4DQJA

Structural investigation of bacteriophage phi6 lysin (in complex with chitotetraose)
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
137
structure length
137
Chain Sequence
SRVRFTTAEVDSAVARISQKIGVPASYYQFLIPIENFVVAGGFETTVSGSFRGLGQFNRQTWDGLRRLGRNLPAFEEGSAQLNASLYAIGFLYLENKRAYEASFKGRVFTHEIAYLYHNQGAPAAEQYLTSGRLVYP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Selective pressure causes an RNA virus to trade reproductive fitness for increased structural and thermal stability of a viral enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Pseudomonas phage phi6
molecule keywords Membrane protein Phi6 P5
total genus 47
structure length 137
sequence length 137
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.50 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dqjA00
4DQ7A 4DQJA 4DQ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4S0WA 2Z39A 217LA 1C66A 1ZMYL 2BQIA 1T8AA 3LZMA 2BQBA 2BQAA 1I20A 259LA 5KJ9A 1DPWA 1DYCA 234LA 1LZ5A 4XJDA 4EKRA 4I7QA 154LA 4I8SA 3A6BY 4AXTA 1VDSA 3EMSA 1L12A 2O79A 188LA 4NFVA 4NSHA 1Z55A 2ZIJA 4EOFA 1XEIA 3N9CA 4ZIXA 1QT4A 114LA 1L01A 1LGUA 1MELL 1IR8A 4HJYA 225LA 1OVHA 4GBRB 1DQJC 1L69A 5HNCA 167LA 1KS3A 1ZURA 4WG7A 1L71A 1OQMA 3QE8A 4PGJB 4H9BA 1QSBA 1E8LA 3A8ZA 1BB5A 1AZFA 4H9IA 1L05A 1FN5A 215LA 1L89A 1NDMC 1LJKA 1KW5A 3QNGA 4LT2A 2A4TA 5KXPA 3OE9A 4W53A 1LZSA 4EXMA 159LA 164LA 3HTGA 133LA 5I4YA 4XENA 1L90A 5LZMA 3F9LA 1B7PA 4DD3A 4IASA 4NGOA 2F4GA 4EKSA 7LZMA 1L81A 1DYEA 135LA 163LA 3P4ZA 134LA 4I7JA 3WPKA 1QTDA 4LFXA 1PQDA 1L03A 1L76A 150LA 3ZVQB 1LSBA 1LJGA 1D6QA 3HTDA 1PQMA 1LZCA 4RW1A 1FKVA 1BWJA 2Z38A 4DDCA 3LZTA 4DQ7A 1L65A 1O23A 1GFUA 1RE2A 2MEDA 120LA 4G4CA 3C7YA 4W59A 205LA 4HSFA 4YXAC 2Z2EA 2XBSA 9LYZA 5I53A 190LA 155LA 1IC5Y 1C65A 5KXWA 2OU0X 3AZ4A 1YIKA 1IY3A 1OYUA 240LA 5FSTA 1B7NA 1I6SA 260LA 4QY9A 4WO9A 4EKPA 213LA 3ZEKA 4NGYA 1BVKC 1C6GA 4DDAA 1P7SA 3B6LA 3EO5A 2I6ZA 3L64A 1FLUA 2Q0MX 1EPYA 4NG1A 5KXTA 4II8A 1XSFA 5F9UA 3GUPA 3HH5A 1TCYA 1HEMA 5D5CA 256LA 1REYA 3SB6A 5JENB 1C08C 5I5QA 4WM3A 1C6JA 1LJ4A 1L29A 185LA 131LA 1L55A 3A34A 172LA 3EBAB 1L16A 4OO9A 1LSMA 1LSZA 2OE4X 2BQNA 1QUGA 1L14A 4TSCA 4LZMA 3VWOA 1QQYA 8LYZA 3N9AA 3ATNA 5HMJA 1IC7Y 1JITA 1P3NA 1L37A 243LA 141LA 1JJ0A 4R0FA 3HBDA 4LGKA 5B59A 4WLYA 1OUDA 1FLYA 3T6UA 2RAZX 1LZEA 3G3AB 4NHIA 1OUHA 3LYOA 4GCEA 219LA 108LA 1ALCA 4PRUA 1L68A 1IP6A 1LZAA 3AGHA 5F16A 1GFGA 4NHPA 4QEQA 173LA 1EQ5A 1DI3A 1W08A 4LDEA 3SB5A 1G7JC 2FYCA 4WM5A 3E3DA 3HUAA 4AQNA 1L74A 1HF4A 1LMQA 1BB4A 3V2YA 3LYMA 253LA 5K7OA 1XJUA 1L91A 1HFXA 5HMVA 2XJWA 2Z37A 1LSNA 1QTZA 4R6CA 1JTMA 1HEQA 1LJJA 2LYOA 4AGAA 3CB7A 2N5ZA 182LA 2BAAA 1GE2A 4W52A 4B4EA 3RU5A 4BAFA 3AJNA 4I7NA 1SQ2L 1GF5A 1SWYA 194LA 5LAGA 4EPIA 4HTNA 1IWWA 3WW6A 1D2YA 1L67A 1IR7A 4H8ZA 2NTGA 4TX7A 1YKZX 3OE0A 4W58A 4LYZA 3F8VA 1D3JA 1HMKA 1L40A 4I7KA 111LA 5KKJA 4WLTA 4DD2A 1GAYA 1GFTA 132LA 4DD9A 3CQLA 1G7HC 1C6MA 1L23A 4PK0A 1L51A 2RB0X 4EJ4A 3CDVA 1CU0A 1WQRA 3P64A 1JEFA 4YENA 5F14A 1JTTL 3W6DA 3W6CA 3HUKA 1FLWA 1LYJA 1L43A 2Z12A 4W54A 3SB9A 3HFMY 2EIZC 1B5ZA 1QUTA 3VW7A 1INUA 1LHJA 3GUNA 176LA 1T6VL 2ZQ4A 4DAJA 2HULA 1L17A 1LZ6A 4WMGA 2QB0B 220LA 178LA 3AW7A 5E4PA 5KY1A 1T3PA 4Z3MA 1LHMA 3GUOA 1IP4A 2MEGA 1LJ3A 1IP1A 3C8SA 3GUMA 1DI4A 1NHBA 4G49A 3C83A 175LA 4OW1A 4I7SA 2LZ2A 4X3BA 1LOZA 1CNSA 3P68A 4NWHA 4QGZA 1HFYA 1OWYA 4L41A 3HH3A 4M6DA 4Z46A 1EQ4A 5LVHA 1WTHA 5L3HA 3D3DA 2MEEA 2B7XA 126LA 5I54A 3ZVQA 1CKFA 109LA 1ZVHL 3RZ4A 2ZILA 1WQQA 162LA 1K28A 4GCDA 1IP7A 1IWYA 1LHKA 3GXRA 4XADA 1UC0A 137LA 3DN6A 3J6KA 1GWDA 3WH1A 2HEAA 1IWXA 2HECA 1L28A 228LA 1TAYA 3A91A 2B70A 5KKIA 1P56A 1LI3A 3CSZA 4PJZA 1IVMA 1DI5A 1XEKA 4XN6A 1OUEA 5DN4A 104LA 4ANRA 2BQLA 1L63A 3WMKA 4ETCA 2B6XA 4DC4A 5DN5A 4MR1A 3SBBC 3C82A 252LA 5I4XA 1G7IC 3TXGA 1QT8A 1NHEA 1HFZA 4WM4A 1L30A 1I1ZA 3UONA 1C6PA 1F10A 1PQOA 3HT9A 4OWEA 4OOOA 1BVXA 1HNLA 1QTBA 4G9SA 2RAYX 4NG8A 206LA 1BGIA 1LMNA 3T36A 3G3VA 4HJZA 3JR6A 3RUNA 4OOTA 168LA 4UWUA 2B6TA 4NGVA 1KXWA 3K2RA 2B72A 1L54A 2YDGA 4NGIA 1ZYTA 2XQOA 4H93A 3NY9A 1JTNA 2NTHA 238LA 2HEBA 1KIRC 145LA 3WW5A 4XJBA 3D9AC 5LVJA 4WL6A 2BQJA 2ZYPA 3ATOA 1T8GA 1P5CA 3N9EA 4LT0A 2MEAA 2F4AA 1C6FA 1JWRA 3GUKA 1HERA 248LA 3NY8A 4WM6A 1GF7A 4TUNA 1GE3A 4CFPA 245LA 1L33A 2LYZA 2FBDA 2OTYX 3G3WA 4H90A 1C61A 5ILFA 1G0QA 2DBTA 1L09A 1KXYA 1B9OA 122LA 1D3NA 1LJHA 1NMMA 1GF6A 5KXZA 2RBSA 4NY5A 1YAQA 3LYZA 180LA 1L45A 5HLLA 1L53A 2AUBA 1REZA 4C3WA 4H92A 4BADA 5FHWA 5FEKA 4B4IA 1L92A 1L79A 3DMZA 2CWIA 2DQDY 1GBWA 4HP0A 3DNAA 1L20A 2IGCA 2DQHY 1P37A 218LA 2ZNXY 4WM1A 5LAFA 239LA 4P2EA 1C6KA 1D0LA 1BB7A 3TXHA 4YEMA 2PC2A 4W56A 3A92A 1CJ8A 1LWGA 4TSBA 5DL9A 1DPXA 233LA 1L15A 1B7LA 2FBBA 3HH4A 1GB0A 5IHGA 2YSSC 4LYCA 4I7LA 5ILCA 2ZIKA 1LYEA 1BHZA 3RZEA 1LPYA 3TMXA 5LYZA 4H94A 2BQFA 1L86A 1L44A 1L72A 1QT5A 2WARA 3G3XA 3HTBA 3TXDA 1PQKA 2HUMA 4EKQA 1T6HA 4I7TA 1C63A 1REXA 1XGTC 3GUIA 1GEZA 2MEIA 1L0JA 4BAPA 2D91A 1LJNA 1L87A 1YL0X 1F0WA 2G4QA 1LYHA 1LYDA 4KPMA 3SN6R 1GXXA 1GFHA 1BQLY 4TWSA 4ARJA 4DQ5A 1BB3A 1L52A 4LYMA 1L82A 4KT3A 1GF4A 1LMAA 1JKCA 249LA 4WLDA 4Z41A 1P36A 1GD6A 1DYDA 3A96A 3C8RA 5C6LA 1C6TA 3CDOA 2Z18A 1UBZA 1HENA 1QTKA 1V7TA 1L0KA 1LTMA 1DYGA 3CDQA 1B7SA 1C6DA 1XGQC 1L88A 4I7PA 1JTPL 3A90A 193LA 5KXOA 1LMOA 143LA 115LA 1L62A 3DMXA 4DYGA 4NGWA 195LA 5LINA 3CT5A 4D9ZA 4DQJA 4HV1A 1GBXA 3HTFA 1EQEA 130LA 1TDYA 199LA 2F32A 1L96A 3CSQA 1QUDA 1VAUA 2W1LA 3WPJA 3TXFA 1GHLA 2HEDA 4H9AA 2OEAX 4HTKA 4M4OA 2HTXA 1IOTA 1LJEA 4EMNA 2RBOA 3DN8A 1RI8B 1NBYC 224LA 2MEFA 3FI7A 4MSTA 2B6YA 5KXYA 1CV4A 2BQGA 157LA 1JISA 2I25L 4BS7A 4HPIA 3DN3A 1CX7A 221LA 5KXLA 5B1GA 4XJIA 139LA 1LHIA 1LZGA 1L66A 3LYTA 1FKQA 2YBHA 2Z6BA 1G0MA 3WXTA 4E97A 3WXUA 5II3A 2D4IA 4CFOA 3WU9A 4GCCA 1HELA 1HHLA 1GFVA 1DZBX 5F9XA 1UIAA 161LA 1QTCA 1CJ9A 1LGWA 1HSXA 2G4NA 2OE9X 1YKYX 1GPQC 2CDSA 183LA 1C68A 4YXCA 1TLAA 1L73A 3M18B 3A6CY 1L77A 3M3UA 1CKDA 2CUUA 3HBEX 4LYOA 4GRVA 2HU3A 2XBRA 1GF9A 2H5ZA 4XJGA 1B7OA 1YAMA 4J7VA 1GBOA 2RH1A 1LHHA 1LI6A 1JKAA 2F30A 4I7RA 4HPEA 1G7LC 4Z98A 258LA 3SP3A 1GXV2 3AZ5A 1JSEA 1WQMA 1UIBA 1L41A 3HBHA 3IJVA 230LA 1P46A 2A7FA 2DQAA 1VDPA 222LA 1LZDA 4PPOA 4XJFA 1G7MC 5KXNA 3GXKA 3HT6A 128LA 1J1XY 1LJFA 1CV6A 4WG1A 1BB6A 1IOSA 4KL7A 3OJPA 1QTVA 2B75A 5B1FA 1CKGA 262LA 2HU1A 1VATA 4QDNA 1NKHA 1B0DA 2OU8A 4UWVA 261LA 166LA 4NSGA 4FDYA 1IIZA 1LSDA 3CSRA 1L57A 158LA 1SWZA 3TXJA 3DN2A 2I26L 1JIYA 6LYZA 1MLCE 4DJHA 1QDTA 5HNLA 1OV5A 5KXRA 3GULA 3P65A 4NSJA 1LZRA 3WUAA 1C67A 2H9JA 4HJVA 153LA 1OUGA 4N5RA 4N9RA 4O34A 257LA 1LAAA 1H87A 2BQOA 3OE6A 3BKHA 1WQPA 1L83A 1LYGA 2W1XA 4H9EA 1VFBC 1IX0A 3CDRA 4W55A 1GBZA 1UACY 1C62A 1C6AA 4OWBA 1C69A 1G0JA 4MCKA 1PZYA 4ARPA 227LA 1UA6Y 1CUQA 1CV5A 1OP9B 1LZ9A 1L48A 1JUGA 4ARQB 1QT7A 5L9JA 4GN5C 2VB1A 1GAZA 1C6IA 5L3IA 1UCOA 210LA 1IWUA 1L85A 2OTZX 1GDXA 4B0DA 1LZTA 1JSFA 1G0GA 1VDTA 1L19A 4PRQA 2MEHA 3IJUA 196LA 2ZYCA 1GEVA 3WVYA 4DWXA 3K3TA 1WVUA 1JPOA 3HU9A 4N0JA 211LA 1QTEA 3W6AA 2ANXA 1SSWA 123LA 1DKJA 2EQLA 1QT3A 5FELA 3TXBA 5HQ1A 170LA 200LA 3LN2A 5LYTA 3DN4A 5T3FA 2HUKA 4CHXA 4IAPA 4HV2A 209LA 1F6SA 1QUSA 1D0MA 3PDSA 3EMLA 107LA 1JHLA 5IELA 5LIOA 1L26A 4IJ4A 1L24A 2F47A 1L56A 1L99A 3SBAA 1XGRC 3HDFA 118LA 1DKKA 207LA 1LHLA 1OWZA 3C8QA 4ET8A 1A2YC 1HEPA 1CTWA 1EL1A 4KXIA 3LHMA 1GB8A 1IO5A 4ARLA 3BKVA 1L31A 4H8XA 1L58A 127LA 3A3QA 1CU2A 4OWCA 1CU6A 1L00A 3WU7A 4B4JA 3AGIA 3HT8A 1LSEA 5KXXA 4ARMB 235LA 3A67Y 3W6FA 1H6MA 2LHMA 4NEBA 1LKRA 5DLAA 3A93A 1IWVA 1WQNA 6LYTA 3ODUA 4CGEA 3WVXA 5FCPA 1B5UA 1WQOA 3AZ7A 2F2QA 1ZWNA 3AZ6A 242LA 142LA 246LA 1D3MA 3HUQA 2YBMA 4LT1A 3A3RX 3PBLA 1C6EA 5D5FA 1GDWA 1NBZC 3CT1A 148LE 244LA 1D6PA 5APDA 1LZNA 3WUNA 214LA 2OE7X 4W96A 1DYAA 4I7OA 1L32A 4DD0A 1CJ6A 1C60A 3QY4A 3WPLA 1LKSA 2X0AA 2L78A 3C7ZA 174LA 1UIEA 5KXKA 1L95A 1C6CA 2BQHA 4WLXA 1AM7A 3B0OA 144LA 112LA 4NWEA 1B6IA 1PQIA 1UIDA 3OE8A 2RB1X 1GE0A 1CU5A 1L13A 1QS5A 2NWDX 241LA 1QSAA 1UUZC 1C6BA 1C10A 3QAKA 1L75A 4WOAA 1OVJA 2RSCA 1IWZA 4H9HA 1CVKA 1L84A 5B05A 1LZ8A 2LCBA 2YBIA 1CKCA 2Q9EA 2EPEA 2MECA 1WTNA 187LA 1C45A 3P66A 1SX7A 2B73A 4G4HA 1L42A 1CUPA 1B7RA 1YILA 4LYTA 3D4SA 4YM8A 255LA 2RB2X 4A7DA 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