4I7SA

T4 lysozyme l99a/m102h with 3-trifluoromethyl-5-methyl pyrazole bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7sA00
3V2YA 1SWZA 1CV3A 214LA 1D2YA 262LA 3F9LA 1CV1A 1L71A 1QT5A 254LA 184LA 3PDSA 4S0WA 1L23A 196LA 1L80A 1QSBA 241LA 1L65A 3FA0A 3G3XA 3C7WA 1PQDA 3CDOA 4I7RA 180LA 1P64A 1L91A 3OE8A 1DYEA 1QT7A 2OU0X 3C83A 1DYBA 3HT6A 118LA 3VW7A 247LA 3HT9A 3C82A 238LA 1P3NA 258LA 1C69A 3K2RA 2B7XA 3DN6A 2OU9A 4I7SA 1LPYA 169LA 1QS5A 4W57A 1L43A 1SSWA 4W53A 1L87A 1OVJA 4EKPA 3G3VA 197LA 109LA 185LA 1L59A 2Q9DA 1P37A 1L77A 4I7NA 4I7QA 1G1WA 1L29A 216LA 1PQMA 1I6SA 1QUGA 1D3FA 1SX2A 2Q9EA 1SX7A 129LA 4W59A 259LA 1KY0A 1CX7A 255LA 225LA 140LA 4YXAC 1L35A 1C62A 3GUMA 1D9WA 3HU8A 111LA 3HTGA 1L95A 1C64A 248LA 1KY1A 1CTWA 1QSQA 1L88A 173LA 1LYFA 4AQNA 1C66A 122LA 2B75A 3HUKA 1L45A 1P5CA 2CUUA 1L89A 251LA 4W54A 1C6MA 2OE9X 1G0QA 1DYDA 1C6FA 1L38A 177LA 163LA 148LE 4W51A 1C6IA 1L31A 157LA 1L34A 186LA 131LA 2Z6BA 1G0GA 2O7AA 246LA 156LA 1C68A 102LA 4ARQA 3JR6A 1L97A 1L64A 1L49A 4IAPA 1JTNA 1QUHA 250LA 107LA 1B6IA 1L08A 1XJUA 2OEAX 146LA 3NY8A 2B6YA 3GUIA 4EKSA 1C6PA 1L28A 1K28A 1C60A 2RAZX 120LA 1L41A 1WTHA 2ANVA 1L02A 3C81A 1QTDA 3HUAA 3SB6A 1G0LA 1TLAA 1L70A 237LA 152LA 1C6HA 3DMZA 1T8AA 165LA 160LA 3RZEA 3SN6R 3SB5A 158LA 1P6YA 1QTVA 1DYFA 3SB7A 211LA 1C6DA 2QB0B 1L56A 1D2WA 1SWYA 192LA 2OU8A 1L26A 4I7TA 1CX6A 168LA 2B6XA 242LA 1L50A 2RB2X 182LA 3OE0A 3OE6A 166LA 1T97A 1L13A 2RBNA 1L44A 3DN2A 1LWGA 2B6TA 119LA 233LA 3CDTA 126LA 1C6TA 1C6EA 1L83A 199LA 1LLHA 171LA 3SBBC 1L0KA 1L82A 1LYEA 3HU9A 1C6AA 1QUDA 3C8QA 200LA 1LYHA 3NY9A 4EKQA 176LA 1L14A 1EPYA 1QT4A 1C6QA 1G06A 2B6WA 1CU0A 1L32A 1L39A 150LA 1L94A 4YXCA 3DN4A 1C6LA 206LA 1L20A 229LA 231LA 1L04A 221LA 178LA 218LA 3F8VA 2O79A 1KS3A 249LA 1QT8A 149LA 125LA 2RBRA 127LA 190LA 227LA 1PQKA 1P46A 1QT6A 3C80A 1L12A 4PJZA 2RBPA 130LA 1L61A 115LA 1C6JA 3HTDA 1L09A 1L07A 1L98A 2OE7X 1L22A 2F2QA 1NHBA 110LA 3HT7A 1L15A 175LA 1CU2A 1QUOA 1LGWA 1JTMA 235LA 3HTBA 128LA 3L64A 230LA 3V2WA 1L00A 1L79A 187LA 1L03A 3HT8A 1LI6A 1QS9A 1C6CA 103LA 1L90A 1T8GA 4W56A 236LA 195LA 3DNAA 3GUPA 1LYIA 1G1VA 3SB9A 2NTGA 1L47A 137LA 3HH5A 4ARMB 3GUKA 2LCBA 1L19A 212LA 1L68A 4I7OA 1C6GA 5LZMA 1KW7A 3HWLA 4K5YA 3HH4A 1T6HA 4YX7C 1L51A 1CV6A 1QTZA 215LA 1OVKA 151LA 1L46A 2RBOA 2HUMA 3G3WA 226LA 3DMVA 112LA 172LA 3DMXA 1CV0A 1L18A 1C67A 1L27A 1LW9A 1LYJA 1G07A 3NYAA 1C6NA 181LA 142LA 1D3JA 3FADA 3FI5A 1L25A 220LA 201LA 4DKLA 1KNIA 138LA 161LA 114LA 1L0JA 198LA 2B70A 1OWZA 2LC9A 3CDVA 1L72A 3SBAA 1ZYTA 188LA 2B73A 4GRVA 1P56A 3PBLA 1G0MA 1PQOA 3HDFA 1OVHA 108LA 3HH6A 4I7LA 232LA 1L52A 4LDOA 1L93A 1L60A 2F47A 1L37A 4W55A 1QTCA 3OE9A 1L24A 1L99A 2L78A 3UONA 2LZMA 3C8RA 2HULA 1L67A 1C63A 1OV7A 4PK0A 1L74A 244LA 1QTBA 164LA 256LA 4LZMA 4ARPA 3DN3A 1L30A 4I7PA 2RB0X 2F32A 1L58A 3SB8A 4LDEA 6LZMA 243LA 1L76A 170LA 223LA 3GUNA 1PQJA 4ARJA 1L54A 1L40A 4EPIA 3D4SA 4DJHA 143LA 3GULA 139LA 4EKRA 217LA 257LA 167LA 1CVKA 1CU3A 4I7JA 4ARMA 1XEPA 141LA 1L42A 145LA 3RUNA 1ZURA 2OE4X 3EMLA 1C61A 2B72A 1D3NA 3HH3A 1D3MA 1P2LA 3DN0A 239LA 4EJ4A 3CDRA 3C8SA 3HDEA 1DYGA 4W58A 1ZWNA 1KW5A 123LA 228LA 1CUQA 1LYDA 1L33A 1OV5A 4I7MA 1L66A 1P2RA 3L2XA 222LA 1LWKA 1G0KA 240LA 3DN8A 174LA 260LA 1P36A 1PQIA 3GUJA 1L53A 2NTHA 1L75A 2RAYX 1L86A 1L48A 1OYUA 2RB1X 2A4TA 1QTHA 4E97A 1CU5A 1L57A 1L85A 2ANXA 1L11A 2RBQA 1OWYA 1L84A 1LI2A 183LA 2B6ZA 2QARC 1LI3A 2O4WA 1L06A 1CV5A 219LA 209LA 3QAKA 4GBRB 2RH1A 1JQUA 3HTFA 1L17A 1T8FA 113LA 213LA 1G0JA 1L73A 1C6KA 4EXMA 4DAJA 261LA 162LA 1P7SA 4I7KA 2RBSA 144LA 1XJTA 1CUPA 1L55A 2HUKA 3CDQA 4LDLA 2IGCA 104LA 1SSYA 3C7YA 3GUOA 1L92A 252LA 1L01A 3DN1A 1DYAA 3ODUA 1LGXA 1L81A 1L63A 205LA 1L16A 147LA 191LA 1LGUA 2OTZX 159LA 224LA 1C6BA 1L62A 1L69A 5I14A 4EPFA 245LA 2B74A 1CV4A 155LA 1L10A 1L05A 3LZMA 2OTYX 7LZMA 189LA 1L96A 1C65A 3DKEX 253LA 1G0PA 1CU6A 210LA 4W52A 1LYGA 4ZPUA 1DYCA 234LA 1L21A 3HUQA 1QT3A 4ARQB 1L36A 4ARLA 3C7ZA 4OO9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I8SA 262LA 2MEFA 3PDSA 3FI7A 2FBBA 3C7WA 1PQDA 5KKIA 3OE8A 1A4VA 5LYTA 4NGIA 4O34A 2ZYPA 3VW7A 3HT9A 4XJGA 1DI4A 4NWEA 1IOSA 3K2RA 2B7XA 5APDA 2OU9A 169LA 3G3BB 1SSWA 1GB6A 1NBZC 1GBOA 1W6ZA 185LA 1L59A 2Q9DA 1L77A 2YSSC 4I7NA 3HBHA 4TSCA 4LYOA 4I7QA 1NQIA 1IOCA 3P65A 1PQMA 1I6SA 3WMKA 1A2YC 1YQVY 1UIAA 2Q9EA 1SX7A 1JJ3A 1KY0A 4YXAC 3GUMA 3HU8A 1L95A 1LYSA 4H8XA 1FKVA 1IIZA 4QDNA 3ZVQB 2B75A 3HUKA 251LA 4W54A 1C6MA 5LVKA 1DYDA 1L38A 4DD1A 1RI8B 163LA 2DQJY 4H9EA 1GHLA 2BQCA 2O7AA 4C3WA 4G4HA 3SP3A 4ARQA 1HC0A 1OP9B 1IEEA 2BPUA 3LYOA 3CB7A 4U3XB 1JTTL 3VWOA 1LZEA 2Q0MX 4X3BA 3GUIA 1L28A 1P2CC 1LKRA 2DQCY 1IOQA 3T36A 1BVKC 2HEBA 4IJ4A 5LVGA 4WMGA 4EMNA 152LA 3DMZA 165LA 4DT3A 4LYBA 1RCMA 4H9FA 1HFZA 3SN6R 1IWUA 158LA 2BQOA 4BAFA 2QB0B 1JWRA 1VATA 1SWYA 192LA 3WVYA 1L26A 2MEGA 2BLYA 168LA 3AZ6A 1L44A 1LZDA 4WLDA 233LA 1XEJA 3CDTA 1NDGC 4N8ZA 1B9OA 1L83A 1L0KA 1L82A 1LYYA 1IWWA 1ZVHL 4EKQA 1LJIA 1LZNA 4I0CA 1L14A 1EPYA 1QT4A 4C5FA 2B6WA 1GAZA 1L39A 1HSXA 1L94A 4YXCA 2BQEA 1LHMA 1VAUA 1HERA 3DN4A 3KAMA 2Z2FA 2X0AA 4N5RA 1KS3A 3LYMA 2H5ZA 1EQ5A 2RBRA 227LA 1P46A 4PJZA 2DQIY 130LA 115LA 5DN4A 1C6JA 1L09A 1BQLY 4NEBA 4AXTA 5LVIA 1YANA 1LGWA 3HTBA 5KXZA 5ILCA 187LA 1C6CA 4WM3A 236LA 1OUHA 1QUTA 1B7RA 2YBLA 2NTGA 2YDGA 4LT1A 3GUKA 1F10A 1L19A 2LCBA 1LTMA 4I7OA 1KW7A 3HH4A 5KXYA 4DD7A 4Z46A 3AGIA 1OVKA 1OQMA 3IJUA 4NHTA 1HMKA 1LW9A 4ANRA 3NYAA 181LA 3FI5A 3FADA 1GF8A 3W6AA 3WUMA 1GPQC 5LAFA 2LC9A 1J1PY 5KXXA 3SBAA 3A67Y 4R0FA 4H9BA 3WXTA 188LA 4G4CA 4GRVA 3PBLA 3TMVA 1IP7A 3HDFA 4TX7A 1L52A 4CFOA 3WW6A 4W96A 1UIDA 4W55A 2D4KA 2BQJA 3OE9A 4DQ7A 2XTHA 2HULA 1ZMYL 153LA 3WUAA 1C63A 1LJHA 164LA 1YAMA 2YBMA 1BB4A 1L30A 4I7PA 4WO9A 1DKKA 4NG1A 243LA 4HTKA 4YEMA 223LA 2YBJA 4GLVA 3W6CA 1YAQA 1DI3A 4EPIA 4EKRA 1F6RA 1I20A 1CVKA 1YIKA 1LSPA 1V7SA 4ARMA 1LMNA 1XEPA 1LSGA 141LA 1L42A 3RUNA 2OE4X 2YBIA 5KXPA 1P2LA 1REZA 2AUBA 1I56A 3EO5A 1KXYA 1NMMA 4W58A 3ATOA 1NBYC 123LA 4H9HA 3L2XA 222LA 1LWKA 1G0KA 3M18B 1HFYA 5EBHA 2LZ2A 3DN8A 1GB0A 1P36A 4NHIA 4DYGA 5KXSA 1L75A 1OYUA 4B4JA 1JKBA 4E97A 4YM8A 1L11A 4TSBA 1BWIA 4ZFPA 4BAPA 1LSEA 1CV5A 5KXWA 219LA 1JISA 2RH1A 2MEEA 4NSJA 1JQUA 1L17A 213LA 1J1XY 1L73A 4WM1A 4EXMA 4OW1A 4DAJA 4NFVA 261LA 5E9RA 1P7SA 4I7KA 2CJLA 1XJTA 2Z19A 1BGIA 1CJ9A 1L55A 5KXMA 4LDLA 104LA 3GUOA 2YBHA 3RW8A 3CSRA 1LGXA 1L63A 4DD9A 4XJHA 1YL0X 159LA 1L62A 5I14A 4NGVA 1ALCA 1HEWA 7LZMA 1L05A 2MEIA 189LA 3DKEX 2I6ZA 253LA 2WARA 5LYZA 1G0PA 1IP6A 2HU3A 4DQ5A 210LA 4ZIXA 3AZ5A 4W52A 1OUFA 1DPWA 3AW7A 2ZWBA 1QT3A 3V2YA 4M6DA 214LA 1D2YA 4N1CC 1UIFA 1L23A 1L80A 4YOPA 241LA 5J7CA 2BAAA 1B5XA 4UWUA 1P64A 1DYEA 5F9UA 1QT7A 5B07A 4WM6A 3C83A 1DYBA 3HT6A 3B72A 1KXWA 1NF5A 4NSGA 1C69A 3MGWA 193LA 1LZ4A 3WXUA 1LPYA 3RU5A 1L43A 1OVJA 2HEFA 1XEIA 1WQOA 1P37A 4ETDA 2HEEA 1L29A 216LA 2CWIA 1G7LC 5KXOA 1QUGA 2FBDA 1LYOA 3WYHA 4EOFA 4W59A 4HSFA 4PRUA 225LA 1LHLA 140LA 3CT1A 1UIGA 1C62A 1D9WA 4NGWA 5HQ1A 1C64A 5DLAA 5KXLA 1CTWA 4H8ZA 4DWXA 1DKJA 1QSQA 173LA 1DQJC 4Z41A 1C66A 4XJDA 1YL1X 1L89A 2OE9X 3A34A 5LINA 148LE 4HJVA 1GBYA 1L31A 2HECA 4OWAA 157LA 1KXXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I8S A;  262L A;  2MEF A;  3PDS A;  3FI7 A;  2FBB A;  3C7W A;  1PQD A;  5KKI A;  3OE8 A;  1A4V A;  5LYT A;  4NGI A;  4O34 A;  2ZYP A;  3VW7 A;  3HT9 A;  4XJG A;  1DI4 A;  4NWE A;  1IOS A;  3K2R A;  2B7X A;  5APD A;  2OU9 A;  169L A;  3G3B B;  1SSW A;  1GB6 A;  1NBZ C;  1GBO A;  1W6Z A;  185L A;  1L59 A;  2Q9D A;  1L77 A;  2YSS C;  4I7N A;  3HBH A;  4TSC A;  4LYO A;  4I7Q A;  1NQI A;  1IOC A;  3P65 A;  1PQM A;  1I6S A;  3WMK A;  1A2Y C;  1YQV Y;  1UIA A;  2Q9E A;  1SX7 A;  1JJ3 A;  1KY0 A;  4YXA C;  3GUM A;  3HU8 A;  1L95 A;  1LYS A;  4H8X A;  1FKV A;  1IIZ A;  4QDN A;  3ZVQ B;  2B75 A;  3HUK A;  251L A;  4W54 A;  1C6M A;  5LVK A;  1DYD A;  1L38 A;  4DD1 A;  1RI8 B;  163L A;  2DQJ Y;  4H9E A;  1GHL A;  2BQC A;  2O7A A;  4C3W A;  4G4H A;  3SP3 A;  4ARQ A;  1HC0 A;  1OP9 B;  1IEE A;  2BPU A;  3LYO A;  3CB7 A;  4U3X B;  1JTT L;  3VWO A;  1LZE A;  2Q0M X;  4X3B A;  3GUI A;  1L28 A;  1P2C C;  1LKR A;  2DQC Y;  1IOQ A;  3T36 A;  1BVK C;  2HEB A;  4IJ4 A;  5LVG A;  4WMG A;  4EMN A;  152L A;  3DMZ A; 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