4I7RA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-(pyrazolo-1-yl) ethanol bound
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 66
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7rA00
1QSBA 1QT8A 1B6IA 4E97A 3HH3A 1L00A 2HULA 255LA 3HH6A 102LA 1L10A 1L41A 3GUIA 3OE8A 188LA 111LA 4YXAC 4W51A 145LA 249LA 125LA 1KS3A 3DN4A 147LA 1PQDA 3HTDA 1QUHA 262LA 3SB5A 228LA 1L74A 3HH5A 3HU9A 2RBSA 237LA 184LA 3HDEA 1L32A 1CVKA 4EXMA 3HT9A 4I7OA 1L43A 4W53A 1SWZA 1CX6A 225LA 3PBLA 126LA 238LA 5I14A 2F47A 4ARJA 192LA 2B6TA 1KW5A 195LA 2Q9EA 1L88A 1L71A 1P56A 226LA 1T6HA 2RBQA 4W56A 138LA 3C7ZA 3C82A 2RBRA 1D9WA 220LA 173LA 1C63A 1PQIA 2OEAX 159LA 4LDEA 1L42A 1L81A 1CV5A 122LA 1L68A 3DN2A 1NHBA 141LA 1XJUA 1QT6A 205LA 1L86A 165LA 1L12A 115LA 1L06A 3F9LA 3G3VA 1OYUA 3SBAA 163LA 1L75A 1L57A 3GUJA 4LZMA 2OE4X 241LA 3QAKA 1L98A 2RAYX 1DYDA 2F2QA 3CDQA 144LA 1L82A 2OE7X 2A4TA 236LA 2OU8A 1OV7A 3SB6A 180LA 210LA 3DN3A 1L02A 3HUAA 239LA 1C6JA 233LA 3RZEA 1SWYA 218LA 3PDSA 1L33A 1QT7A 176LA 1CUPA 1OWYA 3C83A 148LE 166LA 3NY9A 1L66A 2RH1A 185LA 4GRVA 4I7PA 1C6AA 1L95A 190LA 171LA 103LA 1G0GA 1OVHA 3HUQA 2ANXA 1LYJA 1KY1A 175LA 2Q9DA 4EKPA 1DYGA 1C6DA 2NTGA 3EMLA 152LA 3OE6A 1LI6A 3DN0A 1L85A 3HWLA 259LA 186LA 112LA 1L67A 191LA 146LA 3GUOA 4YXCA 4DJHA 1QS9A 2CUUA 1LYEA 120LA 114LA 150LA 1LYDA 4ARQA 1G0QA 1L79A 160LA 2RB2X 2F32A 3GUNA 1C6FA 162LA 137LA 1CV3A 3DKEX 181LA 1DYCA 4EKSA 1L49A 227LA 4EPIA 1D3MA 251LA 1CV1A 1L07A 1SX2A 3FADA 1C6EA 1G0KA 1SSYA 3V2YA 4ARMA 1L80A 1L70A 1L84A 3HH4A 258LA 3GUMA 1LI3A 1OV5A 1L37A 1PQMA 235LA 3FI5A 3HT7A 3HDFA 4I7QA 1DYBA 3C7YA 1G0LA 1QUGA 3LZMA 1L76A 1QUOA 3HTGA 252LA 1L09A 2B6WA 1C6MA 3UONA 1C6CA 2B73A 2B7XA 1L17A 1P64A 3CDOA 1G1VA 4EKRA 1P2LA 1D2YA 2OU9A 1LGXA 1C6PA 1ZURA 198LA 1KW7A 219LA 2LZMA 1L73A 3DNAA 172LA 232LA 240LA 118LA 1LWKA 1L52A 250LA 1ZYTA 1L18A 109LA 189LA 1P5CA 5LZMA 214LA 1K28A 129LA 1LYGA 2B6ZA 1JQUA 1CV6A 1QSQA 4W54A 177LA 1G07A 4EKQA 1QUDA 1QS5A 158LA 1L30A 149LA 4IAPA 1LW9A 230LA 1C6KA 107LA 1C64A 3HT6A 4I7TA 1L29A 3C8RA 4ARPA 2RB1X 1L0KA 1D3FA 253LA 260LA 1DYFA 3K2RA 1QTZA 1L72A 215LA 1L77A 2B6YA 1KY0A 1CU2A 183LA 1C6HA 1L38A 1C67A 4ZPUA 4W58A 6LZMA 2RBNA 1L48A 231LA 1L45A 3CDVA 4W59A 130LA 1OVKA 4K5YA 2NTHA 1L56A 1XJTA 1L96A 1WTHA 1C6NA 1L28A 222LA 1CU5A 1L69A 3ODUA 4ARLA 3C8QA 161LA 140LA 257LA 1L51A 142LA 1CTWA 2RBPA 1L50A 216LA 4AQNA 4I7MA 3NYAA 1L27A 3CDRA 1L20A 1P7SA 213LA 2B74A 201LA 221LA 1L99A 254LA 1L03A 3G3WA 200LA 1SX7A 2HUMA 3G3XA 4I7LA 139LA 4EPFA 3RUNA 1LYFA 3SB7A 1L90A 4W57A 4DKLA 2QARC 4LDOA 3HTFA 1QTHA 206LA 2OTYX 3NY8A 2IGCA 1L65A 1P2RA 1LLHA 1G0JA 1OWZA 155LA 209LA 110LA 169LA 1LI2A 3V2WA 1CU3A 4W55A 1QT4A 261LA 1T97A 167LA 2HUKA 3OE0A 224LA 1C6IA 127LA 143LA 1T8AA 196LA 1QT5A 7LZMA 1L21A 4OO9A 4DAJA 1L44A 1L55A 3GULA 1L47A 1D2WA 1QTVA 1P37A 1L35A 1D3NA 2RB0X 1L89A 2RAZX 3JR6A 1C6LA 3DMZA 3DN8A 104LA 2QB0B 3SB8A 217LA 1L83A 229LA 1L46A 178LA 212LA 1L53A 1C60A 256LA 1L64A 2LCBA 3DN6A 123LA 2B75A 1L22A 1L58A 1I6SA 1L93A 170LA 1L16A 1OVJA 4YX7C 113LA 3C8SA 3GUPA 3DMXA 1L24A 1C68A 151LA 1L60A 1DYEA 1L94A 1LYHA 1LYIA 108LA 1G1WA 2O4WA 4PJZA 187LA 182LA 1L11A 223LA 1L05A 2O79A 4I7JA 1L31A 1L0JA 1LPYA 1C65A 3L64A 1L62A 1L25A 1JTMA 4ARQB 2L78A 1L34A 168LA 1L63A 3OE9A 1L92A 157LA 1L01A 1C6BA 2ANVA 211LA 4I7RA 3GUKA 3DMVA 245LA 1QTDA 1ZWNA 1L40A 1C69A 1C6GA 1L36A 4ARMB 1P3NA 1CX7A 3DN1A 164LA 1CV4A 1QTCA 1T8FA 1L39A 3SB9A 2B70A 1L14A 2B6XA 1G0PA 1L19A 4I7KA 1L26A 128LA 3D4SA 1CU0A 1P6YA 2OTZX 3SBBC 1C66A 1C61A 119LA 1KNIA 4I7SA 244LA 243LA 2RBOA 246LA 2OU0X 1CUQA 3HUKA 1L23A 3HU8A 1D3JA 4EJ4A 1T8GA 3C80A 1CV0A 1PQKA 2Z6BA 1QTBA 1P36A 1JTNA 1C6TA 1C6QA 3F8VA 4W52A 247LA 3C81A 2LC9A 1G0MA 234LA 1G06A 4GBRB 3L2XA 1LWGA 1P46A 242LA 199LA 2O7AA 156LA 1LGWA 197LA 4LDLA 131LA 4PK0A 3HTBA 1QT3A 3CDTA 2B72A 1XEPA 1L59A 1L13A 1L97A 1LGUA 3FA0A 1TLAA 3VW7A 1DYAA 1L04A 1L54A 1PQOA 1L61A 1L91A 1PQJA 3C7WA 1CU6A 3SN6R 3HT8A 1L15A 4I7NA 4S0WA 1L08A 1C62A 1SSWA 2OE9X 1EPYA 248LA 1L87A 174LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QT8A 3HH3A 2HULA 255LA 102LA 1L41A 3OE8A 188LA 4YXAC 4M6DA 4EMNA 3K3TA 5B1FA 5E4PA 5B07A 5DLAA 1LMQA 1L74A 1LHKA 3CT0A 2VB1A 1GFEA 2BQAA 1KIQC 3HDEA 2CWIA 4EXMA 3QY4A 3HT9A 1B2KA 1QDRA 1FLYA 4G49A 1YKZX 238LA 1MLCE 2F47A 192LA 1QSAA 1UIDA 3A94A 4NSJA 4XJFA 1J1OY 5KJ9A 2MEDA 1L71A 226LA 2Q9EA 1YILA 3A96A 2LZTA 3T6UA 1IP2A 1GXV2 2OEAX 1HEPA 1L42A 1L81A 4MSTA 1XGRC 122LA 1L68A 1NHBA 141LA 1VATA 1INUA 3LYOA 3MGWA 4XJGA 4LZMA 1LHLA 1NBZC 3CDQA 3WXTA 1L82A 1VDTA 2HEFA 180LA 1NQIA 1L02A 239LA 233LA 3RZEA 4C5FA 1L33A 1HSXA 4BAPA 1NHEA 166LA 6LYTA 3NY9A 5F14A 1C6AA 190LA 1LJEA 171LA 1GBOA 4R6CA 3HUQA 2ANXA 3WL2A 1LYJA 4FDYA 1DYGA 3TXJA 1NBYC 1AM7A 3WUAA 3DN0A 1L85A 4NHIA 4DDAA 4H8YA 2YSSC 2Z19A 112LA 5A3ZA 191LA 4LFXA 3GUOA 1HEWA 4YXCA 2CUUA 1B0DA 3M3UA 150LA 1LYDA 1IOQA 1LZ9A 3QNGA 5ILCA 5D5CA 3DKEX 1JIYA 4LGKA 4H9CA 251LA 1GB8A 1GPQC 1HEOA 3HH4A 3RNXA 1HSWA 1GE0A 4H90A 1PQMA 2W1YA 4ZEEA 3EXDA 5LYMA 1NMMA 2CJLA 5C6JA 1GFTA 4ET9A 1LJJA 2HECA 5ILFA 3AYQA 2ZIJA 1L09A 3UONA 1C6MA 1GBXA 2B73A 3CDOA 1GEZA 1LGXA 4WM5A 2RSCA 1QTEA 2LYOA 2Z18A 1HNLA 232LA 1CKHA 4HJZA 4CFPA 3AGIA 1JQUA 1CV6A 2DQGY 1UCOA 1FKVA 5C6LA 3HT6A 4J1BA 2HEDA 4DT3A 3C8RA 1D3FA 1O23A 215LA 1L77A 1KY0A 1YKYX 4NSHA 4XJBA 2DQCY 183LA 3CSRA 1C6HA 1BHZA 2D91A 3AZ5A 4N8ZA 1C67A 3AJNA 4LYBA 2RBNA 1L48A 4W59A 1L45A 4LT2A 4OWBA 1XJTA 1C6NA 222LA 5LIOA 1L69A 5F9UA 4ARLA 1AZFA 1CKGA 2MEFA 3IJVA 142LA 1LJIA 2N5ZA 1FLWA 1GF8A 4I7MA 3NYAA 4B4EA 4MR1A 3WU9A 1L20A 1LJNA 2HUBA 1LJHA 1OUAA 1HMKA 1LSCA 254LA 3CSZA 4N5RA 1L03A 4DDCA 1RI8B 1VDPA 5HQ1A 3G3XA 4DD0A 139LA 134LA 4EPFA 3TXBA 1GFVA 3HFMY 5L3IA 1LZEA 1REXA 1WQQA 3NY8A 4H9HA 1LSYA 1LLHA 4WLXA 1OWZA 1IOTA 1OUEA 1GHLA 1HHLA 4WMGA 1QT4A 261LA 3TXGA 3OE0A 2YBJA 2ZWBA 4NGWA 127LA 1GFRA 1LSZA 2MEIA 1LKRA 1L44A 3GULA 5T3FA 1B5WA 3AW7A 2BQDA 2C8PA 1UIAA 1F10A 3JR6A 2NWDX 2LHMA 217LA 1LYOA 4XADA 178LA 212LA 1DPWA 4ETBA 1C60A 2F4AA 1FBIX 1LHJA 1IWYA 4B49A 1I6SA 4UWNA 1L93A 4BS7A 4KT3A 1GE4A 2IHLA 3GUPA 3DMXA 1L24A 4PPOA 1JHLA 4QGZA 1H87A 1SLYA 1L94A 5DN5A 1G1WA 2O4WA 1LSDA 1C45A 2W1XA 3RT5X 223LA 1L11A 1ALCA 2O79A 5APCA 1L0JA 207LA 4NGLA 2D4KA 1IR9A 3W6AA 1B9OA 1L25A 1UICA 4W94A 1WTNA 1IWWA 1OUBA 4TX7A 1LZBA 3TMWA 3DMVA 245LA 4ZFPA 4ML7A 1C69A 4ARMB 5KXMA 2ZIKA 1I1ZA 1QTCA 3AZ4A 1UIBA 2B6XA 1G0PA 3W3EA 4I7KA 4NWEA 2Q0MX 1CU0A 1TBYA 2A7DA 119LA 5DM9A 4AGAA 3A3QA 4NGYA 2AUBA 1T8GA 1PQKA 5IDDA 4PRUA 1HFZA 5KXWA 1BB3A 4Z98A 1WQOA 5L9JA 1G0MA 4NGIA 1LYSA 1LWGA 242LA 1CNSA 1PZYA 1HMLA 2MEGA 1LGWA 1LSMA 3A91A 8LYZA 4LDLA 1RFPA 4H9FA 4GLAA 1L59A 1L97A 3OK0A 3W6CA 1TLAA 2BLYA 3T36A 3C7WA 2Y8PA 1L15A 5LA5A 5KXRA 3AZ6A 1FKQA 1LJKA 4FJRA 2FYCA 3GUIA 111LA 4H9EA 4G4CA 1XSFA 4U3XB 249LA 3B0KA 1LZRA 4TSBA 1JTTL 1PQDA 1LZDA 1LMPA 1DI4A 228LA 1AKIA 4NHTA 2BPUA 4Z3MA 3HU9A 1VDQA 237LA 1KIRC 184LA 1B5XA 1LKSA 3A3RX 1GF7A 4W53A 3ZVQB 1GB0A 5KXPA 3PBLA 5FEKA 4Z41A 1LJGA 3E3DA 2B6TA 195LA 3WW6A 4OWCA 4LYMA 1UIGA 220LA 173LA 1C63A 1PQIA 5FDJA 1CJ8A 2GV0A 2HTXA 2YBIA 1LJ4A 1IX0A 3DN2A 2Z2EA 1BVKC 205LA 1L86A 165LA 1L12A 3SBAA 163LA 1BWHA 2ZQ4A 5IHGA 5IELA 2D4JA 2F2QA 4HJVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QT8 A;  3HH3 A;  2HUL A;  255L A;  102L A;  1L41 A;  3OE8 A;  188L A;  4YXA C;  4M6D A;  4EMN A;  3K3T A;  5B1F A;  5E4P A;  5B07 A;  5DLA A;  1LMQ A;  1L74 A;  1LHK A;  3CT0 A;  2VB1 A;  1GFE A;  2BQA A;  1KIQ C;  3HDE A;  2CWI A;  4EXM A;  3QY4 A;  3HT9 A;  1B2K A;  1QDR A;  1FLY A;  4G49 A;  1YKZ X;  238L A;  1MLC E;  2F47 A;  192L A;  1QSA A;  1UID A;  3A94 A;  4NSJ A;  4XJF A;  1J1O Y;  5KJ9 A;  2MED A;  1L71 A;  226L A;  2Q9E A;  1YIL A;  3A96 A;  2LZT A;  3T6U A;  1IP2 A;  1GXV 2;  2OEA X;  1HEP A;  1L42 A;  1L81 A;  4MST A;  1XGR C;  122L A;  1L68 A;  1NHB A;  141L A;  1VAT A;  1INU A;  3LYO A;  3MGW A;  4XJG A;  4LZM A;  1LHL A;  1NBZ C;  3CDQ A;  3WXT A;  1L82 A;  1VDT A;  2HEF A;  180L A;  1NQI A;  1L02 A;  239L A;  233L A;  3RZE A;  4C5F A;  1L33 A;  1HSX A;  4BAP A;  1NHE A;  166L A;  6LYT A;  3NY9 A;  5F14 A;  1C6A A;  190L A;  1LJE A;  171L A;  1GBO A;  4R6C A;  3HUQ A;  2ANX A;  3WL2 A;  1LYJ A;  4FDY A;  1DYG A;  3TXJ A;  1NBY C;  1AM7 A;  3WUA A;  3DN0 A;  1L85 A;  4NHI A; 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