4DDCA

Eval processed hewl, cisplatin dmso nag silicone oil
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Structural studies of the effect that dimethyl sulfoxide (DMSO) has on cisplatin and carboplatin binding to histidine in a protein.
pubmed doi rcsb
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ddcA00
1JJ1A 1LZ5A 1WTMA 1YKXX 3D9AC 1GAYA 3WPKA 2MEDA 1CNSA 2MEEA 1IP7A 3AW6A 3CSQA 1GBYA 1UIDA 4QDNA 1NF5A 3A92A 3ZVQB 5LVGA 1GFVA 1LCNA 2BQLA 2GV0A 1CKFA 2Z38A 1JIYA 2G4NA 3A3QA 1GE0A 4EMNA 5HLLA 3E3DA 4OWCA 2F4GA 2H5ZA 1GBXA 1GF4A 4H90A 1GB2A 5LXWA 1Z55A 2RSCA 4NGWA 2F2NA 3LYOA 1BB4A 4WO9A 5HQ1A 1LAAA 2BQKA 5HNLA 2HTXA 1OUJA 2D4IA 1OUAA 4WG1A 4KT3A 4HJVA 4TX7A 4HV2A 4H8XA 1KXYA 1TAYA 1HEMA 3LHMA 2ZQ4A 5KXZA 3W6EA 2D4KA 3WULA 2EPEA 1QSAA 4H94A 3WPLA 1HEPA 3AYQA 5D5FA 1PS5A 4Z98A 1JKDA 5B07A 4ETDA 3RZ4A 1DXJA 3A94A 1REYA 4HSFA 4QEQA 1LJKA 4ZIXA 2BQEA 1VEDA 1LZ8A 4DT3A 1JKAA 5KXMA 4H93A 1JTTL 1OUHA 4WM2A 4N8ZA 132LA 1XFPL 1ZVYB 3AGIA 4XJBA 1B7MA 5FELA 3TXFA 3WU7A 1I20A 3T36A 1IP2A 1LSNA 1QIOA 2HUBA 4LGKA 2HU3A 1GWDA 4GLAA 2CDSA 1LHJA 4C3WA 1GF0A 3CT1A 5DM9A 2ZQ3A 1AZFA 1IWUA 2ZYPA 3BKVA 4PRQA 3TXBA 2LYZA 4B4EA 3P65A 2DQGY 2HU1A 2YBHA 1HEOA 2ZYCA 4WG7A 1HHLA 4ANRA 4GCBA 1HENA 4DD1A 1WQPA 1WVVA 3LZ2A 5D5CA 2ZIJA 4NHTA 3B6LA 4HTKA 4RW1A 4N0JA 4II8A 1IY3A 4Z46A 1GB7A 5F9UA 3M3UA 1LJGA 4IATA 3WUMA 4DDAA 2YBIA 3HBDA 5LAGA 1YAOA 1UIGA 1GB5A 1ZVHL 1RCMA 4DC4A 4NSIA 1LJ3A 4M4OA 4TWSA 1GBWA 1B2KA 5II3A 1GFHA 1XGPC 4DWXA 2ZNWY 1FLQA 3LZTA 4PHIA 1SLYA 1DKKA 1JUGA 4YEMA 3A95A 3FE0A 4Z41A 4LT2A 5M1YA 4ETAA 4DDCA 1GE3A 4WM5A 4ETBA 3KAMA 1UIEA 1G7HC 1LYZA 2XTHA 1LZ6A 4RLMA 3B0OA 1KIQC 2BQGA 1W08A 4NHQA 3W6AA 5KXTA 2IHLA 4W96A 5DN4A 4WM1A 3RU5A 2W1LA 2MEHA 3TXHA 2EQLA 4OWHA 1NDGC 4MCKA 3A90A 2FBDA 3WYHA 1WQOA 2DQDY 3D3DA 5B59A 3IJVA 4NHIA 4D9ZA 1BGIA 1OP9B 4H9BA 2DQAA 1FKVA 1UC0A 1IC4Y 1LKRA 1NMMA 5J7CA 5KY1A 1GEVA 1B5VA 1IOTA 2BQBA 1IC7Y 1BB7A 1RFPA 2XJWA 4DD7A 1G7IC 5I4YA 4PRUA 2Z2FA 3SP3A 3WW5A 4H8YA 1YAQA 1GE4A 1KXXA 4XJGA 1FBIX 1G7JC 1QUTA 3LYTA 3WH1A 1QQYA 4O34A 1EQ5A 3CSRA 1GAZA 4HTQA 5FEKA 5KKJA 1C43A 1OUIA 2EKSC 5C6IA 4CFOA 1TCYA 3J6KA 1AT5A 1XEKA 4LYMA 1RI8B 5HMJA 5ILCA 1GEZA 4NGIA 3EO5A 1XGRC 1VFBC 3AZ6A 1OUDA 5C6LA 1GD6A 4NGLA 1NBZC 4MSTA 1HC0A 5EBHA 5APDA 1LSYA 2DBTA 4H92A 2W1MA 4HPIA 4N9RA 4NGZA 4YEOA 1UIAA 2Q0MX 4NGVA 5L3IA 194LA 1BB5A 1PZYA 5I5QA 4NHSA 4B4IA 3WMKA 2I26L 207LA 1YAPA 4WLXA 5LA5A 1F0WA 5F16A 4NGKA 3W6DA 4R6CA 1LZNA 4PJ2C 1J1OY 5I4WA 1KIRC 2DQFC 3QE8A 4B0DA 1NHEA 4HJYA 5I4XA 4LYOA 1BVKC 1EQEA 4YOPA 4YM8A 1GXV2 3A91A 2B5ZA 1WQNA 1GB3A 4H9FA 1WTNA 2LZ2A 1FLUA 5KXWA 2MECA 3T6UA 5I53A 3CT0A 1DI3A 1JJ3A 4AXTA 1JSEA 1VATA 2DKVA 1LJEA 4IJ4A 3A3RX 1LHHA 1E8LA 3LYMA 1JKBA 1CJ6A 4HTNA 2Z18A 4AGAA 4H9AA 2BQHA 2LZTA 4G4HA 4GN3A 1YL0X 1QUSA 4U3XB 1BWHA 1EL1A 1GFGA 1GF6A 1GBOA 1H6MA 4TUNA 1JKCA 1OUFA 4OW1A 4PGJB 4BAFA 5LIOA 4NG1A 3GXRA 3N9AA 4TSBA 3QNGA 3CQLA 3W6BA 6LYTA 2H9KA 2Z2EA 4WOAA 1CJ8A 1LSAA 2DQJY 4G49A 1HMLA 4GN5C 3WUNA 5LINA 1BVXA 2BAAA 2IFFY 4XYYA 3RW8A 1LZDA 1UACY 2DQIY 2BQIA 2LYOA 1REMA 1XGQC 5E9RA 2ZNXY 5F9XA 5KXPA 4LFPA 1JJ0A 1F10A 1LSGA 1CKGA 1LZBA 1LZRA 4MR1A 1LZ4A 1YAMA 2FBBA 1UCOA 1QTEA 2BQMA 3AGGG 5FDJA 5A3EA 2A7DA 4DD3A 1GFAA 1DKJA 4GCCA 3WUAA 1XGUC 4WM3A 4BAPA 3G3AB 1IP3A 1TBYA 4QY9A 2Z19A 3ZEKA 1IX0A 1CJ7A 4WM6A 135LA 4XJFA 4DD0A 1WQMA 4J1BA 5KXXA 5AMYA 5FSTA 1IORA 4OWBA 1LHKA 1LJJA 2FYCA 1LZEA 2X0AA 4BS7A 5KXRA 1IOQA 3ATOA 5JENB 5L3HA 1IWYA 2MEIA 1BWIA 2BLYA 1RE2A 3K3TA 4NGOA 1IY4A 1IR9A 3WXTA 1YILA 4NSJA 4XJHA 2W1XA 1GF3A 2Y8PA 4B4JA 1D0LA 5DLAA 1LZSA 4WM4A 2BQNA 1GB0A 3WVYA 1NDMC 1A4VA 1HEWA 2YSSC 4NFVA 1LSZA 3TXKA 6LYZA 1NWGA 5DN5A 2CGIA 1JEFA 3A96A 1B7PA 4OOOA 1GF7A 1C45A 1JHLA 1B7RA 1YANA 1XGTC 5LYZA 1SQ2L 4IASA 1HNLA 1B0DA 1IP6A 1F6RA 2YVBA 4LFXA 3TXDA 3MGWA 1O23A 1IP1A 1F6SA 3TXEA 2D6BA 1C08C 2I25L 1LMCA 1INUA 1GE2A 1JITA 1LKSA 1LTMA 2W1YA 3EMSA 1XEJA 2LYMA 4NGYA 4OOTA 4DD2A 4YF2A 4ZEEA 4FJRA 4W94A 4NY5A 3B0IA 1DPWA 4KPMA 1B5ZA 2Z12A 1UUZC 1DPXA 2BQFA 4TTDA 1C10A 1GBSA 1ZMYL 2I6ZA 4CGEA 1B5XA 1HSXA 2HEBA 2FYDA 5F81A 5LAFA 3WXUA 5LVJA 3AZ7A 1T6VL 3M18B 1TDYA 3HFMY 3P68A 1KXWA 1LJ4A 3RT5X 2WARA 4I8SA 4E3UA 2ZILA 1LOZA 4ETEA 1HERA 4LYZA 3P66A 1RJCB 2YBJA 2YBLA 1GDXA 4M6DA 4CHXA 1B7OA 1LMQA 1BHZA 1IEEA 3J4GA 1AKIA 5F14A 1H87A 1N4FA 1GB6A 4X3BA 2MEAA 2BQOA 3F6ZA 4LYBA 1JSFA 1OUEA 1DI4A 1B7QA 3TMXA 4UWVA 5B05A 4GN4A 4WLYA 1I56A 3FI7A 1HFYA 3ZVQA 3B0KA 2HECA 4NIJA 4RDSA 1MELL 1YKZX 1T3PA 2NWDX 2G4PA 4WL7A 1LYOA 2YBMA 1D0MA 1ALCA 3OK0A 2N5ZA 1B9OA 4WMGA 1DI5A 1LZAA 1YL1X 4H1PA 4WL6A 5KXLA 5LYTA 1FKQA 1GBZA 5IDDA 1J1XY 3TXIA 4A7DA 1GB8A 1LHIA 4ZFPA 5LVIA 1B5UA 1KIPC 2XBRA 4NSHA 1NQIA 4GCDA 1A2YC 4H9IA 4OWEA 5IELA 1GFJA 4NG8A 1JTOL 134LA 5APEA 2DQEY 4FDYA 2BQAA 3BKHA 1GF5A 3G3BB 4J0LA 4R0FA 5KXOA 5LVKA 1LMPA 1GXXA 1V7TA 1B5WA 1IWVA 1OUGA 1GFEA 2CWIA 2HEAA 5KXNA 1LZCA 1LMAA 2F4AA 3AZ4A 4HPEA 3ULRA 5LA8A 1YQVY 1UIBA 193LA 4GLVA 1LHLA 4NWEA 4CJ2A 5FCPA 4NEBA 3QY4A 4XADA 1IWWA 1D9UA 1WQQA 1LZGA 4XJDA 5HMVA 1C7PA 4LT1A 1LJHA 1QDRA 4LYTA 1IP4A 4H91A 1YIKA 1CKDA 4LZTA 3P64A 3W6FA 1LYSA 1BB3A 1QSWA 3N9CA 3A93A 4J7VA 3TXGA 5LYMA 208LA 1GB9A 1GFTA 2AUBA 3ATNA 3AJNA 4WLDA 1LSFA 4G9SA 1LSCA 4H9EA 4RLNA 1UIHA 1AM7A 4UWUA 1LYYA 2ZWBA 2HEEA 1XEIA 4KXIA 4NWHA 3AZ5A 3TXJA 2G4QA 4ETCA 3EBAB 7LYZA 1D0KA 1GFRA 1LHMA 4N5RA 1EQ4A 133LA 1UIFA 1VDQA 2A7FA 3A67Y 3GXKA 1I1ZA 2Z37A 3HBEX 5L9JA 4QGZA 1NKHA 1YROA 3W6CA 1IWZA 2CJLA 2VB1A 1B5YA 4H8ZA 4DDBA 1CKHA 1IOCA 1UA6Y 4G4CA 4J1AA 1FDLY 1W6ZA 3AB6A 5C6JA 5KKIA 4LYCA 4XN6A 2F30A 2BPUA 1BB6A 5FHWA 1JWRA 2BLXA 1GHLA 4LT0A 3IWRA 3CSZA 3AGHA 3EXDA 1IR8A 1GF9A 1HFXA 2Z39A 4HJZA 1GFUA 4OWAA 1TEWA 5E4PA 3WVXA 4NGJA 1WVUA 3WU9A 1LSBA 1HSWA 3A6CY 1LZYA 1BQLY 3LYZA 5APFA 3RNXA 1GPQC 1LJNA 1V7SA 1OUCA 2BQDA 4XENA 1D6PA 4ET9A 4LT3A 4PPOA 5DL9A 5ILFA 4B49A 1VDTA 3WL2A 1GE1A 1G7LC 1QTKA 4P2EA 1LSEA 153LA 2HEFA 1AT6A 4H9HA 4N1CC 4WLTA 4WO6A 3LN2A 1B7LA 3P4ZA 1LSMA 1QDTA 1VDPA 2C8OA 3N9EA 3B72A 4L41A 1GFKA 1HFZA 2DQCY 3A34A 4DD9A 2D91A 1UBZA 2XBSA 5B06A 5B1GA 4EOFA 3A6BY 2DQHY 1REXA 1D6QA 2ZIKA 4NHPA 1VAUA 5HNCA 1UICA 3IJUA 1OQMA 2H9JA 1GF8A 4N1EI 2MEFA 1IC5Y 1LMOA 5A3ZA 1REZA 3AW7A 2HEDA 3W3EA 1B7SA 1DQJC 1WQRA 4B1AA 4BADA 5I54A 1LSPA 1LPIA 1P2CC 4HV1A 3WPJA 1IIZA 4TSCA 1LMNA 1IR7A 1J1PY 1MLCE 1JTPL 1XSFA 1HMKA 2C8PA 3A8ZA 1G7MC 1HF4A 2YBNA 2YDGA 9LYZA 4ET8A 1FLYA 4H9CA 1ZV5L 1CJ9A 1OUBA 1CKCA 1LJIA 2BQCA 3HBHA 4GCEA 4NSGA 154LA 1B7NA 1DZBX 4UWNA 1LZ1A 1IWXA 3CT5A 3TMWA 5KXYA 5APCA 3CB7A 2MEGA 3VWOA 4YENA 5KXKA 1FLWA 5KXSA 5K7OA 1LZTA 2MEBA 1LMTA 1IWTA 1C46A 2BQJA 1BWJA 1JPOA 1YKYX 1LSDA 1NBYC 4RW2A 4GCFA 5KJ9A 3OJPA 1IOSA 1FN5A 2D4JA 2EIZC 2LHMA 4ML7A 5B1FA 4C5FA 4CFPA 1JISA 5LVHA 4Z3MA 4KL7A 1IP5A 1GDWA 1VDSA 3WW6A 2PC2A 3TMUA 3TMVA 3WU8A 4XJIA 1IO5A 1LJFA 4G4BA 8LYZA 4I0CA 4DYGA 1HEQA 5T3FA 5IHGA 1HELA 4HP0A 1LZ9A 1IVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MEDA 1CNSA 1L86A 1NF5A 1GFVA 2BQLA 249LA 2Z38A 4EMNA 4OWCA 140LA 3VW7A 1CU2A 2H5ZA 3PBLA 1C68A 4H90A 1BB4A 1L97A 2D4IA 1OUAA 152LA 1L31A 4TX7A 4HV2A 243LA 3LHMA 1T6HA 196LA 5D5FA 4Z98A 1L53A 1C69A 2O79A 1DXJA 4HSFA 4ARPA 4H93A 2F47A 1SWYA 1ZVYB 3AGIA 3TXFA 1I20A 1QIOA 1L35A 4LGKA 6LZMA 4GLAA 2CDSA 3CT1A 2ZQ3A 1CVKA 186LA 2HU1A 2YBHA 2ZYCA 1HENA 4HTKA 4RW1A 4II8A 1GB7A 5F9UA 4DDAA 1CUPA 1UIGA 1GB5A 221LA 1JTMA 4TWSA 1GBWA 1GFHA 4PHIA 3LZTA 1SLYA 4W59A 4I7KA 1P56A 3FE0A 4EXMA 1QTDA 1QTVA 1G7HC 222LA 2OTZX 3C7WA 171LA 2IHLA 4W96A 5DN4A 4WM1A 2W1LA 3TXHA 4GRVA 255LA 2DQDY 1C6AA 1L92A 4PJZA 1ZYTA 4H9BA 1DYCA 1FKVA 1UC0A 5J7CA 1NMMA 4W52A 192LA 3SB6A 1IC7Y 1LWGA 1RFPA 5I4YA 1SX7A 3SP3A 1L18A 1YAQA 1GE4A 4XJGA 3WH1A 3CSRA 5KKJA 1OUIA 2EKSC 4CFOA 3RUNA 1AT5A 4EKPA 5HMJA 5ILCA 109LA 253LA 1L82A 1CU0A 4NGLA 5EBHA 2DBTA 4H92A 4ARLA 1UIAA 2HUMA 250LA 4WLXA 5LA5A 4NGKA 1LZNA 3C7YA 4PJ2C 4I7JA 3QE8A 4B0DA 4LYOA 1BVKC 4H9FA 3NYAA 1WTNA 2LZ2A 1SSWA 1G1WA 1DI3A 3C80A 2B6XA 1VATA 4IJ4A 3A3RX 1LHHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JJ1 A;  1LZ5 A;  1WTM A;  1YKX X;  3D9A C;  1GAY A;  3WPK A;  2MED A;  1CNS A;  2MEE A;  1IP7 A;  3AW6 A;  3CSQ A;  1GBY A;  1UID A;  4QDN A;  1NF5 A;  3A92 A;  3ZVQ B;  5LVG A;  1GFV A;  1LCN A;  2BQL A;  2GV0 A;  1CKF A;  2Z38 A;  1JIY A;  2G4N A;  3A3Q A;  1GE0 A;  4EMN A;  5HLL A;  3E3D A;  4OWC A;  2F4G A;  2H5Z A;  1GBX A;  1GF4 A;  4H90 A;  1GB2 A;  5LXW A;  1Z55 A;  2RSC A;  4NGW A;  2F2N A;  3LYO A;  1BB4 A;  4WO9 A;  5HQ1 A;  1LAA A;  2BQK A;  5HNL A;  2HTX A;  1OUJ A;  2D4I A;  1OUA A;  4WG1 A;  4KT3 A;  4HJV A;  4TX7 A;  4HV2 A;  4H8X A;  1KXY A;  1TAY A;  1HEM A;  3LHM A;  2ZQ4 A;  5KXZ A;  3W6E A;  2D4K A;  3WUL A;  2EPE A;  1QSA A;  4H94 A;  3WPL A;  1HEP A;  3AYQ A;  5D5F A;  1PS5 A;  4Z98 A;  1JKD A;  5B07 A;  4ETD A;  3RZ4 A;  1DXJ A;  3A94 A;  1REY A;  4HSF A;  4QEQ A;  1LJK A;  4ZIX A;  2BQE A;  1VED A;  1LZ8 A;  4DT3 A;  1JKA A;  5KXM A;  4H93 A;  1JTT L;  1OUH A;  4WM2 A;  4N8Z A;  132L A;  1XFP L;  1ZVY B;  3AGI A;  4XJB A;  1B7M A;  5FEL A;  3TXF A;  3WU7 A;  1I20 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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