4E3UA

Crystal structure of hen egg white lysozyme cryoprotected in proline
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Proline: Mother Nature's cryoprotectant applied to protein crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4e3uA00
2DQCY 2YVBA 2EKSC 2HEBA 1UA6Y 2MEDA 4HJYA 5KXNA 4B49A 2F4GA 1KXXA 4ZIXA 1LZDA 2IHLA 1BB7A 135LA 4HTNA 1G7LC 2XJWA 2LYOA 2MEBA 1AKIA 5LVJA 1DZBX 3TMXA 2EQLA 3W6BA 1LYOA 1H87A 1CKFA 3W6FA 4IATA 1B5ZA 2ZIKA 1BVKC 3AZ7A 5KXZA 5F9XA 2BLYA 1LZSA 2Z19A 5A3EA 4WG7A 5KXRA 1IOSA 3RW8A 1IP7A 1BHZA 1IX0A 2BQKA 2DQHY 2PC2A 4TTDA 1LMAA 4LYOA 1DI4A 1KIPC 3EBAB 1GB2A 1IO5A 1DI5A 3J4GA 3IWRA 2ZILA 4YM8A 5HLLA 1N4FA 3N9AA 4LT3A 4H1PA 1C7PA 1UIAA 5KXYA 1ZVYB 1UACY 2BQAA 4QGZA 4Z3MA 4XJIA 1C08C 1JKDA 5T3FA 5LVHA 1OUCA 5LAGA 3WPKA 1GPQC 4ETAA 5KXKA 1LYZA 2BLXA 5B59A 1B5YA 3K3TA 4H94A 2Z38A 3TMUA 1DKKA 1GF7A 3MGWA 4ZEEA 1FLWA 1BWHA 3AW7A 5B07A 3N9CA 2BQOA 1H6MA 4LFXA 3GXRA 2MECA 1EL1A 1LJ4A 4AXTA 3CT5A 1HERA 3TXIA 2BQDA 3OJPA 3QY4A 4XN6A 4DWXA 4NHQA 1LZYA 3A6CY 4ML7A 1IC5Y 3AZ6A 4XJFA 4ET8A 5APEA 3AGIA 3TXDA 3AGHA 4J7VA 5B1GA 3A34A 4NSHA 3LZ2A 1DI3A 1LSAA 1EQEA 2D4JA 1LHJA 4Z46A 4LT2A 5LA5A 2Z37A 1IOTA 1IP4A 1DKJA 1LMQA 1HF4A 1LJGA 4N8ZA 3T6UA 1HMKA 1LPIA 1NF5A 4GCEA 1HEQA 4LYTA 3HBDA 4XENA 5C6IA 4H9EA 1CJ6A 4HJVA 194LA 4WLDA 1DQJC 1CKGA 3TXJA 3LYOA 4C3WA 1GB7A 4XJDA 4B4IA 1GAZA 5B05A 1KXWA 3P64A 2YBNA 1GEZA 4MSTA 1LZEA 1WQOA 3TXKA 1RJCB 2YBLA 2W1LA 3AW6A 1XGQC 3IJVA 4XJHA 1B5WA 1LJJA 1VAUA 4HV2A 3TMWA 5J7CA 1DXJA 1INUA 4GLVA 1GB0A 5I4YA 1KIQC 4LT0A 1LKSA 1QSAA 2YBJA 4PJ2C 4M6DA 1WQPA 1B9OA 1I56A 1QDTA 1GBYA 1GF0A 4GCBA 4R0FA 3AYQA 1EQ5A 2YSSC 1HEPA 1XGTC 2I26L 3HBHA 3B6LA 1OUDA 1QSWA 1YL0X 2Z12A 5LINA 3N9EA 3RZ4A 3IJUA 2BPUA 4H9AA 1LMNA 4A7DA 1IIZA 1GF4A 1G7MC 3E3DA 1TBYA 1KXYA 4LFPA 4WM3A 5D5CA 1LSBA 4NGKA 1IP5A 2ZIJA 1FBIX 2ZWBA 1HFZA 1NKHA 1YAMA 4WLTA 4DYGA 3B0KA 1UIBA 1OUHA 1LHLA 4YOPA 2DKVA 3P65A 3AGGG 4NIJA 3A96A 4E3UA 1GFRA 4QY9A 208LA 5C6JA 1B7QA 4YENA 3WXUA 1JPOA 4CFOA 1QTEA 2I6ZA 5I4XA 1B5UA 4G9SA 1W6ZA 3OK0A 1D0KA 1YAQA 4GN5C 1IWXA 1UUZC 4NGIA 1IWUA 1UBZA 4OWCA 1GE3A 1YANA 154LA 4LZTA 1XFPL 3WW6A 1GDWA 3B72A 5AMYA 1YAPA 1JIYA 1QQYA 4WM4A 4RW2A 4NHIA 4QDNA 1J1XY 1IEEA 2HU3A 4ZFPA 1DPWA 5B06A 4NGZA 4FJRA 1LJFA 1OP9B 2LZ2A 6LYTA 5DL9A 1E8LA 3A8ZA 4CFPA 5FSTA 5LYMA 4OOTA 4I0CA 4PGJB 2HECA 5LIOA 4WLXA 4W96A 4C5FA 1FKVA 1DPXA 4HSFA 5C6LA 5F9UA 5II3A 2I25L 2MEIA 1HEMA 1O23A 5K7OA 5KY1A 1T3PA 1A2YC 1LZ5A 3G3AB 3LN2A 3WU8A 4QEQA 3W3EA 1LZTA 1GF5A 4H8YA 1IP3A 2BQCA 3A95A 1G7IC 3CSQA 1CJ8A 3AZ5A 9LYZA 4H93A 1JKAA 2A7DA 2MEGA 4TX7A 4EMNA 1BQLY 2FBDA 4P2EA 4B4EA 1LHIA 2F4AA 1JUGA 2EPEA 3A91A 5FCPA 1IP2A 4WO6A 1IWVA 4UWUA 4YEOA 1IP1A 4HTQA 1CJ9A 1PS5A 3WVYA 3WXTA 6LYZA 4DC4A 2LYMA 1V7SA 3WMKA 7LYZA 2HUBA 1SQ2L 3RU5A 3FE0A 1IWWA 2XBRA 4WMGA 3RNXA 1V7TA 5IELA 1RFPA 4GCDA 4DT3A 2BQJA 3CT1A 1BB3A 1IY4A 1LYSA 3TXEA 4XYYA 5FHWA 1D6QA 4N1CC 4WOAA 1D9UA 1LSMA 1IORA 1B7PA 2RSCA 3LYZA 4NHSA 5A3ZA 1QUSA 3B0IA 5KKIA 3AJNA 3ZVQA 1GFAA 4MR1A 4H9HA 4XADA 1XSFA 2D6BA 4KT3A 2YBIA 1JITA 1G7JC 1LSDA 1OUJA 4ANRA 1ALCA 4J1BA 3GXKA 1FLYA 2MEFA 1JSFA 2MEEA 4KXIA 1JEFA 4L41A 1BB4A 4H9FA 4TSCA 3P68A 1XEIA 3ULRA 1IC7Y 4DD7A 1YL1X 5KXLA 4LT1A 1SLYA 1UC0A 2BQMA 2HTXA 1VFBC 3CSZA 4DD3A 3A93A 4GCCA 3WW5A 1LJKA 1BVXA 1C46A 1GFUA 1JKBA 1CKHA 4NGYA 5HQ1A 4IJ4A 2DQAA 3A94A 1LZ1A 1JJ1A 2BQEA 4H8ZA 5M1YA 4Z41A 1I1ZA 4NY5A 1HEWA 1JJ3A 3P4ZA 4OWEA 1Z55A 1WQQA 3EO5A 1HSWA 1GB5A 2BQNA 4EOFA 1HC0A 3WVXA 4J1AA 2W1YA 4WM1A 3TXHA 2FYCA 4O34A 4YF2A 1JWRA 1GXV2 5L3HA 5HMJA 1GE4A 1VDPA 1WTMA 3HBEX 5LYTA 2BAAA 5APCA 5I53A 1VDQA 3VWOA 3W6AA 4M4OA 5I54A 1B7NA 4Z98A 3W6CA 5I4WA 1MELL 3P66A 1B7RA 2NWDX 2HEDA 1NMMA 1LYYA 1B7LA 2MEHA 2W1MA 1YILA 2LYZA 1XGRC 1LZ4A 2X0AA 1REXA 1F10A 2BQGA 4GN4A 4HTKA 5E9RA 4PHIA 1UIFA 2A7FA 3EMSA 1YQVY 1LSZA 1GBXA 2ZQ4A 5F81A 4W94A 2Z2EA 1BWJA 1EQ4A 5KXOA 4ETEA 3TXGA 2ZQ3A 5APDA 2D4KA 2LHMA 1CJ7A 1LMOA 2Y8PA 1P2CC 1F6RA 4WL6A 2D4IA 2C8OA 1UIEA 4NSJA 1JJ0A 1UCOA 4H9IA 1NBYC 2MEAA 2XBSA 3G3BB 4BAPA 1HNLA 2Z39A 1CNSA 1GFEA 1XEKA 5DN4A 4GCFA 4XJGA 1GXXA 5FEKA 5LVKA 1JTOL 2N5ZA 5ILFA 1VDSA 4TSBA 5HNLA 5LYZA 1HEOA 1AZFA 1IWTA 1BB5A 3WH1A 2XTHA 1T6VL 3ATOA 5DN5A 4YEMA 1GFTA 2BQLA 2VB1A 1AT6A 1D0LA 3BKVA 1WQMA 3LHMA 1IY3A 3WU7A 1QIOA 4DDCA 1NDMC 5JENB 1W08A 2D91A 2DQIY 3LZTA 4OWHA 2HEAA 1AM7A 2YBHA 3J6KA 2ZYPA 4BADA 4KL7A 1GWDA 2H5ZA 3CB7A 4LGKA 4DD2A 134LA 1B7SA 1GBZA 3LYMA 4LYCA 3M3UA 5KXXA 5KXMA 3AZ4A 1LJHA 5L3IA 153LA 5FDJA 2GV0A 4PPOA 3AB6A 1GE1A 4MCKA 1GBOA 1GFVA 1PZYA 1F6SA 1NWGA 1B7MA 4WO9A 2DQDY 4G4BA 1LAAA 1REYA 1GB8A 1RE2A 5I5QA 1LZ8A 1LJ3A 1JSEA 1LJIA 4LYMA 3TXFA 1HSXA 132LA 1B0DA 5HNCA 1LSGA 1CKCA 1OUAA 4DD9A 193LA 4OWAA 1KIRC 8LYZA 5KJ9A 1LKRA 1VDTA 4FDYA 4U3XB 2DQEY 1LHMA 3QE8A 1YAOA 1ZV5L 4WG1A 1REZA 4H9CA 4DDAA 2DBTA 4LYZA 3WUAA 4CJ2A 3FI7A 4PRQA 2G4QA 1WVVA 3A90A 3D3DA 1IR9A 1GFKA 1ZMYL 1IC4Y 4NSGA 5DLAA 1GE0A 1LSEA 1BWIA 2YDGA 4H9BA 4UWNA 1BB6A 3EXDA 5HMVA 3LYTA 5LA8A 1FKQA 4N1EI 5IDDA 4ET9A 4AGAA 2ZYCA 1GF3A 2HEFA 3A6BY 4WLYA 4RW1A 4BAFA 1NQIA 3T36A 1TAYA 2G4PA 1GEVA 2Q0MX 1D0MA 1A4VA 4NHPA 5KKJA 2CWIA 1GFJA 2HU1A 1IOQA 4RLMA 4UWVA 1IVMA 4OWBA 3CQLA 5IHGA 2F30A 4NGVA 4II8A 3TXBA 1HELA 1LCNA 4H8XA 1GB6A 4DD1A 4NGLA 2Z18A 1LZCA 4NSIA 1JTPL 1B7OA 1ZVHL 1LZ6A 4NWHA 3WYHA 1YROA 1QUTA 4HP0A 1GFHA 3SP3A 1IWZA 1GAYA 1NBZC 1TCYA 3A92A 3WU9A 4ETDA 3B0OA 1C10A 2WARA 1NDGC 2FYDA 1JTTL 2YBMA 1HENA 2DQGY 1LJEA 2CDSA 4RLNA 4WL7A 2BQFA 1FLQA 2CGIA 1TDYA 1FDLY 3A3QA 1IOCA 1OUIA 1RI8B 1GHLA 4HPIA 1LZBA 4I8SA 1OUFA 3WUNA 4ETBA 1UIDA 4OOOA 4NG8A 4X3BA 1JKCA 4D9ZA 4WM6A 2BQBA 1LHHA 4G49A 5LAFA 3CSRA 2EIZC 3ZVQB 4IASA 4HPEA 4H91A 4B0DA 1GBWA 4NHTA 1FN5A 1HHLA 1YKZX 5LVGA 4CHXA 1JISA 2G4NA 2F2NA 1BGIA 3ATNA 5D5FA 1GF9A 1WQRA 1MLCE 4RDSA 1UICA 4G4CA 5E4PA 5KXPA 3ZEKA 1I20A 4WM5A 4N9RA 4DDBA 4HV1A 1CKDA 5F14A 1IWYA 4B4JA 1GFGA 1F0WA 3D9AC 1OUBA 1XGPC 4HJZA 4NEBA 1LZ9A 3CT0A 4G4HA 4NWEA 2BQIA 2CJLA 133LA 1LTMA 2C8PA 2LZTA 3KAMA 1GF6A 5KXSA 207LA 1GB3A 1B5XA 2AUBA 5FELA 5KXWA 1UIGA 3BKHA 3W6EA 1C43A 1LSPA 2B5ZA 1GD6A 3W6DA 3RT5X 5L9JA 1LHKA 1WQNA 1HFYA 2BQHA 1LZAA 1YKYX 1LMPA 5EBHA 1LZNA 4J0LA 1OQMA 4R6CA 3WPJA 1UIHA 2ZNWY 4KPMA 1VEDA 1WVUA 5LVIA 4CGEA 1OUGA 1LJNA 1QDRA 1TEWA 4TWSA 1GE2A 4GLAA 1J1OY 4WM2A 4B1AA 1LSFA 1GB9A 3WUMA 3WULA 4TUNA 1HFXA 1VATA 2W1XA 1G7HC 1FLUA 1LSYA 1LMTA 1REMA 1XEJA 5KXTA 2HEEA 4DD0A 1XGUC 4N5RA 4NG1A 1B5VA 5APFA 1GBSA 3HFMY 1HMLA 1D6PA 4ETCA 2H9JA 3WL2A 2DQJY 3QNGA 3A3RX 5B1FA 1NHEA 1J1PY 1LOZA 1WTNA 2H9KA 4NGWA 1LZRA 3A67Y 1LZGA 2ZNXY 1LSNA 1LSCA 2FBBA 2Z2FA 4GN3A 3F6ZA 1JHLA 4BS7A 4NFVA 1LMCA 4PRUA 1YKXX 2DQFC 3M18B 5LXWA 5ILCA 1QTKA 4NGJA 1IR8A 1GF8A 1AT5A 2IFFY 1B2KA 1YIKA 4H92A 4OW1A 3TMVA 4H90A 5F16A 4XJBA 1OUEA 3WPLA 4NGOA 5DM9A 4N0JA 1IR7A 4LYBA 1C45A 1IP6A 1GDXA 1RCMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SB6A 2MEDA 129LA 135LA 2XJWA 1L08A 2ZIKA 3AZ7A 5A3EA 1L92A 1L09A 2BQKA 4TTDA 1DI4A 246LA 2ZILA 4YM8A 4H1PA 1C7PA 5KXYA 1G0MA 252LA 2BQAA 2Q9EA 228LA 1LYZA 4I7PA 1FLWA 4AXTA 1HERA 4ARMA 4DWXA 4NHQA 1C61A 3AGIA 3A34A 3LZ2A 1L14A 1PQOA 1CV1A 1QTHA 1LJGA 3T6UA 1L51A 1L22A 1DQJC 4C3WA 1P2LA 4B4IA 2YBNA 3HDFA 1LZEA 3SBAA 4XJHA 188LA 4HV2A 4LZMA 1DXJA 1L15A 241LA 1KIQC 2YBJA 2CUUA 1L73A 2OE4X 3AYQA 2YSSC 4K5YA 2Z12A 5LINA 249LA 3CDOA 1L63A 1G7MC 1KXYA 3HTFA 1L57A 5D5CA 1FBIX 1NKHA 1UIBA 1LHLA 3AGGG 4QY9A 1GFRA 208LA 4YENA 3WXUA 1B5UA 2NTHA 1W6ZA 1L59A 1KS3A 1DYBA 2B6XA 1IWXA 183LA 1YANA 154LA 4ARPA 3WW6A 108LA 3B72A 4WM4A 4NHIA 4QDNA 1J1XY 4OO9A 5DL9A 2B74A 4OOTA 1LYGA 1DYGA 4W96A 1FKVA 1DPXA 5C6LA 5II3A 1T3PA 3SN6R 191LA 3WU8A 233LA 1L58A 4H8YA 1IP3A 9LYZA 1C6MA 3CSQA 2A7DA 3EMLA 234LA 1CV5A 1LHIA 2F4AA 1C60A 3A91A 1IP2A 2B6WA 1IWVA 3WVYA 1IP1A 6LYZA 1CJ9A 2F47A 1DYCA 1L97A 1V7SA 7LYZA 1B6IA 4WMGA 3CT1A 216LA 3LYZA 2OU8A 1L0JA 1GFAA 3GUNA 4XADA 1SX7A 4KT3A 1K28A 1FLYA 1C63A 1JEFA 4TSCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DQC Y;  2YVB A;  2EKS C;  2HEB A;  1UA6 Y;  2MED A;  4HJY A;  5KXN A;  4B49 A;  2F4G A;  1KXX A;  4ZIX A;  1LZD A;  2IHL A;  1BB7 A;  135L A;  4HTN A;  1G7L C;  2XJW A;  2LYO A;  2MEB A;  1AKI A;  5LVJ A;  1DZB X;  3TMX A;  2EQL A;  3W6B A;  1LYO A;  1H87 A;  1CKF A;  3W6F A;  4IAT A;  1B5Z A;  2ZIK A;  1BVK C;  3AZ7 A;  5KXZ A;  5F9X A;  2BLY A;  1LZS A;  2Z19 A;  5A3E A;  4WG7 A;  5KXR A;  1IOS A;  3RW8 A;  1IP7 A;  1BHZ A;  1IX0 A;  2BQK A;  2DQH Y;  2PC2 A;  4TTD A;  1LMA A;  4LYO A;  1DI4 A;  1KIP C;  3EBA B;  1GB2 A;  1IO5 A;  1DI5 A;  3J4G A;  3IWR A;  2ZIL A;  4YM8 A;  5HLL A;  1N4F A;  3N9A A;  4LT3 A;  4H1P A;  1C7P A;  1UIA A;  5KXY A;  1ZVY B;  1UAC Y;  2BQA A;  4QGZ A;  4Z3M A;  4XJI A;  1C08 C;  1JKD A;  5T3F A;  5LVH A;  1OUC A;  5LAG A;  3WPK A;  1GPQ C;  4ETA A;  5KXK A;  1LYZ A;  2BLX A;  5B59 A;  1B5Y A;  3K3T A;  4H94 A;  2Z38 A;  3TMU A;  1DKK A;  1GF7 A;  3MGW A;  4ZEE A;  1FLW A;  1BWH A;  3AW7 A;  5B07 A;  3N9C A;  2BQO A;  1H6M A;  4LFX A;  3GXR A;  2MEC A;  1EL1 A; 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 3D9A C;  1OUB A;  1XGP C;  4HJZ A;  4NEB A;  1LZ9 A;  3CT0 A;  4G4H A;  4NWE A;  2BQI A;  2CJL A;  133L A;  1LTM A;  2C8P A;  2LZT A;  3KAM A;  1GF6 A;  5KXS A;  207L A;  1GB3 A;  1B5X A;  2AUB A;  5FEL A;  5KXW A;  1UIG A;  3BKH A;  3W6E A;  1C43 A;  1LSP A;  2B5Z A;  1GD6 A;  3W6D A;  3RT5 X;  5L9J A;  1LHK A;  1WQN A;  1HFY A;  2BQH A;  1LZA A;  1YKY X;  1LMP A;  5EBH A;  1LZN A;  4J0L A;  1OQM A;  4R6C A;  3WPJ A;  1UIH A;  2ZNW Y;  4KPM A;  1VED A;  1WVU A;  5LVI A;  4CGE A;  1OUG A;  1LJN A;  1QDR A;  1TEW A;  4TWS A;  1GE2 A;  4GLA A;  1J1O Y;  4WM2 A;  4B1A A;  1LSF A;  1GB9 A;  3WUM A;  3WUL A;  4TUN A;  1HFX A;  1VAT A;  2W1X A;  1G7H C;  1FLU A;  1LSY A;  1LMT A;  1REM A;  1XEJ A;  5KXT A;  2HEE A;  4DD0 A;  1XGU C;  4N5R A;  4NG1 A;  1B5V A;  5APF A;  1GBS A;  3HFM Y;  1HML A;  1D6P A;  4ETC A;  2H9J A;  3WL2 A;  2DQJ Y;  3QNG A;  3A3R X;  5B1F A;  1NHE A;  1J1P Y;  1LOZ A;  1WTN A;  2H9K A;  4NGW A;  1LZR A;  3A67 Y;  1LZG A;  2ZNX Y;  1LSN A;  1LSC A;  2FBB A;  2Z2F A;  4GN3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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