4ETEA

Lysozyme, room-temperature, rotating anode, 0.0021 mgy
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4eteA00
1FKVA 132LA 2XBSA 1GAZA 1YQVY 3W6BA 1A2YC 1IY3A 4J7VA 1NWGA 1YL1X 4WG1A 4ETCA 1GWDA 1GBOA 3HBEX 4LYTA 2Q0MX 1IP6A 1LHMA 1UIGA 1VDSA 3AZ6A 4A7DA 1LJ4A 1LSCA 1YKXX 2W1LA 5F9UA 1YKZX 153LA 2XJWA 3A67Y 4LYMA 3AZ5A 5L3HA 2BQJA 3TXHA 1B5YA 1GB8A 1GDXA 3B0OA 4DT3A 3M18B 5KXWA 3CSQA 4XJFA 3B72A 3LYZA 3TMWA 3P65A 2DKVA 4CGEA 4YOPA 1QQYA 1LJIA 4C3WA 1YAQA 2D6BA 3WPKA 4NGIA 4DC4A 4XN6A 4G4HA 2HEEA 1CJ8A 208LA 2HUBA 1HNLA 2HEAA 1REXA 3IJUA 1B7NA 4WO9A 1SQ2L 1LZ1A 1LMCA 3G3AB 4LYCA 3TMUA 3ZVQA 4B4EA 1B7LA 3P68A 2IHLA 4R0FA 4RLNA 1LSMA 1HSXA 1HFYA 1LTMA 4H9CA 4DD3A 4W94A 1OUDA 2Z2FA 1LMAA 2BQLA 3N9EA 2RSCA 1GB2A 1LZ4A 4HJYA 4RW1A 1LZTA 2F4AA 3W6EA 3AZ7A 1TBYA 4H8ZA 1F0WA 5B07A 5I54A 4ML7A 5KXXA 4RDSA 3TMVA 1QSAA 1GBZA 1XGPC 3FE0A 3A94A 4GCCA 4HTQA 1ALCA 1IR9A 1GFVA 4YM8A 1JSFA 5JENB 1HF4A 3WW6A 1B5XA 4PRQA 2BQEA 3KAMA 1B0DA 4ETEA 5I4WA 2LZ2A 4OWAA 1LHHA 4WO6A 2YSSC 2CGIA 4YENA 3WMKA 4DD9A 5L3IA 4HTNA 1IC5Y 1DI4A 4NGVA 3OK0A 1NKHA 1GF4A 5DN4A 1UACY 1FLUA 2LYOA 1C10A 1HHLA 1REMA 2PC2A 1LKRA 1CKCA 1D0LA 1REZA 3CT1A 4XJGA 5B06A 1OUEA 1OUAA 4WM5A 3IWRA 2CDSA 2LHMA 4I0CA 5HMJA 3WUNA 1IP1A 4L41A 1JSEA 2ZIJA 2LYZA 3TXGA 5ILCA 4YEOA 1FLQA 1I1ZA 5DN5A 1DPXA 3W6DA 154LA 1DKJA 1JJ1A 5IHGA 2F30A 1REYA 1UIBA 2YBHA 3A95A 1LJNA 1BWHA 4WM2A 4NGWA 4H93A 1FBIX 2LYMA 2W1XA 4H9HA 4KL7A 2G4PA 5FELA 1HEOA 1HEQA 1GBXA 1J1XY 2CWIA 1LJGA 2MEDA 3QNGA 2ZYPA 4ET8A 3AW6A 2FYCA 4DYGA 3AGGG 4WG7A 3CB7A 4NGJA 4NY5A 1LYYA 4BAPA 4YF2A 1GD6A 1GF8A 1JJ3A 5C6LA 4XYYA 1LZRA 3WU7A 4ETBA 5II3A 4H94A 4OOOA 5KXPA 4IJ4A 1LHJA 1BHZA 1F6SA 1LZBA 1B5WA 3W3EA 4HTKA 5L9JA 1VDTA 3CT0A 3WH1A 4NSHA 5T3FA 1OUGA 2YBLA 5KXMA 4XENA 4GCFA 1NDGC 1JUGA 1MLCE 1W08A 2BQGA 1DZBX 1NBZC 2BQDA 1G7HC 1C08C 1RE2A 5LAGA 1WTMA 1YAMA 3RU5A 2EKSC 1CJ9A 1UIEA 4U3XB 1B7QA 3TXIA 1BQLY 1IWZA 4XADA 4WM4A 4N1CC 4I8SA 1GF9A 1OUCA 1BWJA 1LSFA 1KXXA 2CJLA 1FLWA 1LMPA 3A6CY 4PRUA 3J4GA 1G7MC 4H9EA 1IEEA 1HFXA 2Z39A 2BLXA 5LAFA 1JPOA 1JITA 4WMGA 1D9UA 1FLYA 4NHPA 1LSBA 1OUFA 1BB6A 1LJEA 1UBZA 1XEJA 4DDBA 2BQBA 4DWXA 5LVHA 1BB4A 2HU1A 5B59A 1KIQC 1GE1A 4MR1A 3A91A 1H6MA 1LSEA 2DBTA 5E4PA 4WLYA 4WLXA 1MELL 3A3RX 1XFPL 1LMQA 1OP9B 1UUZC 1VFBC 1IWYA 4GN4A 3ATOA 4HP0A 4D9ZA 5LYZA 2Z2EA 3HBHA 2ZNXY 4TX7A 1IWVA 1XEIA 4GCEA 4PHIA 4WM1A 1JKAA 3T6UA 3P4ZA 3LYOA 2D91A 4FDYA 2BQCA 4H8XA 4QEQA 1CKFA 4DD0A 4NIJA 1GFTA 5DM9A 1GB7A 3TXJA 4LYOA 1EL1A 4XJBA 2FYDA 4QDNA 4W96A 4J0LA 4PJ2C 3ZEKA 2HTXA 1IC4Y 5D5CA 1IOCA 5DLAA 1CKDA 1T3PA 1IP5A 1LHKA 4LYBA 4QGZA 1IWTA 1LCNA 3LN2A 3A90A 1GE0A 5FDJA 2BLYA 1LHIA 2YBNA 4NHIA 5B1GA 5KXNA 1O23A 2HEBA 1GFKA 1C45A 3W6AA 1IWUA 4MCKA 5F16A 4ETDA 4LFPA 1G7IC 207LA 4TSCA 1GHLA 1LJKA 4OWEA 2Z12A 4PGJB 1QTKA 2BPUA 2Z18A 3EBAB 3LYTA 1LMOA 4B49A 4HPIA 4NSJA 5KY1A 1NQIA 1YL0X 1IORA 1GPQC 1OUJA 2G4QA 2A7DA 2W1YA 3WUAA 4TTDA 5LA8A 3HBDA 1IWXA 4KT3A 1TDYA 3B0KA 2ZNWY 1NDMC 4ZFPA 4LT1A 3G3BB 1KXYA 1FN5A 4WL6A 4NHQA 5LVKA 1GF3A 1LZDA 2HEDA 1GDWA 1LPIA 1WVVA 5FEKA 1AM7A 2Z37A 1LZ6A 1WVUA 1YROA 4HSFA 4P2EA 3N9CA 1NHEA 1RFPA 3WUMA 4ET9A 1YKYX 4AGAA 4J1BA 4TWSA 3W6CA 3WVYA 3SP3A 1VAUA 3P66A 4ZEEA 2NWDX 1JTPL 1GFGA 2FBDA 3CQLA 6LYTA 2BQFA 1CJ6A 2EIZC 1LZ5A 1KIRC 3WPJA 5M1YA 1LSYA 3RT5X 1BB5A 1AZFA 3OJPA 2W1MA 1N4FA 2DQGY 1DI5A 1QDRA 3CSRA 3A8ZA 5I4YA 1CNSA 1GF7A 1P2CC 4CFPA 1XGRC 4LT3A 5APFA 1YANA 9LYZA 2YBJA 1LZ8A 1QTEA 2HEFA 3P64A 1CKHA 4YEMA 6LYZA 1AKIA 1XGTC 4Z46A 3M3UA 4G4BA 4XJDA 1UIAA 1B7OA 2BAAA 2D4KA 5LYTA 1JHLA 5LXWA 5LA5A 1LSZA 4HJVA 3RW8A 1GBSA 1LYSA 2BQAA 3D9AC 5A3ZA 4NWEA 1IOSA 2MEEA 4HJZA 3T36A 2DQJY 4NSIA 4R6CA 1JISA 3WYHA 5KKIA 1B7MA 1IOQA 1IP4A 1B9OA 1LSAA 4LYZA 1BVKC 1LSDA 2I25L 3AGHA 2GV0A 3K3TA 4J1AA 4NHSA 4DD1A 133LA 2MEHA 4PPOA 2D4JA 1GF6A 1WQPA 4UWUA 2C8OA 5K7OA 1IC7Y 5ILFA 1QUTA 1HELA 3GXKA 1LZSA 1A4VA 1VEDA 135LA 1EQ4A 1ZVYB 2WARA 1BWIA 3A96A 1GEZA 5KJ9A 2FBBA 4NG1A 5APDA 1HSWA 1F6RA 1VDPA 2YDGA 4ETAA 2X0AA 2A7FA 4H9IA 3A6BY 2YVBA 5LVGA 1DPWA 1DQJC 4CJ2A 3WXTA 4EMNA 4DD2A 1WQRA 1DI3A 1WTNA 1IR7A 5A3EA 2H5ZA 1GB0A 1JWRA 2G4NA 4H91A 1IOTA 2ZYCA 2HECA 5KXRA 2DQCY 3D3DA 1QIOA 2HU3A 3VWOA 4G4CA 4AXTA 4WOAA 4NG8A 4OOTA 1LSNA 1NBYC 3AW7A 2ZQ3A 1UIDA 4XJHA 1LYZA 5HQ1A 2BQKA 4XJIA 1OUHA 3AGIA 4MSTA 5LINA 1LJJA 2Z38A 4BS7A 1JTOL 5DL9A 4RLMA 1IX0A 1Z55A 1XEKA 4NSGA 1BB3A 4RW2A 3B0IA 1IWWA 2ZWBA 1IY4A 3TXDA 4NGKA 2AUBA 3WPLA 4X3BA 4WM6A 1RJCB 1OUIA 4LT0A 4Z98A 5KXSA 1HENA 1IIZA 3WL2A 5F9XA 4M6DA 4WLTA 1KIPC 2EQLA 3WU9A 1JKBA 1IO5A 1LMTA 1GE2A 3BKVA 4N1EI 1HFZA 5D5FA 1UIFA 1XGQC 2YBIA 1LHLA 4WLDA 5HNCA 4N9RA 3WU8A 3WVXA 1NMMA 1GB3A 1IP7A 3MGWA 3N9AA 5IELA 3B6LA 4H9BA 1KXWA 5FCPA 1GXV2 194LA 1AT6A 1JKDA 3GXRA 5LYMA 193LA 134LA 1UA6Y 1ZMYL 1SLYA 2MEIA 5HLLA 1DXJA 3TXFA 4M4OA 3FI7A 2H9JA 5B1FA 5IDDA 5LVJA 1HEPA 1GBWA 4B4JA 4CHXA 1GBYA 1LZYA 1QUSA 1LSPA 1LZEA 1V7TA 1G7JC 2Y8PA 1IP2A 1GF5A 2N5ZA 4IATA 4O34A 4EOFA 4NWHA 3QE8A 4ANRA 1DKKA 2H9KA 1YILA 3CT5A 4DDAA 3TXEA 1JKCA 1PS5A 1GAYA 5KXYA 1G7LC 3LZ2A 4B1AA 1JTTL 1IP3A 4FJRA 5KKJA 1EQEA 5AMYA 4QY9A 4NGOA 3CSZA 4OWBA 3F6ZA 5KXOA 4HV2A 4CFOA 1INUA 1GE3A 1RCMA 5APEA 1ZVHL 1IVMA 2XBRA 1JIYA 1LSGA 4LZTA 1D6QA 1OQMA 4B4IA 1PZYA 2I6ZA 2XTHA 5LIOA 4WL7A 1QSWA 1YAPA 1J1PY 3J6KA 3LZTA 5KXZA 1GF0A 1IR8A 1HC0A 4H90A 4TSBA 1OUBA 4NGLA 1I56A 1LZCA 1W6ZA 2C8PA 4GCDA 1C7PA 3EXDA 2F4GA 1GXXA 1LOZA 5F81A 4GCBA 1AT5A 2MECA 1JEFA 3A93A 2BQIA 1GEVA 2BQOA 3A3QA 3LHMA 4LT2A 5APCA 3W6FA 5I4XA 1B5UA 5F14A 4KPMA 3EMSA 4OWCA 1E8LA 4HV1A 1V7SA 2ZQ4A 1GFRA 1HERA 2DQEY 2YBMA 1XSFA 4NHTA 3EO5A 1WQOA 4NEBA 4NGZA 3TXKA 1BVXA 2EPEA 1HMKA 2MEFA 2MEBA 1FKQA 1B5VA 4G49A 1C46A 5KXTA 1LKSA 1T6VL 1ZV5L 1GFEA 5HMVA 5EBHA 3LYMA 4OW1A 1BGIA 1CKGA 5FSTA 3WW5A 1VATA 2DQIY 4ZIXA 1B5ZA 1GB9A 4G9SA 1F10A 4KXIA 1LZGA 3HFMY 4NFVA 1UIHA 5LVIA 3TXBA 2F2NA 2ZILA 2DQHY 4GN5C 7LYZA 2D4IA 5J7CA 5HNLA 5I53A 3ZVQB 1TAYA 2DQFC 1WQQA 2IFFY 4N0JA 1LJ3A 3AJNA 1GE4A 3ULRA 4UWVA 4N5RA 2B5ZA 1VDQA 1LZNA 1LAAA 1EQ5A 1LJFA 1LZAA 1RI8B 3E3DA 3IJVA 2BQNA 4C5FA 5KXLA 4H92A 5E9RA 2ZIKA 1FDLY 4Z41A 1B2KA 1HEWA 4H9FA 4H9AA 1BB7A 2VB1A 2LZTA 5FHWA 5B05A 3AYQA 1GB5A 1UICA 3AZ4A 3A92A 1TCYA 4DDCA 1WQMA 4LGKA 4BADA 4Z3MA 5KXKA 1LZ9A 4LFXA 5I5QA 3WULA 1GFAA 1LYOA 1B7SA 1GFUA 3ATNA 3QY4A 4TUNA 4GLAA 4WM3A 1D0KA 1GFJA 3A34A 4H8YA 2MEGA 1JJ0A 1NF5A 2DQAA 1H87A 1B7PA 1GFHA 1WQNA 1HEMA 4GLVA 3AB6A 1LMNA 2MEAA 3TMXA 1C43A 4N8ZA 4BAFA 1D0MA 5C6IA 1QDTA 4B0DA 3RZ4A 1J1OY 1CJ7A 2BQMA 1UCOA 1UC0A 2BQHA 3WXUA 1HMLA 8LYZA 4E3UA 1YIKA 4OWHA 2I26L 1B7RA 1GB6A 1LJHA 1TEWA 1D6PA 1YAOA 2DQDY 3BKHA 4II8A 4HPEA 4NGYA 5C6JA 1XGUC 4IASA 4H1PA 1I20A 4GN3A 3RNXA 2Z19A 4UWNA 4DD7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FKVA 3W6BA 1IY3A 1CU3A 4ETCA 1GBOA 4LYTA 1VDSA 4A7DA 157LA 1YKXX 4EPFA 2BQJA 1QT3A 1G0KA 189LA 185LA 2DKVA 1ZURA 1LJIA 4C3WA 3WPKA 115LA 1CJ8A 208LA 1HNLA 3IJUA 1CTWA 227LA 1KS3A 3P68A 1HFYA 4I7KA 4H9CA 1OUDA 1L17A 1GB2A 1LZ4A 3W6EA 3AZ7A 3DNAA 1L49A 1P2LA 3DKEX 3FE0A 4W53A 4YM8A 1C68A 235LA 4PRQA 3KAMA 166LA 2YSSC 2CGIA 4YENA 1L32A 1C6HA 1NKHA 1C6LA 2IGCA 256LA 2LYOA 1C62A 2RB0X 1D0LA 1D3MA 1OUAA 1C6IA 3DMZA 1L00A 2CDSA 3WUNA 1IP1A 1JSEA 2ZIJA 1L30A 1PQDA 2LYZA 1LYGA 4YEOA 154LA 4H93A 4H9HA 3SB7A 3QNGA 1HEOA 1L84A 4ET8A 2MEDA 1QS5A 4WG7A 3HT7A 3SBBC 4YF2A 1L92A 2RAZX 4I7MA 4IJ4A 1F6SA 1B5WA 1L04A 3WH1A 1OUGA 2HUKA 4GCFA 1L10A 4W56A 2BQGA 1C08C 2EKSC 1UIEA 3TXIA 242LA 1LWKA 1IWZA 4XADA 4WM4A 173LA 4I8SA 1OUCA 3F9LA 3A6CY 3J4GA 2BLXA 4PK0A 226LA 1LSBA 1UBZA 1BB6A 1LJEA 1BB4A 2HU1A 1GE1A 261LA 4MR1A 4E97A 4I7PA 4WLYA 1P56A 3GUJA 3A3RX 4GN4A 1UUZC 5LYZA 2Z2EA 2ZNXY 1IWVA 4WM1A 3HT8A 3P4ZA 1C67A 4H8XA 1CKFA 4DD0A 1GFTA 1GB7A 3TXJA 232LA 184LA 2FYDA 4OO9A 4EPIA 2OU9A 1IC4Y 2RH1A 1QUDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FKV A;  132L A;  2XBS A;  1GAZ A;  1YQV Y;  3W6B A;  1A2Y C;  1IY3 A;  4J7V A;  1NWG A;  1YL1 X;  4WG1 A;  4ETC A;  1GWD A;  1GBO A;  3HBE X;  4LYT A;  2Q0M X;  1IP6 A;  1LHM A;  1UIG A;  1VDS A;  3AZ6 A;  4A7D A;  1LJ4 A;  1LSC A;  1YKX X;  2W1L A;  5F9U A;  1YKZ X;  153L A;  2XJW A;  3A67 Y;  4LYM A;  3AZ5 A;  5L3H A;  2BQJ A;  3TXH A;  1B5Y A;  1GB8 A;  1GDX A;  3B0O A;  4DT3 A;  3M18 B;  5KXW A;  3CSQ A;  4XJF A;  3B72 A;  3LYZ A;  3TMW A;  3P65 A;  2DKV A;  4CGE A;  4YOP A;  1QQY A;  1LJI A;  4C3W A;  1YAQ A;  2D6B A;  3WPK A;  4NGI A;  4DC4 A;  4XN6 A;  4G4H A;  2HEE A;  1CJ8 A;  208L A;  2HUB A;  1HNL A;  2HEA A;  1REX A;  3IJU A;  1B7N A;  4WO9 A;  1SQ2 L;  1LZ1 A;  1LMC A;  3G3A B;  4LYC A;  3TMU A;  3ZVQ A;  4B4E A;  1B7L A;  3P68 A;  2IHL A;  4R0F A;  4RLN A;  1LSM A;  1HSX A;  1HFY A;  1LTM A;  4H9C A;  4DD3 A;  4W94 A;  1OUD A;  2Z2F A;  1LMA A;  2BQL A;  3N9E A;  2RSC A;  1GB2 A;  1LZ4 A;  4HJY A;  4RW1 A;  1LZT A;  2F4A A;  3W6E A;  3AZ7 A;  1TBY A;  4H8Z A;  1F0W A;  5B07 A; 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 3WW5 A;  1VAT A;  2DQI Y;  4ZIX A;  1B5Z A;  1GB9 A;  4G9S A;  1F10 A;  4KXI A;  1LZG A;  3HFM Y;  4NFV A;  1UIH A;  5LVI A;  3TXB A;  2F2N A;  2ZIL A;  2DQH Y;  4GN5 C;  7LYZ A;  2D4I A;  5J7C A;  5HNL A;  5I53 A;  3ZVQ B;  1TAY A;  2DQF C;  1WQQ A;  2IFF Y;  4N0J A;  1LJ3 A;  3AJN A;  1GE4 A;  3ULR A;  4UWV A;  4N5R A;  2B5Z A;  1VDQ A;  1LZN A;  1LAA A;  1EQ5 A;  1LJF A;  1LZA A;  1RI8 B;  3E3D A;  3IJV A;  2BQN A;  4C5F A;  5KXL A;  4H92 A;  5E9R A;  2ZIK A;  1FDL Y;  4Z41 A;  1B2K A;  1HEW A;  4H9F A;  4H9A A;  1BB7 A;  2VB1 A;  2LZT A;  5FHW A;  5B05 A;  3AYQ A;  1GB5 A;  1UIC A;  3AZ4 A;  3A92 A;  1TCY A;  4DDC A;  1WQM A;  4LGK A;  4BAD A;  4Z3M A;  5KXK A;  1LZ9 A;  4LFX A;  5I5Q A;  3WUL A;  1GFA A;  1LYO A;  1B7S A;  1GFU A;  3ATN A;  3QY4 A;  4TUN A;  4GLA A;  4WM3 A;  1D0K A;  1GFJ A;  3A34 A;  4H8Y A;  2MEG A;  1JJ0 A;  1NF5 A;  2DQA A;  1H87 A;  1B7P A;  1GFH A;  1WQN A;  1HEM A;  4GLV A;  3AB6 A;  1LMN A;  2MEA A;  3TMX A;  1C43 A;  4N8Z A;  4BAF A;  1D0M A;  5C6I A;  1QDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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