4EPFA

The crystal structure of pesticin from yersinia pestis
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
343
structure length
333
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Yersinia pestis
molecule keywords Pesticin
total genus 113
structure length 333
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4epfA02
1JTMA 4LZMA 3HT9A 1P46A 3CDTA 3HUQA 4I7QA 1L75A 1QS5A 3SB7A 1G1WA 3OE8A 3GULA 2OE7X 230LA 1CV0A 1L55A 1LI6A 1PQOA 1L17A 2B70A 3G3VA 2B6ZA 236LA 164LA 1QTZA 3DN2A 1L87A 1C62A 4I7NA 1L57A 125LA 1C6PA 1QSQA 3SBAA 123LA 160LA 1C6TA 6LZMA 3SBBC 1L19A 1QTDA 2OU0X 173LA 1C68A 221LA 2RBOA 4GRVA 1QSBA 178LA 161LA 119LA 1NHBA 200LA 2L78A 224LA 3FI5A 1LYJA 4I7KA 1DYFA 3GUMA 2Q9DA 3C7WA 220LA 1C63A 126LA 3C8QA 1QTBA 1L34A 3HT6A 3PBLA 1DYEA 1L56A 3G3XA 2A4TA 184LA 1LW9A 3HTFA 1L35A 4AQNA 1SWYA 1L95A 1L94A 3HDFA 1T97A 240LA 172LA 1P7SA 1D3NA 1L14A 1L01A 1L49A 1L69A 4LDOA 177LA 4I7JA 3VW7A 2F47A 1L47A 2OE4X 1CUPA 1G0QA 1L46A 233LA 3GUIA 1C6FA 1LYFA 219LA 4LDLA 1L73A 1L36A 2OTZX 3HTBA 3SB8A 2RBPA 3RUNA 1L45A 1G0KA 3DN0A 102LA 1QUGA 2F2QA 1C6AA 3HWLA 1C60A 7LZMA 1L29A 1L28A 1P36A 231LA 2IGCA 2OU9A 3C7YA 1L68A 3CDOA 156LA 1QT4A 199LA 4EXMA 4EKQA 257LA 151LA 1L00A 262LA 1L80A 3HT8A 1C6JA 3CDQA 1P6YA 1C6LA 1L81A 226LA 3GUOA 3C83A 3FA0A 4I7OA 1CU6A 2Z6BA 1ZURA 3QAKA 1C6QA 3HUAA 2QARC 1D3JA 3EMLA 3JR6A 4I7MA 1G0LA 4ARLA 4I7TA 2RB2X 3HH3A 1LWGA 3NY9A 1KY0A 1L71A 1CV5A 3GUJA 1QT3A 2LZMA 1L05A 1P56A 214LA 227LA 4YX7C 3OE9A 189LA 1L98A 3DNAA 1DYCA 247LA 1L41A 1LPYA 1QTCA 1QT5A 250LA 1SSWA 1L76A 181LA 1CTWA 1L79A 1L93A 1C6GA 1L0KA 162LA 1L58A 163LA 1PQJA 5LZMA 211LA 1L39A 1L08A 1L31A 2B6XA 3F9LA 191LA 1L92A 235LA 3F8VA 3UONA 1DYGA 5I14A 3GUKA 3NY8A 3OE0A 3HTDA 1P2RA 103LA 4EKPA 205LA 206LA 3HDEA 1L40A 4DAJA 201LA 1LI2A 234LA 3RZEA 3DN8A 1CU3A 1KW5A 1DYBA 2OE9X 3HU8A 1L52A 209LA 1ZYTA 148LE 170LA 3D4SA 2RBNA 4PK0A 1L43A 167LA 3LZMA 1OVKA 217LA 1D9WA 104LA 1XJUA 1L72A 4YXAC 1C6HA 1OVJA 1L10A 109LA 1L66A 1CV1A 4W55A 3GUNA 176LA 1G0JA 2HUKA 3DMZA 157LA 1CU2A 216LA 1QUHA 1G0GA 1QUOA 3DN3A 4I7SA 113LA 2OEAX 4W54A 1SX2A 4EJ4A 1D3MA 258LA 1TLAA 2RBSA 1LGWA 1L13A 242LA 2RBRA 3CDVA 1L83A 1LYEA 186LA 2CUUA 4EPFA 120LA 1QT8A 1G06A 3L2XA 3DN6A 4ARQA 4ARPA 1C6KA 1B6IA 171LA 187LA 1L88A 3DKEX 2B7XA 2RB0X 1L97A 1C6BA 261LA 1L70A 215LA 1C66A 1LI3A 2B74A 1C64A 1L48A 1C6IA 4PJZA 1CX7A 1QUDA 3DMVA 1L24A 3GUPA 4ARQB 114LA 1L82A 228LA 1L09A 1K28A 4ARMA 1CVKA 1P5CA 1L61A 1L06A 1QS9A 2OU8A 1D2YA 2B75A 4W58A 3PDSA 1G0PA 1L37A 2B72A 3C8RA 232LA 245LA 255LA 3G3WA 1L32A 3V2WA 1L23A 1L89A 1CUQA 1PQIA 4ARMB 256LA 1DYDA 1L30A 1KS3A 1L53A 1L91A 2RB1X 3HH6A 149LA 1L03A 2ANXA 4W57A 2O79A 4W52A 185LA 147LA 1OV5A 1C69A 1L11A 2B6WA 1L12A 225LA 2NTHA 1L62A 1G07A 1QT6A 1SX7A 1C67A 259LA 188LA 3HT7A 1L84A 2Q9EA 3HH5A 4K5YA 143LA 2LCBA 165LA 111LA 168LA 1CX6A 243LA 139LA 1P37A 1ZWNA 2F32A 4DKLA 128LA 3CDRA 3DN4A 1C6EA 1QT7A 1C65A 1LGXA 4EKSA 1JTNA 1L67A 197LA 190LA 122LA 2B73A 1XJTA 1L63A 1T8GA 210LA 1C6CA 1L77A 198LA 1D3FA 253LA 159LA 1L02A 3C7ZA 141LA 140LA 152LA 4EPIA 1LGUA 1CU0A 1LYHA 1LWKA 1L60A 144LA 1KNIA 155LA 1T8FA 3C8SA 2O7AA 1L99A 254LA 1P2LA 1L96A 1KY1A 1L26A 4W53A 1OVHA 1G1VA 3HTGA 1PQKA 1G0MA 112LA 212LA 2NTGA 1CU5A 2RAZX 2O4WA 4YXCA 110LA 1PQDA 3SB9A 131LA 3HH4A 2HUMA 1LLHA 3HUKA 1JQUA 1P64A 4OO9A 1CV6A 1L38A 241LA 2LC9A 3NYAA 229LA 4I7LA 1L21A 3SN6R 174LA 239LA 4ARJA 218LA 1OWZA 1DYAA 1EPYA 1L50A 142LA 129LA 1SWZA 196LA 1L85A 166LA 1LYDA 1T6HA 4W59A 2B6YA 1L86A 4W56A 137LA 4IAPA 1L33A 1PQMA 1QTVA 1QTHA 1L54A 3K2RA 180LA 1T8AA 4E97A 2QB0B 1L44A 1KW7A 1C6DA 3SB6A 251LA 127LA 192LA 2HULA 158LA 1L22A 3SB5A 4LDEA 130LA 4DJHA 4GBRB 2ANVA 1CV4A 1L16A 108LA 115LA 1L59A 1L42A 1L90A 3V2YA 3FADA 1XEPA 107LA 213LA 2RAYX 1OWYA 1L64A 1L51A 2RBQA 3C81A 118LA 1OV7A 1L27A 1I6SA 223LA 2RH1A 1CV3A 244LA 3ODUA 1P3NA 1C6NA 1L07A 2B6TA 260LA 4EKRA 175LA 1OYUA 3DMXA 246LA 1L15A 238LA 1SSYA 3HU9A 195LA 146LA 145LA 150LA 4I7PA 4S0WA 1L0JA 4ZPUA 249LA 1L25A 3DN1A 1L18A 1C6MA 1LYIA 1L74A 1D2WA 4I7RA 3OE6A 248LA 182LA 169LA 1C61A 1L20A 1LYGA 183LA 3L64A 1L65A 1WTHA 222LA 2OTYX 252LA 138LA 4W51A 1L04A 3C82A 3C80A 237LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LZMA 1LJFA 1P46A 3CDTA 1A4VA 2W1LA 1H6MA 1L75A 1QS5A 1D6QA 3GULA 1QDRA 2OE7X 4NSGA 1PQOA 1LJKA 5I53A 3P65A 1RCMA 1B5YA 4DYGA 1QSQA 1DKJA 4KXIA 3E3DA 3TMVA 5I4WA 1IP1A 3A34A 1P2CC 1YILA 4TTDA 2N5ZA 4NGWA 220LA 1GEVA 126LA 3C8QA 4WLDA 2G4QA 1L34A 1B2KA 1DYEA 1NBYC 2A4TA 1LHMA 184LA 1LW9A 1L35A 3A93A 2F30A 1SWYA 3W6EA 1L01A 1L69A 3IWRA 2GV0A 1RE2A 4I7JA 2FYDA 1WQMA 4ETEA 1ZVYB 1GB9A 3GUIA 4E3UA 1C6FA 1JKDA 1LYFA 219LA 4LDLA 1L73A 1L36A 2HTXA 1FBIX 2RBPA 1LMQA 1L45A 3DN0A 1KIRC 4PRUA 3HFMY 1QUGA 1I56A 3HWLA 2A7DA 1C60A 2OU9A 4HJYA 2Z38A 4ET8A 5LYMA 199LA 2YBLA 1LMNA 4EKQA 4U3XB 1L00A 262LA 1P6YA 4LFPA 4LYZA 1VDTA 2FBBA 2MEFA 1XSFA 3FA0A 1ZURA 3IJVA 1GDXA 1F10A 1UIDA 2NWDX 1D3JA 1LZ6A 1CJ9A 1YL0X 4I7MA 4ARLA 1GB6A 4YF2A 3HH3A 1KY0A 1L71A 4I0CA 1CJ8A 5LAGA 3GUJA 1QSWA 1P56A 2EIZC 1L98A 1LAAA 3DNAA 1B7SA 1DYCA 1L41A 1UACY 2X0AA 4GCFA 2W1YA 163LA 3LYZA 4YOPA 1BWJA 1IP5A 1C45A 2HEFA 5LZMA 2MEIA 2Z2FA 1L39A 1L31A 1RI8B 1L92A 3UONA 3F8VA 4UWVA 5I14A 1GE1A 3J6KA 5KXYA 1XEIA 1I1ZA 3HTDA 3K3TA 1HSXA 103LA 4EKPA 4DD0A 3CB7A 3HDEA 4AXTA 1GFHA 1LJ3A 208LA 1GF8A 4DAJA 2AUBA 5FCPA 5B1FA 1OQMA 3RZEA 3A90A 1NMMA 1RFPA 4WM5A 1CNSA 209LA 1DXJA 1B7MA 3TXDA 4PK0A 4Z46A 3TXHA 3AZ7A 3CSRA 4NHPA 5I4XA 104LA 4YXAC 1D6PA 2Y8PA 5B1GA 1OVJA 1RJCB 109LA 3WXUA 4H9HA 1Z55A 176LA 4UWNA 1G0JA 4R6CA 3DMZA 1OP9B 1QUOA 3CT1A 1LMPA 2BQDA 3W3EA 4W54A 4EJ4A 4RDSA 258LA 1GWDA 3WUMA 3TXJA 1GF5A 7LYZA 1A2YC 3WUAA 4J0LA 3DN6A 3AB6A 3M3UA 1L88A 1L97A 1C6BA 2C8PA 1REZA 2I26L 1IC5Y 2B74A 1EQ4A 4J7VA 228LA 4GCBA 4IASA 1LSZA 1CVKA 1YAPA 1L61A 4LYTA 1QS9A 1JIYA 4MCKA 232LA 255LA 1L32A 1G7JC 1VDQA 1GAZA 1L23A 4BADA 4FDYA 3OK0A 256LA 4ML7A 3HH6A 1L03A 5C6JA 4W57A 4W52A 3G3BB 1L11A 1NKHA 1LSEA 1B0DA 2DQCY 5FHWA 2Q9EA 4K5YA 143LA 5F9XA 2LCBA 3N9CA 111LA 1CX6A 243LA 139LA 2DQFC 2MEAA 1ZWNA 2F32A 1KIQC 1C08C 1C6EA 3AGIA 4WM3A 1JTNA 1CKGA 1LYOA 197LA 1T8GA 5LA5A 3C7ZA 1LSNA 1BWIA 141LA 152LA 2F4AA 1CU0A 1HSWA 144LA 1OUDA 4J1AA 1T8FA 1DPXA 1L99A 1V7TA 1HFYA 1L96A 4Z3MA 2MEHA 1L26A 4N1EI 3HTGA 1PQKA 112LA 2YDGA 4CJ2A 5LXWA 4YXCA 4H8XA 2ZIKA 1LJIA 4WM1A 2HUMA 3LYMA 1JQUA 1IY4A 1P64A 4G49A 1T3PA 1L38A 241LA 1J1OY 4OW1A 4PGJB 239LA 4WO9A 1B5XA 4WOAA 5IELA 5KXOA 1LZBA 1L50A 4LYMA 1YL1X 1VFBC 129LA 1TEWA 1QSAA 4DQJA 5C6LA 1T6HA 1LTMA 4W59A 3WW5A 1L54A 3K2RA 2BLXA 4ZEEA 4DDCA 3SB6A 4H9IA 192LA 4DC4A 1L22A 4ETBA 4DJHA 2HECA 1L16A 108LA 1L90A 2D4KA 1XEPA 2RAYX 4NGLA 1I6SA 223LA 1OUHA 1B5WA 2EPEA 1INUA 4NHQA 3RW8A 175LA 1LZ1A 1L15A 5J7CA 4DD2A 2YVBA 4NGYA 1F6RA 195LA 4I7PA 1LKRA 1L0JA 1LHHA 4QDNA 1ZV5L 1JWRA 4W96A 1JPOA 1L74A 4I7RA 5L9JA 248LA 5KKIA 183LA 3LZTA 1WTHA 1LSMA 4NIJA 3C80A 237LA 4H91A 1IO5A 4LYBA 1LZ5A 1GBWA 4NGJA 1LSDA 4GCCA 5LAFA 230LA 1GFJA 1CV0A 5L3HA 1LI6A 5LVIA 1WQPA 3WPJA 236LA 1LZCA 1L57A 1C6PA 3T6UA 1C6TA 1YIKA 1DI4A 3SBBC 1YQVY 1LJHA 4YM8A 1H87A 221LA 2RBOA 4FJRA 4R0FA 1IP3A 1FLQA 3D3DA 200LA 4LGKA 5HMJA 4H8YA 1D0KA 1QIOA 1HEOA 4ANRA 1GE0A 1QTBA 5F9UA 3HT6A 1L56A 3HTFA 4B4IA 1L94A 172LA 1D3NA 4LDOA 1QTKA 1L47A 2OE4X 1CUPA 4B4EA 1G0QA 1L46A 233LA 5I54A 2ZNWY 4M6DA 7LZMA 1EL1A 1IC7Y 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LZM A;  1LJF A;  1P46 A;  3CDT A;  1A4V A;  2W1L A;  1H6M A;  1L75 A;  1QS5 A;  1D6Q A;  3GUL A;  1QDR A;  2OE7 X;  4NSG A;  1PQO A;  1LJK A;  5I53 A;  3P65 A;  1RCM A;  1B5Y A;  4DYG A;  1QSQ A;  1DKJ A;  4KXI A;  3E3D A;  3TMV A;  5I4W A;  1IP1 A;  3A34 A;  1P2C C;  1YIL A;  4TTD A;  2N5Z A;  4NGW A;  220L A;  1GEV A;  126L A;  3C8Q A;  4WLD A;  2G4Q A;  1L34 A;  1B2K A;  1DYE A;  1NBY C;  2A4T A;  1LHM A;  184L A;  1LW9 A;  1L35 A;  3A93 A;  2F30 A;  1SWY A;  3W6E A;  1L01 A;  1L69 A;  3IWR A;  2GV0 A;  1RE2 A;  4I7J A;  2FYD A;  1WQM A;  4ETE A;  1ZVY B;  1GB9 A;  3GUI A;  4E3U A;  1C6F A;  1JKD A;  1LYF A;  219L A;  4LDL A;  1L73 A;  1L36 A;  2HTX A;  1FBI X;  2RBP A;  1LMQ A;  1L45 A;  3DN0 A;  1KIR C;  4PRU A;  3HFM Y;  1QUG A;  1I56 A;  3HWL A;  2A7D A;  1C60 A;  2OU9 A;  4HJY A;  2Z38 A;  4ET8 A;  5LYM A;  199L A;  2YBL A;  1LMN A;  4EKQ A;  4U3X B;  1L00 A;  262L A;  1P6Y A;  4LFP A;  4LYZ A;  1VDT A;  2FBB A;  2MEF A;  1XSF A;  3FA0 A;  1ZUR A;  3IJV A;  1GDX A;  1F10 A;  1UID A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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