4NG1A

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 1.9 m cscl
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ng1A00
4QDNA 5JENB 3GXKA 5F9XA 3A3RX 4D9ZA 1GE2A 4H90A 194LA 3WVXA 3ZVQB 1GBWA 3B6LA 4WO9A 1UIBA 1LPIA 1UIDA 2W1MA 4GLAA 4A7DA 1FLQA 4LGKA 5I54A 1JKBA 1JWRA 4LYMA 1TDYA 1JTOL 3AZ4A 3AZ5A 1LJEA 1T3PA 2DQEY 4HPEA 1LZRA 4YEMA 5L9JA 1GFRA 3T36A 1GBOA 2HEAA 1INUA 1FDLY 1JKAA 1VDTA 3WU9A 1UICA 1H6MA 2BAAA 1NMMA 3TXEA 4ZEEA 5KXMA 2YBIA 2ZIKA 1GFJA 1IR7A 2ZIJA 1UCOA 2YBJA 3N9AA 1GB5A 5HNCA 4Z46A 5FEKA 4B4IA 9LYZA 4LYTA 1GEZA 4XENA 1B2KA 5C6JA 5LVJA 4Z41A 3WL2A 5A3EA 1FLYA 4TTDA 1GB0A 2DQFC 2I6ZA 1B5UA 2HUBA 1LMAA 4CFPA 3HFMY 1A4VA 5M1YA 1DKJA 4OOTA 5D5FA 1WQRA 1VEDA 2ZYPA 1B9OA 1XEJA 3A3QA 3LZTA 4NEBA 5IDDA 5LAGA 5AMYA 2N5ZA 4ZIXA 4N8ZA 1QUSA 1YAQA 5DM9A 1XGPC 4NGJA 5B1FA 3LHMA 3P4ZA 2G4NA 4LT0A 3TMVA 1JJ0A 1GF7A 1QIOA 2F30A 1CJ9A 1BWIA 2H9KA 2Z2EA 1LYZA 5C6LA 5LYMA 2ZILA 3CB7A 1YAPA 2XTHA 3EBAB 1DKKA 4WM6A 1LZDA 2MEDA 3TXKA 1WVVA 2Z12A 3ATNA 3CSRA 3EMSA 4U3XB 1BWJA 4NG8A 4M6DA 4DC4A 4QY9A 4B4JA 4ETCA 1B7OA 3B0IA 5KY1A 5LVIA 5KXXA 2PC2A 1LJNA 1TBYA 1AM7A 2DQIY 2YBNA 2Z39A 4XJFA 4XJHA 3TXFA 3M3UA 4H9CA 4E3UA 1OUAA 4H9AA 4B1AA 3AW6A 1ZV5L 1GDWA 2W1XA 5KXKA 4IASA 1FKVA 5FCPA 5KXLA 4J0LA 1LZ6A 2YDGA 1LZ9A 1CKHA 1OUEA 1OUHA 1YKXX 1DXJA 5APEA 4YOPA 3WUAA 207LA 5B05A 5FELA 5I53A 1IORA 1C7PA 1LZSA 1OUCA 1REZA 1BB4A 1LJJA 3WXTA 134LA 4B0DA 4GCCA 5HLLA 1LYYA 2YBMA 5K7OA 1UACY 1GB2A 154LA 1CNSA 1GFEA 4XJIA 1NDGC 4QGZA 2YBHA 5KXRA 1LMPA 2XBRA 2W1YA 3P64A 1WQOA 4LT1A 4Z3MA 2VB1A 4HV2A 4LFPA 1LHIA 1YILA 5B1GA 3D3DA 3W6CA 3OK0A 2DQJY 1FN5A 2BLYA 1A2YC 4NSJA 4NGKA 5B07A 1NHEA 2DKVA 3IJUA 1JEFA 1HFYA 1FKQA 1B7PA 3RW8A 1LCNA 4Z98A 4LT2A 2G4QA 1WVUA 1DQJC 1HSXA 1IWVA 2D91A 1LJGA 3A93A 4ET9A 1LHLA 1LZAA 1ZMYL 4G4CA 3A91A 4XN6A 1UIFA 2ZQ4A 4H94A 4R6CA 4HJYA 4RLMA 3TMXA 4WM2A 1PZYA 5E4PA 4BAPA 1C45A 4N5RA 1IVMA 1LYSA 1UIGA 4H9EA 1AT6A 1LAAA 4MSTA 1HNLA 4XYYA 3LYZA 4YF2A 1IP4A 4C3WA 5LVGA 1IP5A 1JJ1A 4DD9A 1JKDA 1LSBA 4N0JA 1IP6A 1DI4A 2C8OA 3A92A 5LAFA 1OUJA 4LZTA 5FDJA 1LSNA 1JISA 2D6BA 3WUMA 1YAOA 1F10A 1OUFA 1LZ4A 2W1LA 2ZYCA 3RU5A 1JITA 4OW1A 1REYA 8LYZA 1G7HC 1LMOA 1YL1X 1GE3A 1LSAA 1VDQA 3A90A 4H8XA 4M4OA 1D9UA 3AZ7A 4NGVA 3WU7A 5LIOA 1LSZA 4GCEA 2D4JA 2DBTA 4NGLA 1GF3A 2MEFA 3RT5X 1IWWA 1NKHA 4NGYA 3WPLA 5I5QA 5LVHA 3AGIA 1LSFA 6LYTA 1G7MC 4NHIA 1GHLA 3P66A 1H87A 1DZBX 1HEMA 1GB9A 2WARA 1HMLA 1KIRC 2DQAA 1D0MA 4KPMA 2Z38A 4UWVA 2MEIA 2LYZA 1LTMA 4RLNA 1LMNA 1LSCA 4PPOA 4XJBA 1IR9A 3LYMA 1AZFA 2DQDY 1GD6A 1WQNA 3G3AB 3WU8A 1LSYA 2X0AA 4RW1A 4HV1A 1GB3A 1LHMA 2CGIA 4MR1A 2NWDX 4GCFA 4LFXA 5I4YA 1GFHA 1LSPA 1VFBC 4J1AA 1D6PA 3FE0A 1LZYA 1KXWA 1GB6A 4DD1A 1HFZA 3KAMA 5APFA 1LJKA 1LSDA 1C46A 2BQKA 5IHGA 133LA 3T6UA 3W6BA 1JTTL 1IY3A 1OUDA 2EKSC 3IJVA 2B5ZA 2BQDA 1B5VA 4HPIA 1IWXA 4ETBA 4EOFA 1OUIA 1UC0A 4NWHA 1HF4A 1QTEA 1B5WA 1LHKA 5KXTA 1LYOA 4HJZA 5I4XA 1TAYA 4WM4A 5LA8A 1YROA 4DDBA 2BQHA 1GAZA 1EL1A 1UA6Y 1NQIA 2DQGY 4H92A 4BS7A 4EMNA 1OUGA 1HEOA 4NHSA 3MGWA 1GF6A 1GE0A 2EIZC 4X3BA 1ALCA 1B5YA 1JIYA 5F14A 4J7VA 1C10A 4ETAA 1LZ8A 2ZWBA 4DD2A 4WLYA 1SLYA 3AGHA 1GF9A 1GF0A 1I20A 4N1CC 4NY5A 1REXA 4WM1A 5LXWA 5I4WA 2DQHY 4CFOA 1DPWA 3LN2A 4H1PA 1JKCA 1RJCB 4LYCA 1HFXA 1IP3A 1C08C 2F2NA 4N1EI 4NGOA 1Z55A 1BQLY 1LJIA 1G7IC 1JJ3A 3AYQA 4GN4A 2A7FA 1QSWA 2LYMA 3J6KA 2YVBA 4DT3A 5LINA 2MEEA 3CT0A 3TMWA 1IO5A 3BKHA 1KIPC 3E3DA 4UWUA 4WM3A 2RSCA 4HTQA 4W96A 2MEHA 1NBZC 3N9EA 4LT3A 3A8ZA 1IWUA 4RDSA 1T6VL 4TSCA 1IC4Y 3WPKA 2BQCA 1CJ8A 4GN3A 3TXIA 5A3ZA 5B59A 4B4EA 1LZ1A 1CKGA 4NHPA 2HU3A 4H93A 4ANRA 1NBYC 1HEQA 5KXWA 4ML7A 1GXV2 3W6AA 3WYHA 4AGAA 4KL7A 4G49A 5EBHA 4TSBA 4O34A 4NWEA 4HTNA 3ZVQA 3TXDA 2HEDA 2ZNWY 5FHWA 3EO5A 1GBSA 2D4KA 1BWHA 1LZBA 3A67Y 3A6BY 4DDAA 2BQFA 4B49A 4DYGA 4MCKA 1XGRC 1LJHA 4H91A 4IJ4A 1UIEA 5II3A 1JSEA 4NHQA 1QUTA 1LJ4A 3GXRA 1IOTA 1LHHA 2BQMA 4OOOA 5C6IA 4WG1A 4OWAA 1D0LA 4H8ZA 2LYOA 1GBYA 2HTXA 2Z18A 1PS5A 1NF5A 1UUZC 4H8YA 1AKIA 4KXIA 4NG1A 4PHIA 5KXYA 1RI8B 1LKRA 4LYOA 2BQOA 1IR8A 1VATA 2EQLA 5KXZA 5LYZA 1XGQC 2Y8PA 1LZ5A 1RCMA 2CJLA 1GFKA 1HHLA 3AB6A 3HBHA 1QDTA 3B72A 1RE2A 4GCBA 3VWOA 4BAFA 1JUGA 1LMCA 1LZGA 2LHMA 3A95A 3K3TA 3LZ2A 3W3EA 3TXHA 1IWZA 1UIAA 3A34A 3D9AC 2Z19A 1JHLA 2BQIA 3J4GA 1IOSA 3QY4A 1BVKC 1BVXA 4LYZA 4TX7A 5FSTA 3WMKA 4PJ2C 3TXBA 4BADA 1DI3A 1GFTA 5J7CA 1B7QA 1BHZA 2Z37A 2MECA 2H9JA 2HEEA 4H9HA 2G4PA 4HSFA 1XEIA 1LSMA 1JSFA 1F0WA 1TCYA 2BQGA 4L41A 4WL6A 1DPXA 5B06A 5KXSA 1QQYA 1GF8A 4N9RA 4NSHA 5F81A 2ZNXY 4DD3A 2LZ2A 4OWCA 1EQ4A 1UBZA 5APDA 1RFPA 5ILCA 1WQMA 1GF4A 1CKCA 1XSFA 3AJNA 2FYCA 1XFPL 2IFFY 4G4BA 4W94A 1GWDA 4NSIA 1XGTC 1HC0A 2FYDA 4NFVA 1QDRA 4QEQA 1YKYX 1CJ7A 1J1OY 1YANA 1LJFA 4CJ2A 4DDCA 1GXXA 2ZQ3A 1B7MA 1LSEA 1ZVHL 1I1ZA 5D5CA 1HMKA 1B0DA 3CT1A 3HBDA 4NSGA 4I0CA 4YENA 1GB8A 1QSAA 1LKSA 1FBIX 2HU1A 4OWHA 1TEWA 4PRUA 1BB7A 2DQCY 1YKZX 5LA5A 4IATA 4I8SA 1GFUA 2GV0A 3OJPA 3CQLA 4ZFPA 1HELA 1REMA 2BPUA 5KKIA 4PGJB 1XEKA 1XGUC 2MEBA 5APCA 1IC5Y 4OWEA 5E9RA 1HEWA 1IIZA 1FLWA 1WQPA 1V7TA 1VAUA 4FDYA 3W6DA 4DD0A 3G3BB 4NGIA 1LMQA 1YQVY 4WM5A 3WUNA 4XJDA 208LA 2Z2FA 153LA 3RZ4A 1KXXA 4PRQA 3IWRA 4WLTA 3CSQA 4XJGA 5DL9A 4ET8A 4CGEA 2EPEA 1OP9B 1UIHA 5HNLA 1GE1A 5HMVA 1O23A 4G4HA 1D0KA 2BQJA 3P65A 1HERA 4G9SA 1GPQC 2CWIA 1LJ3A 2IHLA 4XADA 1YL0X 3W6FA 5L3IA 1ZVYB 5LYTA 7LYZA 4TWSA 1IEEA 2I26L 2D4IA 5F16A 4UWNA 4OWBA 1SQ2L 1BB6A 2F4AA 3AW7A 3WW5A 4ETDA 2XBSA 1CKDA 1GFAA 3LYOA 4DWXA 2BQEA 5IELA 4WO6A 4FJRA 4YEOA 5F9UA 2CDSA 3SP3A 1C43A 1GAYA 3B0OA 1LMTA 2HEFA 1IP7A 2LZTA 1DI5A 4C5FA 3F6ZA 1F6SA 3WULA 3BKVA 1GF5A 5HQ1A 1HSWA 1NWGA 2BQNA 1F6RA 3A94A 1V7SA 3B0KA 4WG7A 5KXPA 1MELL 3A6CY 2YBLA 1IOCA 2FBDA 1CKFA 1GE4A 4WLXA 4NIJA 5KXOA 4WL7A 1GB7A 1HEPA 3WVYA 1EQ5A 4P2EA 1OQMA 1B7LA 1VDPA 2Q0MX 1JTPL 3ATOA 4H9FA 1P2CC 1BB3A 4KT3A 3CT5A 3WW6A 1E8LA 4GN5C 1WQQA 3HBEX 4HP0A 1JPOA 3WPJA 4YM8A 4GCDA 4WMGA 3W6EA 4WOAA 3P68A 3RNXA 132LA 1LZCA 1YAMA 1B7NA 1B7RA 1LHJA 4R0FA 4J1BA 3WH1A 4ETEA 4NHTA 4CHXA 1WTMA 2C8PA 1KIQC 4H9BA 1NDMC 1LZTA 3FI7A 2BQBA 4HJVA 3ZEKA 5DN5A 2FBBA 1LZEA 3TXGA 135LA 1EQEA 1G7LC 4NGZA 3TMUA 3QNGA 1BGIA 1J1PY 1IC7Y 2I25L 5HMJA 1I56A 1QTKA 2MEAA 4GLVA 5DLAA 1OUBA 1B7SA 1D6QA 4HTKA 1GEVA 4RW2A 1LZNA 3AGGG 4II8A 3A96A 3ULRA 1BB5A 1IP1A 2MEGA 5DN4A 2BLXA 3TXJA 1FLUA 1B5XA 1W6ZA 5T3FA 1IX0A 1HENA 3EXDA 5KKJA 1MLCE 4NGWA 2HECA 2XJWA 1G7JC 2F4GA 1B5ZA 3CSZA 1GBZA 1YIKA 6LYZA 5L3HA 5ILFA 4TUNA 1LSGA 1WTNA 3M18B 3WXUA 4WLDA 1IWYA 4AXTA 1IOQA 4H9IA 1LOZA 5KJ9A 2BQAA 193LA 1KXYA 1GFGA 2BQLA 2YSSC 1IP2A 1CJ6A 1J1XY 4DD7A 1IY4A 1GDXA 1N4FA 1GBXA 3LYTA 4LYBA 5KXNA 2A7DA 2HEBA 1VDSA 3N9CA 1IWTA 2H5ZA 1GFVA 2AUBA 3QE8A 1W08A 3AZ6A 5LVKA 1AT5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H90A 175LA 3ZVQB 1L58A 1JWRA 5L9JA 1T8FA 3SB9A 2HEAA 1C6NA 1INUA 1OWZA 1NMMA 1L00A 1GFJA 1GB5A 4B4IA 123LA 1GEZA 4LYTA 1GB0A 260LA 2I6ZA 1C6IA 1A4VA 1VEDA 4ZIXA 2OU8A 3P4ZA 2G4NA 2O79A 233LA 1GF7A 4GBRB 178LA 1LYZA 1YAPA 3EBAB 1L06A 4I7JA 1LZDA 253LA 244LA 3ATNA 4M6DA 1C60A 4ETCA 3C7WA 5LVIA 146LA 2DQIY 3M3UA 1L85A 4H9CA 1L53A 4J0LA 1TLAA 1OUEA 1OUHA 3OE9A 4DQ7A 5B05A 4EXMA 5FELA 131LA 1L46A 1OUCA 4I7OA 1BB4A 4B0DA 3WXTA 1GB2A 154LA 4OO9A 1CNSA 1GFEA 5KXRA 1D3FA 4LT1A 4Z3MA 1L79A 2VB1A 3L2XA 3QAKA 4ZPUA 1LHIA 4LDOA 5B1GA 238LA 3W6CA 1FN5A 1A2YC 5B07A 1NHEA 2DKVA 1L72A 3RW8A 1L0KA 1WVUA 1DYEA 1HSXA 3DN8A 1LW9A 1LHLA 1ZMYL 4Z46A 1UIFA 3DN6A 1L49A 1PQKA 196LA 1C45A 4N5RA 1AT6A 4MSTA 1HNLA 3LYZA 4YF2A 1L96A 1QSBA 4N0JA 1DI4A 4LDLA 5FDJA 4I7MA 1JISA 1L36A 3RU5A 1JITA 4OW1A 3SB7A 1LMOA 1VDQA 2B6TA 3A90A 1L57A 2RB1X 1LSZA 3DN3A 1QSQA 1GF3A 231LA 3WPLA 3AGIA 108LA 1HEMA 4ARPA 4RLNA 1K28A 3G3AB 1WQNA 157LA 4GCFA 4S0WA 1G07A 5I4YA 1LSPA 1D6PA 2Q9DA 3FE0A 1LZYA 2BQKA 1C46A 115LA 2EKSC 1L60A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QDN A;  5JEN B;  3GXK A;  5F9X A;  3A3R X;  4D9Z A;  1GE2 A;  4H90 A;  194L A;  3WVX A;  3ZVQ B;  1GBW A;  3B6L A;  4WO9 A;  1UIB A;  1LPI A;  1UID A;  2W1M A;  4GLA A;  4A7D A;  1FLQ A;  4LGK A;  5I54 A;  1JKB A;  1JWR A;  4LYM A;  1TDY A;  1JTO L;  3AZ4 A;  3AZ5 A;  1LJE A;  1T3P A;  2DQE Y;  4HPE A;  1LZR A;  4YEM A;  5L9J A;  1GFR A;  3T36 A;  1GBO A;  2HEA A;  1INU A;  1FDL Y;  1JKA A;  1VDT A;  3WU9 A;  1UIC A;  1H6M A;  2BAA A;  1NMM A;  3TXE A;  4ZEE A;  5KXM A;  2YBI A;  2ZIK A;  1GFJ A;  1IR7 A;  2ZIJ A;  1UCO A;  2YBJ A;  3N9A A;  1GB5 A;  5HNC A;  4Z46 A;  5FEK A;  4B4I A;  9LYZ A;  4LYT A;  1GEZ A;  4XEN A;  1B2K A;  5C6J A;  5LVJ A;  4Z41 A;  3WL2 A;  5A3E A;  1FLY A;  4TTD A;  1GB0 A;  2DQF C;  2I6Z A;  1B5U A;  2HUB A;  1LMA A;  4CFP A;  3HFM Y;  1A4V A;  5M1Y A;  1DKJ A;  4OOT A;  5D5F A;  1WQR A;  1VED A;  2ZYP A;  1B9O A;  1XEJ A;  3A3Q A;  3LZT A;  4NEB A;  5IDD A;  5LAG A;  5AMY A;  2N5Z A;  4ZIX A;  4N8Z A;  1QUS A;  1YAQ A;  5DM9 A;  1XGP C;  4NGJ A;  5B1F A;  3LHM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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