4DQ5A

Structural investigation of bacteriophage phi6 lysin (wt)
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
173
structure length
164
Chain Sequence
LQALSRVRFTTAEVDSAVARISQKIGVPASYYQFLIPIENFVVAGGFETTVSGSFRGLGQFNRQTWDGLRRLGRNLPAFEEGSAQLNASLYAIGFLYLENKRAYEASFKGRVFTHEIAYLYHNQGAPAAEQYLTSGRLVYPKQSEAAVAAVAAARNQHVKESWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Selective pressure causes an RNA virus to trade reproductive fitness for increased structural and thermal stability of a viral enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Pseudomonas phage phi6
molecule keywords Membrane protein Phi6 P5wt
total genus 59
structure length 164
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.50 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dq5A00
4DQ5A 4DQ7A 4DQJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXSA 2BQNA 3HDFA 1QUHA 4ETCA 1HFZA 3OE8A 1PQJA 5EBHA 3ULRA 3FADA 1BHZA 2Z19A 1HF4A 2HECA 1L89A 4UWVA 2NWDX 4GN3A 142LA 1PQIA 4NEBA 2L78A 1GF0A 3CDVA 5F9UA 2DKVA 1CKGA 4GCEA 4IAPA 1TEWA 3A34A 1L97A 1IWVA 1GFEA 1C46A 1JTNA 4TSBA 3OE9A 3WXUA 1JTOL 4I8SA 1SQ2L 4B0DA 4EJ4A 4GN5C 1DQJC 1QTBA 212LA 1L23A 1UC0A 1UIGA 1I1ZA 3A93A 1BWIA 2MEIA 1LYYA 222LA 3C8RA 5F9XA 3ZVQB 183LA 1F0WA 1GF4A 208LA 4GBRB 2CGIA 1YKZX 2OTYX 4BAFA 3AZ4A 236LA 3HDEA 5L3HA 3WULA 3WVXA 1L07A 1OV5A 1C6IA 3A8ZA 255LA 1L50A 3C83A 2OTZX 1L74A 4ET9A 1GEZA 2HUMA 4G4CA 4NGZA 2WARA 4ARMA 1L51A 1L73A 4OW1A 1LJ3A 1LJ4A 3WPJA 1GD6A 1L63A 186LA 209LA 1L84A 2W1XA 2DQIY 3CDQA 149LA 1LHHA 4WLYA 1UICA 1DI4A 1G0PA 1L36A 2MEEA 3WMKA 221LA 146LA 4LDOA 4GCCA 5KXKA 5LVKA 5DLAA 1LZNA 3DN8A 1L66A 109LA 1YROA 1D2YA 1QTZA 1L13A 4YF2A 4WLTA 120LA 3WPLA 1B2KA 3IJVA 3A6CY 1L90A 166LA 1CV6A 2RAYX 1G0GA 181LA 243LA 218LA 2BQKA 1C63A 1GDWA 2IHLA 1KIPC 3OK0A 1G0LA 1L11A 114LA 111LA 7LZMA 4G49A 108LA 1HSXA 3LYMA 3HTBA 3DN6A 1DYBA 1HEQA 2B70A 1LYDA 4OOOA 4ML7A 1GBWA 3TXEA 3OE0A 1L95A 122LA 1KIRC 4ARMB 1HEWA 2H9JA 2OU8A 4ET8A 3BKVA 194LA 4NFVA 4WL6A 1AKIA 1IP2A 1LW9A 1LI6A 1LYJA 198LA 1BQLY 4LDLA 2RBQA 1REZA 3OJPA 1AM7A 161LA 1L18A 238LA 2F2NA 5A3EA 2W1YA 1GFHA 4DC4A 231LA 1INUA 1IP5A 3SB7A 1L72A 1TCYA 5LA5A 1LSYA 1OUFA 3HT7A 3C82A 1CKDA 1OUDA 1YANA 4N5RA 4ARQA 4M4OA 2QARC 3K2RA 4YXCA 3DMXA 1AZFA 1OUBA 4XJGA 1WQPA 4RW1A 1JIYA 1LGUA 2DQHY 1P5CA 2OE4X 254LA 1DKJA 1UIBA 1L79A 4IJ4A 1L15A 4MSTA 4J7VA 1LMPA 3EO5A 1QSQA 3LYTA 1XJUA 250LA 4WLXA 3WUMA 5F16A 1YKXX 4KT3A 4OOTA 3A95A 3SB5A 1WQMA 1P6YA 2Y8PA 2LYMA 1BVXA 1WQNA 9LYZA 4QEQA 2HEAA 1GXXA 2DBTA 3QE8A 1D3NA 3G3AB 1P56A 2DQFC 6LYZA 3SBAA 3AGHA 4LYTA 3P66A 4NY5A 1XGQC 173LA 1FKQA 2YSSC 3K3TA 1XEKA 4GLAA 1C10A 2XBSA 5APFA 2MEHA 2B73A 4AGAA 4OWAA 1LZAA 4CHXA 5B07A 4W52A 2LZ2A 1LHLA 1CKFA 239LA 1CV3A 5D5FA 5HNLA 217LA 2LYZA 1BB3A 1C61A 151LA 2RH1A 1OP9B 4ARQB 3HT9A 1HEPA 1LZCA 3WU9A 1LJNA 4PK0A 4FJRA 1CVKA 1DYDA 1JWRA 2F4AA 3HBDA 4M6DA 1L41A 3HT8A 1T3PA 5KXOA 1SX7A 1VATA 4OWCA 1Z55A 4AXTA 1L88A 1YKYX 3AB6A 1LAAA 5C6IA 2W1MA 4ZIXA 1L75A 2RB0X 1LSEA 5B05A 3CDTA 192LA 1DYGA 1GE2A 1RCMA 4YM8A 176LA 4H9IA 1DZBX 1FKVA 1QTEA 1OVJA 237LA 2Q0MX 4I7JA 4NWEA 1T6VL 1LZRA 1L14A 1D3JA 1XJTA 123LA 3D3DA 2G4PA 2BPUA 1CX6A 1ZYTA 2RBSA 1L65A 2BLYA 1LI3A 1G06A 1W08A 1NHEA 1LJEA 1QTHA 1DYEA 1CJ8A 4LYOA 4DD9A 4OWHA 1C7PA 4NSHA 5FELA 2ZNWY 1RE2A 258LA 2Z39A 4NGIA 1UIHA 4WO9A 1GBZA 1IWXA 4LYZA 1DKKA 4P2EA 4TTDA 3GUIA 1UIFA 2BQBA 1LZGA 1SWYA 1SX2A 1WTMA 2G4QA 5E4PA 1SSYA 3HH5A 3A91A 1G7LC 3RNXA 3ATNA 1KW7A 164LA 4LZMA 1UACY 3TXJA 3WW6A 4H9CA 1CNSA 3G3WA 1B0DA 1L52A 4YOPA 1JJ3A 157LA 1JQUA 233LA 3CSZA 4WOAA 1P2LA 174LA 1C6KA 4WO6A 4U3XB 1L47A 147LA 3AYQA 1CUQA 1LOZA 5DN5A 4YEOA 2B6XA 1JTMA 2LCBA 1FLQA 5KXTA 1LZ9A 1GB8A 1D9WA 167LA 1PS5A 3WVYA 4DT3A 1SLYA 104LA 184LA 162LA 3HH3A 4WM3A 1C6EA 145LA 5IELA 140LA 5D5CA 4EPIA 3GXKA 1IWTA 3CDRA 5FSTA 1J1XY 3WH1A 4EXMA 154LA 1L57A 3NY9A 191LA 1C6BA 1LMCA 155LA 5C6JA 129LA 5E9RA 4I7SA 2BQJA 1B5VA 2BQMA 107LA 4B4IA 1D9UA 4XJFA 1B7PA 1BGIA 4WM4A 128LA 1GAZA 1LMQA 4LYMA 1VEDA 1IOQA 1IWYA 1L44A 3UONA 1OUEA 1GF8A 1XGUC 1XGRC 2BAAA 1KXWA 3M3UA 3TXGA 3GULA 5KKJA 1HC0A 3J4GA 1L92A 4BS7A 3AJNA 3P4ZA 2YBJA 1LJJA 1DPXA 1ALCA 137LA 4OWEA 3AGGG 2Z2FA 2ZNXY 1YAQA 1JKCA 4H9BA 172LA 230LA 4DD7A 1HFYA 226LA 3C81A 229LA 1QT7A 1PQKA 5AMYA 1CU3A 1GB6A 2HUKA 1L46A 3DMVA 1IWZA 4QDNA 1G7MC 4FDYA 1L0KA 1NBYC 1C6CA 224LA 1LJKA 4ZEEA 1L0JA 246LA 4ANRA 1JUGA 3C80A 3DN3A 3G3VA 2Q9DA 1LYIA 3W6DA 163LA 1LSMA 1L29A 1F6SA 133LA 4IASA 1UIEA 1QTCA 4DJHA 2ZYCA 2H9KA 2BQFA 1N4FA 3T6UA 3AZ7A 3HTDA 4HPIA 3N9EA 1LSBA 1IIZA 158LA 1IP7A 1IWWA 2B75A 102LA 5FHWA 2ZIJA 4I7RA 1G1WA 2HULA 4WM5A 5LIOA 1BB5A 4HSFA 2BQIA 4J1AA 1NBZC 1SWZA 3TMWA 3WU8A 3HUAA 1LHJA 187LA 2BQHA 3T36A 3RUNA 5KXZA 5B1FA 139LA 1C45A 4WM6A 1QT4A 1I6SA 3CT1A 5I4YA 1IO5A 1P3NA 5KXLA 1UUZC 4NSJA 1I20A 1LZ4A 2F30A 1HHLA 5FEKA 1BWHA 1IEEA 1GFUA 5KKIA 5DN4A 3ZEKA 1H87A 2LHMA 4PPOA 3HBEX 3P65A 5LVIA 4LT1A 1YAMA 4NG1A 2ZWBA 127LA 4XJDA 5DM9A 1B7OA 1C6HA 1BVKC 2FBBA 4H91A 5I4WA 1GB7A 1L30A 1JTTL 200LA 1PQMA 1L48A 1L80A 1D3MA 1QUGA 1B5ZA 4B49A 4NG8A 1C6LA 1TAYA 1QDRA 2O7AA 3C8SA 1CJ7A 4DQ5A 1LKRA 4DDAA 1VDPA 220LA 4H1PA 4LFXA 1F10A 1CV4A 1OUJA 3GUOA 249LA 3M18B 2EKSC 5B1GA 3WYHA 1MELL 1I56A 2BQEA 4DKLA 2D91A 169LA 4H90A 3TMUA 4HPEA 3CT0A 2EQLA 1CV1A 4G9SA 4LFPA 1L19A 2ANVA 1YAPA 1QUTA 5KXYA 242LA 4XJHA 1WTHA 1L20A 1J1PY 1QTVA 4NGWA 4XJBA 5LAFA 3TXHA 2EIZC 1B6IA 4OWBA 3W6EA 4WL7A 1QSBA 1L86A 1L28A 1L93A 1P2RA 3GXRA 2DQEY 1LYHA 1O23A 4BAPA 2O4WA 1L04A 2XTHA 3W6CA 150LA 2A4TA 2D6BA 1L03A 1L55A 211LA 1BB4A 2DQAA 5LVGA 4EKRA 2B6TA 1C6DA 1CV0A 1CJ6A 2NTHA 1NDMC 5HQ1A 1P36A 2FYDA 2G4NA 1GDXA 257LA 3WXTA 1LZ6A 4RW2A 1CU2A 1XFPL 3DN2A 4RLNA 4Z98A 4I7PA 201LA 7LYZA 3A96A 4AQNA 4NHTA 4E3UA 1C67A 2Q9EA 2AUBA 5LVJA 1OUIA 1L34A 1GFAA 3J6KA 3EMLA 3RT5X 1JJ1A 4MCKA 1L58A 1XEPA 1L27A 1CU0A 4H94A 1LHKA 1IOTA 3W3EA 2F2QA 3WL2A 1OUCA 5LZMA 207LA 4TWSA 3A67Y 3QY4A 1OWYA 1YIKA 5KXWA 1L12A 1REMA 1QUSA 4N0JA 3WW5A 4XJIA 4ETBA 2HEDA 2MEGA 4KXIA 1L45A 4B4EA 1QT8A 195LA 1L39A 1LYEA 2B5ZA 4J1BA 2D4IA 3DKEX 253LA 4DD0A 5J7CA 4CGEA 126LA 2BQGA 1GFVA 1GBOA 1L05A 1L53A 5II3A 1LCNA 1OQMA 1JKAA 1G0MA 4CFOA 2F32A 4C5FA 1ZVHL 2B6ZA 5KXNA 4NGJA 4DAJA 3N9CA 1L91A 1EQ5A 1CU5A 1WVUA 1GF5A 1CTWA 3A92A 2Z2EA 3DN4A 1JEFA 1LI2A 1KY1A 1C64A 1C43A 1FLWA 1L26A 5I53A 5KXMA 4LGKA 1OUHA 5DL9A 1JJ0A 1C08C 3HFMY 1L99A 3NYAA 1IOSA 2RSCA 5IDDA 4DD3A 1UIDA 1ZV5L 4W57A 1QT6A 1IX0A 4HV2A 3V2WA 4NHQA 1C69A 1JSEA 1L59A 1OVHA 5HMVA 4WM1A 1HEMA 3DN1A 1GF9A 1QS9A 3TXIA 1GPQC 4XYYA 1K28A 4H9HA 1KY0A 1C6FA 2Z38A 1G7IC 1VFBC 2MEDA 2I25L 1EPYA 1B7QA 4Z46A 5I54A 1QT3A 1V7SA 2DQDY 1HERA 4LT0A 4ZFPA 1V7TA 1L64A 1VDQA 1L43A 1BB7A 3WPKA 141LA 1PQOA 3A94A 4H9FA 1HNLA 2XBRA 1D3FA 3ODUA 4EPFA 4I7KA 1D6PA 1IP6A 4DD1A 2OE7X 1IC5Y 2DQJY 4N1EI 4YENA 4A7DA 1G0QA 1JSFA 1L25A 1EL1A 3FE0A 234LA 1GE4A 1RI8B 1ZMYL 214LA 4XENA 1LKSA 227LA 1L70A 1L21A 4NHIA 3GUPA 3PDSA 1DI3A 3P64A 5F14A 1MLCE 3LYZA 3IJUA 1DI5A 1L60A 4H8XA 4ARPA 205LA 3D9AC 4H8ZA 3DNAA 1IR7A 1FLUA 1LWKA 4DDBA 1DPWA 4W54A 1CKCA 1REXA 170LA 1IC7Y 210LA 1L16A 2BQOA 3G3BB 1LSAA 4GN4A 1L49A 1KXYA 1KXXA 1B7SA 2MEAA 2ZQ3A 5IHGA 2BQDA 1QT5A 4ARLA 5LYZA 3LYOA 5B06A 2ZYPA 1IP3A 3AW7A 1TLAA 247LA 1GF7A 135LA 1C6TA 4N9RA 4YEMA 4H93A 4EKQA 4YXAC 2CUUA 1XGPC 4W96A 1L98A 1L67A 4WMGA 1B9OA 1GE3A 1OWZA 4HJVA 1LZ8A 5APEA 1L08A 252LA 4R6CA 4HTQA 1LZDA 1LYFA 2W1LA 3ATOA 4OO9A 4H9AA 1VDTA 5KXRA 1C6MA 159LA 3HWLA 3C7ZA 1P2CC 1L62A 4MR1A 2I26L 1L81A 4H9EA 1GE0A 3TXBA 3TMXA 3SP3A 3L64A 3QNGA 3EMSA 3C7YA 262LA 182LA 1C6JA 1CJ9A 4TSCA 4PHIA 2FYCA 4N1CC 1L31A 4XADA 1OUGA 3GUMA 1A4VA 1B7LA 4C3WA 4EKPA 232LA 1VAUA 1VDSA 216LA 1JHLA 2OU9A 1T6HA 3VW7A 1L56A 206LA 1L42A 3GUJA 1NMMA 1JTPL 1NQIA 1G7JC 5APCA 5LYTA 245LA 1G0KA 4G4BA 1UCOA 4I7QA 4WM2A 196LA 1GFGA 1L02A 6LZMA 1HELA 2LZTA 1YAOA 3SB6A 165LA 1RFPA 1C6AA 1C6GA 2YBIA 1D2WA 1EQ4A 4LT3A 4I7NA 3SB8A 1B7MA 1L37A 2IGCA 1LSCA 2HUBA 1GB9A 1L10A 1PQDA 3VWOA 225LA 3C7WA 1IC4Y 261LA 3CB7A 241LA 131LA 4CFPA 1LMAA 1G1VA 1LPIA 5LA8A 2HTXA 3HH6A 3NY8A 177LA 1C68A 4UWNA 1LSGA 4J0LA 1QIOA 3HH4A 1IOCA 4ETDA 1G0JA 4E97A 138LA 213LA 1L06A 3CSRA 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 4DQ5 A;  4DQ7 A;  4DQJ A; 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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