4E97A

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-mercaptoethanol bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4e97A00
4EKQA 3ODUA 3HT9A 3G3WA 152LA 1C6AA 1L64A 3DN1A 3DMZA 139LA 1DYCA 187LA 184LA 1QT6A 221LA 1QS5A 1L58A 1LWKA 1L49A 1PQIA 1KW7A 3SB8A 1T6HA 2RBQA 3HTFA 2A4TA 2B70A 4E97A 234LA 3HU8A 4DAJA 1LI6A 2RAZX 1LGUA 166LA 2RBSA 1C6HA 1L84A 1L40A 1D9WA 3SB7A 2LCBA 2B6XA 3FA0A 131LA 2HUMA 104LA 1L47A 1LWGA 118LA 189LA 1G1WA 3GUMA 1B6IA 2OU9A 1C62A 1NHBA 216LA 1LYEA 1L68A 4I7SA 4YXCA 1C6FA 1C6CA 1CUQA 1QTZA 1L36A 1L29A 1P5CA 129LA 114LA 1L71A 165LA 3CDTA 102LA 249LA 1C67A 214LA 2L78A 1G07A 238LA 108LA 1LYIA 4W58A 2Q9DA 3HTGA 1L99A 1L41A 3PDSA 1L23A 172LA 1G1VA 1CU0A 2B6TA 3GULA 111LA 3QAKA 1L37A 2OE7X 4I7PA 5LZMA 219LA 3SB6A 1D2WA 3CDVA 3RUNA 236LA 1L26A 4I7OA 1L85A 128LA 176LA 1P2LA 1L14A 1QTHA 2RB0X 1L42A 1P3NA 2OE4X 1L34A 1LYJA 232LA 1XJTA 5I14A 3F9LA 1QT4A 3NY9A 2Q9EA 4IAPA 248LA 1L04A 3DN6A 239LA 1L81A 1OV7A 197LA 1QTBA 1QUHA 3DNAA 3D4SA 1PQMA 4EKRA 1L11A 1L97A 223LA 4I7MA 1K28A 2B7XA 4LZMA 2B72A 1D3JA 4DJHA 244LA 1C60A 2RBOA 4I7NA 1L63A 1L10A 1SWYA 1C63A 180LA 1KY1A 1L54A 3C81A 218LA 1DYGA 3HT8A 3NY8A 211LA 1CTWA 210LA 4I7JA 201LA 3EMLA 4ARQB 1CUPA 251LA 1C6DA 1XEPA 1JQUA 1OV5A 144LA 149LA 1DYDA 3HUQA 4W52A 2NTGA 1LGWA 1CV3A 1LI2A 160LA 4EJ4A 1T97A 2Z6BA 171LA 1P46A 110LA 168LA 1L22A 246LA 4I7RA 3SB5A 188LA 3SBAA 1L56A 1L48A 1CV4A 1L39A 252LA 4EPFA 3C80A 1C6KA 1SWZA 1L59A 1KNIA 259LA 3G3VA 242LA 4YXAC 4EPIA 2B6WA 1SX2A 1QUOA 1L57A 2RAYX 4DKLA 2RBPA 3PBLA 3DN3A 1L65A 1L30A 3HH6A 141LA 1L25A 170LA 2RBNA 1C6IA 1CX6A 1G0JA 2O4WA 2HUKA 1JTMA 1D3FA 205LA 1JTNA 1L33A 1OWYA 213LA 2B75A 1G0PA 254LA 3C82A 206LA 3F8VA 1L38A 1LGXA 1C6EA 237LA 1ZURA 162LA 122LA 3HT6A 4LDOA 167LA 1L87A 233LA 138LA 228LA 140LA 1L44A 4ARMA 1P37A 1P2RA 146LA 250LA 230LA 1QTVA 4LDEA 125LA 1CU3A 1P36A 1L45A 127LA 3L64A 3HH4A 1P6YA 1QT5A 3GUOA 1TLAA 1SSYA 1L80A 241LA 1C69A 1CU2A 191LA 1C6JA 2B6ZA 1L07A 1SX7A 1L13A 3HTBA 3HTDA 261LA 1XJUA 4ZPUA 1WTHA 2LZMA 1L21A 2HULA 1L00A 1L35A 1DYEA 1LYHA 137LA 169LA 1D3NA 3HUKA 3OE0A 3HDFA 1L55A 4I7QA 260LA 1P56A 157LA 1ZWNA 1L16A 1L98A 1QUDA 1D3MA 115LA 3HWLA 1PQDA 1L93A 1T8AA 3CDOA 2RB2X 1L28A 1G06A 1L67A 215LA 107LA 1L19A 3HDEA 1CV6A 1L60A 4I7KA 3DMVA 182LA 173LA 1OYUA 3CDRA 3GUJA 1LYGA 1KS3A 1I6SA 1OVKA 163LA 3LZMA 1EPYA 1L0KA 1C6MA 1L15A 3C83A 3C7ZA 3C8RA 183LA 2OEAX 1L18A 1L31A 145LA 1L77A 4EXMA 4W55A 4W59A 240LA 1PQJA 185LA 150LA 1CU5A 1LYDA 224LA 1L74A 1G0GA 1L73A 3RZEA 3SN6R 1L76A 1L88A 258LA 199LA 1QTDA 1L51A 161LA 3DN4A 1L27A 1L96A 3G3XA 257LA 2RBRA 3C7YA 227LA 177LA 1L50A 1QTCA 3HT7A 3GUPA 4GBRB 4W57A 3OE6A 3L2XA 3C8QA 4W51A 1QS9A 1CX7A 112LA 1L72A 1L86A 1OVJA 2OTYX 1L03A 1C6QA 2NTHA 7LZMA 4OO9A 2B74A 109LA 1KW5A 2B73A 147LA 3OE8A 4S0WA 2RB1X 3CDQA 4LDLA 3V2YA 3DMXA 3NYAA 3GUIA 2B6YA 1C65A 1QSQA 1CV0A 231LA 1C61A 1L69A 103LA 4K5YA 253LA 4GRVA 3UONA 2RH1A 148LE 1DYFA 4PK0A 209LA 2ANXA 1OWZA 2IGCA 4W53A 4ARQA 1L05A 158LA 1L12A 1L94A 1QT7A 1LPYA 3DN0A 1L20A 1L75A 3OE9A 1C64A 2LC9A 1PQOA 3FI5A 2QARC 1G0LA 143LA 2OE9X 178LA 3HH5A 1L46A 1OVHA 1KY0A 1L24A 181LA 2O79A 4I7TA 1L02A 190LA 1L08A 2F32A 1L17A 245LA 4YX7C 3HH3A 1L32A 3SBBC 1D2YA 212LA 1G0KA 164LA 192LA 1QSBA 235LA 4W54A 159LA 1QT3A 3GUKA 1CU6A 2OU0X 3VW7A 3FADA 1L66A 1LW9A 256LA 1DYAA 1C6GA 3K2RA 1LYFA 1L52A 186LA 4EKPA 1PQKA 126LA 1L53A 1P64A 1L43A 4AQNA 255LA 195LA 1LLHA 1P7SA 1T8FA 3C8SA 1L09A 2CUUA 1L70A 1L0JA 4ARJA 174LA 6LZMA 1L92A 1G0QA 1ZYTA 156LA 2ANVA 151LA 1C68A 4PJZA 1L61A 3V2WA 1L62A 262LA 3C7WA 1L89A 1LI3A 4W56A 175LA 123LA 1C6PA 3HU9A 2F2QA 1C6TA 196LA 1G0MA 198LA 1L06A 220LA 2QB0B 2OTZX 1T8GA 217LA 1C66A 200LA 226LA 1CVKA 2O7AA 3GUNA 4EKSA 4I7LA 4ARPA 1DYBA 1L95A 222LA 2OU8A 130LA 1SSWA 229LA 225LA 4ARLA 247LA 243LA 3DN2A 155LA 119LA 1L01A 1L82A 1C6BA 120LA 1L90A 142LA 4ARMB 1C6LA 3SB9A 3DKEX 3JR6A 3DN8A 1L83A 1CV5A 1L91A 1QT8A 3HUAA 1QUGA 2F47A 1C6NA 1CV1A 1L79A 113LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X3BA 1GF9A 1C6AA 1L64A 1DI3A 4KL7A 139LA 3LHMA 2EIZC 1QT6A 3ZVQB 1L49A 1KW7A 1KXWA 1LI6A 2RAZX 1G7JC 3B0OA 4DYGA 2B6XA 2H9KA 3FA0A 2HUMA 4OWCA 4NSJA 1IR9A 4B4IA 1YAMA 1G1WA 5L3HA 1HHLA 1QUTA 1RE2A 1L36A 1L29A 1E8LA 1UIAA 207LA 165LA 4E3UA 1B5ZA 1C67A 214LA 1GFHA 108LA 1LYIA 1IR8A 1VFBC 1L23A 2B6TA 3ZVQA 1L37A 1DPWA 1KXYA 3RUNA 1GEZA 3RU5A 5C6LA 4I7OA 5B06A 4DD9A 5T3FA 1P3NA 232LA 1QT4A 1XGQC 2BQIA 2Q9EA 1LKSA 4NGZA 1L04A 2YBIA 1YIKA 3TXDA 1IP7A 1RFPA 2HECA 2XBRA 1PQMA 223LA 5LAGA 4I7MA 3W6EA 4H92A 3QY4A 1HERA 4LT2A 1IO5A 2YVBA 2DQEY 5HNLA 4ML7A 3GXRA 1LMPA 180LA 218LA 3CB7A 1D0MA 1OP9B 1DYDA 1NDGC 2NTGA 1LGWA 3A3RX 3ATNA 5EBHA 1WVVA 4EJ4A 1T97A 5HMJA 5DM9A 3WU7A 1L22A 1CJ7A 1L48A 1HMKA 3P65A 1KNIA 4YXAC 1QUOA 1L57A 1GAYA 5L9JA 1XGPC 5LXWA 3CT0A 3WW5A 2Z12A 3DN3A 1L30A 3HH6A 4WL7A 4WO9A 170LA 2B5ZA 4H8YA 1CX6A 1FDLY 1A4VA 1JTNA 1LGXA 162LA 1HENA 2ZILA 1VDSA 4HPIA 4TX7A 4ARMA 4G4BA 1P37A 1JJ3A 125LA 1L45A 4ETEA 3HH4A 1QT5A 1SSYA 5KXPA 1L80A 3W6CA 1QUSA 1JWRA 191LA 1BVXA 1GXV2 1GF0A 4ET9A 1SX7A 3HTBA 1XFPL 3HTDA 1DKKA 4H94A 1GBOA 1XJUA 4DQ7A 2LYMA 1JPOA 4DQ5A 1YQVY 2DQIY 3B0KA 4LZTA 1UIDA 4GCEA 4OWEA 4PJ2C 4GCFA 3WU8A 260LA 4OOOA 157LA 3A34A 1LZ1A 3HWLA 2XQOA 4J7VA 2MECA 1JJ1A 2HU1A 2RB2X 215LA 1L19A 1L60A 4I7KA 3DMVA 182LA 173LA 1BWIA 3GUJA 1CKCA 1KS3A 3TXFA 1EPYA 1L0KA 2F2NA 183LA 2BQKA 1L18A 145LA 4EXMA 240LA 1YAPA 4N1CC 4FDYA 150LA 132LA 1AKIA 1DI4A 2I26L 4XADA 1L76A 1L88A 4FJRA 1LJJA 2BQCA 199LA 1SLYA 1LSFA 1QTDA 161LA 5LVIA 1QSAA 4B1AA 1GB7A 3C7YA 1LMTA 2G4QA 9LYZA 3GUPA 1IR7A 4GBRB 3OE6A 5KXRA 1UCOA 4W51A 1QS9A 4DD7A 1OVJA 1LZYA 1C6QA 3G3AB 3A95A 4TWSA 7LZMA 1LZTA 2F4AA 1LHHA 3WXUA 1VAUA 1GBYA 1CV0A 3HFMY 3ZEKA 3LZTA 3UONA 1GAZA 3WULA 2RH1A 3J4GA 5F9XA 209LA 4ARQA 2FBBA 1QT7A 3DN0A 1L75A 5I4YA 1UACY 4DD2A 1DXJA 1GE0A 143LA 5KXMA 1IX0A 2LYOA 181LA 5HLLA 1L02A 2Y8PA 1L08A 3HH3A 4NHTA 4J0LA 1RI8B 3F6ZA 1WTMA 5LA8A 2YBLA 1N4FA 4CFPA 1QSBA 4G4HA 1OUEA 4W54A 1C43A 159LA 3W6AA 1QT3A 1CU6A 1HSXA 4WM5A 4LGKA 1DYAA 2N5ZA 4EKPA 4GCDA 1IP4A 126LA 2DBTA 1GFKA 4NSGA 4OWAA 1LLHA 1P7SA 1GE4A 1LHLA 1J1XY 3C8SA 1JEFA 1AM7A 1GBZA 1GB3A 2ZYPA 2YBNA 3WH1A 2DQHY 1L92A 1G0QA 156LA 2ANVA 1EQEA 1UC0A 1L62A 262LA 5LVJA 1OUBA 1L89A 1UICA 1C6TA 1RCMA 1REXA 4GN3A 1L06A 220LA 2QB0B 4N5RA 1AZFA 217LA 1JISA 226LA 5KXNA 2HUBA 4H8XA 5DL9A 1NMMA 4ETDA 1TAYA 225LA 1LZ8A 4BS7A 4YEOA 3B72A 119LA 1L82A 4D9ZA 2I6ZA 1EQ4A 120LA 142LA 2ZWBA 1B7OA 2DKVA 3DKEX 1GDXA 1IP6A 3HUAA 2F47A 4IASA 1G7HC 1LZDA 1CX7A 4EKQA 2BLXA 3ODUA 1B7LA 5IDDA 3G3WA 4NGLA 3DN1A 4HPEA 5DN5A 1DYCA 187LA 1QS5A 1L58A 4NSHA 3LYTA 4H9FA 2B70A 4E97A 234LA 3HU8A 4EOFA 1GD6A 1LGUA 1KIPC 1L40A 4GLVA 3GXKA 131LA 1HSWA 1L47A 1LWGA 1LJ3A 118LA 3GUMA 1NHBA 216LA 1L68A 1C6FA 1C6CA 1GEVA 1HNLA 114LA 3CDTA 2MEIA 193LA 3A3QA 1F0WA 249LA 3TMUA 2L78A 1Z55A 4W58A 2Q9DA 1L99A 1L41A 3PDSA 1O23A 1G1VA 4LYZA 1CU0A 111LA 5LYZA 1IIZA 5LZMA 4I7PA 219LA 3P4ZA 1P2CC 1XJTA 4ETAA 3F9LA 4IAPA 4NG8A 7LYZA 248LA 2W1LA 1LJNA 1D9UA 1JSEA 3DN6A 1B7MA 1REMA 1NQIA 1IP3A 1OV7A 197LA 3P66A 1JIYA 4LYTA 5K7OA 4NWEA 3DNAA 3TXKA 1VATA 2YDGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4X3B A;  1GF9 A;  1C6A A;  1L64 A;  1DI3 A;  4KL7 A;  139L A;  3LHM A;  2EIZ C;  1QT6 A;  3ZVQ B;  1L49 A;  1KW7 A;  1KXW A;  1LI6 A;  2RAZ X;  1G7J C;  3B0O A;  4DYG A;  2B6X A;  2H9K A;  3FA0 A;  2HUM A;  4OWC A;  4NSJ A;  1IR9 A;  4B4I A;  1YAM A;  1G1W A;  5L3H A;  1HHL A;  1QUT A;  1RE2 A;  1L36 A;  1L29 A;  1E8L A;  1UIA A;  207L A;  165L A;  4E3U A;  1B5Z A;  1C67 A;  214L A;  1GFH A;  108L A;  1LYI A;  1IR8 A;  1VFB C;  1L23 A;  2B6T A;  3ZVQ A;  1L37 A;  1DPW A;  1KXY A;  3RUN A;  1GEZ A;  3RU5 A;  5C6L A;  4I7O A;  5B06 A;  4DD9 A;  5T3F A;  1P3N A;  232L A;  1QT4 A;  1XGQ C;  2BQI A;  2Q9E A;  1LKS A;  4NGZ A;  1L04 A;  2YBI A;  1YIK A;  3TXD A;  1IP7 A;  1RFP A;  2HEC A;  2XBR A;  1PQM A;  223L A;  5LAG A;  4I7M A;  3W6E A;  4H92 A;  3QY4 A;  1HER A;  4LT2 A;  1IO5 A;  2YVB A;  2DQE Y;  5HNL A;  4ML7 A;  3GXR A;  1LMP A;  180L A;  218L A;  3CB7 A;  1D0M A;  1OP9 B;  1DYD A;  1NDG C;  2NTG A;  1LGW A;  3A3R X;  3ATN A;  5EBH A;  1WVV A;  4EJ4 A;  1T97 A;  5HMJ A;  5DM9 A;  3WU7 A; 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