4I7KA

T4 lysozyme l99a/m102h with toluene bound
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 65
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7kA00
1D3NA 1G0MA 126LA 1CUPA 3DN1A 244LA 220LA 163LA 1L97A 4PK0A 1DYCA 2RBSA 2RBNA 1KY1A 1QUDA 3L2XA 1QUOA 111LA 1CU0A 3HTFA 1L51A 2RB2X 250LA 1LI3A 3V2WA 1L16A 1C60A 3DMVA 255LA 5LZMA 1DYAA 1KNIA 1L48A 4DAJA 1L77A 1QTHA 1L24A 1L45A 252LA 4S0WA 1D2WA 2F47A 228LA 3HUAA 3CDVA 1L20A 2O4WA 3OE8A 1P56A 150LA 235LA 3CDTA 4PJZA 1KW5A 212LA 4EKQA 191LA 4I7TA 4ARPA 1WTHA 1G0PA 1L75A 242LA 3GUIA 1I6SA 7LZMA 3SB5A 1G06A 1L89A 1QTDA 4ARQB 1CTWA 2IGCA 1LI2A 1L95A 1C6CA 1LPYA 1G1VA 1C6EA 1SWZA 3HT8A 3VW7A 218LA 3FADA 3DN8A 5I14A 3OE9A 198LA 1L28A 1SWYA 1P36A 1L86A 222LA 258LA 2RBOA 4W53A 3C7YA 1L99A 1QT4A 160LA 2QB0B 120LA 186LA 1CV0A 3OE6A 1LGWA 2CUUA 257LA 1LYJA 2OTYX 4ARMB 183LA 254LA 178LA 1L98A 1L18A 4IAPA 137LA 1L39A 1L52A 1QTVA 1LYHA 127LA 2LCBA 246LA 2O79A 118LA 158LA 3HTGA 197LA 171LA 1T8FA 2OU9A 1LYGA 1T97A 1CV3A 108LA 1LGUA 1QTCA 2OTZX 1L01A 2HULA 1TLAA 3HDEA 1L60A 1L05A 2B6ZA 1LYIA 1CVKA 2B74A 2F32A 3HTBA 1LYFA 144LA 1PQIA 184LA 1P64A 1CV6A 164LA 233LA 1OVKA 1L88A 3C7WA 1G0QA 1L22A 3HU9A 3HU8A 247LA 1L25A 3HH4A 232LA 262LA 4W52A 3EMLA 1C6IA 195LA 1C6TA 1C6QA 3RZEA 234LA 2RAYX 205LA 1G07A 4EXMA 2RBPA 1CUQA 3G3VA 1L68A 170LA 1CX6A 1C6KA 180LA 1CU5A 1P7SA 219LA 3HT9A 4W57A 4DKLA 1JQUA 1L06A 2B6TA 1LI6A 1P46A 1OV5A 1L84A 1PQKA 209LA 1L10A 225LA 1L69A 1G0JA 174LA 3SBAA 3D4SA 3HWLA 181LA 249LA 1ZURA 253LA 169LA 2B75A 3UONA 123LA 1OYUA 3NYAA 110LA 3LZMA 1C6NA 1D9WA 200LA 4EPIA 1K28A 1L81A 1PQDA 1LYEA 3PDSA 1P5CA 1L13A 1C68A 1PQOA 157LA 2OE9X 229LA 3GUJA 1DYBA 1L23A 1L12A 261LA 109LA 159LA 125LA 1CV5A 1QT6A 156LA 3FA0A 2OE7X 3L64A 4GRVA 2B6YA 1LWGA 1L82A 231LA 4I7LA 3V2YA 166LA 2Q9DA 3GUKA 4I7NA 1L54A 1L41A 1G1WA 102LA 1L49A 185LA 1L73A 1C6BA 4GBRB 4I7JA 129LA 1L64A 4E97A 2LC9A 1L27A 3CDRA 168LA 1L90A 187LA 1C6PA 1QT8A 245LA 2O7AA 1C6LA 1L02A 2B6XA 1SX7A 1G0KA 259LA 1P2RA 142LA 1L00A 1L14A 4EPFA 2A4TA 4I7MA 199LA 1L38A 215LA 3C83A 1ZYTA 240LA 2ANXA 256LA 236LA 3HH6A 4EKRA 3HT7A 1CV1A 221LA 3G3XA 3SB7A 1QT5A 189LA 1C6JA 155LA 2LZMA 4LZMA 138LA 2B73A 2RH1A 147LA 1L46A 2L78A 4I7KA 1L43A 1P37A 238LA 115LA 196LA 237LA 3C80A 3F9LA 4OO9A 3CDOA 1XEPA 1L57A 2B6WA 4I7PA 145LA 1L66A 1QS9A 2NTGA 1L76A 1L59A 230LA 3HH3A 3GUPA 1OVHA 107LA 1P6YA 4K5YA 3DN2A 2ANVA 2NTHA 1L29A 1L11A 4LDOA 1QUGA 217LA 4ARJA 1L0JA 167LA 165LA 1SSYA 214LA 241LA 206LA 3DN0A 3FI5A 3C8SA 1L21A 1QT3A 1DYDA 1LWKA 1L0KA 1L50A 1L83A 2OEAX 146LA 130LA 1G0LA 251LA 1L80A 1CX7A 1L56A 161LA 3GUNA 1DYGA 1DYFA 1L19A 140LA 1L72A 3CDQA 3DN6A 1L03A 173LA 1L53A 1P3NA 1CU3A 1L26A 1XJTA 4AQNA 1PQMA 149LA 1L15A 1DYEA 1L87A 1CV4A 1L40A 3SB6A 4I7SA 2RB1X 211LA 162LA 239LA 1L37A 1L92A 2RBQA 3SB9A 2Q9EA 3HUKA 1OVJA 1QTZA 3DKEX 2HUMA 128LA 143LA 1L42A 1L34A 122LA 151LA 2QARC 226LA 1JTMA 1D3FA 3GULA 2OU8A 113LA 190LA 1C64A 2HUKA 3C7ZA 213LA 1L30A 3C8QA 1L62A 4I7QA 1ZWNA 1LW9A 1C65A 4YXAC 1L35A 260LA 3ODUA 1L63A 4EKSA 3HUQA 1LLHA 1C61A 6LZMA 4W56A 201LA 1C6GA 152LA 1L47A 1KW7A 3DN3A 1C69A 1CU6A 2Z6BA 223LA 119LA 4LDEA 4W58A 1L08A 1OV7A 1SSWA 1B6IA 1L36A 1QSQA 3RUNA 2RAZX 1L07A 1L67A 3PBLA 3JR6A 4ZPUA 1D3JA 1C6MA 148LE 192LA 1D2YA 227LA 1T8AA 141LA 1KY0A 3NY9A 1L55A 1L32A 3DMXA 1LGXA 1OWYA 1P2LA 1L61A 4W59A 224LA 3DN4A 1L79A 3K2RA 176LA 1L04A 1EPYA 1L91A 3C82A 1KS3A 1JTNA 1T6HA 3DNAA 1C6AA 3QAKA 1L65A 1L85A 2OE4X 4EKPA 1QT7A 3GUMA 1QUHA 1L93A 3C81A 1CU2A 4ARQA 1L58A 1XJUA 3F8VA 1QTBA 1C62A 1T8GA 3SBBC 4W51A 2OU0X 2RB0X 1SX2A 4YXCA 1QSBA 1L33A 1NHBA 1D3MA 210LA 3C8RA 4I7OA 139LA 1C6DA 112LA 248LA 1LYDA 172LA 1C6FA 2B72A 4I7RA 1OWZA 3GUOA 3HH5A 1C66A 182LA 1L31A 4DJHA 1C63A 1L70A 4ARMA 2F2QA 3HDFA 4W54A 1L96A 1L94A 243LA 3HT6A 4W55A 216LA 1C6HA 4EJ4A 2B70A 4ARLA 131LA 1L17A 4YX7C 3SN6R 188LA 1QS5A 3HTDA 114LA 1L71A 177LA 2RBRA 4LDLA 3DMZA 3OE0A 104LA 1L09A 1G0GA 3NY8A 1L44A 1L74A 3SB8A 3G3WA 175LA 103LA 1PQJA 2B7XA 1C67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZ8A 1BB5A 1D3NA 4UWNA 2LYOA 244LA 1KY1A 3RU5A 2HU1A 3L2XA 111LA 2ZQ3A 4WM2A 1LKSA 4EOFA 1DYAA 3TXGA 1LCNA 1KNIA 1GE4A 4IJ4A 3W6AA 4DAJA 1QTHA 1L45A 252LA 1IR7A 1LYSA 1D2WA 3W6FA 3HUAA 1L20A 4GN3A 3E3DA 2O4WA 3OE8A 1C45A 1GB8A 3AZ4A 1REXA 2DQDY 1LSPA 1IWXA 5T3FA 1XEKA 1G0PA 1L75A 242LA 4OWAA 5K7OA 3GUIA 1I6SA 7LZMA 1L89A 1QTDA 2IGCA 1D6QA 1LPYA 4LYTA 134LA 4NHIA 1G7HC 5I14A 3OE9A 1L28A 1SWYA 258LA 1L86A 2HUBA 4CFOA 1JEFA 3LZ2A 2YBNA 2MEIA 120LA 1CV0A 3TMWA 5HQ1A 3OJPA 4ARMB 1CKFA 4YOPA 178LA 1L18A 4YEMA 4H93A 1LJ3A 137LA 1GPQC 1QTVA 246LA 2O79A 2Z2FA 1T8FA 4ZFPA 1T97A 1CV3A 108LA 1GF7A 5LXWA 1L60A 2YBLA 2B6ZA 1MELL 1LYIA 4W96A 4GLAA 1LJEA 1FKVA 1LYFA 4G49A 3P66A 1UBZA 1HHLA 4TX7A 233LA 3C7WA 1V7TA 1L22A 4NGZA 1OQMA 4PRQA 1YAPA 1GHLA 1GFUA 3HH4A 4WL6A 1I56A 2BQFA 5LA8A 3CT5A 1HEQA 1LJNA 205LA 3P65A 2MEGA 2RBPA 3WYHA 1CUQA 4NSGA 2XQOA 1YILA 4IATA 4W57A 1LSGA 1UIGA 1LI6A 1LZEA 4GCDA 4G4CA 135LA 5C6LA 1LZCA 1L10A 1G0JA 4LZTA 1BB7A 174LA 4N9RA 2I26L 181LA 1B5UA 1GB7A 249LA 5KY1A 1LMNA 4C5FA 1HNLA 1D9WA 2BAAA 1L81A 2BQJA 1SLYA 2LYMA 3PDSA 3A90A 1L13A 1C68A 4GCFA 1AZFA 1PQOA 1WQQA 1YKYX 1DYBA 2C8OA 261LA 2MEDA 4PHIA 4CFPA 2OE7X 2DQIY 4GRVA 4Z46A 3K3TA 1XGQC 3AB6A 2B6YA 1L82A 1OUFA 1IWWA 1HSXA 2Q9DA 1GWDA 4I7NA 4DC4A 1GFKA 4C3WA 3B0OA 3AGIA 1B7MA 5FSTA 4H94A 5F81A 1T3PA 4A7DA 1QDRA 2O7AA 3A96A 5II3A 3AGHA 3WUNA 1IWZA 1XEJA 4RLNA 4DWXA 2DBTA 1WQRA 1HSWA 4KPMA 1LMOA 4J7VA 1L00A 3A3QA 2A4TA 1OUBA 4I7MA 4LYMA 199LA 1ZYTA 3WVYA 1LHJA 1JHLA 2ANXA 4NGWA 4EKRA 1GB9A 1IP6A 4HJZA 8LYZA 4IASA 3QY4A 1CV1A 1HELA 221LA 5KKIA 1QT5A 1C6JA 1YROA 2RH1A 147LA 1L46A 2L78A 4ML7A 1P37A 5I5QA 2FBDA 4NGVA 3T36A 3F9LA 1BB4A 2DQGY 1UIHA 4I7PA 145LA 1OUIA 1L66A 1QS9A 1REMA 1L59A 3LYMA 2FYCA 2NTHA 1L29A 4LDOA 1QUGA 217LA 1JSFA 2HU3A 3FI5A 1QT3A 1DYDA 1LWKA 5FHWA 5L3HA 1L83A 1G0LA 251LA 1CX7A 161LA 1DYGA 1UA6Y 4OOTA 1J1PY 1IIZA 2F4AA 2W1LA 1VFBC 1YIKA 1PQMA 1LZNA 1FLYA 3RW8A 1G7LC 1EQ5A 1DYEA 1L40A 1YANA 3WXUA 1CKHA 2RB1X 211LA 3QE8A 162LA 5KXWA 239LA 2ZWBA 1LSZA 5B06A 1NF5A 1CJ6A 1GB2A 4NSHA 1C10A 122LA 1YL0X 4QDNA 3MGWA 113LA 1GFJA 1C64A 2Z19A 1HFZA 5LYZA 213LA 3SP3A 1HEOA 3C8QA 4RDSA 4I7QA 1JKAA 4B1AA 1D6PA 3A3RX 1ZWNA 1LSFA 1C65A 3LHMA 2EIZC 3HUQA 1A2YC 1B7SA 3WPJA 1BQLY 1FN5A 1LLHA 4L41A 3W3EA 152LA 1L47A 1LMQA 1KW7A 5LIOA 3ATNA 1B6IA 1QIOA 4I8SA 1L07A 4WG7A 2MEEA 1D2YA 1REZA 1GFEA 227LA 1WQMA 1GFGA 1L55A 4WM3A 1OWYA 1LJIA 1P2LA 2BQAA 224LA 3K2RA 1L04A 5L9JA 4H9FA 2F30A 1JTNA 1DI3A 4DDAA 1J1XY 2YVBA 1WQPA 5AMYA 1LJJA 1C7PA 1RJCB 4W51A 2OU0X 3EMSA 4YXCA 1L33A 1NHBA 4I7OA 1OUDA 3B6LA 4ZIXA 172LA 4I7RA 5LYMA 1WVVA 1C66A 5ILFA 1IORA 1L70A 2D4IA 2F2QA 4W54A 3FE0A 4EJ4A 2DQJY 4NFVA 2G4NA 4ARLA 4NGYA 4Z3MA 1IX0A 9LYZA 1L71A 1FLQA 1JITA 2VB1A 4HV1A 4DD9A 5LVJA 4DD7A 2XTHA 3SB8A 3G3WA 4J0LA 4OWHA 4OWCA 1CUPA 2HEAA 1LHIA 1L97A 5EBHA 4PK0A 1DYCA 4CJ2A 2RBNA 4KL7A 1B7RA 1QUOA 5E4PA 3HTFA 2ZIJA 3AGGG 1GFTA 1LZTA 4GN4A 1LI3A 3V2WA 1DPXA 3AYQA 1YL1X 1IY4A 4H9EA 1VDTA 1B5ZA 5I4XA 3P68A 1L24A 4S0WA 4U3XB 4NG8A 2F47A 193LA 3CDVA 2BQOA 1SQ2L 3HFMY 1LPIA 1KXWA 4ARPA 4R0FA 1JJ3A 1G06A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZ8 A;  1BB5 A;  1D3N A;  4UWN A;  2LYO A;  244L A;  1KY1 A;  3RU5 A;  2HU1 A;  3L2X A;  111L A;  2ZQ3 A;  4WM2 A;  1LKS A;  4EOF A;  1DYA A;  3TXG A;  1LCN A;  1KNI A;  1GE4 A;  4IJ4 A;  3W6A A;  4DAJ A;  1QTH A;  1L45 A;  252L A;  1IR7 A;  1LYS A;  1D2W A;  3W6F A;  3HUA A;  1L20 A;  4GN3 A;  3E3D A;  2O4W A;  3OE8 A;  1C45 A;  1GB8 A;  3AZ4 A;  1REX A;  2DQD Y;  1LSP A;  1IWX A;  5T3F A;  1XEK A;  1G0P A;  1L75 A;  242L A;  4OWA A;  5K7O A;  3GUI A;  1I6S A;  7LZM A;  1L89 A;  1QTD A;  2IGC A;  1D6Q A;  1LPY A;  4LYT A;  134L A;  4NHI A;  1G7H C;  5I14 A;  3OE9 A;  1L28 A;  1SWY A;  258L A;  1L86 A;  2HUB A;  4CFO A;  1JEF A;  3LZ2 A;  2YBN A;  2MEI A;  120L A;  1CV0 A;  3TMW A;  5HQ1 A;  3OJP A;  4ARM B;  1CKF A;  4YOP A;  178L A;  1L18 A;  4YEM A;  4H93 A;  1LJ3 A;  137L A;  1GPQ C;  1QTV A;  246L A;  2O79 A;  2Z2F A;  1T8F A;  4ZFP A;  1T97 A;  1CV3 A;  108L A;  1GF7 A;  5LXW A;  1L60 A;  2YBL A;  2B6Z A;  1MEL L;  1LYI A;  4W96 A;  4GLA A;  1LJE A;  1FKV A;  1LYF A;  4G49 A;  3P66 A; 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