4ETEA

Lysozyme, room-temperature, rotating anode, 0.0021 mgy
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4eteA00
4DD9A 1CKFA 4FJRA 1FLUA 2A7FA 3IJVA 1IWVA 1IX0A 2F2NA 1G7LC 5I4XA 2MEEA 4IATA 3TXGA 1LKSA 4EMNA 1FN5A 1CJ9A 1GBWA 1AT5A 3HFMY 3TXFA 1JSEA 1LJ3A 3EBAB 3WXUA 5KXNA 2Z39A 4WL7A 1GAYA 1LJIA 3WUMA 5B59A 1WQOA 4MR1A 3A96A 4UWVA 1EQEA 4NHIA 1GF4A 3D3DA 4G9SA 208LA 1LSPA 1ALCA 4GN4A 1REYA 1WQMA 5KY1A 1UACY 4MSTA 5LA8A 1CKCA 1GE4A 1KXWA 4Z46A 4NGLA 4UWUA 4WLDA 4ZEEA 2HU3A 1GF6A 1FLWA 4OWEA 3RW8A 4NGVA 1HEMA 3LYMA 2W1XA 1QUTA 3A8ZA 1DKKA 4KPMA 4BADA 1OUFA 4WMGA 5F81A 3QNGA 4HTKA 1TCYA 3EO5A 3RT5X 2LZTA 4WM1A 5KXWA 1CKGA 1QSWA 5KXLA 3IWRA 4PHIA 1LSFA 3WPJA 2YVBA 1LSDA 5L9JA 1IOQA 1IWWA 4NGKA 1IP7A 1GFKA 4NG8A 1YROA 4B0DA 1O23A 2D4JA 1RJCB 3TMXA 2HU1A 3B0OA 1NWGA 4R6CA 5KJ9A 4ANRA 1EQ5A 4II8A 1YAQA 1IR9A 2CGIA 3AZ4A 4NWHA 1UIEA 4HP0A 4NY5A 2BQNA 1FLQA 4IASA 4LT0A 4OWAA 2MEDA 1DPXA 1OUAA 4WO9A 1GBZA 1BVKC 4XJHA 2BQKA 3TXDA 1ZV5L 1LJKA 1NDMC 2NWDX 2Z37A 1IORA 3AZ7A 3CSQA 4G49A 3AZ5A 1BWJA 1HNLA 2H5ZA 3AW6A 1LAAA 1IOCA 1HSWA 5HQ1A 2ZILA 4RLNA 4GCCA 2G4QA 2HEBA 2D91A 1DPWA 3ZEKA 5LXWA 1B5XA 1LSZA 1WVUA 1QSAA 3LYZA 4M6DA 4HJVA 4GLVA 4WG7A 1PS5A 1OUIA 4RW2A 1LHIA 3B0KA 2Z38A 1C46A 4NHPA 3W3EA 3GXKA 2HEFA 1LOZA 1QQYA 1WVVA 1V7TA 1DQJC 2BQGA 2I6ZA 3ATOA 3WU7A 4DDBA 1JPOA 1UBZA 2LZ2A 4GLAA 4C3WA 2A7DA 4N1EI 1LMOA 193LA 2MEAA 4H90A 3A6BY 1BVXA 3G3BB 1AKIA 1OUHA 1D6QA 1IWUA 1GPQC 1Z55A 2MECA 2DQFC 2MEFA 2ZIJA 4H9FA 1LZ1A 4LFPA 4WLXA 3AW7A 2W1MA 5FDJA 1HHLA 3CT0A 3CT1A 5LAFA 154LA 5KKJA 4TTDA 5B1GA 3B6LA 4NSIA 1PZYA 1GEVA 3WL2A 1QDTA 4HPIA 3W6AA 1UIDA 5C6LA 1BB6A 3J6KA 2DQCY 1VFBC 1NDGC 1XEIA 2HUBA 2DQEY 1LJHA 4LT2A 4B4JA 1GFJA 1WQPA 1CKDA 1D0KA 2BQIA 5II3A 2G4NA 1V7SA 3A6CY 2C8PA 2MEBA 3QE8A 2BQMA 3HBEX 1IP1A 4R0FA 1KIPC 1TAYA 1H87A 3OJPA 3WUAA 1AT6A 1LZ5A 2ZYCA 3CB7A 4N5RA 1GB3A 5I5QA 1GF8A 4HSFA 1GE2A 5LVJA 2D4IA 4J1BA 1LZYA 5FSTA 4GN5C 2FYCA 7LYZA 5B1FA 1MELL 1GFGA 3AGIA 1LPIA 3A91A 5I54A 5EBHA 1LMPA 2LYZA 1JHLA 1LMNA 2AUBA 2FBBA 5D5FA 1W08A 1HSXA 1UC0A 2BQCA 4XN6A 5T3FA 4B49A 1A4VA 5KXSA 1JISA 4QDNA 1WQRA 1G7HC 3CSRA 4CHXA 1REMA 1WQNA 4Z3MA 1GBXA 3ZVQB 4WM2A 5LAGA 3TMWA 1OUEA 132LA 1C08C 1H6MA 8LYZA 5L3IA 2BQFA 5LINA 4AGAA 1IR7A 1GF5A 3A94A 5ILCA 1F6SA 5LVHA 1FDLY 5LVKA 1IP3A 1NBYC 5F16A 1QDRA 1LMAA 2N5ZA 1B9OA 5B05A 4HTNA 2W1LA 1MLCE 5I53A 5DN5A 1ZMYL 3K3TA 3LZ2A 1LSYA 1LZSA 3RZ4A 3TXHA 4G4HA 4TWSA 5LA5A 1BQLY 1NQIA 1RE2A 5E9RA 1DI5A 2DQHY 1NBZC 4TUNA 1TBYA 3BKVA 1CJ8A 1LCNA 3WH1A 4UWNA 5KXPA 4AXTA 1JWRA 1HERA 4NGIA 3P4ZA 4WM6A 4WLYA 1UIGA 2I26L 3A67Y 4RW1A 4HJYA 1F0WA 1DXJA 5J7CA 2XTHA 1GFTA 4E3UA 1C10A 1JTTL 4WG1A 1JKBA 3GXRA 4YEOA 1JEFA 4HV2A 1UCOA 1N4FA 2DQGY 2BLYA 2DQJY 5DN4A 1GB6A 1GB8A 1P2CC 1YILA 4OWHA 5KXOA 5HLLA 2YSSC 1GB7A 2C8OA 5A3ZA 3B72A 1JSFA 4H9AA 1WTNA 4J0LA 1XGPC 5LVIA 4BAFA 1LZTA 1LHKA 2XBSA 3TXKA 2HEDA 2WARA 2YBNA 1YAOA 4CFPA 1B7LA 4WM3A 4ET8A 5JENB 1DI3A 1LZRA 1D0MA 1SQ2L 3T36A 3LYTA 1LJEA 4NGJA 4N1CC 3MGWA 4DD7A 4H9HA 3AGHA 1GFEA 1HMLA 1HFYA 3RU5A 1GBSA 4OW1A 2EQLA 4NGWA 3WXTA 4DDCA 1GXV2 5KXTA 4NGYA 1JKDA 1IC4Y 4ETAA 5D5CA 1OUDA 4RDSA 2MEIA 4DD2A 4BAPA 1JJ3A 3F6ZA 3E3DA 1LSGA 4B1AA 4GCBA 1LJNA 2Y8PA 4A7DA 4LYZA 3WW6A 3WULA 1IWXA 3AYQA 2ZWBA 4HJZA 5FEKA 2BQBA 4XJGA 2Z12A 1UIBA 1XSFA 4H91A 4N8ZA 4B4IA 1OUGA 1JJ0A 3CSZA 4LYOA 4Z98A 1GF0A 2G4PA 1GAZA 3ULRA 4ETCA 1IC5Y 1GD6A 1LYSA 1F6RA 2LHMA 1LZ6A 1LZDA 1D0LA 2YBMA 1J1PY 1BGIA 3WPKA 1E8LA 1B5ZA 3N9EA 4H93A 5HMJA 4WM5A 1JTOL 4NSHA 2BAAA 1DI4A 2LYOA 4KL7A 2YBLA 3A90A 3A92A 1IVMA 1IP5A 3BKHA 1LZNA 1UA6Y 4WM4A 1QTKA 2CDSA 1LHMA 1B5UA 2DQDY 5AMYA 4PJ2C 2XBRA 1RI8B 1IY3A 1ZVYB 2DQAA 2FBDA 2ZIKA 4XJBA 4Z41A 4PRQA 3A93A 1HEQA 4W94A 4D9ZA 1GE0A 4H8YA 4NGZA 2Z19A 2MEGA 1QUSA 1B7PA 3QY4A 5KXXA 4QEQA 4GCFA 1TEWA 3CQLA 1JUGA 1EQ4A 4DDAA 2BQAA 1BB3A 3WU9A 1IWZA 5B06A 3A3QA 1GBYA 1IIZA 5APFA 2DKVA 5HMVA 1NMMA 3B0IA 3VWOA 4KT3A 4G4CA 1HEPA 4DYGA 1CJ7A 1HC0A 1GB2A 1UIFA 4LT1A 4QY9A 1BB5A 1HMKA 1QIOA 1QTEA 4J1AA 1GFRA 4YENA 1LMCA 1BHZA 1XGTC 2Q0MX 5I4WA 1XEJA 5IDDA 1A2YC 2RSCA 5IELA 4OWCA 1VDQA 3IJUA 1BB7A 1LJJA 1B5YA 4H9BA 3AZ6A 3OK0A 4HV1A 1C7PA 1LYOA 4XENA 5HNLA 5FCPA 4LYTA 1FLYA 4NSJA 1GEZA 1KXXA 3WVYA 4EOFA 3CT5A 1B7NA 1LHJA 1JKCA 1YL1X 1RFPA 4P2EA 1GB9A 2EKSC 1XFPL 5LYMA 1OUJA 1LZCA 1B7QA 4M4OA 3WU8A 1LSBA 4NSGA 4NFVA 1IEEA 1B5WA 4CFOA 2EPEA 5LYTA 3KAMA 1GHLA 133LA 1LYZA 4O34A 3TXJA 4GCDA 4H1PA 5F9UA 3P64A 1IO5A 2HEEA 1CJ6A 3LZTA 5KXZA 3A95A 1IP6A 5APDA 1IC7Y 4W96A 1GE3A 1LJFA 4H8ZA 4XJDA 1B0DA 2H9JA 4I0CA 4DC4A 2BPUA 3HBDA 4H92A 1G7JC 5FELA 1IOSA 1GF3A 1NF5A 1LZBA 5A3EA 1LKRA 1GDXA 2YDGA 4LT3A 3TMUA 1LHHA 3WUNA 1AM7A 1YAPA 2EIZC 4OOOA 4WL6A 3LHMA 1DKJA 1WQQA 134LA 1BB4A 1NKHA 4NHQA 1G7IC 1CNSA 2MEHA 2PC2A 4HTQA 4TSCA 4PRUA 1GXXA 3AB6A 3WW5A 4ETEA 4MCKA 4NIJA 1VDTA 1I1ZA 1JTPL 2HEAA 2IHLA 1VDPA 4TSBA 1LMQA 4X3BA 4OOTA 1FKVA 1J1XY 1B2KA 4IJ4A 3FE0A 3TXBA 5KXMA 3TXEA 2YBJA 5ILFA 3D9AC 1AZFA 2D6BA 3AGGG 4NHTA 1HFXA 1SLYA 1IWTA 1YIKA 5F9XA 1REZA 4XJIA 4ET9A 1CKHA 2B5ZA 2CWIA 4TX7A 2HECA 1LMTA 1I56A 1GFVA 1D9UA 1LSNA 1VATA 1LZGA 2BQOA 3P66A 2XJWA 4ZIXA 3LYOA 9LYZA 4N0JA 3W6FA 6LYTA 1UUZC 1LJGA 5KKIA 1B7SA 1BWHA 1LSCA 1XGQC 1T6VL 3WYHA 5DL9A 2IFFY 2ZQ3A 1OQMA 4G4BA 4H8XA 4XADA 1JJ1A 1GB0A 3EMSA 3J4GA 3M18B 1GB5A 1B7MA 3TMVA 2BQEA 4J7VA 135LA 4LZTA 1JITA 1YKXX 5E4PA 3RNXA 3ZVQA 3FI7A 1J1OY 4YF2A 1HEWA 1YAMA 2F30A 4LFXA 1G7MC 1YKYX 4YOPA 3P68A 1HENA 4PGJB 4RLMA 3WMKA 3A3RX 1VEDA 2HTXA 5DM9A 2X0AA 3EXDA 4NGOA 5APEA 1GF9A 5LVGA 1IP2A 3A34A 2Z18A 1NHEA 2H9KA 1INUA 1B7RA 1JKAA 1EL1A 2DBTA 2Z2FA 3N9AA 1GF7A 4ETDA 1I20A 4XJFA 5APCA 1UIAA 4NG1A 1KXYA 1YANA 2W1YA 4H9CA 4U3XB 4DT3A 153LA 4PPOA 2ZNWY 1FBIX 1LSAA 1RCMA 1UICA 4NWEA 2LYMA 2YBIA 4WOAA 3AJNA 1GFUA 5F14A 4CJ2A 1OUCA 2FYDA 5K7OA 4YEMA 4ZFPA 1YL0X 4H9IA 1LJ4A 3T6UA 4L41A 2YBHA 4DD3A 2BQJA 2ZQ4A 1LSMA 1IY4A 4HPEA 2ZNXY 1HFZA 1REXA 1B7OA 1FKQA 1GWDA 2F4AA 4FDYA 4YM8A 1IWYA 4NHSA 1GFAA 3P65A 2DQIY 3W6EA 1LSEA 5IHGA 4WLTA 194LA 4XYYA 5I4YA 5M1YA 2Z2EA 4H9EA 1C43A 1VAUA 1JIYA 1GBOA 2BLXA 2BQHA 4LYCA 5LIOA 4DWXA 3HBHA 5KXYA 2BQDA 3WPLA 207LA 3W6DA 1OP9B 1LZ8A 2D4KA 1LYYA 4BS7A 1DZBX 1B5VA 1XGUC 3SP3A 5L3HA 1T3PA 1ZVHL 2VB1A 1UIHA 2I25L 1GE1A 1LZEA 1YQVY 3W6CA 1VDSA 4GN3A 4NEBA 1IP4A 4H94A 4LYBA 4CGEA 1HEOA 1WTMA 3TXIA 1XEKA 1F10A 2ZYPA 4ML7A 3G3AB 5LYZA 3LN2A 5DLAA 1BWIA 1D6PA 1LHLA 5KXKA 5KXRA 4LGKA 1C45A 5B07A 3WVXA 1GFHA 5C6JA 6LYZA 4OWBA 4C5FA 4ETBA 4KXIA 4DD1A 1IOTA 4WO6A 1KIRC 1LTMA 5HNCA 1GDWA 5FHWA 2F4GA 4LYMA 4N9RA 4GCEA 3ATNA 5C6IA 1XGRC 1OUBA 1W6ZA 4DD0A 1KIQC 1LZAA 1LZ9A 3N9CA 1LZ4A 1TDYA 2GV0A 1HF4A 1HELA 4B4EA 2BQLA 3M3UA 4QGZA 4I8SA 2CJLA 1IR8A 1YKZX 3W6BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2L78A 1FLUA 1T8AA 3IJVA 1SSYA 1IWVA 2F2NA 2LCBA 1G7LC 128LA 4YXCA 4IATA 1LKSA 1T6HA 1AT5A 1JSEA 3EBAB 3WXUA 1L90A 249LA 3D3DA 114LA 1REYA 1L11A 122LA 1UACY 4MSTA 1KXWA 2ANXA 4WLDA 4UWUA 4OWEA 4NGVA 180LA 3LYMA 2HUMA 1QUTA 4KPMA 4BADA 4WMGA 4HTKA 1TCYA 5KXWA 4PHIA 3WPJA 125LA 1L32A 2YVBA 1IOQA 1IWWA 247LA 1IP7A 1GFKA 2F47A 176LA 1YROA 2D4JA 3TMXA 4R6CA 4II8A 2RB0X 1QTDA 4WO9A 3HH3A 160LA 168LA 1ZV5L 1LJKA 1NDMC 2Z37A 1IORA 3AZ7A 191LA 3AZ5A 4RLNA 2B6XA 4GCCA 2G4QA 2HEBA 1DPWA 5LXWA 1B5XA 2CUUA 1L37A 1PS5A 1C46A 2HEFA 1LOZA 2OTYX 1V7TA 2I6ZA 4DDBA 1G1VA 4C3WA 2A7DA 4N1EI 2NTGA 2MECA 4PJ2C 4LFPA 3TXIA 2W1MA 3CT1A 5KKJA 1L12A 1PZYA 190LA 1GEVA 212LA 4I7SA 3WL2A 1QDTA 1VFBC 1LWKA 1NDGC 1QS9A 260LA 2HUBA 1LJHA 3GULA 3CDOA 1LI6A 3NYAA 1LW9A 165LA 1CKDA 1D0KA 1SX2A 3A6CY 1SSWA 3QE8A 4R0FA 1KIPC 1G0QA 1L0JA 3WUAA 2ZYCA 157LA 1GB3A 5I5QA 1GF8A 1SWYA 5FSTA 2FYCA 1L61A 3GUIA 2FBBA 3HDFA 1L41A 1JISA 4QDNA 188LA 3TMWA 132LA 1IR7A 3A94A 1FDLY 1QTCA 162LA 1NBYC 257LA 4HTNA 1T8FA 5I53A 1CU0A 1LSYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DD9 A;  1CKF A;  4FJR A;  1FLU A;  2A7F A;  3IJV A;  1IWV A;  1IX0 A;  2F2N A;  1G7L C;  5I4X A;  2MEE A;  4IAT A;  3TXG A;  1LKS A;  4EMN A;  1FN5 A;  1CJ9 A;  1GBW A;  1AT5 A;  3HFM Y;  3TXF A;  1JSE A;  1LJ3 A;  3EBA B;  3WXU A;  5KXN A;  2Z39 A;  4WL7 A;  1GAY A;  1LJI A;  3WUM A;  5B59 A;  1WQO A;  4MR1 A;  3A96 A;  4UWV A;  1EQE A;  4NHI A;  1GF4 A;  3D3D A;  4G9S A;  208L A;  1LSP A;  1ALC A;  4GN4 A;  1REY A;  1WQM A;  5KY1 A;  1UAC Y;  4MST A;  5LA8 A;  1CKC A;  1GE4 A;  1KXW A;  4Z46 A;  4NGL A;  4UWU A;  4WLD A;  4ZEE A;  2HU3 A;  1GF6 A;  1FLW A;  4OWE A;  3RW8 A;  4NGV A;  1HEM A;  3LYM A;  2W1X A;  1QUT A;  3A8Z A;  1DKK A;  4KPM A;  4BAD A;  1OUF A;  4WMG A;  5F81 A;  3QNG A;  4HTK A;  1TCY A;  3EO5 A;  3RT5 X;  2LZT A;  4WM1 A;  5KXW A;  1CKG A;  1QSW A;  5KXL A;  3IWR A;  4PHI A;  1LSF A;  3WPJ A;  2YVB A;  1LSD A;  5L9J A;  1IOQ A;  1IWW A;  4NGK A;  1IP7 A;  1GFK A;  4NG8 A;  1YRO A;  4B0D A;  1O23 A;  2D4J A;  1RJC B;  3TMX A;  2HU1 A;  3B0O A;  1NWG A;  4R6C A;  5KJ9 A; 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 1GFU A;  5F14 A;  4CJ2 A;  1OUC A;  2FYD A;  5K7O A;  4YEM A;  4ZFP A;  1YL0 X;  4H9I A;  1LJ4 A;  3T6U A;  4L41 A;  2YBH A;  4DD3 A;  2BQJ A;  2ZQ4 A;  1LSM A;  1IY4 A;  4HPE A;  2ZNX Y;  1HFZ A;  1REX A;  1B7O A;  1FKQ A;  1GWD A;  2F4A A;  4FDY A;  4YM8 A;  1IWY A;  4NHS A;  1GFA A;  3P65 A;  2DQI Y;  3W6E A;  1LSE A;  5IHG A;  4WLT A;  194L A;  4XYY A;  5I4Y A;  5M1Y A;  2Z2E A;  4H9E A;  1C43 A;  1VAU A;  1JIY A;  1GBO A;  2BLX A;  2BQH A;  4LYC A;  5LIO A;  4DWX A;  3HBH A;  5KXY A;  2BQD A;  3WPL A;  207L A;  3W6D A;  1OP9 B;  1LZ8 A;  2D4K A;  1LYY A;  4BS7 A;  1DZB X;  1B5V A;  1XGU C;  3SP3 A;  5L3H A;  1T3P A;  1ZVH L;  2VB1 A;  1UIH A;  2I25 L;  1GE1 A;  1LZE A;  1YQV Y;  3W6C A;  1VDS A;  4GN3 A;  4NEB A;  1IP4 A;  4H94 A;  4LYB A;  4CGE A;  1HEO A;  1WTM A;  3TXI A;  1XEK A;  1F10 A;  2ZYP A;  4ML7 A;  3G3A B;  5LYZ A;  3LN2 A;  5DLA A;  1BWI A;  1D6P A;  1LHL A;  5KXK A;  5KXR A;  4LGK A;  1C45 A;  5B07 A;  3WVX A;  1GFH A;  5C6J A;  6LYZ A;  4OWB A;  4C5F A;  4ETB A;  4KXI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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