4NEBA

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 0.5 m mncl2
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4nebA00
1CKGA 2CGIA 1W08A 2Q0MX 1GE2A 1IY3A 1HFYA 1HENA 1I20A 5I54A 4ANRA 4DT3A 1LZRA 4E3UA 1GB0A 1FLUA 1LJJA 1LZEA 1GB2A 1I56A 3OJPA 1RI8B 4NWEA 4PRQA 3J6KA 3W6BA 1O23A 1JKAA 1GBSA 4HJZA 2BQFA 1GB5A 5HQ1A 4KL7A 1B7QA 2Z39A 3A93A 4LYMA 1IEEA 8LYZA 4J0LA 1KXYA 5APEA 4G49A 4ML7A 4C3WA 2DQCY 1IWVA 4ETBA 3IJVA 4LYCA 1JPOA 3P4ZA 1J1PY 1BB4A 3LYZA 2BQHA 3W6FA 5FEKA 5LXWA 5KKIA 2ZYCA 2DQDY 5AMYA 4UWUA 1OUGA 208LA 3CB7A 4HTNA 4NGIA 4EMNA 1NQIA 1QUTA 1GE0A 4N9RA 3WU7A 2HU3A 1LMOA 1D0LA 1SQ2L 2BQGA 5FDJA 1UA6Y 4H9HA 4NHIA 3QY4A 1DZBX 3WVYA 1OP9B 2FYDA 4R6CA 4DYGA 4B49A 4LYBA 4DD0A 2H5ZA 1LJHA 2XBSA 3WPLA 3TMUA 1C45A 3P64A 1CJ7A 3KAMA 1IWTA 1OQMA 4LT2A 4M6DA 3WULA 1LMCA 4B4EA 4EOFA 134LA 2DQHY 2BQDA 3RW8A 1BB3A 2EQLA 1H6MA 1F6RA 4NHSA 3TMXA 4YEMA 4ETAA 1BB7A 1LZ6A 1GHLA 1B7NA 1GE1A 3EXDA 1LZGA 4J7VA 3ZEKA 1D6QA 4LZTA 2IFFY 1B5XA 5HNCA 4RDSA 3ULRA 132LA 1WQNA 4OWHA 4PPOA 2BQEA 1YKYX 3QNGA 2Z12A 4N1CC 2YSSC 1GAYA 2FYCA 4OOOA 1OUDA 1FKVA 1W6ZA 1YIKA 1GFRA 2GV0A 1YL1X 1HMKA 2W1XA 2D6BA 4TX7A 5IDDA 5ILFA 1B5VA 2MECA 1GB6A 1IWWA 2CDSA 3FI7A 1IOSA 1LZBA 1LSFA 1OUFA 207LA 1LJ4A 5LVKA 4B1AA 1HSXA 3ATNA 4XJIA 5B1FA 3VWOA 1NDMC 5HNLA 1UIEA 3RU5A 1FKQA 2NWDX 1DXJA 1G7JC 4H9EA 1YQVY 3A3RX 1LYOA 1LSCA 4QGZA 2A7FA 4PRUA 3N9EA 4G4CA 2XJWA 1EQ5A 1NKHA 1GWDA 2MEDA 4TSBA 4GCBA 3AGGG 2HEEA 1GDWA 4N8ZA 3M18B 1LOZA 1C08C 1I1ZA 1XGUC 4H92A 4XENA 5DN5A 3W6AA 2YVBA 3ZVQA 1QIOA 4CHXA 1KXXA 1LHJA 2PC2A 2YBLA 1B5WA 1GF7A 4NEBA 1MELL 1EL1A 2ZILA 1DPXA 5C6JA 4KT3A 2BQAA 4BAPA 5ILCA 4LT1A 1JTTL 1VATA 3A92A 1LYSA 1ZMYL 1UIBA 1GBZA 5M1YA 1UIFA 5IELA 1BQLY 3G3AB 1B7LA 154LA 3AZ4A 1AZFA 1WQQA 3WU8A 5II3A 1VDQA 4GN4A 4OWCA 1WQMA 1KIRC 1IC4Y 2YDGA 4AXTA 4NGLA 3A94A 2XBRA 2ZQ3A 1E8LA 2W1MA 4HTKA 1Z55A 1ZVYB 2HU1A 1IP7A 4TSCA 1LTMA 1RCMA 4H90A 5KXXA 1LHMA 4MR1A 1AKIA 1YAPA 1LJGA 1JJ1A 5KXWA 2Z2FA 2LYZA 4DD1A 4CFPA 5JENB 3OK0A 1BHZA 1JIYA 4DDCA 3TXDA 1HC0A 1JSFA 1FBIX 1QDRA 1TBYA 5B59A 1CJ8A 4OWEA 3WMKA 2YBJA 1FLWA 1GF0A 5KXYA 3W6DA 1LZ8A 2BPUA 1GFUA 1DKJA 5LVIA 1HFZA 1IP4A 1A2YC 2ZNWY 1YILA 3A6CY 4LFPA 1GB7A 5I53A 4D9ZA 1IOQA 4GCFA 4H8ZA 3F6ZA 3WH1A 1OUBA 2C8OA 3WXUA 1QTEA 1GD6A 4YM8A 5I4XA 1LKRA 4PGJB 4ETDA 5KXMA 1DQJC 1BWHA 4XN6A 1JKCA 5DN4A 2LYMA 5K7OA 2MEAA 4LT3A 4RLMA 1WQPA 5I4YA 1JUGA 4WM1A 3A91A 2Z2EA 2ZIKA 1RJCB 1DI5A 2EKSC 2D91A 3WL2A 1ZV5L 2BQLA 1H87A 3LYOA 3ZVQB 1LJEA 2BQCA 1LYYA 3T36A 4Z46A 4NHQA 3W3EA 1J1XY 4B4JA 5F14A 1YAMA 4A7DA 1UC0A 1XFPL 1PZYA 1BGIA 2DKVA 3GXRA 5LVHA 2BQBA 1NBZC 4LFXA 4MSTA 5LA8A 4ETCA 4YF2A 2HEBA 2D4JA 3ATOA 1OUEA 1C10A 1IIZA 4I0CA 4WLTA 4CGEA 5B1GA 4NY5A 2DQAA 1AT5A 1GBXA 1REZA 1IOCA 4GN3A 1FLYA 1LHHA 1F10A 1GFEA 1GXV2 1UIGA 4HV2A 3FE0A 2HTXA 1GFJA 4PJ2C 2BAAA 5A3ZA 1JEFA 4RW1A 4OOTA 4PHIA 4CFOA 4ZIXA 1WTNA 1YAQA 1LHLA 4H1PA 2I26L 1GFVA 3HBEX 4H8YA 4DC4A 3LN2A 1HEWA 2BLXA 1CJ9A 2LHMA 1BB6A 1C46A 4U3XB 3SP3A 1JWRA 1WVVA 2FBDA 2IHLA 5B06A 1B2KA 1HEQA 153LA 3EO5A 3RT5X 1NBYC 1GF5A 1LZYA 1B9OA 1IP3A 3K3TA 1HF4A 1HHLA 4WO6A 1AT6A 4IATA 4B4IA 1IC5Y 4H9FA 5LYZA 4NIJA 4ET8A 4NFVA 3T6UA 5L9JA 4Z41A 3AYQA 5LAFA 1D9UA 1LHKA 3CSQA 1XEKA 5HLLA 4BS7A 3LYMA 1XGQC 1YL0X 3AJNA 4NGYA 1RFPA 2ZWBA 2D4KA 1KIQC 1IC7Y 2X0AA 5F16A 1GBWA 3G3BB 1IR9A 2Z37A 4ETEA 4Z3MA 2MEHA 3LZTA 4DD3A 1LKSA 1CNSA 2I6ZA 3LYTA 5F9XA 4G4BA 3A95A 4HSFA 1HEMA 1WQOA 2HUBA 4NGWA 3P65A 4YEOA 2F30A 2W1YA 1LZ4A 1OUIA 4O34A 1BVXA 5KXNA 4OWAA 135LA 1BWIA 1GB3A 4KPMA 3A3QA 1TCYA 1LZDA 1LMQA 5E4PA 3TXGA 1DI3A 1MLCE 1EQEA 1EQ4A 1IORA 3AGIA 1REMA 1HELA 2G4PA 1CJ6A 1HEOA 1LSNA 3P68A 1QSAA 1YROA 4X3BA 4W96A 1GF4A 3HBDA 2A7DA 1HFXA 1QDTA 3RZ4A 1OUAA 3N9CA 3LHMA 1GE4A 2DQEY 2XTHA 3AW6A 4B0DA 1IP5A 1FLQA 1GFTA 5E9RA 5L3HA 1GB9A 1IVMA 4Z98A 1TAYA 4OW1A 1LJ3A 4DDAA 4QDNA 1XGPC 5DLAA 1JTOL 1LJIA 2YBIA 2MEBA 4H9CA 5I4WA 1LJFA 1GB8A 1TDYA 1UUZC 4HJYA 1QSWA 5D5CA 4H93A 3B72A 3WPKA 2ZQ4A 1GEVA 2MEIA 1B7OA 2DQFC 1ZVHL 2RSCA 4TWSA 1UIDA 3EBAB 1KIPC 1NWGA 3LZ2A 1HSWA 1WQRA 4HJVA 2DQJY 3E3DA 5FELA 4R0FA 5FCPA 4WM6A 1LSBA 1JISA 3AW7A 4GLAA 3TXHA 1VDSA 5KXLA 4KXIA 4GLVA 5FSTA 2EIZC 1LSYA 3A96A 1INUA 1B7MA 2HECA 2YBMA 2YBNA 3W6EA 1IWUA 1LSDA 5KKJA 4BADA 1HERA 4WO9A 3TXIA 4BAFA 2W1LA 3WPJA 3D3DA 4ET9A 2LZTA 4J1BA 1JKDA 1G7LC 1J1OY 2Z38A 1B7PA 3AGHA 4XJFA 4H91A 1LSPA 2DQIY 5J7CA 2Z19A 4TTDA 1LMTA 2F2NA 1IR8A 4WL6A 1CKFA 5A3EA 1SLYA 4NGJA 1IY4A 1JHLA 3A90A 3CQLA 4UWNA 3B0OA 3WUAA 193LA 1CKHA 3D9AC 3WUMA 3TMVA 4QY9A 5L3IA 4WL7A 4H94A 4NG1A 2D4IA 2VB1A 1IOTA 1UACY 1V7TA 4HV1A 3WVXA 5APDA 1IP6A 5DM9A 1YANA 5KXTA 1GEZA 1GBYA 1DKKA 2N5ZA 3AZ6A 4XJGA 5LIOA 6LYTA 2MEFA 2I25L 3P66A 3WW6A 4CJ2A 1LCNA 1WTMA 4WM2A 5KXZA 1B5UA 1LSGA 5T3FA 4NG8A 4ZEEA 4II8A 1IP2A 1OUCA 3A34A 1GFHA 3CT0A 2ZNXY 5KXPA 1LSEA 4RLNA 1GFAA 1LMAA 1GDXA 1QQYA 4RW2A 4UWVA 1BWJA 4M4OA 1LJKA 4G4HA 2YBHA 2Z18A 1UCOA 1HMLA 3CT1A 5DL9A 1UICA 5EBHA 3J4GA 5LAGA 2CWIA 1YKXX 4FJRA 5D5FA 1GF6A 3WUNA 1IO5A 1JKBA 1LYZA 4N5RA 3WW5A 4QEQA 5I5QA 1LZ9A 2BLYA 2H9KA 3B0IA 1LZ1A 4NSHA 1LSMA 4HPIA 1F0WA 2F4GA 4WLYA 5F81A 3WU9A 5LINA 1LHIA 2MEEA 4NHPA 4WG1A 3GXKA 1DI4A 5LYMA 2BQKA 4DWXA 3AB6A 4NGOA 1N4FA 2G4QA 1P2CC 4WMGA 1QUSA 4H9IA 4XADA 1IWXA 1GXXA 7LYZA 5LYTA 1IWZA 3TXBA 2LZ2A 1C43A 3WYHA 1BVKC 1LSAA 1JSEA 1A4VA 3CSZA 1YAOA 3IJUA 4NGZA 4NGVA 4W94A 4DD7A 1QTKA 2F4AA 1D6PA 3TXKA 2H9JA 1NDGC 2HEAA 3A6BY 1UIAA 1GBOA 4XJHA 1HNLA 1REXA 1TEWA 2FBBA 1OUJA 2Y8PA 1GF3A 4WLDA 1NMMA 4LGKA 3TXEA 3TXFA 4GCDA 1RE2A 1LMNA 3IWRA 4FDYA 1BB5A 2ZYPA 5C6LA 1YKZX 1LZSA 1JITA 2HEDA 3AZ7A 1T3PA 1XEJA 4MCKA 2CJLA 4L41A 3CSRA 4C5FA 4H9AA 2DQGY 2LYOA 5KXOA 4NSJA 1GPQC 4WG7A 4XJDA 1F6SA 1XGRC 1JJ0A 3A8ZA 4NGKA 1DPWA 4IASA 4WM4A 4I8SA 1C7PA 1GF9A 4LYZA 5B07A 1WVUA 2WARA 1ALCA 4GCCA 4N0JA 4P2EA 4YOPA 5C6IA 1LSZA 3EMSA 1B5ZA 3RNXA 3TMWA 1LZTA 1AM7A 1LZAA 1REYA 1UBZA 3B6LA 4WM3A 4LT0A 1UIHA 3TXJA 5LVGA 1VAUA 3CT5A 1LZNA 4HP0A 1IR7A 9LYZA 1FDLY 1CKDA 2C8PA 3HFMY 1IWYA 5F9UA 5LVJA 1KXWA 2B5ZA 1IX0A 4J1AA 4WOAA 1XSFA 1LJNA 4GN5C 6LYZA 5KY1A 4WM5A 1GE3A 4GCEA 4YENA 5HMVA 1D0KA 4WLXA 4DDBA 1VDPA 4H8XA 1LZCA 4HPEA 1G7MC 1T6VL 2AUBA 5KJ9A 3BKVA 4OWBA 1B7SA 1JJ3A 2BQIA 5APCA 4DD2A 5LA5A 5IHGA 1PS5A 5KXSA 3BKHA 1JTPL 2BQOA 4XJBA 3W6CA 1XEIA 2ZIJA 4AGAA 3B0KA 4DD9A 1XGTC 3A67Y 3AZ5A 4NWHA 3MGWA 133LA 1LPIA 4LYTA 3HBHA 1GFKA 1LZ5A 1HEPA 1CKCA 1GF8A 2DBTA 1VDTA 2BQMA 1V7SA 4H9BA 5FHWA 4ZFPA 1B5YA 1FN5A 2EPEA 3M3UA 3QE8A 3WXTA 4NSIA 4XYYA 1LMPA 2BQNA 4HTQA 4G9SA 3N9AA 5KXRA 1OUHA 1NHEA 1VFBC 4TUNA 1IP1A 4IJ4A 4LYOA 1G7HC 1B0DA 1VEDA 4N1EI 1LAAA 5KXKA 5APFA 1B7RA 4NHTA 2MEGA 1G7IC 2HEFA 2G4NA 194LA 1D0MA 2BQJA 1GFGA 5B05A 4NSGA 5HMJA 1NF5A 1GAZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
125LA 1CKGA 2CGIA 155LA 1W08A 232LA 5I54A 4DT3A 1LZRA 3ODUA 1GB2A 1O23A 4HJZA 3SB5A 1GB5A 1B7QA 4W56A 3HDFA 1L58A 4G49A 4ML7A 1G07A 3P4ZA 2BQHA 5KKIA 2ZYCA 2DQDY 4EMNA 4HTNA 1GE0A 1D0LA 1SQ2L 199LA 4NHIA 3QY4A 4R6CA 4LYBA 1CUQA 2H5ZA 2RBSA 3P64A 1CJ7A 3WULA 3SBBC 134LA 2OTZX 163LA 2DQHY 2BQDA 1BB3A 4YEMA 3DKEX 4LZTA 2O7AA 5HNCA 3ULRA 2OU9A 4PPOA 3QNGA 2RB1X 2YSSC 1YIKA 1FKVA 1GFRA 2GV0A 1HMKA 5IDDA 2MECA 2CDSA 2OU8A 1IOSA 1LSFA 1L49A 111LA 1LJ4A 4XJIA 4I7NA 1NDMC 1C6MA 1DXJA 144LA 4QGZA 1LSCA 259LA 3N9EA 241LA 2HUMA 1GWDA 4N8ZA 3W6AA 1L21A 7LZMA 233LA 1GF7A 2ZILA 5LZMA 1DPXA 1L94A 209LA 3NYAA 3PDSA 5ILCA 1L56A 3G3AB 1B7LA 248LA 1WQMA 4NGLA 2XBRA 2ZQ3A 2IGCA 1E8LA 1Z55A 195LA 1CV0A 1LHMA 3NY8A 4MR1A 1AKIA 2LYZA 1BHZA 3TXDA 1D3NA 1HC0A 1FBIX 1QDRA 1CJ8A 3W6DA 5LVIA 1A2YC 3A6CY 4LFPA 230LA 1SWZA 4GCFA 4H8ZA 1OUBA 4YM8A 5KXMA 4AQNA 4ETDA 1BWHA 4LT3A 3F8VA 1JUGA 3A91A 2D91A 206LA 2BQCA 5F14A 1XFPL 3GXRA 3G3XA 1NBZC 1SSYA 2HEBA 1L45A 1C10A 224LA 1L85A 1EPYA 4GN3A 1LHHA 229LA 3FE0A 2O79A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CKG A;  2CGI A;  1W08 A;  2Q0M X;  1GE2 A;  1IY3 A;  1HFY A;  1HEN A;  1I20 A;  5I54 A;  4ANR A;  4DT3 A;  1LZR A;  4E3U A;  1GB0 A;  1FLU A;  1LJJ A;  1LZE A;  1GB2 A;  1I56 A;  3OJP A;  1RI8 B;  4NWE A;  4PRQ A;  3J6K A;  3W6B A;  1O23 A;  1JKA A;  1GBS A;  4HJZ A;  2BQF A;  1GB5 A;  5HQ1 A;  4KL7 A;  1B7Q A;  2Z39 A;  3A93 A;  4LYM A;  1IEE A;  8LYZ A;  4J0L A;  1KXY A;  5APE A;  4G49 A;  4ML7 A;  4C3W A;  2DQC Y;  1IWV A;  4ETB A;  3IJV A;  4LYC A;  1JPO A;  3P4Z A;  1J1P Y;  1BB4 A;  3LYZ A;  2BQH A;  3W6F A;  5FEK A;  5LXW A;  5KKI A;  2ZYC A;  2DQD Y;  5AMY A;  4UWU A;  1OUG A;  208L A;  3CB7 A;  4HTN A;  4NGI A;  4EMN A;  1NQI A;  1QUT A;  1GE0 A;  4N9R A;  3WU7 A;  2HU3 A;  1LMO A;  1D0L A;  1SQ2 L;  2BQG A;  5FDJ A;  1UA6 Y;  4H9H A;  4NHI A;  3QY4 A;  1DZB X;  3WVY A;  1OP9 B;  2FYD A;  4R6C A;  4DYG A;  4B49 A;  4LYB A;  4DD0 A;  2H5Z A;  1LJH A;  2XBS A;  3WPL A;  3TMU A;  1C45 A;  3P64 A;  1CJ7 A;  3KAM A;  1IWT A;  1OQM A;  4LT2 A;  4M6D A;  3WUL A;  1LMC A;  4B4E A;  4EOF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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