4DYGA

Crystal structure of a family gh-19 chitinase from rye seeds in complex with (glcnac)4
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
242
structure length
242
Chain Sequence
SVSSIISHAQFDRMLLHRNDGACQAKGFYTYDAFVAAANAFPGFGATGSTDARKRDVAAFLAQTSHETTGGWATAPDGAFAWGYCFKQERGAAADYCTPSAQWPCAPGKRYYGRGPIQLSHNYNYGPAGRAIGVDLLRNPDLVATDPTVSFKTALWFWMTAQAPKPSSHAVITGKWSPSGADRAAGRAPGFGVITNIINGGLECGHGQDSRVADRIGFYKRYCDILGVGYGDNLDCYNQRPF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Basic endochitinase C
publication title Crystal structure and chitin oligosaccharide-binding mode of a 'loopful' family GH19 chitinase from rye, Secale cereale, seeds
pubmed doi rcsb
source organism Secale cereale
total genus 90
structure length 242
sequence length 242
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2012-02-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00182 Glyco_hydro_19 Chitinase class I
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dygA01
3.30.20.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Endochitinase; domain 2 Endochitinase, domain 2 4dygA02
1BB3A 1LSYA 1NKHA 1QTEA 1UIHA 1YANA 1B5YA 1OUGA 1VDQA 2B5ZA 2CJLA 3MGWA 5DLAA 4EOFA 1NDGC 2NWDX 2ZQ4A 4ZFPA 4GCEA 1REXA 1RJCB 3WL2A 3BKHA 1PS5A 2DBTA 2I26L 4BAPA 1GFUA 2FBBA 1B9OA 3FE0A 5D5CA 3B0KA 4OOTA 3AZ5A 2YSSC 1D0MA 1FLQA 1LSBA 2LZ2A 2Z2FA 1MLCE 5FSTA 1GFTA 2W1YA 1GF6A 3M3UA 1BQLY 3M18B 1OUFA 3WU8A 1UA6Y 3ATNA 1JITA 4NHQA 1FLWA 5KXPA 4A7DA 5KXZA 2MEDA 3ULRA 5I54A 2BQOA 2BQBA 2Z39A 3CT5A 4NSHA 4WO6A 1LZEA 1C7PA 1TCYA 1WQRA 1KIPC 1XGTC 2DQCY 2Z18A 4J1AA 5FHWA 1WQMA 4E3UA 153LA 1O23A 4WLYA 3ZVQA 4DD0A 1YKYX 3HFMY 1UCOA 3AJNA 4LT3A 4CFPA 4Z3MA 1AT6A 1WTMA 5LVKA 3T6UA 1CKCA 2I6ZA 4NGYA 1LJEA 1IWUA 3A96A 1OUBA 1QIOA 5KXSA 4XJGA 1GXV2 5A3EA 1UBZA 4LT1A 1B5UA 1LPIA 1BWIA 1KIQC 2BQNA 4GLAA 1AT5A 4NGWA 1LJNA 5KXYA 1GDXA 4NGLA 5KXRA 4XYYA 1SLYA 3CB7A 1GFHA 1I56A 1FDLY 2ZWBA 4NWHA 2AUBA 4TSCA 1DZBX 3TXGA 6LYTA 3RU5A 4YENA 4FJRA 1GF9A 2YBMA 3SP3A 5KKJA 2ZNXY 1XGRC 4H9BA 4WG1A 4WM5A 4PJ2C 3TXDA 1LCNA 3J4GA 1GFAA 1NMMA 1HEMA 1G7JC 1GB3A 1VDSA 2H5ZA 1JKBA 3P65A 1W6ZA 1YAOA 4NG1A 3ATOA 5F16A 2ZYCA 4HPEA 4MCKA 4C5FA 4OW1A 4Z46A 2PC2A 2CGIA 1IIZA 5HMVA 3QE8A 1JTPL 4KPMA 4NGVA 1B7QA 1JKCA 1XEJA 1BB6A 1B7LA 4AGAA 5DN5A 1INUA 4PRQA 1B2KA 1F6SA 1HEOA 5II3A 1XEKA 5DM9A 5LAFA 3N9AA 1GXXA 1UIGA 4OWHA 4CGEA 5KKIA 1LYSA 3ZEKA 5I5QA 5C6JA 2FYDA 2YBLA 5KJ9A 3A93A 3WULA 1LZNA 1UIDA 3P64A 3W6DA 1LKRA 207LA 4W96A 1DQJC 4DDBA 5KY1A 1B0DA 1GB9A 4H9AA 1HMLA 2BQMA 1JUGA 1LZ9A 1IR7A 1LSAA 4NG8A 1NWGA 1P2CC 1GBWA 4M4OA 1BB4A 4NGKA 3RT5X 1GF5A 4G49A 4HTNA 1W08A 4O34A 2BQEA 4TTDA 2IFFY 4GCBA 4N0JA 3TMXA 1J1OY 1B7RA 4CHXA 1Z55A 1IP7A 3GXRA 2DQEY 4HSFA 5LYZA 4OOOA 1LHMA 2HU3A 5EBHA 1IX0A 1UC0A 5D5FA 3A90A 2D6BA 4RLMA 4RW1A 5LINA 4H9IA 4QY9A 1JSEA 1LKSA 2BQHA 1BB5A 2F30A 1FLYA 1XGUC 2F4GA 2G4NA 1LZ6A 2LYMA 4G4HA 2F4AA 4GLVA 4WM3A 5FDJA 1OUIA 4B49A 2YVBA 1CJ7A 1NBZC 132LA 4NHTA 4UWNA 5E4PA 2Z37A 2MEHA 4KXIA 4TX7A 1IWXA 1OUHA 1JPOA 5L9JA 4TWSA 3D3DA 5FCPA 3IJUA 3WU7A 4II8A 2YDGA 5APDA 2W1XA 133LA 2LZTA 1HSWA 3CT0A 4P2EA 4LYBA 1LMTA 1LMCA 4OWAA 1HELA 1GB8A 4XJFA 4GCCA 3W6FA 1G7IC 2DQDY 4BS7A 4H90A 5J7CA 1LSEA 1GF3A 4HTQA 4YOPA 3J6KA 1B7PA 5E9RA 5F9UA 3A94A 3LZTA 5I4XA 1NQIA 2YBNA 1FKQA 1RFPA 4HJYA 2IHLA 1HC0A 5F9XA 1B7MA 4HPIA 3TXJA 4G4BA 1LMOA 2FBDA 4Z98A 1IEEA 4KL7A 4L41A 4DT3A 5JENB 1IP2A 4UWVA 2RSCA 5DL9A 3IWRA 4BAFA 1GFVA 1HENA 4LYZA 4PGJB 4NSJA 4C3WA 3LYZA 4DD9A 1C46A 2DQFC 1LHKA 1B7OA 2X0AA 1OQMA 3A3QA 4WL6A 1OUCA 4WOAA 2XBSA 1IWYA 1NHEA 1LJJA 3EO5A 1DXJA 1TEWA 1YL0X 1REYA 1D0LA 3A6BY 1D9UA 2BLYA 1DI5A 1D6PA 1WTNA 5F81A 1BHZA 1VFBC 3CSZA 3W6EA 2MEGA 3TXIA 5M1YA 1LSFA 1C08C 2HEEA 3IJVA 1LHJA 1IP6A 1VAUA 1KXWA 1HSXA 4N1EI 4DD7A 1GB7A 3TXBA 4N1CC 1LZTA 2W1LA 1IORA 3AW7A 3TMUA 5LXWA 1LZ4A 4NGJA 1JJ3A 1GBOA 1GFRA 4XENA 5HNLA 2DQGY 1BWJA 4WLTA 3TXFA 2YBJA 3RW8A 2LHMA 1QSWA 1LJ4A 3KAMA 1LSMA 4G4CA 2BLXA 5T3FA 1JIYA 5LIOA 4WG7A 2XJWA 5IELA 1LZ1A 4Z41A 4N5RA 1EQEA 1IC5Y 2LYOA 2BQFA 3AYQA 1BWHA 1LSNA 5I4WA 3WPJA 5B07A 1D6QA 1F6RA 1RCMA 2BQCA 4RW2A 1C10A 1IC7Y 2XTHA 1T3PA 4YEMA 5L3HA 3P68A 4GN3A 4MR1A 4DYGA 1REMA 1GB2A 3WW6A 1GEZA 1NBYC 208LA 4QDNA 1YKXX 1B5VA 1RE2A 1HFXA 3HBHA 1IOSA 4HJZA 4HV2A 1LZBA 154LA 1GFGA 194LA 1GDWA 1IP5A 1JTOL 4H8YA 5LYMA 1YL1X 193LA 1LHLA 2C8PA 2ZYPA 2H9JA 1LZSA 5IHGA 1OUJA 2F2NA 4HTKA 2GV0A 4H9FA 3OK0A 1LTMA 1RI8B 4H9CA 1DI3A 1B7NA 1IP4A 2G4QA 4M6DA 1B5ZA 4WL7A 5LA8A 5HMJA 1CJ9A 4H8ZA 1UACY 1HEPA 1LZYA 4H9EA 1LJGA 1BVXA 3B0IA 3AW6A 1WVUA 7LYZA 1HMKA 1LSZA 1BB7A 4X3BA 1GBYA 1GE3A 4WM2A 2EIZC 1IOQA 1HFYA 1UUZC 1ZV5L 4FDYA 5B05A 3WXUA 1QDTA 1LZAA 4U3XB 4WM4A 2DQAA 3OJPA 1G7HC 1TAYA 1IY4A 1I20A 1I1ZA 3A67Y 1LJ3A 3P4ZA 1D0KA 1LHIA 1JWRA 3N9CA 1DPWA 2ZNWY 1LJIA 1GB0A 4XN6A 5APEA 4WLXA 3EBAB 3AGHA 1LJFA 1WQQA 4NFVA 3WUNA 1GBXA 3TMWA 5ILCA 1VDTA 2BQLA 4GN5C 3WH1A 1NF5A 2CWIA 3A8ZA 5B1FA 1YILA 4NHIA 4RLNA 1UIAA 4MSTA 3F6ZA 2MEEA 1IOTA 1WVVA 4H8XA 2ZIKA 1IR8A 1JISA 4YF2A 1WQNA 4DD1A 4ETDA 5LVHA 4LYMA 1B5WA 3EMSA 2BQDA 1MELL 2XBRA 3LN2A 4DWXA 4GN4A 4NHPA 4H93A 1BVKC 2Z12A 2FYCA 1AM7A 2MECA 4N9RA 3GXKA 1GWDA 1F10A 1GF8A 1IP1A 2BAAA 4LFPA 4B4JA 1DI4A 4IJ4A 4ETEA 3A91A 3RNXA 5A3ZA 2G4PA 3LYTA 4GCFA 3CT1A 1GFJA 1GFEA 1GBSA 1T6VL 1LSDA 1XGQC 4NIJA 4QEQA 3WPLA 1YKZX 4ZEEA 1G7LC 2MEAA 5I4YA 1HFZA 1A2YC 1GB6A 1QUSA 2YBHA 1IWZA 1V7SA 1YROA 2D91A 3CSQA 1C45A 1QQYA 1OUDA 1HF4A 2Z19A 4B4EA 4DC4A 2MEFA 3AZ7A 5APCA 2D4KA 1CNSA 4HP0A 2MEBA 3AGGG 4PRUA 4WLDA 4ETCA 5ILFA 4G9SA 1LSPA 3W6AA 1LZ5A 1NDMC 3D9AC 4LFXA 5KXNA 4OWCA 1AZFA 4NWEA 4WM6A 1IWVA 3A95A 1IWTA 1QUTA 1EQ4A 1TBYA 2YBIA 4OWEA 1LAAA 4WM1A 4NGZA 1IVMA 1LSGA 5LVGA 3B6LA 2N5ZA 1LMAA 4HJVA 4W94A 4ZIXA 4B0DA 4ML7A 2EKSC 3HBEX 3BKVA 5KXLA 1QSAA 1ZMYL 2BPUA 4J0LA 1J1XY 1QTKA 1WQPA 2HEAA 3W6CA 5C6IA 2MEIA 3G3AB 4CFOA 5KXKA 5APFA 5F14A 5LVIA 1J1PY 1OUAA 3WXTA 3QY4A 1IR9A 5B1GA 1GPQC 1VDPA 2EPEA 4LYOA 4D9ZA 4GCDA 1GEVA 1LYOA 4LGKA 1FLUA 2Y8PA 4TSBA 2DKVA 4LYCA 1HHLA 2DQIY 1FN5A 1LYZA 3HBDA 2HEDA 1REZA 5KXMA 1JTTL 3CSRA 4LT2A 1LZCA 4WO9A 3E3DA 9LYZA 1AKIA 1JJ0A 2W1MA 1LZRA 2HUBA 1IO5A 4ET8A 1CKHA 2Q0MX 4HV1A 1UICA 1XGPC 5B06A 1UIBA 4NSIA 2ZQ3A 3W6BA 1H6MA 4H9HA 4ANRA 5K7OA 1KIRC 4H92A 1VEDA 3WVXA 4CJ2A 1ZVHL 2D4IA 4PPOA 4XADA 4R0FA 1IP3A 1CKDA 1GE1A 1H87A 1CJ6A 4LYTA 1YAPA 2BQJA 1GD6A 1BGIA 1SQ2L 4B4IA 1GHLA 1FBIX 1QDRA 1YIKA 4N8ZA 4ETBA 4I0CA 5KXXA 5HQ1A 134LA 1HERA 4XJDA 4DDAA 4LT0A 5LVJA 1LZ8A 4NGIA 1KXXA 2C8OA 4DDCA 1GBZA 2H9KA 2VB1A 5AMYA 1CKFA 5KXWA 4XJBA 3ZVQB 1N4FA 3RZ4A 2HU1A 2CDSA 1HEWA 4B1AA 1GAZA 5C6LA 4ET9A 3LZ2A 1JSFA 1LMQA 1LYYA 3EXDA 3TMVA 3P66A 4NSGA 4KT3A 4EMNA 4XJHA 6LYZA 1IC4Y 2A7FA 1JHLA 3LYMA 2BQAA 3A3RX 5KXOA 1EL1A 1XEIA 4H94A 1B7SA 3AB6A 1LZGA 3N9EA 4J7VA 1TDYA 3A6CY 1LMNA 1LSCA 1IOCA 1HNLA 2I25L 1CJ8A 1GAYA 4NEBA 1GE4A 2HTXA 3TXEA 4DD3A 3QNGA 3WUAA 1GF0A 2BQGA 5DN4A 2HEBA 1YQVY 5LA5A 1FKVA 4H1PA 4NGOA 2A7DA 1EQ5A 1WQOA 1GE2A 3WW5A 4J1BA 1HEQA 2BQKA 1GFKA 2ZILA 5HNCA 1LMPA 4QGZA 5FEKA 5I53A 3WUMA 1GF7A 3A34A 2LYZA 4H91A 1OP9B 1ALCA 1OUEA 4NHSA 1LJHA 1KXYA 5L3IA 1DPXA 3TXHA 3LYOA 3WVYA 5FELA 3LHMA 1IWWA 4LZTA 2WARA 4I8SA 1LHHA 4TUNA 3VWOA 3WMKA 1VATA 1XFPL 2HEFA 5KXTA 1PZYA 1DKJA 1G7MC 3W3EA 4YEOA 4DD2A 3AGIA 4NY5A 1LJKA 5LAGA 5IDDA 3AZ4A 1A4VA 3B72A 3CQLA 1DKKA 4XJIA 4AXTA 2D4JA 2DQJY 1JEFA 3AZ6A 4PHIA 8LYZA 2Z2EA 1JKAA 3WPKA 1UIFA 1YAQA 2DQHY 4OWBA 3T36A 4RDSA 4YM8A 5HLLA 1C43A 1CKGA 1YAMA 1B5XA 4BADA 2HECA 2BQIA 1F0WA 1ZVYB 1V7TA 4WMGA 1XSFA 2Z38A 5LYTA 4IASA 1GF4A 1GE0A 2EQLA 135LA 3WU9A 3FI7A 4ETAA 3G3BB 3TXKA 1JJ1A 1LZDA 1LOZA 1UIEA 5B59A 3A92A 1IY3A 2ZIJA 1E8LA 3B0OA 3K3TA 4R6CA 4UWUA 3WYHA 1GB5A 4IATA 1JKDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BB3A 1QSQA 1LSYA 1OUGA 1VDQA 2CJLA 225LA 146LA 4ZFPA 3V2YA 4GCEA 3BKHA 4BAPA 1GFUA 163LA 2FBBA 3AZ5A 1FLQA 2LZ2A 4EKPA 3HTDA 230LA 1QTVA 1CV3A 166LA 3EMLA 3ATNA 1L23A 2B73A 2MEDA 3CT5A 1L43A 1CU2A 1LYHA 1WQRA 4WLYA 3ZVQA 1YKYX 4LT3A 2I6ZA 1CTWA 4NGYA 1IWUA 1L03A 1L29A 1QIOA 3ODUA 1GXV2 1UBZA 4NGWA 5KXYA 1I56A 1L73A 4TSCA 3TXGA 1ZWNA 2ZNXY 3TXDA 3J4GA 1GFAA 1HEMA 1VDSA 4YXCA 5F16A 3HTGA 3ATOA 2RBOA 2ZYCA 4ARLA 141LA 4OW1A 2CGIA 1CU3A 1L55A 2F47A 4NGVA 4AGAA 1JKCA 1XEJA 1BB6A 1B7LA 1C68A 1B2KA 1F6SA 1L75A 5LAFA 3N9AA 1GXXA 5KKIA 1LYSA 3ZEKA 5I5QA 1L45A 1OYUA 3G3XA 1L82A 3A93A 152LA 1LZNA 1B0DA 4H9AA 2B6ZA 4W58A 1HMLA 3DN0A 1LSAA 1GBWA 4NGKA 1DYBA 4G49A 2IFFY 4GCBA 4RLMA 4RW1A 4YX7C 109LA 4H9IA 4QY9A 1L72A 1JSEA 1LKSA 1L59A 1XGUC 4GLVA 4G4HA 2B6TA 1OUIA 4UWNA 1QSBA 3SBAA 5E4PA 2MEHA 190LA 1IWXA 213LA 5L9JA 1G0PA 3WU7A 1L21A 4II8A 1HSWA 260LA 4OWAA 1L37A 4XJFA 1QT8A 1LSEA 4YOPA 5F9XA 3TXJA 1LMOA 1L69A 4Z98A 4KL7A 233LA 1L26A 3IWRA 1CV1A 1OWZA 1C46A 2DQFC 1B7OA 3A3QA 1IWYA 1NHEA 2F2QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BB3 A;  1LSY A;  1NKH A;  1QTE A;  1UIH A;  1YAN A;  1B5Y A;  1OUG A;  1VDQ A;  2B5Z A;  2CJL A;  3MGW A;  5DLA A;  4EOF A;  1NDG C;  2NWD X;  2ZQ4 A;  4ZFP A;  4GCE A;  1REX A;  1RJC B;  3WL2 A;  3BKH A;  1PS5 A;  2DBT A;  2I26 L;  4BAP A;  1GFU A;  2FBB A;  1B9O A;  3FE0 A;  5D5C A;  3B0K A;  4OOT A;  3AZ5 A;  2YSS C;  1D0M A;  1FLQ A;  1LSB A;  2LZ2 A;  2Z2F A;  1MLC E;  5FST A;  1GFT A;  2W1Y A;  1GF6 A;  3M3U A;  1BQL Y;  3M18 B;  1OUF A;  3WU8 A;  1UA6 Y;  3ATN A;  1JIT A;  4NHQ A;  1FLW A;  5KXP A;  4A7D A;  5KXZ A;  2MED A;  3ULR A;  5I54 A;  2BQO A;  2BQB A;  2Z39 A;  3CT5 A;  4NSH A;  4WO6 A;  1LZE A;  1C7P A;  1TCY A;  1WQR A;  1KIP C;  1XGT C;  2DQC Y;  2Z18 A;  4J1A A;  5FHW A;  1WQM A;  4E3U A;  153L A;  1O23 A;  4WLY A;  3ZVQ A;  4DD0 A;  1YKY X;  3HFM Y;  1UCO A;  3AJN A;  4LT3 A;  4CFP A;  4Z3M A;  1AT6 A;  1WTM A;  5LVK A;  3T6U A;  1CKC A;  2I6Z A;  4NGY A;  1LJE A;  1IWU A;  3A96 A;  1OUB A;  1QIO A;  5KXS A;  4XJG A;  1GXV 2;  5A3E A;  1UBZ A;  4LT1 A;  1B5U A;  1LPI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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