4I7PA

T4 lysozyme l99a/m102h with 4-bromoimidazole bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
IPTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 176
sequence length 176
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7pA00
2RH1A 2F47A 1CUPA 143LA 3SBBC 1L89A 181LA 242LA 256LA 156LA 1KY1A 217LA 1G06A 1L60A 241LA 2LZMA 1C61A 1QTDA 4W53A 1L09A 249LA 1XJTA 157LA 3DN2A 160LA 3F8VA 1C6EA 1QT5A 1L90A 1P6YA 259LA 2LCBA 4ARPA 216LA 3F9LA 4YXAC 3C8SA 3GUKA 218LA 1D3MA 2A4TA 4W55A 3EMLA 1LYHA 3GUPA 2HUKA 4I7KA 1L81A 234LA 1L51A 1C6HA 1L72A 1LYDA 4S0WA 1C63A 4EPFA 257LA 1P5CA 4W59A 7LZMA 1L22A 1L34A 1L84A 4I7TA 1L05A 1XEPA 4ARMB 131LA 1QS9A 1L88A 262LA 1L86A 1L53A 144LA 1G0KA 123LA 227LA 2RAZX 3CDVA 1D3JA 1C68A 201LA 2LC9A 2OEAX 1T8GA 1TLAA 250LA 2OU8A 1L06A 2Q9DA 3RZEA 200LA 1L46A 261LA 1L99A 210LA 2O79A 3D4SA 1L29A 3HWLA 4EKQA 167LA 3HH6A 155LA 1SWYA 3HUAA 1P2RA 4EXMA 3GULA 3V2WA 223LA 1L97A 3SN6R 1KW7A 119LA 3V2YA 238LA 1L36A 4ARQB 4IAPA 2F2QA 1CV3A 4W56A 2HUMA 1DYFA 188LA 1OYUA 1P64A 1DYEA 3HU9A 177LA 2ANVA 1CV5A 4YXCA 1QUHA 126LA 1DYBA 219LA 1C6QA 232LA 1L57A 1CU3A 1JTNA 2OU0X 1JQUA 1L64A 1QSQA 1QTHA 1D2WA 3GUOA 1CU5A 1L24A 3DN0A 4LDOA 1DYDA 228LA 1QUDA 3HDEA 1L33A 2B74A 4I7QA 3UONA 4EKPA 108LA 1L26A 2RAYX 1L0KA 251LA 1L32A 244LA 3SB8A 110LA 1P2LA 4EJ4A 1QT6A 1L61A 1G07A 1L21A 2O7AA 3OE8A 1C62A 3DKEX 2OE9X 3C8QA 1C6CA 1L63A 186LA 1L47A 3OE9A 3G3XA 152LA 2B70A 2RBQA 3C7YA 236LA 163LA 229LA 3HU8A 1SX7A 162LA 1L50A 2B6TA 4LDEA 4K5YA 1DYAA 1L48A 5LZMA 1D3FA 129LA 3QAKA 4I7MA 243LA 1L52A 1PQIA 1L92A 1OV5A 4ARMA 1L91A 189LA 1L11A 2B6ZA 226LA 3DN8A 1QTVA 2ANXA 4DJHA 4E97A 149LA 1P37A 1L12A 1OVHA 158LA 3RUNA 1C6GA 1L14A 171LA 1D2YA 1G0PA 1LGXA 2NTGA 1CTWA 4LDLA 1PQDA 169LA 4I7PA 224LA 3K2RA 192LA 212LA 4DAJA 1JTMA 220LA 145LA 247LA 2B6WA 4EKSA 1L02A 198LA 1L13A 185LA 1L59A 3GUMA 3HH5A 1C6NA 170LA 4OO9A 4I7JA 239LA 1G0QA 122LA 1C6TA 1L03A 1C69A 5I14A 1L54A 3SBAA 4LZMA 190LA 1C6FA 1OWYA 146LA 1G0LA 4ARQA 1CV6A 2RBRA 3C82A 1CU0A 1L40A 1L68A 248LA 2B6YA 1CV4A 225LA 1L42A 1L00A 2Z6BA 147LA 1XJUA 1L17A 1L39A 159LA 2OTZX 2RBNA 4EKRA 1C65A 3NYAA 1QT7A 1QT3A 1LYJA 3GUIA 1LYFA 3C81A 115LA 1CV0A 1ZWNA 2OU9A 1L56A 1L07A 4AQNA 1C6AA 3CDRA 1L41A 240LA 246LA 1L37A 1C6JA 1LI2A 1L27A 148LE 1C64A 1LLHA 1LW9A 1SSYA 1SWZA 222LA 1PQOA 142LA 1QUOA 1P56A 2RB0X 4I7RA 3G3WA 3DN4A 1L15A 1D9WA 1LI3A 1L16A 2B6XA 2IGCA 3HT8A 1C60A 3HTGA 3FA0A 113LA 230LA 2NTHA 2QB0B 214LA 199LA 102LA 3C83A 4I7LA 1P36A 140LA 1EPYA 2OTYX 3DNAA 3SB9A 183LA 3HT9A 1G0MA 103LA 3DMZA 209LA 1T6HA 1OWZA 1CVKA 120LA 2HULA 1QSBA 3HT6A 258LA 3HTBA 3HH4A 4ARLA 4PK0A 130LA 2B75A 1L10A 176LA 2CUUA 195LA 2RBOA 1QT8A 1QTBA 3GUJA 3HT7A 6LZMA 166LA 2OE4X 3C80A 1L35A 3C8RA 3DMVA 215LA 1KS3A 206LA 4EPIA 1L76A 3DN1A 2OE7X 1WTHA 1B6IA 109LA 4DKLA 3HTFA 1ZYTA 3NY9A 260LA 1CX7A 128LA 2O4WA 197LA 211LA 1LYEA 191LA 4GBRB 1CU6A 4W52A 1P7SA 172LA 1L45A 4PJZA 165LA 2QARC 1QTZA 1L96A 1L20A 231LA 174LA 4I7OA 1L87A 1P46A 164LA 180LA 1OV7A 1G1VA 1L30A 1L80A 221LA 1G0JA 137LA 3JR6A 1L43A 118LA 1KW5A 1L69A 1L55A 3FADA 3FI5A 3CDQA 3HH3A 3DN3A 104LA 1DYCA 3L64A 2Q9EA 4W58A 138LA 3G3VA 235LA 3OE6A 1L79A 205LA 1C6MA 1D3NA 3SB7A 3CDOA 1L95A 1C6PA 1L74A 1QT4A 1LGWA 1I6SA 3DN6A 1L62A 3SB6A 1LPYA 187LA 1L65A 253LA 1L23A 1OVJA 2F32A 1L67A 252LA 3L2XA 1C6IA 1KY0A 111LA 3C7WA 1SSWA 173LA 1L83A 1QS5A 127LA 3GUNA 1LYGA 125LA 151LA 3CDTA 3HTDA 1L28A 255LA 3ODUA 1LGUA 3LZMA 196LA 1LYIA 1LWKA 1C6KA 3OE0A 1G1WA 3HUQA 1L70A 107LA 1T8AA 150LA 2B72A 3C7ZA 3PBLA 4W51A 1L18A 141LA 2B7XA 4W54A 4GRVA 1C6LA 1NHBA 2RBPA 1P3NA 4W57A 161LA 1DYGA 1L98A 2RB2X 1L49A 1L31A 1CV1A 2L78A 1PQKA 1LI6A 1L94A 112LA 1CUQA 245LA 1LWGA 1OVKA 237LA 1L73A 1L01A 1T8FA 254LA 184LA 2RBSA 3NY8A 1L82A 1L93A 1L25A 3VW7A 1C6BA 4ARJA 1L08A 4YX7C 1L38A 1C67A 1L04A 4I7NA 1CX6A 3SB5A 4ZPUA 1L85A 168LA 1PQMA 1L44A 1T97A 1QTCA 1L77A 1PQJA 1K28A 1QUGA 213LA 1L19A 178LA 1G0GA 3HDFA 1ZURA 1C66A 1L71A 1L58A 3PDSA 182LA 114LA 233LA 1C6DA 2RB1X 4I7SA 1KNIA 3HUKA 1SX2A 1CU2A 139LA 2B73A 3DMXA 1L66A 1L0JA 175LA 1L75A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NGLA 1LHJA 2F47A 4EMNA 1JHLA 1LJGA 1UA6Y 256LA 1KY1A 1L60A 4YF2A 1C61A 1QTDA 4ETAA 1GFTA 1GXV2 5IDDA 1XJTA 3F8VA 4LT0A 3W6BA 1GBZA 1UIAA 4NWEA 1QT5A 4HPEA 2CDSA 8LYZA 1YAQA 2A4TA 1C7PA 3EMLA 1L81A 1DQJC 1WTMA 1C6HA 2FYDA 4S0WA 1IVMA 4W59A 3WMKA 3W6EA 1L22A 5KXLA 5DM9A 3K3TA 1VATA 3WUMA 1XEPA 4H9HA 2BQOA 262LA 2H9KA 1OUEA 1B5WA 1OP9B 1WQPA 1D3JA 4LT2A 4NGZA 1LSYA 2OEAX 1ZV5L 4HTKA 2YBIA 2FBDA 1B0DA 3AZ7A 4X3BA 1T6VL 2XQOA 2I26L 1UIHA 3D4SA 2Y8PA 167LA 3AB6A 3HH6A 3HBDA 4Z46A 1L97A 3SN6R 1YKYX 3V2YA 3OK0A 238LA 4ARQB 1JWRA 1GE2A 2HUMA 1OYUA 1DYEA 1HNLA 1ALCA 4ET9A 4YXCA 1QUHA 4LGKA 5KXOA 2DQCY 1DYBA 219LA 3LYZA 4J7VA 4HTQA 1XGTC 2BQNA 1GB0A 1KXXA 2BQGA 1JTNA 1CJ9A 4LZTA 1MLCE 1L64A 4WLYA 4QEQA 1DYDA 228LA 1QUDA 4NWHA 2A7DA 108LA 1L0KA 1H6MA 3SB8A 110LA 4EJ4A 1QSWA 1LZYA 4MCKA 1LAAA 1XGQC 2G4PA 3C7YA 236LA 1G7JC 3HU8A 2W1XA 3WULA 5M1YA 2B6TA 4LDEA 4NGKA 1KIQC 4H92A 3HFMY 4XN6A 3QAKA 5HMJA 4DD9A 1FBIX 1IP4A 3EMSA 1L91A 4YM8A 5FDJA 1QTVA 4E97A 4J1BA 3LZTA 1VFBC 1LJJA 1D0KA 1LGXA 3J4GA 4DC4A 192LA 1B7OA 4NGVA 220LA 2ZQ3A 185LA 2A7FA 4OO9A 122LA 1C6TA 1EQEA 1C69A 3AYQA 3SBAA 1L68A 1L42A 1L00A 1DPWA 1L39A 2W1MA 3LYMA 1QT7A 1LYFA 3C81A 2LYOA 1CV0A 1WVVA 1C6AA 3CDRA 240LA 1LLHA 1C64A 1PQOA 1LSGA 4H9EA 3DN4A 5C6LA 1QDTA 3N9CA 4HSFA 113LA 230LA 2QB0B 3AZ5A 4I7LA 1DI5A 1P36A 1KXYA 1IY3A 183LA 1LJ4A 1T6HA 3B0KA 4YEMA 120LA 2GV0A 1LSZA 4CHXA 130LA 176LA 4ET8A 2RBOA 3A90A 166LA 1OUBA 1B7MA 2DQIY 5F81A 5KXZA 4GN5C 1W08A 206LA 2BQBA 4EPIA 2HUBA 4KL7A 2XJWA 3AW6A 1L76A 1VAUA 4LFPA 3WW6A 4NIJA 2G4NA 5FSTA 109LA 1JISA 3P64A 1VDTA 197LA 211LA 4WM4A 2QARC 1IR8A 2X0AA 2NWDX 3FE0A 1VDPA 4CFPA 1AT5A 1QQYA 1AKIA 2YBNA 5KXSA 1HELA 1P46A 1RE2A 1LMAA 4DDAA 5L3HA 4II8A 137LA 1HFYA 1UCOA 1HEOA 1PZYA 1GE0A 1IP5A 1GFUA 1G7HC 3FI5A 5FEKA 2LYMA 5KKJA 3RW8A 3D9AC 1GF7A 1DYCA 4H8ZA 235LA 2H5ZA 3TXEA 1C6MA 1LMTA 5B1FA 1L95A 2F4AA 4GCDA 1QT4A 1I6SA 4I8SA 1D6QA 1L65A 2F32A 3WL2A 3L2XA 1KY0A 1B5VA 4LYBA 5FCPA 5HNLA 2XBRA 2D91A 151LA 1LMCA 3CDTA 2BQJA 1D6PA 2MEHA 1YIKA 4XJIA 5KXTA 1XSFA 5A3EA 1T8AA 150LA 1GD6A 4ZIXA 4OWHA 1L18A 141LA 1DPXA 1C6LA 1NHBA 1I1ZA 1RCMA 3WW5A 1DYGA 4NFVA 1B7SA 1GB6A 1BVKC 1IWWA 1GFHA 3A3RX 3WU9A 1LI6A 5D5FA 1LWGA 4ETCA 1L01A 3W6AA 2RBSA 1L82A 1L93A 4BADA 1YANA 4XJDA 1CX6A 4XADA 4NGJA 1L77A 5IELA 1K28A 1QUGA 1UUZC 5EBHA 3ZEKA 1ZURA 4H9IA 1L58A 1LMPA 3HBHA 3FI7A 4PPOA 1B7PA 2ZYPA 1FLWA 3HUKA 1CU2A 2B73A 1L0JA 1YAPA 175LA 1T3PA 4OWBA 1OUCA 1L89A 1LZBA 1DXJA 1G06A 241LA 4OWAA 3B72A 249LA 160LA 1LSDA 1P6YA 3W3EA 4M6DA 1RFPA 2DQHY 4ARPA 5J7CA 5KXPA 3GUKA 218LA 4GN4A 4W55A 4HP0A 1HFZA 132LA 4I7KA 3WUAA 4HTNA 4DD3A 4PRUA 4R0FA 2BPUA 5KXYA 5I4WA 257LA 4EOFA 5I54A 7LZMA 3TMVA 1JTTL 2W1YA 1YL1X 131LA 1L88A 3CSZA 1YAOA 227LA 3CDVA 1C68A 1LZ1A 1TLAA 4GLAA 2OU8A 2BQCA 5E9RA 1IOCA 1KXWA 4G49A 5HLLA 1LSPA 261LA 3G3BB 1L99A 3ZVQB 1TDYA 3HWLA 2EPEA 2YBMA 1IOTA 1SWYA 4EXMA 4H9BA 4H93A 1WQOA 4TUNA 1KW7A 4IAPA 3MGWA 4RW1A 2F2QA 1CV3A 4LFXA 1DYFA 1FN5A 1P64A 3ATNA 3HU9A 1KIRC 4E3UA 5KJ9A 1YL0X 2DQEY 2XTHA 4PHIA 4B4EA 1JKAA 1GHLA 5B06A 2W1LA 3QNGA 1QTHA 1D2WA 4LDOA 4NSJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NGL A;  1LHJ A;  2F47 A;  4EMN A;  1JHL A;  1LJG A;  1UA6 Y;  256L A;  1KY1 A;  1L60 A;  4YF2 A;  1C61 A;  1QTD A;  4ETA A;  1GFT A;  1GXV 2;  5IDD A;  1XJT A;  3F8V A;  4LT0 A;  3W6B A;  1GBZ A;  1UIA A;  4NWE A;  1QT5 A;  4HPE A;  2CDS A;  8LYZ A;  1YAQ A;  2A4T A;  1C7P A;  3EML A;  1L81 A;  1DQJ C;  1WTM A;  1C6H A;  2FYD A;  4S0W A;  1IVM A;  4W59 A;  3WMK A;  3W6E A;  1L22 A;  5KXL A;  5DM9 A;  3K3T A;  1VAT A;  3WUM A;  1XEP A;  4H9H A;  2BQO A;  262L A;  2H9K A;  1OUE A;  1B5W A;  1OP9 B;  1WQP A;  1D3J A;  4LT2 A;  4NGZ A;  1LSY A;  2OEA X;  1ZV5 L;  4HTK A;  2YBI A;  2FBD A;  1B0D A;  3AZ7 A;  4X3B A;  1T6V L;  2XQO A;  2I26 L;  1UIH A;  3D4S A;  2Y8P A;  167L A;  3AB6 A;  3HH6 A;  3HBD A;  4Z46 A;  1L97 A;  3SN6 R;  1YKY X;  3V2Y A;  3OK0 A;  238L A;  4ARQ B;  1JWR A;  1GE2 A;  2HUM A;  1OYU A;  1DYE A;  1HNL A;  1ALC A;  4ET9 A;  4YXC A;  1QUH A;  4LGK A;  5KXO A;  2DQC Y;  1DYB A;  219L A;  3LYZ A;  4J7V A;  4HTQ A;  1XGT C;  2BQN A;  1GB0 A;  1KXX A;  2BQG A;  1JTN A;  1CJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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