4EPIA

The crystal structure of pesticin-t4 lysozyme hybrid stabilized by engineered disulfide bonds
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
330
structure length
329
Chain Sequence
SMSDTMVVNGSGGVPAFLFSGSTLSSYRPNFENSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVCFEMLRCDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Pesticin, Lysozyme Chimera
publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 108
structure length 329
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4epiA02
1QS5A 2B75A 4I7RA 1QTCA 2B6YA 1QS9A 139LA 4W56A 198LA 233LA 4EPIA 1LYEA 112LA 1LW9A 1SSWA 4DAJA 5I14A 1DYGA 3C7YA 1QSQA 1QT4A 1L22A 163LA 3HTFA 3C82A 232LA 3CDOA 2RBPA 4W58A 3HDFA 1PQIA 2OE7X 1L03A 1L83A 1ZYTA 1CV4A 1C6FA 1T8GA 3HU9A 3HH4A 1QUOA 242LA 1LYHA 3VW7A 1L54A 3CDQA 177LA 1C63A 1LWGA 1L00A 3NY8A 140LA 1L81A 1LI6A 3C80A 2F32A 1C6QA 1C6NA 1B6IA 1L48A 243LA 1QTDA 2O79A 165LA 3OE6A 152LA 4W55A 4EKQA 1L25A 2L78A 1L06A 1JTMA 137LA 1L98A 3HWLA 3DN3A 3SB5A 3C81A 107LA 2OE4X 1C6AA 3HT9A 3NYAA 1C62A 1L72A 3SB9A 4ARLA 131LA 4I7LA 1L94A 239LA 1L24A 1L57A 2QARC 150LA 247LA 3C8QA 1PQJA 2B74A 171LA 227LA 4ARMA 1L55A 4DKLA 1L35A 224LA 187LA 3HTBA 253LA 234LA 1C6JA 1QTVA 118LA 1L76A 1ZURA 4I7KA 1QTHA 3JR6A 1L87A 1CV0A 1LGUA 1P7SA 237LA 1LGWA 1KW5A 1QT3A 1P64A 1G0LA 4K5YA 3K2RA 3PBLA 238LA 4LZMA 1L61A 4EKRA 1L92A 226LA 221LA 3SBBC 3OE8A 2NTGA 4LDLA 1C6LA 156LA 3SN6R 3HH3A 2B6WA 4S0WA 1DYEA 1L27A 254LA 1D3JA 1L80A 1L07A 6LZMA 3GUJA 4ARQB 129LA 1SSYA 143LA 1L02A 1L29A 4PK0A 4I7OA 219LA 1DYDA 178LA 4OO9A 1L42A 4E97A 4W52A 229LA 218LA 1C6MA 1LYDA 145LA 1L14A 1T6HA 1CV6A 1CX7A 4ARQA 4EPFA 172LA 1L95A 2B6TA 1L36A 1L37A 2B6XA 216LA 4I7NA 4LDOA 2OTZX 3HH5A 1C66A 2RBQA 2RB2X 1K28A 1L67A 230LA 4I7JA 1P3NA 1QT5A 1D3MA 1XJTA 1P37A 1L28A 1QTZA 141LA 1CU2A 1L56A 2RBSA 1L82A 111LA 1L13A 260LA 183LA 2LZMA 215LA 244LA 3V2WA 173LA 4IAPA 2LC9A 115LA 1G1WA 110LA 1LI2A 1QT6A 169LA 4ZPUA 1DYCA 180LA 3C7WA 1C6HA 1CU6A 1L70A 3GUIA 147LA 1C68A 1PQMA 3DNAA 1L20A 142LA 1LGXA 2RAYX 2OU0X 2OE9X 4DJHA 1L04A 108LA 1P2LA 1L93A 4GRVA 1CV1A 245LA 1NHBA 258LA 2Q9EA 4ARMB 3G3VA 1L39A 1L89A 1LYGA 2NTHA 161LA 104LA 3QAKA 191LA 1JTNA 113LA 3RUNA 158LA 1G0KA 1L53A 1L15A 2F2QA 3DMVA 3DMZA 190LA 176LA 249LA 1QUHA 1C6TA 1CV5A 1WTHA 3FADA 222LA 1L86A 2B73A 256LA 151LA 1OVHA 1P36A 119LA 114LA 3FI5A 1G0MA 146LA 3G3XA 1C6KA 1L09A 1C61A 4W51A 1L99A 1DYAA 1CUQA 3LZMA 1L74A 1L50A 1L41A 1L71A 1L91A 1QUDA 3HUKA 1C67A 1L40A 3C7ZA 1C60A 1L46A 4I7PA 3ODUA 3SB8A 1LYIA 2A4TA 1D3FA 1L11A 2OU9A 3SBAA 1L58A 1G1VA 1L19A 195LA 1L34A 255LA 1OV5A 2LCBA 3CDRA 160LA 1L26A 1L63A 1L79A 259LA 4ARPA 2B6ZA 4I7QA 4YX7C 236LA 4AQNA 225LA 1CU3A 123LA 1L10A 1L47A 220LA 1G0GA 3OE9A 1L84A 241LA 1PQKA 1QTBA 1CX6A 1KNIA 2ANXA 1C6BA 1C6CA 4W59A 159LA 223LA 1JQUA 2Q9DA 3HT8A 1L30A 1D3NA 3DN1A 209LA 4LDEA 1L16A 1L66A 2ANVA 1SWZA 2RBOA 1L23A 1D2YA 1C6PA 3GUNA 181LA 1ZWNA 206LA 4EJ4A 3C8RA 3FA0A 235LA 3HT7A 1L0JA 1OWYA 231LA 1L60A 3DN4A 2O4WA 1L59A 197LA 1L08A 3F8VA 1L38A 3V2YA 3DN8A 3GUKA 4YXAC 1XEPA 3SB7A 217LA 1SX2A 1LI3A 3CDTA 1XJUA 1L75A 1L05A 1L32A 3HDEA 4GBRB 3HUAA 4EXMA 1C69A 1L97A 3NY9A 155LA 1L69A 1TLAA 262LA 3G3WA 157LA 4W54A 3DN0A 4YXCA 182LA 3D4SA 1SWYA 7LZMA 205LA 1PQOA 1OVKA 2O7AA 4EKPA 122LA 109LA 1G0PA 2RBRA 252LA 1L33A 228LA 2HUMA 3SB6A 2B7XA 3HUQA 103LA 3HTDA 1G0QA 196LA 162LA 2Z6BA 3F9LA 1G06A 1L85A 1LLHA 1G07A 1C6IA 1L17A 170LA 3HH6A 1P6YA 1L73A 1LYFA 257LA 248LA 1L68A 127LA 1QSBA 201LA 1SX7A 186LA 1C64A 2HULA 1L52A 2RH1A 3RZEA 246LA 1DYBA 1G0JA 3HU8A 1OWZA 3L2XA 3L64A 3GUMA 2RB1X 210LA 1C6GA 148LE 1C65A 251LA 1P5CA 3PDSA 2OTYX 3DKEX 1OV7A 1KW7A 3HTGA 4I7MA 1C6EA 2OEAX 1LYJA 192LA 3GUPA 1LPYA 189LA 1CV3A 1L31A 1L49A 2CUUA 1L0KA 1L77A 2QB0B 2RB0X 1OVJA 1T97A 1QT7A 2B72A 1L45A 166LA 1PQDA 3CDVA 4ARJA 214LA 184LA 138LA 174LA 1KY0A 2RBNA 4I7TA 1P2RA 211LA 1L51A 1OYUA 3C8SA 1L18A 1CU5A 1D2WA 185LA 1L64A 240LA 1L12A 212LA 2B70A 1I6SA 188LA 1C6DA 1T8FA 3OE0A 3DN2A 3GUOA 1L44A 250LA 3DN6A 102LA 5LZMA 4W53A 128LA 2IGCA 4EKSA 3HT6A 1EPYA 1P56A 1T8AA 4W57A 1L96A 1L62A 1L88A 1QUGA 200LA 168LA 3DMXA 3EMLA 213LA 2F47A 1CU0A 1P46A 125LA 1KY1A 3C83A 4I7SA 1L65A 126LA 1CVKA 149LA 144LA 164LA 1LWKA 1KS3A 4PJZA 1L43A 2HUKA 261LA 175LA 1DYFA 199LA 3GULA 167LA 1CUPA 1D9WA 2RAZX 1CTWA 120LA 1L21A 3UONA 1QT8A 130LA 1L01A 1L90A 2OU8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QS5A 1WTMA 4I7RA 1J1PY 4TSCA 1SSWA 1GDWA 4GLVA 1DYGA 3P68A 2DKVA 4DT3A 2D91A 4XENA 4W58A 1BVXA 3LYMA 1LHIA 1IORA 5KXWA 2BQHA 1YAPA 1L83A 3A94A 1NKHA 4LFPA 3HH4A 1QUOA 2MEBA 1RFPA 5DL9A 1IR7A 1LWGA 3A6BY 5APEA 1L81A 5LXWA 3C80A 1C6NA 1B6IA 1L48A 1QTDA 1IOQA 2O79A 4WL6A 4W55A 1L25A 1WVVA 2L78A 4ZFPA 1JTMA 1LMCA 5B1GA 107LA 1C6AA 3HT9A 4H91A 5B59A 1ZV5L 3A3RX 4ARLA 3T6UA 4DD9A 1GE3A 1L24A 4WM1A 1O23A 1PQJA 227LA 1L35A 2VB1A 3TXDA 1L76A 4I7KA 1GB5A 1CV0A 1D6QA 2CWIA 4WM6A 237LA 4NHSA 1QT3A 1P64A 3TMXA 238LA 5JENB 1GB2A 1GAYA 1OUCA 1B7OA 221LA 226LA 4GLAA 1BVKC 4W94A 4NG1A 3OJPA 2B6WA 2F30A 2CDSA 1LZ4A 5FEKA 1UBZA 1L80A 1AT6A 1NBYC 129LA 4WMGA 1CKCA 1SSYA 1L02A 5KXSA 4I7OA 4D9ZA 4DD7A 4H92A 1LMOA 145LA 4WM2A 1CV6A 5KKIA 1L37A 5LVIA 3P65A 3W6DA 1TDYA 2ZYPA 1RI8B 2MEFA 1OUAA 4RDSA 134LA 1VDTA 3IJVA 230LA 4I7JA 1NDGC 1P37A 4TWSA 1HFZA 3N9CA 4TSBA 5HNLA 2ZNXY 1D6PA 1KIRC 260LA 183LA 3V2WA 1KIPC 2LC9A 1AZFA 1LI2A 4ZPUA 4OWHA 4H9AA 1XEJA 2HTXA 4NSGA 1CKDA 3C7WA 2ZWBA 1CU6A 1L70A 1B7QA 4B4EA 5APCA 1L20A 1IOCA 3B0IA 1LZNA 2RAYX 2LHMA 4DJHA 1L04A 245LA 1V7SA 1NHBA 1LZ5A 2XQOA 3P64A 1LYGA 2DQFC 1UACY 104LA 4HJZA 4ML7A 5F9XA 3FI7A 4KL7A 5KXLA 1JTTL 3DMVA 1GB8A 1C6TA 4ET8A 4AGAA 256LA 1OVHA 1LZRA 2YVBA 1P36A 114LA 1G0MA 4XJBA 193LA 1ZVHL 1QQYA 1L74A 3CSRA 1L50A 1L41A 1REMA 1UIEA 3CSQA 3C7ZA 1IWWA 5E4PA 1L46A 3G3BB 4I7PA 1LYIA 2A4TA 3W6EA 1FLQA 1NF5A 1NHEA 3AJNA 1L19A 1LMNA 3LHMA 2LCBA 1D0MA 160LA 4ARPA 259LA 1TCYA 2B6ZA 4I7QA 4YX7C 236LA 1CU3A 1L10A 1IR9A 220LA 1GPQC 1G0GA 1BB3A 2FBBA 1PQKA 1YKYX 1ZMYL 5LVJA 4PHIA 1YL1X 1EQ4A 4BS7A 1LOZA 4WG7A 1LMAA 231LA 2O4WA 3E3DA 2MEGA 1JKDA 5FHWA 1IO5A 4GN4A 3TMVA 1W08A 1DKJA 1NMMA 4GBRB 3CT0A 3WUMA 3NY9A 1L69A 4J7VA 2C8OA 4W54A 1HEWA 1SWYA 7LZMA 1I56A 4H8XA 1OVKA 1QTEA 3ULRA 1G7IC 2RBRA 1LZ1A 2HUMA 1KXYA 3WPKA 3A67Y 4NGIA 4NGYA 5KXKA 1IVMA 2EKSC 1LPIA 4DD3A 2DQCY 1CKGA 1GEZA 1L85A 4NSHA 2MEHA 5APFA 1UICA 5I4WA 3HBHA 1LYYA 248LA 4DDCA 186LA 4H9EA 3ZVQA 4PRQA 1C08C 3B0OA 1DYBA 3W3EA 3L2XA 3AYQA 3L64A 2YBHA 3RZ4A 1XGUC 4ETAA 2OTYX 1VATA 1LZEA 1IIZA 4ANRA 1KW7A 1P2CC 3HTGA 1QSAA 1DKKA 4LT0A 5DN5A 1GHLA 1I1ZA 192LA 2DQGY 135LA 1LPYA 1HEQA 1B7MA 1T6VL 1L49A 2QB0B 1CJ6A 1LAAA 166LA 3AGIA 3AZ5A 3CDVA 1DZBX 2H5ZA 1IY4A 1AM7A 1F6SA 3WULA 3C8SA 4NHPA 1XGQC 240LA 2B5ZA 2B70A 212LA 4HTQA 1T8FA 3GUOA 250LA 5LZMA 102LA 1GDXA 2IGCA 4EKSA 1YQVY 2HEBA 1QUGA 3A8ZA 3DMXA 3AW7A 5LYMA 1VDSA 1WQMA 2HEEA 3B6LA 4WG1A 4NHIA 3EO5A 4PJZA 4CGEA 1L43A 261LA 5KXYA 5F14A 1CUPA 4UWNA 2RAZX 1CTWA 3J4GA 120LA 2HEDA 2B75A 1G7HC 198LA 233LA 4EPIA 1XGRC 1LW9A 1A4VA 2BQIA 1YAQA 2YDGA 1GE4A 1QT4A 2HEAA 4X3BA 5DM9A 2BAAA 163LA 1LKSA 3CDOA 5I4XA 1PQIA 1LHHA 1B2KA 3LYZA 1L03A 4GN3A 9LYZA 1C6FA 1J1OY 4EOFA 242LA 1BWIA 3EBAB 1L54A 1UC0A 4WLTA 1LHMA 1BB5A 4XJIA 3NY8A 140LA 4GCFA 2BQFA 1C6QA 4N5RA 165LA 152LA 4XJGA 1FKVA 4Z41A 1L06A 1HSXA 4EMNA 1BWHA 2OE4X 1N4FA 3NYAA 5DLAA 4WLYA 1C62A 3CSZA 131LA 1WQOA 2Z18A 1IC4Y 2ZIKA 1L57A 1GF0A 247LA 1BB4A 1IP3A 3AZ7A 3HTBA 5M1YA 253LA 3A3QA 118LA 1LSMA 3JR6A 1L87A 1P7SA 1LKRA 3WL2A 1F0WA 2MEAA 4NFVA 4TTDA 1QSWA 3EMSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QS5 A;  1WTM A;  4I7R A;  1J1P Y;  4TSC A;  1SSW A;  1GDW A;  4GLV A;  1DYG A;  3P68 A;  2DKV A;  4DT3 A;  2D91 A;  4XEN A;  4W58 A;  1BVX A;  3LYM A;  1LHI A;  1IOR A;  5KXW A;  2BQH A;  1YAP A;  1L83 A;  3A94 A;  1NKH A;  4LFP A;  3HH4 A;  1QUO A;  2MEB A;  1RFP A;  5DL9 A;  1IR7 A;  1LWG A;  3A6B Y;  5APE A;  1L81 A;  5LXW A;  3C80 A;  1C6N A;  1B6I A;  1L48 A;  1QTD A;  1IOQ A;  2O79 A;  4WL6 A;  4W55 A;  1L25 A;  1WVV A;  2L78 A;  4ZFP A;  1JTM A;  1LMC A;  5B1G A;  107L A;  1C6A A;  3HT9 A;  4H91 A;  5B59 A;  1ZV5 L;  3A3R X;  4ARL A;  3T6U A;  4DD9 A;  1GE3 A;  1L24 A;  4WM1 A;  1O23 A;  1PQJ A;  227L A;  1L35 A;  2VB1 A;  3TXD A;  1L76 A;  4I7K A;  1GB5 A;  1CV0 A;  1D6Q A;  2CWI A;  4WM6 A;  237L A;  4NHS A;  1QT3 A;  1P64 A;  3TMX A;  238L A;  5JEN B;  1GB2 A;  1GAY A;  1OUC A;  1B7O A;  221L A;  226L A;  4GLA A;  1BVK C;  4W94 A;  4NG1 A;  3OJP A;  2B6W A;  2F30 A;  2CDS A;  1LZ4 A;  5FEK A;  1UBZ A;  1L80 A;  1AT6 A;  1NBY C;  129L A;  4WMG A;  1CKC A;  1SSY A;  1L02 A;  5KXS A; 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