4EKPA

T4 lysozyme l99a/m102h with nitrobenzene bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekpA00
1CV3A 2B70A 4ZPUA 197LA 125LA 1C6IA 171LA 164LA 4YXAC 3HT8A 1L37A 3NY8A 1P46A 143LA 3SB9A 1L52A 1L53A 2O7AA 235LA 1L72A 5LZMA 1C6NA 1P7SA 1LYFA 2ANXA 180LA 215LA 1L71A 1KS3A 1L30A 1L35A 1L82A 1QT7A 1CU6A 1L15A 1G0QA 1L11A 107LA 1C6AA 1L51A 1QTHA 1QS5A 1QTVA 200LA 2L78A 1L96A 2NTHA 1G0JA 1L17A 1L45A 1OWZA 3DN2A 144LA 259LA 7LZMA 1XEPA 1CV5A 1L61A 165LA 118LA 3HUKA 1P36A 3ODUA 3V2WA 217LA 2LC9A 3HH6A 4I7QA 1G0MA 255LA 2ANVA 2RB2X 3OE9A 1L84A 233LA 130LA 1L38A 4ARLA 1DYGA 2OTYX 229LA 2OEAX 1QT8A 1L59A 1QUDA 1C67A 1L16A 2RBRA 1LYGA 1CU2A 219LA 254LA 3CDRA 3CDOA 3K2RA 1C6TA 1LI6A 213LA 1CX7A 261LA 262LA 3C80A 3V2YA 1WTHA 4S0WA 1DYFA 1C6PA 1L21A 1P2LA 227LA 2RBOA 1L13A 1L20A 3DKEX 139LA 1LYIA 1QSQA 4LDEA 1L47A 4E97A 3C7ZA 198LA 1L24A 3DMVA 1L28A 3HT9A 243LA 1P56A 1C6KA 2Q9DA 192LA 1L01A 2IGCA 4AQNA 2OE9X 119LA 151LA 150LA 138LA 3HH3A 4I7RA 3NY9A 1SSYA 248LA 1QUHA 3DN6A 1L90A 1G0GA 1C62A 4EJ4A 240LA 127LA 1L88A 149LA 2LZMA 3GUMA 3PBLA 1L99A 170LA 3D4SA 228LA 146LA 3HT7A 1L40A 1G07A 1T8AA 1I6SA 163LA 1QT5A 4W51A 3GUIA 103LA 3UONA 2QARC 1PQDA 3DMXA 3HUQA 3DN1A 1C63A 1PQJA 3SB5A 4ARPA 2F2QA 1DYCA 1LGXA 247LA 4EPIA 161LA 1P3NA 1L03A 220LA 185LA 4EKRA 1T6HA 2RH1A 1L25A 3G3XA 1C6LA 1KW7A 2OU8A 2RAZX 4I7PA 3C7WA 1XJTA 2RAYX 3HTBA 178LA 3CDQA 3C8QA 1L34A 1QTZA 186LA 1SWZA 142LA 1KY0A 1L07A 122LA 126LA 1L92A 1D3JA 1L81A 1LYEA 1L31A 2CUUA 4ARMB 1L46A 2B6WA 1T8FA 1L75A 256LA 3C8SA 3EMLA 115LA 1TLAA 1CU5A 1L63A 214LA 1G06A 4PJZA 1LI2A 1T8GA 1DYEA 1L58A 1JTNA 1PQOA 1G1WA 1L55A 1P37A 1C64A 1L36A 3DNAA 1PQKA 241LA 3HWLA 3FADA 238LA 112LA 1L98A 1LW9A 1L69A 173LA 1L56A 167LA 174LA 223LA 2B7XA 3C7YA 4GBRB 239LA 3C8RA 1QTDA 1L19A 3GUPA 1QUGA 175LA 2RBSA 1JTMA 3DN8A 1L09A 1QT6A 1L94A 1L14A 1LGWA 222LA 210LA 3HH4A 1C61A 4W52A 3GUJA 109LA 224LA 4LZMA 3OE8A 1G0KA 2RB0X 4DAJA 2Z6BA 1L87A 1LPYA 1XJUA 245LA 1C6GA 3C83A 1G1VA 211LA 2LCBA 1L43A 3CDTA 141LA 2B75A 1L91A 3SN6R 1C69A 1L48A 3HH5A 4ARQA 1CU0A 226LA 2RBPA 4EKQA 1LWGA 1SX7A 129LA 1C60A 1D2YA 4W58A 1C6QA 4LDOA 4I7MA 1P64A 1CV6A 1B6IA 1L06A 1QUOA 4ARJA 1L76A 1QS9A 1G0PA 236LA 2OU0X 140LA 1C6CA 2OTZX 158LA 3HT6A 3HU9A 1CV4A 2Q9EA 3DN3A 2A4TA 1ZYTA 4YXCA 120LA 1L26A 152LA 1C6DA 1L74A 1CUPA 5I14A 1L10A 225LA 1G0LA 145LA 249LA 1P2RA 2OE4X 162LA 1L39A 181LA 3HTFA 1OVHA 1C6BA 1CV1A 2B6TA 1L86A 209LA 131LA 2NTGA 3HDEA 1L80A 1LYHA 2OU9A 4I7LA 182LA 206LA 3DMZA 1L41A 1CV0A 252LA 3HTDA 4PK0A 4IAPA 1C6HA 3F9LA 3HDFA 3NYAA 3GUKA 3PDSA 1L00A 4K5YA 1QT3A 2HUMA 1L64A 1CVKA 2B6XA 3OE6A 1D3MA 2OE7X 1D3NA 1L29A 251LA 2RBQA 1C6FA 187LA 2F32A 191LA 169LA 1CTWA 3JR6A 6LZMA 244LA 3GULA 1L05A 1SX2A 258LA 110LA 1PQIA 1SSWA 4ARQB 1QTCA 4EXMA 1L27A 183LA 1C66A 1SWYA 1PQMA 147LA 1D2WA 1L83A 102LA 1L66A 196LA 237LA 2F47A 3LZMA 4DKLA 4W59A 189LA 2B74A 1QT4A 168LA 3GUOA 3SBAA 1L73A 1ZURA 1L42A 2HUKA 104LA 1L93A 230LA 1OVJA 1L62A 1LYJA 1OYUA 4W56A 4OO9A 205LA 114LA 1KNIA 4GRVA 1DYDA 1L89A 1CX6A 4LDLA 111LA 2HULA 260LA 1L54A 1C6MA 2B6YA 4EKSA 3DN4A 1LYDA 176LA 1L33A 4YX7C 184LA 3G3WA 1L57A 2QB0B 123LA 3SB7A 1L65A 253LA 4W55A 108LA 1K28A 1JQUA 1L60A 3SBBC 1EPYA 1D9WA 250LA 1P5CA 3QAKA 218LA 3FA0A 257LA 3SB6A 155LA 157LA 1C68A 4W54A 3OE0A 1CUQA 2RB1X 3C81A 1L04A 3CDVA 188LA 1L08A 2O4WA 2RBNA 4ARMA 2B6ZA 1QTBA 1OWYA 3HUAA 4I7NA 1DYBA 4I7TA 231LA 3HTGA 1L70A 1NHBA 148LE 128LA 160LA 1DYAA 3RZEA 4EKPA 1L12A 199LA 156LA 1L67A 2B72A 1L77A 159LA 221LA 1C6JA 1L97A 3C82A 1D3FA 137LA 2B73A 172LA 3G3VA 4I7OA 177LA 195LA 3VW7A 1L0JA 4W53A 212LA 4W57A 3L2XA 1P6YA 3DN0A 4DJHA 1L85A 1OV7A 216LA 113LA 166LA 1CU3A 1L23A 3L64A 1C65A 3HU8A 1KY1A 1L95A 1L50A 190LA 1L79A 1OVKA 201LA 3RUNA 3FI5A 1L49A 232LA 246LA 4I7KA 1T97A 1QSBA 1OV5A 1LGUA 1L68A 1L22A 1L18A 4I7JA 3GUNA 1KW5A 234LA 2O79A 1LWKA 1LI3A 1L32A 242LA 1C6EA 3SB8A 1LLHA 3F8VA 1L02A 4I7SA 1ZWNA 1L0KA 4EPFA 1L44A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UCOA 2BAAA 171LA 2HEDA 4HV1A 1LSNA 1J1XY 4WOAA 4XJBA 1CJ6A 1VATA 1L37A 5LVGA 5FCPA 4LT1A 2DQIY 1FLYA 1IP6A 1GFVA 107LA 2YBMA 1QS5A 1QTVA 3A3QA 2L78A 4IATA 208LA 4G49A 1A2YC 1L45A 1JUGA 1HSWA 4ETCA 1OUFA 1XGRC 7LZMA 1AT5A 5APCA 5J7CA 1JKDA 4NG1A 8LYZA 1LMTA 3P68A 1GEVA 4PHIA 165LA 118LA 1Z55A 3HUKA 1P36A 1HC0A 2D4IA 1L84A 233LA 4I0CA 3TXDA 1LPIA 4GN3A 5I53A 3EBAB 1WVUA 2OTYX 2DQHY 1IY4A 3ZVQA 1QUDA 1L16A 1GF0A 1LYGA 1CU2A 1GE0A 3A67Y 1C6TA 1LI6A 1CX7A 5I4XA 1C6PA 2B5ZA 4TSCA 1WQOA 1FN5A 2LYMA 198LA 3HT9A 1P56A 1LZRA 4GCFA 4WLTA 4AQNA 1GE3A 1LYZA 3HH3A 3WPKA 2MEAA 3AGGG 1G0GA 1GFHA 3TXEA 2HU1A 240LA 4XJFA 2DQDY 1LSDA 3GUMA 3PBLA 3WUAA 170LA 3D4SA 3HT7A 2G4NA 4OWBA 2ZILA 4HP0A 1I6SA 1JTPL 1DI5A 5LVKA 4W51A 5L9JA 2QARC 1PQDA 1B7SA 3DMXA 1QSAA 4H9CA 4KXIA 1BB6A 3F6ZA 3AZ4A 1DYCA 247LA 4CJ2A 4EPIA 161LA 1L03A 5I54A 3G3XA 3AZ5A 1KW7A 2OU8A 4NY5A 5F14A 4ETBA 3HTBA 2RAYX 4NHTA 178LA 3CDQA 1HMKA 186LA 1IOTA 142LA 5LYMA 1JTOL 4HTQA 2MEHA 1F10A 3G3AB 5HLLA 1C46A 4NGVA 1WTMA 256LA 4BAPA 3C8SA 1MELL 1F6RA 5KXWA 115LA 5I4WA 4G4HA 1L63A 3QNGA 1B7QA 3HBHA 1L58A 4NG8A 4O34A 5KKJA 1C64A 1FKVA 3DNAA 1NBZC 3TMUA 4E3UA 112LA 1IWVA 3QE8A 5F9UA 173LA 3T6UA 4GN4A 1VFBC 239LA 1QDRA 1QTDA 2BQDA 1L09A 4LT3A 4RW1A 1C08C 4NHIA 3HH4A 1LMAA 1O23A 245LA 5LXWA 4QGZA 3RU5A 1KXXA 2LCBA 3CDTA 2YBLA 1L48A 5IDDA 1C60A 4OWHA 1C6QA 4LDOA 1NMMA 1LSGA 3FE0A 3P4ZA 1G7JC 1B6IA 4ARJA 5LVJA 236LA 1C6CA 2MECA 4PPOA 2OTZX 1PZYA 1YKYX 3HT6A 1B5VA 1B7NA 1QIOA 2YBNA 1VEDA 2A4TA 120LA 4LYCA 1B7MA 1C6DA 1GFJA 1NDMC 3K3TA 1L10A 249LA 4EOFA 1ZV5L 162LA 1OVHA 1IR9A 2B6TA 1EL1A 1IWWA 1IC7Y 1L80A 1LYHA 2OU9A 4RW2A 4I7LA 1JISA 3ATNA 1BWIA 1L41A 4HPIA 4PK0A 1C6HA 135LA 3F9LA 1C43A 1LZ4A 3WULA 1LJ4A 3M18B 1L00A 4K5YA 1L64A 5DM9A 1D3NA 1C45A 4GCBA 1PS5A 2RBQA 1C6FA 1CTWA 3JR6A 3WW6A 1AT6A 244LA 4LFXA 1SX2A 2Z18A 110LA 1DI4A 1YKXX 1W6ZA 5L3HA 1L27A 1WQRA 4CGEA 3W6FA 5E9RA 1MLCE 1VDSA 196LA 237LA 2Z38A 4DKLA 4W59A 1QT4A 4G4CA 3SBAA 4C5FA 5LIOA 1L93A 1OVJA 1LJJA 4OO9A 114LA 1B2KA 4W94A 5KXMA 1DYDA 4NHSA 4LDLA 1YQVY 4U3XB 111LA 2ZYCA 4DYGA 1L54A 4ET9A 1LZNA 1QUSA 2ZWBA 2N5ZA 1L33A 1HFZA 2HECA 5KXXA 207LA 2YSSC 1KXYA 4GCCA 1JQUA 3TXKA 1DKJA 1L60A 3SBBC 4UWUA 3QAKA 5KJ9A 3SB6A 1LCNA 3T36A 1L08A 4NWHA 4XYYA 1GFUA 1WTNA 2A7DA 2RBNA 2BQCA 1QTBA 4H94A 4WM6A 4ARMA 4I7NA 3FI7A 1DYBA 231LA 4WO9A 5FELA 2EPEA 3AB6A 2EIZC 5L3IA 1JKAA 2LYOA 3RZEA 3SP3A 4DQ5A 1L12A 1L67A 2B72A 4NSIA 1L97A 1JIYA 4H93A 1D3FA 3B0IA 4NGKA 2F4GA 172LA 4N1CC 177LA 1L0JA 5T3FA 4DJHA 1UIEA 1L85A 1OV7A 2ZIKA 113LA 1NDGC 166LA 1CU3A 3GXKA 3W6AA 1KY1A 1L95A 1L50A 190LA 4CFOA 3AZ7A 3CB7A 5KXYA 1L18A 4I7JA 2BQNA 1ZVHL 1LI3A 242LA 1LYSA 3SB8A 1LLHA 1L02A 4I7SA 2B70A 4NEBA 1C6IA 1LZTA 1OUHA 164LA 1REXA 5HNCA 1XEJA 4YXAC 1G7MC 235LA 3P64A 1P7SA 2ANXA 1ZVYB 215LA 1L71A 1KS3A 1L30A 1OUBA 2F30A 1QT7A 4OOTA 1GE1A 3RZ4A 4B1AA 3WVXA 1G0JA 1HF4A 5HMVA 3DN2A 144LA 1UIGA 4NIJA 3ODUA 1BVKC 2Y8PA 2LC9A 3WUMA 5KXOA 1G0MA 2RB2X 3RT5X 1SQ2L 1GF9A 1DYGA 5KXKA 1IP3A 4C3WA 229LA 3WVYA 1QT8A 3CDOA 254LA 4OWCA 4B4IA 261LA 1XGUC 4S0WA 1DYFA 2RBOA 5FSTA 1B7OA 5KXLA 4DD1A 5I5QA 1QSQA 5E4PA 1L47A 1GF6A 4G4BA 3C7ZA 4HTKA 3DMVA 1QSWA 243LA 1C6KA 1L01A 1FLWA 151LA 2HEAA 3P65A 2BQAA 3NY9A 2C8PA 3LYTA 1FKQA 1RI8B 1UUZC 3OK0A 1QUHA 1TEWA 1LJFA 1XEIA 3QY4A 1C62A 5KXRA 1FLUA 1L88A 1GXXA 4J0LA 1UICA 3RNXA 2A7FA 4N1EI 1T8AA 163LA 1B5WA 103LA 1TBYA 1C63A 2BQHA 2MEFA 1T6HA 1T3PA 3C7WA 2DKVA 2VB1A 3C8QA 4OOOA 1L07A 1I56A 4LYBA 1LMNA 4FJRA 4G9SA 1D3JA 1B7RA 1L81A 5HQ1A 1LJIA 3EMLA 1D6QA 1GBOA 4NFVA 1TLAA 214LA 1G06A 4PJZA 1HHLA 1LI2A 3HBDA 3LZTA 1DYEA 2BLYA 1P37A 1LSPA 3P66A 1KXWA 7LYZA 4H90A 2EQLA 1PQKA 241LA 3HWLA 1FBIX 3W6EA 174LA 3BKHA 3W3EA 3GUPA 1QUGA 4WM3A 2DQEY 1IWXA 1HEMA 1GB2A 1VDPA 1LZYA 222LA 210LA 1E8LA 1LSEA 4W52A 109LA 4Z3MA 1G0KA 2RB0X 4DAJA 5APEA 2Z6BA 1L87A 1XJUA 2LZ2A 2BPUA 1UIDA 4DDCA 1HELA 2FYDA 3EO5A 3TMVA 5C6LA 5DN4A 1ZMYL 3SN6R 3HH5A 4ARQA 1LWGA 4DD7A 1GF4A 1OUDA 1V7SA 4LYOA 4NSJA 4H8ZA 1QS9A 2OU0X 1G0PA 158LA 3AW7A 1EQEA 1J1OY 1VDQA 1CV4A 1A4VA 194LA 4DD0A 1V7TA 3KAMA 2XBRA 1IORA 1L74A 1JJ3A 4RLNA 145LA 5LYZA 2W1LA 4YOPA 1L39A 4N5RA 3A6BY 1LJGA 1F0WA 1GFGA 1L86A 3IJUA 5FDJA 1CJ7A 5KXPA 3HDEA 2NTGA 1GF7A 4TUNA 4NGJA 1QQYA 1IWYA 1YAPA 2BQGA 5KXSA 3ZVQB 3PDSA 4MR1A 2HUMA 4WLXA 2LYZA 1OUCA 2DQGY 4XENA 191LA 6LZMA 1TDYA 3GULA 258LA 4ARQB 1OUEA 1LSMA 4GN5C 1CJ8A 1CKDA 5AMYA 1LTMA 2F2NA 1D2WA 1GAZA 1YILA 4DD2A 2B74A 168LA 2D4JA 5DN5A 230LA 1XFPL 4OWAA 1OYUA 4W56A 1D0LA 1LOZA 4WO6A 3W6CA 5ILCA 4GRVA 5M1YA 4UWNA 2HULA 1B5UA 4WG1A 3CT1A 3D3DA 1IP4A 3ZEKA 3DN4A 1LYDA 184LA 5IELA 3G3WA 2QB0B 1L57A 1JSFA 3OJPA 1GB7A 3SB7A 4DC4A 1GAYA 1K28A 1IO5A 5B06A 3W6BA 1EPYA 250LA 4LYZA 1GF3A 3CSZA 3FA0A 257LA 4UWVA 2Z39A 1C68A 4N8ZA 188LA 2O4WA 1CKFA 2HEEA 3B0KA 4H1PA 3HTGA 1BB4A 1NHBA 1F6SA 4H8XA 160LA 4P2EA 4EKPA 156LA 2FBDA 4LGKA 4L41A 3C82A 2W1YA 3AZ6A 3WU8A 195LA 2RSCA 3VW7A 1DPWA 4ET8A 3L2XA 1WVVA 216LA 2YBIA 1KIPC 1REZA 2Z2FA 1REYA 3L64A 2HU3A 1C65A 3HU8A 1OVKA 201LA 246LA 4I7KA 1I1ZA 1T97A 1OV5A 3A96A 1UACY 1CKHA 3CSRA 1JJ0A 3GUNA 1LJNA 2O79A 4A7DA 1L32A 4H9HA 3CQLA 1LZEA 3A94A 1OQMA 4ANRA 1L0KA 1YROA 1IC5Y 2I25L 4LYTA 1CV3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UCO A;  2BAA A;  171L A;  2HED A;  4HV1 A;  1LSN A;  1J1X Y;  4WOA A;  4XJB A;  1CJ6 A;  1VAT A;  1L37 A;  5LVG A;  5FCP A;  4LT1 A;  2DQI Y;  1FLY A;  1IP6 A;  1GFV A;  107L A;  2YBM A;  1QS5 A;  1QTV A;  3A3Q A;  2L78 A;  4IAT A;  208L A;  4G49 A;  1A2Y C;  1L45 A;  1JUG A;  1HSW A;  4ETC A;  1OUF A;  1XGR C;  7LZM A;  1AT5 A;  5APC A;  5J7C A;  1JKD A;  4NG1 A;  8LYZ A;  1LMT A;  3P68 A;  1GEV A;  4PHI A;  165L A;  118L A;  1Z55 A;  3HUK A;  1P36 A;  1HC0 A;  2D4I A;  1L84 A;  233L A;  4I0C A;  3TXD A;  1LPI A;  4GN3 A;  5I53 A;  3EBA B;  1WVU A;  2OTY X;  2DQH Y;  1IY4 A;  3ZVQ A;  1QUD A;  1L16 A;  1GF0 A;  1LYG A;  1CU2 A;  1GE0 A;  3A67 Y;  1C6T A;  1LI6 A;  1CX7 A;  5I4X A;  1C6P A;  2B5Z A;  4TSC A;  1WQO A;  1FN5 A;  2LYM A;  198L A;  3HT9 A;  1P56 A;  1LZR A;  4GCF A;  4WLT A;  4AQN A;  1GE3 A;  1LYZ A;  3HH3 A;  3WPK A;  2MEA A;  3AGG G;  1G0G A;  1GFH A;  3TXE A;  2HU1 A;  240L A;  4XJF A;  2DQD Y;  1LSD A;  3GUM A;  3PBL A;  3WUA A;  170L A;  3D4S A;  3HT7 A;  2G4N A;  4OWB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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