4LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lzmA00
215LA 2O79A 3DNAA 1P2RA 2QB0B 1L91A 3HDFA 4I7JA 1DYBA 4EPIA 1TLAA 1P5CA 1C6JA 1KY1A 257LA 4I7LA 2L78A 1C6FA 177LA 2B6WA 1L79A 1L72A 261LA 2NTHA 3PBLA 3SB7A 4ARMB 248LA 1L55A 107LA 144LA 1L62A 1G1WA 2RBNA 1DYCA 3F8VA 3DMZA 4ARQA 2HUMA 131LA 1L57A 3CDRA 2B6XA 1T6HA 184LA 2RB0X 185LA 120LA 1C6NA 3DMXA 1JTMA 1OYUA 250LA 1L90A 1C6TA 1L76A 182LA 180LA 1C6QA 252LA 1QTHA 3HWLA 3L64A 2OE4X 150LA 1C6KA 2OU8A 3HT9A 1LYHA 3C7ZA 211LA 1L14A 1D9WA 2QARC 1CVKA 2RH1A 1CU5A 256LA 167LA 1DYAA 1QUGA 238LA 1LYJA 4EKSA 3GUNA 3D4SA 1C65A 1L22A 1L11A 1DYDA 216LA 2F2QA 183LA 4I7QA 243LA 253LA 1L51A 1KW7A 254LA 222LA 1QS9A 114LA 3OE0A 1SSWA 2IGCA 220LA 1DYGA 174LA 1QSQA 108LA 1L28A 1XJTA 187LA 1LI3A 1PQMA 1LYDA 110LA 1L12A 1L32A 231LA 1G1VA 1CU3A 1QT7A 1L30A 2LCBA 3DN4A 1L87A 3C8QA 3RZEA 1P37A 3FADA 1CUQA 2F32A 196LA 5I14A 166LA 198LA 1G0JA 233LA 3C7WA 2RBSA 1L67A 201LA 3HT6A 4GBRB 228LA 137LA 1L47A 2NTGA 1SX7A 4K5YA 2B74A 1EPYA 249LA 111LA 1L63A 247LA 1L23A 2Q9DA 1B6IA 2RAYX 3CDTA 3HH6A 1CX6A 152LA 3HU8A 4LDEA 3G3VA 1L50A 1L06A 1L96A 4I7NA 4LZMA 115LA 1P36A 1L39A 3C8RA 217LA 1L40A 3HTDA 1LW9A 1L38A 1JTNA 1QTZA 262LA 1L09A 1L61A 3DN6A 4W53A 2B70A 189LA 236LA 3HTBA 1C66A 259LA 1CV5A 3NY9A 3DN0A 3GUPA 3QAKA 2B6ZA 146LA 1C6PA 1CV4A 4YXCA 1L97A 1CV0A 1L18A 1QS5A 1KY0A 234LA 1G0KA 3GUMA 3K2RA 1LPYA 1L21A 3SBBC 230LA 1L41A 1ZURA 2RBOA 4W55A 141LA 2OU9A 3G3WA 1G0MA 4I7RA 237LA 4W59A 1PQJA 2RB2X 1L75A 4ARMA 4DAJA 2OE7X 3DKEX 3FI5A 3HTGA 1L35A 4S0WA 235LA 1L17A 1T8AA 1C6HA 1L81A 1QTDA 1P7SA 245LA 3SB5A 1L08A 1L65A 159LA 1L68A 1L03A 1OWYA 1CU6A 1P46A 1C6EA 3NYAA 140LA 1L73A 1C63A 190LA 1L52A 1C6BA 1L36A 240LA 1P3NA 4ARLA 155LA 103LA 1L25A 4LDLA 2OEAX 2O7AA 1L71A 1L26A 1C6LA 3PDSA 3GUIA 4LDOA 213LA 2B7XA 1L04A 3L2XA 3DN3A 173LA 1L0KA 1G06A 129LA 3DN2A 2F47A 122LA 2ANVA 123LA 1OVHA 1L58A 1WTHA 4ARJA 3C81A 4PJZA 251LA 4IAPA 1C61A 1P6YA 1L16A 2B6YA 1QTBA 1L49A 4W56A 1LWKA 223LA 1C68A 1G0LA 1DYEA 1QT5A 3OE9A 3HU9A 164LA 1G0GA 1CU0A 1L53A 209LA 1P56A 4W54A 3HT7A 1C67A 1CU2A 1QT6A 4I7MA 4YXAC 2B75A 3DN8A 1OVJA 1QSBA 2RBPA 3V2YA 3FA0A 1T8GA 1CV6A 1T97A 4E97A 4EKQA 212LA 4GRVA 4I7OA 1L07A 1L60A 1L15A 1QUOA 1LI2A 147LA 4AQNA 1PQOA 1L89A 1LLHA 3OE8A 3ODUA 3CDQA 3JR6A 104LA 1LI6A 1LYGA 1L98A 1LGUA 232LA 3NY8A 2OTYX 1QTVA 4W51A 2ANXA 1C6MA 1D3NA 2HULA 2B6TA 225LA 4OO9A 1L69A 1CV3A 1L20A 3HH3A 163LA 1L83A 1D3MA 2RB1X 168LA 3HT8A 1L44A 165LA 1G0QA 241LA 3UONA 1QT8A 1LGWA 3HUAA 1L13A 1KS3A 1P64A 3DN1A 1C6CA 149LA 1L29A 1L19A 7LZMA 1L43A 3OE6A 143LA 169LA 172LA 1PQKA 4I7TA 148LE 227LA 1QUHA 1C6GA 1LGXA 3VW7A 1QT3A 151LA 3SB9A 1C6IA 1OWZA 2HUKA 3G3XA 127LA 2LZMA 1G07A 4I7SA 162LA 1L10A 1L92A 2OE9X 1CV1A 4PK0A 170LA 1DYFA 3HUQA 1SSYA 139LA 199LA 1OV5A 1L59A 1L86A 1NHBA 4DKLA 6LZMA 145LA 157LA 181LA 3RUNA 4DJHA 205LA 1JQUA 1C60A 246LA 3GUJA 160LA 4W58A 1L99A 239LA 3SB8A 4YX7C 1XEPA 156LA 1L48A 1L56A 1L00A 1L82A 175LA 1L24A 2OTZX 260LA 1C6AA 113LA 1L95A 1OVKA 4W57A 1L84A 1LYIA 1CTWA 4ARPA 4EXMA 1D3FA 1L66A 1ZYTA 229LA 1L27A 1L77A 4ARQB 1L70A 1C62A 206LA 1T8FA 3SBAA 1L42A 3GUOA 1QT4A 2B73A 3GULA 3HDEA 1XJUA 102LA 1L54A 1L01A 126LA 138LA 1G0PA 3SN6R 5LZMA 210LA 1D2YA 2CUUA 1C64A 1LYFA 1L94A 2Z6BA 218LA 2RBQA 2Q9EA 1P2LA 158LA 1L33A 3F9LA 4ZPUA 4W52A 161LA 3LZMA 3HH5A 171LA 1I6SA 1L74A 4I7KA 3C82A 3CDVA 1SWZA 1QUDA 4I7PA 195LA 3CDOA 200LA 192LA 255LA 128LA 2B72A 1L31A 258LA 125LA 176LA 1K28A 119LA 112LA 3EMLA 2RBRA 1QTCA 2O4WA 1L64A 130LA 1KW5A 1L0JA 1L80A 3GUKA 2A4TA 109LA 3C80A 224LA 188LA 3C7YA 142LA 3C83A 1OV7A 1CX7A 4EKRA 1CUPA 219LA 1L37A 2LC9A 221LA 3V2WA 1L93A 1LYEA 178LA 1L46A 1L05A 1PQDA 242LA 1KNIA 1D3JA 3DMVA 197LA 2OU0X 2RAZX 3SB6A 1L85A 118LA 4EJ4A 1L88A 244LA 3HH4A 1L02A 1C69A 1C6DA 1LWGA 1L45A 214LA 191LA 4EPFA 226LA 3C8SA 3HUKA 1L34A 3HTFA 1SX2A 4EKPA 1PQIA 1D2WA 1ZWNA 186LA 1SWYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZBA 1L91A 2HEBA 1DYBA 1HC0A 4U3XB 1C6JA 257LA 1GBXA 1UCOA 1C6FA 1L72A 261LA 3PBLA 1UUZC 1C08C 1QDTA 3SB7A 2HU1A 3EO5A 4IJ4A 2BPUA 3W6EA 3WU9A 1L57A 1BWJA 2B6XA 1YKXX 1C6NA 4NWHA 2G4QA 1OYUA 1IX0A 1LJ4A 3RW8A 4P2EA 3ATNA 1L90A 1C6TA 5ILCA 182LA 180LA 1C6QA 5HLLA 4DD2A 150LA 5K7OA 4FJRA 4WG1A 1LMTA 4HSFA 4PGJB 2ZYPA 2BQLA 1GF3A 1REYA 1CU5A 1JKDA 1QUGA 3GUNA 1C65A 2YVBA 4WLXA 1L51A 2I26L 5LVHA 1KW7A 222LA 1TAYA 1QSAA 1SSWA 2YBJA 220LA 4ZFPA 4GLAA 187LA 1LYDA 1GBWA 110LA 4DD7A 4PRQA 1KXXA 2W1XA 4X3BA 4G4HA 1QT7A 1J1XY 3IWRA 1CUQA 196LA 5I14A 1G0JA 233LA 3C7WA 1GFAA 4GBRB 3CSRA 5B59A 228LA 1B0DA 3A95A 2NTGA 1IWZA 1XGUC 4RLNA 1EPYA 5KY1A 2CDSA 2Q9DA 4XJHA 1B6IA 4LDEA 4N8ZA 3GXKA 1IY3A 5KXXA 4LZMA 1L38A 1GBOA 1DPXA 3BKHA 1D0MA 5I4YA 1L09A 4I0CA 2B70A 189LA 1CJ6A 2XJWA 2MEAA 1C66A 1B9OA 3WU7A 3QAKA 2W1YA 146LA 4YXCA 5E9RA 4OWBA 5DN5A 4CGEA 4NGJA 1G0KA 1LHIA 6LYTA 1L41A 1TDYA 3E3DA 5DN4A 4ETAA 1GF4A 2OU9A 1LMQA 3J6KA 4ARMA 3DKEX 3HTGA 1L35A 4S0WA 3HFMY 2LZTA 153LA 1GF7A 4B49A 1KXYA 1C6HA 1LJGA 1KIQC 1B2KA 1GB0A 3SB5A 1L68A 1OWYA 2Z2EA 1L73A 1L36A 1W6ZA 4LDLA 2H9KA 1I56A 1REMA 2O7AA 3AGIA 1J1PY 1IEEA 3CT1A 4NGZA 1MLCE 3A92A 4LDOA 1L04A 3RNXA 1LZRA 2F47A 122LA 4II8A 1XEIA 1IY4A 4ARJA 1CKFA 1LSFA 4IAPA 5KXKA 1GB5A 3W6AA 1FLQA 4PPOA 3WUMA 1C68A 1D9UA 3A93A 1LZYA 3AGGG 3HU9A 4H9CA 3HBEX 2EIZC 1P56A 4LFPA 1QT6A 1JTTL 5APCA 3DN8A 1QIOA 5F9UA 5LXWA 2DKVA 5HMJA 4DC4A 3TMXA 208LA 1LHLA 1SQ2L 3W6BA 1L15A 2EPEA 1PQOA 1OUFA 1L98A 1LGUA 1UIEA 3NY8A 4YENA 1QTVA 5KKIA 2F2NA 4LT1A 1C6MA 3TXJA 2B6TA 4MSTA 5C6JA 4NGVA 1L69A 1IOCA 1FN5A 4GN3A 1IC7Y 163LA 4H90A 5FCPA 4CFOA 165LA 1JSEA 1E8LA 1KS3A 3AZ6A 4H9HA 3AZ4A 149LA 1QUSA 1W08A 1O23A 2D6BA 4B4IA 4DQJA 1OUHA 1LZDA 4I7TA 172LA 3A90A 5F14A 1LGXA 1LSPA 1QT3A 1YILA 1C6IA 1OWZA 1C10A 2LZMA 1LSAA 1DI5A 1XFPL 4NSHA 1L10A 4PJ2C 1REXA 1GF9A 1CV1A 4PK0A 4BADA 1HELA 2IHLA 4NG1A 1FLWA 1DYFA 1NQIA 1G7MC 139LA 5I4WA 4GLVA 1OV5A 1OUGA 1EQEA 1NHBA 4YEMA 6LZMA 9LYZA 1LPIA 4HTQA 4YOPA 4N9RA 246LA 1I1ZA 3GUJA 1IR9A 160LA 4W58A 1NDMC 3LYZA 1HFXA 4YX7C 1XEPA 3M18B 1L48A 1VDTA 1L82A 175LA 2OTZX 260LA 2BQCA 113LA 4NHQA 1HMLA 4GCEA 1OVKA 1D3FA 4GCBA 229LA 1H87A 1L70A 4KPMA 4XJBA 1LMAA 4DQ5A 206LA 5KXTA 1QT4A 4NG8A 3GULA 2G4NA 4H93A 4AGAA 1VDQA 2CWIA 1L54A 1L01A 4TSCA 4KT3A 1G0PA 4ML7A 3WUNA 218LA 3TXHA 5IDDA 4L41A 1YAMA 3LZMA 3HH5A 1L74A 4WLDA 4I7KA 3CDVA 4WO9A 1ALCA 1LHMA 3AGHA 1D6PA 5F9XA 192LA 2B72A 1RJCB 4CHXA 176LA 2HEFA 2DQFC 4NGLA 1BB5A 2O4WA 1L64A 4LYZA 4EMNA 2A4TA 109LA 1ZMYL 1CJ8A 4NGIA 1F10A 1LMNA 2LYMA 3D3DA 1L93A 1HMKA 1AKIA 242LA 4ETBA 197LA 1Z55A 1HEMA 3A6BY 1GDXA 4H1PA 1UBZA 2HUBA 2LYOA 191LA 3AJNA 3AW6A 1JKAA 3C8SA 4CJ2A 2HEAA 4G4CA 5APEA 5JENB 1KIPC 4DQ7A 4ANRA 1QTZA 186LA 1D0LA 1FLUA 215LA 3DNAA 1P2RA 4WL7A 1LCNA 3B72A 2I25L 4W94A 1LZ6A 1TLAA 1P5CA 1C45A 4I7LA 2L78A 6LYZA 2B6WA 2H5ZA 1L79A 4WM6A 3AB6A 4ARMB 248LA 1L55A 4FDYA 107LA 2BQGA 4HTKA 3IJVA 2RBNA 1DYCA 4B4EA 2NWDX 1GFKA 2HUMA 131LA 3CDRA 1BHZA 184LA 185LA 120LA 3DMXA 4XJDA 2Z12A 1JTMA 5LVKA 2FBBA 1GE0A 1L76A 3L64A 5I53A 2HECA 1L14A 4Z46A 1D9WA 5B1GA 2RH1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZB A;  1L91 A;  2HEB A;  1DYB A;  1HC0 A;  4U3X B;  1C6J A;  257L A;  1GBX A;  1UCO A;  1C6F A;  1L72 A;  261L A;  3PBL A;  1UUZ C;  1C08 C;  1QDT A;  3SB7 A;  2HU1 A;  3EO5 A;  4IJ4 A;  2BPU A;  3W6E A;  3WU9 A;  1L57 A;  1BWJ A;  2B6X A;  1YKX X;  1C6N A;  4NWH A;  2G4Q A;  1OYU A;  1IX0 A;  1LJ4 A;  3RW8 A;  4P2E A;  3ATN A;  1L90 A;  1C6T A;  5ILC A;  182L A;  180L A;  1C6Q A;  5HLL A;  4DD2 A;  150L A;  5K7O A;  4FJR A;  4WG1 A;  1LMT A;  4HSF A;  4PGJ B;  2ZYP A;  2BQL A;  1GF3 A;  1REY A;  1CU5 A;  1JKD A;  1QUG A;  3GUN A;  1C65 A;  2YVB A;  4WLX A;  1L51 A;  2I26 L;  5LVH A;  1KW7 A;  222L A;  1TAY A;  1QSA A;  1SSW A;  2YBJ A;  220L A;  4ZFP A;  4GLA A;  187L A;  1LYD A;  1GBW A;  110L A;  4DD7 A;  4PRQ A;  1KXX A;  2W1X A;  4X3B A;  4G4H A;  1QT7 A;  1J1X Y;  3IWR A;  1CUQ A;  196L A;  5I14 A;  1G0J A;  233L A;  3C7W A;  1GFA A;  4GBR B;  3CSR A;  5B59 A;  228L A;  1B0D A;  3A95 A;  2NTG A;  1IWZ A;  1XGU C;  4RLN A;  1EPY A;  5KY1 A;  2CDS A;  2Q9D A;  4XJH A;  1B6I A;  4LDE A; 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