4ETCA

Lysozyme, room temperature, 24 kgy dose
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etcA00
2HTXA 2A7FA 3QY4A 5B1GA 1DPXA 5LVGA 9LYZA 2CWIA 2F2NA 3W3EA 2BQAA 4NIJA 3WPKA 1HERA 5A3EA 1LZGA 4W96A 5FSTA 2YBJA 1IO5A 2H9KA 5LINA 1JKAA 2I6ZA 3W6CA 2DQHY 1IOTA 1LZDA 1IIZA 1LZ4A 4GN3A 4HPIA 4WM2A 1LOZA 1UIAA 2MEDA 1DI3A 1GFGA 4P2EA 4AGAA 3T36A 3ATNA 2MEAA 1O23A 4NSHA 1GF3A 4TTDA 1HMKA 1LMNA 4IJ4A 3A92A 4HPEA 5KXTA 3AYQA 4B4EA 4MCKA 2NWDX 5APEA 4G9SA 2DQDY 3LZTA 2H5ZA 1LZSA 3FE0A 3WMKA 4NG1A 4H8XA 1UIDA 1GBYA 3WUAA 1GE0A 4N1CC 4WM5A 4A7DA 5L3IA 1B7QA 1IOQA 2W1MA 4ETBA 2YBHA 1FLQA 1QDTA 1QUTA 4TX7A 5DL9A 1GF9A 1B5UA 1KIQC 1GF7A 4LYTA 1LSMA 4C3WA 1QSWA 4LZTA 3A96A 1HEPA 3AJNA 4H1PA 6LYZA 1GF8A 4XADA 1HENA 1IWUA 4GCDA 1JJ0A 4GLAA 4BAFA 3A94A 4XN6A 4WLYA 1LJ4A 1W6ZA 4WO9A 1LZEA 3W6AA 5KXRA 1GDWA 2D6BA 4FDYA 1B5ZA 1GAZA 1EQEA 2BAAA 4DD7A 1QSAA 1BB5A 4PGJB 1IX0A 1RCMA 1JHLA 1IWVA 1VEDA 4XJGA 4NSGA 5HNCA 1LZTA 1D9UA 2RSCA 1FKVA 5K7OA 3CT1A 3B0IA 5KJ9A 1DXJA 2PC2A 1A4VA 1I1ZA 1BQLY 1KIPC 2GV0A 4WLTA 3TXHA 4YF2A 3AGIA 3VWOA 2XJWA 2DQAA 2IHLA 1J1OY 1HNLA 4CJ2A 5II3A 4YEOA 2D4KA 3AGHA 2BQEA 1ALCA 1GEZA 2MEEA 3A3RX 1SLYA 4BAPA 5KXSA 193LA 4WG7A 194LA 1IY4A 1ZV5L 4OWAA 4HTNA 1B5VA 1F10A 1BB3A 1JPOA 1KXWA 5C6JA 5I4XA 1YKZX 2I26L 1YL0X 133LA 1XEKA 1QQYA 2C8PA 1JITA 1XEIA 4NGKA 1QIOA 1LZRA 1GB2A 4NHSA 1E8LA 1LSBA 1B7LA 1UIGA 1NHEA 4J0LA 1G7LC 1LJ3A 1LSCA 4XYYA 4H94A 1CKCA 1LSDA 4GCBA 1AT6A 1AM7A 4NGZA 1VATA 1BB6A 1KXXA 4LFPA 1JSEA 1TCYA 1REZA 4NSJA 1IWTA 5LAFA 2C8OA 4RLMA 4ET9A 4E3UA 1LKSA 4HP0A 1C46A 1IOSA 3ZVQA 1LZ8A 1LSPA 2YBNA 4NGJA 2Z2EA 1JTTL 5KXYA 1BWJA 3A67Y 1B9OA 1OUCA 1NDMC 1LJKA 4B1AA 3M18B 1IWWA 1B7NA 1NF5A 1LSAA 5KXPA 3TXFA 2YBLA 1GFKA 1YAQA 3BKVA 2HECA 4M4OA 208LA 4H9IA 5I4YA 1DI4A 1YANA 4QGZA 1HEWA 2YBMA 4NGOA 1BB4A 4WMGA 1LHIA 5ILFA 3WU9A 1WVVA 2D4IA 1UBZA 4NGVA 4NHTA 5E9RA 4PRUA 4BS7A 5B1FA 1LYYA 4WL6A 1DZBX 3AB6A 1GWDA 1ZVHL 4OWBA 4HTKA 1D6PA 2Z37A 1LSGA 2ZYPA 1LHKA 2HUBA 3TMXA 1T6VL 1C08C 1LZ1A 1LYZA 1AT5A 5APFA 5KY1A 1WQNA 2BPUA 1V7SA 2F4AA 2FBDA 1JUGA 3AGGG 1HEQA 5FDJA 4GN4A 3HBEX 1JKDA 5LA8A 1P2CC 2DKVA 5LXWA 2MEGA 4B4JA 3TXGA 4H92A 4NGIA 2DBTA 1JJ1A 1ZMYL 2Z19A 2LZ2A 1GB7A 3ZEKA 3P4ZA 4IATA 2IFFY 1VAUA 1D0MA 1UA6Y 1WQOA 7LYZA 4EMNA 3B0OA 1VDPA 2Z39A 4NHIA 4PHIA 4X3BA 4ZEEA 1LJEA 1CNSA 3P68A 4OW1A 4WO6A 1GXV2 1IP1A 1C45A 1YQVY 1XFPL 3LYMA 3OK0A 4KXIA 1DPWA 1TAYA 1IR7A 1LZBA 5LAGA 132LA 1GE2A 2FYCA 4PRQA 5LVKA 2MEIA 4RDSA 3TMUA 2Z12A 1LMTA 3AW7A 3IWRA 3J6KA 3WXTA 4HJZA 2WARA 2ZNWY 3M3UA 4HV1A 4G49A 4OWHA 4ET8A 1OP9B 1GBSA 1REYA 3CSQA 4CGEA 1GFAA 3GXRA 1LSZA 3B72A 4NGWA 5APDA 135LA 2W1XA 5M1YA 1HFZA 2LZTA 3W6FA 1QTKA 3WULA 2A7DA 1RFPA 4RLNA 3T6UA 2B5ZA 2DQCY 1H87A 4LT2A 4GLVA 1GFUA 4WM3A 4C5FA 1IP4A 1RE2A 1LSNA 1BWHA 1HMLA 1LZ5A 1D0KA 1GBOA 4G4CA 1UACY 3WPJA 5F9UA 5LYTA 2BQKA 4H93A 2D91A 5I5QA 4IASA 4NFVA 1HELA 5B07A 5HNLA 4AXTA 3WW6A 2MEFA 2BQMA 4WLXA 2G4NA 1BHZA 207LA 2BQJA 4GN5C 4LT0A 4NEBA 5HMJA 1YAOA 4YENA 3MGWA 4D9ZA 4H9HA 2VB1A 1GE4A 4DT3A 1G7MC 5LVJA 4Z46A 1GBWA 4DDCA 5I4WA 3CQLA 1GFEA 5B59A 1DKJA 3WXUA 1LMOA 4LYZA 1CKDA 4KPMA 1WQQA 1VDQA 2DQEY 2LHMA 1WVUA 1GB0A 1IP7A 1IOCA 3CB7A 4OOTA 1GB5A 4TSBA 1A2YC 1D0LA 1IR8A 1J1XY 1WTMA 4WM1A 4B49A 1FN5A 2XTHA 5LVIA 5IHGA 1LJFA 4RW1A 6LYTA 1XGPC 5KXOA 2BQFA 3CT5A 4ZIXA 4J1AA 1PS5A 4TUNA 4XJHA 3LZ2A 2YDGA 1LJIA 2H9JA 2N5ZA 4LFXA 4LGKA 4N0JA 4OWCA 1DKKA 4H91A 4ETCA 1GHLA 2BQLA 2ZWBA 1XGTC 4RW2A 3A8ZA 1G7HC 1FBIX 3BKHA 5LA5A 4G4BA 1TBYA 2BQIA 3WVYA 1FDLY 1IY3A 3LYOA 4NGLA 4Z98A 4B0DA 1LCNA 4HJVA 1GF5A 1IC4Y 1GFRA 4B4IA 1LMPA 1YKYX 1IR9A 2G4QA 3IJVA 5KXMA 2ZYCA 3A6BY 2EPEA 1OUGA 1GF4A 2BQGA 4QY9A 4WM4A 5KXXA 2ZQ4A 2ZNXY 4TWSA 3HBHA 4DDBA 3LHMA 4HJYA 2EQLA 1F6SA 2DQFC 4H8YA 4W94A 4WLDA 2ZILA 4FJRA 4ML7A 1D6QA 1B5WA 1GFJA 1OUDA 1CJ6A 1YAPA 2HEEA 3N9AA 4ETEA 1B5XA 1GB6A 3WPLA 5DN5A 1YROA 1LYOA 4H9AA 3AZ6A 1HHLA 4KT3A 1LZNA 1VDTA 2ZIJA 1MLCE 1NQIA 1LSFA 1QDRA 5FELA 1DI5A 1GAYA 1WQMA 4DC4A 1IVMA 1DQJC 1FLYA 1GF6A 3EO5A 1NDGC 4DYGA 1LTMA 1B2KA 5DN4A 1EQ4A 1REXA 5ILCA 4LYCA 1LZ6A 2BQOA 5FCPA 2HU3A 5I54A 4ANRA 1TDYA 3TXJA 4DD0A 1B0DA 5B05A 1JKCA 1GFTA 1J1PY 5IELA 4WM6A 3A90A 5KXNA 1RJCB 1LPIA 1B5YA 3P64A 1HEOA 1BGIA 1LYSA 1HEMA 4YOPA 5F81A 5JENB 4HTQA 1GBZA 2HU1A 1OQMA 2HEBA 2MEBA 4N8ZA 4ETDA 1UICA 5L3HA 2F30A 1GDXA 5HLLA 4H8ZA 5KXWA 2HEDA 1OUHA 2X0AA 4WL7A 2F4GA 3N9CA 4CFOA 2BQNA 3G3AB 5FHWA 1Z55A 4WG1A 1LJJA 3AZ5A 2CGIA 1XGUC 3A3QA 2CJLA 3TXDA 4I0CA 1UCOA 5DLAA 1LZ9A 1WTNA 3WW5A 1LMQA 1UIFA 1ZVYB 2MECA 1IP2A 5HQ1A 2Q0MX 1PZYA 2YBIA 134LA 5IDDA 5C6LA 4N1EI 1OUIA 2Z2FA 5F16A 4DD2A 1LJNA 2W1LA 4GCEA 1CKFA 1LSYA 4H9EA 1GD6A 4NSIA 5D5FA 2DQIY 4ETAA 4H9CA 1FLWA 1OUFA 1UUZC 1OUJA 2D4JA 3EMSA 2BLYA 1NBZC 1YILA 1XEJA 1LZYA 4TSCA 4NWHA 4DWXA 4XJFA 4J1BA 1RI8B 4XJDA 3FI7A 1KXYA 1QUSA 1YAMA 1JTOL 4CHXA 1AKIA 5KXLA 1IWXA 4LYBA 1NKHA 1NMMA 1GE3A 1IP5A 1LHHA 1JEFA 4DD9A 4HV2A 1OUEA 1B7SA 1FKQA 1BVKC 3IJUA 3J4GA 1UIEA 3HBDA 4LT3A 1KIRC 1CKHA 2CDSA 3HFMY 2Z18A 5D5CA 3WL2A 3WU8A 1UC0A 2FYDA 1XGQC 2DQGY 3LN2A 2BQDA 3A95A 5AMYA 1AZFA 3TXKA 2BLXA 1F0WA 5C6IA 5B06A 5LYMA 4G4HA 4PJ2C 3OJPA 2AUBA 4QDNA 5E4PA 1JTPL 5A3ZA 1LHJA 3CSRA 1G7IC 1MELL 4YEMA 1JISA 1GXXA 1IEEA 1IC5Y 2Z38A 1IP6A 2XBRA 2G4PA 2ZQ3A 4OOOA 3WH1A 1IP3A 1LHLA 3WUNA 3N9EA 3D9AC 4NHPA 3W6BA 1H6MA 4H9BA 1GB3A 2HEAA 2W1YA 1BVXA 1LJHA 3G3BB 3GXKA 2DQJY 4NG8A 4R0FA 1C10A 2XBSA 4R6CA 5EBHA 3RT5X 3ULRA 1WQRA 1BB7A 1XGRC 3RZ4A 4EOFA 3AZ4A 3CSZA 1YL1X 1JJ3A 3EXDA 1SQ2L 1LZCA 2EKSC 4GCFA 3A91A 3WU7A 1F6RA 4CFPA 1IWZA 2EIZC 4L41A 3RW8A 1JSFA 3EBAB 2BQHA 4H9FA 3F6ZA 4HSFA 4XENA 4YM8A 1TEWA 1GEVA 1B7MA 4N5RA 3RNXA 4Z41A 3A34A 3P65A 1JIYA 1FLUA 5LVHA 1LZAA 3CT0A 5KXZA 5T3FA 3ATOA 3WVXA 2YSSC 4ZFPA 4NWEA 5F9XA 4MSTA 4Z3MA 4PPOA 3SP3A 1HFXA 1NWGA 1GFHA 3KAMA 1C7PA 1LMCA 1V7TA 1JKBA 3AZ7A 1LMAA 5F14A 4GCCA 4LYOA 1XSFA 1HSWA 4BADA 5APCA 2HEFA 3D3DA 1VDSA 1EL1A 2YVBA 3E3DA 3QNGA 1WQPA 4DD1A 1LAAA 4UWNA 4NHQA 4DD3A 1CJ9A 154LA 1GFVA 2I25L 1YKXX 5KXKA 3LYZA 3TMWA 5J7CA 3P66A 5KKIA 1CKGA 3LYTA 1GE1A 3WYHA 3W6EA 2ZIKA 4DDAA 3B6LA 5L9JA 3W6DA 1UIHA 1IWYA 3A93A 1IORA 4QEQA 1GPQC 1GF0A 1HSXA 1OUBA 4UWVA 4NY5A 1GBXA 2LYZA 1B7OA 1I56A 1N4FA 3K3TA 5LYZA 1GB9A 4N9RA 4M6DA 8LYZA 1NBYC 4KL7A 4LT1A 1LJGA 3A6CY 1B7RA 3TMVA 1LSEA 1G7JC 2BQCA 4H90A 3TXBA 3WUMA 1HC0A 2Y8PA 2BQBA 1INUA 4MR1A 3RU5A 5FEKA 4UWUA 1JWRA 1W08A 4O34A 1QTEA 5DM9A 1BWIA 1EQ5A 3B0KA 2LYOA 1LHMA 1C43A 1HF4A 1CJ8A 1B7PA 3QE8A 1CJ7A 4LYMA 4WOAA 1I20A 1OUAA 1VFBC 153LA 4I8SA 4NGYA 3AW6A 5KKJA 3TXEA 1YIKA 2FBBA 4J7VA 2LYMA 2MEHA 1HFYA 5I53A 4XJIA 1UIBA 3ZVQB 1LKRA 5HMVA 1GB8A 4XJBA 1T3PA 5LIOA 1REMA 4II8A 4U3XB 3TXIA 4OWEA 1IC7Y
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L97A 2F2NA 9LYZA 3WPKA 4NIJA 1LZGA 1L29A 2B6YA 5LINA 1JKAA 3D4SA 3W6CA 2DQHY 1IOTA 1UIAA 3HUKA 2MEDA 2B6TA 4K5YA 1L89A 1ZURA 2NWDX 4G9SA 3LZTA 3SB5A 4NG1A 2B70A 4YX7C 1L12A 1QUTA 4EKQA 4EXMA 1B5UA 110LA 1LSMA 4LZTA 3AJNA 4XADA 4BAFA 2NTGA 1LJ4A 3W6AA 1GAZA 4DD7A 1QSAA 1L46A 4PGJB 1IX0A 1IWVA 1C6FA 1L13A 5HNCA 1LZTA 5KJ9A 4I7JA 1KIPC 3TXHA 1L63A 3VWOA 2XJWA 1KW5A 5II3A 2ANVA 2D4KA 2BQEA 4ARQB 1SLYA 3DN6A 170LA 194LA 1IY4A 4OWAA 5C6JA 5I4XA 2I26L 1YL0X 133LA 1XEKA 1QQYA 1JITA 1XEIA 3DN0A 1GB2A 4ARMA 4J0LA 4H94A 1C6LA 123LA 3CDOA 260LA 1VATA 1BB6A 1KXXA 1TCYA 2C8OA 4EKPA 4RLMA 1QTCA 1KY1A 1C46A 2YBNA 2RB0X 4NGJA 5KXYA 1LGXA 1BWJA 3TXFA 1B7NA 4I7QA 1GFKA 1C60A 4H9IA 3C8RA 1YANA 1TLAA 2D4IA 4NGVA 1L24A 4WL6A 1DZBX 3AB6A 1KW7A 4HTKA 1D6PA 2LC9A 2HUBA 2F4AA 1V7SA 2FBDA 1JUGA 3AGGG 1C6QA 1P2CC 2DKVA 1L96A 4NGIA 1C6PA 3ZEKA 3GUNA 1D0MA 1WQOA 3SB9A 167LA 1VDPA 3DNAA 1NHBA 1LJEA 1P6YA 1IP1A 5LZMA 3OK0A 1GE2A 4PRQA 1L23A 4RDSA 3TMUA 3J6KA 3M3UA 1ZYTA 4G49A 1CU3A 4YXAC 230LA 3GXRA 3B72A 2OE4X 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HTX A;  2A7F A;  3QY4 A;  5B1G A;  1DPX A;  5LVG A;  9LYZ A;  2CWI A;  2F2N A;  3W3E A;  2BQA A;  4NIJ A;  3WPK A;  1HER A;  5A3E A;  1LZG A;  4W96 A;  5FST A;  2YBJ A;  1IO5 A;  2H9K A;  5LIN A;  1JKA A;  2I6Z A;  3W6C A;  2DQH Y;  1IOT A;  1LZD A;  1IIZ A;  1LZ4 A;  4GN3 A;  4HPI A;  4WM2 A;  1LOZ A;  1UIA A;  2MED A;  1DI3 A;  1GFG A;  4P2E A;  4AGA A;  3T36 A;  3ATN A;  2MEA A;  1O23 A;  4NSH A;  1GF3 A;  4TTD A;  1HMK A;  1LMN A;  4IJ4 A;  3A92 A;  4HPE A;  5KXT A;  3AYQ A;  4B4E A;  4MCK A;  2NWD X;  5APE A;  4G9S A;  2DQD Y;  3LZT A;  2H5Z A;  1LZS A;  3FE0 A;  3WMK A;  4NG1 A;  4H8X A;  1UID A;  1GBY A;  3WUA A;  1GE0 A;  4N1C C;  4WM5 A;  4A7D A;  5L3I A;  1B7Q A;  1IOQ A;  2W1M A;  4ETB A;  2YBH A;  1FLQ A;  1QDT A;  1QUT A;  4TX7 A;  5DL9 A;  1GF9 A;  1B5U A;  1KIQ C;  1GF7 A;  4LYT A;  1LSM A;  4C3W A;  1QSW A;  4LZT A;  3A96 A;  1HEP A;  3AJN A;  4H1P A;  6LYZ A;  1GF8 A;  4XAD A;  1HEN A;  1IWU A;  4GCD A;  1JJ0 A;  4GLA A;  4BAF A;  3A94 A;  4XN6 A;  4WLY A;  1LJ4 A;  1W6Z A; 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 5F9X A;  4MST A;  4Z3M A;  4PPO A;  3SP3 A;  1HFX A;  1NWG A;  1GFH A;  3KAM A;  1C7P A;  1LMC A;  1V7T A;  1JKB A;  3AZ7 A;  1LMA A;  5F14 A;  4GCC A;  4LYO A;  1XSF A;  1HSW A;  4BAD A;  5APC A;  2HEF A;  3D3D A;  1VDS A;  1EL1 A;  2YVB A;  3E3D A;  3QNG A;  1WQP A;  4DD1 A;  1LAA A;  4UWN A;  4NHQ A;  4DD3 A;  1CJ9 A;  154L A;  1GFV A;  2I25 L;  1YKX X;  5KXK A;  3LYZ A;  3TMW A;  5J7C A;  3P66 A;  5KKI A;  1CKG A;  3LYT A;  1GE1 A;  3WYH A;  3W6E A;  2ZIK A;  4DDA A;  3B6L A;  5L9J A;  3W6D A;  1UIH A;  1IWY A;  3A93 A;  1IOR A;  4QEQ A;  1GPQ C;  1GF0 A;  1HSX A;  1OUB A;  4UWV A;  4NY5 A;  1GBX A;  2LYZ A;  1B7O A;  1I56 A;  1N4F A;  3K3T A;  5LYZ A;  1GB9 A;  4N9R A;  4M6D A;  8LYZ A;  1NBY C;  4KL7 A;  4LT1 A;  1LJG A;  3A6C Y;  1B7R A;  3TMV A;  1LSE A;  1G7J C;  2BQC A;  4H90 A;  3TXB A;  3WUM A;  1HC0 A;  2Y8P A;  2BQB A;  1INU A;  4MR1 A;  3RU5 A;  5FEK A;  4UWU A;  1JWR A;  1W08 A;  4O34 A;  1QTE A;  5DM9 A;  1BWI A;  1EQ5 A;  3B0K A;  2LYO A;  1LHM A;  1C43 A;  1HF4 A;  1CJ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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