4EKSA

T4 lysozyme l99a/m102h with isoxazole bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4eksA00
1D9WA 3K2RA 1LI2A 1L64A 1CV0A 3DN4A 128LA 206LA 1C62A 1D2YA 1PQDA 1QT4A 1LYDA 3CDVA 2RBPA 4W56A 1LYGA 1T8GA 1DYBA 216LA 131LA 125LA 5I14A 1KY0A 2RB2X 1JTNA 1L0KA 170LA 210LA 1CU5A 1L91A 3G3VA 1L72A 1QTCA 1LYFA 3NY8A 139LA 232LA 1G0KA 188LA 3HTBA 2RBQA 3DKEX 245LA 1C6IA 3GUKA 1L11A 2RBRA 4ARPA 1L03A 150LA 1SSYA 1L06A 3PBLA 220LA 7LZMA 1L04A 1L54A 3RUNA 1L84A 3DN6A 1CV4A 228LA 142LA 3UONA 189LA 1PQOA 3HU8A 1QUDA 1QTDA 2LCBA 1ZWNA 4W54A 3DMXA 1L05A 102LA 2HUKA 4ARLA 127LA 1QUOA 4PJZA 1CU2A 1DYEA 223LA 1C6EA 1DYGA 244LA 4AQNA 1C60A 1KW5A 3GUOA 1DYFA 3HDEA 2RB1X 1L76A 3HH6A 4I7KA 1C6JA 1L77A 1P5CA 1L17A 1P3NA 205LA 1OVJA 1T8FA 1LWGA 1DYAA 190LA 1L14A 1L47A 182LA 4I7OA 3FA0A 1C64A 2RBOA 191LA 164LA 3SB8A 1OWZA 2O79A 151LA 156LA 4E97A 1G1VA 1L34A 1XEPA 1C6BA 1C6TA 2RBSA 4EKRA 152LA 3C81A 1L22A 2OTZX 1L28A 2NTGA 4W55A 253LA 1P7SA 4EPFA 123LA 1PQKA 1L75A 248LA 3HTFA 137LA 3GUNA 1L94A 1SSWA 1P46A 2NTHA 4I7TA 4DJHA 246LA 2L78A 4ARMA 3SB5A 3HH4A 1L42A 1G0MA 149LA 197LA 252LA 104LA 1L15A 1L89A 167LA 138LA 1P36A 1C6PA 3DMZA 4ARMB 3C8RA 161LA 110LA 1QTVA 3DMVA 3DN1A 1L63A 1L19A 1G07A 213LA 1L51A 214LA 1LWKA 4ZPUA 1L65A 1L08A 2B6WA 144LA 2IGCA 1C6MA 3HUKA 231LA 2QB0B 239LA 1L21A 3C8QA 1XJUA 3EMLA 1C6DA 3SBAA 257LA 1L79A 1L95A 1DYCA 3DN2A 3QAKA 1L30A 1CV3A 1NHBA 217LA 126LA 1L10A 1C6AA 1P2LA 1T6HA 2B7XA 172LA 1C6NA 3HTGA 6LZMA 3V2YA 1LYIA 184LA 1D3NA 1C6QA 229LA 1DYDA 3SB7A 1QT8A 1L90A 145LA 1G06A 107LA 1L74A 4W51A 1L00A 1L86A 1JTMA 1L80A 5LZMA 4GBRB 171LA 3V2WA 1L88A 3OE8A 1KS3A 255LA 1L38A 2B75A 2B6ZA 1L24A 1SX7A 2OTYX 2RH1A 4YXAC 1L58A 1L92A 1C6CA 1L43A 3GUMA 113LA 2Z6BA 111LA 234LA 108LA 2RAZX 1LGWA 4DAJA 177LA 166LA 4K5YA 1L09A 1QT5A 3NYAA 1L81A 3C8SA 1CTWA 1I6SA 2Q9EA 4W53A 1L96A 4I7SA 3SB6A 4LDLA 3GUIA 1JQUA 186LA 1C6LA 1P56A 181LA 2LC9A 1CU3A 1SWZA 1LI6A 2F32A 1C6KA 2F47A 233LA 1L39A 1QUGA 260LA 3OE6A 1ZYTA 4EJ4A 3SBBC 1LPYA 1C67A 3SB9A 3C7YA 221LA 119LA 4W57A 178LA 3C80A 1C66A 1L44A 3L2XA 1L48A 243LA 148LE 157LA 2B74A 262LA 3FI5A 1L97A 1C68A 3HH5A 3ODUA 3FADA 3DN8A 158LA 1L66A 4ARQA 1CV1A 3CDTA 1L13A 3HU9A 227LA 1LYJA 1QT6A 3NY9A 175LA 1CU0A 1PQMA 3F8VA 1L62A 1LLHA 3OE9A 4LDEA 201LA 4ARQB 215LA 2B70A 2OE9X 1G0QA 169LA 4PK0A 4W59A 1L50A 155LA 3RZEA 1LYHA 2ANXA 1L31A 2B6TA 1D3FA 1CX7A 4EKPA 3DN3A 1L59A 3D4SA 168LA 1D2WA 3HT7A 1L98A 1QUHA 3HUQA 1C69A 1L36A 122LA 1C6GA 1QT7A 2B6YA 3DN0A 218LA 1C61A 3DNAA 3C82A 212LA 4I7MA 1L85A 1OVKA 1L23A 1C6FA 2F2QA 3HUAA 251LA 2A4TA 1XJTA 120LA 3LZMA 1L55A 1OV5A 1L20A 3CDRA 1P6YA 174LA 1QSBA 2QARC 1KNIA 1OYUA 1QS5A 114LA 196LA 1D3MA 199LA 3C83A 4I7LA 2OEAX 1L35A 3HDFA 1L60A 2LZMA 1P2RA 1D3JA 1TLAA 1L07A 3HWLA 238LA 183LA 1P64A 242LA 1QTZA 1L37A 2OU8A 4I7QA 173LA 1G0JA 1L70A 4EPIA 1K28A 3HT9A 3C7ZA 3CDOA 1KY1A 118LA 3GUPA 1CVKA 1P37A 2OU0X 1CUPA 1T8AA 4S0WA 209LA 1L26A 1L0JA 256LA 2O7AA 1CV6A 3JR6A 2OE4X 240LA 2O4WA 200LA 115LA 4I7RA 1OWYA 1L52A 235LA 2HULA 195LA 165LA 3PDSA 1C6HA 1L18A 1QSQA 224LA 3HT6A 1CU6A 1KW7A 226LA 1LI3A 1L53A 4EKSA 143LA 1L29A 1PQJA 147LA 112LA 1G0LA 1ZURA 1L40A 2OU9A 247LA 1L93A 159LA 130LA 2OE7X 1L46A 4OO9A 1L73A 1L25A 185LA 2HUMA 4DKLA 3HT8A 129LA 2RB0X 1L83A 3C7WA 1WTHA 141LA 1L71A 1L61A 225LA 109LA 4YX7C 1G0GA 4GRVA 230LA 3G3XA 1OV7A 3L64A 1L27A 254LA 2B73A 187LA 258LA 103LA 1OVHA 259LA 241LA 4EKQA 4EXMA 1QS9A 249LA 236LA 1CUQA 1LGUA 1L68A 4I7PA 1CV5A 1SX2A 3VW7A 198LA 1L02A 211LA 1PQIA 3GUJA 4YXCA 1L01A 1QT3A 3HTDA 3GULA 4IAPA 2B72A 1L56A 2Q9DA 1L99A 1QTBA 1LW9A 1G1WA 1L12A 1T97A 4LZMA 1C65A 2RAYX 1LGXA 2CUUA 3G3WA 1C63A 3CDQA 1CX6A 3OE0A 160LA 180LA 1L87A 222LA 4W58A 1QTHA 176LA 1L45A 163LA 1L33A 4ARJA 4W52A 261LA 1L57A 1L41A 1L67A 1EPYA 1L32A 1G0PA 1L82A 1SWYA 192LA 1L16A 3HH3A 3SN6R 1B6IA 237LA 140LA 4LDOA 2RBNA 250LA 2B6XA 146LA 4I7NA 1L49A 3F9LA 162LA 219LA 2ANVA 1LYEA 4I7JA 1L69A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E8LA 1C10A 1LI2A 3DN4A 5C6IA 4LT0A 1EQ4A 1QT4A 4W56A 2RBPA 4HJZA 3RNXA 1DYBA 1DPXA 125LA 3AJNA 5I14A 1UIDA 2RB2X 5LVJA 1J1XY 3TXBA 1L91A 1FN5A 1L72A 3WU7A 3HTBA 2YVBA 2RBQA 4NHTA 3A94A 1RE2A 1NBYC 5FELA 5IELA 1L54A 4L41A 1AT5A 194LA 3AGIA 1XGPC 1CV4A 3UONA 4H93A 3HU8A 1QUDA 1NDGC 2HUKA 4OWEA 1CU2A 1LZ9A 3WULA 1CKGA 4H9FA 5IHGA 6LYTA 2A7DA 2VB1A 3FI7A 4J1AA 3WL2A 4XENA 1GF9A 3CSZA 1LZ1A 5HNCA 1OVJA 2D6BA 1HMKA 9LYZA 1L47A 2LZ2A 1C64A 1GXXA 1NBZC 4UWUA 1WQNA 1LSPA 3SB8A 1LSYA 156LA 1C6TA 1CKFA 3C81A 2OTZX 4N9RA 4LT1A 1DXJA 3WUNA 1C46A 4H8XA 4XYYA 1LTMA 1L94A 4J0LA 1OUDA 1P46A 2NTHA 4I7TA 3AGGG 1GF7A 1G0MA 5HQ1A 104LA 4NGOA 1C6PA 1XGQC 161LA 3K3TA 153LA 1GBXA 1L65A 1L08A 2B6WA 2F4GA 3WW6A 3EMLA 1XJUA 257LA 1HC0A 4H8ZA 1DYCA 3W6CA 1L30A 4Z3MA 1CKCA 217LA 1GB7A 1BWHA 3P4ZA 5F81A 1LYIA 207LA 1IC5Y 2XTHA 5L9JA 145LA 4NGIA 1UBZA 1CKHA 1L86A 2ZQ3A 3V2WA 1F10A 1LZ8A 4WL7A 3OE8A 1L38A 1GHLA 2B75A 1UCOA 1C6CA 4WLYA 113LA 193LA 4PHIA 108LA 3TXGA 4XJBA 1LGWA 1G7MC 177LA 166LA 1XGRC 1XEJA 4K5YA 1QTEA 1QT5A 1L81A 1BB7A 3SB6A 3WU9A 4GLVA 5DN5A 4LDLA 4EMNA 2H9JA 186LA 1SWZA 4BS7A 4NGLA 2ZIJA 3SB9A 1C66A 1YQVY 1IWTA 4Z41A 4NGKA 2Z37A 1L48A 1IR9A 3FI5A 2NWDX 3B72A 1L97A 3CT1A 4Z98A 4TX7A 3HH5A 3LZTA 3CDTA 1ZV5L 1I1ZA 1O23A 1LYJA 3EMSA 5AMYA 175LA 1CU0A 1LHMA 4C3WA 3D3DA 1PQMA 3F8VA 1L62A 3HBEX 3OE9A 4LDEA 201LA 4PJ2C 3IJUA 2ZYCA 2B70A 3RZEA 1KXWA 4WLDA 1CX7A 3J6KA 3DN3A 1L59A 4YEMA 1L98A 1HEOA 2ZILA 3QNGA 3EBAB 1LSNA 1EL1A 122LA 1QT7A 2BLYA 1OQMA 3D9AC 4NG8A 1ALCA 1L85A 5I4YA 1C6FA 2Z12A 2DBTA 4CFPA 4FDYA 3CT0A 3W6FA 1LPIA 4G4HA 4LYTA 1L55A 1OV5A 1LZEA 1JKCA 1QSBA 1OYUA 1LOZA 1VDQA 1BWIA 1GDXA 1GF8A 4I7LA 2H5ZA 1L60A 1OUFA 5B06A 2LZMA 1IY3A 3CB7A 5LVHA 1L07A 242LA 2OU8A 173LA 1K28A 3WPJA 3C7ZA 3CDOA 2Z2EA 4G49A 1G7LC 1JKBA 1XFPL 3G3BB 1W08A 209LA 1L0JA 2O7AA 1LZGA 3A67Y 3JR6A 2OE4X 2BQDA 115LA 235LA 195LA 3PDSA 2I6ZA 1B5WA 1B9OA 1C6HA 1CU6A 226LA 1HFXA 1OUJA 5FEKA 1LI3A 2CDSA 4KL7A 4DD3A 143LA 2XBRA 3TXFA 4GN4A 2OU9A 1IO5A 3TXEA 2G4PA 4YEOA 1L25A 185LA 4HTKA 4DKLA 3HT8A 5ILFA 3P65A 2A7FA 1REMA 1T6VL 1JTPL 1B7MA 1GF0A 5LA8A 1OV7A 1L27A 1WQQA 4H9BA 1BHZA 1FLUA 2F30A 1AZFA 249LA 2BQAA 4ANRA 1L68A 1CV5A 1SX2A 198LA 4NY5A 1L02A 211LA 4GLAA 3WXUA 4N0JA 4YXCA 5I4WA 4N1EI 4P2EA 3GULA 5LINA 1AKIA 1D6QA 1D6PA 1T3PA 1G1WA 1T97A 4LZMA 1C65A 4B0DA 2RAYX 1JSFA 4WLXA 3CDQA 3OE0A 5D5FA 1L87A 5K7OA 176LA 1GD6A 4LYOA 2XQOA 3A92A 1L32A 1B7PA 1SWYA 4NWHA 3SN6R 1B6IA 1QTKA 1LZBA 1RCMA 4HJVA 4NIJA 1NDMC 5C6JA 2ZQ4A 1EQ5A 162LA 1KIPC 2ANVA 1L69A 132LA 1D9WA 3GXRA 1GAYA 1J1OY 128LA 1VDTA 1BVXA 1IP5A 2W1LA 5FHWA 1D2YA 4PRQA 3CDVA 1IWUA 1T8GA 5A3EA 1GB0A 5KY1A 4X3BA 1NKHA 3B0IA 1DPWA 1JTNA 4GCCA 5F9UA 210LA 5LAGA 4LT3A 3G3VA 1IP1A 4NG1A 2BLXA 4KXIA 2BQOA 1L04A 4FJRA 4IATA 1LZ6A 5KXWA 4U3XB 3RUNA 1HSWA 1JEFA 1JISA 3T6UA 1QQYA 4HJYA 4GCDA 1L05A 102LA 4ARLA 2WARA 4AQNA 2BQNA 1C60A 1KW5A 3GUOA 1MELL 3HDEA 1REXA 2YBNA 1LMOA 1L76A 1L77A 3B6LA 4CJ2A 2H9KA 4NGYA 1T8FA 1UACY 5ILCA 3WMKA 1UC0A 182LA 4NHSA 4N8ZA 4PPOA 4MCKA 3BKVA 5LA5A 2F2NA 1LMQA 1UIFA 1G1VA 1L34A 2GV0A 1XEPA 1NF5A 1C6BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1E8L A;  1C10 A;  1LI2 A;  3DN4 A;  5C6I A;  4LT0 A;  1EQ4 A;  1QT4 A;  4W56 A;  2RBP A;  4HJZ A;  3RNX A;  1DYB A;  1DPX A;  125L A;  3AJN A;  5I14 A;  1UID A;  2RB2 X;  5LVJ A;  1J1X Y;  3TXB A;  1L91 A;  1FN5 A;  1L72 A;  3WU7 A;  3HTB A;  2YVB A;  2RBQ A;  4NHT A;  3A94 A;  1RE2 A;  1NBY C;  5FEL A;  5IEL A;  1L54 A;  4L41 A;  1AT5 A;  194L A;  3AGI A;  1XGP C;  1CV4 A;  3UON A;  4H93 A;  3HU8 A;  1QUD A;  1NDG C;  2HUK A;  4OWE A;  1CU2 A;  1LZ9 A;  3WUL A;  1CKG A;  4H9F A;  5IHG A;  6LYT A;  2A7D A;  2VB1 A;  3FI7 A;  4J1A A;  3WL2 A;  4XEN A;  1GF9 A;  3CSZ A;  1LZ1 A;  5HNC A;  1OVJ A;  2D6B A;  1HMK A;  9LYZ A;  1L47 A;  2LZ2 A;  1C64 A;  1GXX A;  1NBZ C;  4UWU A;  1WQN A;  1LSP A;  3SB8 A;  1LSY A;  156L A;  1C6T A;  1CKF A;  3C81 A;  2OTZ X;  4N9R A;  4LT1 A;  1DXJ A;  3WUN A;  1C46 A;  4H8X A;  4XYY A;  1LTM A;  1L94 A;  4J0L A;  1OUD A;  1P46 A;  2NTH A;  4I7T A;  3AGG G;  1GF7 A;  1G0M A;  5HQ1 A;  104L A;  4NGO A;  1C6P A;  1XGQ C;  161L A;  3K3T A;  153L A;  1GBX A;  1L65 A; 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