4LYM | Genus

Total Genus 46

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	46
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9007078485538855__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9007078485538855__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4lym/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9007078485538855__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9007078485538855","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4lym/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9007078485538855__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase (o-glycosyl)
source organism	Gallus gallus
publication title	Crystal structure of low humidity tetragonal lysozyme at 2.1-A resolution. Variability in hydration shell and its structural consequences. pubmed rcsb
molecule keywords	HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus	46
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1990-07-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4lymA00

1FLYA 4H9CA 5E9RA 1LZ9A 3TXJA 4ET9A 3MGWA 1GE4A 1J1OY 1LZNA 2EPEA 3A3RX 4II8A 4NHQA 4B4EA 4RLMA 4RW1A 3TMWA 5L3IA 3F6ZA 1AT5A 1KIQC 2MEIA 1KIPC 1CNSA 2HTXA 1REZA 1VDTA 2EQLA 5ILCA 2DQJY 3VWOA 5B59A 2A7FA 1YKZX 4PGJB 2YBNA 4HTKA 1LZ8A 1D6QA 3E3DA 1D0KA 3LYOA 2YBHA 4HTQA 5D5CA 1IP4A 5DN4A 1GHLA 1WVVA 4BS7A 1IVMA 1LHHA 3CT0A 3M18B 2PC2A 133LA 2ZILA 4GCBA 4W94A 3N9AA 4X3BA 3TXEA 3BKHA 1LZBA 1OUCA 1W08A 4HV1A 4HPEA 4ZIXA 1JJ1A 5LYTA 4DD1A 4TWSA 4B1AA 1HERA 1DQJC 1GXXA 1LJEA 5I4YA 1GF4A 1GFGA 5IHGA 4NGWA 3TXDA 1D0MA 4H8XA 5KXLA 1B7OA 1I56A 1LJ3A 2DQIY 1UIFA 1AT6A 1BB4A 4Z41A 2LZ2A 1VDPA 1FN5A 4H1PA 5LVJA 1BB6A 5I5QA 4NG1A 1FLUA 4OOTA 4J1BA 4LYBA 1LZCA 2W1XA 3TXBA 5HMJA 1I20A 5L3HA 4BADA 4I0CA 2MEFA 3LYZA 1CKDA 1BB7A 208LA 1QTEA 5KJ9A 3WUMA 3CSRA 2MEGA 4NGIA 1BWIA 1GB9A 5LVGA 3A91A 5I54A 1B7PA 2I26L 2ZQ4A 2H5ZA 1C43A 1LJJA 1YQVY 1UIAA 2BQJA 4WLYA 1GE1A 4PJ2C 2F4AA 2HEAA 1YANA 1LZAA 2D91A 4WM3A 1SLYA 5A3ZA 1PS5A 2G4NA 1LJKA 5D5FA 4NHSA 4ANRA 1J1PY 1TEWA 1GBXA 1UC0A 4LFPA 5IDDA 4J1AA 1LMQA 1HEWA 1BWJA 4HTNA 3CSZA 1UUZC 3D9AC 4MCKA 4NSJA 3WYHA 2Q0MX 4D9ZA 5LVKA 4H8YA 1T3PA 4DD7A 1JSFA 1GB8A 1QSAA 3WXUA 3TMVA 4H9IA 4DD3A 3QE8A 4DD9A 5I53A 4WMGA 2GV0A 1HFYA 3WPKA 4FJRA 1IOSA 3A6BY 4H9AA 3EMSA 4RLNA 2ZNXY 1WQRA 3AB6A 1EQ4A 4ETDA 1TBYA 4XJFA 4XN6A 3EO5A 4LT1A 4WM2A 2Z2EA 1GB6A 3LZ2A 4WOAA 2ZWBA 5LVIA 1A4VA 4G9SA 5B1FA 3T36A 4LYCA 2Z12A 1SQ2L 1I1ZA 3W6DA 4QY9A 5J7CA 1GF7A 2BQEA 4DYGA 1IC5Y 1H6MA 3W6AA 3HBDA 4NG8A 2D6BA 4GLAA 4G4HA 1F6RA 3RT5X 1HNLA 3AJNA 1TCYA 4Z98A 1F10A 1HSWA 2IHLA 1QUSA 2BQMA 5F81A 3WU8A 3P4ZA 1LPIA 135LA 4LFXA 1QIOA 3IJUA 4YM8A 5F14A 2BQHA 3D3DA 1CKGA 1D0LA 4G4CA 4H9FA 1OUFA 2ZYPA 3HBHA 1UIGA 4LT3A 3TMUA 2ZNWY 1C08C 1G7JC 4NSHA 1UICA 4MR1A 4TSBA 4AGAA 1B2KA 1B7QA 1NBZC 5APEA 1GBWA 4ZFPA 5C6LA 1GB7A 1B7NA 1IP2A 1UBZA 3A92A 4XADA 3A95A 5FELA 154LA 1CJ9A 3AGGG 3WW6A 1LAAA 1XEIA 1GAZA 4I8SA 4OWHA 1JHLA 5FEKA 5LA8A 1NDMC 3A94A 3AW7A 1J1XY 207LA 1YAQA 2HEFA 4UWNA 4WO9A 3A3QA 1NKHA 1JKBA 1VAUA 3LYMA 1D9UA 2F4GA 4TSCA 1WTMA 1IP5A 1B7SA 4XENA 4H91A 1HFXA 4IJ4A 1B5YA 1JKDA 1FBIX 1W6ZA 4MSTA 4O34A 8LYZA 2DQCY 1WQPA 4OWCA 3W3EA 1OUGA 4R6CA 4DD2A 4ETEA 1C10A 3WPJA 2Z19A 2DQGY 6LYTA 1HEQA 4HJYA 1YIKA 1BQLY 1LHLA 2WARA 5APFA 4HSFA 3GXRA 4DD0A 1XFPL 4H93A 2DKVA 5F9XA 1IC7Y 1LZ5A 1RFPA 1V7TA 1F6SA 1OUHA 1LKRA 2BPUA 2F30A 4WM6A 3WVXA 4DDBA 2CGIA 1LZRA 4DWXA 1WVUA 1CKCA 4B4IA 4WLDA 1DI4A 5A3EA 3J4GA 3OK0A 2BQBA 1QTKA 4H9EA 1GF9A 1T6VL 2LYMA 4H9BA 1DKKA 1JISA 2VB1A 1LYOA 2DQEY 1KXYA 1MLCE 5HMVA 4NHPA 5LXWA 1JIYA 1GFEA 1NQIA 4WLTA 1LYYA 3LZTA 1GFJA 1YILA 2Z39A 4IASA 2FBBA 1LCNA 1JWRA 1OUEA 5F16A 4B4JA 1GXV2 5HNCA 4NGLA 1LSMA 2LHMA 2ZIJA 3KAMA 5B07A 5KXXA 1FLQA 1HSXA 1NHEA 1OP9B 5DL9A 3A34A 3B0IA 4WM4A 4WLXA 1F0WA 5E4PA 3AZ7A 1QDRA 2HEDA 1AKIA 2RSCA 2YSSC 4NGJA 1MELL 2FYDA 1DI5A 1GFAA 1UACY 1AM7A 1XSFA 2YDGA 3ZEKA 5M1YA 1G7MC 1JITA 4NGYA 3RNXA 3AGHA 3B72A 3AYQA 1IWYA 1ALCA 1BVKC 4WG7A 3WMKA 2F2NA 4ETAA 1B5UA 1JUGA 3AGIA 3AZ6A 5F9UA 5APCA 3W6FA 2HU1A 2MEDA 1YROA 5FCPA 1OQMA 5KKIA 1CJ8A 5KXMA 5APDA 1LJFA 5HQ1A 3CQLA 4NWHA 2BQDA 1GAYA 1G7LC 5B06A 4XJGA 1REMA 3J6KA 4OWBA 3A6CY 1GFKA 2MECA 1LMOA 1DPWA 4CFOA 2X0AA 1LZYA 1HEMA 1LZTA 1LZ4A 1HMKA 1LHKA 1ZVHL 2EIZC 1A2YC 1EQEA 194LA 1JJ0A 2D4IA 2YBJA 3B0KA 1PZYA 4H9HA 3M3UA 1D6PA 3TXGA 3WH1A 1UIDA 4LT2A 5C6IA 3W6CA 1CJ7A 1TDYA 1BWHA 1CKFA 5I4WA 4J7VA 1V7SA 2BQGA 3W6BA 3W6EA 1B5XA 1TAYA 4LZTA 1JTOL 5FDJA 5KXRA 1LMNA 1GEVA 4NSGA 2BQAA 1G7IC 1OUIA 3CSQA 1XEKA 1LHMA 3LN2A 1LZSA 1OUDA 1B7MA 1JKAA 1GD6A 4HP0A 4QGZA 3TXIA 1WTNA 1GFTA 2ZYCA 3QNGA 4QDNA 3SP3A 1DKJA 4ML7A 1BVXA 1LMPA 1LMTA 3AZ5A 3T6UA 4XJIA 1HEOA 1Z55A 4YF2A 1IO5A 1LYZA 1GF0A 4TUNA 1UA6Y 2Z38A 1IOQA 1JKCA 1FKVA 4WM5A 1ZVYB 3B0OA 3LYTA 4J0LA 1VDSA 4CHXA 4YEMA 3FI7A 1LJHA 2Z2FA 2D4KA 1LZEA 4HJZA 5K7OA 2HUBA 1XGUC 4H8ZA 1IWUA 4KT3A 1C7PA 5FHWA 3P65A 1HHLA 2BQIA 4LYMA 4NSIA 2IFFY 1WQOA 4PRUA 1G7HC 1HEPA 2CWIA 1GDWA 1GBYA 1VFBC 5JENB 4NGVA 3HFMY 1OUBA 5IELA 1UIHA 2B5ZA 3WUAA 3A67Y 1HELA 3N9EA 1IWWA 4NGZA 4WL7A 1REYA 4A7DA 4P2EA 2H9KA 1GPQC 4GN4A 4OW1A 2FBDA 4OOOA 5KY1A 3TXFA 1BHZA 1O23A 1GBZA 1B0DA 2Z37A 1JPOA 2CDSA 2DQFC 1GF8A 1FLWA 3G3BB 4N1EI 1JJ3A 4ET8A 1YAPA 1H87A 3WU9A 1GB5A 1QQYA 1AZFA 1GFRA 3A90A 1IIZA 4GN3A 1NF5A 1WQQA 1RCMA 3QY4A 2MEEA 6LYZA 2G4QA 1LHIA 2Z18A 5C6JA 2ZQ3A 1DPXA 4TTDA 2XBRA 1JEFA 1IWVA 1LJIA 1LZ6A 1REXA 1BGIA 2W1YA 1NDGC 4KL7A 1KIRC 2FYCA 1NMMA 1LOZA 4GCFA 2C8PA 2YBIA 4U3XB 5B1GA 1GF5A 1B7LA 3HBEX 4UWVA 1IWZA 4DC4A 1WQMA 4HJVA 4N0JA 3WL2A 4PHIA 1E8LA 1GB0A 2DQAA 2HU3A 1IY4A 5FSTA 1CKHA 1GFHA 5KXZA 1IR8A 1IP6A 3RZ4A 1BB3A 1LSYA 3P68A 1IOCA 2BQKA 3TMXA 1LJNA 5KXNA 3WXTA 5KKJA 1VDQA 2BQNA 1IORA 1LJ4A 2YBLA 3IJVA 4NY5A 2N5ZA 1C46A 2XTHA 1DXJA 2XJWA 2YVBA 4LYTA 1HENA 5LAFA 1LSNA 1XEJA 3P64A 1B9OA 3IWRA 4EOFA 1XGPC 4DDAA 1IC4Y 1LSPA 1N4FA 4GCDA 3RU5A 2DQHY 4ZEEA 3WPLA 1YL1X 4NFVA 4ETCA 3AW6A 3G3AB 4GN5C 2BLXA 3TXKA 1YKYX 153LA 2LYOA 3LHMA 1HF4A 5KXWA 1B5VA 4GLVA 1LSBA 3EBAB 1GE2A 1GDXA 4N9RA 1YL0X 5LYZA 1ZV5L 2LYZA 4LGKA 1IP7A 1GWDA 1YAMA 2NWDX 4C3WA 1IOTA 1IP1A 1GF6A 5KXTA 4G4BA 3ULRA 1GB2A 4TX7A 4GCCA 4NGKA 1LTMA 1OUJA 4NWEA 4YENA 5KXPA 1LSDA 3AZ4A 3OJPA 1LZDA 4NEBA 1LMCA 1IY3A 5LIOA 1ZMYL 1LSFA 3A96A 2MEHA 2HECA 4C5FA 1JTTL 4LT0A 5AMYA 2LZTA 3WUNA 1IEEA 5KXOA 5LYMA 4W96A 4CFPA 1IR7A 4PPOA 1LKSA 4N1CC 1QDTA 3FE0A 1NBYC 7LYZA 4M6DA 2DBTA 2D4JA 4CGEA 2BQLA 1LSEA 5DN5A 4KPMA 4HV2A 3WULA 2H9JA 2YBMA 1LSZA 2MEAA 4N5RA 1DI3A 3ZVQB 4B49A 4B0DA 4HPIA 5KXKA 2BAAA 4N8ZA 4KXIA 2Y8PA 4NHIA 5DM9A 1OUAA 1KXXA 1LSCA 5DLAA 3RW8A 3WW5A 4Z3MA 4WG1A 4PRQA 5T3FA 4UWUA 1LZGA 1GBSA 1VATA 1GE0A 2G4PA 1XGRC 1B7RA 2I6ZA 3N9CA 4OWEA 2BLYA 4XYYA 1GFUA 3EXDA 4OWAA 4BAFA 1P2CC 3WU7A 4QEQA 1EL1A 4L41A 4BAPA 3BKVA 2BQFA 1HC0A 5I4XA 1LZ1A 1NWGA 1RI8B 4FDYA 2A7DA 4H90A 2C8OA 1BB5A 1FKQA 2XBSA 193LA 4WM1A 5EBHA 3WVYA 4H94A 4YOPA 4XJDA 1LJGA 1RE2A 1UIBA 3GXKA 5HNLA 4RW2A 1IWTA 4LYOA 1LSGA 3TXHA 2HEEA 4ETBA 1GE3A 1B5WA 3K3TA 1LSAA 3B6LA 1IWXA 3CT1A 1FDLY 3CT5A 4NGOA 4XJBA 2I25L 1UIEA 1LYSA 5KXYA 1HMLA 2EKSC 1JSEA 4RDSA 4E3UA 2W1LA 5LVHA 3A93A 4AXTA 1JTPL 132LA 1GF3A 1XGTC 2DQDY 1WQNA 2MEBA 4R0FA 1IP3A 5II3A 4XJHA 1UCOA 5LINA 3ZVQA 1RJCB 2CJLA 1GBOA 134LA 1HFZA 1LMAA 1VEDA 2HEBA 4G49A 4WO6A 5ILFA 2ZIKA 4WL6A 4IATA 2W1MA 1XGQC 1QUTA 4LYZA 3CB7A 2BQCA 3ATNA 1YKXX 4GCEA 5LA5A 1GB3A 5KXSA 1B5ZA 1C45A 1KXWA 1INUA 3ATOA 4Z46A 3P66A 4NIJA 4DT3A 3A8ZA 1IX0A 1QSWA 1DZBX 2AUBA 4M4OA 1EQ5A 5L9JA 1LHJA 4DDCA 2BQOA 5LAGA 5HLLA 1CJ6A 1GEZA 5B05A 4NHTA 4EMNA 1IR9A 4H92A 4YEOA 9LYZA 1YAOA 1GFVA 4CJ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1LZ9A 1LI2A 198LA 1J1OY 1L56A 3A3RX 1L77A 103LA 3TMWA 5L3IA 1OV5A 3F6ZA 2EQLA 3HT6A 5B59A 1G07A 1EPYA 1YKZX 2A7FA 1L47A 1D6QA 2B74A 4HTQA 1WVVA 4BS7A 1IVMA 257LA 1LHHA 3CT0A 192LA 1L35A 4X3BA 1W08A 4TWSA 1L74A 3PBLA 1B7OA 1I56A 3OE8A 4H1PA 1C6CA 5LVJA 1LZCA 4I0CA 1CKDA 1BB7A 102LA 1LGXA 2IGCA 1UIAA 230LA 2D91A 1L42A 1TEWA 1WTHA 1L15A 3DN8A 197LA 1UUZC 3D9AC 1JTMA 2Q0MX 4D9ZA 5LVKA 4H8YA 1PQIA 4DD7A 1JSFA 1GB8A 3K2RA 2RB2X 2O4WA 3QE8A 4DD9A 3A6BY 4H9AA 1P3NA 3EMLA 1TBYA 4XJFA 1K28A 3PDSA 4PK0A 2Z12A 4EPIA 3W6DA 4QY9A 5J7CA 1QTHA 122LA 2BQEA 3W6AA 1H6MA 3D4SA 1L66A 1F6RA 1CU3A 1L44A 242LA 1P56A 1F10A 3QAKA 2BQMA 5F81A 1CV0A 3G3XA 4YM8A 2BQHA 3D3DA 1D0LA 2ZYPA 222LA 4LT3A 3DN4A 3TMUA 252LA 1C08C 1G7JC 1LGUA 1C6GA 1B7NA 1QSBA 154LA 255LA 5FEKA 1JHLA 1NDMC 3AW7A 207LA 248LA 1C6AA 1D9UA 3C83A 4XENA 4H91A 1HFXA 4IJ4A 160LA 8LYZA 1WQPA 1OUGA 3WPJA 2DQGY 1HEQA 2B6XA 2F30A 1RFPA 4WM6A 1F6SA 4DWXA 1WVUA 2BQBA 1GF9A 1T6VL 1C61A 2LYMA 1L98A 144LA 4H9BA 1GFEA 4IASA 1LCNA 1GXV2 2ANXA 5B07A 1OP9B 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FLY A;  4H9C A;  5E9R A;  1LZ9 A;  3TXJ A;  4ET9 A;  3MGW A;  1GE4 A;  1J1O Y;  1LZN A;  2EPE A;  3A3R X;  4II8 A;  4NHQ A;  4B4E A;  4RLM A;  4RW1 A;  3TMW A;  5L3I A;  3F6Z A;  1AT5 A;  1KIQ C;  2MEI A;  1KIP C;  1CNS A;  2HTX A;  1REZ A;  1VDT A;  2EQL A;  5ILC A;  2DQJ Y;  3VWO A;  5B59 A;  2A7F A;  1YKZ X;  4PGJ B;  2YBN A;  4HTK A;  1LZ8 A;  1D6Q A;  3E3D A;  1D0K A;  3LYO A;  2YBH A;  4HTQ A;  5D5C A;  1IP4 A;  5DN4 A;  1GHL A;  1WVV A;  4BS7 A;  1IVM A;  1LHH A;  3CT0 A;  3M18 B;  2PC2 A;  133L A;  2ZIL A;  4GCB A;  4W94 A;  3N9A A;  4X3B A;  3TXE A;  3BKH A;  1LZB A;  1OUC A;  1W08 A;  4HV1 A;  4HPE A;  4ZIX A;  1JJ1 A;  5LYT A;  4DD1 A;  4TWS A;  4B1A A;  1HER A;  1DQJ C;  1GXX A;  1LJE A;  5I4Y A;  1GF4 A;  1GFG A;  5IHG A;  4NGW A;  3TXD A;  1D0M A;  4H8X A;  5KXL A;  1B7O A;  1I56 A;  1LJ3 A;  2DQI Y;  1UIF A;  1AT6 A;  1BB4 A;  4Z41 A;  2LZ2 A;  1VDP A;  1FN5 A;  4H1P A;  5LVJ A;  1BB6 A;  5I5Q A;  4NG1 A;  1FLU A;  4OOT A;  4J1B A;  4LYB A;  1LZC A;  2W1X A;  3TXB A;  5HMJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4LYMA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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