4H8XA

Radiation damage study of lysozyme - 0.07 mgy
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of X-ray-induced disulfide-bond cleavage in lysozyme crystals based on EPR, optical absorption and X-ray diffraction studies.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4h8xA00
2Z38A 4WLXA 5T3FA 4CGEA 4LYBA 2A7FA 2Z12A 5KXSA 3B0IA 4NGOA 1JIYA 3M3UA 1LPIA 1LHHA 4QDNA 4LT3A 1LSZA 1IWYA 6LYZA 1IY3A 1WVVA 5C6LA 1IY4A 4YENA 2G4NA 4KT3A 4LFPA 3A8ZA 1LJEA 2MEFA 4TSBA 2D6BA 4KXIA 3LYTA 1GB5A 4E3UA 1RE2A 4XJHA 208LA 1MLCE 2CGIA 1YL0X 2BQMA 4B49A 4B4JA 4QY9A 3HBDA 1DKJA 2Z39A 4ETAA 1WQNA 1GBZA 4C3WA 1YKYX 4GLVA 5KXYA 1IP2A 1WVUA 1LSPA 1B9OA 1OUIA 1P2CC 1OUHA 207LA 4HPIA 1KIRC 1XEJA 3WULA 5B1GA 1HSXA 2IFFY 3A67Y 2MECA 5APEA 4YEMA 1ZV5L 3N9EA 5LVJA 1PS5A 4NGIA 1GBYA 3M18B 3LYOA 1B5UA 1LSBA 4DDCA 1IWUA 2LHMA 1GFGA 4WLDA 5B1FA 3WPKA 1OUEA 1B7QA 1AZFA 4HTQA 3WYHA 1D0LA 2Z18A 1B5YA 4NGKA 4ANRA 4WM6A 4AXTA 1QDTA 4OWCA 1B7OA 4NIJA 4UWUA 1GF5A 3N9AA 1ZVHL 2FYCA 1C46A 1LMTA 2C8OA 2YSSC 3ATOA 3RZ4A 154LA 1IP1A 1CJ7A 3B72A 4WM4A 3WUNA 1E8LA 5LVKA 4YOPA 2BPUA 1JJ1A 1LTMA 1BB3A 4GCEA 1IR7A 5I4YA 1UIEA 1LZTA 4HTNA 4N0JA 5L9JA 3FI7A 5LVHA 1QDRA 1FDLY 1YAOA 4NWEA 4NGZA 1LSYA 4WOAA 2D4JA 3FE0A 5I4XA 1BVKC 1WTNA 2YBMA 1A4VA 4M6DA 1FLQA 2D4IA 2BQKA 2Z2FA 1LSGA 3CSZA 1IOTA 3W3EA 4ET8A 1B7RA 1FLYA 2BQJA 4OW1A 5KXXA 1LSEA 4WM5A 1FKQA 3WW5A 4WO9A 1HFYA 4H93A 1IWXA 2VB1A 4RLMA 3ZEKA 2LZTA 4DD7A 1HMLA 4BS7A 4H9HA 1LZ5A 1UIBA 1TAYA 3WL2A 2ZQ4A 4WG7A 2W1XA 3TMVA 1VDTA 1I1ZA 1YAMA 3CT0A 1GDWA 4G4CA 1AM7A 1GD6A 4GCBA 1WQOA 1IORA 1GXXA 1LZ4A 4XENA 1DI3A 4M4OA 3AYQA 1GF3A 4GCDA 3EXDA 4H9CA 4H8XA 4H8ZA 4MR1A 4RW2A 3RW8A 2DKVA 1GBWA 5FHWA 4CJ2A 1JJ0A 1HHLA 1LHIA 4OWEA 1GF9A 1IVMA 2FYDA 2MEAA 5E4PA 2N5ZA 2HEFA 4BAFA 1DPXA 3WVYA 2XBSA 3EMSA 1SLYA 1TBYA 5J7CA 1FN5A 2PC2A 1LMPA 4UWNA 3RNXA 2DQFC 4OOOA 3WUMA 5A3ZA 4LYMA 1T6VL 1UIGA 1KXWA 1HEOA 1BVXA 1AT5A 1IP3A 1TCYA 4HJZA 5FCPA 2BQAA 1HELA 4WLTA 1LZ1A 2ZWBA 1ZVYB 5I5QA 4NHTA 1IWWA 3HBEX 1GBSA 2YBHA 1OP9B 3BKHA 1HFZA 5IELA 1GF0A 4BAPA 3ZVQA 4NGJA 3AZ7A 3AW6A 4WO6A 1GFHA 1VDSA 2HECA 1GE1A 2MEHA 2HU3A 4H1PA 1KXXA 4HV2A 1D0KA 1CKFA 1DKKA 2HU1A 3A6CY 4C5FA 2MEDA 2XJWA 3B0OA 5KXTA 1B5ZA 1IO5A 4LYTA 4EOFA 2ZNXY 4GN4A 1DXJA 2BQBA 1B0DA 4W94A 5LVGA 4I0CA 1INUA 3G3AB 1XGRC 1UC0A 2C8PA 1VAUA 1AT6A 3BKVA 4NHQA 1IIZA 3AZ6A 3TXHA 1UICA 1BWJA 2IHLA 3B0KA 4LYZA 4WL6A 5FSTA 4DD2A 1O23A 1IWTA 1B5WA 1F6RA 1UIFA 1GHLA 2LYOA 4HTKA 4I8SA 1YQVY 1JPOA 4OWAA 1VFBC 1NWGA 1Z55A 1NHEA 1NKHA 5FELA 5KXLA 4HV1A 1REXA 153LA 4MCKA 1LJIA 1IP7A 4ZIXA 4N9RA 1GB6A 1VDPA 4TX7A 2BLYA 4G4BA 4NHPA 1NDMC 2I26L 3A95A 2G4PA 3WPLA 135LA 3W6AA 3TXKA 5LA5A 4WM2A 1H6MA 1BB4A 5A3EA 1UUZC 2CDSA 5IHGA 1BGIA 2YVBA 2ZIKA 1LSDA 4NSHA 1FLWA 1JTTL 1HFXA 1XGQC 3D9AC 3A91A 3WW6A 5LXWA 4RDSA 1LKRA 1CKCA 4NWHA 3WH1A 4J0LA 5L3IA 1YILA 3GXRA 4WM3A 1B7SA 1XGTC 3B6LA 5LYTA 1LCNA 1LZYA 5B59A 1LMCA 1NBYC 5LYZA 1HENA 1B7MA 4NHSA 2ZIJA 3KAMA 4HJYA 5DN4A 4ETBA 1LSCA 3CQLA 3EO5A 1AKIA 3CSRA 4Z46A 193LA 4KPMA 1A2YC 1CJ6A 3A6BY 3AGHA 1JKBA 1C08C 1GAYA 2DQEY 4G4HA 4W96A 2MEBA 4XN6A 3CT1A 3N9CA 5KKJA 1SQ2L 1RCMA 5C6IA 4WG1A 2X0AA 4XJGA 1GF7A 1LYSA 1UIAA 3P65A 4TWSA 3W6DA 4DDAA 4A7DA 5M1YA 3TMWA 4XJDA 3W6EA 4LZTA 2F2NA 1GB3A 3W6FA 4H90A 1IWZA 5HNLA 3HFMY 3LYZA 1FKVA 1QTKA 4YF2A 1IP5A 1JKCA 1YKZX 4N1CC 3TXFA 1LJ3A 1GFKA 1RFPA 2DQIY 5DL9A 1LJFA 3P64A 1IP6A 6LYTA 1LMAA 4J7VA 1QIOA 3CSQA 2EPEA 1IOQA 4NG1A 1VATA 1WTMA 3ZVQB 4DDBA 2DQAA 4PJ2C 1G7MC 5F9XA 1OUFA 3J4GA 1LZEA 1MELL 4H8YA 4NSJA 2FBBA 5LINA 1B7PA 3T6UA 1HEWA 1GDXA 2MEGA 4HSFA 2BQIA 2CJLA 1C43A 4XJIA 4B4IA 4ETCA 2BQNA 4IASA 1I56A 1GPQC 4AGAA 1UIDA 3AZ4A 4LGKA 3F6ZA 1RJCB 3WPJA 1NQIA 1UBZA 5DN5A 4NGLA 5F16A 4NGYA 1GF4A 1IR9A 2H9JA 4LYOA 3TMUA 3A94A 2DBTA 3AZ5A 4NEBA 1OUGA 3VWOA 4QEQA 1D6QA 4EMNA 4WM1A 4XYYA 2HEBA 1J1OY 4ZFPA 5LYMA 1KIPC 1LJHA 1GBXA 2FBDA 4Z3MA 2B5ZA 4PHIA 1KIQC 2BQHA 4L41A 2MEIA 2XTHA 1FBIX 2BQLA 1GF8A 1LJJA 134LA 2CWIA 4ML7A 2DQDY 2ZNWY 4GN5C 5I4WA 1JITA 2ZQ3A 4FDYA 4G49A 8LYZA 5KXMA 2LYZA 2F4GA 2NWDX 4FJRA 1ZMYL 3RT5X 5DM9A 3E3DA 2HEAA 3A92A 1NBZC 3AGGG 1G7HC 4GCFA 5LAGA 2D91A 1EQEA 4X3BA 1LMOA 1IOCA 1IX0A 1GB9A 4LT0A 1YANA 4H92A 4R0FA 9LYZA 1LZ6A 1RI8B 2F4AA 1UIHA 3LHMA 4TTDA 1GB7A 4DD9A 3G3BB 4QGZA 3LYMA 4GCCA 2Q0MX 1BWIA 5KXKA 2F30A 1QSAA 4DD0A 5APDA 3TXBA 5KXOA 2YBJA 1REMA 2DQGY 1QUSA 3TXDA 1D0MA 1LYZA 4RLNA 1LZ8A 3WVXA 4YEOA 3IJUA 4LYCA 4N1EI 5HMJA 1GFAA 4NSGA 4NFVA 1IP4A 2BQCA 5HQ1A 1LJKA 4TUNA 1LJNA 2W1YA 3LZTA 1LMQA 1LZ9A 2DQHY 4OWBA 5HLLA 1EQ4A 1GFRA 4PGJB 3EBAB 1GB2A 4Z41A 1D9UA 1W08A 1YL1X 2BQOA 1CNSA 4H9IA 4RW1A 4XADA 1DI5A 3LN2A 1I20A 2Z2EA 4B4EA 1LSMA 4NSIA 4PRUA 4CFPA 1OUCA 1HNLA 4ZEEA 2Y8PA 1YIKA 3P4ZA 1BWHA 1JWRA 1IC4Y 5KXNA 3P66A 1KXYA 1WQRA 4PPOA 2LYMA 5I54A 1BQLY 3IWRA 4HJVA 2EQLA 4D9ZA 1OUAA 1XGUC 1BHZA 1HEMA 4NG8A 5AMYA 4NGWA 1OUJA 5K7OA 133LA 1JHLA 4H9AA 1JKAA 1GWDA 1J1XY 3A3QA 3HBHA 3WU8A 1F0WA 1CKGA 1QQYA 3MGWA 4R6CA 194LA 1LMNA 1D6PA 1LSNA 3W6BA 3WXUA 4B1AA 1OUDA 5ILFA 4O34A 2YBIA 1GF6A 2AUBA 3CT5A 5B07A 1LZNA 5LVIA 4H9BA 1CKHA 1LYYA 2BQFA 2EKSC 4II8A 3ULRA 4GLAA 4BADA 3A90A 1DQJC 3AGIA 1OQMA 1F6SA 1GEVA 1LAAA 4WLYA 3J6KA 4WL7A 3OJPA 1HEPA 2D4KA 1G7LC 1IR8A 1XEIA 3LZ2A 4MSTA 1XGPC 4N8ZA 5KXPA 4HP0A 1XEKA 3WU7A 5II3A 1LZAA 1GFTA 3W6CA 1B5XA 1W6ZA 1XSFA 1YAQA 1YKXX 2DQCY 2H9KA 2I25L 3TXEA 1GFUA 4XJFA 2YDGA 1HEQA 1LJ4A 1V7TA 1LZSA 3WUAA 1HF4A 2BLXA 4DD3A 1JSFA 1WQMA 1GFEA 1TDYA 5KJ9A 1LYOA 1JKDA 3AB6A 1GE4A 1C10A 1T3PA 5F9UA 1JJ3A 2HEDA 5KXZA 5KY1A 2I6ZA 3TXIA 5FDJA 3WMKA 5EBHA 1IC5Y 1JSEA 5HMVA 4Z98A 1NF5A 3TXGA 4DC4A 1C45A 1QSWA 1LOZA 1ALCA 2XBRA 1HSWA 1HC0A 3WXTA 1VEDA 1G7JC 2H5ZA 1JISA 3QNGA 5HNCA 1HERA 3T36A 3WU9A 1IWVA 3P68A 1QUTA 4DYGA 4ET9A 1UCOA 1GE0A 2HUBA 4N5RA 4DD1A 4ETDA 1REZA 1NDGC 4U3XB 3OK0A 1GXV2 4NHIA 2BQEA 5D5CA 1IEEA 1LZGA 1CKDA 4CHXA 4HPEA 1JTOL 4J1BA 4TSCA 1LHKA 4OWHA 1LHMA 5B05A 1GEZA 4H91A 1C7PA 1JTPL 4WMGA 1BB6A 1LHJA 4GN3A 1VDQA 4OOTA 5LA8A 7LYZA 2HTXA 4NY5A 3D3DA 1F10A 3GXKA 5E9RA 5F81A 2Z37A 4IJ4A 1B7LA 5I53A 5F14A 2RSCA 2LZ2A 4H94A 4PRQA 4XJBA 1LHLA 3AJNA 1BB5A 1PZYA 3TXJA 3A3RX 1B2KA 5APFA 2W1MA 4LT2A 1JUGA 4B0DA 2G4QA 2Z19A 3A34A 5IDDA 5ILCA 1YAPA 1J1PY 4P2EA 1LZDA 1WQPA 2MEEA 5L3HA 5C6JA 2W1LA 1EL1A 1YROA 5LIOA 3CB7A 1LZCA 2ZYPA 4CFOA 4ETEA 1IOSA 1JEFA 2BQDA 3K3TA 1CJ9A 5JENB 1UACY 1EQ5A 1XFPL 1B5VA 5LAFA 5APCA 1V7SA 2WARA 1OUBA 2YBLA 1LSAA 3RU5A 4UWVA 4DT3A 2BQGA 4H9FA 4NGVA 3SP3A 1UA6Y 2A7DA 1IC7Y 3QY4A 1N4FA 1B7NA 1GBOA 1CJ8A 2GV0A 1REYA 1LKSA 2ZYCA 4DWXA 1GB0A 5D5FA 1GE3A 2HEEA 4G9SA 3AW7A 3QE8A 3A93A 5KXRA 1QTEA 4KL7A 5KKIA 4H9EA 1GFJA 2YBNA 1NMMA 4LT1A 1HMKA 1WQQA 1G7IC 4J1AA 4LFXA 1DPWA 1BB7A 2ZILA 4YM8A 4IATA 2EIZC 5B06A 1GB8A 132LA 3IJVA 2BAAA 1DZBX 1LSFA 1LZRA 3TMXA 1LZBA 3A96A 1GFVA 3ATNA 5FEKA 5KXWA 1FLUA 1GAZA 2DQJY 5DLAA 1LJGA 1H87A 1GE2A 1DI4A 1TEWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGEA 2Z12A 1JIYA 1LPIA 1LHHA 261LA 6LYZA 1IWYA 1WVVA 4YENA 4LFPA 1L01A 4TSBA 4EKQA 1ZURA 122LA 3LYTA 1QT8A 112LA 1MLCE 208LA 1SWZA 1YL0X 2RB1X 2QB0B 1YKYX 1IP2A 172LA 1OUIA 1P2CC 5APEA 4YEMA 171LA 3M18B 1B5UA 1LSBA 140LA 4PK0A 5B1FA 1AZFA 1WTHA 4NGKA 1L92A 4WM6A 4ANRA 3QAKA 4OWCA 1ZVHL 1SSYA 5LVKA 4ARMA 1JJ1A 2L78A 1BB3A 1IR7A 5I4YA 1UIEA 4HTNA 5L9JA 3FI7A 1QDRA 1L12A 1G07A 4WOAA 4M6DA 2LC9A 127LA 1FLQA 3HT9A 2D4IA 2BQKA 3W3EA 1IOTA 3OE0A 1D9WA 3HTFA 3WW5A 246LA 1HMLA 1UIBA 2ZQ4A 2W1XA 4G4CA 1AM7A 165LA 4GCDA 2ANVA 3L64A 4H8XA 1L08A 1L45A 1JJ0A 1LHIA 1GF9A 1IVMA 1DPXA 3WVYA 5J7CA 1C6NA 2PC2A 1LGWA 1LMPA 4UWNA 2DQFC 1P64A 1T6VL 1C65A 1BVXA 1AT5A 2RAYX 4HJZA 166LA 1ZVYB 5I5QA 4NHTA 4I7RA 1OP9B 1L41A 1L64A 185LA 1OVHA 4BAPA 3AW6A 3DN8A 1KXXA 1L86A 1DKKA 3HDEA 1B5ZA 4W94A 1L84A 1UC0A 3AZ6A 3DKEX 4WL6A 4LYZA 3CDQA 4DD2A 109LA 1F6RA 1YQVY 1Z55A 1NKHA 5FELA 153LA 4ZIXA 4TX7A 212LA 4G4BA 4NHPA 1L15A 2OEAX 4WM2A 1UUZC 4GBRB 2ZIKA 2YVBA 4NSHA 3D9AC 1C6MA 4J0LA 5L3IA 120LA 1YILA 4LDLA 1LMCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Z38 A;  4WLX A;  5T3F A;  4CGE A;  4LYB A;  2A7F A;  2Z12 A;  5KXS A;  3B0I A;  4NGO A;  1JIY A;  3M3U A;  1LPI A;  1LHH A;  4QDN A;  4LT3 A;  1LSZ A;  1IWY A;  6LYZ A;  1IY3 A;  1WVV A;  5C6L A;  1IY4 A;  4YEN A;  2G4N A;  4KT3 A;  4LFP A;  3A8Z A;  1LJE A;  2MEF A;  4TSB A;  2D6B A;  4KXI A;  3LYT A;  1GB5 A;  4E3U A;  1RE2 A;  4XJH A;  208L A;  1MLC E;  2CGI A;  1YL0 X;  2BQM A;  4B49 A;  4B4J A;  4QY9 A;  3HBD A;  1DKJ A;  2Z39 A;  4ETA A;  1WQN A;  1GBZ A;  4C3W A;  1YKY X;  4GLV A;  5KXY A;  1IP2 A;  1WVU A;  1LSP A;  1B9O A;  1OUI A;  1P2C C;  1OUH A;  207L A;  4HPI A;  1KIR C;  1XEJ A;  3WUL A;  5B1G A;  1HSX A;  2IFF Y;  3A67 Y;  2MEC A;  5APE A;  4YEM A;  1ZV5 L;  3N9E A;  5LVJ A;  1PS5 A;  4NGI A;  1GBY A;  3M18 B;  3LYO A;  1B5U A;  1LSB A;  4DDC A;  1IWU A;  2LHM A;  1GFG A;  4WLD A;  5B1F A;  3WPK A;  1OUE A;  1B7Q A;  1AZF A;  4HTQ A;  3WYH A;  1D0L A;  2Z18 A;  1B5Y A;  4NGK A;  4ANR A;  4WM6 A;  4AXT A;  1QDT A;  4OWC A;  1B7O A;  4NIJ A;  4UWU A;  1GF5 A;  3N9A A;  1ZVH L; 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 4WMG A;  1BB6 A;  1LHJ A;  4GN3 A;  1VDQ A;  4OOT A;  5LA8 A;  7LYZ A;  2HTX A;  4NY5 A;  3D3D A;  1F10 A;  3GXK A;  5E9R A;  5F81 A;  2Z37 A;  4IJ4 A;  1B7L A;  5I53 A;  5F14 A;  2RSC A;  2LZ2 A;  4H94 A;  4PRQ A;  4XJB A;  1LHL A;  3AJN A;  1BB5 A;  1PZY A;  3TXJ A;  3A3R X;  1B2K A;  5APF A;  2W1M A;  4LT2 A;  1JUG A;  4B0D A;  2G4Q A;  2Z19 A;  3A34 A;  5IDD A;  5ILC A;  1YAP A;  1J1P Y;  4P2E A;  1LZD A;  1WQP A;  2MEE A;  5L3H A;  5C6J A;  2W1L A;  1EL1 A;  1YRO A;  5LIO A;  3CB7 A;  1LZC A;  2ZYP A;  4CFO A;  4ETE A;  1IOS A;  1JEF A;  2BQD A;  3K3T A;  1CJ9 A;  5JEN B;  1UAC Y;  1EQ5 A;  1XFP L;  1B5V A;  5LAF A;  5APC A;  1V7S A;  2WAR A;  1OUB A;  2YBL A;  1LSA A;  3RU5 A;  4UWV A;  4DT3 A;  2BQG A;  4H9F A;  4NGV A;  3SP3 A;  1UA6 Y;  2A7D A;  1IC7 Y;  3QY4 A;  1N4F A;  1B7N A;  1GBO A;  1CJ8 A;  2GV0 A;  1REY A;  1LKS A;  2ZYC A;  4DWX A;  1GB0 A;  5D5F A;  1GE3 A;  2HEE A;  4G9S A;  3AW7 A;  3QE8 A;  3A93 A;  5KXR A;  1QTE A;  4KL7 A;  5KKI A;  4H9E A;  1GFJ A;  2YBN A;  1NMM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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