4I7RA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-(pyrazolo-1-yl) ethanol bound
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 66
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7rA00
1C64A 3GUPA 1L81A 1CTWA 217LA 1L67A 1L94A 1L73A 1L85A 1L08A 2RAZX 119LA 2RBPA 152LA 1DYFA 1L86A 215LA 1L74A 4I7MA 3QAKA 1L25A 1C68A 1L45A 1T8AA 1L98A 1L48A 3SB5A 1L58A 2RBSA 1PQOA 1JTNA 1LW9A 244LA 129LA 1D3FA 1L72A 3DN0A 3HDFA 1L10A 1L05A 216LA 2Q9EA 197LA 2QB0B 3SB9A 1L97A 1QTVA 3DN8A 1LYGA 1OYUA 1QTDA 1CX7A 175LA 3CDOA 1L34A 2RB0X 173LA 2B6TA 2Z6BA 1P64A 1L20A 3DKEX 1L95A 4S0WA 3DN1A 3L64A 1QSQA 1L96A 3HUKA 3DN4A 1LGXA 1L63A 3SB6A 1CU6A 219LA 1G07A 3HT8A 1TLAA 1L13A 1L69A 1C66A 2B73A 4W56A 3SN6R 1D3MA 113LA 1C6EA 1G06A 1C6TA 1G0KA 4ZPUA 1L17A 1L68A 1LYFA 1OV7A 126LA 205LA 252LA 1JQUA 2HUKA 1P56A 1CX6A 1KY0A 1CUPA 187LA 4I7QA 3OE6A 3DMVA 3EMLA 4OO9A 1OVKA 1OVHA 1P46A 2LC9A 4EJ4A 2LZMA 1L43A 3G3VA 4W53A 230LA 4PJZA 3CDTA 128LA 110LA 6LZMA 143LA 3CDRA 3HT6A 3NY9A 4I7NA 2OU0X 144LA 1C69A 249LA 4EKPA 1L36A 1C67A 1L84A 2ANXA 2B75A 3OE8A 1L92A 125LA 1QT7A 1L00A 1CVKA 1L01A 4W57A 1C6JA 1L40A 3GUJA 1CV5A 1QT6A 2CUUA 2O79A 112LA 198LA 4EPFA 3C80A 1LI3A 1CV0A 231LA 3JR6A 1QUHA 146LA 1P36A 4YXAC 3D4SA 181LA 3C81A 1LYHA 3F9LA 3PBLA 3C8RA 201LA 1SX7A 1L23A 120LA 4DJHA 1SWYA 1DYGA 4IAPA 4I7LA 199LA 188LA 3OE9A 2OE4X 246LA 1L21A 1L64A 200LA 186LA 1C61A 1L39A 1LI6A 4W52A 4DKLA 4YXCA 2RBQA 238LA 1L75A 5I14A 4EPIA 2NTGA 147LA 4LDEA 1CV1A 1L42A 1D9WA 3UONA 3HDEA 2OU9A 1C6DA 1L32A 1CU0A 178LA 4I7OA 221LA 1L38A 1C6BA 3GUMA 137LA 4W54A 4PK0A 236LA 1CU2A 1B6IA 1L15A 1T6HA 127LA 2B74A 148LE 196LA 229LA 1C6MA 1T8FA 237LA 4W59A 1L76A 172LA 3DMXA 233LA 1QT3A 3FADA 1L44A 250LA 3HT9A 1K28A 2OTYX 212LA 1L03A 3V2WA 4ARJA 4EKSA 1XEPA 1QSBA 180LA 162LA 2QARC 4EXMA 1L50A 1L19A 167LA 3HH5A 1QTCA 1OVJA 118LA 1L71A 4I7RA 1DYDA 157LA 3HH4A 1JTMA 102LA 115LA 165LA 177LA 1C6FA 1PQMA 1L07A 1DYBA 261LA 2L78A 4LDLA 4I7KA 241LA 227LA 1CV6A 2OEAX 3C7WA 2OE9X 3VW7A 2F2QA 3DMZA 2A4TA 139LA 183LA 1L49A 1QUGA 1C6HA 1P6YA 1QT8A 259LA 1DYEA 159LA 1CU5A 4ARPA 2RB2X 1LYIA 4GRVA 1L80A 107LA 1L62A 1XJTA 1CV4A 1QS9A 245LA 1D2WA 254LA 3HH3A 1PQDA 3LZMA 130LA 3RZEA 1T97A 160LA 1L12A 1L24A 223LA 2RB1X 1L41A 1P37A 189LA 3HUAA 1G0GA 4GBRB 3HTDA 1L56A 1LWKA 1L30A 234LA 1C60A 3L2XA 1L99A 253LA 2OU8A 4AQNA 3F8VA 3NY8A 1C6PA 262LA 142LA 1CUQA 1SX2A 243LA 3C7ZA 3PDSA 158LA 1P2RA 1XJUA 4W51A 195LA 2OE7X 1L65A 4ARMA 3HTGA 1QTZA 169LA 1QTBA 1KS3A 2HULA 7LZMA 235LA 4I7SA 1P2LA 164LA 1LGWA 1SWZA 4ARQA 3SB8A 1L60A 1G0LA 213LA 3C83A 2O7AA 185LA 1DYAA 4ARMB 4LZMA 4YX7C 3G3WA 1C62A 1L47A 4DAJA 151LA 1C6CA 138LA 3G3XA 1L0JA 131LA 206LA 4ARQB 176LA 1LPYA 1P7SA 2NTHA 3HH6A 1PQIA 256LA 166LA 3HT7A 1CV3A 1L90A 4W55A 1L53A 251LA 3C7YA 170LA 257LA 111LA 184LA 1NHBA 1QUOA 192LA 123LA 1LYEA 3GULA 1C6IA 3C82A 1L91A 1L26A 1QS5A 1CU3A 156LA 1L93A 1QT4A 1L31A 4LDOA 4EKQA 1L46A 1G0PA 141LA 1T8GA 1LWGA 3RUNA 145LA 1LI2A 2HUMA 4EKRA 1L87A 1L09A 1G0MA 2B6WA 3V2YA 1L70A 2B70A 3CDVA 163LA 1L22A 248LA 104LA 1WTHA 2RBNA 1OWZA 239LA 2B6XA 1L82A 4E97A 1C63A 108LA 226LA 1L52A 211LA 1KY1A 1OWYA 122LA 2RBOA 1C6GA 1G1VA 114LA 1LYJA 4W58A 1LGUA 1L35A 4ARLA 1QTHA 1L54A 4I7TA 1DYCA 232LA 3ODUA 3DN6A 2LCBA 3NYAA 225LA 182LA 1I6SA 1L51A 2OTZX 174LA 1EPYA 1L55A 1C6KA 1C6LA 218LA 2ANVA 1L83A 4I7PA 140LA 1LLHA 3GUOA 1G1WA 260LA 258LA 255LA 1L59A 1D3JA 3DN2A 1P3NA 1L33A 155LA 3HU8A 1C6NA 161LA 3SB7A 1L0KA 3HTBA 1SSYA 242LA 4I7JA 2Q9DA 3GUKA 3GUIA 1L77A 1QT5A 3HUQA 190LA 1D2YA 3GUNA 209LA 1PQJA 1L06A 3HTFA 2RH1A 1L02A 1L29A 1KNIA 1L61A 1L57A 2F47A 3C8QA 2B6ZA 1KW7A 228LA 240LA 1SSWA 1L14A 224LA 1G0QA 210LA 109LA 1L16A 150LA 191LA 1LYDA 3HU9A 168LA 220LA 3OE0A 149LA 2F32A 1D3NA 1L88A 222LA 2O4WA 1C65A 1PQKA 2IGCA 3SBBC 1C6AA 3FI5A 1P5CA 1L37A 1L79A 1L66A 247LA 5LZMA 1L27A 1L28A 1L04A 1L11A 3HWLA 2B7XA 1ZYTA 1KW5A 1L18A 3DN3A 3K2RA 2B72A 1C6QA 1G0JA 4K5YA 2RBRA 1L89A 3SBAA 1QUDA 3CDQA 171LA 3DNAA 103LA 2RAYX 1ZWNA 2B6YA 1ZURA 3FA0A 214LA 3C8SA 1OV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CT1A 1L81A 3WW6A 1L94A 3CT5A 4OOTA 1L73A 1UCOA 1L85A 5B05A 2RAZX 1KXWA 1BB7A 2H5ZA 1DYFA 2Z2EA 215LA 1L74A 3QAKA 2H9KA 1L45A 1T8AA 3SB5A 5C6JA 1OUAA 4NHQA 1L72A 1VDQA 1L10A 1OUJA 1L05A 3SB9A 1L97A 1QTDA 2DQGY 175LA 4I0CA 2B6TA 1FN5A 2Z6BA 4KXIA 1GE1A 1LYYA 3FI7A 1CJ6A 1HEQA 2Z19A 3DN1A 1QSQA 1B7OA 1LGXA 1XEJA 1L63A 3SB6A 4PHIA 1C46A 1L13A 4WLYA 3MGWA 113LA 4NGLA 5ILCA 1JTPL 3CSQA 4MR1A 9LYZA 4HV1A 1OV7A 126LA 4QY9A 252LA 1YAQA 1CX6A 2Y8PA 1E8LA 3TMXA 4I7QA 3DMVA 5LYMA 1OVHA 4LFPA 5KXSA 230LA 5FEKA 4OOOA 4PJZA 3CDTA 128LA 4LT1A 3LHMA 2MEGA 1ZMYL 144LA 4EKPA 2XJWA 5KXWA 1L36A 1C67A 1L84A 1GFJA 3G3BB 1WQQA 1B2KA 1QT7A 1L00A 3WPKA 1DKJA 3GUJA 4HJYA 2O79A 4GCEA 1NF5A 4B0DA 198LA 1CJ9A 2CJLA 1CJ8A 3C80A 1GFKA 1REXA 4ET8A 5HLLA 1QUHA 1JKDA 1TAYA 3C81A 1XFPL 1EQ5A 1XSFA 1CKDA 5LINA 1LHKA 1LZYA 201LA 193LA 2BQMA 4IAPA 1GE4A 2LHMA 1C61A 1L39A 2RBQA 238LA 4NHPA 147LA 5DN4A 1CV1A 1GFAA 5KXTA 3RT5X 4EMNA 214LA 3HDEA 1C6DA 1L32A 1CU0A 2BLYA 178LA 2PC2A 3GUMA 1AZFA 4PK0A 236LA 4ET9A 1LJFA 3B6LA 127LA 2B74A 5F9XA 1T8FA 1LMCA 1B5WA 4HP0A 4TWSA 2N5ZA 212LA 3V2WA 1LJEA 4N0JA 180LA 1I20A 167LA 1LYSA 3HH5A 3A3QA 1QTCA 1OVJA 3IJVA 118LA 5LAGA 1DYDA 4UWUA 177LA 1C6FA 2MECA 1L07A 1GXV2 4LDLA 208LA 4I7KA 3ZVQA 4YF2A 4DDBA 2OEAX 3C7WA 1LMQA 4XJHA 3VW7A 2F2QA 5LYZA 3DMZA 2YBNA 1LSGA 2EIZC 2BQJA 5FSTA 1L49A 1P6YA 1DKKA 1DYEA 2F30A 159LA 5APCA 4ARPA 1LSDA 1LYIA 4GRVA 3M3UA 1L62A 3N9CA 3B0IA 3HH3A 223LA 1P37A 1JITA 3P65A 1UBZA 3HTDA 3L2XA 6LYTA 1IR8A 2OU8A 1B9OA 3NY8A 3PDSA 262LA 1CUQA 5KKJA 158LA 1XJUA 4W51A 195LA 2OE7X 1L65A 4ARMA 1LAAA 2MEHA 4NSHA 3WVYA 1QTEA 169LA 235LA 5KJ9A 1P2LA 1RCMA 1REZA 1QSAA 1G0LA 2O7AA 1UIGA 4YENA 2MEAA 1DYAA 1YAPA 4H8ZA 4NHIA 1L0JA 206LA 176LA 2NTHA 2BQFA 1PQIA 1TCYA 5LYTA 257LA 111LA 4DWXA 1B5UA 1CJ7A 1BQLY 2ZIKA 4NHTA 1QS5A 3K3TA 1CU3A 1CNSA 1GAYA 1L93A 1QT4A 1L31A 4CHXA 2DKVA 1CKFA 1T8GA 4EKRA 1L09A 3A6CY 2BQNA 248LA 5IHGA 2Z37A 2DQCY 1OWZA 1JSEA 3LYTA 2HEDA 2XQOA 3AZ7A 1TDYA 108LA 211LA 2D4IA 5FHWA 1ALCA 1Z55A 1JKBA 114LA 4W58A 1LGUA 4B4EA 3TXEA 1HSWA 1DYCA 3E3DA 2YBIA 3AGIA 6LYZA 3NYAA 1I6SA 2OTZX 1IWXA 4LT3A 218LA 4LFXA 140LA 4NGYA 260LA 1JTOL 255LA 2HEFA 4TSBA 4M6DA 1P3NA 4HTQA 3VWOA 1D0LA 3CQLA 1C6NA 161LA 3GUKA 1L77A 3TMWA 1L02A 1LMAA 1KNIA 2F47A 1HEMA 4NWEA 2B6ZA 3A8ZA 3QY4A 240LA 1B5YA 4H9HA 1SSWA 4HPEA 109LA 191LA 1LYDA 4IATA 4NG1A 1FLYA 4H9AA 168LA 220LA 3AYQA 3OE0A 5I54A 2DQJY 3GXKA 1I1ZA 1QSWA 1V7SA 2DBTA 1DPWA 3LYMA 3SBBC 1C6AA 2VB1A 4G4BA 2DQHY 4H92A 2B7XA 1ZYTA 3DN3A 2B72A 1GAZA 1BVXA 1SQ2L 1DI4A 4FJRA 1IY3A 2RBRA 1GF0A 1L89A 3LN2A 3CT0A 1IWWA 103LA 1UA6Y 1AM7A 1FDLY 1LZCA 4RLMA 1OV5A 3C8SA 1GB2A 2YBMA 1J1PY 5FCPA 1JJ3A 3LZTA 1CTWA 3WU9A 4XJDA 1IP7A 1L67A 2W1MA 4YEOA 4G49A 1FKQA 4I7MA 3WH1A 1D0MA 1C68A 1L98A 2FBBA 3CSZA 1BB3A 3N9AA 4OWCA 1JTNA 1LSNA 244LA 5LVHA 129LA 1AKIA 216LA 1AT5A 1GB6A 4L41A 4B1AA 1OYUA 4NG8A 1AT6A 4XENA 1L20A 3WU7A 1MELL 3D3DA 4S0WA 1GB9A 1JHLA 1OUFA 219LA 1TLAA 2G4QA 4GN5C 3SP3A 1C66A 2B73A 4NGVA 1GBOA 4WLDA 1LJIA 4WG7A 2W1LA 1CUPA 1VDPA 1FBIX 3EMLA 1OVKA 1P46A 1GDXA 2LC9A 4EJ4A 3IWRA 4PGJB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CT1 A;  1L81 A;  3WW6 A;  1L94 A;  3CT5 A;  4OOT A;  1L73 A;  1UCO A;  1L85 A;  5B05 A;  2RAZ X;  1KXW A;  1BB7 A;  2H5Z A;  1DYF A;  2Z2E A;  215L A;  1L74 A;  3QAK A;  2H9K A;  1L45 A;  1T8A A;  3SB5 A;  5C6J A;  1OUA A;  4NHQ A;  1L72 A;  1VDQ A;  1L10 A;  1OUJ A;  1L05 A;  3SB9 A;  1L97 A;  1QTD A;  2DQG Y;  175L A;  4I0C A;  2B6T A;  1FN5 A;  2Z6B A;  4KXI A;  1GE1 A;  1LYY A;  3FI7 A;  1CJ6 A;  1HEQ A;  2Z19 A;  3DN1 A;  1QSQ A;  1B7O A;  1LGX A;  1XEJ A;  1L63 A;  3SB6 A;  4PHI A;  1C46 A;  1L13 A;  4WLY A;  3MGW A;  113L A;  4NGL A;  5ILC A;  1JTP L;  3CSQ A;  4MR1 A;  9LYZ A;  4HV1 A;  1OV7 A;  126L A;  4QY9 A;  252L A;  1YAQ A;  1CX6 A;  2Y8P A;  1E8L A;  3TMX A;  4I7Q A;  3DMV A;  5LYM A;  1OVH A;  4LFP A;  5KXS A;  230L A;  5FEK A;  4OOO A;  4PJZ A;  3CDT A;  128L A;  4LT1 A;  3LHM A;  2MEG A;  1ZMY L;  144L A;  4EKP A;  2XJW A;  5KXW A;  1L36 A;  1C67 A;  1L84 A;  1GFJ A;  3G3B B;  1WQQ A;  1B2K A;  1QT7 A;  1L00 A;  3WPK A;  1DKJ A;  3GUJ A;  4HJY A;  2O79 A;  4GCE A;  1NF5 A; 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