4I7TA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-bromo-5-hydroxybenzaldehyde bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7tA00
258LA 3HUKA 189LA 199LA 156LA 1QSQA 1LI2A 118LA 1LYHA 213LA 1L68A 1TLAA 3GUKA 104LA 4OO9A 232LA 4ARQA 1CVKA 178LA 1C6NA 1L46A 1KNIA 1C6PA 1C6KA 1LYGA 223LA 1L73A 1L27A 1L67A 3OE8A 103LA 3DN6A 145LA 109LA 1OVJA 1L42A 174LA 1L12A 1PQKA 4EPIA 1CV3A 4W57A 1L34A 1G0LA 1L23A 185LA 1SWYA 1QSBA 1G0JA 238LA 113LA 4YXAC 1QTCA 119LA 1CV6A 231LA 261LA 1G1WA 3CDVA 4IAPA 1LYDA 3SB5A 4ARPA 4GRVA 1L81A 198LA 2OTYX 2Q9EA 3F8VA 3SBAA 3SBBC 1L00A 1C6CA 1D2WA 1C6GA 157LA 1JTNA 4PJZA 217LA 3L64A 1CUPA 1P2LA 1QUHA 1L0JA 1OV7A 3OE0A 1CU5A 1QT5A 1CTWA 1L63A 2OU8A 235LA 4W51A 1L94A 1L18A 4ARMB 191LA 188LA 1L49A 1DYGA 2B72A 1L35A 255LA 3HTGA 1P2RA 1KY0A 1P7SA 1P5CA 1L61A 3C81A 3GUJA 254LA 2OE4X 1C6EA 4LDOA 1OYUA 2F32A 1QS9A 2RB0X 4W58A 180LA 1L10A 218LA 138LA 163LA 201LA 169LA 1KW7A 2L78A 3HDFA 2B7XA 1QT4A 1QS5A 240LA 1L77A 1C6IA 1L02A 221LA 4I7TA 209LA 2OU9A 1LGWA 195LA 1EPYA 1SWZA 1L41A 252LA 3HH3A 1PQJA 1L97A 196LA 206LA 4I7SA 259LA 1CU6A 3G3XA 1QT3A 1L09A 3HT9A 140LA 1PQMA 1L66A 1L43A 2LC9A 1SSYA 187LA 229LA 2RH1A 122LA 129LA 1QUOA 3DNAA 1D3MA 139LA 234LA 1L08A 3L2XA 110LA 1WTHA 1L16A 4I7PA 1G0PA 192LA 168LA 3EMLA 1P46A 3OE6A 4ARMA 141LA 1L87A 3GUIA 1JQUA 1L74A 1LYJA 2ANVA 1L44A 3FA0A 1OWYA 1P37A 2LCBA 1L95A 1QTHA 3RUNA 2B6WA 3HTFA 137LA 2OTZX 1D2YA 3VW7A 4I7MA 186LA 1C6QA 4YX7C 1L93A 241LA 2RBNA 3C8RA 164LA 219LA 3GUPA 1G0KA 2B6YA 1L03A 215LA 227LA 1L31A 3HH6A 3C83A 183LA 1LYEA 1L26A 1L04A 1L57A 6LZMA 158LA 3GUNA 4I7JA 2OU0X 1G0QA 176LA 4EJ4A 1L83A 1L01A 1CV4A 1C6FA 1LWKA 3C7YA 4ARJA 3JR6A 2A4TA 3LZMA 2QB0B 120LA 3DKEX 1C60A 2B6XA 3DN4A 3F9LA 7LZMA 1LW9A 3V2WA 1L07A 1LLHA 126LA 1C62A 2RBRA 1OVHA 143LA 1C64A 1D9WA 3D4SA 4W52A 155LA 3GUOA 222LA 1L92A 4AQNA 1L75A 2F2QA 246LA 2IGCA 1G06A 4EXMA 125LA 1L53A 1C68A 3DMXA 4EKQA 2LZMA 3CDRA 1C6JA 212LA 114LA 220LA 102LA 1PQOA 159LA 1L79A 1LYFA 4YXCA 253LA 3HH4A 1L72A 4DJHA 175LA 111LA 3V2YA 1QTBA 4EKSA 1L24A 1OWZA 1P56A 1C6MA 1L90A 3SB9A 4W53A 3GUMA 1L21A 226LA 123LA 170LA 1L29A 3SB8A 1ZURA 2O7AA 1L05A 4I7OA 184LA 1C6TA 1L39A 3FI5A 1L64A 1C63A 247LA 1PQDA 112LA 4ARQB 172LA 1QT6A 251LA 1SX7A 1LGUA 142LA 1L19A 3PDSA 167LA 4W59A 1PQIA 144LA 1K28A 166LA 2B74A 2RB2X 1CU3A 4W56A 162LA 1QT7A 1T8GA 2HUMA 1L60A 1P6YA 1L86A 2Z6BA 3CDQA 3DMZA 1T8FA 3C7WA 3HWLA 2B73A 216LA 1KS3A 147LA 1DYAA 3K2RA 233LA 1L0KA 4I7RA 4E97A 1CU0A 2RB1X 1JTMA 1L15A 1XEPA 1L54A 2RBQA 4EKRA 1L40A 173LA 165LA 1D3FA 2RAYX 1CUQA 3FADA 127LA 1G0MA 3RZEA 1L13A 3HU9A 3G3VA 1L70A 3CDOA 2B75A 1C6AA 2RBSA 210LA 245LA 200LA 1B6IA 4LZMA 1ZWNA 2HUKA 1QUDA 3HT7A 1CV0A 1L25A 1L48A 2QARC 242LA 151LA 1CV1A 4W54A 4I7NA 1CV5A 1L20A 1KY1A 181LA 1L38A 4I7KA 190LA 1DYEA 1P36A 2OEAX 225LA 4LDEA 1QTZA 4EPFA 3SN6R 224LA 1C6LA 1L71A 205LA 3HTDA 2ANXA 1CX6A 1T97A 1LI3A 1CU2A 237LA 1L11A 1ZYTA 2RBOA 152LA 4ZPUA 1G0GA 228LA 108LA 1OVKA 4LDLA 1L45A 1L89A 257LA 1I6SA 146LA 211LA 3ODUA 1L36A 1LWGA 3QAKA 1QT8A 1L84A 1LGXA 3CDTA 131LA 1L91A 2RAZX 4PK0A 3SB7A 1L62A 1SX2A 3DN3A 3C8QA 171LA 130LA 244LA 4S0WA 1C61A 2NTGA 1L33A 4I7QA 1C67A 1L30A 1C6HA 4DKLA 1L37A 5I14A 1T6HA 1L55A 1L99A 1DYFA 2NTHA 250LA 2HULA 1L58A 107LA 1DYCA 3NY8A 4ARLA 3HTBA 4DAJA 115LA 1OV5A 1NHBA 1L82A 150LA 3OE9A 1P3NA 1XJTA 3DN1A 177LA 1C65A 1L52A 3HT8A 128LA 1L14A 3C7ZA 1SSWA 1C66A 1DYBA 1L76A 1P64A 2CUUA 1L96A 3GULA 1L88A 1DYDA 236LA 1L51A 2OE9X 3DMVA 4GBRB 1C6DA 1L59A 1T8AA 2F47A 3HT6A 2RBPA 1L80A 1D3NA 4I7LA 3C82A 1L47A 1QUGA 3DN8A 3HU8A 1L65A 1L06A 262LA 148LE 1L85A 3DN2A 1QTVA 1C69A 243LA 1KW5A 1LPYA 3DN0A 1QTDA 197LA 3HUAA 3SB6A 1LI6A 2O4WA 230LA 2O79A 3C80A 3C8SA 2B6ZA 4EKPA 1L98A 2B6TA 1XJUA 161LA 1D3JA 1CX7A 1L22A 1L17A 3UONA 1L56A 248LA 214LA 4K5YA 5LZMA 249LA 3G3WA 1L28A 3HDEA 1L69A 149LA 1G1VA 1L50A 3HUQA 3NYAA 1L32A 160LA 4W55A 239LA 2OE7X 3HH5A 1G07A 2Q9DA 3PBLA 256LA 1C6BA 3NY9A 182LA 2B70A 1LYIA 260LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CNSA 2BQJA 189LA 1GD6A 1JJ3A 1LI2A 118LA 1LYHA 1LZ8A 213LA 1TLAA 1GBXA 104LA 4ARQA 4OWBA 1KNIA 2BQNA 3J6KA 3J4GA 4NHPA 1MLCE 1FBIX 1L67A 1LZ1A 3AGIA 109LA 1RFPA 2A7FA 1G7IC 1LZTA 2BQKA 1G0LA 4XJGA 3RT5X 4J1AA 2C8OA 113LA 1LJNA 1QTCA 2BQIA 1XGQC 4ARPA 1GBWA 1AZFA 4H9FA 4YF2A 3SBAA 2G4NA 1C6GA 157LA 1D6QA 1JTNA 2D91A 1CUPA 1LMCA 1CU5A 4FJRA 4QGZA 2Z12A 1CJ8A 4WOAA 2HUBA 1IOCA 4ARMB 4BADA 188LA 1HF4A 2B72A 4GN3A 1GFKA 2ZNWY 4NEBA 2G4PA 1LZEA 5F81A 254LA 1OUGA 1QUSA 1XGPC 2OE4X 1C6EA 5C6JA 4LDOA 1OYUA 1QS9A 1L10A 218LA 201LA 4HJZA 3HDFA 2B7XA 1LJ3A 240LA 4DC4A 1LSYA 1DZBX 2FBBA 2ZQ4A 4TX7A 1JISA 2I26L 1LZDA 4KT3A 4UWUA 195LA 252LA 3HH3A 1L97A 3WYHA 1OUHA 1CU6A 2BQMA 1FLQA 140LA 3HBHA 1SSYA 187LA 1DQJC 1HSXA 2RH1A 3W6EA 4DQ5A 1GFTA 132LA 1DI4A 3L2XA 1GDXA 1L16A 4ETEA 2D6BA 3A34A 4NHTA 3OE6A 1GPQC 5ILFA 4ARMA 2F2NA 5AMYA 1OWYA 1P37A 1LKRA 1QTHA 3K3TA 1D2YA 2IHLA 4IATA 1B9OA 3TXFA 1CKFA 164LA 219LA 1HEOA 4I8SA 3WUAA 4HSFA 1CKGA 3CT5A 1JTTL 1L31A 1G7HC 2H5ZA 183LA 3W6DA 3GUNA 2G4QA 1OUDA 1QSAA 1SLYA 3LZMA 2QB0B 1LZ4A 3WUMA 3TMWA 4GLAA 3F9LA 1LW9A 1L07A 126LA 1C62A 1OVHA 143LA 5HNCA 5K7OA 3D4SA 2ZWBA 4W52A 5B05A 1GF7A 3GUOA 4BAFA 4KXIA 1L53A 1C68A 1LSZA 3ULRA 1C6JA 4NSIA 4XADA 3A93A 3D3DA 3A3RX 5C6IA 4M6DA 1DXJA 1GFJA 1QTBA 2PC2A 1C6MA 3WW5A 154LA 4PRUA 1JJ0A 1NHEA 3GUMA 5KXOA 1ZVHL 5DM9A 226LA 2YSSC 1GB8A 1DI3A 4N0JA 3WW6A 4PPOA 1ZURA 184LA 4LYCA 1C63A 247LA 4Z98A 3M3UA 3A95A 1J1PY 3WU9A 4QY9A 1L19A 4W59A 2ZQ3A 5APFA 1K28A 2RB2X 1NDGC 1BB4A 1KXWA 162LA 4GN4A 3CDQA 1QT7A 1T8GA 1WQMA 1L86A 2Z6BA 5D5FA 1JITA 3HWLA 1OUEA 2Z37A 147LA 1GF8A 3ZVQB 5E9RA 233LA 1GAZA 2RB1X 3MGWA 1XEPA 165LA 127LA 1I56A 1G0MA 2ZYPA 1IWXA 3RZEA 1L13A 3HU9A 3G3VA 208LA 1C6AA 2RBSA 1ZWNA 2HUKA 1QUDA 3HT7A 1CV0A 1L25A 4WM4A 1J1OY 4I7NA 5B1GA 1GWDA 1F0WA 190LA 1LSDA 1DYEA 2OEAX 4PRQA 1IWWA 4HP0A 3LYOA 3SN6R 224LA 1C6LA 4H90A 205LA 4YM8A 1LSEA 1LYZA 237LA 4XJIA 1V7TA 4ZIXA 3FI7A 2RBOA 4H94A 152LA 1FN5A 4G9SA 257LA 1D0KA 3ZVQA 4WG1A 2W1XA 1NQIA 4TTDA 1DKKA 5LYTA 4PK0A 2Z38A 133LA 4LT3A 1JKAA 1IY3A 1SX2A 1EQ4A 1XGUC 3C8QA 171LA 130LA 1LHKA 244LA 4S0WA 5KXLA 2BQAA 3ATOA 1T6HA 1HELA 2Q0MX 250LA 2HULA 1L58A 1OUFA 5IDDA 1DYCA 5I4YA 4ARLA 3HTBA 1D0MA 1GE3A 1D6PA 4J0LA 5I4WA 3WULA 4ET8A 3T36A 2EIZC 207LA 4GBRB 3CSQA 4LYOA 4LGKA 1L80A 5FSTA 3C82A 5KXXA 1QUGA 1GBYA 3DN8A 2Z2FA 2ZILA 1BVKC 3DN2A 5LVIA 1HFXA 4RW1A 5HLLA 3A91A 2DBTA 1ZVYB 1LI6A 3VWOA 230LA 4NGLA 3C8SA 6LYTA 4EKPA 1XJUA 2BQFA 161LA 2LZ2A 1L22A 4Z41A 4HTQA 4HTKA 1VAUA 2BQOA 4OOTA 1IP2A 1G1VA 1JPOA 2BLXA 4N5RA 1L32A 160LA 2OE7X 1WQPA 5B59A 1IC7Y 2Q9DA 1LJHA 2DQCY 3HUKA 5LVGA 4XYYA 4BS7A 156LA 2ZYCA 1QSQA 1GAYA 1OUAA 4OO9A 1CVKA 2D4IA 1LJIA 2HU3A 1CJ6A 103LA 3W6AA 1UA6Y 4NSHA 1JIYA 1WTNA 2YDGA 1CV3A 4W57A 185LA 1SWYA 4LYBA 1IOSA 1G0JA 5F14A 4NSJA 4YXAC 4X3BA 4RW2A 1CV6A 3AZ4A 261LA 4WO6A 1OUCA 4QEQA 5LAFA 3SBBC 3W6FA 3TXHA 2I25L 1MELL 4PJZA 2BQCA 217LA 1LCNA 3L64A 4WL6A 1L0JA 1LSAA 1OV7A 3OE0A 4H8XA 1QT5A 4MR1A 4GN5C 1B7LA 4RDSA 2EQLA 4NHIA 1A2YC 3IWRA 191LA 4NHQA 2DQGY 1L35A 1TBYA 2ZIKA 1KIQC 1KY0A 1P2RA 1P7SA 1UIDA 1C45A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CNS A;  2BQJ A;  189L A;  1GD6 A;  1JJ3 A;  1LI2 A;  118L A;  1LYH A;  1LZ8 A;  213L A;  1TLA A;  1GBX A;  104L A;  4ARQ A;  4OWB A;  1KNI A;  2BQN A;  3J6K A;  3J4G A;  4NHP A;  1MLC E;  1FBI X;  1L67 A;  1LZ1 A;  3AGI A;  109L A;  1RFP A;  2A7F A;  1G7I C;  1LZT A;  2BQK A;  1G0L A;  4XJG A;  3RT5 X;  4J1A A;  2C8O A;  113L A;  1LJN A;  1QTC A;  2BQI A;  1XGQ C;  4ARP A;  1GBW A;  1AZF A;  4H9F A;  4YF2 A;  3SBA A;  2G4N A;  1C6G A;  157L A;  1D6Q A;  1JTN A;  2D91 A;  1CUP A;  1LMC A;  1CU5 A;  4FJR A;  4QGZ A;  2Z12 A;  1CJ8 A;  4WOA A;  2HUB A;  1IOC A;  4ARM B;  4BAD A;  188L A;  1HF4 A;  2B72 A;  4GN3 A;  1GFK A;  2ZNW Y;  4NEB A;  2G4P A;  1LZE A;  5F81 A;  254L A;  1OUG A;  1QUS A;  1XGP C;  2OE4 X;  1C6E A;  5C6J A;  4LDO A;  1OYU A;  1QS9 A;  1L10 A;  218L A;  201L A;  4HJZ A;  3HDF A;  2B7X A;  1LJ3 A;  240L A;  4DC4 A;  1LSY A;  1DZB X;  2FBB A;  2ZQ4 A;  4TX7 A;  1JIS A;  2I26 L;  1LZD A;  4KT3 A;  4UWU A;  195L A;  252L A;  3HH3 A;  1L97 A;  3WYH A;  1OUH A;  1CU6 A;  2BQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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