4ETBA

Lysozyme, room temperature, 200 kgy dose
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etbA00
1UCOA 2BQAA 1GF7A 4RW1A 4XADA 2IHLA 3RU5A 1REXA 1LSZA 1OQMA 1EQ4A 4NG8A 4WOAA 5B1FA 2X0AA 3W6DA 1VDPA 3B72A 4J7VA 1LYOA 1IP6A 1XGQC 4TTDA 1JKDA 1LJ3A 1JPOA 1H87A 1GB7A 2BLYA 4GCBA 3P65A 2D6BA 1GXXA 4NY5A 4H92A 1B7NA 1ALCA 1JTTL 2IFFY 4B4JA 3OJPA 6LYZA 3AZ6A 3WXUA 3ATOA 1KXYA 1JWRA 1IR9A 1LZBA 1LMQA 4ET8A 4BS7A 1BWJA 1IP2A 1IORA 1IWWA 3CSQA 4YF2A 1LMNA 154LA 1G7LC 3ZVQA 3LHMA 4NG1A 1LSMA 1B9OA 4J0LA 4PPOA 1IIZA 2Z38A 4DD3A 2MEIA 4RLMA 1UIDA 2D4KA 1FN5A 1DZBX 1EL1A 1XEKA 5HMVA 1GB9A 4LFXA 1OUJA 5DL9A 1VFBC 1B7SA 3AGHA 3ULRA 193LA 1IP5A 3AZ7A 5KXNA 1LSPA 4XJIA 1GE3A 3TMXA 3TXJA 1NKHA 4H8XA 1OUBA 3CB7A 4KXIA 5E4PA 5LINA 1GD6A 2BQLA 2YVBA 3A6CY 3WUMA 1FKVA 2DQEY 3BKVA 1LOZA 1GE0A 4B4EA 1HMKA 1GB0A 4WL7A 1GE4A 2D91A 5KXMA 4XJBA 4YEMA 3TXGA 1FDLY 2ZNXY 3GXKA 2B5ZA 1CKHA 4G4BA 1DI3A 2DQCY 3AZ4A 4O34A 4TSCA 5DN4A 4B49A 3LZ2A 5EBHA 2FYCA 1YILA 1F6RA 3HBEX 3ZVQB 3RZ4A 2HU3A 4UWNA 1HENA 2ZWBA 1ZMYL 5KXTA 1YIKA 3LYZA 2RSCA 2HECA 3EO5A 2YBMA 4C3WA 3F6ZA 1LYYA 5L3IA 1SLYA 1UIEA 5APDA 3RNXA 5KXWA 3AYQA 1NHEA 3LZTA 5KXYA 2LZTA 1UC0A 2DQHY 5LVKA 3WU7A 4GN4A 4HTQA 5I54A 4RW2A 1T3PA 1B7RA 1LPIA 2ZYCA 4G9SA 4WLDA 2G4QA 3WU8A 5B07A 5LVHA 4GCCA 5KXKA 3CSZA 1LHMA 4WM6A 1W6ZA 4DDAA 4Z41A 4GCEA 1BB4A 3T36A 1YKYX 1KIPC 3ATNA 4LFPA 1GHLA 1QTEA 4N9RA 4EMNA 2XBRA 2CJLA 1XGUC 5LIOA 1CJ8A 1RE2A 1IC7Y 2C8OA 4G4CA 4Z98A 1YL0X 3W3EA 3IWRA 4XENA 4HTKA 1IOQA 194LA 1HEWA 4PJ2C 2G4NA 4WG7A 1UIBA 2W1LA 3W6CA 1REYA 3AJNA 1GFHA 4WM3A 1BWHA 5KXLA 1WQOA 5KXXA 4WO6A 4DD2A 4ETDA 2BQJA 153LA 1LSNA 1G7JC 2BQMA 1HEMA 3A90A 5F14A 1LJKA 2AUBA 1JEFA 4CFOA 3FE0A 4IJ4A 4LZTA 4NIJA 1IP4A 4XJFA 2ZQ4A 3LYTA 1HERA 1LSCA 1C43A 1LZGA 4DYGA 1UACY 3W6EA 1YAMA 1B5YA 4DD7A 1IC5Y 4H8ZA 4WM2A 3WW6A 1KXXA 4H94A 4ZEEA 1RI8B 5I4YA 5LAGA 4Z3MA 3T6UA 1HFXA 1LZYA 1XFPL 4MCKA 1XEIA 1BB5A 1GE2A 2H9KA 1WQPA 3GXRA 5I4XA 4G49A 4H9FA 3VWOA 2Z2EA 1UIHA 4YEOA 1DI4A 133LA 3CT1A 1GAZA 1YL1X 2F4GA 1GFUA 5KXOA 1PZYA 1OP9B 4N8ZA 4B0DA 4J1AA 5J7CA 1HFYA 3TXDA 1TAYA 4LYOA 4H91A 1DKKA 1GFAA 4LT0A 5FHWA 2G4PA 4DD0A 4LYTA 5DM9A 1IY4A 4TX7A 1XGRC 3WPLA 1LHHA 1I1ZA 1LZEA 1IO5A 1LMTA 1SQ2L 1LTMA 1LHKA 1IX0A 3EBAB 3J6KA 5AMYA 2DQGY 4WLYA 2MEEA 4NGLA 4ETCA 1GBZA 1NDMC 4NHTA 3WULA 1LKRA 1C10A 1JTPL 2ZILA 4UWUA 1VATA 5D5CA 1C45A 1DPXA 1TCYA 5LYZA 1B7LA 1UUZC 4R0FA 1IOCA 1LHJA 4BAPA 1VAUA 2BQHA 2HEFA 3TXBA 3RT5X 3IJUA 4N0JA 5KKIA 5HMJA 4YOPA 4NSJA 2W1MA 4ETAA 1IWVA 1IC4Y 4HJYA 2DQDY 1HMLA 4HPEA 5D5FA 2BQNA 5L9JA 4XJHA 1J1PY 1GB3A 2CGIA 3A3RX 4NGJA 5C6JA 3AW7A 4ZFPA 3A94A 1DPWA 4IATA 4NHQA 1LSDA 1JJ3A 1LJIA 1WVUA 3N9CA 4PHIA 5LVJA 1GBYA 1OUGA 1XGPC 4NGVA 2BQBA 4YENA 1B7MA 1FLQA 2BQGA 2DBTA 1QDTA 3EMSA 3HBHA 1GBSA 2HUBA 5FDJA 2MEAA 5LYTA 3AB6A 4H90A 4WG1A 1LZDA 4U3XB 1A2YC 5F9UA 1WVVA 3LN2A 1B2KA 4HJVA 1OUDA 2F4AA 4GN5C 1HFZA 1LZ1A 1NBYC 1LSEA 5II3A 2F30A 1CKDA 4R6CA 1HF4A 1FLUA 3LYOA 3TMVA 1D0LA 1KXWA 4HV1A 1QQYA 3TXFA 4N1CC 4W94A 1HSXA 5B05A 1LHLA 4PRQA 2YBLA 1UIGA 4NEBA 4MR1A 1AZFA 4LT3A 3IJVA 4GLAA 1JSEA 5F16A 4BAFA 3A95A 2D4IA 4HTNA 1EQEA 3WXTA 4KT3A 3FI7A 4QY9A 4NSIA 4LYCA 3W6FA 3WVYA 2ZIKA 4P2EA 5FELA 4DDBA 1TEWA 4WL6A 2BQOA 1JKCA 5LAFA 2HEAA 4HJZA 5LXWA 4Z46A 1NBZC 5KXRA 3HBDA 4NWEA 4DD9A 1IR7A 2YSSC 1G7MC 1FLWA 207LA 3N9EA 1LSBA 2C8PA 2DKVA 5FCPA 1IEEA 3B0KA 1LJ4A 4HSFA 1B0DA 1GBOA 1OUEA 2YBIA 3P68A 3AGIA 1HEQA 5FEKA 2LHMA 4LYBA 4WLTA 5K7OA 1V7TA 3WPKA 1LAAA 1XGTC 4XYYA 1GFJA 3MGWA 4YM8A 1UIFA 2LYZA 4OWCA 1DXJA 2HEDA 4H9BA 4IASA 4EOFA 1QUSA 5KKJA 3CSRA 1GBWA 5KJ9A 4UWVA 1IP3A 4H8YA 2YBNA 1LZRA 4MSTA 2Z2FA 1BVKC 1GF3A 5FSTA 132LA 1D9UA 1YAOA 3A34A 3E3DA 1B5XA 1IY3A 1NMMA 1CJ7A 2H9JA 2YBJA 1LSGA 1NQIA 2WARA 3M18B 4H9HA 4KPMA 4B4IA 3J4GA 1FKQA 4CGEA 9LYZA 3G3AB 1MLCE 2XBSA 1GFGA 4KL7A 1TDYA 2FBBA 5KY1A 1B5ZA 1VDQA 1LJJA 1GF9A 1LZTA 1NF5A 2HEBA 1LZNA 1D6QA 4LT1A 3WL2A 3B0OA 5KXSA 3WYHA 1G7IC 3A8ZA 4HV2A 1BB6A 1LSFA 1QIOA 1D0MA 4GCFA 1GEVA 4RLNA 1IOTA 1GB5A 1YANA 4CHXA 5IHGA 5ILCA 1IR8A 1GWDA 4H9CA 1WQMA 2DQJY 1A4VA 1FLYA 1IOSA 5B59A 4NGWA 2BQIA 2I6ZA 1KIRC 4OWAA 1IWZA 4OWEA 1GE1A 1DQJC 1OUIA 1CJ6A 1HEPA 1XEJA 2FBDA 1GFTA 4I8SA 3W6AA 1WQQA 3WH1A 4W96A 4D9ZA 2EQLA 1JSFA 1JJ0A 3TMUA 4OW1A 1YQVY 1QDRA 2MEGA 1GFEA 208LA 5A3EA 1DI5A 4NWHA 2XJWA 1CJ9A 1LZ4A 1N4FA 2DQAA 4FDYA 4X3BA 1F6SA 2A7FA 1GF4A 2BQDA 3K3TA 1AM7A 2EIZC 1LZ5A 1B7OA 4ETBA 1GF8A 1C46A 1JKAA 1YAPA 4GLVA 3EXDA 2MEDA 2BPUA 4NGKA 1LZCA 1F0WA 2LYOA 3AW6A 4J1BA 4QGZA 1NWGA 1BVXA 1LMPA 3TXIA 3P64A 4G4HA 2ZYPA 5LVIA 3CT5A 2XTHA 4NSGA 1HC0A 4LYZA 1VDSA 4L41A 1NDGC 2BQKA 4ML7A 1JJ1A 4NHSA 4WMGA 5DN5A 3HFMY 1GFVA 1LZSA 2EKSC 1BQLY 4DC4A 3P4ZA 1JITA 4XJDA 1B5VA 1HNLA 4WLXA 5B06A 1BHZA 1JUGA 2HTXA 5I4WA 1CKFA 1J1XY 1REMA 1B5WA 4XJGA 1ZVYB 4FJRA 1I56A 5LYMA 3CT0A 3B6LA 1QTKA 1LJFA 1IWYA 1LMOA 3M3UA 4NHIA 1AT6A 1HHLA 4CFPA 4ET9A 4DT3A 2N5ZA 2Z37A 4H9AA 2HEEA 1YKZX 2Z19A 5A3ZA 4OWHA 3KAMA 1KIQC 1CNSA 3WUNA 5E9RA 1AT5A 1HELA 4QDNA 1GF0A 1JISA 1Z55A 3W6BA 1ZV5L 1LZAA 1XSFA 2ZQ3A 3CQLA 3QY4A 1JTOL 1TBYA 1CKCA 8LYZA 1PS5A 3TXEA 1QSWA 1EQ5A 3WMKA 4HP0A 4II8A 1WQNA 3TMWA 134LA 2DQFC 1BB3A 4WM5A 1MELL 3QNGA 1P2CC 2H5ZA 4H9EA 3SP3A 4HPIA 1I20A 2W1YA 4LT2A 3TXKA 5T3FA 3AGGG 2LZ2A 2BLXA 4NGYA 4TWSA 5IDDA 1BWIA 2EPEA 5LVGA 4H9IA 2BAAA 4WM4A 5HNLA 1GFRA 1OUAA 5F81A 2DQIY 2A7DA 2VB1A 1JKBA 1D0KA 2BQCA 3WVXA 1UBZA 2F2NA 4ETEA 1HSWA 1QUTA 1OUHA 1JHLA 3A67Y 4QEQA 4OOOA 1LKSA 1JIYA 3N9AA 3ZEKA 2BQEA 5APEA 2Z39A 2BQFA 5JENB 1LJNA 1IP1A 1F10A 1LZ9A 1V7SA 5F9XA 2MEHA 4XN6A 1IVMA 5L3HA 1RFPA 4H93A 1LZ6A 3WPJA 1GDWA 1OUFA 5HLLA 5ILFA 1LJGA 1LYSA 5I53A 1BGIA 5HQ1A 1HEOA 3A96A 3A93A 3P66A 1GB6A 1GB8A 1LHIA 1GDXA 4NGZA 4PGJB 1GBXA 3RW8A 2CDSA 4OWBA 3A3QA 5APCA 3D3DA 4DDCA 5C6LA 5HNCA 5IELA 1LSYA 2ZNWY 4I0CA 5B1GA 2NWDX 2LYMA 5M1YA 1GF6A 2YDGA 1UIAA 5LA5A 5APFA 1D6PA 2I26L 3TXHA 1GXV2 2Z18A 7LYZA 3WUAA 3WW5A 2GV0A 1DKJA 1LMAA 4DD1A 5KXZA 1B5UA 1J1OY 1W08A 2MECA 4GN3A 4BADA 4AXTA 1LMCA 4NGIA 4WO9A 3BKHA 1UICA 1WTNA 4C5FA 1LCNA 1OUCA 4N5RA 4H1PA 5I5QA 3QE8A 1QSAA 1RCMA 1AKIA 3WU9A 2W1XA 6LYTA 1RJCB 1B7PA 1IP7A 2Q0MX 1INUA 1LJEA 3A6BY 1BB7A 135LA 4AGAA 1LYZA 1FBIX 2Z12A 1UA6Y 4DWXA 4WM1A 4ANRA 4M4OA 3D9AC 1E8LA 2ZIJA 1LJHA 4OOTA 1WTMA 4B1AA 4TSBA 1IWXA 3B0IA 4NSHA 1IWUA 1YAQA 1LZ8A 2CWIA 2I25L 4ZIXA 4CJ2A 1VDTA 4GCDA 4TUNA 1GB2A 2FYDA 3AZ5A 1GFKA 4NFVA 4M6DA 1H6MA 1CKGA 1B7QA 1ZVHL 1LSAA 1C08C 3A92A 4LGKA 4LYMA 1C7PA 1T6VL 4E3UA 1GPQC 3LYMA 5DLAA 5C6IA 4NHPA 4RDSA 1GAYA 1IWTA 1VEDA 1WQRA 2MEFA 2D4JA 4PRUA 1GEZA 3A91A 1YKXX 2HU1A 4N1EI 1YROA 2YBHA 4NGOA 5KXPA 3G3BB 2MEBA 5LA8A 1REZA 3OK0A 1GF5A 2PC2A 4A7DA 1O23A 1G7HC 2Y8PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IHLA 1OQMA 4NG8A 4WOAA 1D9WA 3SB8A 4J7VA 1L79A 1IP6A 4TTDA 1H87A 1GB7A 3P65A 6LZMA 1B7NA 4ARMB 3ATOA 1PQKA 1KXYA 1LZBA 1IP2A 1IORA 1IWWA 4K5YA 1G7LC 4NG1A 1L72A 2Z38A 1L93A 1UIDA 1FN5A 5HMVA 1GB9A 1VFBC 3AGHA 1LSPA 4XJIA 4LDOA 5E4PA 5LINA 3SB7A 2YVBA 3A6CY 3WUMA 1HMKA 149LA 144LA 4YEMA 1FDLY 2ZNXY 5DN4A 1C6EA 1L57A 2HUMA 3HBEX 3ZVQB 3RZ4A 1LI6A 1L05A 4UWNA 1KW5A 2RAYX 1L45A 2RSCA 3EO5A 1UIEA 5KXYA 197LA 2LZTA 1UC0A 1DYAA 4WLDA 2G4QA 3WU8A 2RH1A 3CSZA 1L75A 1QTZA 4Z41A 4GCEA 2OE4X 3ATNA 3HH6A 1JTMA 2CJLA 1RE2A 2C8OA 3IWRA 4HTKA 1IOQA 194LA 2G4NA 2Q9DA 156LA 4WO6A 2BQJA 184LA 1L56A 3A90A 5F14A 4CFOA 3DN4A 4LZTA 1IP4A 2ZQ4A 1XJUA 4E97A 199LA 3W6EA 145LA 4DD7A 1KXXA 5LAGA 1XEIA 1WQPA 249LA 3VWOA 4YEOA 133LA 3DN3A 1GFUA 3GUJA 4H91A 1L97A 2G4PA 2OTZX 2OE7X 5DM9A 1IY4A 4EKPA 3WPLA 1I1ZA 1IO5A 3TXFA 2DQGY 1LKRA 1JTPL 1SX7A 248LA 5LYZA 1IOCA 4BAPA 1LYGA 2BQHA 3G3VA 3IJUA 1L80A 4ETAA 2DQDY 4XJHA 3A3RX 1CU5A 1LJIA 5LVJA 226LA 1L59A 1XGPC 4YENA 1QDTA 3HBHA 229LA 2MEAA 3AB6A 2NTHA 4WG1A 1WVVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UCO A;  2BQA A;  1GF7 A;  4RW1 A;  4XAD A;  2IHL A;  3RU5 A;  1REX A;  1LSZ A;  1OQM A;  1EQ4 A;  4NG8 A;  4WOA A;  5B1F A;  2X0A A;  3W6D A;  1VDP A;  3B72 A;  4J7V A;  1LYO A;  1IP6 A;  1XGQ C;  4TTD A;  1JKD A;  1LJ3 A;  1JPO A;  1H87 A;  1GB7 A;  2BLY A;  4GCB A;  3P65 A;  2D6B A;  1GXX A;  4NY5 A;  4H92 A;  1B7N A;  1ALC A;  1JTT L;  2IFF Y;  4B4J A;  3OJP A;  6LYZ A;  3AZ6 A;  3WXU A;  3ATO A;  1KXY A;  1JWR A;  1IR9 A;  1LZB A;  1LMQ A;  4ET8 A;  4BS7 A;  1BWJ A;  1IP2 A;  1IOR A;  1IWW A;  3CSQ A;  4YF2 A;  1LMN A;  154L A;  1G7L C;  3ZVQ A;  3LHM A;  4NG1 A;  1LSM A;  1B9O A;  4J0L A;  4PPO A;  1IIZ A;  2Z38 A;  4DD3 A;  2MEI A;  4RLM A;  1UID A;  2D4K A;  1FN5 A;  1DZB X;  1EL1 A;  1XEK A;  5HMV A;  1GB9 A;  4LFX A;  1OUJ A;  5DL9 A;  1VFB C;  1B7S A;  3AGH A;  3ULR A;  193L A;  1IP5 A;  3AZ7 A;  5KXN A;  1LSP A;  4XJI A;  1GE3 A;  3TMX A;  3TXJ A;  1NKH A;  4H8X A;  1OUB A;  3CB7 A;  4KXI A;  5E4P A;  5LIN A;  1GD6 A;  2BQL A;  2YVB A;  3A6C Y;  3WUM A;  1FKV A;  2DQE Y;  3BKV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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