4HTKA

Mitigation of x-ray damage in macromolecular crystallography by submicrometer line focusing; total dose 2.17 x 10e+12 x-ray photons
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mitigation of X-ray damage in macromolecular crystallography by submicrometre line focusing.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4htkA00
1LZ8A 1BB5A 1B7OA 2Z39A 4OWCA 5FCPA 4UWNA 3M18B 5KXXA 3P4ZA 2HEAA 2LYOA 1LHIA 1B9OA 1UIDA 3WXTA 1KIQC 1VEDA 5EBHA 2BQIA 4CJ2A 1IOQA 1CJ9A 3RU5A 2HU1A 4KL7A 1B7RA 5L3IA 2ZQ3A 5E4PA 2XBRA 2ZIJA 3AGGG 1GFTA 1LZTA 5F16A 3AZ7A 4WM2A 1BHZA 4GN4A 1GE0A 1DPXA 3AYQA 1LKSA 4N8ZA 1YL1X 3LN2A 153LA 1IY4A 4W94A 4EOFA 5LA5A 1G7IC 4H9EA 1INUA 1CKCA 1LCNA 3TXGA 1GE4A 1VDTA 1IY3A 2G4QA 4HJYA 194LA 1B5ZA 4IJ4A 3P68A 4OW1A 4WM6A 3W6AA 5I4XA 4U3XB 1IR7A 1LHLA 1LYSA 2AUBA 4KT3A 4NG8A 4NWEA 193LA 4PJ2C 2ZYCA 3W6FA 1XEIA 2BQOA 1C43A 1J1OY 1YAOA 1EQEA 1NQIA 4GN3A 2NWDX 3E3DA 5LVHA 1GXXA 4DDBA 1C45A 1FLUA 1UACY 4H92A 3WH1A 1BWJA 1GB8A 1HFXA 1SQ2L 3AZ4A 1REXA 3HFMY 2YBMA 3A92A 1LPIA 2GV0A 2DQDY 4WM1A 1LHKA 1LSPA 1IWXA 1DXJA 3G3AB 4PRUA 1KXWA 5KXZA 3LYTA 5T3FA 1XEKA 4OWAA 1JJ3A 2H5ZA 4R0FA 5K7OA 1HEMA 4HP0A 1UIAA 1IR9A 1DI4A 1I20A 2YBIA 3WL2A 3A95A 1D6QA 4AGAA 5DLAA 208LA 4LYTA 2BQCA 134LA 2CJLA 4NHIA 5JENB 1G7HC 4TSCA 2I25L 3TMVA 4NGIA 1YAMA 4H91A 3CSZA 1TEWA 2HUBA 4CFOA 1JEFA 2MEBA 3LZ2A 4DD1A 4ET9A 4XJBA 2YBNA 4LYCA 1AT6A 4Z46A 4UWVA 2MEIA 1LZ5A 1UC0A 4LYOA 3D9AC 1JJ1A 5LVGA 4QY9A 4H9AA 1B5XA 4LYBA 2I6ZA 1VDQA 3TMWA 4DYGA 3ZEKA 2CGIA 5HQ1A 3OJPA 1E8LA 1GBSA 1CKFA 1LJFA 4HTQA 4YOPA 3WMKA 4YEMA 4H93A 1TAYA 1IC4Y 1LJ3A 4ETCA 1LTMA 1GPQC 4GCBA 2B5ZA 1GBZA 1OP9B 2F4GA 4LFPA 1VAUA 1GF5A 4WM5A 5KXSA 1LSYA 3M3UA 5KXTA 4XENA 1LZSA 2D91A 5A3ZA 1KXYA 1A4VA 1NWGA 3WVXA 4CHXA 1IP1A 2MEHA 2Z2FA 4NY5A 2BQGA 4LGKA 3TXFA 2PC2A 4NHSA 5DN5A 5I4YA 4ZFPA 3WW5A 1GF0A 1HMKA 1I1ZA 1CJ8A 1GAZA 2Q0MX 1IP2A 1GF7A 3CB7A 3LYZA 4LT0A 2YBLA 1LZYA 5KXNA 4DD0A 5LXWA 1MELL 4W96A 4GLAA 1XGRC 1KIPC 1FKVA 1LJEA 1OUHA 4NGKA 3B0IA 1LSDA 4G49A 5IDDA 2D6BA 1UBZA 3P66A 2EPEA 1DZBX 1F6SA 1HHLA 4TX7A 2H9JA 3WULA 1N4FA 4N1CC 1V7TA 4DD3A 1IO5A 4NGZA 1OQMA 1CNSA 1LAAA 4PRQA 4WG1A 5IHGA 1YAPA 1GHLA 1GFUA 3WUAA 5FELA 5LYTA 1LYYA 1QTKA 1JIYA 4HTNA 1TBYA 1I56A 4WL6A 2BQFA 5LA8A 3CT5A 4TUNA 3A8ZA 1AT5A 1HEQA 1LJNA 1WTMA 1CKDA 3A6BY 5LVKA 3P65A 2MEGA 1GEVA 3WYHA 1JKCA 1BB3A 1QQYA 1EQ4A 4NSGA 5C6IA 1YILA 3CT0A 4IATA 4HTKA 4XJGA 2XJWA 4YENA 5DN4A 5KXMA 1D9UA 1LSGA 2X0AA 1UIGA 1LMTA 1NMMA 4WL7A 4GCCA 1LZEA 4GCDA 4G4CA 135LA 4NWHA 3QNGA 5B05A 1QTEA 1BWHA 4NGLA 5C6LA 1LZCA 3OK0A 2W1XA 4LT3A 4XN6A 1GB6A 4OWEA 1H6MA 3IJVA 3B0KA 2IFFY 1UIFA 1OUJA 4LZTA 4UWUA 1BB7A 4WLYA 4ETBA 4N9RA 1B2KA 1YKZX 5D5FA 2I26L 1B5UA 1GB7A 5KY1A 1LZ4A 2ZYPA 1LMNA 4C5FA 1GBXA 2Y8PA 1CKGA 1HNLA 1GDXA 1LMPA 1GEZA 2LHMA 5KKJA 3TXDA 4NGOA 1FLWA 2BAAA 2BQJA 1GF4A 1SLYA 1RE2A 2LYMA 2ZQ4A 3ZVQA 3A90A 4J1BA 4OWBA 2ZNXY 5KJ9A 4GCFA 1AZFA 1LJGA 1WQQA 1YKYX 1G7JC 1JWRA 1KXXA 1WQNA 1LSCA 2FBBA 1B7PA 5APEA 3WPKA 6LYZA 2C8OA 3TXHA 1IP5A 2Z2EA 3G3BB 2MEDA 4PHIA 4TSBA 4CFPA 4HPIA 1NDMC 5APCA 1B5YA 1GBWA 1BVXA 1GBYA 1OUGA 2DQIY 1UIEA 3K3TA 1XGQC 1G7MC 1LJKA 1LZDA 3AB6A 3AZ6A 4LYZA 3J6KA 4ETDA 1OUEA 1OUFA 1IWWA 2DQHY 1B0DA 1HF4A 1HSXA 5FDJA 1GE1A 3W6DA 1GWDA 4DC4A 1LSNA 1IWUA 1GFKA 2LYZA 4C3WA 1LSEA 3B0OA 2EKSC 1B7MA 3AGIA 4B0DA 2MEAA 5FSTA 1XSFA 4H94A 5F81A 4P2EA 1IP4A 1LJHA 1GB0A 3EO5A 1T3PA 4H1PA 4GCEA 1IWYA 207LA 4A7DA 1QDRA 3A96A 5II3A 3AGHA 1WQOA 2ZNWY 1LSAA 3AW7A 3AZ5A 1IWZA 4WM4A 4QEQA 1XEJA 3WUNA 4G9SA 4RLNA 3A67Y 1LZGA 2Z18A 4Z98A 2DBTA 1WQRA 3CSQA 4TWSA 5HMJA 4DWXA 1HSWA 1GAYA 1LMOA 3GXRA 4KPMA 5LAFA 2N5ZA 1IWTA 4J7VA 1DKKA 3A3QA 4X3BA 2BQNA 1LMCA 1OUBA 4LYMA 1RCMA 4B4EA 1OUCA 3TXKA 4M4OA 1TCYA 4LFXA 5I54A 4BAFA 3WVYA 1LHJA 1JHLA 1LSMA 5APFA 2D4JA 2LZTA 4NGWA 1GB9A 1LKRA 1LYOA 1GXV2 4H8YA 1IP6A 4YEOA 4HJZA 8LYZA 1ALCA 5KXPA 4IASA 3QY4A 4QGZA 1HELA 5KKIA 4XADA 2CDSA 1JUGA 3HBEX 4WO6A 1JPOA 2A7DA 1YROA 5KXLA 4J1AA 1GFRA 1NKHA 1LZAA 1IOCA 1LHHA 4ML7A 1NHEA 5I5QA 2FBDA 5F14A 4NGVA 3T36A 1BB4A 4BAPA 2DQGY 1UIHA 1JJ0A 2DQEY 4WLTA 3LZTA 3WW6A 4XJFA 4HJVA 1BGIA 1OUIA 1UCOA 4MR1A 4RW2A 5I53A 4M6DA 1B7NA 1RFPA 3BKVA 4MCKA 1REMA 3LYMA 1BWIA 2BQEA 1LZ6A 4DD2A 4BADA 1OUAA 2BQDA 4ZEEA 3B72A 1BB6A 1ZMYL 2FYCA 4H9BA 4DT3A 3TXBA 1JSFA 2HU3A 4WO9A 5HMVA 4H8ZA 2HEBA 5FHWA 1DQJC 1LMAA 3IWRA 1F6RA 4YM8A 1KIRC 5J7CA 5L3HA 2ZIKA 4XJHA 1XGPC 3A6CY 4NGJA 1IC5Y 4NSJA 5LVIA 1B5WA 1UA6Y 4OOTA 3A94A 1J1PY 5I4WA 4LT1A 3TXJA 1IIZA 3D3DA 3ZVQB 2HEDA 2XBSA 2F4AA 4PGJB 3A34A 2C8PA 2W1LA 1UIBA 1VFBC 1NDGC 1YIKA 1GFVA 1LZNA 1FLYA 3RW8A 1G7LC 1LSBA 1EQ5A 1P2CC 5HLLA 2YDGA 1LZ9A 3GXKA 1UUZC 1YANA 3WXUA 1B7LA 1CKHA 3QE8A 5KXWA 5A3EA 5DL9A 3WUMA 4CGEA 1XGUC 2ZWBA 3CSRA 1LSZA 1IOSA 5B06A 1AM7A 1NF5A 4ETAA 1CJ6A 1GB2A 1T6VL 1C10A 1GB5A 1UICA 1VATA 3EBAB 3N9EA 4NSHA 1YL0X 4LT2A 1LJ4A 1LZRA 1TDYA 4DDCA 4ETEA 1GBOA 4QDNA 3MGWA 4PPOA 1GE3A 2BQHA 4NEBA 1GFAA 4N1EI 4WOAA 1JTOL 4XJDA 1FKQA 1IWVA 3ATOA 4HSFA 1GFJA 5LINA 4FDYA 2Z19A 2DQCY 1HFZA 4RLMA 2Z37A 3A91A 5HNCA 1W6ZA 5LYZA 1FDLY 5B1FA 3TMXA 5LAGA 3SP3A 1HEOA 3FI7A 4H90A 4HPEA 4RDSA 4D9ZA 1REYA 2BQMA 3HBDA 1HENA 1QUTA 1JKAA 1W08A 4B1AA 1D6PA 1IC7Y 2FYDA 3A3RX 5KXYA 3T6UA 4ANRA 4EMNA 4NG1A 1GF3A 1LSFA 5APDA 3LHMA 1EL1A 3RT5X 132LA 1BVKC 1PS5A 4WLDA 1D0KA 2MECA 2BQLA 1Z55A 2EIZC 2YSSC 4RW1A 1A2YC 1B7SA 3WPJA 1BQLY 5FEKA 1FN5A 4B4IA 4L41A 3W3EA 4OWHA 5KXRA 1YQVY 1WVUA 1JISA 5B59A 1LMQA 5LIOA 3J4GA 2HTXA 1DI5A 2BPUA 4MSTA 3WU8A 3ATNA 5KXKA 1QSWA 1QUSA 2LZ2A 1QIOA 1FBIX 4I8SA 2G4PA 4WG7A 3W6CA 2D4KA 5DM9A 4AXTA 1LHMA 4NHPA 3WU9A 1NBYC 1GE2A 5M1YA 3KAMA 2MEEA 3AW6A 1REZA 1GFEA 1IOTA 1GD6A 2WARA 4R6CA 1JTTL 1WQMA 5B1GA 1GFGA 2RSCA 5HNLA 2A7FA 4WLXA 2Z12A 1LZBA 4WM3A 1LJIA 1HMLA 1XGTC 1F10A 2BQAA 1HFYA 1H87A 2Z38A 3A93A 5F9UA 4N5RA 2W1MA 5C6JA 1IP3A 1IEEA 4YF2A 4NSIA 4ET8A 3WPLA 1D0LA 1RI8B 5L9JA 1JKBA 2EQLA 4H9FA 4H9CA 5B07A 2F30A 3LYOA 3RNXA 1HC0A 4II8A 5E9RA 1QDTA 3VWOA 4HV2A 1DI3A 1HEWA 4DDAA 7LYZA 1C46A 1J1XY 3ULRA 4FJRA 1JTPL 2YVBA 1LYZA 1WQPA 2H9KA 4I0CA 3RZ4A 3CT1A 1YAQA 4G4BA 4GN5C 4OOOA 2DQAA 4BS7A 4XJIA 5AMYA 1LJJA 1O23A 1VDSA 1C7PA 3BKHA 2ZILA 1RJCB 3IJUA 4NIJA 3TMUA 1GF6A 3EMSA 1B7QA 3N9CA 3AJNA 1DKJA 1V7SA 1IP7A 1GF8A 154LA 4NHTA 1OUDA 2DKVA 3B6LA 2YBHA 1PZYA 5F9XA 4G4HA 3TXIA 1ZVHL 6LYTA 1LZ1A 2BLYA 4ZIXA 2W1YA 3F6ZA 1JSEA 4B4JA 5LYMA 1WVVA 2IHLA 1LOZA 1ZVYB 2BQBA 1F0WA 2MEFA 4NHQA 5ILFA 1IORA 1CJ7A 2D4IA 2HEFA 3HBHA 2BQKA 3FE0A 4H8XA 3W6BA 1GB3A 1GF9A 3EXDA 5ILCA 4GLVA 3TXEA 4TTDA 1JKDA 2BLXA 4WMGA 1HEPA 1GFHA 2DQJY 1WTNA 4N0JA 4NFVA 2G4NA 4B49A 4E3UA 1D0MA 1IR8A 4NGYA 4Z3MA 2DQFC 3P64A 4XYYA 4Z41A 1IX0A 5IELA 5D5CA 4H9HA 9LYZA 1VDPA 3W6EA 3CQLA 1DPWA 1FLQA 1IVMA 1XFPL 1YKXX 4O34A 2HEEA 1JITA 2VB1A 2CWIA 4HV1A 3WU7A 4DD9A 1HERA 2HECA 1C08C 5KXOA 5LVJA 1MLCE 4H9IA 2F2NA 1NBZC 133LA 4DD7A 2XTHA 3N9AA 1AKIA 4KXIA 2YBJA 1B5VA 4J0LA 1ZV5L 1GDWA 1QSAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZ8A 1BB5A 1D3NA 4UWNA 2LYOA 244LA 1KY1A 3RU5A 2HU1A 3L2XA 111LA 2ZQ3A 4WM2A 1LKSA 4EOFA 1DYAA 3TXGA 1LCNA 1KNIA 1GE4A 4IJ4A 3W6AA 4DAJA 1QTHA 1L45A 252LA 1IR7A 1LYSA 1D2WA 3W6FA 3HUAA 1L20A 4GN3A 3E3DA 2O4WA 3OE8A 1C45A 1GB8A 3AZ4A 1REXA 2DQDY 1LSPA 1IWXA 5T3FA 1XEKA 1G0PA 1L75A 242LA 4OWAA 5K7OA 3GUIA 1I6SA 7LZMA 1L89A 1QTDA 2IGCA 1D6QA 1LPYA 4LYTA 134LA 4NHIA 1G7HC 5I14A 3OE9A 1L28A 1SWYA 258LA 1L86A 2HUBA 4CFOA 1JEFA 3LZ2A 2YBNA 2MEIA 120LA 1CV0A 3TMWA 5HQ1A 3OJPA 4ARMB 1CKFA 4YOPA 178LA 1L18A 4YEMA 4H93A 1LJ3A 137LA 1GPQC 1QTVA 246LA 2O79A 2Z2FA 1T8FA 4ZFPA 1T97A 1CV3A 108LA 1GF7A 5LXWA 1L60A 2YBLA 2B6ZA 1MELL 1LYIA 4W96A 4GLAA 1LJEA 1FKVA 1LYFA 4G49A 3P66A 1UBZA 1HHLA 4TX7A 233LA 3C7WA 1V7TA 1L22A 4NGZA 1OQMA 4PRQA 1YAPA 1GHLA 1GFUA 3HH4A 4WL6A 1I56A 2BQFA 5LA8A 3CT5A 1HEQA 1LJNA 205LA 3P65A 2MEGA 2RBPA 3WYHA 1CUQA 4NSGA 2XQOA 1YILA 4IATA 4W57A 1LSGA 1UIGA 1LI6A 1LZEA 4GCDA 4G4CA 135LA 5C6LA 1LZCA 1L10A 1G0JA 4LZTA 1BB7A 174LA 4N9RA 2I26L 181LA 1B5UA 1GB7A 249LA 5KY1A 1LMNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZ8 A;  1BB5 A;  1B7O A;  2Z39 A;  4OWC A;  5FCP A;  4UWN A;  3M18 B;  5KXX A;  3P4Z A;  2HEA A;  2LYO A;  1LHI A;  1B9O A;  1UID A;  3WXT A;  1KIQ C;  1VED A;  5EBH A;  2BQI A;  4CJ2 A;  1IOQ A;  1CJ9 A;  3RU5 A;  2HU1 A;  4KL7 A;  1B7R A;  5L3I A;  2ZQ3 A;  5E4P A;  2XBR A;  2ZIJ A;  3AGG G;  1GFT A;  1LZT A;  5F16 A;  3AZ7 A;  4WM2 A;  1BHZ A;  4GN4 A;  1GE0 A;  1DPX A;  3AYQ A;  1LKS A;  4N8Z A;  1YL1 X;  3LN2 A;  153L A;  1IY4 A;  4W94 A;  4EOF A;  5LA5 A;  1G7I C;  4H9E A;  1INU A;  1CKC A;  1LCN A;  3TXG A;  1GE4 A;  1VDT A;  1IY3 A;  2G4Q A;  4HJY A;  194L A;  1B5Z A;  4IJ4 A;  3P68 A;  4OW1 A;  4WM6 A;  3W6A A;  5I4X A;  4U3X B;  1IR7 A;  1LHL A;  1LYS A;  2AUB A;  4KT3 A;  4NG8 A;  4NWE A;  193L A;  4PJ2 C;  2ZYC A;  3W6F A;  1XEI A;  2BQO A;  1C43 A;  1J1O Y;  1YAO A;  1EQE A;  1NQI A;  4GN3 A;  2NWD X;  3E3D A;  5LVH A;  1GXX A;  4DDB A;  1C45 A;  1FLU A;  1UAC Y;  4H92 A;  3WH1 A;  1BWJ A;  1GB8 A;  1HFX A;  1SQ2 L;  3AZ4 A;  1REX A;  3HFM Y;  2YBM A;  3A92 A;  1LPI A;  2GV0 A; 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 4DDA A;  7LYZ A;  1C46 A;  1J1X Y;  3ULR A;  4FJR A;  1JTP L;  2YVB A;  1LYZ A;  1WQP A;  2H9K A;  4I0C A;  3RZ4 A;  3CT1 A;  1YAQ A;  4G4B A;  4GN5 C;  4OOO A;  2DQA A;  4BS7 A;  4XJI A;  5AMY A;  1LJJ A;  1O23 A;  1VDS A;  1C7P A;  3BKH A;  2ZIL A;  1RJC B;  3IJU A;  4NIJ A;  3TMU A;  1GF6 A;  3EMS A;  1B7Q A;  3N9C A;  3AJN A;  1DKJ A;  1V7S A;  1IP7 A;  1GF8 A;  154L A;  4NHT A;  1OUD A;  2DKV A;  3B6L A;  2YBH A;  1PZY A;  5F9X A;  4G4H A;  3TXI A;  1ZVH L;  6LYT A;  1LZ1 A;  2BLY A;  4ZIX A;  2W1Y A;  3F6Z A;  1JSE A;  4B4J A;  5LYM A;  1WVV A;  2IHL A;  1LOZ A;  1ZVY B;  2BQB A;  1F0W A;  2MEF A;  4NHQ A;  5ILF A;  1IOR A;  1CJ7 A;  2D4I A;  2HEF A;  3HBH A;  2BQK A;  3FE0 A;  4H8X A;  3W6B A;  1GB3 A;  1GF9 A;  3EXD A;  5ILC A;  4GLV A;  3TXE A;  4TTD A;  1JKD A;  2BLX A;  4WMG A;  1HEP A;  1GFH A;  2DQJ Y;  1WTN A;  4N0J A;  4NFV A;  2G4N A;  4B49 A;  4E3U A;  1D0M A;  1IR8 A;  4NGY A;  4Z3M A;  2DQF C;  3P64 A;  4XYY A;  4Z41 A;  1IX0 A;  5IEL A;  5D5C A;  4H9H A;  9LYZ A;  1VDP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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