4PGJB

Human heavy-chain domain antibody in complex with hen egg-white lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
128
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fully Human VH Single Domains That Rival the Stability and Cleft Recognition of Camelid Antibodies.
pubmed doi rcsb
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Human heavy chain domain antibody
total genus 47
structure length 127
sequence length 128
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pgjB00
3WU9A 5F14A 1GFRA 1LZEA 5KXYA 4Z46A 1VEDA 4NGYA 4DT3A 1LMQA 4DDBA 1HFZA 1OUEA 1ZVYB 2DQGY 3W6EA 2WARA 4RW1A 1HEOA 5ILCA 3ULRA 1B7OA 1GE2A 2ZIJA 3A92A 1GHLA 1VDQA 2YVBA 1YAQA 1HSWA 1KIRC 1LZAA 1B7NA 4H1PA 4J7VA 4H9BA 2LYMA 5APEA 4ANRA 4DC4A 1JTPL 2H5ZA 1NBYC 4NSIA 1GAZA 1UC0A 2G4PA 3CT0A 3E3DA 4N1CC 1INUA 1WQMA 2F30A 3B72A 3LYMA 1CJ7A 2W1YA 4TTDA 5T3FA 1IOCA 2W1LA 5KXOA 1GFGA 3P65A 1B7QA 4N1EI 5HLLA 4MSTA 5DLAA 1PZYA 2DQHY 4GCBA 4OWCA 3AB6A 4LZTA 1YAOA 5L3IA 1QDRA 4PRUA 1D6QA 1LZ6A 1RJCB 3AZ6A 2CGIA 3WYHA 1WVVA 2Z18A 1YL0X 193LA 1IC7Y 1ZVHL 2H9KA 1I20A 2HECA 2MECA 1GBZA 5KXNA 1LJNA 1GWDA 3B6LA 1DI4A 4YF2A 1DPXA 1CJ8A 4PJ2C 1J1PY 1TCYA 1B7LA 5AMYA 4G4HA 3RZ4A 4WO9A 5DN4A 1OUDA 3RU5A 3WPJA 4L41A 3N9CA 4MR1A 4M6DA 1UBZA 1DXJA 1JJ1A 3MGWA 1LZ5A 4H90A 4WM4A 4B4JA 1JKDA 1LMNA 1YKXX 3A95A 3EBAB 1BB7A 4HJZA 1UUZC 4DD7A 2BLYA 1J1XY 1LZTA 2AUBA 4N5RA 4CFOA 1HENA 2DQCY 3T6UA 4EOFA 1LMOA 1UIHA 5LAGA 1BVKC 1B0DA 1BB6A 1LZ8A 2DQIY 4DDAA 133LA 1LYOA 5DM9A 1GF8A 1JSEA 5B06A 2BPUA 4E3UA 1UIBA 2MEHA 3M18B 5LVKA 4DWXA 3B0OA 1QQYA 5KY1A 1JTOL 5B1GA 5KXLA 1AT5A 4NGIA 1JIYA 1XGQC 4GCDA 1LMTA 2Z39A 7LYZA 1OUHA 4LFPA 1EL1A 1IP6A 1IC5Y 2HEDA 2BQEA 1G7MC 1AT6A 1LMCA 1B5YA 4WG1A 1NF5A 2MEDA 5A3ZA 4KL7A 1GB5A 4G49A 4WG7A 1D0MA 1GF3A 2F2NA 1F10A 4ZFPA 5LXWA 3A93A 3W6FA 1IP1A 4RLNA 1HFXA 5KXXA 4BAFA 5APFA 1HEMA 1RE2A 3CT5A 1GD6A 4J0LA 1JTTL 4TUNA 1IWUA 1UA6Y 3CSQA 1LKSA 4GN4A 3IJVA 4D9ZA 2PC2A 4RW2A 4WLTA 1D0KA 4BADA 3TMVA 1IP3A 4HPIA 2HUBA 1IVMA 1GE0A 4H8YA 1A2YC 4GCCA 1VFBC 4O34A 2H9JA 5HMJA 3B0KA 3VWOA 4WL7A 2BAAA 5C6JA 1E8LA 2HU3A 3HBHA 1NQIA 4LT2A 3A34A 3ZEKA 4DD0A 2YSSC 2HEBA 4J1AA 1V7TA 4TSCA 1FKQA 1GBXA 3TMXA 1C7PA 3QE8A 1BWHA 1IY3A 5E9RA 5B1FA 2W1XA 2MEIA 4KT3A 1WQQA 3LHMA 1W08A 3SP3A 1XEJA 4BAPA 4IJ4A 4YM8A 1FLQA 3P4ZA 1LHKA 1LZ1A 1OP9B 2XJWA 1GDXA 3M3UA 2A7FA 4G9SA 1TEWA 1D0LA 1REMA 3TXJA 5L9JA 3AW6A 3TXEA 3A90A 1GFAA 4TSBA 1JJ3A 3GXKA 1YANA 4QGZA 4ZEEA 3J6KA 4CHXA 1WQRA 1CKHA 1RFPA 2ZNWY 1KIPC 4B0DA 1YROA 4OWBA 5KKJA 1P2CC 2ZNXY 1J1OY 3AGHA 3J4GA 1IOTA 1G7LC 3W6AA 4B4EA 4Z41A 5C6IA 4II8A 4QY9A 1REZA 4NSHA 4DDCA 1TAYA 4A7DA 5LVGA 3A94A 2Z2FA 2I6ZA 3EO5A 3AZ4A 4XENA 1LJFA 4WO6A 4ZIXA 1JEFA 3KAMA 4LT3A 1CJ6A 2DQJY 4ETBA 8LYZA 1LJHA 2ZILA 4NGVA 2HU1A 4NFVA 5II3A 1YIKA 3TMWA 4H9CA 3HBDA 4NWEA 1JITA 3A6CY 4NHTA 4G4BA 1JPOA 4HPEA 3OK0A 1DKJA 2BQIA 3CSZA 1KXWA 1IR8A 1XEIA 5HNCA 5LA8A 1LZDA 1LSBA 4NG1A 1H6MA 4LYBA 1FDLY 1REYA 3AZ5A 1GFTA 5IHGA 3WPLA 1GE3A 4B4IA 4ETAA 1JJ0A 5C6LA 3A91A 194LA 1OUIA 1JKCA 1WTMA 1WTNA 4AGAA 1LJGA 3A67Y 1HHLA 4H94A 1BHZA 2LHMA 1LZNA 2EPEA 2ZWBA 4W94A 4WM2A 3WMKA 1IP7A 4NWHA 5F9UA 1LSDA 1HFYA 3N9AA 4UWVA 4RLMA 154LA 2N5ZA 1A4VA 3HFMY 3OJPA 4I0CA 5KXPA 1C10A 5M1YA 3BKHA 3AGIA 1OUGA 4YENA 1PS5A 1DI3A 1V7SA 4P2EA 1GPQC 1I1ZA 2Z12A 3WVYA 4NIJA 1TBYA 2BLXA 1ALCA 3WULA 1BWIA 2F4GA 3AGGG 2C8OA 1DQJC 2BQFA 2I25L 1B9OA 4XN6A 1LSCA 5B07A 5DN5A 1FLWA 2D6BA 1LSYA 1BB5A 1B5UA 2Z37A 3W3EA 1HNLA 3TMUA 4M4OA 1QTEA 4H9FA 1GF4A 1LJEA 3WVXA 4YEMA 1B2KA 4CFPA 1UACY 1QIOA 1WVUA 1XGPC 4IATA 4LYTA 4NGLA 1B5ZA 4HTNA 3W6BA 1YKZX 5LYZA 3W6CA 4OOOA 1AM7A 2C8PA 1RI8B 2DQEY 5KXRA 5I54A 5B59A 1LSMA 1LHHA 1LHMA 5LYMA 4NG8A 1GB7A 4QEQA 1GFVA 2MEEA 1CKDA 4KXIA 4PPOA 2FBDA 1NMMA 4XADA 5IDDA 4WM3A 4AXTA 4DD9A 3EXDA 1LSFA 5FSTA 1IX0A 4H9AA 1LAAA 3P66A 3A8ZA 2YBNA 4J1BA 2FBBA 1XFPL 1LTMA 4FDYA 1OUFA 4PGJB 5I4WA 2XBRA 1LYSA 3ATNA 1VATA 1IWWA 1YL1X 1GFKA 1ZV5L 4WLYA 2XBSA 1GXV2 1LJKA 4H9HA 4WLDA 5IELA 5LVHA 3LN2A 1I56A 5I53A 3CQLA 1FBIX 4OOTA 2YBIA 2BQGA 1LSNA 3LZTA 4HJYA 2F4AA 3TXHA 1KXYA 3WUNA 3F6ZA 4H8ZA 1YKYX 1LYYA 1UIAA 1BGIA 4LFXA 134LA 1GE4A 4W96A 5J7CA 5LIOA 1LPIA 2ZQ3A 3QNGA 4BS7A 1B7PA 5KKIA 1HEQA 1DPWA 1QTKA 2NWDX 2HEEA 5LVJA 2MEAA 2ZIKA 1HEWA 1IC4Y 3IJUA 4LYCA 1C08C 4QDNA 1IP2A 3WW6A 1IOSA 1D9UA 4GLVA 5D5CA 5I4XA 2YBLA 4OWEA 1XGUC 1WQPA 1XGTC 2EKSC 2A7DA 1IIZA 4U3XB 4GCFA 1BVXA 1MLCE 5LAFA 2HEFA 1IEEA 1Z55A 4CJ2A 4LT1A 4ETCA 1UCOA 3ZVQA 4LYZA 1GBOA 2X0AA 1GBWA 1JKBA 3RNXA 1NBZC 5B05A 2LYOA 1GXXA 1FKVA 1HEPA 3LZ2A 1HMLA 4NSGA 1CKFA 1LZGA 2Z38A 3TXBA 4DD2A 1GFUA 4YEOA 1DKKA 2FYCA 3GXRA 4ML7A 1IWXA 5EBHA 1LJ3A 2G4QA 2ZYCA 1WQOA 1CKCA 2LZTA 4NHPA 4NGKA 1IWTA 4WM6A 5E4PA 1LMAA 4XYYA 5JENB 2MEBA 2BQKA 1GF0A 3WH1A 2YBMA 1F6SA 2RSCA 2CJLA 4H9IA 1IY4A 4MCKA 4H92A 4C3WA 1F0WA 4FJRA 1LSPA 5D5FA 1IR7A 1YAPA 1GF9A 4PHIA 1OQMA 4NHSA 2D91A 2BQBA 4IASA 2BQAA 4NEBA 1OUCA 1LYZA 2D4KA 4DD1A 1QUTA 1YAMA 1GE1A 3WXTA 1DI5A 2BQHA 3TXKA 1EQ5A 3QY4A 4EMNA 3ATOA 1OUBA 1NHEA 4XJGA 4XJDA 4N8ZA 3TXFA 6LYTA 3EMSA 2W1MA 2BQCA 4DD3A 1XGRC 1TDYA 3IWRA 1AKIA 4LT0A 4NGOA 4DYGA 1JHLA 1YILA 1HSXA 4HTQA 1BQLY 1LJ4A 3D3DA 3RT5X 1LHLA 1NDGC 4R6CA 3A3RX 5FDJA 4Z3MA 4OW1A 1XEKA 2D4IA 5HQ1A 4HP0A 5I4YA 1NDMC 132LA 207LA 1F6RA 3A6BY 5FEKA 1D6PA 4RDSA 1LZRA 1LSGA 4CGEA 1LSAA 4B49A 1GFHA 4GN5C 1C45A 1B5WA 4B1AA 1IR9A 4C5FA 3LYZA 4PRQA 1UICA 3WXUA 4WMGA 3FE0A 1MELL 4YOPA 1GB8A 1LMPA 1VDSA 5K7OA 2Z2EA 4XJIA 3TXDA 3W6DA 1JUGA 1BWJA 1LCNA 1LSEA 3P64A 1HC0A 4LYMA 1LZ4A 1N4FA 4GCEA 4LYOA 4H91A 3AW7A 1SQ2L 4ET8A 1JWRA 1GB3A 1W6ZA 2BQOA 2EQLA 2YBHA 4HTKA 1GF6A 1GFEA 4ET9A 4NSJA 1IORA 1LZYA 2CWIA 1HF4A 3P68A 1LJJA 4H8XA 4I8SA 1LOZA 4HJVA 1LSZA 5APCA 1T6VL 1LJIA 1GEZA 1O23A 2B5ZA 2YBJA 2DQDY 3G3BB 1G7HC 1CNSA 1H87A 1XSFA 2HTXA 2D4JA 2Y8PA 4N0JA 9LYZA 1IOQA 1HERA 4WM5A 2DQAA 3WW5A 5F81A 4WL6A 1LKRA 1EQEA 1WQNA 1QSAA 2ZQ4A 1JISA 4NHQA 5LVIA 1GAYA 1IWYA 4HV1A 1LZCA 2BQJA 1G7IC 4ETDA 3CB7A 2Q0MX 2DQFC 4GN3A 4NGJA 2EIZC 3WPKA 1B5XA 4NGZA 5L3HA 1NWGA 3D9AC 5HNLA 6LYZA 4H93A 5KXSA 2BQNA 1UIGA 4GLAA 4H9EA 1KIQC 1UIEA 208LA 2IHLA 5KJ9A 3AJNA 3WUMA 4UWNA 5FCPA 5KXZA 4Z98A 1IWZA 5KXMA 1OUAA 1B7MA 1B7RA 3A96A 4N9RA 1VDPA 5DL9A 4HV2A 1CKGA 3TXIA 3HBEX 1GF5A 1C46A 1LZSA 2BQLA 2BQMA 1GB9A 1NKHA 135LA 1SLYA 5KXTA 5FHWA 2LZ2A 1JSFA 4TX7A 1BB4A 3ZVQB 1FLUA 2Z19A 3WL2A 3WUAA 1REXA 3WU8A 1JKAA 3B0IA 3LYTA 5A3EA 2GV0A 4NY5A 1IWVA 1GBYA 1GB0A 4UWUA 3CSRA 4OWHA 2IFFY 2MEFA 1CJ9A 3TXGA 3A3QA 4XJFA 1VAUA 1HMKA 1EQ4A 4NHIA 1B5VA 1AZFA 1C43A 4X3BA 5APDA 4HSFA 1OUJA 1GF7A 1KXXA 1YQVY 3G3AB 3RW8A 2CDSA 4WLXA 4R0FA 1ZMYL 3K3TA 2HEAA 1RCMA 1GB2A 4ETEA 1HELA 2LYZA 2G4NA 1UIFA 2FYDA 2DKVA 1UIDA 1LZ9A 1QDTA 2XTHA 2YDGA 5F9XA 4XJBA 5KXWA 1G7JC 1LHIA 1T3PA 2I26L 1GFJA 4NGWA 1VDTA 4OWAA 3AZ7A 3LYOA 2VB1A 3T36A 4LGKA 1QSWA 3N9EA 3FI7A 5LINA 1QUSA 1B7SA 1DZBX 2ZYPA 5ILFA 1BB3A 4XJHA 5LYTA 4WOAA 5KXKA 1LZBA 4G4CA 1IP5A 3WU7A 2MEGA 1LHJA 4WM1A 5I5QA 1FLYA 1GB6A 1IO5A 3CT1A 1GDWA 5HMVA 5LA5A 153LA 2DBTA 1IP4A 1FN5A 3AYQA 3BKVA 4KPMA 5F16A 2BQDA 4TWSA 1GBSA 5FELA 1GEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L02A 3C7WA 1LZEA 1L77A 4OO9A 1OUEA 223LA 1B7OA 1TLAA 1QTZA 2B7XA 4H1PA 3HTBA 4I7QA 1JTPL 2B73A 1NBYC 210LA 3E3DA 4TTDA 3HUAA 2W1YA 4OWCA 1L13A 1YAOA 1L30A 1IC7Y 2B6ZA 1OVJA 1KW5A 3UONA 1L23A 5DN4A 1OUDA 4M6DA 160LA 1LZ5A 1C61A 4H90A 4WM4A 1QS5A 2B6WA 4EKSA 146LA 1UUZC 1J1XY 126LA 4CFOA 1HENA 3T6UA 4ARPA 1D3NA 1BB6A 1LZ8A 5DM9A 1JSEA 3M18B 252LA 3B0OA 4AQNA 1JTOL 5B1GA 1CUPA 4NGIA 1XGQC 120LA 2Z39A 1IP6A 3LZMA 1AT6A 262LA 1B5YA 5A3ZA 4G49A 1GF3A 5LXWA 173LA 3CT5A 1CU2A 1JTTL 111LA 1L70A 1LKSA 4D9ZA 1D0KA 4HPIA 2HUBA 3HT6A 127LA 1VFBC 1E8LA 4EKRA 1CX6A 1L85A 2HU3A 4TSCA 3TMXA 1C7PA 1BWHA 5B1FA 2MEIA 3SP3A 3LHMA 1W08A 1L69A 1XEJA 4IJ4A 1L63A 1T8GA 1C6PA 2A7FA 1L75A 1REMA 3TXJA 250LA 4TSBA 1YANA 4QGZA 1WQRA 4B0DA 1DYDA 1YROA 1P2CC 3AGHA 3DN3A 4I7OA 3J4GA 4Z41A 1CU3A 5C6IA 4QY9A 4IAPA 1TAYA 1CV6A 1L53A 4A7DA 2I6ZA 4I7LA 103LA 197LA 3HH3A 1SSYA 4LT3A 4NGVA 5II3A 150LA 1YIKA 4H9CA 3GULA 4G4BA 4HPEA 4DAJA 1KXWA 5HNCA 1LZDA 1P5CA 1FDLY 4B4IA 194LA 1LYIA 4AGAA 1WTNA 1L20A 2LHMA 2EPEA 4LDLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WU9 A;  5F14 A;  1GFR A;  1LZE A;  5KXY A;  4Z46 A;  1VED A;  4NGY A;  4DT3 A;  1LMQ A;  4DDB A;  1HFZ A;  1OUE A;  1ZVY B;  2DQG Y;  3W6E A;  2WAR A;  4RW1 A;  1HEO A;  5ILC A;  3ULR A;  1B7O A;  1GE2 A;  2ZIJ A;  3A92 A;  1GHL A;  1VDQ A;  2YVB A;  1YAQ A;  1HSW A;  1KIR C;  1LZA A;  1B7N A;  4H1P A;  4J7V A;  4H9B A;  2LYM A;  5APE A;  4ANR A;  4DC4 A;  1JTP L;  2H5Z A;  1NBY C;  4NSI A;  1GAZ A;  1UC0 A;  2G4P A;  3CT0 A;  3E3D A;  4N1C C;  1INU A;  1WQM A;  2F30 A;  3B72 A;  3LYM A;  1CJ7 A;  2W1Y A;  4TTD A;  5T3F A;  1IOC A;  2W1L A;  5KXO A;  1GFG A;  3P65 A;  1B7Q A;  4N1E I;  5HLL A;  4MST A;  5DLA A;  1PZY A;  2DQH Y;  4GCB A;  4OWC A;  3AB6 A;  4LZT A;  1YAO A;  5L3I A;  1QDR A;  4PRU A;  1D6Q A;  1LZ6 A;  1RJC B;  3AZ6 A;  2CGI A;  3WYH A;  1WVV A;  2Z18 A;  1YL0 X;  193L A;  1IC7 Y;  1ZVH L;  2H9K A;  1I20 A;  2HEC A;  2MEC A;  1GBZ A;  5KXN A;  1LJN A;  1GWD A;  3B6L A;  1DI4 A;  4YF2 A;  1DPX A;  1CJ8 A;  4PJ2 C;  1J1P Y;  1TCY A;  1B7L A;  5AMY A;  4G4H A;  3RZ4 A;  4WO9 A; 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 4Z98 A;  1IWZ A;  5KXM A;  1OUA A;  1B7M A;  1B7R A;  3A96 A;  4N9R A;  1VDP A;  5DL9 A;  4HV2 A;  1CKG A;  3TXI A;  3HBE X;  1GF5 A;  1C46 A;  1LZS A;  2BQL A;  2BQM A;  1GB9 A;  1NKH A;  135L A;  1SLY A;  5KXT A;  5FHW A;  2LZ2 A;  1JSF A;  4TX7 A;  1BB4 A;  3ZVQ B;  1FLU A;  2Z19 A;  3WL2 A;  3WUA A;  1REX A;  3WU8 A;  1JKA A;  3B0I A;  3LYT A;  5A3E A;  2GV0 A;  4NY5 A;  1IWV A;  1GBY A;  1GB0 A;  4UWU A;  3CSR A;  4OWH A;  2IFF Y;  2MEF A;  1CJ9 A;  3TXG A;  3A3Q A;  4XJF A;  1VAU A;  1HMK A;  1EQ4 A;  4NHI A;  1B5V A;  1AZF A;  1C43 A;  4X3B A;  5APD A;  4HSF A;  1OUJ A;  1GF7 A;  1KXX A;  1YQV Y;  3G3A B;  3RW8 A;  2CDS A;  4WLX A;  4R0F A;  1ZMY L;  3K3T A;  2HEA A;  1RCM A;  1GB2 A;  4ETE A;  1HEL A;  2LYZ A;  2G4N A;  1UIF A;  2FYD A;  2DKV A;  1UID A;  1LZ9 A;  1QDT A;  2XTH A;  2YDG A;  5F9X A;  4XJB A;  5KXW A;  1G7J C;  1LHI A;  1T3P A;  2I26 L;  1GFJ A;  4NGW A;  1VDT A;  4OWA A;  3AZ7 A;  3LYO A;  2VB1 A;  3T36 A;  4LGK A;  1QSW A;  3N9E A;  3FI7 A;  5LIN A;  1QUS A;  1B7S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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