4I7TA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-bromo-5-hydroxybenzaldehyde bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7tA00
1P2LA 3SN6R 1LW9A 2B6YA 1L94A 1L91A 3NY8A 158LA 4ZPUA 2B6ZA 1SX7A 1QTVA 186LA 1KW7A 4EPFA 3NYAA 1CV6A 1C6NA 1C65A 1C67A 1QS9A 1OV7A 3F9LA 4I7PA 3SB5A 3CDRA 1L64A 4EKRA 140LA 3G3WA 3GUJA 155LA 1QTBA 1T8AA 1C6HA 242LA 3HDEA 1CU0A 1C6IA 1C68A 1L73A 1C6AA 259LA 1DYGA 2NTGA 1L04A 224LA 149LA 109LA 1PQDA 2F32A 2OE7X 1WTHA 2RAZX 1L65A 1L0KA 3K2RA 3V2YA 2O7AA 3DN1A 1OVHA 223LA 1L35A 152LA 1OWYA 1L07A 3PDSA 2RH1A 118LA 213LA 1L46A 1L87A 3HU8A 1G07A 129LA 1C6EA 1DYDA 218LA 2OE9X 1C6CA 1CX7A 1L70A 1L47A 4EXMA 127LA 3DN2A 1OYUA 257LA 1L52A 1L00A 1L24A 2LZMA 3SBBC 1L25A 222LA 4K5YA 104LA 1SWZA 2OE4X 1P6YA 4E97A 1LI6A 1D2WA 1LYEA 2QARC 1L86A 217LA 1QUDA 142LA 1L06A 4I7LA 1QT8A 4I7NA 4W52A 1G0PA 1L59A 4DAJA 254LA 235LA 184LA 4GRVA 108LA 1L72A 139LA 238LA 262LA 1D3JA 3FADA 250LA 3FA0A 3DN8A 1ZURA 2O79A 3OE8A 3HTBA 161LA 3HT8A 212LA 2RAYX 234LA 228LA 1C6LA 4LDOA 1L81A 102LA 1L55A 3HT7A 1L97A 4DKLA 120LA 1C6FA 1L20A 3C8QA 1PQOA 261LA 1LI3A 1L63A 159LA 2OU9A 4W56A 1CV3A 1I6SA 1G0QA 1L99A 1C62A 1L22A 1ZWNA 2B74A 192LA 1L26A 3DN3A 2A4TA 160LA 1L14A 7LZMA 3C7WA 1LGWA 2Q9DA 1C6GA 1G06A 4ARPA 2RBQA 2QB0B 4W54A 1SSYA 1T6HA 107LA 1C6DA 4I7JA 245LA 1QT4A 198LA 2RBRA 1L19A 1JTMA 3F8VA 1G0GA 1LWKA 3SB8A 260LA 3RUNA 1LYFA 3GUNA 3GUIA 1CU6A 229LA 151LA 2OEAX 226LA 4ARMB 3JR6A 189LA 230LA 1XJTA 1L10A 240LA 256LA 2OU8A 1G0KA 3DMZA 1L05A 2O4WA 258LA 1C66A 2Z6BA 3HUKA 1DYBA 4PJZA 248LA 220LA 1L74A 1L83A 196LA 1C6KA 3DN0A 1QTDA 1PQMA 1L80A 206LA 1L12A 4EKQA 1OVJA 3RZEA 2L78A 3ODUA 111LA 2RB1X 3HH3A 1L13A 1L60A 131LA 3HUQA 4ARQB 1L45A 1L31A 181LA 3DMXA 5LZMA 1L77A 3HU9A 1L57A 1L93A 3NY9A 1LYJA 1L16A 1L38A 2HULA 3OE6A 3HH6A 209LA 1DYAA 1LYHA 145LA 1DYFA 1C6TA 1L79A 1L09A 3OE9A 1DYEA 2B75A 2RBSA 249LA 188LA 214LA 180LA 2F47A 1G0MA 215LA 3DMVA 219LA 1CU3A 1P2RA 167LA 4ARJA 221LA 3LZMA 146LA 122LA 3C8SA 199LA 3L64A 3HUAA 1CU5A 1L29A 1L84A 1L92A 1G1VA 1KW5A 4EPIA 1D9WA 252LA 1C6JA 247LA 241LA 4GBRB 130LA 1C6QA 1L49A 3SBAA 1P36A 1L43A 4LDLA 191LA 2OU0X 1KY0A 1C6PA 210LA 183LA 1JTNA 4YX7C 1QSBA 4EKPA 1QTCA 172LA 1L51A 1QTZA 1C63A 2LCBA 3GUOA 1P46A 171LA 1EPYA 1QS5A 1PQJA 2F2QA 1P37A 1CTWA 1L03A 200LA 187LA 4PK0A 1L90A 1L21A 2HUMA 255LA 1L89A 2B6WA 4YXAC 112LA 231LA 1L50A 3C7YA 1L82A 1L39A 2RB2X 1ZYTA 1L58A 1SWYA 3HTFA 1L95A 1CUPA 1LGXA 4I7OA 1KY1A 197LA 4W53A 253LA 3C81A 1T97A 1OVKA 3C83A 1P7SA 1L15A 1P3NA 4S0WA 113LA 1C60A 211LA 2B70A 1L34A 165LA 156LA 1CV1A 2LC9A 3CDVA 3DN6A 1L62A 1L30A 227LA 1P5CA 3HH4A 1L75A 2RBPA 1QT5A 169LA 1CVKA 1DYCA 1QT3A 1L28A 3HT6A 166LA 1QTHA 1L08A 2ANVA 147LA 1K28A 176LA 1G0LA 4I7SA 4I7RA 4IAPA 1L40A 2OTZX 1D3FA 205LA 1L0JA 2RB0X 1L56A 3DNAA 1OWZA 125LA 1L18A 144LA 1LGUA 1KNIA 1G1WA 1QSQA 6LZMA 3DN4A 4EJ4A 128LA 1SSWA 103LA 175LA 3V2WA 3CDTA 3QAKA 3DKEX 1L71A 2IGCA 1L76A 4LDEA 1CU2A 4ARMA 1KS3A 1L01A 3HTGA 4W55A 138LA 5I14A 119LA 3SB9A 3C82A 1C6BA 1TLAA 3HDFA 185LA 3FI5A 232LA 3C8RA 243LA 1LPYA 3GUMA 4OO9A 173LA 168LA 3G3VA 1L42A 178LA 3CDQA 1QT6A 1L69A 1CUQA 4EKSA 115LA 174LA 1L88A 150LA 2NTHA 1L54A 1PQKA 1L66A 4I7MA 4YXCA 3C7ZA 1L68A 4ARLA 4ARQA 4I7QA 1QUHA 126LA 1L98A 225LA 1CV4A 236LA 3GULA 1L37A 2RBNA 1L85A 1OV5A 157LA 143LA 201LA 3GUKA 2B6XA 162LA 1D2YA 1L11A 1L41A 1L44A 1L36A 1G0JA 1L23A 1LI2A 1XEPA 195LA 233LA 1QT7A 1LYDA 1C64A 1P64A 110LA 1C6MA 164LA 246LA 2OTYX 182LA 2HUKA 3L2XA 1QUGA 1L32A 1L67A 1NHBA 1JQUA 4W59A 1C69A 3OE0A 190LA 2ANXA 1CV0A 3D4SA 1CV5A 3EMLA 1L48A 1T8FA 1P56A 4AQNA 1T8GA 1XJUA 3G3XA 3SB7A 114LA 1QUOA 4I7KA 1D3MA 141LA 251LA 1L96A 3VW7A 237LA 1LWGA 1L61A 3HH5A 1L53A 1SX2A 239LA 3HTDA 2Q9EA 123LA 137LA 4DJHA 3HT9A 4I7TA 2B72A 1LYGA 1D3NA 170LA 148LE 1L17A 3C80A 216LA 1LLHA 3PBLA 1C61A 163LA 3UONA 3SB6A 2CUUA 3HWLA 2B7XA 2RBOA 4W51A 1PQIA 4LZMA 3CDOA 3GUPA 1L02A 1B6IA 1L33A 1CX6A 244LA 2B6TA 1L27A 1LYIA 2B73A 4W57A 4W58A 177LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P2LA 4DQJA 4OWCA 1B0DA 4MSTA 5DN5A 1QTVA 4NSIA 3AW6A 1GBXA 1JTPL 1C65A 4NG8A 1BQLY 3EXDA 1L64A 3WU8A 4EKRA 3G3WA 2MEGA 1IC5Y 4H9BA 242LA 4LT1A 5C6IA 5KXKA 149LA 1DI5A 4WM1A 2OE7X 4OWBA 2YBNA 1C45A 5FELA 1L35A 4DQ7A 3D9AC 1GFJA 4L41A 1QDRA 4I8SA 1JKBA 213LA 2GV0A 3RNXA 4OOTA 3TXHA 4XJGA 218LA 1CX7A 3N9EA 1OYUA 4DDCA 5KXMA 1L24A 1L25A 104LA 1HC0A 5II3A 1HMLA 3LZ2A 1L06A 4W52A 1B7NA 4DAJA 254LA 2I6ZA 184LA 1HHLA 262LA 2I25L 1IX0A 4GCBA 1EL1A 3FA0A 3DN8A 1ALCA 1DPWA 1ZURA 4H9EA 1HFZA 3HTBA 1AM7A 5LYTA 4LDOA 1VDTA 154LA 102LA 1L55A 1TCYA 2ZILA 4IJ4A 1JTTL 5JENB 4DKLA 2YBMA 1PQOA 1I20A 159LA 4DQ5A 1IIZA 1IWXA 4LYOA 1D6QA 5B59A 1C62A 3DN3A 1ZWNA 192LA 2FYCA 4LYMA 160LA 1L14A 1JJ0A 1G7MC 7LZMA 1LZ8A 1FDLY 4B4EA 3C7WA 1LGWA 1YKYX 5I4XA 2Q9DA 1GB7A 2BQJA 4ARPA 4HJVA 4PGJB 1SSYA 4I7JA 4H1PA 1JTMA 1G0GA 3SB8A 1G7LC 1REMA 1D0LA 5LVJA 4BAFA 3JR6A 230LA 1L10A 240LA 5F9XA 4NHQA 1B5XA 1G0KA 2Z39A 1C66A 2DQDY 4PJZA 1L83A 196LA 5HMVA 4XJBA 1NBYC 4XYYA 1LYZA 4WO9A 4UWNA 3WPJA 3ODUA 111LA 1GBOA 2RB1X 4BAPA 4ARQB 4DD0A 4XADA 4M4OA 1L77A 4LFPA 1FLQA 3P68A 2H9KA 3LN2A 1L38A 4QGZA 2F30A 3HH6A 1LCNA 4J1AA 145LA 1L79A 3ZVQB 188LA 2F47A 1G0MA 215LA 219LA 5KXWA 1FN5A 4LYBA 2ZQ3A 3OK0A 3HUAA 1NDMC 2W1LA 4EPIA 1GBYA 1C6JA 5FSTA 241LA 1YANA 1C6QA 1P36A 1LYYA 2D4IA 2OU0X 2ZNXY 1LJHA 1JTNA 1L51A 1QTZA 4BS7A 2Z19A 1YAPA 1G7JC 1QS5A 1P37A 1L03A 1GBZA 2HUMA 1L90A 4NGLA 1L89A 112LA 3C7YA 4N9RA 2RB2X 1ZYTA 1L58A 1SWYA 1IR9A 5L9JA 1O23A 4NGZA 4OW1A 1IP6A 1OVKA 3TXGA 3AGIA 1XEIA 1B7RA 1HENA 3WPKA 156LA 1CV1A 1LMAA 4Z3MA 3DN6A 3AW7A 1L75A 1IWTA 4WM4A 1CVKA 1QT3A 1QTHA 3CSZA 1QTEA 2ANVA 147LA 1K28A 1DKJA 1GF8A 1VFBC 1CJ9A 3A90A 2OTZX 1WTMA 1B7LA 1IP1A 2NWDX 2YBIA 1L18A 1LJ3A 3N9CA 3CB7A 175LA 5F81A 3CDTA 1YILA 4OWHA 1INUA 1L76A 4LDEA 4NWHA 1LSFA 1L01A 3HTGA 1JPOA 134LA 119LA 1GWDA 3GUMA 4O34A 3CDQA 2Z2FA 1L69A 5KKIA 5LIOA 174LA 4XJFA 4CGEA 1YL1X 1PQKA 1GF4A 2HEDA 4D9ZA 2DQJY 1IOSA 1J1PY 126LA 1CV4A 4RLMA 1LMNA 236LA 4RW2A 1WQNA 2RBNA 157LA 3K3TA 2Z37A 2BQDA 1L11A 1L36A 1L23A 1LKSA 5LVGA 1GE0A 1LMOA 4NGWA 1QT7A 4KL7A 2ZWBA 5A3ZA 1C64A 1P64A 110LA 2OTYX 1QTKA 5KY1A 4KXIA 1XGQC 5KXXA 1L32A 1L67A 1NHBA 1JQUA 1LZ1A 5AMYA 3OE0A 1IP2A 190LA 1RCMA 2LYOA 1CV5A 1LZ5A 4H9IA 4WO6A 4G4CA 1T8GA 5K7OA 4I7KA 4CJ2A 2XQOA 1L53A 4Z41A 1SX2A 4ETAA 4H93A 4LT0A 3CSRA 5KXLA 3TXEA 4NGOA 1WQMA 4I7TA 1D3NA 4OOOA 2MECA 3WMKA 3C80A 5HNLA 4H8YA 1LLHA 3AZ6A 3CT5A 3WU9A 2CUUA 1B5UA 3B0KA 4W51A 4XN6A 3CDOA 5LA8A 3GUPA 3TXIA 2B6TA 3FE0A 4HJZA 4YOPA 1ZVHL 4W58A 1LYOA 1L91A 5M1YA 1OUDA 4LYZA 1LZBA 1SX7A 186LA 1BVXA 4EPFA 1C6NA 1QS9A 3F9LA 1ZMYL 1OUAA 1HEMA 1GAZA 1YL0X 4WM6A 2CJLA 3GUJA 2MEIA 1T8AA 1C6HA 2YBLA 5LAGA 4QEQA 3TMXA 1QSAA 1LSMA 1EQ4A 5L3HA 4NSHA 109LA 1PQDA 2Z38A 3SP3A 3K2RA 3V2YA 2O7AA 1OVHA 223LA 152LA 4LZTA 4H9CA 1L07A 1VDSA 2RH1A 2HEFA 4N0JA 2XBSA 118LA 4YM8A 1L46A 1KXYA 3WUMA 1DYDA 2OE9X 2DQGY 1OUBA 1L70A 1L47A 4EXMA 1FLWA 257LA 1L52A 3WU7A 2LZMA 3WUAA 1P6YA 1REXA 2DKVA 5KXYA 3WVYA 2HU1A 1H6MA 4I7NA 1L59A 3IJVA 4WLTA 7LYZA 4H8ZA 3A96A 139LA 1GF6A 1LJNA 1N4FA 4NGVA 1W6ZA 4WL6A 2RAYX 3KAMA 1C6LA 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1QT5A 1EQEA 1L28A 2HTXA 3AZ4A 166LA 3IWRA 4DT3A 1L40A 2VB1A 1LSDA 1WTNA 1D3FA 1KIQC 2RB0X 1YQVY 3P64A 125LA 4WM3A 1D0KA 1LJGA 1G1WA 1TDYA 3DN4A 4Z98A 128LA 103LA 5DLAA 4YF2A 1RI8B 3QAKA 1HSWA 3DKEX 2IGCA 1CU2A 4W55A 1VDPA 138LA 3SB9A 1C6BA 1TLAA 1GEZA 4N1EI 1UIEA 185LA 1LSNA 1IWUA 1JWRA 3VWOA 173LA 1L42A 178LA 1HERA 4NHIA 3QNGA 4EKSA 4J0LA 1IWZA 1NHEA 1B7MA 2BQFA 4YXCA 1GHLA 4ARLA 1L98A 225LA 1XGRC 3GULA 2B5ZA 4QDNA 5FHWA 1L37A 2BLYA 2D6BA 2W1MA 1LTMA 3GUKA 4U3XB 1BWHA 1LSZA 233LA 4LT2A 246LA 1C6MA 164LA 1HFYA 2G4QA 182LA 1QUGA 4H94A 1BWJA 2HEEA 5IDDA 3TXKA 1C69A 1GFVA 1LHJA 1LMQA 1P56A 1XJUA 1YKZX 3G3XA 114LA 4EMNA 1D3MA 141LA 3OJPA 1YKXX 1L96A 1LHIA 2EPEA 3TMWA 1BHZA 2CDSA 1B7OA 1IWYA 3A94A 4NGJA 1QUSA 2Z18A 4C3WA 2DQEY 123LA 1H87A 1GFAA 4DJHA 5KXNA 2B72A 5DL9A 4G49A 216LA 3PBLA 163LA 1GPQC 3UONA 3SB6A 2RBOA 4LZMA 1B6IA 1UBZA 3P65A 1IO5A 1UC0A 4TX7A 1ZV5L 1LYIA 1JTOL 3A3RX 177LA 2B6YA 1L94A 3HBEX 1KIPC 6LYZA 4GCCA 1OP9B 4ZPUA 2B6ZA 1LJEA 1OUIA 3WXUA 2ZQ4A 3NYAA 1CV6A 1C67A 1OV7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1P2L A;  4DQJ A;  4OWC A;  1B0D A;  4MST A;  5DN5 A;  1QTV A;  4NSI A;  3AW6 A;  1GBX A;  1JTP L;  1C65 A;  4NG8 A;  1BQL Y;  3EXD A;  1L64 A;  3WU8 A;  4EKR A;  3G3W A;  2MEG A;  1IC5 Y;  4H9B A;  242L A;  4LT1 A;  5C6I A;  5KXK A;  149L A;  1DI5 A;  4WM1 A;  2OE7 X;  4OWB A;  2YBN A;  1C45 A;  5FEL A;  1L35 A;  4DQ7 A;  3D9A C;  1GFJ A;  4L41 A;  1QDR A;  4I8S A;  1JKB A;  213L A;  2GV0 A;  3RNX A;  4OOT A;  3TXH A;  4XJG A;  218L A;  1CX7 A;  3N9E A;  1OYU A;  4DDC A;  5KXM A;  1L24 A;  1L25 A;  104L A;  1HC0 A;  5II3 A;  1HML A;  3LZ2 A;  1L06 A;  4W52 A;  1B7N A;  4DAJ A;  254L A;  2I6Z A;  184L A;  1HHL A;  262L A;  2I25 L;  1IX0 A;  4GCB A;  1EL1 A;  3FA0 A;  3DN8 A;  1ALC A;  1DPW A;  1ZUR A;  4H9E A;  1HFZ A;  3HTB A;  1AM7 A;  5LYT A;  4LDO A;  1VDT A;  154L A;  102L A;  1L55 A;  1TCY A;  2ZIL A;  4IJ4 A;  1JTT L;  5JEN B;  4DKL A;  2YBM A;  1PQO A;  1I20 A;  159L A;  4DQ5 A;  1IIZ A;  1IWX A;  4LYO A;  1D6Q A;  5B59 A;  1C62 A;  3DN3 A;  1ZWN A;  192L A;  2FYC A;  4LYM A;  160L A; 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