4I7NA

T4 lysozyme l99a/m102h with 1-phenyl-2-propyn-1-ol bound
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 65
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7nA00
173LA 1LYJA 1L85A 1L93A 2F47A 3SBAA 1L30A 3HTDA 2B73A 1L07A 1L09A 1P56A 184LA 3GUKA 3FA0A 4I7KA 138LA 1L53A 1T6HA 2RBSA 4YXCA 1L22A 2OE4X 2RAYX 157LA 182LA 212LA 1KW5A 4W56A 3VW7A 1L27A 1P46A 169LA 1P7SA 4I7QA 1L25A 2B6TA 3GULA 1C6PA 3HT6A 2HUKA 3HT7A 1C61A 1CU2A 1PQKA 260LA 3C83A 1L05A 195LA 1C60A 1K28A 1QT6A 3C8SA 1G0PA 1LWKA 2OU0X 1D3MA 130LA 115LA 151LA 125LA 1C69A 1CX7A 230LA 113LA 1C6MA 2LCBA 1L74A 4I7NA 1L66A 3DKEX 1L41A 158LA 1SX2A 4W53A 165LA 3D4SA 1B6IA 3QAKA 3CDQA 1L60A 201LA 4W59A 4YXAC 3JR6A 252LA 1C64A 141LA 4W52A 1L13A 1C6EA 3HUKA 2B6XA 3C82A 4EJ4A 1L02A 1L67A 1L96A 4IAPA 3DMXA 210LA 2F32A 253LA 1OWYA 1L71A 1CV6A 209LA 223LA 4LDLA 1C6QA 1C6HA 108LA 1L59A 1DYFA 255LA 178LA 3HT8A 131LA 1L80A 5I14A 1QUOA 1L17A 4OO9A 1L10A 2RB2X 4E97A 3SB7A 3GUNA 1L16A 1QT8A 2ANVA 2B74A 1L50A 1L79A 3ODUA 3HH3A 1L35A 4I7OA 1C6NA 1L39A 1L90A 1DYAA 120LA 1LI2A 249LA 140LA 103LA 229LA 1C6LA 3DN6A 1LYFA 1KY1A 1G07A 1L75A 109LA 1L55A 2OE9X 1L06A 262LA 2B7XA 1P6YA 3GUPA 3C80A 4EKRA 1KY0A 3K2RA 3G3VA 118LA 4AQNA 1OVHA 1CX6A 1QTZA 240LA 3HT9A 251LA 205LA 4EKSA 1LGXA 1L81A 2RBRA 2RBQA 1L34A 3C7ZA 1LLHA 211LA 4LDOA 3NY9A 3HWLA 2B6YA 1ZWNA 1QSQA 1L24A 1TLAA 2L78A 1L32A 217LA 3DN4A 1L97A 1LPYA 1QT3A 160LA 4I7PA 2NTHA 213LA 1SSWA 1XEPA 104LA 3GUOA 3V2WA 2Q9EA 1T8GA 2RH1A 218LA 1L11A 238LA 3HUQA 1C6AA 219LA 1QUDA 1SSYA 246LA 122LA 2O7AA 1L73A 257LA 1PQIA 4I7MA 187LA 4PJZA 4W55A 4I7RA 1L42A 1L54A 1L64A 3DNAA 1I6SA 1PQJA 114LA 1L45A 3HUAA 1L04A 1P2LA 1L21A 4W54A 4ARQB 261LA 3DN1A 152LA 1D2WA 3HTFA 2QB0B 1L70A 1L56A 1DYGA 2NTGA 2RAZX 215LA 3RZEA 4W58A 1DYBA 1P3NA 2RB1X 177LA 129LA 1LYHA 2B6WA 123LA 1QSBA 1C65A 4I7LA 1LYEA 107LA 3HDEA 1L43A 142LA 186LA 126LA 1C68A 1L62A 2B6ZA 216LA 1C6IA 2B75A 4LZMA 1CV5A 127LA 4ARQA 1G0KA 1L89A 225LA 3HU9A 2OU9A 3G3XA 1L38A 1XJUA 3L64A 2B72A 168LA 192LA 1L84A 4DJHA 2RBPA 176LA 1OYUA 4ARLA 155LA 3HTBA 4ARPA 1D3FA 1PQMA 1L37A 2QARC 1C63A 233LA 1L94A 3F8VA 199LA 2Q9DA 3PBLA 1L26A 2A4TA 1L18A 2OEAX 171LA 1D3JA 3G3WA 1P36A 2HULA 102LA 1KNIA 1PQOA 2B70A 3GUMA 1QTHA 2CUUA 1EPYA 3HH4A 236LA 4S0WA 227LA 4DAJA 231LA 3DN3A 3SB9A 110LA 4EPFA 1L88A 1C6GA 2LZMA 4DKLA 146LA 1L57A 1LYIA 2RBOA 175LA 1WTHA 1T97A 3NYAA 1C6FA 214LA 1L33A 254LA 3EMLA 3LZMA 1C62A 1P37A 2OU8A 1CV3A 1OV7A 1CV1A 250LA 243LA 237LA 2OTYX 1L69A 1SWZA 1L48A 1LI6A 4EKPA 1L08A 172LA 6LZMA 1CUQA 185LA 159LA 1L77A 1L63A 1LYGA 1C6CA 3PDSA 162LA 119LA 239LA 1L68A 3HU8A 2HUMA 242LA 170LA 245LA 1QTVA 1C6TA 1G0GA 4K5YA 188LA 156LA 2O4WA 3DMVA 1JTMA 1L12A 167LA 1L44A 3OE9A 1L95A 1ZYTA 190LA 1C67A 232LA 1G0MA 1SWYA 256LA 1CV0A 1OVKA 4I7JA 1QT7A 1L58A 1G1WA 1L40A 198LA 3C7WA 164LA 4ARJA 1L28A 1P5CA 1JTNA 1DYCA 1LWGA 3SB6A 3F9LA 3DN2A 1L29A 3SBBC 1ZURA 1CU5A 1LI3A 1XJTA 3DN8A 3C8QA 248LA 1DYDA 196LA 206LA 147LA 1QUHA 3CDVA 3DMZA 1L36A 1L86A 228LA 1P2RA 241LA 183LA 1L98A 1QT4A 1L03A 1QS5A 4ZPUA 1L92A 1L0JA 2OE7X 144LA 3UONA 1CU6A 3C81A 1L0KA 1L83A 145LA 191LA 4ARMB 4EXMA 3OE8A 1LGUA 3HH5A 1NHBA 3FI5A 3OE0A 1SX7A 2ANXA 163LA 4GBRB 1L00A 1T8FA 1CU3A 1OWZA 3L2XA 4EKQA 1KW7A 1C66A 4PK0A 1L61A 3SB8A 4YX7C 2RBNA 166LA 1L82A 200LA 235LA 1C6JA 1L87A 1C6DA 1L91A 2LC9A 2OTZX 2RB0X 1LW9A 1DYEA 2F2QA 1L14A 1G0QA 4ARMA 1LYDA 1D3NA 7LZMA 139LA 1L49A 1L76A 1QS9A 259LA 4W51A 137LA 1G06A 197LA 189LA 1CVKA 1T8AA 234LA 2IGCA 3HH6A 3FADA 258LA 3HTGA 1CV4A 1CTWA 128LA 181LA 143LA 1OVJA 1P64A 4I7SA 1L31A 3CDTA 3C7YA 4W57A 1G0JA 1OV5A 224LA 1QT5A 1L72A 244LA 1L52A 1QTBA 1D9WA 4GRVA 3C8RA 3NY8A 5LZMA 3RUNA 150LA 149LA 3DN0A 1CUPA 3GUJA 1JQUA 1G1VA 1PQDA 226LA 1L47A 3HDFA 222LA 1L20A 1L51A 1LGWA 3V2YA 4EPIA 1L23A 3SB5A 112LA 1C6KA 1L99A 148LE 221LA 2O79A 174LA 4I7TA 3CDOA 1QTDA 3SN6R 1QUGA 220LA 1C6BA 1L65A 1QTCA 1D2YA 2Z6BA 1L19A 1L01A 161LA 180LA 1KS3A 1L46A 111LA 3CDRA 1CU0A 3OE6A 247LA 1G0LA 4LDEA 3GUIA 1L15A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
173LA 1LYJA 1L85A 1L93A 2Q0MX 2F47A 4AXTA 4DWXA 1GWDA 184LA 1GF0A 3FA0A 1BB5A 4Z46A 4ZIXA 2ZNWY 1YKZX 157LA 182LA 1KW5A 1JJ3A 1D0MA 4O34A 3LZTA 1QSAA 1XEJA 1T3PA 4I7QA 4NEBA 3W6DA 1IWTA 1RCMA 194LA 3HT6A 1YAMA 1L05A 4MCKA 3C8SA 1WQOA 1GDXA 125LA 1C69A 1CX7A 1D0LA 1C6MA 5LA8A 1LMPA 3DKEX 1L41A 5LYZA 2CWIA 3QAKA 1LJJA 1LJ4A 3AGHA 3JR6A 252LA 2W1LA 5APFA 3RZ4A 3AW7A 1B7LA 1L02A 1L67A 3GXRA 1VATA 4IAPA 4MR1A 210LA 2F32A 5LA5A 2BQHA 1REYA 4II8A 1HEMA 1CV6A 223LA 3FI7A 5LXWA 4LDLA 1C6QA 1C6HA 1GF6A 1JISA 1DYFA 3AZ5A 5I14A 1QUOA 1L17A 1N4FA 3A6BY 4OO9A 1NWGA 1L16A 2LZTA 1QT8A 2ANVA 2I26L 4B4EA 1L50A 3HH3A 5I53A 1DYAA 2ZIKA 120LA 5KJ9A 1IP5A 1TBYA 3TMVA 4WOAA 1C6LA 3DN6A 4N1EI 2OE9X 1BB6A 5LAFA 3GUPA 2MEFA 3D9AC 1LYSA 4BAFA 5KXTA 3K2RA 3P64A 1GFKA 1BWIA 251LA 205LA 1OUJA 5HNCA 3TMXA 1BB4A 2DQJY 3NY9A 3W6BA 2B6YA 1QSQA 4H9EA 1HFZA 4WM1A 2FBBA 1QT3A 4W94A 4DD9A 5ILFA 213LA 5LYTA 4OOOA 3G3BB 2AUBA 2RH1A 238LA 4NWEA 1SSYA 246LA 1XFPL 122LA 1L73A 257LA 5FHWA 4I7RA 1CKCA 1GF5A 1ZVHL 4H9AA 1RE2A 1PQJA 1L04A 3B72A 1IC4Y 1KIPC 3ATOA 1CKHA 2W1YA 1B7NA 152LA 1L70A 1DYGA 2RAZX 4NGZA 2HEFA 4ET9A 1LJEA 1LYHA 2B6WA 4I7LA 1GB5A 5KXLA 2BLXA 3HDEA 4HP0A 4YOPA 2CJLA 4XADA 1C68A 2YSSC 216LA 1H6MA 127LA 4OWCA 4HJZA 3G3XA 3L64A 2BQMA 4YF2A 1L84A 4HJYA 3A8ZA 176LA 1GFHA 4D9ZA 3HTBA 4ARPA 1GFVA 1D3FA 4PJ2C 4WM4A 1TEWA 5L9JA 4NY5A 3F8VA 4IASA 1P2CC 1LYOA 2OEAX 171LA 1D3JA 3G3WA 2D6BA 2B70A 1HFXA 1QTHA 2CUUA 1GBZA 227LA 4NHSA 5E4PA 3DN3A 1LMCA 4LFPA 146LA 1L57A 1IVMA 175LA 1JITA 1C6FA 1HSWA 3EMLA 4XJBA 1QUSA 1IR9A 1GFJA 243LA 237LA 2OTYX 5HNLA 1DXJA 4NHIA 4EKPA 172LA 7LYZA 3T6UA 1LYGA 1C6CA 2Y8PA 1JKDA 2HECA 2G4PA 1C45A 119LA 1W08A 242LA 1GE0A 1QIOA 4K5YA 1JTMA 1L44A 167LA 2HEEA 1UBZA 5LVHA 4I7JA 1GBWA 1L58A 1L40A 1J1XY 1P5CA 1W6ZA 1JJ0A 3DN2A 4YEMA 3SBBC 1G7JC 1VDSA 1CU5A 3AZ6A 1DYDA 196LA 3N9EA 1LZGA 2BQGA 1LPIA 1L98A 5JENB 1L03A 1QS5A 3VWOA 4NHPA 2OE7X 1CU6A 2Z38A 3C81A 2FYCA 1L83A 5LVKA 5D5FA 191LA 3OE8A 1LJGA 193LA 4LYZA 2HU1A 1XGUC 4GLAA 1OUDA 3ZVQA 1SX7A 2XJWA 3WH1A 1JJ1A 1LZ9A 4LZTA 2F30A 1CU3A 2D4IA 4EKQA 1KW7A 5M1YA 132LA 4PK0A 1IP2A 4BAPA 166LA 200LA 1A2YC 235LA 1L87A 1L91A 2LC9A 1LW9A 2F2QA 3W6FA 1D3NA 7LZMA 1FBIX 1UIFA 2A7DA 1CKFA 4LT0A 4C3WA 4W51A 137LA 1G06A 2DKVA 5F16A 197LA 3AZ4A 3A6CY 1JHLA 4WO9A 258LA 1F6SA 4LYMA 3J6KA 3P65A 128LA 2DQEY 1MLCE 1L31A 3CDTA 3C7YA 224LA 1LMOA 1KIRC 4DQ7A 1LMNA 5LZMA 150LA 1GDWA 2N5ZA 2BQJA 3EXDA 1LAAA 3HDFA 1LHJA 1L20A 1L51A 1LGWA 4H91A 1WQMA 8LYZA 1IWXA 4EMNA 2EIZC 3AYQA 1EQEA 4OWAA 2FYDA 1HSXA 4I7TA 1LZBA 1BWHA 1LKSA 3CDOA 1QTDA 4NSJA 1UIEA 220LA 1L65A 1DQJC 1D2YA 1ZMYL 3LYTA 3TMUA 1G7IC 1HENA 1NQIA 1IWVA 4UWUA 1GB6A 247LA 2ZILA 4NSGA 1L15A 4BS7A 1GBXA 6LYTA 3SBAA 1L30A 2B73A 1L09A 1BQLY 3GUKA 4LYBA 138LA 1AT6A 3MGWA 1O23A 1T6HA 2RBSA 1UUZC 2DQFC 5HMVA 212LA 4J0LA 3M3UA 1LKRA 4W56A 1LSEA 5LYMA 1P7SA 3QE8A 2DQHY 2HUBA 3A90A 4LYCA 5B59A 3C83A 3HFMY 195LA 5APEA 3AJNA 1LWKA 4GCFA 1D3MA 2BQLA 1GB7A 115LA 2LCBA 4WM6A 3SP3A 1L74A 4I7NA 3WULA 1GFAA 158LA 4W53A 4ETAA 3D4SA 5FCPA 2F4AA 5B1GA 5KXPA 1C64A 1XGQC 4IATA 3DMXA 2X0AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 173L A;  1LYJ A;  1L85 A;  1L93 A;  2Q0M X;  2F47 A;  4AXT A;  4DWX A;  1GWD A;  184L A;  1GF0 A;  3FA0 A;  1BB5 A;  4Z46 A;  4ZIX A;  2ZNW Y;  1YKZ X;  157L A;  182L A;  1KW5 A;  1JJ3 A;  1D0M A;  4O34 A;  3LZT A;  1QSA A;  1XEJ A;  1T3P A;  4I7Q A;  4NEB A;  3W6D A;  1IWT A;  1RCM A;  194L A;  3HT6 A;  1YAM A;  1L05 A;  4MCK A;  3C8S A;  1WQO A;  1GDX A;  125L A;  1C69 A;  1CX7 A;  1D0L A;  1C6M A;  5LA8 A;  1LMP A;  3DKE X;  1L41 A;  5LYZ A;  2CWI A;  3QAK A;  1LJJ A;  1LJ4 A;  3AGH A;  3JR6 A;  252L A;  2W1L A;  5APF A;  3RZ4 A;  3AW7 A;  1B7L A;  1L02 A;  1L67 A;  3GXR A;  1VAT A;  4IAP A;  4MR1 A;  210L A;  2F32 A;  5LA5 A;  2BQH A;  1REY A;  4II8 A;  1HEM A;  1CV6 A;  223L A;  3FI7 A;  5LXW A;  4LDL A;  1C6Q A;  1C6H A;  1GF6 A;  1JIS A;  1DYF A;  3AZ5 A;  5I14 A;  1QUO A;  1L17 A;  1N4F A;  3A6B Y;  4OO9 A;  1NWG A;  1L16 A;  2LZT A;  1QT8 A;  2ANV A;  2I26 L;  4B4E A;  1L50 A;  3HH3 A;  5I53 A;  1DYA A;  2ZIK A;  120L A;  5KJ9 A;  1IP5 A;  1TBY A;  3TMV A;  4WOA A;  1C6L A;  3DN6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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