4LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lzmA00
2B6YA 1L28A 3C8QA 1DYBA 1JTNA 123LA 184LA 3HU9A 4W52A 1L16A 128LA 3CDVA 3C8RA 4PJZA 3HT9A 4EKSA 148LE 3FI5A 3NYAA 1L19A 1XJTA 1L0KA 1L36A 190LA 1L52A 1L25A 4ARJA 1T8FA 1T8AA 1P37A 1CTWA 1C64A 3OE6A 2IGCA 1C6BA 1G0LA 2OE4X 141LA 2RAZX 1CV6A 1L48A 2Q9EA 1DYEA 4ARMA 3L2XA 1LYGA 163LA 1K28A 1L79A 1C62A 244LA 3HU8A 3FADA 2RBPA 1C60A 1G1WA 3LZMA 4OO9A 1L18A 3HH3A 3GUKA 1TLAA 4I7JA 138LA 2LC9A 1L75A 1L30A 3RUNA 109LA 1L56A 1L22A 169LA 3VW7A 3C80A 1G06A 1L92A 3F9LA 1L29A 2A4TA 2O4WA 3SB6A 176LA 219LA 4W55A 1QTDA 1P3NA 1L96A 1T97A 4I7LA 104LA 1L38A 1QTCA 1L21A 1SWZA 233LA 261LA 1LI2A 4K5YA 251LA 1CUPA 3DN6A 2B74A 1LGWA 1L20A 214LA 1KY0A 212LA 236LA 155LA 1WTHA 137LA 1C6NA 1LYIA 1L46A 2HULA 1P36A 1L68A 237LA 1OV7A 1P6YA 1QT8A 3D4SA 110LA 1C6LA 4GRVA 4W53A 4LDLA 4ARLA 4ZPUA 4W56A 4EKRA 1L41A 1L71A 6LZMA 3HTBA 3ODUA 2RB1X 127LA 3HT6A 3DN4A 239LA 1SSWA 1C6DA 1L17A 232LA 175LA 152LA 1C69A 1L47A 2CUUA 1SX7A 1L60A 2NTGA 1C6QA 140LA 161LA 4PK0A 1L40A 181LA 1KY1A 1L14A 166LA 122LA 2B73A 1OVHA 151LA 4LZMA 3DMVA 1G0PA 1C6MA 1P64A 220LA 3SBAA 196LA 3OE8A 1P5CA 2OU9A 156LA 158LA 1L81A 1L11A 2B6XA 1G1VA 1L35A 1L91A 1L07A 4EPIA 1QS5A 1DYGA 3DN0A 185LA 1G0JA 1KW7A 4EXMA 1OVJA 1B6IA 1QSQA 1XJUA 1C61A 1DYDA 1P2LA 114LA 199LA 191LA 3EMLA 1NHBA 1LYDA 3V2YA 1XEPA 1L26A 3CDOA 4W54A 3C8SA 5I14A 247LA 160LA 3HTDA 1C6CA 250LA 2OU8A 2O79A 2NTHA 2RB0X 1CU2A 1QTVA 1L06A 118LA 1L59A 1LGUA 1ZWNA 3HUAA 4DKLA 1L74A 1OYUA 3SBBC 1L27A 1L85A 4ARQA 1L84A 2QARC 3F8VA 1L33A 1L98A 2B70A 2RBNA 1D9WA 3G3WA 3NY9A 216LA 111LA 3FA0A 108LA 1OVKA 1C6KA 2B6WA 1L76A 1L67A 1QTBA 1L69A 2RBRA 228LA 211LA 1D2WA 1L02A 1LPYA 1QUDA 1CV3A 1ZYTA 180LA 3SN6R 4DJHA 1L50A 182LA 1PQOA 1T8GA 231LA 3GUOA 139LA 1L77A 1C67A 1L13A 1L66A 1L39A 1L89A 1LWGA 209LA 150LA 2OE9X 1L43A 1L15A 1LYJA 4YXCA 4AQNA 3DN8A 1L03A 1PQDA 1PQKA 4I7MA 1L95A 1KS3A 4EJ4A 3DN3A 260LA 172LA 242LA 2Z6BA 177LA 4W57A 1D2YA 3CDRA 103LA 1L00A 143LA 3DN2A 4I7KA 3CDTA 4I7QA 4LDOA 4I7NA 245LA 3C83A 3DMXA 1CU0A 225LA 3DKEX 205LA 107LA 3HDEA 3HT8A 3HWLA 165LA 1L32A 1CX6A 1L64A 213LA 1QT3A 252LA 2LZMA 1PQJA 4W59A 4GBRB 1CU6A 4I7PA 262LA 200LA 1JQUA 3HDFA 2RBSA 3DMZA 1OV5A 3OE0A 3GUNA 1SSYA 2O7AA 4DAJA 4EKPA 2OTZX 4S0WA 3CDQA 1L42A 1L12A 3HUKA 4W58A 102LA 1L09A 3G3XA 218LA 1L0JA 4IAPA 1G07A 1L72A 1PQIA 173LA 259LA 226LA 1L37A 3HTGA 1L44A 1LW9A 2F47A 4ARMB 1QT7A 183LA 1LI6A 1P7SA 3GUMA 197LA 249LA 1C6PA 1C6FA 4LDEA 3OE9A 223LA 1L83A 1C66A 1QUGA 2RBOA 1PQMA 159LA 1LYHA 129LA 4ARPA 3C7YA 3GUJA 3HUQA 113LA 3SB5A 1C6TA 189LA 3C7ZA 164LA 3NY8A 1P2RA 1L86A 3G3VA 5LZMA 1G0GA 235LA 1L34A 1LWKA 3GULA 4YX7C 227LA 3DNAA 2B6ZA 3HT7A 126LA 1C6EA 1SWYA 222LA 144LA 192LA 258LA 4I7SA 2HUMA 167LA 1KNIA 3QAKA 1QT6A 1L54A 1QT5A 3PDSA 1C6GA 1C6AA 1L51A 120LA 1L62A 1LI3A 1OWZA 1L31A 168LA 1QSBA 1CV5A 171LA 248LA 4W51A 4EPFA 2RH1A 3HH4A 7LZMA 1L45A 1L61A 146LA 1L04A 3HH5A 1D3NA 1D3MA 224LA 217LA 1KW5A 241LA 1QTHA 255LA 2HUKA 112LA 1QTZA 1SX2A 1C63A 1L80A 3DN1A 145LA 1C6JA 1L87A 254LA 3SB7A 178LA 1G0MA 1LYEA 187LA 3HH6A 1L63A 1I6SA 2Q9DA 3V2WA 1CX7A 1L93A 1L97A 1L57A 1P56A 2ANVA 157LA 1L01A 2OU0X 1L82A 1CV0A 1LGXA 1T6HA 1C6HA 1CUQA 1L99A 3UONA 1CV1A 1L49A 1CVKA 1L73A 1DYAA 1L53A 2B72A 198LA 130LA 3GUPA 210LA 1C68A 147LA 2B6TA 1L58A 1L94A 1QUHA 4YXAC 170LA 162LA 4I7OA 1L90A 1L55A 3SB9A 188LA 243LA 131LA 3K2RA 2ANXA 2B7XA 4EKQA 1CU5A 3C7WA 221LA 1EPYA 1L24A 2L78A 3GUIA 2OTYX 186LA 1DYFA 2RBQA 2RAYX 149LA 174LA 1JTMA 1OWYA 3JR6A 2QB0B 1QUOA 1L70A 230LA 3SB8A 229LA 1CV4A 1ZURA 4ARQB 3C81A 1QT4A 1P46A 1D3FA 2RB2X 256LA 201LA 119LA 215LA 1C6IA 238LA 1QS9A 2OEAX 2B75A 253LA 195LA 1D3JA 115LA 1LLHA 1L05A 246LA 1CU3A 1L10A 1G0KA 1L88A 206LA 234LA 2OE7X 1LYFA 3PBLA 3RZEA 1L23A 1L65A 240LA 3HTFA 4E97A 1DYCA 1C65A 4I7TA 4I7RA 2F2QA 1G0QA 2F32A 125LA 142LA 1L08A 257LA 3L64A 2LCBA 3C82A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LYOA 4TX7A 4HSFA 4PRQA 4WLYA 2BQCA 1DYBA 123LA 1Z55A 4DDBA 1L16A 2MEEA 3WMKA 4PJZA 3VWOA 3HBEX 1V7TA 2DQDY 1BWJA 1DPXA 5C6IA 1GXXA 4XENA 1UIBA 4CFOA 1B5WA 1L0KA 3T6UA 1NBZC 190LA 1QUSA 1L25A 4ARJA 7LYZA 1C64A 1B2KA 2IGCA 3GXRA 2RAZX 1L48A 1RFPA 2HEBA 3L2XA 1OUBA 2ZILA 4NHIA 1IO5A 1LYGA 5HMJA 1QTKA 3HU8A 1GF3A 1BWIA 2FBBA 2DBTA 1G1WA 2EIZC 3LZMA 4LYTA 4H9CA 3HH3A 1WVUA 1BGIA 4IASA 1GFKA 3RUNA 4NSIA 109LA 2HEFA 2YBMA 3AZ7A 4WOAA 4RLNA 1G06A 4ETEA 219LA 3A94A 2YBIA 4I7LA 1L38A 1XEJA 5DN4A 4WLTA 4NWHA 4H9FA 4WG7A 236LA 3A8ZA 155LA 1WTHA 4IATA 4NGWA 4WM6A 1L46A 2HULA 237LA 3A3RX 1HMKA 3J4GA 2DQEY 1CJ9A 3N9EA 1N4FA 4DWXA 3HTBA 2RB1X 1HNLA 2D91A 3DN4A 1C6DA 1L17A 1TCYA 1OUFA 1GBSA 1UA6Y 2CUUA 1JISA 4ML7A 161LA 4PK0A 5ILCA 181LA 4N5RA 166LA 122LA 3DMVA 1DI5A 1G0PA 5IHGA 1P64A 3W6EA 2ZWBA 3OE8A 1D0MA 1GBXA 1PZYA 158LA 1L81A 1BHZA 1MELL 1L07A 1TBYA 4EPIA 1KXYA 5B1GA 1HELA 1OVJA 1XJUA 1C61A 3P64A 114LA 5I53A 4DD9A 4ZEEA 1LYDA 1YAQA 1ZV5L 6LYZA 5I14A 3C8SA 1GE1A 2HUBA 1P2CC 2RB0X 4H8YA 1QTVA 1L59A 3OK0A 1LGUA 1LZ4A 5IELA 1LJ4A 1ZWNA 3HUAA 1AM7A 1B7RA 2B70A 1D9WA 3G3WA 4XN6A 111LA 2RSCA 108LA 1C6KA 1BB5A 4W94A 4W96A 228LA 3IJUA 211LA 2LZTA 2BPUA 1CV3A 180LA 1L50A 182LA 5I5QA 1T8GA 1IR8A 3MGWA 139LA 3WL2A 1LHIA 2F2NA 3A96A 1YAPA 1L66A 3FE0A 1IY4A 2MEBA 2OE9X 3AGHA 2MEDA 1LZDA 1HHLA 4I7MA 1GFUA 1KS3A 3DN3A 3LN2A 1YKZX 2Z6BA 1IR9A 4LT0A 4LT1A 1RJCB 4CHXA 4H90A 3DN2A 4XJHA 5F9UA 1OUJA 245LA 2Q0MX 5LXWA 4R6CA 4HTKA 3TXKA 225LA 3DKEX 1GE2A 1C46A 4DD7A 2MEIA 107LA 1UIDA 1ZVYB 3HWLA 165LA 2YBHA 1L32A 4BS7A 1QT3A 2LZMA 8LYZA 1CJ7A 1DXJA 4LZTA 4U3XB 1JQUA 1D6QA 1OUEA 4DD0A 4YOPA 3OE0A 1JKAA 2O7AA 1REMA 1FKQA 5B1FA 4LFXA 218LA 4DQJA 1L0JA 3WULA 1L72A 1CKGA 4RW2A 1GF9A 259LA 4DQ5A 3WXUA 3HTGA 4UWUA 2Z2FA 3ATOA 2LYMA 1LI6A 2BQLA 5HNCA 197LA 249LA 1UICA 1MLCE 4LDEA 207LA 2DQAA 129LA 3GUJA 1GFHA 1OUIA 4NGKA 3SB5A 4ZIXA 3CT5A 4QEQA 164LA 5B06A 1G0GA 235LA 4PGJB 1L34A 1F6RA 2DQIY 3A90A 2B6ZA 126LA 4QY9A 144LA 192LA 4I7SA 1QTEA 208LA 1IP5A 1LHLA 1QT6A 5M1YA 1HSWA 1B5UA 1LMTA 1OUAA 1LI3A 5LYMA 1UC0A 171LA 5JENB 1L04A 4DDCA 217LA 1YROA 4BAPA 255LA 2X0AA 4J7VA 1LHKA 3LHMA 3WPKA 1SX2A 3DN1A 3FI7A 3CQLA 1B7LA 1L63A 2Q9DA 1L93A 157LA 3WW5A 1L01A 2A7FA 4Z41A 1GB3A 1L49A 1CVKA 1L73A 4CGEA 3TXGA 1OP9B 170LA 2AUBA 2A7DA 1JTTL 4H9BA 5KY1A 1G7JC 3AGGG 3K2RA 3WU8A 1HENA 2ZYCA 2DKVA 1XGRC 3F6ZA 4MCKA 3GUIA 1D6PA 2RBQA 149LA 174LA 1JTMA 1B7PA 1OWYA 1UUZC 3JR6A 1DKKA 1GBZA 1J1XY 2W1LA 2LZ2A 230LA 5II3A 229LA 1LMOA 4CFPA 4ARQB 3C81A 1D3FA 3TMVA 1IORA 1IOQA 215LA 1GB7A 2YDGA 1XEIA 2OEAX 1LPIA 4DQ7A 1L05A 1L10A 1LMAA 206LA 4NHQA 2OE7X 240LA 3HTFA 5AMYA 4LFPA 1LSGA 1DYCA 194LA 1C7PA 2DQCY 2F32A 142LA 5L3HA 1GAYA 2LCBA 2B6YA 1IP2A 1L28A 1ALCA 3C8QA 1HMLA 4W52A 1LYZA 148LE 2GV0A 1HFYA 4GN4A 3LYZA 4H92A 2ZQ3A 5I4WA 4TUNA 2CDSA 1LKSA 1P37A 3W6CA 1G0LA 1XGQC 4WM3A 1DYEA 3CSZA 4YM8A 1L79A 3TXFA 3A6CY 1C60A 1IWUA 2H9JA 3GUKA 1IWYA 4I7JA 138LA 1REYA 4B4JA 1IOCA 2CGIA 1KXWA 1LZRA 4NFVA 4NGJA 1L22A 169LA 1W6ZA 3C80A 1L92A 2B5ZA 2A4TA 1AZFA 1KIPC 3SB6A 1VAUA 5ILFA 1IR7A 1WQNA 4ETBA 1P3NA 4C5FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LYO A;  4TX7 A;  4HSF A;  4PRQ A;  4WLY A;  2BQC A;  1DYB A;  123L A;  1Z55 A;  4DDB A;  1L16 A;  2MEE A;  3WMK A;  4PJZ A;  3VWO A;  3HBE X;  1V7T A;  2DQD Y;  1BWJ A;  1DPX A;  5C6I A;  1GXX A;  4XEN A;  1UIB A;  4CFO A;  1B5W A;  1L0K A;  3T6U A;  1NBZ C;  190L A;  1QUS A;  1L25 A;  4ARJ A;  7LYZ A;  1C64 A;  1B2K A;  2IGC A;  3GXR A;  2RAZ X;  1L48 A;  1RFP A;  2HEB A;  3L2X A;  1OUB A;  2ZIL A;  4NHI A;  1IO5 A;  1LYG A;  5HMJ A;  1QTK A;  3HU8 A;  1GF3 A;  1BWI A;  2FBB A;  2DBT A;  1G1W A;  2EIZ C;  3LZM A;  4LYT A;  4H9C A;  3HH3 A;  1WVU A;  1BGI A;  4IAS A;  1GFK A;  3RUN A;  4NSI A;  109L A;  2HEF A;  2YBM A;  3AZ7 A;  4WOA A;  4RLN A;  1G06 A;  4ETE A;  219L A;  3A94 A;  2YBI A;  4I7L A;  1L38 A;  1XEJ A;  5DN4 A;  4WLT A;  4NWH A;  4H9F A;  4WG7 A;  236L A;  3A8Z A;  155L A;  1WTH A;  4IAT A;  4NGW A;  4WM6 A;  1L46 A;  2HUL A;  237L A;  3A3R X;  1HMK A;  3J4G A;  2DQE Y;  1CJ9 A;  3N9E A;  1N4F A;  4DWX A;  3HTB A;  2RB1 X;  1HNL A;  2D91 A;  3DN4 A;  1C6D A;  1L17 A;  1TCY A; 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