4M4OA

Crystal structure of the aptamer mine-lysozyme complex
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the aptamer minE-lysozyme complex
rcsb
molecule tags Hydrolase/rna
source organism Gallus gallus
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4m4oA00
1GFRA 1YAPA 2W1LA 4KT3A 5APEA 1GBZA 4B4IA 3CSRA 4HV1A 3E3DA 2HEEA 2LHMA 1B7LA 4WM4A 4PHIA 5HNCA 2YBMA 1IP1A 2DQAA 5HQ1A 1WQMA 1GB2A 2C8PA 1HELA 1XEJA 3A8ZA 2F4GA 3AGGG 1JSFA 1KXXA 2BQGA 4GCEA 4XJDA 3IWRA 1RE2A 3P64A 4YEOA 2N5ZA 4CHXA 1B7MA 1D0LA 1GEVA 4ETAA 4GLAA 1FKVA 2LYMA 2FBBA 2ZYPA 1VEDA 1LMPA 4G4BA 1YAOA 4YEMA 5LA8A 1A4VA 1GDWA 1CJ6A 1W6ZA 4PRQA 5I4XA 2BQFA 1OUBA 2YBJA 1OUJA 2YVBA 3ZVQB 4YF2A 1LYSA 3W6FA 1UIBA 4PJ2C 1LMTA 3G3AB 5KY1A 3CT5A 4ZFPA 2BQDA 1GFEA 1FLYA 1UICA 1VDPA 2HEDA 4N5RA 4Z3MA 4WLXA 2BLXA 2G4QA 4LT1A 1BQLY 1PS5A 2MEHA 2ZQ4A 1UIHA 4HJVA 4IJ4A 4YOPA 1C46A 1FKQA 2XJWA 5DLAA 1BVKC 3AYQA 3CSQA 1T3PA 5LIOA 1LZ4A 4TSBA 1C10A 1JTPL 4QGZA 1WTNA 3TXBA 1RJCB 3BKVA 4HSFA 4XJBA 1LJ3A 1LAAA 2BQJA 1LKRA 1YL0X 1CKFA 2BQCA 2ZILA 1IOTA 1GHLA 1FLQA 1XSFA 2DQHY 3TXIA 2ZYCA 1N4FA 1TBYA 1AT5A 1OUHA 2BQKA 1HNLA 4ML7A 1GAYA 1GBWA 1YAMA 1YIKA 1UIEA 4PGJB 3WXTA 1IP5A 8LYZA 1LTMA 5C6LA 1DI4A 1CJ8A 1JKDA 1LMNA 4GCDA 1HFYA 1IR7A 3LZTA 3LYTA 4HTKA 3T36A 4H8YA 1B5ZA 3M18B 2CGIA 2ZNXY 1VDQA 3CSZA 1ZMYL 4G9SA 2Y8PA 3WYHA 4LT3A 4HPEA 2YBLA 3A94A 1QDRA 4HV2A 5I4WA 2X0AA 4H9HA 4OWHA 4ETDA 3AW7A 3OK0A 4BAFA 4ETEA 4NEBA 4WMGA 1JISA 1C08C 1EQ5A 1FBIX 3TXJA 1TDYA 5F16A 1OUDA 3KAMA 4QEQA 3TMXA 1GF0A 1LZDA 1WVUA 1GF7A 1LHMA 2EIZC 2HEAA 3A6CY 2Z18A 1JJ1A 1GEZA 1IEEA 3A3RX 3ULRA 1QTEA 1SQ2L 5L3HA 3W6CA 4ETCA 5J7CA 5FELA 1LJIA 5KXLA 1LHKA 5IHGA 1CKGA 4HPIA 5EBHA 1FDLY 1BWIA 1B5WA 3ATNA 1LYZA 1UC0A 1ZVYB 1AT6A 2DQGY 3A96A 4H8ZA 5KXRA 5LYZA 4LT0A 2CWIA 4N8ZA 4G4HA 1XEIA 3AGHA 1DZBX 1LCNA 1LZSA 2BQMA 4AXTA 4CGEA 2BLYA 4EMNA 3AJNA 4NGWA 1QTKA 2H9KA 1RI8B 3CT1A 1IIZA 1REZA 2EQLA 3WXUA 1BB6A 1DI5A 1MELL 4D9ZA 1GB9A 4DC4A 1JKBA 2XBRA 3P66A 4NSHA 5B05A 1WQPA 4NWEA 4NGKA 1IWUA 1V7TA 1GF5A 2H9JA 2IHLA 3N9CA 1LSPA 1B5XA 3W6AA 2Z38A 4DT3A 2HECA 1DXJA 1LSBA 4LZTA 2CDSA 1C45A 5F9UA 2BQBA 3HBDA 1JIYA 1LJKA 3B0IA 4R6CA 4H9CA 1OUEA 3LHMA 1BWJA 2A7FA 1UIFA 4NG1A 3QNGA 3A67Y 1B7NA 1LSYA 4XJIA 4OWCA 4WL7A 1ALCA 1C7PA 4HTQA 3AGIA 4WM1A 2LYZA 1GE0A 3N9AA 5E4PA 1LZ1A 1YILA 2BPUA 4WLTA 4WO9A 2HU1A 3W6EA 4DDCA 1LSDA 1LYYA 5KKJA 1IR8A 134LA 1JHLA 1NDGC 3IJUA 4CFOA 4ET8A 3HFMY 4B49A 1XFPL 3P68A 3A93A 1JEFA 4NY5A 1OQMA 1LHJA 3A92A 135LA 2W1MA 3LYZA 4OWEA 5B1GA 1HMLA 1GPQC 1NF5A 1QUTA 2DKVA 2VB1A 3M3UA 4NHQA 4KXIA 1QDTA 1UA6Y 4NHSA 3WUNA 4WL6A 4O34A 1YKYX 4RW2A 4G4CA 1GBXA 3LYMA 4G49A 5KXSA 1F10A 1LZRA 3WH1A 3VWOA 5FHWA 2D6BA 4FJRA 1LSZA 4H90A 1LSGA 1YANA 5LVGA 5KXWA 1EQ4A 1GB3A 4B1AA 2ZIJA 1HF4A 2I26L 1IC7Y 2DQDY 4GCBA 3B0KA 1IWWA 1GBYA 1UCOA 4DD9A 4NIJA 5I4YA 1V7SA 3W3EA 1BHZA 1BB5A 2EKSC 1TAYA 1JITA 1LMQA 1LKSA 4LYCA 4NWHA 1KIPC 2YSSC 4AGAA 1UIDA 1REYA 1LJGA 4TSCA 2BQAA 1J1OY 3RU5A 1Z55A 4Z98A 2I25L 4W94A 4L41A 4M6DA 1INUA 1WQNA 4LFPA 2XBSA 1DPWA 1GB7A 1I20A 1YAQA 4H8XA 4HP0A 5II3A 3J6KA 1DPXA 1LSFA 2IFFY 1EQEA 4B4EA 4DD1A 1HC0A 1GF6A 4PRUA 1JJ3A 5FCPA 5B59A 2BQNA 1B7SA 4N1CC 3ZEKA 1EL1A 4XADA 1G7HC 1GFVA 3W6BA 2A7DA 3MGWA 1LMOA 1CKDA 193LA 1GF3A 1HFZA 3A3QA 4H9FA 4H91A 4OOTA 4R0FA 4UWVA 3G3BB 3T6UA 2Z19A 3HBHA 2PC2A 5I5QA 1CJ9A 1YL1X 3AB6A 2ZQ3A 4TUNA 4XYYA 4DD7A 1IY4A 3BKHA 1IC4Y 4XJGA 1GE4A 5B07A 1J1XY 1JTOL 4LFXA 4OWBA 1IOQA 2MEAA 2I6ZA 1OUIA 2F4AA 1HEWA 1CNSA 5I53A 3WVYA 5KJ9A 1OUFA 1BB4A 4ET9A 4MSTA 1XGQC 3WMKA 3WULA 5KXKA 5LINA 2F2NA 4WOAA 1AZFA 5KXYA 5LVKA 1B5UA 1OUCA 5KXNA 1LZCA 5F14A 1PZYA 1GB6A 3EMSA 2MEDA 5L3IA 5ILCA 1JJ0A 1ZV5L 4H9EA 4BS7A 1YROA 1LSNA 4W96A 2D4KA 1LJNA 2XTHA 5C6IA 5LVHA 1RCMA 2DQJY 1G7LC 4FDYA 4GLVA 1AKIA 1GB0A 1D6QA 1KXYA 4IASA 4PPOA 5FDJA 4NHIA 2DQFC 1HFXA 2Z2FA 5A3EA 1VATA 4E3UA 4TTDA 1GE3A 3AZ4A 1GB8A 2LZTA 5LXWA 1LZYA 1IWZA 1REXA 4LYOA 3WPKA 1IY3A 1NBZC 2HUBA 4QY9A 1B5YA 1I56A 2MEIA 1DQJC 1CKHA 1LSMA 4XENA 2YBNA 2Z12A 1D6PA 1G7JC 4DWXA 1GF4A 4OWAA 4DYGA 4LGKA 2BQHA 2YDGA 3RT5X 4LYTA 2LYOA 4DD3A 6LYTA 1IVMA 3FE0A 1LYOA 4NGZA 3CB7A 4Z46A 1REMA 1XGRC 1B7OA 4LT2A 1OUAA 1NDMC 3F6ZA 3A90A 1KIQC 1IR9A 3TMWA 1CKCA 1UBZA 1UIAA 1DKKA 5DL9A 1JUGA 1RFPA 2FBDA 2Z2EA 4Z41A 5FSTA 2YBHA 1GD6A 1UIGA 1YKZX 1IO5A 1IWXA 3AZ5A 1HSXA 1HENA 1LZAA 3D9AC 3TXHA 1B7PA 1LOZA 2EPEA 3QY4A 1IP2A 1TEWA 1B5VA 3WU9A 5HMJA 1DI3A 4OW1A 5C6JA 1IWVA 2W1XA 4P2EA 4QDNA 1GFKA 1LZBA 1LMCA 4GN4A 2ZWBA 3WW5A 1XGTC 1LJEA 4NGOA 1H6MA 3EO5A 3AW6A 4GCFA 1MLCE 1D0MA 5KXXA 5D5CA 2NWDX 4N9RA 4TX7A 4J1AA 2BAAA 4LYBA 5DN4A 5F81A 1LZ8A 3WVXA 4WG1A 4N0JA 1YKXX 4H9BA 1HEPA 1JKAA 4RLNA 3LN2A 3TMVA 133LA 5A3ZA 4II8A 1GBOA 4DDBA 1GE1A 1GF8A 5JENB 4J1BA 3J4GA 4BADA 1D9UA 3TXEA 1G7IC 1LSEA 1C43A 2FYCA 3WL2A 4LYMA 2C8OA 1HEMA 5KXZA 4NSGA 4RLMA 3IJVA 1VDSA 1BWHA 1GFAA 4DD2A 1GAZA 3OJPA 2ZNWY 4B0DA 1B7QA 3CQLA 4WM3A 1XGUC 2DQEY 1HMKA 1F6RA 3A91A 4CJ2A 2BQEA 1LHHA 5LVIA 3P65A 4NG8A 3GXKA 1GFTA 6LYZA 1NBYC 4WM5A 1GFHA 3WU7A 1LZTA 1JKCA 1I1ZA 4TWSA 5F9XA 3B0OA 1HEOA 1LZ5A 3ATOA 1NKHA 1JWRA 2LZ2A 1F0WA 5APFA 2FYDA 4CFPA 3A6BY 1LHIA 1LJ4A 1CJ7A 1OP9B 1LZ9A 2H5ZA 2D91A 2MEFA 3N9EA 5LAGA 4RW1A 2MEBA 4OOOA 1B7RA 4J7VA 5IDDA 1QIOA 3WU8A 5HLLA 5L9JA 5LYTA 1LMAA 1JTTL 4NHTA 1IOCA 1H87A 5APCA 1LJFA 5KXTA 3WUMA 3HBEX 5B06A 3RNXA 4WLYA 3RW8A 2MEGA 4H93A 4H92A 1UACY 4YENA 1QSAA 3EXDA 4NGIA 208LA 4H9IA 4NGLA 4UWNA 5APDA 2DQCY 3TMUA 1LHLA 5E9RA 2HU3A 4HJYA 5T3FA 4WM6A 4XJFA 5FEKA 3A34A 1FLUA 2D4JA 4DDAA 4H9AA 3W6DA 1IP4A 1B0DA 4NHPA 4X3BA 1IWTA 1JPOA 1LZNA 1SLYA 1WQRA 2BQOA 3TXKA 4KL7A 5LYMA 2Z37A 4ZEEA 4GN5C 4UWUA 5KKIA 1F6SA 2Q0MX 4I0CA 2Z39A 4NSIA 2GV0A 4NGVA 132LA 4HJZA 1LZEA 1IP3A 2BQLA 4ZIXA 1QUSA 5KXPA 1D0KA 1LPIA 5KXOA 1IC5Y 1QQYA 1YQVY 2RSCA 2DQIY 1AM7A 1HERA 1GFGA 2W1YA 1FN5A 154LA 1LSAA 4BAPA 3RZ4A 1LZGA 2D4IA 5K7OA 1UUZC 3WUAA 5HMVA 4I8SA 4NSJA 2HEBA 1W08A 5LVJA 1LJHA 1NQIA 1DKJA 3P4ZA 4MCKA 1GF9A 4WM2A 3A95A 4KPMA 4N1EI 1GFUA 1GXXA 1QSWA 1VAUA 1GDXA 5AMYA 3TXGA 2F30A 2MEEA 3LZ2A 5LAFA 3CT0A 4C5FA 4XJHA 3SP3A 4EOFA 1WTMA 4A7DA 1WVVA 4LYZA 1KIRC 5I54A 1OUGA 1GWDA 2G4PA 1NHEA 4NGYA 1HSWA 1IP7A 1NWGA 4RDSA 1FLWA 1IWYA 1A2YC 3FI7A 3QE8A 3TXFA 4B4JA 3GXRA 5HNLA 4DD0A 5DM9A 1BB3A 4XN6A 2HTXA 3D3DA 1GB5A 1LZ6A 3B6LA 4WO6A 1WQQA 1IP6A 1BGIA 1VFBC 4WLDA 5KXMA 2DBTA 5IELA 5M1YA 1XGPC 3WPLA 207LA 3TXDA 1LSCA 1IORA 3WW6A 4NGJA 1VDTA 1P2CC 2HEFA 9LYZA 1GXV2 2BQIA 1B9OA 5LA5A 1GE2A 5DN5A 1JSEA 1BVXA 3K3TA 7LYZA 5D5FA 194LA 1WQOA 5ILFA 2ZIKA 4NFVA 1NMMA 1IOSA 1B2KA 5B1FA 4YM8A 4H94A 1E8LA 1J1PY 1TCYA 4GCCA 2YBIA 4ETBA 4H1PA 2G4NA 3EBAB 3AZ6A 4IATA 4C3WA 3ZVQA 4GN3A 1HEQA 4U3XB 1O23A 1HHLA 1XEKA 2AUBA 3WPJA 1GFJA 1G7MC 3B72A 3LYOA 4ANRA 4MR1A 2MECA 1IX0A 4J0LA 4HTNA 1BB7A 4M4OA 2WARA 2B5ZA 4WG7A 1GBSA 1LJJA 1T6VL 2CJLA 1KXWA 1ZVHL 153LA 3AZ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YAPA 4HV1A 3E3DA 2HEEA 4PHIA 1LYEA 1GB2A 2C8PA 1HELA 181LA 1JSFA 1C6NA 1RE2A 4YEOA 1L47A 4CHXA 2LYMA 1A4VA 1GDWA 1OUBA 1OUJA 1G0QA 1LMTA 3C8SA 1WTHA 1QSQA 1VDPA 2RBPA 209LA 4WLXA 2ZQ4A 2MEHA 1D2YA 103LA 1BVKC 1JTPL 4XJBA 1IOTA 1FLQA 1LYIA 4EXMA 1CU6A 4ARQA 1HNLA 2RAYX 4PGJB 8LYZA 1CJ8A 1CUPA 1LMNA 4GCDA 3LZTA 4HTKA 3M18B 1VDQA 3CSZA 1L50A 1L79A 1LYFA 3VW7A 2Y8PA 4H9HA 253LA 3OE8A 1QT5A 1C6LA 3TXJA 1EQ5A 3GUNA 1OUDA 3KAMA 4QEQA 1WVUA 1XJTA 2HEAA 1PQDA 1IEEA 3W6CA 1G07A 4ETCA 5FELA 5EBHA 1L06A 4RDSA 3ATNA 1B5WA 4H8ZA 3A96A 2CWIA 249LA 1LZSA 2BQMA 2BLYA 1CU3A 2OTYX 3JR6A 3NY8A 228LA 1DYFA 3GUPA 4NSHA 142LA 1L98A 4NGKA 1V7TA 3OE0A 1LSPA 1B5XA 1QT4A 239LA 2CDSA 2RBOA 2BQBA 1LJKA 4R6CA 2A7FA 1C6MA 4XJIA 1L15A 4EPIA 4WL7A 1ALCA 1C7PA 4HTQA 3AGIA 4WM1A 2LYZA 1C6BA 1C63A 5E4PA 4WLTA 2HU1A 1LSDA 1L40A 1JHLA 1XFPL 3G3VA 2W1MA 3HTGA 1NF5A 3M3UA 4KXIA 3WUNA 111LA 5KXSA 4DJHA 2ANVA 2RB1X 236LA 1QTBA 1EQ4A 1QUGA 1OVHA 2I26L 2DQDY 4DD9A 1UCOA 1QUHA 2EKSC 1LMQA 1KIPC 4LDOA 2LCBA 4TSCA 1J1OY 3RU5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GFR A;  1YAP A;  2W1L A;  4KT3 A;  5APE A;  1GBZ A;  4B4I A;  3CSR A;  4HV1 A;  3E3D A;  2HEE A;  2LHM A;  1B7L A;  4WM4 A;  4PHI A;  5HNC A;  2YBM A;  1IP1 A;  2DQA A;  5HQ1 A;  1WQM A;  1GB2 A;  2C8P A;  1HEL A;  1XEJ A;  3A8Z A;  2F4G A;  3AGG G;  1JSF A;  1KXX A;  2BQG A;  4GCE A;  4XJD A;  3IWR A;  1RE2 A;  3P64 A;  4YEO A;  2N5Z A;  4CHX A;  1B7M A;  1D0L A;  1GEV A;  4ETA A;  4GLA A;  1FKV A;  2LYM A;  2FBB A;  2ZYP A;  1VED A;  1LMP A;  4G4B A;  1YAO A;  4YEM A;  5LA8 A;  1A4V A;  1GDW A;  1CJ6 A;  1W6Z A;  4PRQ A;  5I4X A;  2BQF A;  1OUB A;  2YBJ A;  1OUJ A;  2YVB A;  3ZVQ B;  4YF2 A;  1LYS A;  3W6F A;  1UIB A;  4PJ2 C;  1LMT A;  3G3A B;  5KY1 A;  3CT5 A;  4ZFP A;  2BQD A;  1GFE A;  1FLY A;  1UIC A;  1VDP A;  2HED A;  4N5R A;  4Z3M A;  4WLX A;  2BLX A;  2G4Q A;  4LT1 A;  1BQL Y;  1PS5 A;  2MEH A;  2ZQ4 A;  1UIH A;  4HJV A;  4IJ4 A;  4YOP A;  1C46 A;  1FKQ A;  2XJW A;  5DLA A;  1BVK C;  3AYQ A;  3CSQ A;  1T3P A;  5LIO A;  1LZ4 A;  4TSB A;  1C10 A;  1JTP L;  4QGZ A;  1WTN A;  3TXB A; 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 4OOO A;  1B7R A;  4J7V A;  5IDD A;  1QIO A;  3WU8 A;  5HLL A;  5L9J A;  5LYT A;  1LMA A;  1JTT L;  4NHT A;  1IOC A;  1H87 A;  5APC A;  1LJF A;  5KXT A;  3WUM A;  3HBE X;  5B06 A;  3RNX A;  4WLY A;  3RW8 A;  2MEG A;  4H93 A;  4H92 A;  1UAC Y;  4YEN A;  1QSA A;  3EXD A;  4NGI A;  208L A;  4H9I A;  4NGL A;  4UWN A;  5APD A;  2DQC Y;  3TMU A;  1LHL A;  5E9R A;  2HU3 A;  4HJY A;  5T3F A;  4WM6 A;  4XJF A;  5FEK A;  3A34 A;  1FLU A;  2D4J A;  4DDA A;  4H9A A;  3W6D A;  1IP4 A;  1B0D A;  4NHP A;  4X3B A;  1IWT A;  1JPO A;  1LZN A;  1SLY A;  1WQR A;  2BQO A;  3TXK A;  4KL7 A;  5LYM A;  2Z37 A;  4ZEE A;  4GN5 C;  4UWU A;  5KKI A;  1F6S A;  2Q0M X;  4I0C A;  2Z39 A;  4NSI A;  2GV0 A;  4NGV A;  132L A;  4HJZ A;  1LZE A;  1IP3 A;  2BQL A;  4ZIX A;  1QUS A;  5KXP A;  1D0K A;  1LPI A;  5KXO A;  1IC5 Y;  1QQY A;  1YQV Y;  2RSC A;  2DQI Y;  1AM7 A;  1HER A;  1GFG A;  2W1Y A;  1FN5 A;  154L A;  1LSA A;  4BAP A;  3RZ4 A;  1LZG A;  2D4I A;  5K7O A;  1UUZ C;  3WUA A;  5HMV A;  4I8S A;  4NSJ A;  2HEB A;  1W08 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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