4DQ7A

Structural investigation of bacteriophage phi6 lysin (v207f mutant)
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
173
structure length
168
Chain Sequence
LQALLPKNSRVRFTTAEVDSAVARISQKIGVPASYYQFLIPIENFVVAGGFETTVSGSFRGLGQFNRQTWDGLRRLGRNLPAFEEGSAQLNASLYAIGFLYLENKRAYEASFKGRVFTHEIAYLYHNQGAPAAEQYLTSGRLVYPKQSEAAVAAFAAARNQHVKESWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Membrane protein Phi6 P5
publication title Selective pressure causes an RNA virus to trade reproductive fitness for increased structural and thermal stability of a viral enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas phage phi6
total genus 56
structure length 168
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.50 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dq7A00
4DQ5A 4DQJA 4DQ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DI3A 1DYBA 2IFFY 4NGVA 1L32A 114LA 4NIJA 189LA 1L77A 3DKEX 1GBOA 1LSBA 2Y8PA 4WL6A 249LA 3NY9A 1LTMA 1OUDA 4H9EA 197LA 1DYCA 112LA 3MGWA 4W58A 5I4XA 2MECA 1B7MA 3AZ4A 1G0JA 3LYZA 4H93A 5LYMA 2YBHA 1JTTL 2B6WA 4DD1A 1B7RA 170LA 2FYDA 3KAMA 1ZURA 3HH3A 255LA 1LWGA 1IR9A 1C6JA 1AM7A 158LA 2DQJY 2QARC 2YSSC 9LYZA 4W52A 4PHIA 4K5YA 146LA 198LA 1CU2A 230LA 4N1EI 1DQJC 1B5WA 4W94A 238LA 1LZ4A 1HENA 1IP1A 4QGZA 1LZYA 2RSCA 1I6SA 1QUOA 2HEDA 3V2WA 4I7JA 3SB8A 1SSYA 1T6HA 3W6AA 2YBLA 3TMWA 1KXWA 1L73A 5E4PA 1JKBA 4KT3A 3IJVA 4PJ2C 1DI5A 4ETEA 175LA 4XJIA 4E3UA 1UIEA 131LA 2LC9A 2MEBA 2ZQ3A 3OE6A 1B7QA 1FKQA 2O7AA 1LCNA 2B74A 1KW7A 3HU9A 1VFBC 2A7DA 2B6YA 4U3XB 1GFAA 1RFPA 1XJUA 3AZ6A 260LA 1L30A 1HC0A 200LA 4GN4A 4PGJB 5L3IA 1L58A 4G4BA 1OQMA 5APCA 4CGEA 4I7LA 1L63A 4TUNA 4ML7A 1NBYC 4I7PA 4LT3A 4WLYA 1RI8B 4NSGA 188LA 1K28A 1C6EA 4H9FA 212LA 3A96A 4TSCA 1C7PA 4N8ZA 3NYAA 1C67A 3HDEA 1IP7A 1CX7A 1GXV2 1LOZA 1XEIA 4L41A 1LSFA 4Z98A 3QAKA 2L78A 4IJ4A 1PQOA 4FDYA 1C6PA 2Z37A 2B5ZA 1QTDA 4M6DA 233LA 5FDJA 2C8OA 2D4JA 1GFJA 1C43A 181LA 4WG1A 2ANVA 169LA 1GB2A 185LA 1GEVA 246LA 195LA 1KIRC 4LT1A 3C80A 3TXEA 1CV1A 6LYZA 3P66A 2HEFA 3SN6R 2OEAX 1OUBA 4OWCA 4GCDA 4TX7A 187LA 2BQHA 5KXRA 4GCEA 214LA 4LYCA 4NGIA 3LHMA 1LSYA 1LYYA 3GUNA 4LYOA 1JKCA 4WL7A 3N9EA 5KY1A 1P46A 4KPMA 1LHKA 3L2XA 2Z2FA 2D4KA 2HEAA 1XGPC 1LI3A 4I7MA 5JENB 1PQMA 4LYMA 5B06A 3WXUA 1I20A 1UUZC 2WARA 4PRQA 217LA 1LJGA 4NG1A 3W6BA 1QTCA 130LA 2HTXA 4RW2A 3HBEX 123LA 1UIBA 2Z38A 1REYA 2ZWBA 3C8SA 1OUJA 1HMKA 1QDRA 4GCFA 1HERA 2F30A 5DM9A 4DWXA 1SWYA 2OTZX 4GN5C 257LA 1IP5A 244LA 2OE7X 8LYZA 140LA 1GF4A 1ZMYL 4CFPA 5B1FA 4HPEA 1GFEA 1C6TA 1JKAA 1L94A 1KW5A 1GEZA 3CDVA 1B7LA 1L33A 1L46A 1LMTA 1C6LA 2LYMA 4DC4A 2B6TA 3C7ZA 5HNCA 1C63A 4NGJA 1IWXA 4KL7A 3PDSA 173LA 3CDOA 4CHXA 1FN5A 2OE9X 3HH6A 1SX7A 251LA 3TXBA 1SWZA 1G0LA 1P3NA 1SQ2L 3HT6A 3ZVQA 1REMA 148LE 1DI4A 1G0PA 3FI7A 247LA 1QUHA 1L64A 4XENA 4OO9A 1DKKA 1L70A 168LA 4H90A 5KXZA 2BQLA 1LYEA 1YAOA 1L99A 5FELA 4QY9A 2OTYX 119LA 4AQNA 1QTEA 2LHMA 2N5ZA 152LA 1OVJA 1L82A 4HSFA 1GF7A 4WO6A 1IC5Y 3RUNA 4NSHA 3TMUA 1RCMA 1D3JA 1QSQA 2F2QA 5LZMA 222LA 1L43A 4RDSA 3CT1A 2H9KA 4LZMA 5LIOA 3A6CY 1DYEA 1LJ3A 4XJFA 1GF5A 1P2LA 3AW7A 151LA 1LMAA 5LYTA 250LA 3IJUA 1IO5A 4GN3A 2BQAA 1L02A 2HUBA 164LA 1LJNA 1L14A 1UICA 1L42A 1L20A 1CJ8A 1F6RA 1V7TA 4LYZA 1HNLA 3TXJA 2MEFA 3SB7A 2F47A 1L18A 1C66A 3HTFA 137LA 2OU0X 4WMGA 3ATNA 4ET9A 3HFMY 1L23A 132LA 1L01A 2F4GA 206LA 4NWEA 3W6FA 4ARLA 1LSPA 1LZNA 1QT6A 1L81A 182LA 3LYMA 4LYTA 2FYCA 5KJ9A 4S0WA 4Z41A 2LYOA 2D91A 4XN6A 3WUAA 1G0QA 2HEBA 1C6GA 1YIKA 1L09A 1P37A 211LA 1L04A 3CDTA 3LZMA 220LA 1L37A 1OWYA 2I6ZA 4I7NA 5HQ1A 4O34A 3B0IA 4EJ4A 1IOCA 1FDLY 201LA 5L9JA 159LA 3ZVQB 4H8YA 113LA 5HMVA 5KXLA 3C82A 1LJKA 5LVHA 1LJJA 4ZPUA 4DDCA 1XEKA 4B4JA 1QT5A 1L97A 2H5ZA 4AGAA 4LDEA 1BB7A 5HLLA 3OE9A 1B5UA 2ZYPA 1T8FA 1LZTA 3GUMA 2RBPA 1B7OA 3WMKA 141LA 1FLYA 1LPYA 2BQDA 1D3MA 2YVBA 1XEPA 3WU9A 4LT0A 1DYFA 1O23A 1QSAA 1P7SA 1L84A 1L54A 1JKDA 5I5QA 4PK0A 3E3DA 1B9OA 4W55A 1QTHA 1GFGA 4J7VA 4C5FA 2XBRA 2HUMA 1D0LA 1NQIA 1JISA 1EL1A 262LA 223LA 4OWBA 3CT5A 5APDA 5J7CA 2DQGY 4UWVA 2ZIJA 4HV2A 1L93A 3OE8A 4GRVA 1HFYA 2NWDX 5LA8A 1L55A 4UWNA 213LA 1JJ1A 5T3FA 1LKSA 1J1XY 3A67Y 1LJIA 4WG7A 3PBLA 2CDSA 1D2YA 3BKVA 1T6VL 4ARMA 4WM6A 4OWEA 3QE8A 1LMOA 1HHLA 1HEWA 1JPOA 229LA 4DAJA 1LJ4A 1QIOA 5C6JA 1D6PA 3T36A 4J1BA 216LA 1YILA 1OYUA 3K2RA 1L0JA 1GB8A 1L65A 4G4CA 2RBSA 1NDMC 1ALCA 1B7NA 1L12A 1G1WA 2HULA 1REXA 1BGIA 3WH1A 1JSEA 1C62A 3G3AB 3C8RA 4B0DA 1L38A 2XTHA 2BPUA 2DQCY 1GF0A 5LA5A 4EPFA 1GAZA 2HU1A 2F32A 177LA 2DQAA 3HT9A 1L08A 4DDAA 1CJ6A 1QS9A 4GCCA 1CKHA 1VDSA 4YXCA 1HELA 1B5VA 1C6DA 5DN5A 3WVXA 1QTKA 2XQOA 2G4NA 4YX7C 3ZEKA 1LZDA 2DQEY 224LA 5KXMA 1HEOA 5IELA 2Z2EA 4B4IA 1LSEA 118LA 3A34A 5A3EA 4LGKA 4DYGA 3A91A 1JWRA 144LA 3SBBC 1C64A 1GBWA 5D5FA 4EOFA 1LZSA 1KY0A 1CX6A 2AUBA 4P2EA 5I53A 4QDNA 2EIZC 1LYOA 115LA 3TXDA 2A7FA 2ZYCA 5ILFA 4WLDA 1G0KA 1D9WA 1L27A 165LA 1KNIA 2FBDA 128LA 2BQNA 154LA 1L68A 2XBSA 226LA 1L62A 1UIGA 1DKJA 4XJDA 2W1YA 1XJTA 1WQOA 5F9UA 234LA 1L83A 1G1VA 3UONA 5KXSA 2RBNA 261LA 1XGRC 4YOPA 4ARMB 2EQLA 3HH4A 2BQOA 4G9SA 1QUDA 1QSBA 2D4IA 3GULA 2Z12A 1CTWA 1I56A 1LYGA 4DDBA 1C6FA 1P36A 1ZWNA 5FSTA 4H1PA 1BB5A 3P65A 1L74A 1VDQA 221LA 207LA 1CV3A 4ARQA 4GBRB 2ZILA 3LZ2A 1F6SA 1GDWA 1QQYA 2XJWA 1L57A 3WUMA 3RZEA 1L10A 5DN4A 210LA 155LA 2X0AA 2BQFA 4W96A 1I1ZA 2Z6BA 1OVKA 4I7TA 2MEIA 3AGHA 4I7RA 3N9AA 1JHLA 3EO5A 2YBJA 2I25L 1L45A 127LA 1LI2A 5HNLA 109LA 1L87A 1LZRA 1NHBA 5EBHA 5LAFA 258LA 1J1PY 242LA 4NHIA 2MEGA 161LA 4NGWA 5II3A 1C6NA 1GBXA 1GFTA 2A4TA 1CV0A 2HECA 1P5CA 1BB3A 1L25A 2NTGA 1GFVA 172LA 4NG8A 3WU7A 1L15A 4YF2A 2RAZX 2B6ZA 1JUGA 4W56A 1MELL 1LGWA 5LINA 1SSWA 1DPXA 1GE2A 2BAAA 1GFRA 1WVUA 1GB7A 1F0WA 2RB0X 1LSMA 2OE4X 5C6LA 1B5YA 3LYTA 4KXIA 3WW6A 1L47A 2YBMA 4HTNA 1DYDA 4W57A 1GFKA 6LYTA 5KXKA 3RZ4A 1B7SA 1FKVA 1LZ6A 4NHQA 4M4OA 1GB0A 1CU3A 3HBDA 1C10A 1QT8A 3B6LA 3LYOA 1UACY 1L40A 1L92A 1L49A 1GF3A 1C6MA 2FBBA 1LGXA 1B5ZA 2PC2A 4GCBA 4H94A 1GE3A 1IOTA 1LZAA 4WM2A 3DNAA 3AW6A 1CVKA 2EKSC 4H9AA 4NEBA 192LA 1L0KA 1L35A 5F9XA 4NHPA 1QUTA 3AZ7A 5A3ZA 4EXMA 3B72A 1LHHA 4BS7A 3SB5A 4PRUA 1IC4Y 3LZTA 2D6BA 1EPYA 190LA 1IP2A 5DL9A 4NGLA 1G06A 4Z46A 4ANRA 1IWUA 1L13A 4PPOA 1GF8A 4NSJA 4ARPA 1LLHA 1UBZA 1LWKA 3CB7A 150LA 2B73A 1AKIA 1OUCA 1QUGA 2ANXA 1C08C 2B75A 4I0CA 1L89A 2LYZA 7LZMA 3HBHA 256LA 1GD6A 3RW8A 231LA 1HSWA 225LA 4HTKA 1CV6A 3CDRA 1DPWA 2I26L 1L98A 1LI6A 1IIZA 4W54A 162LA 4EKPA 2Q9EA 4N9RA 1DYGA 3K3TA 1FLWA 4D9ZA 1GPQC 186LA 1WQQA 1C65A 7LYZA 120LA 1QTBA 4YEMA 3DN4A 2DBTA 1QT4A 3W6CA 1G0GA 153LA 4Z3MA 1LSZA 1L66A 1L06A 1LZ8A 1L52A 1OUIA 133LA 1P56A 180LA 4C3WA 2NTHA 1LSGA 5LVGA 4NGKA 5AMYA 2CUUA 1L05A 1CV4A 4NWHA 3AZ5A 1YKYX 3ATOA 4EKRA 5B05A 4YEOA 4HJYA 5KXTA 1L76A 4HP0A 1LHJA 3OJPA 3HTBA 3RU5A 125LA 1TDYA 2MEAA 1ZVYB 3HWLA 4YXAC 5E9RA 1T8GA 3TMXA 199LA 4X3BA 3TXFA 1OUHA 1IOSA 2RH1A 5LAGA 1CU0A 1L88A 1QTVA 2DQIY 5KKJA 5B07A 1KY1A 4N0JA 3T6UA 4NSIA 3FE0A 1DYAA 1L79A 176LA 2B70A 5LYZA 1OUAA 1HSXA 1XGTC 2BQIA 4AXTA 1ZYTA 1JTMA 4R6CA 3B0KA 3D4SA 1JTOL 3W6EA 1TCYA 3C8QA 1GHLA 4NY5A 1L51A 1D3FA 4IASA 3CSRA 3A3QA 2ZIKA 1SLYA 1C69A 178LA 4NFVA 2F4AA 157LA 5KXOA 1L53A 5LVJA 3WW5A 1YANA 1FBIX 1D9UA 4XYYA 1YQVY 4DJHA 163LA 2DQHY 2O79A 1VDPA 4DQ7A 5I14A 3F8VA 1L41A 1YAMA 1CU6A 1L19A 4LT2A 4BAPA 2G4QA 122LA 2LZTA 2BQBA 3V2YA 1L60A 2YDGA 191LA 3C83A 4J0LA 1T3PA 143LA 1A4VA 3DMZA 4I7QA 1BHZA 1YL0X 3HTGA 4CFOA 1IX0A 4OWHA 3J4GA 3DMVA 5HMJA 1NWGA 3DN1A 3OK0A 2CJLA 1L21A 4EMNA 1UA6Y 3SBAA 4I7KA 1DXJA 1IY4A 1QSWA 193LA 4DQ5A 3HT7A 4I7OA 1BVKC 2RAYX 1B2KA 3FADA 1HEQA 1WQMA 3HT8A 1L07A 1HF4A 166LA 3AYQA 1L36A 4QEQA 1GBYA 1UIFA 4GLAA 1UIAA 1JQUA 1G7MC 4DD9A 3J6KA 3VWOA 3G3WA 1GWDA 2B6XA 1L59A 1C68A 1VATA 3GUJA 1L71A 1L28A 1NMMA 3HUQA 1GE1A 3VW7A 1DZBX 3CSZA 1OUGA 1LJHA 4PJZA 5DLAA 196LA 1LZCA 3WPLA 4XJHA 1TLAA 4DD2A 1B7PA 2LCBA 1EQEA 111LA 1RE2A 1LYHA 4ETBA 4EPIA 4HV1A 1KXYA 6LZMA 1IP3A 1BQLY 4EKSA 1MLCE 228LA 1ZVHL 5LVIA 3SP3A 4DT3A 1GB5A 4WLTA 1NKHA 3A8ZA 3TXGA 3HDFA 1IWZA 3P68A 1C6KA 2Z19A 3AJNA 4G4HA 4II8A 3IWRA 1J1OY 1QS5A 3P64A 5KKIA 3AGGG 3F6ZA 3DMXA 1N4FA 3LN2A 2ZNWY 3TXKA 1C6IA 1CKDA 3NY8A 1PQJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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