4N1E | Genus

Total Genus 45

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	45
sequence length	127
structure length	127
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3283337824749974__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3283337824749974__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4n1e/I/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3283337824749974__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3283337824749974","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4n1e/I/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3283337824749974__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d007eab3665ad2917effd14/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d007eab3665ad2917effd14/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Immune system/hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural reconstruction of protein ancestry. pubmed doi rcsb
molecule keywords	immunoglobulin variable light chain domain
total genus	45
structure length	127
sequence length	127
chains with identical sequence	J, K, L
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2013-10-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
I	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4n1eI00

5I54A 1YL0X 3WXUA 1AKIA 1NBZC 4IATA 1IP5A 4Z3MA 1LZBA 3LZ2A 1HELA 5DLAA 1DZBX 2ZYCA 2Z39A 5E9RA 1VEDA 2BQHA 4O34A 3T36A 3WVXA 5D5CA 4RW2A 8LYZA 2LZTA 2DQIY 1G7HC 4LT0A 2MECA 1LJEA 1JIYA 4WMGA 4ML7A 4LYCA 1O23A 2YDGA 1YAMA 4OWBA 5LIOA 4J1BA 3G3AB 1GB2A 1PZYA 4WLDA 9LYZA 4NHIA 4ANRA 5E4PA 4H8XA 1KIPC 2ZYPA 4PRQA 3HBEX 4J7VA 4B1AA 3P64A 1C10A 3D3DA 3WW6A 2W1XA 3EBAB 4WG1A 3LYMA 4XJHA 4NWHA 1GAZA 1JKDA 1OUAA 4ZFPA 5A3ZA 2YSSC 2W1YA 4ZIXA 3GXRA 2FBBA 4N1CC 1GF5A 1WTMA 1CNSA 2EIZC 1LZ4A 1VDSA 1BB6A 1NBYC 3P68A 1QSWA 5KXTA 1QTKA 4DDAA 5DN5A 1GF7A 2Y8PA 2Z37A 3P66A 1IP1A 1LAAA 1JTPL 2BQFA 2DKVA 2HU1A 3IWRA 4LYMA 1TDYA 5C6IA 1GFTA 1NDMC 4PJ2C 3QNGA 1IP3A 1GFUA 1BGIA 1YANA 2IHLA 3B0OA 5KY1A 3AB6A 3A93A 5II3A 1T3PA 4NWEA 5D5FA 5ILFA 1LZYA 3EMSA 3W6DA 2Z38A 1A4VA 2D4IA 3TMUA 1CKFA 1KXWA 2NWDX 4NHPA 4WL7A 5L3IA 1I20A 2DQHY 3HFMY 2Z12A 1KIQC 3FE0A 3ZVQA 3A3QA 5KJ9A 2MEDA 4XJDA 5J7CA 2W1LA 5KXNA 5HQ1A 4GCEA 1C43A 5FHWA 1LJKA 1KXYA 1ZV5L 1KIRC 4B0DA 3TXGA 1UIHA 132LA 5IHGA 4CGEA 2F4GA 4WM1A 3AZ4A 4ETEA 2LYZA 3TXFA 1IWXA 1LZRA 3B6LA 1OUCA 1TEWA 4UWVA 4A7DA 4ETAA 4WOAA 5B1FA 1GBZA 1UUZC 4Z46A 1XEIA 5KXKA 1JPOA 4H8YA 1DKJA 5I4YA 4HV1A 3B72A 2BQNA 4OOTA 3OK0A 1HEMA 1DQJC 1IR9A 1EL1A 1LPIA 4NG8A 4DT3A 2HEEA 3W6BA 2MEGA 1WTNA 5DM9A 4DD3A 1E8LA 2RSCA 2HEFA 1OP9B 1HSWA 4PHIA 4W96A 4B49A 1GBYA 1JTTL 5I53A 1IP2A 4L41A 2ZIJA 3AZ5A 1C7PA 1B7SA 4H93A 3GXKA 2CWIA 1IWTA 1QUTA 3ATNA 3IJVA 5FCPA 1LSGA 4ET9A 2BQLA 1LMNA 4XADA 4NGYA 4C5FA 4GLVA 1BWHA 1UBZA 2BQGA 1QSAA 1LSCA 1LJHA 3CSQA 1NHEA 2CJLA 4LYOA 1YAQA 2ZNWY 3B0KA 3HBDA 1QTEA 1AZFA 2HEAA 1LJIA 4QGZA 1GEZA 1GFAA 4PPOA 4BAFA 2MEHA 5KKIA 1OUEA 1GF6A 3AJNA 5KXOA 4ETBA 2DQCY 3AW7A 1D0LA 1MELL 4G9SA 1J1XY 4BAPA 3A6BY 3A34A 3W6CA 5HNCA 5LVHA 4UWUA 1UA6Y 1GF8A 4NEBA 3D9AC 3TXJA 1B7NA 2Z18A 4H1PA 4LT3A 4H9HA 5FDJA 5KXSA 1B0DA 5LYMA 1GDXA 1LSAA 4CHXA 4DD2A 2DQDY 1CKDA 3W3EA 3WH1A 1GBOA 4XJIA 4TTDA 1G7LC 5F9XA 1KXXA 1LSZA 4H94A 2YBJA 4B4JA 1CKCA 1QIOA 4II8A 1LHJA 1DI5A 1UC0A 2EPEA 1IX0A 4H9EA 3WU7A 1GBSA 1GF3A 2Q0MX 3CT1A 4IJ4A 1GPQC 2Z19A 1LSBA 1G7MC 1B2KA 1LYZA 1XGUC 1GXV2 2DQAA 3A95A 3QE8A 5ILCA 1BB5A 4B4EA 1IP4A 4G4CA 2ZIKA 3AW6A 1GBXA 5B1GA 2I26L 1GFJA 3CT5A 1RE2A 2XJWA 1V7SA 1XGRC 3J4GA 3AZ7A 1LZDA 1HSXA 1ZVYB 1VATA 4GLAA 1GB7A 1IOCA 4WG7A 1W08A 1REMA 1VDQA 4NHQA 1GB5A 2LYOA 3WVYA 1GD6A 3WYHA 3ULRA 1JKCA 134LA 4H9BA 1IWYA 1D0KA 1B5YA 1WQMA 4ETCA 4LT2A 3IJUA 1GE1A 1RJCB 2BQCA 1H6MA 1QQYA 4FJRA 5F9UA 5IELA 2C8OA 5KXWA 1LHMA 4NG1A 2A7FA 4N1EI 1LZNA 5LA8A 1LJGA 5LINA 4WM6A 6LYTA 1RFPA 2HEBA 4DYGA 2BQMA 4EMNA 5KXLA 1LZ8A 3A8ZA 4HTNA 4Z41A 1XGQC 1WVVA 1GFEA 1A2YC 2G4QA 3A96A 5A3EA 1JJ0A 2ZQ4A 1LSDA 1OUFA 2D4JA 1LKRA 4NSJA 1CKGA 5EBHA 1IWVA 1IP6A 1JKAA 2DQJY 3CQLA 4WO6A 2BLXA 5AMYA 1LHKA 4W94A 2BQEA 1G7IC 2CDSA 4TWSA 1LYSA 4OWCA 1XSFA 3WUAA 3TMWA 3EO5A 1GDWA 3W6FA 3WULA 1AT6A 2IFFY 3J6KA 1RCMA 4HJYA 3WU9A 4HTQA 1F6SA 3WMKA 1GFGA 1IOQA 1YAOA 1LOZA 4G4BA 4DWXA 4NGKA 2LZ2A 1IEEA 2ZWBA 4LGKA 4R0FA 1GXXA 193LA 3A92A 1YAPA 2HECA 3N9AA 3N9CA 5LYTA 1LZ1A 4NGLA 4QDNA 3AGGG 4XJBA 5KXXA 1DPWA 4XENA 4H9CA 4XJGA 2HTXA 1JTOL 1C08C 4DC4A 4AGAA 4HV2A 1LJFA 4HJVA 1GB6A 1LHLA 1Z55A 1B5VA 4WM2A 3ZVQB 1C45A 1AT5A 2DBTA 3W6AA 1LJ4A 1YROA 1IC7Y 1WQRA 1FKVA 4D9ZA 2BPUA 1B7LA 4DDCA 4OWAA 2XBRA 4GN3A 1JSEA 1LZ9A 1JISA 3TXDA 1FDLY 1ZMYL 1IO5A 1HFYA 2LYMA 4NSIA 1JJ1A 3AYQA 1MLCE 3WU8A 5K7OA 1HEOA 3BKVA 1JEFA 1LZ5A 3HBHA 1NF5A 1GFRA 1HEQA 3EXDA 4XJFA 1OUHA 1FLUA 1GHLA 154LA 4XN6A 135LA 1GF0A 3AGIA 1LZEA 1ZVHL 2BQDA 4U3XB 4NGZA 2BQKA 3VWOA 1LSNA 2VB1A 2EKSC 4DD0A 4WLTA 1GF9A 3WXTA 1IWZA 4GCBA 4RLMA 153LA 1J1PY 1IVMA 4CFPA 1V7TA 1WQOA 1BB4A 1GBWA 1J1OY 2YBMA 3CB7A 4CJ2A 2BLYA 5HMJA 1D9UA 2ZNXY 2D91A 1B7PA 1ALCA 1B5UA 2C8PA 1IY3A 4R6CA 4TUNA 2HUBA 3AGHA 4GCDA 1I56A 4H92A 3WUMA 5F14A 5FEKA 1LJJA 1XGTC 1LTMA 1UIDA 1LZTA 1DI4A 1GAYA 1GFKA 1P2CC 2DQGY 4QEQA 1TAYA 5I5QA 5L3HA 2F4AA 1GFVA 1BB3A 3KAMA 1XFPL 3WUNA 4N5RA 1YKYX 5APFA 1FLYA 4MR1A 1HMKA 5LAGA 5B59A 2FYDA 1IWWA 1GB9A 1I1ZA 4H8ZA 4DDBA 1DI3A 4LFXA 2YBLA 4WLXA 4DD9A 3TXHA 3A90A 1LZGA 3BKHA 4LT1A 1LSFA 1AM7A 5FELA 1LZ6A 4N9RA 1B5WA 4I0CA 1LSYA 4WM4A 5HLLA 4RDSA 1D6PA 1HMLA 5M1YA 207LA 4HP0A 4M6DA 1UIEA 1JKBA 4PRUA 5JENB 2H9KA 3N9EA 4I8SA 5C6LA 4ETDA 1HEPA 1FKQA 3RW8A 1HERA 4WM3A 1GF4A 5KXZA 1IP7A 4YOPA 3LHMA 3CSRA 5KXPA 5B05A 1B7RA 1DXJA 4H91A 1LMTA 1UACY 4NIJA 2FYCA 4RLNA 4YENA 3TXKA 3CT0A 4EOFA 1C46A 1BWIA 1GFHA 5DL9A 1LZSA 5IDDA 5APEA 1IOSA 3P65A 1B5ZA 2MEIA 1OUBA 5FSTA 4DD7A 2WARA 1IR8A 3OJPA 4NGVA 2YBHA 5LAFA 1EQ5A 5LVIA 1LZCA 1D0MA 2MEAA 4GCFA 1UIBA 4AXTA 2ZQ3A 1HENA 1SLYA 1QDRA 1F0WA 2CGIA 3ZEKA 1REZA 1IY4A 4HTKA 4GCCA 3B0IA 2F2NA 4H90A 5KXYA 5LA5A 3P4ZA 5LVGA 5LYZA 1YILA 4G4HA 3WPLA 4TX7A 4GN5C 5C6JA 1F10A 1HFXA 1JJ3A 133LA 1REXA 1LHHA 2LHMA 4P2EA 3TMXA 1REYA 1GE2A 1LCNA 1HF4A 1VFBC 4NSHA 1LSMA 1UCOA 1LHIA 4YF2A 1FBIX 2DQFC 4B4IA 4J1AA 4GN4A 1LMOA 2PC2A 2G4NA 1NKHA 1CJ8A 4TSBA 3TXIA 2XTHA 1JHLA 1LMCA 1JITA 1WQPA 1JUGA 1LYYA 1LZAA 1YL1X 4H9FA 4BS7A 5HNLA 1GB3A 2H5ZA 4NHTA 1YIKA 3LZTA 4NGOA 1TBYA 1NWGA 1CJ7A 4PGJB 1CJ6A 5B06A 1LJ3A 1IC4Y 4KT3A 5APDA 3TXEA 2BQBA 2A7DA 208LA 1GE4A 4CFOA 5L9JA 1F6RA 1LSPA 1VDTA 1BB7A 1HNLA 1B7QA 1RI8B 2FBDA 2G4PA 3FI7A 3LYOA 1OUJA 1JWRA 1TCYA 1WVUA 1EQ4A 1LJNA 4OOOA 3TMVA 2X0AA 4UWNA 4WM5A 2B5ZA 1EQEA 2HU3A 4LYTA 4YEOA 4TSCA 5F81A 5LXWA 2BAAA 1BVKC 3G3BB 4FDYA 4LYZA 1DKKA 4OWEA 1HEWA 2BQAA 3CSZA 5LVKA 1B7OA 1BHZA 1H87A 4NHSA 4KXIA 4LYBA 3RU5A 2YVBA 4LFPA 5KXMA 1FN5A 1YKZX 2DQEY 4OW1A 1QUSA 2D4KA 4WO9A 4YM8A 4QY9A 2W1MA 1LYOA 3AZ6A 4KL7A 4Z98A 4XYYA 3RZ4A 1VAUA 1XEKA 2Z2FA 4HSFA 3WPJA 1LKSA 1OUDA 2ZILA 4DD1A 3M3UA 1INUA 1OUGA 1T6VL 1BVXA 3ATOA 4WL6A 1IR7A 4X3BA 5KXRA 4HPIA 1UICA 1FLQA 1HHLA 4H9AA 3RT5X 2Z2EA 2MEFA 1NMMA 5KKJA 1QDTA 3M18B 1IORA 4G49A 1PS5A 4NY5A 4HPEA 1BWJA 1UIGA 2GV0A 3F6ZA 1GEVA 1SQ2L 1XEJA 4WLYA 3W6EA 7LYZA 3A91A 1UIAA 3K3TA 5DN4A 1D6QA 5HMVA 1FLWA 3MGWA 3LYTA 4ET8A 3A94A 1HFZA 4IASA 3WL2A 1DPXA 2BQOA 4E3UA 2EQLA 4LZTA 6LYZA 194LA 5I4WA 2BQIA 1GB0A 1LMQA 3T6UA 1NQIA 1GE0A 4NSGA 1YQVY 4HJZA 4M4OA 3QY4A 4RW1A 4KPMA 2YBNA 1IC5Y 1CKHA 5F16A 2HEDA 4MSTA 3SP3A 3A6CY 3A67Y 4NGJA 5B07A 1LMAA 4MCKA 4H9IA 2D6BA 1JSFA 1G7JC 3RNXA 1N4FA 2I6ZA 1IOTA 1CJ9A 1W6ZA 2BQJA 4NFVA 1LMPA 4C3WA 1WQQA 1B9OA 1OQMA 1UIFA 1BQLY 1GWDA 2H9JA 2XBSA 5APCA 3TXBA 1VDPA 2N5ZA 4OWHA 4NGIA 4BADA 5LVJA 4N8ZA 5I4XA 1B5XA 2I25L 1GB8A 2MEEA 1NDGC 2YBIA 1B7MA 1WQNA 2F30A 2AUBA 3WPKA 1HC0A 1XGPC 3LYZA 3E3DA 4YEMA 4NGWA 1GE3A 4ZEEA 1IIZA 4N0JA 1OUIA 5T3FA 4J0LA 1IWUA 3LN2A 1LSEA 3A3RX 3WW5A 2MEBA 1YKXX
chains in the Genus database with same CATH superfamily

5I54A 3WXUA 1AKIA 1L77A 1NBZC 1QT3A 1IP5A 4DQJA 2ZYCA 5E9RA 1ZURA 1C6PA 1L86A 1P46A 1L13A 1L87A 1O23A 4OWBA 3G3AB 1PZYA 1QUHA 9LYZA 173LA 4PRQA 4J7VA 4B1AA 2W1XA 162LA 4I7RA 3LYMA 4XJHA 4ZFPA 5LZMA 249LA 2W1YA 3GXRA 1LPYA 1NBYC 3CDOA 3HTGA 1QTKA 239LA 3P66A 2O79A 1LAAA 4LYMA 2HU1A 5C6IA 1TDYA 1GFTA 217LA 1L40A 4PJ2C 1GFUA 1P56A 3JR6A 1YANA 5KY1A 3F8VA 4NWEA 1C6EA 4WL7A 1KIQC 3FE0A 5J7CA 2W1LA 5HQ1A 1L25A 198LA 1LJKA 3D4SA 1ZV5L 1KIRC 1LYFA 1JTMA 1L36A 1D2WA 4ETEA 2LYZA 191LA 1LZRA 4A7DA 1UUZC 4Z46A 4H8YA 3NY8A 4LDOA 145LA 2BQNA 3OK0A 1L69A 2OE4X 1IR9A 1EL1A 2MEGA 1E8LA 1L03A 1OP9B 1GBYA 1JTTL 5I53A 4L41A 1C7PA 3GXKA 3ATNA 1LSGA 4C5FA 4GLVA 5I14A 1UBZA 247LA 2BQGA 1G0JA 1YAQA 3HDEA 1LJIA 1GEZA 5KKIA 109LA 4ETBA 1MELL 4BAPA 3W6CA 5HNCA 4H9HA 5KXSA 1QSQA 1LGWA 4DD2A 3W3EA 1KY1A 4H94A 4B4JA 1LHJA 1B2KA 1GXV2 2RBSA 1IP4A 1L89A 3CT5A 1D2YA 1RE2A 2QARC 1ZVYB 4GLAA 4WG7A 1W08A 1VDQA 1GB5A 2B73A 1JKCA 3GUOA 3DMVA 1B5YA 4S0WA 2BQCA 1L17A 5F9UA 5IELA 2OTZX 2C8OA 5LA8A 1LZNA 1C6IA 1LJGA 2HEBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5I54 A;  1YL0 X;  3WXU A;  1AKI A;  1NBZ C;  4IAT A;  1IP5 A;  4Z3M A;  1LZB A;  3LZ2 A;  1HEL A;  5DLA A;  1DZB X;  2ZYC A;  2Z39 A;  5E9R A;  1VED A;  2BQH A;  4O34 A;  3T36 A;  3WVX A;  5D5C A;  4RW2 A;  8LYZ A;  2LZT A;  2DQI Y;  1G7H C;  4LT0 A;  2MEC A;  1LJE A;  1JIY A;  4WMG A;  4ML7 A;  4LYC A;  1O23 A;  2YDG A;  1YAM A;  4OWB A;  5LIO A;  4J1B A;  3G3A B;  1GB2 A;  1PZY A;  4WLD A;  9LYZ A;  4NHI A;  4ANR A;  5E4P A;  4H8X A;  1KIP C;  2ZYP A;  4PRQ A;  3HBE X;  4J7V A;  4B1A A;  3P64 A;  1C10 A;  3D3D A;  3WW6 A;  2W1X A;  3EBA B;  4WG1 A;  3LYM A;  4XJH A;  4NWH A;  1GAZ A;  1JKD A;  1OUA A;  4ZFP A;  5A3Z A;  2YSS C;  2W1Y A;  4ZIX A;  3GXR A;  2FBB A;  4N1C C;  1GF5 A;  1WTM A;  1CNS A;  2EIZ C;  1LZ4 A;  1VDS A;  1BB6 A;  1NBY C;  3P68 A;  1QSW A;  5KXT A;  1QTK A;  4DDA A;  5DN5 A;  1GF7 A;  2Y8P A;  2Z37 A;  3P66 A;  1IP1 A;  1LAA A;  1JTP L;  2BQF A;  2DKV A;  2HU1 A;  3IWR A;  4LYM A;  1TDY A;  5C6I A;  1GFT A;  1NDM C;  4PJ2 C;  3QNG A;  1IP3 A;  1GFU A;  1BGI A;  1YAN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4N1EI

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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