4LYBA

Cds within a lysoyzme single crystal
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Enhanced and tunable fluorescent quantum dots within a single crystal of protein
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lybA00
3VWOA 1HSXA 2ZYCA 1Z55A 1REXA 4NY5A 1CKHA 4LFPA 4J1AA 4N5RA 4DDCA 1BVXA 4NHQA 5B1FA 3OK0A 5LAGA 1GF4A 1V7SA 4AGAA 1XEIA 1OUEA 3A34A 2PC2A 2FBDA 4HJVA 2Y8PA 133LA 4OWHA 3ZVQB 1C08C 4QDNA 4DWXA 2BQNA 2YBNA 4HJYA 5KJ9A 1LZTA 1B2KA 208LA 1YROA 1B7OA 1QTKA 4CGEA 5I4XA 1LJ3A 1JSEA 5I4WA 2LHMA 4H9EA 1DPXA 2Z37A 4LYCA 4N9RA 1HENA 1YANA 1VDQA 2AUBA 1OUDA 2BQIA 2H9KA 1GBSA 1GE3A 2MEDA 1DI5A 3ZVQA 4B4EA 4ETEA 1HC0A 1B7PA 1DPWA 5LVHA 4PRUA 3AGIA 1LHLA 3A8ZA 1IP6A 1JKDA 1QDRA 2HEDA 5APCA 4DDBA 1GHLA 1PS5A 5HQ1A 3ULRA 1REYA 1GFHA 5B05A 4ET9A 4TWSA 4R6CA 3WVYA 4A7DA 6LYTA 5A3EA 1GE0A 4KXIA 4B49A 4LT1A 1GAYA 4G49A 1FLYA 1G7JC 4LYMA 1C43A 5KXPA 4PRQA 1QDTA 2MEFA 4NHPA 5DN4A 3W6EA 1IY3A 2BQFA 1CJ6A 3BKHA 4GLAA 3LHMA 4ETCA 2X0AA 1NF5A 2YBIA 4H9CA 1HF4A 2HU1A 4NSGA 4CJ2A 5I53A 4WO9A 3D9AC 1I20A 5F9UA 4XENA 1GB2A 1XGQC 4CFPA 1LZCA 4IATA 1LJJA 3A3QA 3P64A 2YSSC 1XGTC 1GE4A 3J6KA 4WMGA 2DQAA 2EKSC 4OWEA 5HLLA 2Q0MX 3TXEA 1ALCA 1YKYX 1XEJA 1CKDA 2A7DA 3WVXA 2BQGA 1B5ZA 5FCPA 5LYMA 1NQIA 4KPMA 2F4AA 4UWVA 1FDLY 3TXHA 3W6AA 5LVGA 3GXRA 1IWWA 1LAAA 2LYOA 1LMQA 4NWEA 1LZRA 4N8ZA 1EQ5A 2Z2EA 1YAMA 3EO5A 1GDXA 3W6CA 4L41A 1SLYA 5T3FA 5HNCA 2HEAA 1F6RA 3B0IA 1BB5A 2YBJA 5F81A 2Z12A 1YL0X 4NFVA 1LZAA 1TDYA 3WPJA 5K7OA 1B7QA 3CT0A 1AT6A 1BB7A 1LJIA 2DQIY 3IJUA 1DQJC 1ZV5L 2CDSA 1LZNA 1B5UA 4GN5C 1VDPA 4LYBA 1FLQA 3WW6A 4KT3A 3W3EA 5EBHA 1LZDA 2I25L 1JEFA 5LYZA 1IWZA 3N9EA 1A4VA 1GF7A 3AW7A 1LSYA 3LN2A 1QUSA 2I26L 2D91A 1HSWA 1BQLY 1FKQA 1QSAA 4IJ4A 3WU7A 4OWBA 194LA 3W6BA 1QUTA 1OUBA 4I0CA 1HERA 1OUGA 2CGIA 5LIOA 3AGHA 3AYQA 4GCCA 193LA 1YILA 4ZEEA 4WM3A 1HMLA 2Z18A 4NG1A 1LZ1A 4XJFA 3TXFA 1B5VA 5F14A 1PZYA 1D9UA 2HTXA 1HFZA 4NHSA 2W1XA 1NHEA 4N1CC 4H9HA 4NSIA 1GD6A 1YKZX 1RE2A 2HUBA 3B6LA 2DQJY 4N1EI 1OP9B 1GF3A 2ZNWY 1XGRC 4RW1A 3P66A 207LA 4NEBA 5DL9A 5IHGA 2D4KA 1JWRA 4TSBA 4Z98A 2H5ZA 4H8ZA 4NGZA 5I4YA 3A6CY 1B7RA 3G3BB 1CKCA 2YBHA 5LVIA 4PJ2C 1WVVA 1XFPL 1JKCA 1LSEA 1LMCA 4H92A 4NGWA 1DI4A 3W6DA 1GFGA 1LMAA 1VFBC 1UICA 2BQCA 1IP5A 5FSTA 1IR8A 1WTNA 5ILFA 5IDDA 3AW6A 3A91A 1QIOA 1JSFA 1UIEA 2MECA 1HEOA 4H93A 1B7MA 2ZILA 2DQCY 1KXXA 4WLTA 3A94A 1JJ0A 1BHZA 4G4CA 4YEOA 1NDMC 1WQNA 5II3A 1F10A 4LFXA 1J1XY 1GFVA 1WQMA 2LYMA 1LMTA 3W6FA 4NGOA 3LZ2A 3HBEX 3EMSA 1BWHA 2BLYA 2YVBA 4DD9A 3BKVA 4RLNA 4YF2A 1UCOA 1T6VL 1IIZA 1LYYA 1B7SA 2W1YA 4XJHA 8LYZA 1IC5Y 2Z39A 4C5FA 1N4FA 1IORA 4XJIA 1GBXA 3WYHA 4AXTA 1WVUA 3J4GA 1HHLA 4PHIA 4WO6A 1AZFA 3WUMA 5C6JA 1UUZC 4B0DA 1RI8B 1IVMA 1IP7A 1FN5A 1H87A 3F6ZA 4RLMA 1LPIA 4EMNA 4B4IA 1VEDA 4NHTA 1LKRA 1GB5A 1GF5A 2MEHA 1D0KA 2Z2FA 3D3DA 2G4QA 1RFPA 4LYTA 3TMWA 2ZQ3A 1G7IC 1LSPA 4U3XB 1OUAA 3LZTA 4TSCA 3A3RX 3LYZA 1YAOA 4WG1A 4WM1A 1YQVY 4XJBA 1LYSA 1LZ5A 4RW2A 4OOTA 4LYZA 5I5QA 4H91A 4PPOA 3ZEKA 1JPOA 4HTQA 1BB6A 1B5WA 3WU8A 1IP4A 1AKIA 4LYOA 3FE0A 3HBDA 1HFXA 1IC4Y 1INUA 2BQKA 3FI7A 3P4ZA 4H9FA 2DQDY 4NGIA 1GE1A 4NSHA 3SP3A 4ANRA 4PGJB 1LJNA 1KXYA 1LHKA 1LZYA 5APEA 4YENA 1GAZA 2WARA 4LT3A 4NWHA 2F2NA 5KXSA 1D0MA 1EQ4A 1B7NA 4QY9A 2YDGA 5LXWA 4QEQA 5DN5A 1JUGA 3B72A 4XN6A 4ZFPA 3A90A 1FKVA 1D6QA 1RJCB 1NBZC 2BQJA 1LZ9A 3K3TA 4GCDA 1LHHA 1LYZA 2XTHA 4HP0A 1H6MA 1VATA 1VDTA 2LZ2A 4GCFA 1GBOA 1IP2A 3A93A 1XSFA 4XYYA 4FDYA 2HEBA 1UA6Y 2FYCA 1GB6A 1YL1X 4NGJA 1A2YC 2XBRA 1GF9A 1SQ2L 3T6UA 4J0LA 1LSNA 4NIJA 1I1ZA 2IFFY 1GBWA 1EL1A 5KXOA 1TAYA 3IJVA 1EQEA 3AZ6A 4ETBA 5APDA 4ET8A 1LZ8A 3A67Y 4BADA 1NWGA 2HEFA 2HECA 3MGWA 2BQAA 4LZTA 9LYZA 2MEGA 3AZ4A 1GFEA 4WOAA 1GPQC 3EBAB 3CT5A 1UIDA 4X3BA 1CJ8A 1B7LA 1P2CC 4XJGA 4YOPA 4BAFA 2A7FA 1UIGA 5KKIA 4H90A 5C6LA 5E9RA 2BAAA 4BAPA 2CWIA 1IOCA 3A96A 4J1BA 5A3ZA 4B4JA 2LZTA 2DBTA 2XBSA 4MSTA 3QY4A 154LA 3HBHA 4WL7A 4HV1A 5C6IA 1LYOA 3WUAA 1LMPA 3LYOA 2ZQ4A 4M4OA 1LZGA 2BQEA 4YEMA 3WXTA 2BQMA 2DQGY 1IOTA 1C45A 1FLWA 1LHIA 4H9BA 3M18B 4H8YA 4H9IA 1GDWA 1JITA 1JKBA 1GF8A 1UBZA 4OWAA 5AMYA 1OUJA 1QSWA 3N9CA 1BWJA 2YBMA 1TBYA 1LSCA 3RU5A 1IP3A 2FYDA 1LHMA 1LZBA 2GV0A 3QE8A 4HTKA 6LYZA 1LJ4A 3LYMA 1AT5A 135LA 5KXZA 5B06A 3HFMY 1CNSA 5B1GA 153LA 1JJ1A 2EQLA 2EPEA 1IC7Y 1UIBA 2W1LA 3A92A 3CQLA 4H94A 4NHIA 4C3WA 2EIZC 1LTMA 2FBBA 5LAFA 1B5YA 4W96A 5L3HA 5KXTA 1GB3A 1JISA 1IR7A 1GBYA 1HEMA 1DKKA 134LA 1WQPA 1KIQC 1C10A 2I6ZA 1AM7A 5HNLA 1LHJA 3WPLA 3WXUA 2DQEY 1LSDA 1V7TA 4WLXA 1GBZA 1GFAA 1DZBX 2MEBA 2Z38A 3AGGG 3ATOA 5J7CA 4II8A 1DI3A 1LMOA 1IWYA 2DKVA 4LT0A 2XJWA 4H9AA 5KXMA 5M1YA 1OQMA 1QTEA 4DD3A 3TXJA 1D6PA 3CT1A 1OUHA 4NGYA 1JTTL 3A95A 2F4GA 1VAUA 1IWTA 5F16A 5L9JA 1LCNA 4P2EA 1REMA 1JTPL 1WTMA 4N0JA 1BB3A 1LSZA 2MEIA 1UC0A 1GFUA 1HEPA 1WQQA 1GEVA 1ZVYB 3TXBA 3WMKA 3EXDA 4CFOA 2BQLA 5B59A 5DLAA 2C8OA 3QNGA 5KXWA 1OUFA 2C8PA 5HMVA 1GXV2 1GFTA 4I8SA 5B07A 1FBIX 1GB7A 3RT5X 5LA5A 2IHLA 4XADA 2Z19A 2ZYPA 4TTDA 3RNXA 5DM9A 1JHLA 4B1AA 1ZMYL 4H1PA 3TMUA 2W1MA 1GEZA 4LT2A 1DXJA 5HMJA 3B0OA 4CHXA 4OWCA 1JJ3A 4WLYA 1LSAA 5FELA 1G7LC 3IWRA 2G4NA 2HEEA 2BQHA 1GFJA 1O23A 4G4HA 1NDGC 5L3IA 4G9SA 1UACY 4HTNA 4OW1A 5LA8A 2BPUA 2B5ZA 3AZ7A 2DQHY 1YAPA 5JENB 1XGPC 1UIAA 3TMXA 4ML7A 1B5XA 4GN4A 1LMNA 4O34A 2H9JA 3TXGA 1YKXX 4Z46A 1NKHA 5FDJA 4NGLA 1HNLA 1KIPC 1LJEA 1TEWA 2MEAA 1XGUC 3AJNA 3WH1A 3WU9A 1JKAA 1FLUA 4NG8A 4YM8A 1IOQA 4RDSA 3AZ5A 2MEEA 2NWDX 2ZIKA 3CSQA 1RCMA 1LJHA 4WM4A 1JTOL 1IWXA 1MELL 1XEKA 3A6BY 5FEKA 4DD7A 2ZWBA 1HFYA 1LZ6A 1B0DA 1GXXA 1GFKA 2ZNXY 4H8XA 4TX7A 1GE2A 1YIKA 4WL6A 4NGVA 4KL7A 4IASA 4HPEA 4UWUA 5F9XA 1NBYC 2HU3A 1D0LA 4D9ZA 1YAQA 1I56A 4E3UA 5KXKA 3T36A 1UIHA 4GCBA 1CKGA 1HMKA 4NGKA 1TCYA 1LSGA 5APFA 1HEWA 1IWVA 1REZA 4GCEA 4W94A 5KXYA 132LA 5LVKA 4DD0A 3N9AA 3CSRA 4OOOA 4Z41A 1J1PY 1KXWA 4DD1A 3B0KA 1IX0A 5LYTA 3TXIA 5KXRA 1LSFA 4J7VA 3OJPA 2G4PA 3ATNA 1LJGA 1B9OA 1UIFA 4MCKA 4WM5A 1IP1A 1C7PA 1DKJA 4LGKA 5E4PA 3WW5A 1CJ7A 2LYZA 1CKFA 5D5FA 1OUIA 1W08A 1E8LA 4DD2A 1IY4A 4GLVA 2BQBA 1LKSA 2BLXA 4FJRA 4DC4A 1QQYA 5KXXA 3RW8A 1LZEA 1GF0A 2ZIJA 2BQDA 2CJLA 4WM2A 4DDAA 4WG7A 4UWNA 2RSCA 4DT3A 1F0WA 1W6ZA 1GB9A 1IO5A 1BVKC 4MR1A 1LZ4A 2D4JA 3CB7A 4QGZA 2D6BA 1LJKA 1BGIA 1WQOA 1BB4A 3P65A 3WULA 4XJDA 3GXKA 5LINA 4ETAA 4HJZA 1WQRA 4GN3A 1VDSA 1ZVHL 2D4IA 1LSMA 1G7MC 1OUCA 3WUNA 3WL2A 4HPIA 3TMVA 5KXLA 5KXNA 1IWUA 4ZIXA 1JIYA 4BS7A 1GB0A 3AB6A 2N5ZA 2YBLA 3E3DA 1HEQA 1IOSA 1C46A 2DQFC 1LZSA 1LJFA 2F30A 2VB1A 3M3UA 4TUNA 4DYGA 1G7HC 1HELA 1GF6A 4WM6A 3RZ4A 4M6DA 4HV2A 1T3PA 3TXDA 5KKJA 5D5CA 1IEEA 3G3AB 2BQOA 3CSZA 4R0FA 4EOFA 1GB8A 4G4BA 3WPKA 5KY1A 1LSBA 4NSJA 4ETDA 7LYZA 1CJ9A 5FHWA 1IR9A 3P68A 4Z3MA 4WLDA 5I54A 1BWIA 3LYTA 5IELA 3KAMA 4HSFA 1F6SA 3TXKA 5LVJA 1MLCE 1GWDA 1GFRA 1KIRC 5ILCA 1J1OY 1NMMA 1LOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZYTA 1REXA 4NY5A 1L04A 3HT9A 4N5RA 1BVXA 4NHQA 3OK0A 1GF4A 1XEIA 3A34A 177LA 2PC2A 4EXMA 2Y8PA 4QDNA 2YBNA 1LZTA 208LA 3CDQA 4N9RA 1LI6A 251LA 1OUDA 4B4EA 1DI5A 3OE8A 1LHLA 3A8ZA 1CU3A 1GHLA 1L13A 1C67A 1PS5A 2O4WA 1REYA 1GFHA 5B05A 2RBPA 4TWSA 5A3EA 1GAYA 157LA 1FLYA 4LYMA 1QDTA 2MEFA 4NHPA 2CUUA 3LHMA 1NF5A 1QUHA 2YBIA 4CJ2A 5F9UA 2LZMA 3CDTA 1C6IA 1GE4A 4OWEA 3TXEA 1XEJA 1ZWNA 2BQGA 4KPMA 3W6AA 3TXHA 2LYOA 4NWEA 191LA 1L38A 3EO5A 1LYJA 1GDXA 4L41A 1KNIA 5HNCA 3B0IA 3WPJA 1BB7A 3SB7A 3IJUA 4GN5C 1VDPA 1JEFA 1A4VA 1GF7A 3AW7A 125LA 3LN2A 1FKQA 194LA 1L81A 1OUBA 1QTCA 1QUTA 1HERA 2B6TA 5LIOA 3TXFA 2Z18A 5F14A 1B5VA 4NSIA 1GD6A 113LA 3B6LA 3P66A 207LA 4ARMA 3SBAA 4EPIA 2H5ZA 3GUMA 129LA 1LMCA 4H92A 3DN4A 1LMAA 2OU0X 1SX7A 1L31A 1CV1A 1OV5A 5ILFA 3AW6A 3A91A 1JSFA 1L96A 1L42A 1QT3A 4WLTA 4G4CA 1C69A 4LFXA 123LA 1GFVA 4I7LA 1PQIA 1CU6A 1OVHA 242LA 4RLNA 1T6VL 1LYYA 2W1YA 1IC5Y 2Z39A 4C5FA 4XJIA 1L24A 4WO6A 1UUZC 1L71A 4RLMA 3F6ZA 4NHTA 1GF5A 2MEHA 1RFPA 1CV5A 1G7IC 1QUOA 1L56A 4U3XB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VWO A;  1HSX A;  2ZYC A;  1Z55 A;  1REX A;  4NY5 A;  1CKH A;  4LFP A;  4J1A A;  4N5R A;  4DDC A;  1BVX A;  4NHQ A;  5B1F A;  3OK0 A;  5LAG A;  1GF4 A;  1V7S A;  4AGA A;  1XEI A;  1OUE A;  3A34 A;  2PC2 A;  2FBD A;  4HJV A;  2Y8P A;  133L A;  4OWH A;  3ZVQ B;  1C08 C;  4QDN A;  4DWX A;  2BQN A;  2YBN A;  4HJY A;  5KJ9 A;  1LZT A;  1B2K A;  208L A;  1YRO A;  1B7O A;  1QTK A;  4CGE A;  5I4X A;  1LJ3 A;  1JSE A;  5I4W A;  2LHM A;  4H9E A;  1DPX A;  2Z37 A;  4LYC A;  4N9R A;  1HEN A;  1YAN A;  1VDQ A;  2AUB A;  1OUD A;  2BQI A;  2H9K A;  1GBS A;  1GE3 A;  2MED A;  1DI5 A;  3ZVQ A;  4B4E A;  4ETE A;  1HC0 A;  1B7P A;  1DPW A;  5LVH A;  4PRU A;  3AGI A;  1LHL A;  3A8Z A;  1IP6 A;  1JKD A;  1QDR A;  2HED A;  5APC A;  4DDB A;  1GHL A;  1PS5 A;  5HQ1 A;  3ULR A;  1REY A;  1GFH A;  5B05 A;  4ET9 A;  4TWS A;  4R6C A;  3WVY A;  4A7D A;  6LYT A;  5A3E A;  1GE0 A;  4KXI A;  4B49 A;  4LT1 A;  1GAY A;  4G49 A;  1FLY A;  1G7J C;  4LYM A;  1C43 A;  5KXP A;  4PRQ A;  1QDT A;  2MEF A;  4NHP A;  5DN4 A;  3W6E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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