;  4DWX A;  5E9R A;  1GF0 A;  3SP3 A;  1V7S A;  2ZIK A;  5F81 A;  2DQE Y;  1FLY A;  4GCF A;  1GF3 A;  1YAM A;  2G4N A;  4XJD A;  1RE2 A;  3TXJ A;  1W6Z A;  1YAQ A;  2HU1 A;  3LN2 A;  1P2C C;  5DLA A;  3W6D A;  5K7O A;  1JTO L;  4EOF A;  5I4W A;  2IHL A;  1LZ8 A;  1IX0 A;  3ZEK A;  2AUB A;  2G4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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