4EXMA

The crystal structure of an engineered phage lysin containing the binding domain of pesticin and the killing domain of t4-lysozyme
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
315
structure length
291
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVIFEMLRIDERLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSIWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Pesticin, Lysozyme Chimera
publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 83
structure length 291
sequence length 315
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4exmA02
158LA 1DYAA 1QTBA 2F2QA 1LW9A 3PBLA 1OVJA 114LA 137LA 206LA 120LA 1P46A 1L26A 1LYEA 1L65A 214LA 1L63A 1LYGA 1OV7A 167LA 170LA 110LA 3C80A 1DYGA 131LA 229LA 1CV4A 213LA 244LA 1L01A 3HH5A 3CDRA 1L34A 255LA 1QUGA 1QT8A 3DMXA 2HUMA 165LA 247LA 224LA 3GUMA 2HUKA 238LA 1P64A 1LYHA 2OU9A 3DN4A 1L94A 1L60A 1L61A 4PK0A 1C66A 1LWGA 4W53A 1L95A 241LA 1LYFA 145LA 2B72A 3HH4A 146LA 150LA 1C69A 4W51A 164LA 3C83A 1C6AA 1L32A 3HUKA 4IAPA 168LA 1C6QA 1L05A 1L44A 1PQJA 1LGUA 175LA 1D2YA 2O79A 4I7NA 4W57A 3C7WA 1L93A 2RAYX 3SBBC 1SWYA 1C6MA 2RBPA 3HH6A 4ARQB 1XJTA 2OTYX 4EPIA 4W52A 113LA 2L78A 1D3JA 1LWKA 159LA 1L33A 3C8RA 1G0KA 3DN8A 2B7XA 225LA 1DYFA 260LA 1L00A 1QTCA 218LA 251LA 1L21A 1QUDA 3F9LA 112LA 215LA 2B70A 123LA 3C8QA 2RBQA 1EPYA 2A4TA 1PQDA 148LE 1QT6A 1L08A 1OVKA 236LA 3HTBA 1L48A 2OTZX 1KW7A 3HU8A 3UONA 1CV6A 4LDEA 1NHBA 1L89A 1L90A 184LA 3LZMA 1OVHA 140LA 1B6IA 4ARJA 1L45A 115LA 1D3NA 1C6JA 2O4WA 1ZWNA 212LA 3DN0A 252LA 177LA 2RAZX 227LA 152LA 3SB7A 1L73A 256LA 3GUIA 166LA 1G0QA 1LYIA 195LA 1G0LA 1QSBA 1L68A 1L40A 245LA 205LA 157LA 4W56A 3DNAA 1L64A 1C62A 199LA 3DMZA 226LA 2QB0B 3OE6A 1JQUA 143LA 4LDLA 183LA 262LA 1L80A 3FI5A 4ARMA 1CU3A 3GULA 1C6PA 190LA 239LA 1CU0A 3L64A 196LA 1L70A 1L36A 1L98A 1LI3A 1C6NA 4DAJA 1CV5A 3C81A 1T8GA 2RB1X 4PJZA 1L67A 3HTGA 1C6FA 1L29A 1C6HA 1LGWA 1L66A 4EKQA 1L27A 181LA 141LA 1L58A 1L88A 2B73A 220LA 1L24A 1C65A 261LA 1T8AA 126LA 3RUNA 1L10A 257LA 3V2WA 178LA 1L11A 2NTGA 1CU6A 4YXCA 1L56A 1C6CA 3QAKA 3C8SA 1L15A 1L41A 2ANVA 2HULA 4EXMA 155LA 4LDOA 4OO9A 188LA 3C7ZA 3DN6A 172LA 2RBNA 1L09A 228LA 4ARLA 200LA 1L06A 1L85A 1PQOA 1L54A 2OE7X 3SB8A 253LA 1L16A 249LA 4LZMA 1L19A 4W58A 1XJUA 1C6EA 1L02A 3HUAA 4E97A 2ANXA 1P3NA 1LYDA 2RBSA 4YXAC 1JTMA 163LA 2RBRA 198LA 169LA 3HT9A 1L82A 3D4SA 3HUQA 109LA 1G07A 1SWZA 1L12A 187LA 3HDEA 1G1VA 2Z6BA 3OE0A 1TLAA 1P56A 4ARMB 1C6DA 2B6WA 1L97A 1D3FA 1C67A 2RB2X 162LA 127LA 3FADA 219LA 3HT7A 1L07A 1QT3A 4I7MA 1L0JA 1C64A 1L96A 1L75A 1C6IA 3F8VA 5I14A 1L55A 1L49A 171LA 1L83A 2Q9EA 3DKEX 1OWYA 1G0JA 1L0KA 3HT6A 1L03A 243LA 1QT4A 130LA 4AQNA 1L04A 1P36A 3DN1A 250LA 3JR6A 3V2YA 1QUOA 2F32A 2RBOA 1L14A 1C6BA 2B6ZA 2OEAX 2LZMA 4EJ4A 108LA 3G3XA 1L43A 1L20A 1G0PA 242LA 1G0GA 1ZURA 3SB6A 125LA 3NYAA 4I7JA 1L62A 180LA 201LA 2LC9A 1CU2A 1T6HA 111LA 209LA 1L28A 1QS9A 1L22A 1KY0A 1L37A 1OV5A 1QTDA 1L92A 1QTZA 1C6GA 1C6KA 1PQIA 1L50A 1L81A 1SSYA 1QT5A 186LA 3FA0A 3PDSA 223LA 7LZMA 1T8FA 1L99A 1L79A 1LYJA 1C6LA 192LA 3GUOA 2B6YA 3ODUA 4I7OA 1QUHA 119LA 197LA 1C68A 6LZMA 2OU0X 1KNIA 1DYEA 216LA 1KY1A 1L35A 3SBAA 1PQKA 156LA 1LI2A 1CVKA 3CDVA 1KW5A 1L74A 2B75A 4I7SA 1L13A 3DN3A 1L42A 3G3WA 2IGCA 189LA 1LPYA 1L38A 1L76A 2QARC 1L39A 4I7PA 5LZMA 1DYCA 1L31A 3SB5A 1P5CA 233LA 259LA 1L53A 1LI6A 3OE8A 3G3VA 1C61A 4I7LA 3GUKA 3RZEA 3HWLA 191LA 1D9WA 128LA 3DN2A 1CX7A 1L69A 3C82A 3OE9A 210LA 1DYDA 2NTHA 4I7QA 1XEPA 4W55A 138LA 2LCBA 1QTHA 1QT7A 1L71A 1SX7A 147LA 1D3MA 1SSWA 1LGXA 258LA 3NY9A 4EKPA 230LA 2O7AA 149LA 2B74A 1L91A 1L18A 1L51A 240LA 2F47A 235LA 3NY8A 161LA 248LA 2CUUA 3HT8A 1L84A 1QTVA 129LA 3L2XA 4EKSA 1QSQA 222LA 231LA 3VW7A 211LA 1C6TA 1CUPA 221LA 2OE4X 246LA 4I7RA 3HDFA 1L46A 4ARPA 1SX2A 1G06A 3EMLA 1P37A 4I7TA 1P7SA 217LA 232LA 1LLHA 4EKRA 1L47A 1QS5A 4GBRB 1L87A 1L25A 3GUNA 4W54A 3SB9A 174LA 2Q9DA 1D2WA 2RB0X 176LA 182LA 3K2RA 4YX7C 1L59A 3C7YA 3HH3A 173LA 1G1WA 3CDOA 103LA 3HTDA 1P6YA 3HU9A 102LA 1WTHA 139LA 1I6SA 3HTFA 160LA 2OU8A 2RH1A 1OYUA 1L72A 4K5YA 1G0MA 1L52A 151LA 1CU5A 104LA 1ZYTA 1CX6A 4EPFA 118LA 4DJHA 1DYBA 1C60A 1L57A 3GUPA 4W59A 1T97A 2B6XA 1P2RA 4ARQA 254LA 1CUQA 3GUJA 1PQMA 2B6TA 4GRVA 1L23A 4I7KA 142LA 1JTNA 1OWZA 4ZPUA 144LA 185LA 3CDQA 4DKLA 1K28A 1L77A 2OE9X 1CV0A 1L30A 1KS3A 1P2LA 1L86A 122LA 1CV3A 1CTWA 234LA 237LA 3CDTA 3SN6R 3DMVA 1C63A 1L17A 107LA 4S0WA 1CV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D6QA 2F2QA 3ULRA 1NBYC 4NHQA 194LA 114LA 1P46A 1LYEA 1L65A 4LZTA 1LYGA 1XGPC 110LA 3C80A 1DZBX 1HEQA 1GFHA 3AW6A 2MEGA 3HH5A 255LA 1QUGA 2HU3A 4QDNA 247LA 1QDTA 1P64A 2DQCY 2F4AA 2D6BA 4W53A 1LYFA 4RLNA 150LA 1C69A 1GBSA 3B6LA 5I4YA 4I7NA 1L93A 3W6FA 2BLXA 2RAYX 2RBPA 4B4JA 1BB6A 1LSFA 3HH6A 4ARQB 1XJTA 3WMKA 1LYYA 113LA 2BQGA 1T6VL 5F81A 2L78A 1OUAA 3W6BA 4WM3A 4NGIA 2B7XA 4LYCA 218LA 1MLCE 1QUDA 1GE2A 4HPEA 3HTBA 1OVKA 1BWHA 1WQMA 4X3BA 1LJGA 3UONA 1CJ8A 1CV6A 4LDEA 1VATA 4XJBA 5B05A 1DKJA 3W6EA 4G4CA 3LZMA 5C6JA 4ARJA 2AUBA 4N1CC 1D3NA 3FI7A 1REMA 3DN0A 1GFVA 1QUTA 252LA 3D9AC 1L73A 1CKCA 3GUIA 1G0QA 2YVBA 4LT1A 4GCDA 1L64A 1C62A 3DMZA 1FN5A 1YL1X 4HJYA 4HTKA 3LHMA 1TAYA 1BB7A 4P2EA 2LZTA 1L80A 1B5ZA 3GULA 1LTMA 2BPUA 1L70A 4LT0A 1IOSA 1LZEA 1T8GA 2RB1X 5I53A 1C6FA 3A6CY 4DD1A 1GE0A 1BHZA 4J1AA 4HV2A 4DT3A 1L88A 3A67Y 3P65A 3IWRA 1C65A 3CT5A 1LSDA 1L10A 4LYOA 178LA 2ZYCA 4H9AA 1CU6A 1LZDA 4N9RA 1B7SA 1RE2A 1L15A 1L41A 1VDQA 2HULA 4W94A 3TMWA 4LDOA 4YEMA 1REYA 3DN6A 228LA 2DBTA 1IC7Y 2LZ2A 5APDA 1W08A 1JJ3A 1G7JC 4WM1A 1L54A 2BQDA 3TXKA 1XJUA 1YILA 3HUAA 2XBSA 3T6UA 3A6BY 2ZQ4A 4H91A 2RBSA 1VDTA 3HT9A 5FDJA 1IY3A 3HUQA 1QTKA 1HEMA 3LYZA 1LHIA 3OE0A 1UIHA 3ATOA 4ARMB 1KXWA 1LKRA 5KXZA 1L07A 1QT3A 1A4VA 5LIOA 5LVJA 3WPKA 1L49A 4XJIA 2Q9EA 3DKEX 1GWDA 1IR8A 1GF4A 130LA 1GF7A 4WLYA 4NGWA 1L14A 3A90A 3G3XA 2GV0A 1YROA 1ZURA 4H8ZA 3NYAA 1HMLA 180LA 2LC9A 1LOZA 3QNGA 2DQGY 3A96A 1L37A 1LMPA 4UWNA 1QTZA 1C6KA 1PQIA 1SSYA 1QT5A 7LZMA 223LA 3CT1A 1L79A 1YAPA 5KXKA 192LA 3WVXA 4DC4A 4I7OA 1UC0A 1JUGA 4DDAA 1GBYA 119LA 1I20A 3TXGA 1ALCA 4IJ4A 3WXUA 1AT5A 1LSCA 1OUFA 4GCFA 1JKCA 1HEWA 1LI2A 1OUIA 4KT3A 4EMNA 5E4PA 2H5ZA 1GPQC 3DN3A 2Z2EA 1LZ8A 4GN4A 1B7QA 1IOQA 4DD0A 4J1BA 3HBDA 5LZMA 4XENA 1DYCA 2G4PA 3SB5A 1CJ7A 1L53A 3OE8A 3BKHA 3GUKA 4OWHA 4DQJA 3HWLA 191LA 4OOTA 3W6CA 4NGLA 1HNLA 1L69A 3C82A 2FBDA 3ATNA 1KIRC 1QTHA 1QT7A 1SX7A 3BKVA 258LA 1JIYA 3NY9A 230LA 4M4OA 3TXJA 1L91A 1L18A 240LA 235LA 3NY8A 248LA 1QTVA 3L2XA 1QSQA 222LA 1KXYA 211LA 5KXXA 5FSTA 3N9EA 1LJ3A 2RSCA 3EMLA 1P37A 4YOPA 4II8A 3EMSA 4EKRA 3GUNA 3RU5A 2EKSC 1F0WA 176LA 2BQJA 4KL7A 182LA 4YX7C 1NWGA 2EIZC 173LA 103LA 1B7LA 3HU9A 4DWXA 102LA 3CSQA 1WTHA 4YM8A 4NG8A 2G4NA 5FHWA 3RZ4A 2RH1A 4LYZA 1GFKA 1D0MA 151LA 2LYZA 2DQFC 1HENA 4PRQA 4W59A 1GFEA 4C5FA 2BAAA 2W1LA 254LA 1NBZC 4C3WA 2DQEY 1IO5A 142LA 3P4ZA 1UBZA 1UA6Y 4D9ZA 4DKLA 7LYZA 5HLLA 4HPIA 1CV0A 4HTQA 1L86A 1CV3A 4O34A 234LA 1JKDA 3SN6R 1C63A 1L17A 158LA 1GE1A 1YIKA 4YENA 3VWOA 1QTBA 1LW9A 206LA 4BAPA 4BAFA 3WPJA 4H9FA 214LA 1L63A 1IVMA 1QDRA 1ZVHL 1OV7A 1C43A 1RI8B 2DQJY 229LA 1DI5A 1L01A 4WO9A 1L34A 1C45A 165LA 4ANRA 3B0OA 1L61A 1GBXA 1JJ1A 2C8OA 1LHJA 1HHLA 3HH4A 3J4GA 5HMVA 3HUKA 4G9SA 4IAPA 1YANA 168LA 1C6QA 1L05A 1PQJA 4I0CA 1NF5A 1J1XY 1LMOA 1IP3A 4W57A 1SWYA 3EXDA 4ETCA 2MEBA 1QSAA 2CJLA 3E3DA 2ZYPA 2HECA 3C8RA 1GB8A 3DN8A 2PC2A 3A92A 225LA 1JSFA 2D4JA 5LVKA 1PS5A 1B7NA 1PQDA 2A4TA 1L08A 4NHIA 1VFBC 1L48A 3LYMA 1KW7A 2H9JA 1SLYA 1HC0A 1OVHA 140LA 1B6IA 2IHLA 2D91A 1L45A 2LYOA 1FLQA 4WL7A 3QY4A 1JITA 1C6JA 3W6AA 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3N9AA 1DYEA 2ZWBA 1L35A 1BWIA 4FJRA 1BQLY 1LZSA 1GFRA 1XSFA 1CJ6A 4H9HA 2A7FA 1CKFA 4DYGA 1GXXA 1LPYA 1L38A 5FCPA 1IP6A 4GLVA 4IASA 2QARC 4I7PA 1IWYA 1L31A 1YKXX 5APEA 1P5CA 233LA 4NSJA 3CT0A 3G3VA 1C61A 1JTTL 1LJJA 4I7LA 3RZEA 1D9WA 5L3HA 3TXDA 4NIJA 2YBNA 1CKDA 1UIEA 3OE9A 4CFOA 210LA 1BB3A 1DYDA 4I7QA 1OUJA 1HF4A 1HERA 1A2YC 1XEPA 4OOOA 1TBYA 2LHMA 147LA 2B5ZA 5FELA 1SSWA 1GDWA 5APFA 1RFPA 1GEZA 1GBZA 4EKSA 1XGRC 4NG1A 4AGAA 1C6TA 2BQIA 5B1GA 1EL1A 221LA 2OE4X 4I7RA 1L46A 4ARPA 1P2CC 1SX2A 1G06A 4G4HA 4NSIA 1P7SA 4B1AA 1YAOA 232LA 1LLHA 4OW1A 2HEBA 1BB4A 1L25A 5J7CA 4W54A 4WG7A 3SB9A 154LA 3WXTA 1LZTA 3AGGG 5LVIA 1LSGA 4TX7A 1IWUA 3HTFA 2OU8A 1OYUA 4K5YA 1L52A 3AGIA 2MEAA 5KXLA 4DJHA 1DYBA 5DN5A 4NHPA 1T97A 5LA5A 4ARQA 1CUQA 1PQMA 3A93A 4H8YA 4GRVA 1JTNA 1OWZA 4WO6A 144LA 1GB6A 3CDQA 1IWXA 1K28A 2OE9X 3WU9A 4HTNA 122LA 1XEJA 4HP0A 4NSGA 4HJVA 1B7RA 1GEVA 2OE7X 5KKJA 1XGUC 4OWBA 1OVJA 1B2KA 2YSSC 1GE3A 4XADA 4DDCA 244LA 4WOAA 1KIPC 2HEEA 3G3BB 1DI3A 1QT8A 3DMXA 1IY4A 224LA 1GF6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D6Q A;  2F2Q A;  3ULR A;  1NBY C;  4NHQ A;  194L A;  114L A;  1P46 A;  1LYE A;  1L65 A;  4LZT A;  1LYG A;  1XGP C;  110L A;  3C80 A;  1DZB X;  1HEQ A;  1GFH A;  3AW6 A;  2MEG A;  3HH5 A;  255L A;  1QUG A;  2HU3 A;  4QDN A;  247L A;  1QDT A;  1P64 A;  2DQC Y;  2F4A A;  2D6B A;  4W53 A;  1LYF A;  4RLN A;  150L A;  1C69 A;  1GBS A;  3B6L A;  5I4Y A;  4I7N A;  1L93 A;  3W6F A;  2BLX A;  2RAY X;  2RBP A;  4B4J A;  1BB6 A;  1LSF A;  3HH6 A;  4ARQ B;  1XJT A;  3WMK A;  1LYY A;  113L A;  2BQG A;  1T6V L;  5F81 A;  2L78 A;  1OUA A;  3W6B A;  4WM3 A;  4NGI A;  2B7X A;  4LYC A;  218L A;  1MLC E;  1QUD A;  1GE2 A;  4HPE A;  3HTB A;  1OVK A;  1BWH A;  1WQM A;  4X3B A;  1LJG A;  3UON A;  1CJ8 A;  1CV6 A;  4LDE A;  1VAT A;  4XJB A;  5B05 A;  1DKJ A;  3W6E A;  4G4C A;  3LZM A;  5C6J A;  4ARJ A;  2AUB A;  4N1C C;  1D3N A;  3FI7 A;  1REM A;  3DN0 A;  1GFV A;  1QUT A;  252L A;  3D9A C;  1L73 A;  1CKC A;  3GUI A;  1G0Q A;  2YVB A;  4LT1 A;  4GCD A;  1L64 A;  1C62 A;  3DMZ A;  1FN5 A;  1YL1 X;  4HJY A;  4HTK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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