4EXMA

The crystal structure of an engineered phage lysin containing the binding domain of pesticin and the killing domain of t4-lysozyme
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
315
structure length
291
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVIFEMLRIDERLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSIWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin, hydrolase
source organism Yersinia pestis
molecule keywords Pesticin, Lysozyme Chimera
total genus 83
structure length 291
sequence length 315
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4exmA02
1L89A 3GUKA 3DN6A 163LA 238LA 123LA 1P36A 137LA 1C6DA 1L04A 192LA 234LA 1L79A 1L86A 1SSYA 1L40A 1OVHA 1L39A 3DMXA 2O4WA 178LA 2RB2X 2Q9DA 1L45A 2HUKA 1L90A 3FADA 1OVKA 2OE4X 143LA 190LA 176LA 211LA 1L13A 1LYGA 2B6ZA 3C82A 3RZEA 1L95A 1P46A 151LA 104LA 4W57A 1LWKA 1L38A 2RBQA 259LA 212LA 257LA 1G0MA 217LA 155LA 1C6BA 4LDOA 152LA 3DN3A 4EKPA 1L65A 2B7XA 109LA 126LA 2OEAX 1CV6A 3HT8A 1L91A 2RAZX 147LA 1L64A 1P5CA 107LA 3OE6A 243LA 169LA 1G06A 4I7QA 1KY1A 3G3VA 164LA 247LA 2B6YA 3DMVA 1KW7A 2HUMA 144LA 3DN2A 1G07A 1L18A 229LA 3HH4A 111LA 1L58A 1L85A 1L98A 3C8QA 1L88A 210LA 1C6IA 1SWZA 1DYBA 3NY9A 3F9LA 1L25A 1LYIA 1QT8A 185LA 3HTGA 1L27A 127LA 1NHBA 4I7NA 1L34A 1L29A 3VW7A 1C6TA 1L0JA 1L14A 1CX6A 1L83A 1D3NA 189LA 2RBSA 244LA 254LA 172LA 1QS5A 246LA 4W56A 160LA 1G0PA 1EPYA 2RH1A 1C69A 222LA 4IAPA 1CV4A 3C80A 1P7SA 1LYDA 1OWYA 148LE 1C6HA 1DYCA 2IGCA 1L75A 159LA 1P64A 195LA 1C6KA 4GBRB 1ZURA 1QT3A 2B72A 4I7RA 1L76A 2RBOA 3HU8A 3HUAA 3SN6R 214LA 3LZMA 4I7PA 2O79A 3C81A 256LA 4I7MA 1P56A 3L64A 3SBAA 108LA 1QSQA 2OU0X 1C6LA 1QUHA 1G0JA 1L94A 146LA 119LA 1LGXA 1LPYA 1C61A 1L68A 199LA 1L44A 219LA 180LA 4I7OA 188LA 166LA 1L73A 1L87A 4EXMA 1L93A 173LA 1L30A 4S0WA 118LA 1PQKA 224LA 1G0KA 1L80A 3HWLA 206LA 1L43A 1TLAA 1C68A 2LC9A 3HU9A 156LA 2RB1X 4AQNA 1L82A 1L99A 145LA 1L11A 1L51A 1OWZA 1G0LA 4W55A 1L10A 1OYUA 130LA 4YXAC 1C6JA 1L37A 1T8FA 113LA 1CU3A 1D2YA 1LWGA 1CUPA 3HDEA 184LA 1L55A 4ARMB 3C7YA 1L62A 1SX2A 141LA 3C8SA 1L41A 225LA 120LA 129LA 3HT7A 3FA0A 3HTFA 4ARPA 170LA 2OE9X 3HH5A 1QTHA 1PQOA 122LA 1L08A 1L20A 1L69A 2O7AA 1QTBA 221LA 1L49A 3SB9A 1G1WA 3HTBA 3GUMA 4ARQB 4E97A 226LA 128LA 1L12A 3HT6A 2OU8A 1G0GA 1L24A 187LA 1DYGA 251LA 3HUQA 177LA 4W54A 1C6FA 4I7KA 213LA 3V2WA 1L56A 1L60A 1XEPA 1C6AA 1C6PA 1L48A 1L77A 1L63A 220LA 245LA 150LA 1L96A 2RBPA 4I7SA 3GULA 3OE0A 4W53A 197LA 161LA 250LA 1C6GA 1WTHA 1CVKA 3K2RA 4LZMA 2OE7X 4EJ4A 103LA 242LA 3PDSA 1L21A 1SX7A 228LA 1T6HA 2RAYX 183LA 3DNAA 3GUNA 1L32A 1P3NA 1P37A 5I14A 4DAJA 3DMZA 2B74A 6LZMA 1LYHA 1CU2A 1PQIA 1JTNA 3JR6A 1LYEA 2LZMA 1L00A 3V2YA 209LA 125LA 2B6WA 3F8VA 3CDOA 223LA 3C7ZA 1XJUA 3NYAA 2RBNA 1L70A 241LA 1P2LA 1KW5A 2ANVA 201LA 3CDTA 1C62A 1QTVA 181LA 1JTMA 237LA 1L59A 3QAKA 1SWYA 3GUOA 1D3MA 4YXCA 4ARMA 182LA 139LA 2LCBA 1B6IA 1L05A 1C67A 1LI2A 4DKLA 1CU5A 2OTZX 1K28A 1C6MA 1L54A 2L78A 149LA 3SBBC 4GRVA 1QT5A 1T8GA 4OO9A 3DKEX 1L71A 3FI5A 3G3XA 4PJZA 4EPFA 4EKRA 1LW9A 3CDQA 1OV5A 1D9WA 3DN1A 3HH3A 4ARQA 1L16A 168LA 3EMLA 1DYEA 1CU0A 1P6YA 218LA 157LA 1I6SA 3DN0A 1CX7A 1L03A 1LI6A 1L61A 3RUNA 3SB8A 1L67A 2CUUA 4LDEA 230LA 1C6NA 3G3WA 260LA 1C6QA 1CV5A 2RBRA 3SB7A 262LA 1L92A 1L97A 1LGWA 3GUIA 1SSWA 1QTZA 1LYFA 3DN8A 4LDLA 3PBLA 4YX7C 258LA 255LA 2ANXA 1C66A 215LA 1L07A 1L66A 3SB5A 1L50A 231LA 4EKQA 1KS3A 4W52A 3HH6A 1CV1A 1C6CA 1G1VA 240LA 2B6XA 1L26A 3OE8A 7LZMA 3HT9A 3C83A 235LA 3CDRA 1C60A 232LA 1QT6A 2B73A 1C65A 1D3FA 2NTGA 2OTYX 1G0QA 200LA 1CTWA 1D3JA 1LI3A 4W58A 4W59A 142LA 1PQDA 1L06A 236LA 4DJHA 1CUQA 2HULA 1L28A 2QB0B 261LA 1L09A 3SB6A 1L81A 1L36A 1P2RA 2F47A 196LA 1PQJA 4PK0A 191LA 1L72A 1D2WA 1L84A 3GUJA 171LA 2B75A 167LA 4I7TA 1DYAA 4I7JA 3GUPA 2QARC 1CV0A 1QUDA 1QSBA 3DN4A 1L15A 4K5YA 1L01A 5LZMA 1L23A 3D4SA 102LA 4I7LA 2Q9EA 1QS9A 1JQUA 253LA 138LA 1QTDA 1PQMA 1L35A 249LA 112LA 1QUOA 1L53A 198LA 4W51A 131LA 2F2QA 1CU6A 1KNIA 3HTDA 3HUKA 248LA 3CDVA 140LA 233LA 3OE9A 227LA 1L02A 3L2XA 1LYJA 1ZYTA 175LA 1L74A 1QT4A 186LA 2Z6BA 1L22A 1C6EA 2B6TA 3C8RA 2RB0X 4ARLA 110LA 1OVJA 3UONA 1T8AA 1XJTA 1OV7A 2OU9A 3C7WA 1L57A 174LA 158LA 1L31A 1QUGA 1DYDA 4EPIA 1LGUA 4EKSA 4ARJA 165LA 1QT7A 1KY0A 3ODUA 1QTCA 1L17A 1C63A 1DYFA 1T97A 1L42A 216LA 1C64A 205LA 2B70A 1L47A 1L0KA 1CV3A 4ZPUA 162LA 114LA 3NY8A 1L33A 2F32A 252LA 115LA 1L19A 2A4TA 2NTHA 3HDFA 239LA 1LLHA 1L46A 1ZWNA 1L52A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A3RX 3DN6A 137LA 1C6DA 1B7PA 1L04A 2CDSA 4ETCA 1L79A 4WM2A 1L86A 5DLAA 2ZQ3A 4UWNA 5AMYA 1CNSA 1L90A 1OVKA 190LA 1BVXA 4XJHA 176LA 1LYGA 2B6ZA 5M1YA 1GF4A 1GFHA 1UACY 5KXPA 1L38A 2RBQA 3A3QA 217LA 1TDYA 1NKHA 2A7DA 3HT8A 1P5CA 2CJLA 2VB1A 2Z37A 4LT2A 1FBIX 4ETAA 4RLNA 1GF7A 4DD3A 4RW1A 3WUNA 1KW7A 3GXRA 1D0KA 2MEBA 1LKRA 4ZFPA 4TSCA 4LFXA 3HH4A 111LA 194LA 2IHLA 3TMXA 1L98A 3B0KA 3C8QA 1SWZA 4PPOA 5A3ZA 1AT5A 1JKAA 1IOSA 185LA 3HTGA 5ILCA 1NHBA 1D0LA 4WG7A 1C6TA 1YKYX 2RBSA 1ZVHL 4EOFA 4W56A 1P7SA 1OUHA 1LYDA 1J1XY 1LSAA 2MEFA 2W1MA 1DYCA 4NHQA 1LZ1A 1ZURA 1CJ9A 4WL6A 3LZMA 4DD2A 2LZ2A 4I7MA 3SBAA 3M3UA 1GFUA 1LZGA 2BQLA 3W6EA 1C46A 4KXIA 199LA 4IATA 4NSIA 1L44A 1BWJA 5APEA 2YSSC 1LSEA 2XBRA 166LA 4ET8A 4WMGA 1L30A 118LA 5ILFA 1G0KA 4TUNA 3HWLA 3ZEKA 1C68A 2RB1X 1HMLA 1GF6A 1JJ1A 4WM4A 5FCPA 2DQDY 1OWZA 1BB7A 130LA 4YXAC 2CGIA 113LA 1LKSA 3A8ZA 1CUPA 3HDEA 1L55A 3CT0A 141LA 3C8SA 1L41A 2XQOA 1MLCE 1LZCA 1ZV5L 129LA 4FJRA 1GFKA 2ZYCA 3K3TA 3RZ4A 4Z46A 3WULA 1LHKA 4DD7A 153LA 1LZBA 4H94A 3A6BY 1CKGA 251LA 1DYGA 4W54A 4I7KA 1G7MC 1KIRC 1QSAA 1L56A 1L63A 245LA 5KJ9A 4I7SA 3GULA 4C3WA 250LA 4MSTA 4EJ4A 1LJKA 2BQHA 2YDGA 1LSMA 1YIKA 3DNAA 1HSWA 1P3NA 1XGTC 5I14A 1GBXA 2B74A 1ALCA 1PQIA 2MEAA 3VWOA 1LYEA 1L00A 1LHJA 1C7PA 1D6QA 1FN5A 3V2YA 1WQOA 4WM6A 2FYCA 1OUEA 1V7SA 208LA 1GE3A 3F8VA 3IJUA 3C7ZA 2PC2A 3NYAA 2RBNA 1KW5A 1C62A 2IFFY 3B0IA 1HEOA 1QTVA 1WQMA 3AYQA 3T6UA 4YXCA 1RFPA 1OUAA 4W96A 139LA 2G4NA 2BQOA 1QQYA 2DQGY 2I25L 3T36A 1CKDA 4B4JA 4R0FA 1C43A 3FI5A 3AZ7A 1OV5A 3WW5A 4ARQA 3HH3A 3BKHA 1GF9A 168LA 4E3UA 3EMLA 1DYEA 1GF3A 1I6SA 4PJ2C 1GPQC 1J1PY 1C10A 2CUUA 5B07A 1DKKA 1C6NA 1DI5A 1C6QA 2RBRA 2WARA 2D6BA 1REZA 262LA 2C8PA 1L97A 4G49A 1FLQA 1VDTA 3GUIA 1NMMA 1IC7Y 3W6CA 255LA 1GDWA 1L66A 3SB5A 1W6ZA 1L50A 1KXWA 1JHLA 1F0WA 3A91A 1FKVA 240LA 2B6XA 4GCDA 3HT9A 5F81A 1GE1A 4TX7A 1YKXX 2B73A 1D3FA 4NSHA 1G0QA 200LA 1UIHA 1IWXA 1LI3A 1QIOA 236LA 1KIPC 1BB5A 1L28A 1IO5A 1YL0X 2W1YA 5DL9A 2F47A 196LA 3GUJA 5I4XA 3TXGA 1BWIA 2GV0A 1OUIA 3MGWA 2QARC 1P2CC 4H9FA 4YEOA 1BHZA 1LMNA 1L01A 3D4SA 2LYOA 5A3EA 3B0OA 2Q9EA 1IWUA 2A7FA 2HTXA 4HPIA 5EBHA 3LYMA 1INUA 253LA 1QTDA 1PQMA 1L35A 249LA 4Z3MA 4XJGA 112LA 1H87A 1KNIA 4H9EA 1OUJA 1REYA 1LZYA 1DI3A 3L2XA 1UBZA 1IP4A 4H9BA 1QT4A 4XJIA 1L22A 1C6EA 4ARLA 1YAPA 1OVJA 2N5ZA 4ETEA 3IWRA 1CJ8A 1XSFA 4NGZA 1D0MA 1HMKA 1REMA 1LHLA 1NBZC 1UIGA 4B49A 4BADA 1B7QA 165LA 5KY1A 1LZTA 1CJ7A 1L42A 205LA 1L0KA 4ZPUA 5KXYA 4DDBA 3HFMY 1OP9B 4WM1A 4WG1A 1L46A 3A96A 1L52A 1JKCA 1BVKC 123LA 1GB8A 5E4PA 8LYZA 1SSYA 1OVHA 2O4WA 1GB6A 1LZAA 3FADA 4LYCA 3AJNA 143LA 3EXDA 1LZEA 4YF2A 211LA 3EMSA 1L95A 4W57A 1QUSA 1LWKA 5FDJA 1XGRC 212LA 257LA 1GAZA 1B5WA 1IWVA 1C6BA 3DN3A 2B7XA 1CV6A 1JISA 1L91A 3CT5A 1L64A 107LA 1B5ZA 1G06A 4ETBA 5B05A 1YANA 164LA 5APCA 3DMVA 2HUMA 1DI4A 2ZWBA 1A4VA 5I4WA 229LA 1L85A 4WOAA 1L88A 4WO9A 1C6IA 1DYBA 1GFVA 1IC4Y 3G3BB 1GFTA 4P2EA 5F14A 3F9LA 1L29A 4PRQA 3VW7A 1BWHA 2H9JA 1C08C 1L14A 1L0JA 1D3NA 3WH1A 244LA 254LA 4LT0A 1WTMA 5I4YA 2XBSA 1XGUC 160LA 1EPYA 2RH1A 1CV4A 4J7VA 1IP2A 148LE 2DQHY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A3R X;  3DN6 A;  137L A;  1C6D A;  1B7P A;  1L04 A;  2CDS A;  4ETC A;  1L79 A;  4WM2 A;  1L86 A;  5DLA A;  2ZQ3 A;  4UWN A;  5AMY A;  1CNS A;  1L90 A;  1OVK A;  190L A;  1BVX A;  4XJH A;  176L A;  1LYG A;  2B6Z A;  5M1Y A;  1GF4 A;  1GFH A;  1UAC Y;  5KXP A;  1L38 A;  2RBQ A;  3A3Q A;  217L A;  1TDY A;  1NKH A;  2A7D A;  3HT8 A;  1P5C A;  2CJL A;  2VB1 A;  2Z37 A;  4LT2 A;  1FBI X;  4ETA A;  4RLN A;  1GF7 A;  4DD3 A;  4RW1 A;  3WUN A;  1KW7 A;  3GXR A;  1D0K A;  2MEB A;  1LKR A;  4ZFP A;  4TSC A;  4LFX A;  3HH4 A;  111L A;  194L A;  2IHL A;  3TMX A;  1L98 A;  3B0K A;  3C8Q A;  1SWZ A;  4PPO A;  5A3Z A;  1AT5 A;  1JKA A;  1IOS A;  185L A;  3HTG A;  5ILC A;  1NHB A;  1D0L A;  4WG7 A;  1C6T A;  1YKY X;  2RBS A;  1ZVH L;  4EOF A;  4W56 A;  1P7S A;  1OUH A;  1LYD A;  1J1X Y;  1LSA A;  2MEF A;  2W1M A;  1DYC A;  4NHQ A;  1LZ1 A;  1ZUR A;  1CJ9 A;  4WL6 A;  3LZM A;  4DD2 A;  2LZ2 A;  4I7M A;  3SBA A;  3M3U A;  1GFU A;  1LZG A;  2BQL A;  3W6E A;  1C46 A;  4KXI A;  199L A;  4IAT A;  4NSI A;  1L44 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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