4I7MA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-allylphenol bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7mA00
257LA 1CV5A 1L32A 212LA 262LA 3RZEA 3HH6A 210LA 1L0JA 255LA 4I7MA 3GULA 2B73A 248LA 160LA 1T97A 4W58A 1SSYA 217LA 1L49A 1SX7A 1L93A 3CDQA 2NTHA 1L84A 4ARQB 1P46A 1P2LA 1OV5A 4I7OA 2O79A 3G3VA 144LA 4EXMA 1C6IA 1L82A 148LE 5LZMA 1D3JA 112LA 165LA 1LYIA 1T8GA 1PQIA 2HUKA 1C6PA 1D9WA 1L08A 1L39A 1QS9A 4EKRA 1KW7A 1P64A 173LA 3CDOA 1QTHA 180LA 2B7XA 206LA 147LA 4DKLA 4ARQA 151LA 3DN0A 1QS5A 3GUOA 4ARMA 1L88A 1P37A 3CDRA 1P36A 1KNIA 250LA 1CU3A 1C6JA 1P5CA 1C6BA 4W51A 1L10A 161LA 3C7WA 141LA 3HUQA 1C6HA 4LDEA 155LA 1L59A 247LA 2ANVA 1L50A 3HUKA 4ARLA 1L71A 219LA 2F47A 4I7NA 2B70A 1L92A 4I7QA 1G1WA 3HTBA 1L76A 1L52A 209LA 236LA 1L74A 102LA 1TLAA 237LA 1L56A 3PDSA 2OU0X 4I7JA 245LA 1L01A 158LA 1C65A 4EJ4A 3DMXA 4DAJA 129LA 214LA 3HU8A 242LA 1XEPA 239LA 220LA 3GUJA 163LA 2Q9EA 1L41A 3HH3A 1C66A 1C6LA 1CV0A 1L98A 123LA 3HDEA 1L13A 3DNAA 4EKSA 2RH1A 3C8QA 103LA 1LYJA 1L72A 1PQDA 3OE8A 230LA 1C64A 1L57A 3OE6A 1L65A 4YX7C 1L67A 1QT4A 2HUMA 4I7SA 2RBOA 1T8AA 228LA 113LA 205LA 1P2RA 3QAKA 1CV3A 232LA 3DN3A 1WTHA 1L89A 238LA 4IAPA 1L22A 1L70A 229LA 175LA 1QSQA 145LA 1CV6A 1LYGA 4ARPA 1KY0A 3DN2A 1C6CA 176LA 1L40A 2B74A 2OTYX 3GUPA 2Z6BA 4YXAC 213LA 243LA 1L94A 2OE7X 1L45A 1L55A 1L86A 1OWZA 251LA 1L21A 2RBSA 1L79A 1G0KA 2RB1X 4W54A 1L30A 1L97A 2OE9X 1C69A 1L07A 159LA 3V2YA 1L11A 184LA 1G0PA 125LA 4AQNA 221LA 3HU9A 199LA 1L96A 1JQUA 1C6FA 1OVHA 1P6YA 195LA 1EPYA 181LA 3SB8A 3DN1A 1PQOA 4LZMA 3FA0A 1L77A 4GBRB 1L25A 249LA 3RUNA 1L61A 1L66A 3K2RA 1LYDA 4I7LA 1L99A 1LW9A 3GUIA 1CX7A 1CU6A 1L33A 3NY8A 1ZYTA 3DMVA 1LGUA 2ANXA 2B6YA 1G0MA 2LZMA 2Q9DA 104LA 1P3NA 170LA 164LA 1L34A 1D3NA 259LA 1CVKA 2LCBA 198LA 1C67A 1C68A 1C6KA 1DYCA 253LA 2RAYX 185LA 1L43A 258LA 1L09A 3D4SA 4ZPUA 1D3FA 3G3WA 1LYEA 4ARJA 1G06A 2RBRA 182LA 1L18A 109LA 2L78A 1L75A 246LA 216LA 1QT8A 1QUOA 1L64A 140LA 3GUKA 2OTZX 4YXCA 1L06A 3FADA 174LA 1SWZA 3V2WA 1L14A 1L12A 1DYGA 1LWGA 1OWYA 1XJTA 128LA 191LA 2B72A 200LA 196LA 1L0KA 256LA 1C60A 2B6ZA 4W59A 225LA 1SSWA 4LDLA 1C6MA 1OVJA 1L87A 2OU8A 186LA 169LA 115LA 178LA 3C81A 1LGXA 142LA 1L69A 252LA 1L20A 1L81A 131LA 1L62A 4S0WA 2HULA 1L17A 1L46A 2OEAX 1L53A 110LA 1L27A 1L05A 4E97A 162LA 1L63A 1PQKA 218LA 2NTGA 3SB6A 223LA 1L90A 183LA 1L58A 1LI3A 3L2XA 1L91A 1L37A 1NHBA 3OE0A 1L48A 4I7TA 240LA 3NYAA 130LA 226LA 1LI6A 1QSBA 118LA 1DYDA 3UONA 4PK0A 172LA 4W57A 188LA 1SWYA 3C82A 139LA 1LWKA 1G0LA 3SB9A 3C8RA 261LA 1SX2A 3DMZA 4W52A 231LA 149LA 7LZMA 4EKPA 3C7ZA 3G3XA 1QTVA 126LA 146LA 1L54A 187LA 2B6WA 3HT7A 122LA 1D2WA 1L60A 3OE9A 2B6XA 1XJUA 4I7KA 1D2YA 1I6SA 3PBLA 168LA 1L51A 222LA 1C6TA 3SBAA 1LGWA 157LA 1L26A 1OYUA 108LA 156LA 192LA 1C63A 233LA 1L16A 2QARC 1C6NA 4K5YA 3HTDA 1L19A 190LA 4ARMB 1L85A 1QT3A 4EPFA 127LA 224LA 171LA 1K28A 1T8FA 1C6EA 1LPYA 3C7YA 1PQJA 1L36A 3C83A 1CV4A 3HDFA 1C6DA 1B6IA 3HT9A 2RBPA 1L47A 3DN4A 3SBBC 3C8SA 1L02A 1CU0A 1L15A 1CUPA 167LA 1C62A 1CU2A 1QT7A 3HT6A 3ODUA 1DYAA 197LA 166LA 235LA 1L28A 1OV7A 234LA 3DKEX 215LA 138LA 2LC9A 3SB5A 2F2QA 3SB7A 5I14A 1T6HA 1L42A 2CUUA 3HWLA 1CUQA 2F32A 143LA 1LYHA 2B75A 1QUGA 2RAZX 1C6QA 1QTDA 201LA 120LA 241LA 3L64A 4W56A 1G0JA 1C61A 3CDVA 3HH4A 1L31A 1ZURA 1QT6A 3F9LA 3DN6A 1L44A 260LA 3VW7A 1DYFA 1G0QA 1L00A 2IGCA 3F8VA 1CU5A 254LA 3LZMA 4W53A 4EKQA 3NY9A 107LA 4I7RA 3DN8A 6LZMA 1KY1A 1L83A 227LA 244LA 1CX6A 1C6AA 1L80A 3EMLA 1L24A 1QTZA 1KW5A 2RBQA 1L04A 1PQMA 1KS3A 3C80A 1JTNA 119LA 1CV1A 1DYBA 1L73A 1P56A 1QT5A 4EPIA 3JR6A 3GUMA 1C6GA 1QUHA 211LA 4PJZA 4W55A 1OVKA 137LA 1L35A 1LYFA 3GUNA 1L03A 2RB0X 1L29A 4LDOA 1G07A 3HTGA 2A4TA 1D3MA 2OE4X 177LA 1G0GA 3HT8A 2QB0B 3HH5A 1QTBA 2O7AA 1L68A 1ZWNA 2RBNA 3CDTA 3SN6R 4OO9A 4I7PA 1P7SA 1G1VA 1QUDA 1QTCA 1DYEA 2RB2X 2OU9A 150LA 4DJHA 189LA 3FI5A 1L23A 3HTFA 1CTWA 1LLHA 1JTMA 152LA 3HUAA 2B6TA 111LA 4GRVA 1LI2A 1L38A 2O4WA 114LA 1L95A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
257LA 2B5ZA 1CV5A 1XFPL 1ZV5L 4BAPA 4H91A 1L0JA 4I7MA 1YAOA 248LA 4W58A 217LA 4ETDA 5KXXA 1L49A 1L93A 2NTHA 4GCFA 3WULA 4NSHA 3ULRA 5D5CA 4LGKA 2MECA 1C6IA 2VB1A 4WM4A 1XEIA 5LZMA 2YBLA 1D3JA 1AZFA 1HERA 4C3WA 1L08A 1QS9A 4EKRA 180LA 4YOPA 4NG1A 8LYZA 2Y8PA 3CDRA 2MEAA 2HU1A 1BHZA 250LA 5B59A 1JISA 1LSFA 1LZEA 4LDEA 5LIOA 155LA 3OK0A 2DQJY 1L59A 4WM3A 1DZBX 1IVMA 1L71A 219LA 1UIGA 1HEOA 2B70A 4I7QA 4ETCA 1JITA 1L74A 237LA 2OU0X 2G4NA 245LA 1L01A 1A4VA 158LA 4RW2A 1IWWA 4NHSA 4DAJA 2YBIA 2D91A 239LA 4WM2A 5KXYA 3B0OA 5L3HA 5KXRA 1RE2A 3HH3A 1C66A 2H5ZA 123LA 3TXFA 1FKQA 3DNAA 4EKSA 1LSGA 5F16A 1F10A 4WLXA 2D4KA 1GBSA 1GB5A 2BPUA 1LSYA 5LVIA 134LA 103LA 1PQDA 3OE8A 4DD2A 5LXWA 3OE6A 4EMNA 4LYCA 4WLDA 4TUNA 4NGKA 1QT4A 4NGZA 2X0AA 4I7SA 5KJ9A 1T8AA 1LZ8A 228LA 1YL0X 4Z98A 3DN3A 1VDPA 2DQEY 175LA 1QSAA 1JJ3A 1LOZA 1CV6A 4ARPA 4N8ZA 4ET8A 4I8SA 1D6QA 176LA 1GXXA 3WYHA 4LYOA 5APCA 1IR8A 3LN2A 1IOQA 2Z6BA 4J1AA 4YXAC 4XJGA 1L55A 3TMXA 1CKGA 1Z55A 1L21A 5APDA 1GFGA 5LINA 1LZ1A 4KPMA 1L30A 1LZTA 4HTKA 2OE9X 2FYCA 1OUJA 1XEJA 1YKZX 5LVGA 1EQ4A 2YBNA 1DPXA 1G0PA 4B4EA 3TMWA 1HENA 3A8ZA 5LA8A 1LSZA 3W3EA 4XADA 1C6FA 1IWXA 4DDCA 1BB4A 3EXDA 195LA 181LA 4XN6A 1L25A 2XTHA 4M6DA 4GCDA 5HMJA 4PHIA 1F0WA 1QTEA 3RUNA 1GBWA 1L61A 3K2RA 5LVHA 1L99A 1LW9A 3NY8A 4PRQA 3BKHA 1UIDA 4BS7A 153LA 2B6YA 1G0MA 2Q9DA 164LA 2RAYX 185LA 1L43A 258LA 1L09A 3D4SA 2HEBA 3G3WA 4O34A 4ARJA 182LA 2MEEA 1HSWA 1HFYA 1GB8A 1B7SA 2OTZX 1C10A 1L06A 174LA 1LPIA 3V2WA 1B7LA 1DYGA 1EL1A 1XJTA 5JENB 1C60A 1WQNA 2B6ZA 1GBZA 1C6MA 1OVJA 1L87A 4DC4A 2DKVA 2OU8A 4Z41A 186LA 178LA 3WU9A 1BGIA 3C81A 2HEDA 252LA 2Z2FA 4NSIA 110LA 4DWXA 3WH1A 4NWHA 1PQKA 1WTMA 4OOOA 223LA 1IOTA 2D4JA 4HPEA 1L91A 2A7DA 1IWYA 1JTPL 1YL1X 2FBDA 1G7MC 1LSBA 1QSBA 118LA 1IC5Y 5B06A 1IP3A 2HEAA 4WLTA 1BB3A 3N9CA 1GB0A 4W52A 1HMKA 2ZQ3A 3CB7A 1CJ8A 1QTVA 4NY5A 1LJFA 1DI5A 2HU3A 5J7CA 126LA 3B6LA 1L54A 187LA 3A91A 122LA 1L60A 2B6XA 1CKFA 4EOFA 1I6SA 1OUAA 3AZ6A 4NHIA 168LA 3TXIA 2HEEA 194LA 1C6TA 5F9XA 1INUA 1NMMA 2XQOA 1GFAA 2FBBA 5E4PA 233LA 4WOAA 3WVYA 4I0CA 1B5ZA 1FLYA 4J7VA 1GF0A 1L85A 4H9IA 2C8PA 1C6EA 1LPYA 3C7YA 5A3EA 1C6DA 3WU8A 2ZQ4A 1B6IA 3HT9A 5FCPA 1L47A 1B7MA 1LMTA 1XGRC 5IHGA 208LA 1CUPA 3QE8A 167LA 1C62A 3TXKA 3ODUA 1DYAA 1QDRA 1DI3A 1L28A 1OV7A 234LA 215LA 2BQKA 4LYZA 138LA 4W96A 5E9RA 2EKSC 2LC9A 2F2QA 1LJIA 4LT1A 3SB7A 1UIAA 1L42A 4H9CA 1ZVYB 1CUQA 2F4AA 143LA 201LA 207LA 120LA 1GB6A 5HMVA 5B05A 3QNGA 3VWOA 1LJGA 6LYZA 3WW5A 3TXBA 1CU5A 1JPOA 3NY9A 4ETBA 107LA 1LZ5A 4NEBA 1L83A 244LA 1C6AA 1LYYA 4H90A 1CNSA 4OWHA 1IOCA 3WUMA 1PQMA 1LJJA 1YAPA 1TDYA 1L73A 1P56A 1FBIX 1HFZA 1NHEA 1IY4A 2YVBA 4MSTA 3GUMA 1C6GA 3WW6A 2MEGA 5HQ1A 1OUEA 1OVKA 3CSQA 4N1CC 1IR9A 4WM6A 4G4CA 1LYFA 5HNLA 4LDOA 3HTGA 2A4TA 1VDSA 1B2KA 1KXYA 2OE4X 4H8ZA 1RJCB 1DKJA 4H1PA 2DQAA 4LT0A 2W1YA 4DD9A 7LYZA 1GF7A 3GXKA 3HUAA 4YEMA 4DD0A 111LA 3WPKA 3A67Y 1QIOA 1L95A 4HV2A 4GN3A 1LYOA 4NGJA 3LZTA 2B73A 1T97A 1UIEA 2N5ZA 5LVKA 1LCNA 1OV5A 1LZSA 4WO6A 3AZ4A 4EXMA 1GBOA 112LA 4YM8A 2HUKA 3WPLA 1D0KA 4XJHA 5ILCA 1D9WA 2F4GA 1QTHA 4DKLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 257L A;  2B5Z A;  1CV5 A;  1XFP L;  1ZV5 L;  4BAP A;  4H91 A;  1L0J A;  4I7M A;  1YAO A;  248L A;  4W58 A;  217L A;  4ETD A;  5KXX A;  1L49 A;  1L93 A;  2NTH A;  4GCF A;  3WUL A;  4NSH A;  3ULR A;  5D5C A;  4LGK A;  2MEC A;  1C6I A;  2VB1 A;  4WM4 A;  1XEI A;  5LZM A;  2YBL A;  1D3J A;  1AZF A;  1HER A;  4C3W A;  1L08 A;  1QS9 A;  4EKR A;  180L A;  4YOP A;  4NG1 A;  8LYZ A;  2Y8P A;  3CDR A;  2MEA A;  2HU1 A;  1BHZ A;  250L A;  5B59 A;  1JIS A;  1LSF A;  1LZE A;  4LDE A;  5LIO A;  155L A;  3OK0 A;  2DQJ Y;  1L59 A;  4WM3 A;  1DZB X;  1IVM A;  1L71 A;  219L A;  1UIG A;  1HEO A;  2B70 A;  4I7Q A;  4ETC A;  1JIT A;  1L74 A;  237L A;  2OU0 X;  2G4N A;  245L A;  1L01 A;  1A4V A;  158L A;  4RW2 A;  1IWW A;  4NHS A;  4DAJ A;  2YBI A;  2D91 A;  239L A;  4WM2 A;  5KXY A;  3B0O A;  5L3H A;  5KXR A;  1RE2 A;  3HH3 A;  1C66 A;  2H5Z A;  123L A;  3TXF A;  1FKQ A;  3DNA A;  4EKS A;  1LSG A;  5F16 A;  1F10 A;  4WLX A;  2D4K A;  1GBS A;  1GB5 A;  2BPU A;  1LSY A;  5LVI A;  134L A;  103L A;  1PQD A;  3OE8 A; 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